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Sommaire

Veille scientifique CoVID-19 : un défi

Quand cette page a été créée, en mars 2020, j’étais confiant dans son achè­ve­ment d’ici quelques semaines ou quelques mois. Un an plus tard, je dois ajou­ter l’an­née « 2020 » aux dates des articles cités en réfé­rence, mettre des verbes à l’im­par­fait et des affir­ma­tions au condi­tion­nel… De nombreux avis ont été réfu­tés depuis. Ces réfu­ta­tions ne sont pas toutes à jour et deman­de­raient un travail jour­na­lis­tique au-delà du temps que je peux y consa­crer. L’histoire se construit donc graduel­le­ment, sans préten­tion de vérité autre que celle des consen­sus énon­cés par les « leaders » scien­ti­fiques et politiques.

Fin août 2020, en reli­sant des passages de cet article modi­fié presque au quoti­dien pendant les six premiers mois de l’an­née, je m’étais déjà rendu compte de la diffi­culté à présen­ter une synthèse cohé­rente des publi­ca­tions et avis qui s’ex­priment sous l’au­to­rité de la science… Cette auto­rité est aujourd’­hui mise en doute par une frac­tion des popu­la­tions touchées par la pandé­mie, y compris celles qui appar­tiennent à l’élite scientifique.

Sans doute est-ce prin­ci­pa­le­ment un problème de commu­ni­ca­tion : les respon­sables poli­tiques et les auto­ri­tés sani­taires ont elles-même baigné dans le flot chao­tique d’in­for­ma­tions inhé­rent à la mécon­nais­sance d’une pandé­mie nouvelle, de ses causes et des moyens de la frei­ner ou d’y mettre fin. Les injonc­tions et obli­ga­tions se sont succé­dées, parfois contra­dic­toires, voire menson­gères, sans autre justi­fi­ca­tion que la recherche de compro­mis et l’ur­gence de « faire quelque chose ». Les facteurs écono­miques ont été déter­mi­nants là où on ne les atten­dait pas dans des pays répu­tés pour la qualité de leur système de santé : pénu­rie de maté­riel, de médi­ca­ments, de ressources humaines, et d’un autre côté l’ex­tra­or­di­naire spécu­la­tion finan­cière de groupes phar­ma­ceu­tiques et de gouver­ne­ments qui s’érigent en pion­niers de la préven­tion. Tout cela ne peut qu’a­li­men­ter les théo­ries de complot qui, c’est bien connu, reposent en partie sur des données vérifiables !

Pour la presse scien­ti­fique, le bilan est plutôt catas­tro­phique car la quan­tité et la vitesse de publi­ca­tion sous couvert d’ur­gence ont forte­ment dégradé la qualité des articles. Les lecteurs, pour beau­coup de simples citoyens à la recherche de réfé­rences scien­ti­fiques, sont souvent tombés dans le panneau des revues préda­trices dont j’ai parlé dans Ma démarche… Mais les équipes de recherche elles-mêmes, sous la pres­sion de commu­ni­quer leurs résul­tats, en ont aussi fait usage plus ou moins sciem­ment. Jaime A. Teixeira da Silva écrit (16 juinA77) :

La pandé­mie COVID-19, qui a conduit à un flot d’ar­ticles et de pré-publications, a posé de multiples défis à l’édi­tion acadé­mique, le plus évident étant l’in­té­grité durable sous la pres­sion de publier rapi­de­ment. Il existe des risques liés à ce rapport du volume à la vitesse. De nombreuses lettres, édito­riaux et articles censés être « évalués par des pairs » dans des revues clas­sées et indexées ont été publiés en quelques jours, ce qui suggère que l’exa­men par les pairs était soit éphé­mère, soit inexis­tant, ou que les articles étaient rapi­de­ment approu­vés par les éditeurs en fonc­tion de leur inté­rêt perçu et de l’ac­tua­lité, plutôt que sur leur valeur acadé­mique intrin­sèque. Dans les cercles de l’édi­tion acadé­mique, la reven­di­ca­tion d’un « examen par les pairs » alors qu’en fait elle n’a pas été menée est une carac­té­ris­tique fonda­men­tale de « l’édi­tion préda­trice », égale­ment un élément “fake” qui peut saper les efforts de ces dernières années pour instau­rer la confiance dans la crise des publi­ca­tions pério­diques floris­santes. Alors que le monde est toujours centré sur la CoVID-19, la ques­tion de « l’édi­tion préda­trice » est igno­rée ou ne reçoit pas suffi­sam­ment d’at­ten­tion. Les risques pour la commu­nauté scien­ti­fique, l’édi­tion univer­si­taire et, en fin de compte, la santé publique sont en jeu lorsque l’édi­tion abusive et préda­trice n’est pas remise en question. […]

Des membres du public, de jeunes étudiants, des cher­cheurs en début de carrière, des médias avides d’attrape-clics, ou des univer­si­taires inca­pables d’éva­luer de manière critique le contenu acadé­mique et scien­ti­fique et les défauts de la litté­ra­ture biomé­di­cale, sont les plus à risque d’être porteurs de désin­for­ma­tion, alimen­tée par la propa­gande char­riée par les médias sociaux. […]

À titre d’exemple extrême [lien], un « article de recherche » sur le COVID-19 qui prétend être évalué par des pairs et dont le DOI [iden­ti­fiant pérenne] est inva­lide, contient 38 pages de pseudo-science appa­rem­ment concoc­tée presque entiè­re­ment sans rapport avec la CoVID-19. Cet article a été rédigé par une équipe de sept auteurs, vrai­sem­bla­ble­ment pseu­do­nymes ou faux, qui utilisent deux faux établis­se­ments univer­si­taires (California South University et American International Standards Institute) […]. Cet « article » cite 348 réfé­rences qui sont à 100% des auto-citations, la plupart suscep­tibles d’amé­lio­rer frivo­le­ment les métriques des profils Google Scholar et ResearchGate de l’au­teur prin­ci­pal « Alireza Heidari ». De telles attaques effron­tées contre l’in­té­grité acadé­mique, soute­nues par des éditeurs tout aussi faux ou non savants qui ont accepté cette pseudo-science en quelques jours, devraient envoyer un message fort et très effrayant aux univer­si­tés mondiales selon lesquelles l’in­té­grité de leurs propres recherches valides pour­rait être progres­si­ve­ment érodée par la capa­cité de faus­saires pseudo-universitaires, clai­re­ment pertur­ba­teurs, anti-scientifiques et d’édi­teurs tout aussi corrom­pus à faire proli­fé­rer ce type de science factice, incon­tes­tée et non menacée.

Sans surprise, de nombreux articles scien­ti­fiques sur la CoVID-19 ont été rétrac­tés par leurs auteurs ou reti­rés des publi­ca­tions — voir le dossier de Retraction Watch (2020N1). Mais ce n’est que la face visible de l’iceberg…

Stratégies

Cette image au micro­scope élec­tro­nique à balayage montre le SARS-CoV‑2 (objets magenta ronds) émer­geant de la surface de cellules culti­vées en labo­ra­toire. Le SARS-CoV‑2, égale­ment connu sous le nom de 2019-nCoV, est le virus qui cause l’épi­dé­mie COVID-19. Le virus montré a été isolé d’un patient aux États-Unis.

L’article de Léo Goltzmann publié sur Planet​.fr (16 marsA209, 20 marsA200) était incom­plet, mais on comprend que les médias en France aient rare­ment évoqué ce qui s’an­non­çait en Angleterre à cette époque…

Il y était prédit qu’une fois que 60% (d’autres esti­maient 75 à 80%) de la popu­la­tion auraient été touchés par le coro­na­vi­rus, l’im­mu­nité « de trou­peau » devrait inter­rompre l’épi­dé­mie — du moins tant que cette immu­nité reste effec­tive, dont on ne connaît pas la duréeN2… Toutefois, si l’on ne prenait pas en charge avec effi­ca­cité les personnes grave­ment malades, envi­ron 1% risquaient de mourir dans des condi­tions dramatiques.

En nombre, cela signi­fie­rait 53 x 80 / 100 = 42 millions de personnes touchées en Angleterre, soit 420 000 morts — à peu près (en quelques mois ?) le même nombre qu’en 9 ans de guerre en Syrie ! Le 16 mars, l’épi­dé­mio­lo­giste Neil Ferguson, dans un rapport de l’Imperial College de Londres, prévoyait « seule­ment » 250 000 morts en cas de main­tien de cette stra­té­gie d’ac­qui­si­tion d’une immu­nité de groupe. Cette prédic­tion de taille effrayante a convaincu le Premier ministre Boris Johnson de chan­ger son fusil d’épaule. Frappé à son tour par la mala­die malgré un opti­misme « chur­chil­lien » — I conti­nued shaking hands ! — il a pu mesu­rer les consé­quences, dès le 7 avril, du retard pris à la mise en place de mesures visant à ralen­tir la progres­sion de la pandémie.

La stra­té­gie d’ac­qui­si­tion d’une l’im­mu­nité collec­tive a été, selon les dires de leur Premier ministre Mark Rutte, celle des Pays-Bas le 16 mars 2020N3 : « lais­ser faire » tout en s’ef­for­çant de mettre à l’abri les personnes les plus vulné­rables. Selon l’Institut natio­nal de la santé aux Pays-Bas (26 marsA187) :

Une inter­dic­tion totale de sortir à l’ex­té­rieur n’a aucune valeur ajou­tée. En effet, le nouveau coro­na­vi­rus ne pourra pas se propa­ger aussi rapi­de­ment, mais personne ne pourra non plus déve­lop­per une immu­nité contre la mala­die. Étant donné que la mala­die se propage à l’échelle mondiale, il y a de fortes chances que, après la levée d’une inter­dic­tion, de nombreuses personnes tombent malades en même temps et en peu de temps. Cela entraî­nera une charge maxi­male d’in­fec­tions. Avec un confi­ne­ment, vous ne faites que repous­ser le moment où de nombreuses personnes tombent malades en même temps, et nous ne voulons pas cela.

Même en l’ab­sence de confi­ne­ment, les mesures de « distan­cia­tion sociale » et la prise en charge immé­diate de personnes testées posi­tives (notam­ment en utili­sant la chlo­ro­quine fabri­quée dans ce pays) se tradui­saient aux Pays-Bas, le 25 mars, par un apla­tis­se­ment de la courbe d’évo­lu­tion (par rapport au modèle mathé­ma­tique) qui lais­sait suppo­ser que la stra­té­gie de circu­la­tion du virus pour­rait s’avé­rer effi­cace. La plupart des personnes décé­dées étaient dans la tranche d’âge de 80 à 84 ans. L’approche adop­tée pat la suite était une série de recom­man­da­tions pour limi­ter les contacts et rester à domi­cile autant que possible, l’es­sen­tiel étant de proté­ger les personnes âgées ou vulné­rablesN4.

La Suède a suivi la même stra­té­gie de refus du confi­ne­ment géné­ra­lisé et d’iso­la­tion des personnes fragiles. Le 8 avril une amie rési­dente suédoise nous écrivait :

Ici en Suède nous ne sommes toujours pas confi­nés, pas testés, on affirme toujours que les masques c’est bull­shit et que le lavage de mains suffit bien. Les forma­tions pour adultes et le lycée sont fermés, le reste de la société tourne quasi norma­le­ment. […] Les consignes sont d’al­ler travailler tant que pas de symp­tômes sans isole­ment même si tu vis avec un covid+. Ajoutez à ça que nous sommes sommes en queue de pelo­ton pour l’équi­pe­ment en réani­ma­tion parmi les pays de l’OCDE et qu’a­vant la crise du Corona le système de soin a vécu des pénu­ries de gants et désin­fec­tants car tout fonc­tionne à flux tendus.

Johan Norberg (trad. Bérengère Viennot) signa­lait toute­fois, fin avril, que malgré une forte morta­lité dans les maisons de retraite et sans confi­ne­ment strict, le pays semble dans la moyenne de ses voisins euro­péens en matière de décès liés au virus (22 avrilA148) :

Comment la Suède peut-elle s’en sortir aussi bien, malgré les prédic­tions ? Alors qu’il était annoncé que le confi­ne­ment obli­ga­toire était la seule planche de salut ? Eh bien parce que les modèles ne prévoient que deux confi­gu­ra­tions : soit le confi­ne­ment avec blocage total de l’éco­no­mie, soit aucun chan­ge­ment dans les compor­te­ments. Ils ne prennent pas en compte le fait que les Suédois·es aient pu adop­ter volon­tai­re­ment les compor­te­ments sani­taires néces­saires à la limi­ta­tion de la propa­ga­tion du virus. Or, c’est pour­tant ce qu’il s’est passé.

Les hôpi­taux suédois n’ont pas connu l’en­com­bre­ment de ceux des pays voisins qui prati­quaient le confi­ne­ment. Norberg concluait (17 avrilA153) :

Nous ne savons pas encore si le modèle suédois est meilleur ou pire. Ce que nous savons, c’est que la Suède n’a pas réprimé les liber­tés fonda­men­tales comme les autres, et n’a pas détruit la société et l’éco­no­mie dans la même mesure.
Comme Hippocrate aurait pu le dire : « D’abord, ne pas nuire. »

Début juin, toute­fois, Anders Tegnell, l’épi­dé­mio­lo­giste respon­sable du contrôle de la pandé­mie en Suède, a reconnu que la morta­lité avait été exces­sive en compa­rai­son à ses voisins immé­diats : 4542 décès pour 10 millions d’ha­bi­tants, alors qu’ils n’étaient que 580 au Danemark pour 5.8 millions d’ha­bi­tants, 237 en Norvège pour 5.3 millions et 321 en Finlande pour 5.5 millions. Trop de décès ont eu lieu dans des maisons de retraite dont les rési­dents étaient insuf­fi­sam­ment isolés. Il admet­tait qu’un chan­ge­ment de stra­té­gie serait néces­saire en cas de réplique, sans toute­fois remettre en cause les déci­sions qui avaient été prises (3 juinA91).

Suède : taux de repro­duc­tion R0 effec­tif (ligne) pour un inter­valle de confiance à 95% basé sur des fenêtres glis­santes de 7 jours : 17 février 2020 – 25 avril 2020. Source : N5

Fin avril, l’agence de santé publique suédoise a annoncé que le taux de repro­duc­tion R0 du virus SARS-Cov‑2 était tombé à 0.85±0.02, autre­ment dit que l’épi­dé­mie régres­sait puisque ce nombre est infé­rieur à 1 (29 avrilA136). Le 21 mai, la même agence esti­mait à « un peu plus de 20% » la propor­tion d’ha­bi­tants de Stockholm ayant contracté le virus.

Ces données semblaient indi­quer que la stra­té­gie mise en œuvre était adéquate — sans effet dévas­ta­teur sur l’éco­no­mie et la vie sociale. Toutefois, la ministre des finances Magdalena Andersson a reconnu que la Suède était confron­tée à la pire crise écono­mique depuis la Seconde guerre mondiale, compa­rable en cela aux autres pays de l’Union euro­péenne. Toutefois, sachant qu’une partie impor­tante de son PIB est liée aux expor­ta­tions, on peut se deman­der si cette crise touche pareille­ment le commerce local, les services et l’artisanat.

À mi-août, les courbes de morta­lité restent plates en Suède, ce qui fait dire à certains que l’im­mu­nité collec­tive pour­rait déjà entrer en jeu grâce à la libre circu­la­tion du virus. Gibert Berdine, profes­seur asso­cié de méde­cine à l’Université du Texas et mili­tant “liber­ta­rian”, compare les résul­tats de la Suède avec ceux de villes ou états aux USA qui ont appli­qué des mesures plus ou moins strictes de verrouillage de l’éco­no­mie (15 aoûtA48) :

Les données suggèrent que les verrouillages n’ont empê­ché aucun décès dû au covid-19. Au mieux, ils ont retardé la morta­lité pendant une courte période, mais ils ne peuvent pas être pour­sui­vis à long terme. Il semble probable que l’on n’aura même pas à compa­rer la réces­sion écono­mique à la perte de vies, car le nombre final de morts après des verrouillages auto­ri­taires dépas­sera très proba­ble­ment le nombre de décès dus au fait de lais­ser les gens choi­sir comment gérer leurs propres risques. Après avoir pris en compte la dépres­sion écono­mique sans précé­dent, l’his­toire jugera proba­ble­ment ces verrouillages comme la plus grande erreur poli­tique de cette géné­ra­tion. La CoVID-19 ne sera pas vain­cue, nous devrons apprendre à coexis­ter avec elle. La seule façon dont nous pouvons apprendre la meilleure façon de faire face à la CoVID-19 est de lais­ser les indi­vi­dus gérer leurs propres risques, obser­ver les résul­tats et apprendre de leurs erreurs. Le monde a une grande dette envers la Suède pour avoir donné l’exemple que nous pour­rions tous suivre.

En exami­nant les données de l’Illinois, Berdine suggère que « le verrouillage a effec­ti­ve­ment ralenti le taux de trans­mis­sion chez les jeunes et en bonne santé, mais a égale­ment permis un délai plus long pour la trans­mis­sion des jeunes aux personnes âgées ». Il admet toute­fois qu’il faudra attendre de voir si une reprise d’épi­dé­mie aura lieu en Suède le prochain hiver ou au prin­temps pour confir­mer ce qu’il estime être un succès. Sans oublier que ces compa­rai­sons ne prennent pas en compte la densité de popu­la­tion (faible en Suède) qui est un facteur impor­tant du risque de transmission.

En France, Pr Philippe Ravaud du CRESS-UMR 1153N6 esti­mait à mi-mars qu’en l’ab­sence de confi­ne­ment 30 millions de personnes seraient atteintes, avec un pic dans 50 jours. Pour éviter ce scéna­rio — 300 à 400 000 morts selon le modèle le plus pessi­miste des épidé­mio­lo­gistes — le confi­ne­ment a été décidé le 16 mars, afin que le système de santé fran­çais dispose d’as­sez de temps, de ressources humaines et tech­niques pour soigner les malades et dimi­nuer la léta­lité de cette épidé­mie. Ceci dans l’at­tente de trai­te­ments effi­caces et de tests assez sensibles pour isoler toutes les personnes contagieuses.

Xavier Deparis, profes­seur d’épi­dé­mio­lo­gie et de santé publique, écri­vait le 4 avrilA174 :

Problème : nos capa­ci­tés hospi­ta­lières ont été sérieu­se­ment rabo­tées depuis plusieurs années. Le nombre élevé de cas à prendre en charge dans un court délai de temps a noyé nos services hospi­ta­liers qui ne tiennent que par l’acharnement des équipes médi­cales. Conséquence directe : la léta­lité du COVID est très certai­ne­ment supé­rieure à celle qui serait obser­vée en temps normal. De plus, et c’est inévi­table, d’autres urgences passent forcé­ment au second plan et elles sont source d’une surmor­ta­lité qui pourra être analy­sée en détails, par compa­rai­son aux années précédentes.

Solution : il faut étaler la surve­nue des cas sévères dans le temps. C’est la seule raison d’être du confi­ne­ment. Lueur d’espoir, les essais cliniques en cours pour­ront peut-être permettre d’identifier un trai­te­ment effi­cace des formes sévères. Mais il faudra attendre encore quelques semaines pour avoir un début de réponse.

En conclu­sion, plusieurs mesures supplé­men­taires pour­raient être prises rapi­de­ment : impo­ser le port du masque, même arti­sa­nal ; élar­gir nos capa­ci­tés de dépis­tage à tous les labo­ra­toires exis­tants ; auto­ri­ser la pres­crip­tion d’hydroxychloroquine et d’azithromycine selon le proto­cole défini par l’Institut Hospitalo-Universitaire de Marseille à tous les soignants et à tous les méde­cins du travail.

J’oubliais une dernière mesure. Comme disait Einstein, « casser un atome est plus facile que briser un préjugé ». En France, nous avons besoin de briser les murs de nos préju­gés : si nous nous pensions les meilleurs, il nous faut atter­rir, et vite. […]

Alors, confi­ne­ment strict imposé ou simple isola­tion des personnes à risque ? On ne saura que dans quelques mois quelle solu­tion était la meilleure, en « comp­tant les morts » dans des pays qui ont mis en place des stra­té­gies différentes…

Un rapport très critique de l’ac­tion gouver­ne­men­tale a déjà été rédigé en Allemagne (7 maiA129) sous la direc­tion d’une personne quali­fiée ensuite de « lanceur d’alerte » : Stephen Kohn (1er juinA97). Pour la France, il est très inté­res­sant d’écou­ter le compte-rendu d’Arnaud Fontanet, épidé­mio­lo­giste membre du Conseil scien­ti­fique gouver­ne­men­tal, dans son entre­tien avec Nicolas Martin sur France Culture (4 juinA86). Lire aussi la note publiée par l’Institut Montaigne (juinA81).

Jérémy Anso a publié une première analyse qui suggère qu’on ne devrait pas clas­ser les pays en fonc­tion d’une simple déci­sion poli­tique de « confi­ne­ment » (23 maiA109) :

Un gouver­ne­ment qui décide de confi­ner sa popu­la­tion avec des amendes et des peines de prison sera logi­que­ment sous la bannière de « confiné », tandis qu’un pays qui ne le fait pas n’aura pas cette étiquette.

Mais déjà, ce raison­ne­ment coince. Il coince car toutes les popu­la­tions du monde n’ont pas instinc­ti­ve­ment réagi de la même manière. Il coince aussi car si tous les pays du monde n’ont pas décrété de confi­ne­ment, au sens propre, ils ont instauré d’autres mesures (ferme­ture des bars et des restau­rants, inter­dic­tion de rassem­ble­ment au-delà de deux personnes, etc.) qui impliquent de facto un confi­ne­ment, sans le nommer.

Il montre par ailleurs, à partir de données de dépla­ce­ment de télé­phones portables, que même dans des pays n’ayant pas décrété un confi­ne­ment strict (comme Singapour), les personnes ont consi­dé­ra­ble­ment réduit leurs dépla­ce­ments, la fréquen­ta­tion des commerces, les trans­ports et leurs loisirs (23 maiA109). Il faudrait donc plutôt prendre en compte l’indice (de sévé­rité) du confi­ne­ment (strin­gency index) comme l’a proposé le Financial Times (22 maiA112). Sur cette base, Anso montre que la Suède, avec un indice de confi­ne­ment plus faible que ses pays voisins (Danemark, Finlande et Norvège), accuse une morta­lité bien supé­rieure par million d’ha­bi­tantsA109 : fin mai, elle n’est dépas­sée en Europe que par le Royaume-Uni, l’Italie, la Belgique et l’Espagne.

Il faut enfin tenir compte du timing : l’épi­dé­mie a été nette­ment moins meur­trière dans les pays qui ont installé très tôt des mesures de distan­cia­tion physique, sachant que les « gestes barrières » et l’ar­rêt de certaines acti­vi­tés ont aussi devancé les consignes sani­taires dans les pays les plus « vertueux ». Aux États-Unis, la Californie fait figure d’exemple puis­qu’elle a commencé son confi­ne­ment (avant la France) alors qu’au­cun cas n’avait encore été déclaré. Pour Jérémy Anso, c’est par un retour­ne­ment de causa­lité que certains critiques affirment que le confi­ne­ment aurait « causé de nombreux décès ». En réalité, il a été mis en place — tardi­ve­ment — dans des pays où la morta­lité était préoc­cu­pante, qui n’étaient pas équi­pés pour gérer cette situa­tion : pénu­rie de masques, de lits de réani­ma­tion, de person­nel soignant, de tests de dépis­tage etc.

Le 16 mars, le groupe de travail CoVID-19 de l’Imperial College au Royaume-Uni a rendu public un rapport de 20 pages titré Impact of non-pharmaceutical inter­ven­tions (NPIs) to reduce COVID19 morta­lity and heal­th­care demandA208. Voici une partie du résumé (j’ai souligné) :

En l’ab­sence de vaccin COVID-19, nous évaluons le rôle poten­tiel d’un certain nombre de mesures de santé publique – les inter­ven­tions dites non phar­ma­ceu­tiques (NPI) – visant à réduire les taux de contact dans la popu­la­tion et donc la trans­mis­sion du virus. Dans les résul­tats présen­tés ici, nous appli­quons un modèle de micro­si­mu­la­tion précé­dem­ment publié par deux pays : le Royaume-Uni (en parti­cu­lier la Grande-Bretagne) et les États-Unis. Nous concluons que l’ef­fi­ca­cité de toute inter­ven­tion isolée est suscep­tible d’être limi­tée, néces­si­tant la combi­nai­son de plusieurs inter­ven­tions pour avoir un impact substan­tiel sur la transmission.

Deux stra­té­gies fonda­men­tales sont possibles : (a) l’at­té­nua­tion, qui se concentre sur le ralen­tis­se­ment mais pas néces­sai­re­ment l’ar­rêt de la propa­ga­tion de l’épi­dé­mie – en rédui­sant la demande de soins de santé maxi­male tout en proté­geant contre l’in­fec­tion les personnes les plus expo­sées au risque de mala­dies graves, et (b) la suppres­sion, qui vise à inver­ser la crois­sance épidé­mique, rédui­sant le nombre de cas à de faibles niveaux et main­te­nant cette situa­tion indé­fi­ni­ment. Chaque poli­tique présente des défis majeurs.
Nous consta­tons que des poli­tiques d’atté­nua­tion opti­males (combi­nant l’iso­le­ment à domi­cile des cas suspects, la mise en quaran­taine à domi­cile des personnes vivant dans le même ménage que les cas suspects et la distan­cia­tion sociale des personnes âgées et des personnes les plus à risque de mala­die grave) pour­raient réduire le pic de la demande de soins de santé de 2/3 et les décès de moitié. Cependant, l’épi­dé­mie atté­nuée qui en résul­te­rait entraî­ne­rait proba­ble­ment des centaines de milliers de décès et des systèmes de santé (notam­ment des unités de soins inten­sifs) submer­gés à plusieurs reprises. Pour les pays capables d’y parve­nir, la suppres­sion reste l’op­tion poli­tique privi­lé­giée.
Nous montrons qu’au Royaume-Uni et aux États-Unis, la suppres­sion néces­si­tera au mini­mum une combi­nai­son de distan­cia­tion sociale de l’en­semble de la popu­la­tion, d’iso­le­ment à domi­cile des cas et de mise en quaran­taine des membres de leur famille. Cela peut devoir être complété par des ferme­tures d’écoles et d’uni­ver­si­tés, mais il faut recon­naître que ces ferme­tures peuvent avoir des impacts néga­tifs sur les systèmes de santé en raison de l’aug­men­ta­tion de l’ab­sen­téisme.
Le prin­ci­pal défi de la suppres­sion est que ce type de programme d’in­ter­ven­tion inten­sive – ou quelque chose d’équi­valent en effi­ca­cité pour réduire la trans­mis­sion – devra être main­tenu jusqu’à ce qu’un vaccin devienne dispo­nible (poten­tiel­le­ment 18 mois ou plus) – étant donné que nous prévoyons que la trans­mis­sion repren­dra rapi­de­ment une fois les contraintes relâ­chées.
Nous montrons que la distan­cia­tion sociale inter­mit­tente – déclen­chée selon les indi­ca­teurs de surveillance de la mala­die – peut permettre d’as­sou­plir tempo­rai­re­ment les inter­ven­tions dans des délais rela­ti­ve­ment courts, mais des mesures devront être réin­tro­duites si ou lorsque le nombre de cas rebon­dit. Enfin, si l’ex­pé­rience en Chine et main­te­nant en Corée du Sud montre qu’une suppres­sion est possible à court terme, il reste à voir si elle est possible à long terme et si les coûts sociaux et écono­miques des inter­ven­tions adop­tées jusqu’à présent peuvent être réduits.

Paul Mainwood, un membre du forum Quora commente le 18 mars :

Les plus récents travaux contre­disent les esti­ma­tions anté­rieures selon lesquelles une stra­té­gie d’at­té­nua­tion pour­rait fonc­tion­ner pour le Royaume-Uni. De nouveaux chiffres ont été reçus d’Italie sur l’ef­fi­ca­cité des diffé­rentes approches pour ralen­tir la mala­die, en parti­cu­lier sur le nombre très élevé de lits néces­saires en soin inten­sif. La stra­té­gie d’at­té­nua­tion est passée d’une stra­té­gie « risquée mais préfé­rable si cela fonc­tionne » à une qui est presque certaine de submer­ger le système de santé (NHS) de nombreuses fois.

Comparaison des stra­té­gies d’at­té­nua­tion : nombres de lits en service d’ur­gence rappor­tés à la popu­la­tion. Source : Imperial College UKA208

L’intervenant sur Quora continue :

Même la stra­té­gie d’atté­nua­tion la plus effi­cace ne s’ap­proche pas de la ligne rouge, ce dont on aurait besoin pour que le NHS puisse faire face.

Ainsi, l’at­té­nua­tion attein­dra approxi­ma­ti­ve­ment la situa­tion en Italie aujourd’­hui, étalée sur envi­ron trois mois. Et cela est main­te­nant reconnu comme inac­cep­table. Cela semble un appel assez tardif (mais soyons géné­reux et suppo­sons que les anciens chiffres semblaient beau­coup mieux, ce qu’ils auraient pu faire : de petites diffé­rences d’hy­po­thèses font une grande diffé­rence dans les résultats).

Donc, main­te­nant le Royaume-Uni passe à la stra­té­gie de suppres­sion. En voici les chiffres :

Scénarios de stra­té­gie de suppres­sion pour la Grande Bretagne montrant les besoins en lits de soins inten­sifs. La ligne noire montre l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie sans inter­ven­tion. En vert, une stra­té­gie de suppres­sion compre­nant la ferme­ture des écoles et des univer­si­tés, l’iso­le­ment des cas et la distan­cia­tion sociale à l’échelle de la popu­la­tion à partir de fin mars 2020. La ligne orange montre une stra­té­gie de confi­ne­ment compre­nant l’iso­le­ment des cas, la mise en quaran­taine des ménages et la distan­cia­tion sociale à l’échelle de la popu­la­tion. La ligne rouge repré­sente la capa­cité esti­mée de lits de soins inten­sifs en GB. L’ombrage bleu montre la période de 5 mois pendant laquelle ces inter­ven­tions sont suppo­sées rester en place. Le graphique (B) affiche les mêmes données que (A) mais en agran­dis­sant les niveaux infé­rieurs du graphique. Source : Imperial College UKA208

Le chan­ge­ment de stra­té­gie en Grande Bretagne a été motivé par l’ob­ser­va­tion de la situa­tion en Italie, où les statis­tiques d’hos­pi­ta­li­sa­tion et de décès étaient nette­ment plus élevées que l’avait laissé anti­ci­per l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie en Chine. Cette gravité était prin­ci­pa­le­ment due à l’âge et à l’état de santé de la popu­la­tion italienne. Or le profil de la popu­la­tion anglaise est à ces égards semblable à celui de l’Italie.

La nouvelle stra­té­gie anglaise semble­rait avoir prouvé son effi­ca­cité puisque l’Université de Cambridge et Public Health England annon­çaient, le 15 mai, que le facteur de repro­duc­tion R0 était descendu à 0.4 à Londres, contre 2.8 le 23 mars (début du confi­ne­ment) avec 200 000 nouveaux cas chaque jour. Le facteur R0 est très variable selon les régions et sa valeur est utili­sée pour ajus­ter les règles de confi­ne­ment. Sean Morrison ajoute (15 maiA122) :

Selon l’Unité de biosta­tis­tique du MRC de Cambridge, le taux « R » de la ville est le plus bas du pays, alors qu’elle avait été la plus affec­tée en termes d’hos­pi­ta­li­sa­tions liées au coronavirus.

La recherche a montré que pour 10 personnes infec­tées, elles sont suscep­tibles de le trans­mettre à quatre personnes.

Selon le rapport du Telegraph sur la même modé­li­sa­tion, le nombre de nouveaux cas dans la ville dimi­nue de moitié tous les 3,5 jours et moins de 24 trans­mis­sions auraient lieu quotidiennement.

Ce pronos­tic opti­miste est mis en doute par des experts quand il sert à justi­fier une déci­sion de reprise d’ac­ti­vité : on igno­rait si la fin du confi­ne­ment ne serait pas suivie d’une seconde vague de contaminations.

Deepti Gurdasani et Hisham Ziauddeen (30 avrilA143) ont fait le point dans The Lancet sur les biais qui conduisent les modèles mathé­ma­tiquesA226 à des propo­si­tions stra­té­giques erro­nées, prenant exemple sur celui de Joel Hellewell et collègues utilisé par le gouver­ne­ment britan­nique dans sa lutte contre la pandé­mie CoVID-19. Le 12 mars, les Anglais avaient pris la déci­sion de ne plus effec­tuer de tests systé­ma­tiques ni de traçage des contacts, arguant que leur modèle démon­trait l’in­ca­pa­cité de telles mesures à jugu­ler l’épi­dé­mie en moins de 12 semaines. Or, un para­mètre clé du modèle était le temps écoulé entre la première appa­ri­tion de symp­tômes et la mise en quaran­taine des personnes infec­tées. Deux durées moyennes avaient été étudiées : 3.83 et 8.09 jours, avec une distri­bu­tion empi­rique calcu­lée sur la première phase de l’épi­dé­mie à Wuhan. Toutefois, entre­temps des tests rapides (en drive-in) avaient été mis en place en Corée et à Singapour, ce qui rame­nait le délai à 1 jour et chan­geait tota­le­ment la prévi­sion : le contrôle de l’épi­dé­mie aurait alors 80% de chances de réus­sir. Les auteures concluent (30 avrilA143) :

Les trajec­toires épidé­miques en Corée du Sud, au Japon, à Taiwan et à Singapour ont été très diffé­rentes de celles de la plupart des pays euro­péens, avec beau­coup moins de décès. Bien que plusieurs aspects des popu­la­tions et des systèmes de ces pays aient pu contri­buer à ces diffé­rences, l’un des points communs clés est l’adop­tion précoce d’une approche axée sur les tests, l’iso­le­ment et la recherche des contacts dans les pays à trajec­toires plus lentes. En effet, bon nombre de ces pays n’ont pas mis en place de mesures de verrouillage à l’échelle natio­nale ou beau­coup plus tard, après que la courbe s’est apla­tie, indi­quant poten­tiel­le­ment l’im­pact des stra­té­gies basées sur la détec­tion des cas sur la trans­mis­sion. Ces stra­té­gies basées sur la détec­tion auraient pu permettre aux pays de contrô­ler la trans­mis­sion sans mesures strictes de confi­ne­ment et de ferme­ture d’écoles, évitant ainsi les pertur­ba­tions que cela implique. Au lieu de cela, ils ont pu appli­quer des restric­tions ciblées en réponse aux épidé­mies obser­vées (par exemple, les ferme­tures d’églises en Corée du Sud). À l’op­posé, de nombreux pays euro­péens ont dû impo­ser le confi­ne­ment beau­coup plus tôt dans la chro­no­lo­gie de leurs épidémies.

Thomas AJ Meunier a publié (en preprint le 1er maiA142) un article montrant que le degré de coer­cion des mesures de confi­ne­ment prises en Italie, France, Espagne et Royaume-Uni n’avait pas eu d’in­ci­dence visible sur l’évo­lu­tion de la pandémie :

En compa­rant la trajec­toire de l’épi­dé­mie avant et après le confi­ne­ment, nous ne trou­vons aucune preuve de discon­ti­nuité dans les taux de crois­sance, les temps de double­ment et les tendances des taux de repro­duc­tion. En extra­po­lant les tendances du taux de crois­sance avant le confi­ne­ment, nous four­nis­sons des esti­ma­tions du nombre de morts en l’ab­sence de toute poli­tique de confi­ne­ment et montrons que ces stra­té­gies n’ont peut-être pas sauvé de vie en Europe occi­den­tale. Nous montrons égale­ment que les pays voisins appli­quant des mesures de distan­cia­tion sociale moins restric­tives (par oppo­si­tion au confi­ne­ment à domi­cile par la police) connaissent une évolu­tion tempo­relle très simi­laire de l’épidémie.

Cet article est toute­fois criti­qué par un commen­ta­teur (Gruffmeister) pour la métho­do­lo­gie expo­sée (1er maiA142) :

Les données que vous analy­sez n’ap­puient pas vos conclu­sions. Le problème prin­ci­pal est que vous avez fait beau­coup trop d’hy­po­thèses dans votre analyse des données, ce qui vous a ensuite conduit à la conclu­sion que le confi­ne­ment complet n’avait aucun effet alors que vos données ne le justi­fiaient pas. La varia­bi­lité tempo­relle entre l’in­fec­tion et le décès n’a aucune inci­dence sur l’ef­fet du confi­ne­ment — il y a beau­coup trop de variables qui agissent comme facteurs contri­bu­tifs pour en faire une mesure valide.

En réalité, avant le confi­ne­ment dans les quatre pays que vous mention­nez, les taux d’in­fec­tion et de morta­lité évoluaient expo­nen­tiel­le­ment, et non selon un ajus­te­ment de régres­sion linéaire qui rend l’ex­tra­po­la­tion incorrecte.

En utili­sant un modèle correc­te­ment adapté, vos données expo­se­raient une augmen­ta­tion beau­coup plus agres­sive du nombre de cas avant les mesures de confinement.

La conclu­sion de Thomas Meunier est que la distan­cia­tion sociale pour­rait être aussi effi­cace, à elle seule, que le confinement.

Jean-Pierre Nordmann montre sur des graphiques que la poli­tique sani­taire la plus effi­cace serait celle d’un confi­ne­ment ciblé asso­cié à un large dépis­tage au-delà des seules personnes symp­to­ma­tiques (2 maiA138). La France est un des pays (avec le Royaume-Uni, l’Espagne, l’Italie et la Belgique) où le rapport du nombre de morts rapporté à la popu­la­tion était le plus élevé au même stade d’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie. Au 40e jour de l’épi­dé­mie, il était (avec 263/million) plus de deux fois celui de la Suède (119/million) et le quin­tuple de celui de l’Allemagne (43/million), pays qui n’ont pas imposé un confi­ne­ment strict mais renforcé la protec­tion des personnes fragiles et/ou procédé à un dépis­tage systé­ma­tique Le critère de l’âge de la popu­la­tion ne suffit pas à expli­quer de tels écarts (2 maiA138).

Ce point de vue rejoi­gnait, à la même époque (7 maiA130), celui de Michael Levitt, lauréat du prix Nobel de chimie et biophy­si­cien à l’université de Stanford. Son expli­ca­tion était que l’im­mu­nité de groupe avait pu jouer un rôle prédo­mi­nant, le virus SARS-CoV‑2 ayant été large­ment trans­porté et partagé par des patients asymp­to­ma­tiques. Ces points sont discu­tés plus bas dans la section Immunité.

Fin juin, la surve­nue de ce qui ressemble à une « deuxième vague » avec des clus­ters inquié­tants en Allemagne, Suède, Portugal… démontre une fois de plus le simplisme de la modé­li­sa­tion mathématique. 

Épidémiologie

Pour mieux connaître les outils des épidé­mio­lo­gistes, avec un rappel sur les épidé­mies émer­gentes récentes du SRAS, de l’hé­pa­tite C, du Zika, de l’Ebola etc., je recom­mande vive­ment l’écoute de la série Épidémiologie, problé­ma­tiques et enjeux au Collège de France (Arnaud Fontanet, octobre 2019A222).

Le risque de pandé­mie avait été annoncé par la commu­nauté scien­ti­fique depuis un quart de siècle, mais la classe poli­tique de tous bords n’ac­cor­dait aucune atten­tion à ces aver­tis­se­ments. Dans Le Canard enchaîné du 8 avril 2020 (page 3) Claude Angeli rappelle :

En septembre 2005, sous la prési­dence Obama, [25 experts de la CIA] avaient remis un rapport circons­tan­cié au National Intelligence Council, qui prévoyait notam­ment l’ar­ri­vée d’une pandé­mie, « une mala­die respi­ra­toire, viru­lente, extrê­me­ment conta­gieuse, [sans] trai­te­ment adéquat ». […]

Comme c’est l’usage, les services des pays alliés avaient reçu ce docu­ment, puis­qu’il ne conte­nait rien qui aurait pu nuire au président de la Grande Amérique.

Deux Livres blancs sur la défense et la sécu­rité natio­nale lanceurs de la même alerte sani­taire ont été publiés en France, en 2008 et 2013, puis en 2017 la Revue stra­té­gique de défense et de sécu­rité natio­nale décri­vait le « risque d’émer­gence d’un nouveau virus fran­chis­sant la barrière des espèces » (Angeli C, 2020). À noter que l’exis­tence de ces docu­ments peut servir à nour­rir une thèse complo­tiste selon laquelle le virus SARS-Cov‑2 aurait été « fabri­qué » par ???… Le même scéna­rio avait été imaginé pour la pandé­mie de choléra qui avait fait 19000 victimes à Paris en 1832N7.

L’ouvrage Pandémie, la grande menace de Jean-Philippe Derenne et François Bricaire (2005N8) décri­vait par le menu, lorsque la grippe H1N1 était à nos portes, les mesures à prendre pour proté­ger la popu­la­tion et dispo­ser d’in­fra­struc­tures suffi­santes pour le trai­te­ment des personnes grave­ment touchées.

Les scéna­rios inspi­rés des modèles prédic­tifs ne font pas l’una­ni­mité des spécia­listes. Selon certains viro­logues, les méca­nismes seraient plus complexes — et surtout trop aléa­toires pour four­nir des prédic­tions fiables. Une complexité qui suscite les raccour­cis, des approxi­ma­tions et la diffu­sion de fausses nouvelles.

En France, envi­ron 500 000 personnes sont touchées chaque année par des pneu­mo­niesN9 — pneu­mo­pa­thies infec­tieusesN10 d’ori­gine bacté­rienne ou virale — ayant causé plus de 13 000 morts en 2015 et 2016N11. Le SARS-CoV‑2 de l’épi­dé­mie CoVID-19 n’est qu’un parmi la ving­taine de virus en circu­la­tion ordi­nai­re­ment asso­ciés à ces pneu­mo­pa­thies (9 marsA211) dont jusqu’à 35% sont dues à des coro­na­vi­rus (27 marsN12). Au départ (janvier 2020), l’im­por­tance de l’épi­dé­mie CoVID-19 appa­rais­sait donc mineure du point de vue de l’épi­dé­mio­lo­gie, en dépit du tollé déclen­ché sur les réseaux sociaux par la présen­ta­tion abrupte des données statis­tiques. Cette distor­sion drama­tique du réel est compa­rable à celle que j’avais notée dans mon article Vivre bien et longtemps, compa­rant les 3500 décès annuels par acci­dent de la route, qui suscitent beau­coup d’émo­tion, aux 12 000 chutes mortelles de personnes âgées isolées dont on ne parle jamais alors qu’elles seraient évitables.

La suréva­lua­tion du taux de léta­lité de l’épi­dé­mie CoVID-19 pour­rait prove­nir d’une détec­tion insuf­fi­sante des cas et d’une prise en charge des malades à un stade trop avancé. Forte de son expé­rience de gestion de l’épi­dé­mie MERS-CoVN13 en 2015, la Corée du Sud affiche de bons résul­tats en mettant à dispo­si­tion le test de CoVID-19 au plus grand nombre plutôt que de décré­ter un confi­ne­ment géné­ralN14. Tous les porteurs du virus y sont isolés pour être surveillés médi­ca­le­ment dès le stade initial de la mala­die et pris en charge si nécessaire.

Il faut toute­fois lire avec prudence les articles qui mentionnent la Corée du Sud sans préci­ser leurs sources. Un diagramme circu­lait à mi-mars montrant que la tranche d’âge la plus atteinte dans ce pays serait 20 à 29 ans, contrai­re­ment à l’Italie et d’autres pays euro­péens où les victimes sont plutôt des personnes âgées. Le diagramme est proba­ble­ment exact mais cette compa­rai­son n’est pas perti­nente : sur son fil twit­ter (15 mars twit​ter​.com/​s​u​n​g​j​i​n​y​ang) Yang Sun-jin, éditeur du Korea Herald, expli­quait que 80% des cas en Corée du Sud proviennent de (jeunes) membres de l’Église Shincheonji de JésusN15 accu­sés d’avoir déli­bé­ré­ment trans­mis le virus (twit​ter​.com/​h​a​s​h​t​a​g​/​s​h​i​n​c​h​e​o​nji). Le 16 mars, les Sud-Coréens ont décou­vert de nouveaux foyers d’in­fec­tion, notam­ment à Seongnam au sud de Séoul où 40 personnes ont été touchées, toutes membres d’une église protes­tante qui ne respec­tait pas l’in­ter­dic­tion de tout rassem­ble­mentN16.

Professeur depuis 2015 aux dépar­te­ments de physique et de sciences de la vie à l’UNIST (Ulsan National Institute of Science & Technology, Corée du Sud), en déta­che­ment du CNRS, François Amblard a rédigé pour l’Académie des sciences un rapport sur la gestion de l’épi­dé­mie CoVID-19 en CoréeN17. Il décla­rait au Quotidien du méde­cin le 5 maiA134 :

On a entendu des âneries, y compris au plus haut de l’État fran­çais, sur la Corée du Sud. Il a été dit que les solu­tions qui ont été employées y ont fonc­tionné car ce pays n’était pas démo­cra­tique, et que les Coréens n’ont pas de problème avec le fait d’être traqués en perma­nence. Or, le débat démo­cra­tique ne s’est jamais arrêté : des élec­tions légis­la­tives se sont tenues le 15 avril.

Le fonde­ment cultu­rel et philo­so­phique coréen, c’est le respect de la connais­sance, du savoir, de la science et de la méde­cine qui tranche avec l’es­pèce de rela­ti­visme qu’on voit s’ins­tal­ler un peu partout. Ce respect n’est pour­tant pas étran­ger à nos valeurs en France. […]

Les Coréens ont adhéré massi­ve­ment à la poli­tique de dépis­tage parce qu’elle est très claire, présen­tée par des profes­sion­nels et non par des poli­tiques, et d’une façon adulte. À l’inverse, la commu­ni­ca­tion fran­çaise est présen­tée par des poli­tiques qui prennent la popu­la­tion de très haut, sans direc­tion fixe, et livrent une série de mensonges dont personne n’est dupe. Le problème de l’una­ni­mité en France est celui de la confiance.

Le problème des Français est aussi de croire que tout méde­cin est un (oracle) scientifique…

Il a été signalé très tôt que la léta­lité était suréva­luée dans les pays euro­péens, car rappor­tée au seul nombre des patients hospi­ta­li­sés et non des personnes iden­ti­fiées porteuses du virus SARS-Cov‑2. Une popu­la­tion dont 100% des membres ont béné­fi­cié du dépis­tage est celle du navire Diamond Princess. Parmi les 700 passa­gers infec­tés, il y a eu 7 décès, soit 1% de léta­lité. Toutefois c’était une popu­la­tion âgée avec vrai­sem­bla­ble­ment un nombre impor­tant de mala­dies méta­bo­liques. En ajus­tant cette statis­tique sur la pyra­mide des âges aux USA, compte tenu d’autres incer­ti­tudes, le taux moyen de léta­litéN18 serait plutôt entre 0.05% et 1%, soit infé­rieur à celui d’une grippe saison­nièreA207. Toutefois, JS Faust et C del Rio donnent 0.5% après ajus­te­ment, corres­pon­dant à 10 fois celui d’une grippe saison­nière (14 maiA125).

Dr John Lee soule­vait dans The Spectator quelques points spéci­fiques du Royaume-Uni (4 avrilA175) :

Si une personne meurt d’une infec­tion respi­ra­toire au Royaume-Uni, la cause spéci­fique de l’in­fec­tion n’est géné­ra­le­ment pas enre­gis­trée, à moins que la mala­die ne soit une « mala­die à décla­ra­tion obli­ga­toire » rare. Ainsi, la grande majo­rité des décès dus à des mala­dies respi­ra­toires au Royaume-Uni sont enre­gis­trés comme bron­cho­pneu­mo­nie, pneu­mo­nie, vieillesse ou une dési­gna­tion simi­laire. Nous ne faisons pas vrai­ment de tests pour la grippe ou d’autres infec­tions saison­nières. Si le patient a, par exemple, un cancer, une mala­die des neurones moteurs ou une autre mala­die grave, cela sera enre­gis­tré comme la cause du décès, même si la mala­die finale était une infec­tion respi­ra­toire. Cela signi­fie que les certi­fi­ca­tions britan­niques sous-enregistrent norma­le­ment les décès dus à des infec­tions respiratoires.

Examinons main­te­nant ce qui s’est passé depuis l’émer­gence de la Covid-19. La liste des mala­dies à décla­ra­tion obli­ga­toire a été mise à jour. Cette liste (…) a été modi­fiée pour inclure la Covid-19. Mais pas la grippe. Cela signi­fie que tout test posi­tif pour la Covid-19 doit être noti­fié, d’une manière qui ne l’est pas pour la grippe ou la plupart des autres infections.

Dans le climat actuel, toute personne ayant un test posi­tif pour la Covid-19 sera certai­ne­ment connue du person­nel soignant qui s’oc­cupe d’elle : si l’un de ces patients meurt, le person­nel devra inscrire la dési­gna­tion Covid-19 sur le certi­fi­cat de décès — contrai­re­ment à la pratique habi­tuelle pour la plupart des infec­tions de ce type. Il y a une grande diffé­rence entre le décès causé par la Covid-19 et le fait de trou­ver la Covid-19 chez une personne qui est morte d’autres causes.

Rendre la Covid-19 noti­fiable pour­rait donner l’im­pres­sion qu’elle cause un nombre crois­sant de décès, que cela soit vrai ou non. Il pour­rait sembler beau­coup plus meur­trier que la grippe, simple­ment en raison de la façon dont les décès sont enregistrés. […]

Cette façon inha­bi­tuelle de signa­ler les décès dus à la Covid-19 explique le constat évident que la plupart de ses victimes présentent des affec­tions sous-jacentes (et seraient norma­le­ment sensibles à d’autres virus saison­niers, qui ne sont prati­que­ment jamais enre­gis­trés comme une cause spéci­fique de décès).

Expert dans la détec­tion de biais métho­do­lo­giques en épidé­mio­lo­gie, John PA Ioannidis regret­tait à mi-mars qu’on navigue dans le brouillard à devoir prendre des déci­sions radi­cales en l’ab­sence de données fiables (17 marsA207) :

Le taux de léta­lité de Covid-19 pourrait-il être aussi bas ? Non, disent certains, souli­gnant le taux élevé chez les personnes âgées. Cependant, même certains coro­na­vi­rus dits « bénins » ou de type « rhume ordi­naire » connus depuis des décen­nies peuvent avoir des taux de léta­lité pouvant atteindre 8% lors­qu’ils infectent des personnes âgées dans des maisons de soins. En fait, de tels coro­na­vi­rus « bénins » infectent des dizaines de millions de personnes chaque année et repré­sentent 3 à 11% des personnes hospi­ta­li­sées chaque hiver aux États-Unis pour des infec­tions des voies respi­ra­toires infé­rieures.

Ces coro­na­vi­rus « bénins » peuvent être impli­qués dans plusieurs milliers de décès chaque année dans le monde, bien que la grande majo­rité d’entre eux ne soit pas docu­men­tée par des tests précis. Au lieu de cela, ils se perdent sous forme de bruit parmi les 60 millions de décès de causes diverses chaque année. […]

Dans une série d’au­top­sies qui ont signalé des virus respi­ra­toires chez 57 personnes âgées décé­dées au cours de la saison grip­pale 2016 à 2017, des virus grip­paux ont été détec­tés dans 18% des échan­tillons, tandis que d’autres types de virus respi­ra­toires ont été trou­vés dans 47%. Chez certaines personnes qui meurent de patho­gènes respi­ra­toires viraux, plus d’un virus est détecté lors de l’au­top­sie et les bacté­ries sont souvent en ajout. Un test posi­tif pour le coro­na­vi­rus ne signi­fie donc pas néces­sai­re­ment que ce virus est prin­ci­pa­le­ment respon­sable de la mort d’un patient.

Il ajou­tait le 19 marsA202 :

Le coût éven­tuel d’une telle pertur­ba­tion est notoi­re­ment diffi­cile à prévoir. Une cita­tion de 2,7 billions [millions de millions] de dollars […] est tota­le­ment spécu­la­tive. Cela dépend beau­coup de la durée de l’ano­ma­lie. L’économie et la société mondiales reçoivent déjà un coup dur d’une épidé­mie qui autre­ment (le 14 mars) repré­sente 0,01% des 60 millions de décès annuels dans le monde, toutes causes confon­dues, et qui tue presque exclu­si­ve­ment les personnes dont l’es­pé­rance de vie est rela­ti­ve­ment faible. […]

L’épidémie de coro­na­vi­rus de cette année est clai­re­ment sans précé­dent en termes d’at­ten­tion reçue. Les médias ont capi­ta­lisé sur la curio­sité, l’in­cer­ti­tude et l’hor­reur. Une requête Google sur « coro­na­vi­rus » a donné 3 550 000 000 résul­tats le 3 mars et 9 440 000 000 résul­tats le 14 mars. Inversement, la « grippe » a attiré 30 à 60 fois moins d’at­ten­tion, bien que cette saison elle ait jusqu’à présent causé envi­ron 100 fois plus de décès dans le monde que le coronavirus.

Ce point de vue mérite d’être actua­lisé car il a été émis à une période où le nombre de victimes était encore peu élevé en compa­rai­son avec les données des infec­tions saison­nières. Une théo­rie néga­tion­niste a vu le jour — et bat son plein dans les milieux ultra­con­ser­va­teurs des USA ou du Brésil — selon laquelle les statis­tiques seraient déli­bé­ré­ment falsi­fiées pour entre­te­nir une culture de la peurN19 justi­fiant des mesures liberticides.

Statistiques saision­nières de décès par grippe ou pneu­mo­nie aux USA. En rouge, l’an­née 2020.

Denis Minger a analysé et décons­truit les argu­ments utili­sés par les adeptes de cette croyance (2020A156). Un des argu­ments était qu’en mars 2020 les statis­tiques de décès par pneu­mo­nie ou grippe auraient chuté spec­ta­cu­lai­re­ment aux USA, lais­sant croire que ces malades avaient été (déli­bé­ré­ment ?) reclas­sés comme victimes de CoVID-19. Or cette appa­rente chute est due au fait que les certi­fi­cats de décès, pour les mala­dies pulmo­naires en parti­cu­lier, sont saisis à la main et peuvent mettre jusqu’à 8 semaines pour appa­raître dans les statis­tiques natio­nales. Le déca­lage entre les courbes de la 13e semaine et celles établies après le trai­te­ment complet des certi­fi­cats est remar­qua­ble­ment illus­tré sur une anima­tion (10 avrilA167) qui en affiche l’évo­lu­tion sur 10 ans :

The “recent drop” in U.S. pneu­mo­nia deaths is actually an always-present lag in repor­ting. Source : A167

Les taux de morta­lité par CoVID-19 sont au contraire proba­ble­ment sous-évalués (1er juilletA63). On peut consta­ter, en France, une explo­sion de la morta­lité globale en mars 2020 mesu­rée à mi-avril grâce aux statis­tiques de l’INSEE excep­tion­nel­le­ment mises à jour chaque semaine. Dans les dépar­te­ments les plus touchés, cette surmor­ta­lité était deux à trois fois supé­rieure au nombre offi­ciel de victimes de CoVID-19 (10 avrilA166). On peut donc s’at­tendre à ce que les nombres de victimes soient ajus­tés à la hausse une fois que toutes les décla­ra­tions auront été trans­mises. Des données de surmor­ta­lité dans plusieurs pays, montrant la même tendance, sont recen­sées sur la page Excess MortalityN20. Ce qui est dénoncé comme un « mensonge d’État » est donc simple­ment un déca­lage lié à la lenteur rela­tive de trans­mis­sion des données. Je ne prétends pas que ce soit toujours le cas, ni que la culture de la peur serait absente de la commu­ni­ca­tion gouver­ne­men­tale ; mais l’in­ter­pré­ta­tion des statis­tiques n’en four­nit pas (encore) la preuve…

Aux États-Unis, Jeremy Samuel Faust et Carlos del Rio ont remis en ques­tion, sur la base des données du Centre for Disease Control (CDC) début mai, la compa­rai­son des nombres de décès causés par la CoVID-19 et par la grippe saison­nière, qui font dire aux médias (et à certains poli­ti­ciens) que la CoVID-19 ne tuerait pas plus que la grippe, en contra­dic­tion avec le vécu du person­nel hospi­ta­lier. Ils expliquent (14 maiA125) :

La raison profonde de ces compa­rai­sons incor­rectes peut être un manque de connais­sances sur la façon dont les données sur la grippe saison­nière et la COVID-19 sont rendues publiques. Le CDC, comme de nombreux orga­nismes simi­laires de lutte contre les mala­dies dans le monde, présente la morbi­dité et la morta­lité liées à la grippe saison­nière non pas comme des chiffres bruts mais comme des esti­ma­tions calcu­lées sur la base des codes soumis de la Classification inter­na­tio­nale des mala­dies. Entre 2013–2014 et 2018–2019, les décès annuels esti­més dus à la grippe variaient de 23000 à 61000. Au cours de cette même période, cepen­dant, le nombre de décès dus à la grippe recen­sés se situait entre 3448 et 15620 par an. En moyenne, Les esti­ma­tions des décès attri­buables à la grippe par les CDC étaient près de 6 fois supé­rieures aux chiffres recen­sés. Inversement, les décès par COVID-19 sont actuel­le­ment comp­tés et signa­lés direc­te­ment, non esti­més. Par consé­quent, la compa­rai­son la plus valable consis­te­rait à compa­rer les dénom­bre­ments hebdo­ma­daires des décès dus à COVID-19 aux dénom­bre­ments hebdo­ma­daires des décès dus à la grippe saisonnière.

Les cher­cheurs ont donc comparé les décomptes des décès de CoVID-19 pendant la troi­sième semaine d’avril (15455) avec les données réelles pendant les semaines de pic d’épi­dé­mie grip­pale entre 2013 et 2019 (752 en moyenne). En tenant compte des incer­ti­tudes, ils ont estimé que (14 maiA125) :

[…] les décès par CoVID-19 étaient de 9.5 à 44 fois plus nombreux que ceux pendant les semaines de pic de grippe saison­nière aux USA ces 7 dernières années, avec une augmen­ta­tion moyenne de 20.5 fois. […] Nous dédui­sons de notre analyse que les esti­ma­tions annuelles du CDC suréva­luent consi­dé­ra­ble­ment le nombre réel de décès causés par la grippe, ou que le nombre actuel de décès recen­sés par COVID-19 sous-évalue consi­dé­ra­ble­ment le nombre réel de décès causés par le SARS-CoV‑2, ou les deux.

À l’in­verse de cette évalua­tion correc­tive, des décès par CoVID-19 ne sont pas comp­ta­bi­li­sés en raison des faux-négatifs dans les tests : chez un patient au stade inflam­ma­toire de la mala­die, la charge virale peut avoir forte­ment dimi­nué. D’autre part, des décès par la grippe ne sont pas pris en compte car il n’y a aucune obli­ga­tion de décla­ra­tion, contrai­re­ment à la CoVID-19 ; les épidé­mio­lo­gistes utilisent des facteurs de correc­tion tenant compte de la sous-déclaration. Nous l’avons vu, des décès ont pu être attri­bués par erreur à la CoVID-19.

En France, l’exa­men des statis­tiques hebdo­ma­daires de décès (source : INSEE) abou­tit au constat inverse de celui de Faust et del Rio : « La grippe 2020 [a été] plus meur­trière en France que le SARS-COV‑2, selon les cumuls hebdo­ma­daires de décès pendant les 2 périodes épidé­miques succes­sives » (F Pesty, 20 maiA116).

Une esti­ma­tion des taux de morta­lité et de léta­lité de la CoVID-19 serait préma­tu­rée. Mais Faust et del Rio (14 maiA125) déplorent que le gouver­ne­ment améri­cain ait mal inter­prété les données publiées pour remettre en route l’éco­no­mie en suppo­sant qu’on avait affaire à « juste une nouvelle grippe ». Ils suggèrent de « compa­rer des pommes avec des pommes et non des pommes avec des oranges ». Début juillet, les éditeurs du JAMA écrivent (1er juilletA60) :

Fin mai 2020, plus de 100 000 personnes aux États-Unis étaient décé­dées des suites d’une mala­die à coro­na­vi­rus 2019 (COVID-19) […]. Les repor­tages ont déploré ce nombre, le compa­rant à la capa­cité d’un grand stade de foot­ball ou d’une petite ville et notant sa simi­li­tude avec le nombre de soldats améri­cains tués pendant la Première Guerre mondiale ou dans les guerres coréenne et viet­na­mienne combinées […].

La mort semble être une mesure précise de l’évolution et des effets de la pandé­mie — le pire résul­tat, un résul­tat sans équi­voque. Cependant, le nombre de décès attri­bués à la COVID-19 dans les rapports offi­ciels est proba­ble­ment une sous-estimation des décès causés par le syndrome respi­ra­toire aigu sévère coro­na­vi­rus 2 (SARS-CoV‑2). De plus, la statis­tique n’in­clut pas les décès indi­rec­te­ment impu­tables au virus et les mesures utili­sées pour le contenir. […]

Comment est-il alors possible d’es­ti­mer le véri­table effet de cette pandé­mie en tenant compte de ces diffé­rents facteurs ? Une façon consiste à esti­mer les décès en excès (c.-à‑d. au delà de ce qui serait attendu). Dans ce numéro de JAMA, Woolf et ses collègues ont comparé le nombre de décès exces­sifs aux États-Unis entre le 1er mars 2020 et le 25 avril 2020 avec les 6 années précé­dentes [1er juilletA62]. Sur la base des données de 2014 à 2019, les auteurs s’at­ten­daient à 419 058 décès mais ont observé 505 059, soit un excès de 87 001 décès. Ils ont estimé que 65% étaient attri­buables à la COVID-19, lais­sant 35% des décès excé­den­taires inex­pli­qués. Certains de ces décès peuvent être dus à des inexac­ti­tudes dans les données (par exemple, des décès mal clas­sés, des rapports incom­plets) ou à l’absence de soins. Si le même schéma se pour­sui­vait jusqu’à la fin du mois de mai, il y aurait, comme indi­qué, 100 000 décès impu­tables au COVID-19, mais envi­ron 135 000 décès au total impu­tables à la pandé­mie. Woolf et al [1er juilletA62] four­nissent égale­ment des esti­ma­tions état par état des décès exces­sifs et un compte rendu plus détaillé des 5 États les plus touchés par COVID-19.

Comme nous le disait Michel Odent dans un sémi­naire : « L’épidémiologie c’est tout sauf l’his­toire de ma voisine ! » La compa­rai­son des taux de morta­litéN21 — et non de léta­litéN18 — de l’épi­dé­mie CoVID-19 et de la grippe saison­nière avait fait (pré)dire à des cher­cheurs, au début de l’an­née, qu’il s’agi­rait d’une « simple grip­pette »… La percep­tion de la morta­lité n’est pas la même selon les données statis­tiques et le vécu de décès inat­ten­dus parmi ses proches. Cette pandé­mie a été présen­tée comme terri­fiante en l’ab­sence de certi­tude sur les modes de trans­mis­sion, les moyens de protec­tion et de trai­te­ment des individus.

Dépister

Membre à cette époque du conseil scien­ti­fique fran­çais dédié au coro­na­vi­rus, le profes­seur Didier Raoult — voir portrait le 7 novembre 2020A24 — s’ex­pri­mait avec la même défiance des prédic­tions mathé­ma­tiques de morta­lité dans une vidéo le 17 mars 2020N22. Il regret­tait l’emballement face à un coro­na­vi­rus qu’il invi­tait depuis des semaines à détec­ter et à soigner (16 mars 2020N23) :

[À l’IHUN24] Nous avons sans doute fait plus de tests du coro­na­vi­rus que tous les autres labo­ra­toires fran­çais réunis, avec aussi bien des formes modé­rées que graves. Le PACA [Région Sud] est peut-être épar­gné avec un seul décès, mais ça prou­ve­rait que les géné­ra­li­sa­tions sont fausses. Les écosys­tèmes sont diffé­rents entre Paris intra-muros, Wuhan, la région PACA, et il y a le risque non mesu­rable car chao­tique des super-contaminateurs, diffi­ci­le­ment compré­hen­sibles. On sait tout de même main­te­nant mesu­rer les charges virales et on voit que des gens ont des quan­ti­tés de virus un million de fois plus impor­tantes que d’autres. Logiquement, cela peut jouer un rôle dans la conta­mi­na­tion, avec d’autres choses comme le comportement.

Reste qu’au­jourd’­hui la plupart de nos patients viennent pour des symp­tômes respi­ra­toires dus à la ving­taine d’autres virus qui circulent, ou parce qu’ils ont rencon­tré quel­qu’un qui avait le coro­na­vi­rus. Ils sont affo­lés et veulent savoir s’ils n’ont pas un truc qui va les tuer.

L’hétérogénéité de la popu­la­tion infec­tée en termes de charge virale — l’exis­tence de super-contaminateurs — mettait en défaut des modèles prédic­tifs comme le SIR (Susceptible, Infectious, RemovedN25) permet­tant d’an­ti­ci­per l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie à partir du simple facteur de repro­duc­tion R0, le nombre de personnes qu’un indi­vidu infecté peut conta­mi­ner. Laurent Hébert-Dufresne et ses collègues ont proposé, sur la base de données nouvelles, un modèle tenant compte de cette hété­ro­gé­néité : « Nous démon­trons que sans données sur l’hé­té­ro­gé­néité des infec­tions secon­daires pour les mala­dies infec­tieuses émer­gentes comme la CoVID-19, l’in­cer­ti­tude sur la taille des vagues de conta­mi­na­tion varie consi­dé­ra­ble­ment : dans le cas de la CoVID-19, de 10 à 70% des indi­vi­dus sensibles » (16 avrilA158). Les indi­vi­dus « sensibles » (“suscep­tible” en anglais) sont les indi­vi­dus sains en contact avec des personnes conta­gieuses (N25).

« Nul ne peut combattre un incen­die les yeux bandés » a déclaré, le 16 mars, le président de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), Tedros Adhanom Ghebreyesus qui préco­nise la stra­té­gie “Test and Treat”. Mais Jérôme Salomon, direc­teur géné­ral de la santé (DGS) en France, a balayé du coude cette décla­ra­tion en répon­dant, le 17 mars : « En circu­la­tion active, le test n’a pas beau­coup d’intérêt, aucun pays ne l’a fait. […] Ce qu’il faut, c’est rester chez soi, car on est tous poten­tiel­le­ment porteurs » (21 marsA199). Il parais­sait igno­rer que les Sud-Coréens prati­quaient 18 000 tests par jour…

Jérôme Salomon s’est heureu­se­ment contre­dit le 20 mars en décla­rant : « Le passage en phase 3 épidé­mique entraîne aussi un chan­ge­ment de doctrine concer­nant les tests. » Le profes­seur Jean-François Delfraissy, président du conseil scien­ti­fique fran­çais, a reconnu : « Si l’on n’a pas choisi cette stra­té­gie [de dépis­tage à large échelle] en France, c’est parce qu’on n’avait pas la capa­cité, dans un premier temps, de réali­ser des tests pour de très nombreuses personnes… » :

La doctrine offi­cielle, en France le 21 mars, est que le dépis­tage à grande échelle serait utilisé pour « sortir du confi­ne­ment toutes les personnes testées néga­tives ». On attend beau­coup de la décou­verte de tests plus rapides ou/et moins onéreux qui permet­traient d’im­plé­men­ter à grande échelle un dépis­tage systé­ma­tiqueA1.

Un test rapide (15mn) et peu coûteux avec une sensi­bi­lité de 70% a été homo­lo­gué en Belgique grâce aux travaux de l’équipe de Benoît Muylkens (24 marsA193). Quatre projets de l’Institut Pasteur sont entiè­re­ment dédiés à cet objec­tif. Parallèlement, l’entreprise de biotech­no­lo­gie NG Biotech (en Ille-et-Vilaine) a fina­lisé un test qui repose sur la détec­tion et la diffé­ren­cia­tion des anti­corps IgM et/ou IgG (immu­no­glo­bu­lines G) [N26]. En Suisse, le labo­ra­toire Roche a fourni un nouveau kit de dépis­tage (qui néces­site un équi­pe­ment spécia­lisé très coûteux) et en France BioMérieux a mis un nouveau test sur le marché. L’entreprise Novacyt, qui fabrique en France le nouveau test Primerdesign « conçu pour fonc­tion­ner sur de multiples plate­formes de tests molé­cu­laires couram­ment utili­sées dans le monde entier », n’a reçu des commandes massives que « de terri­toires asia­tiques en dehors de la Chine conti­nen­tale » et signé un accord avec un groupe de santé améri­cain (28 févrierA213).

Une équipe italienne a montré que le test rPT-PCR pouvait être réalisé avec la même fiabi­lité sur un échan­tillon sali­vaire, ce qui faci­lite consi­dé­ra­ble­ment la procé­dure (14 avrilA160).

Philippe Froguel, direc­teur du labo­ra­toire de recherche public du CHRU de Lille, s’est vu refu­ser de produire des tests de dépis­tage du Covid-19 (25 marsA191). Ce labo­ra­toire pratique régu­liè­re­ment des tests PCR, utili­sés notam­ment pour la grippe mais aussi pour dépis­ter la Covid-19. Réponse de l’administration : Il faut respec­ter les procé­dures, seul un biolo­giste médi­cal étant offi­ciel­le­ment habi­lité à lire les résul­tats, alors que le labo­ra­toire le fait depuis des années… Le problème, c’est qu’aujourd’hui, le CHRU de Lille et celui de Mulhouse sont, d’après Philippe Froguel, en rupture de stocks d’enzymes, et ne peuvent donc plus fabri­quer ces tests. « Si on nous avait auto­ri­sés, nous les gens de la recherche, j’aurais mon congé­la­teur plein d’enzymes, on aurait fait le proto­cole et on travaille­rait à fond pour le CHU aujourd’hui », regrette-t-ilA191.

Le 21 mars, 120 labo­ra­toires fran­çais étaient habi­li­tés à effec­tuer des tests, mais « face à la pénu­rie de gants, de lunettes et de masques, les biolo­gistes et infir­miers de ces labo­ra­toires ne [pouvaient] pas effec­tuer les prélè­ve­ments sans risquer d’être conta­mi­nés, puis de propa­ger le virus eux-mêmes »A199. L’autorisation leur avait été donnée trop tard pour qu’ils puissent prendre leurs dispo­si­tions à la hauteur de la demande. Lionel Barrand, président des jeunes biolo­gistes médi­caux, décla­rait : « Si l’État avait aidé tous les labo­ra­toires à obte­nir le maté­riel de protec­tion néces­saire aux prélè­ve­ments, on aurait pu avoir cinq, six fois plus de dépis­tages » (21 marsA199).

Ne pas oublier le scan­ner thora­cique qui détec­te­rait l’in­fec­tion avec une sensi­bi­lité de 98% à J+3 des symp­tômes — commen­taire anonyme sur Mediapart (21 marsA199)…

Le suivi des cas testés posi­tifs, même en l’ab­sence de symp­tômes, est d’au­tant plus perti­nent que lorsque les patients arrivent en réani­ma­tion leur charge virale a si forte­ment dimi­nué qu’un trai­te­ment anti­vi­ral ne serait d’au­cun bénéfice…

Soigner

Piste encou­ra­geante : le repo­si­tion­ne­ment de molé­cules anciennes utili­sées pour d’autres affec­tions. L’exploration de multiples combi­nai­sons prend du temps même pour des essais sur des cultures micro­biennes ou des animaux.

À l’Institut hospitalo-universitaire Méditerranée InfectionN24, l’ad­mi­nis­tra­tion à 24 sujets humains d’hydroxy­chlo­ro­quineN27 asso­ciée à de l’azithro­my­cineN28 avait donné des résul­tats assez convain­cants, selon les auteurs, pour être menée à plus grande échelle (PubMed le 11 mars 2020A210). Ce trai­te­ment permet­trait de réduire à zéro la charge virale en 6 jours au lieu de 20 jours sans trai­te­ment — autre­ment dit le nombre de jours pendant lesquels la personne infec­tée est conta­gieuse. Il pour­rait aussi éviter à la personne trai­tée de déve­lop­per des compli­ca­tions qui la condui­raient aux urgences. En période de crise, la lutte contre la conta­gion est prio­ri­taire car elle est le seul moyen de mettre fin à l’épidémie.

Un rapport sur cette étude préli­mi­naire (17 mars puis juilletA59) a été vive­ment criti­qué, d’abord sur un ton polé­mique puis à partir de remarques sur PubPeer(N29) faisant appa­raître, sans surprise, des failles métho­do­lo­giques (22 mars 2020A198). Hervé Maisonneuve a résumé les points d’ar­ti­cu­la­tion de la critique (23 avrilA147). Le 3 avril 2020, l’International Society of Antimicrobial Chemotherapy a publié un avis qui suscite chez Elsevier une enquête en vue de rétrac­tion (12 avrilA164) :

[Cette publi­ca­tion] ne répon­dait pas à la norme atten­due [de la société], notam­ment en raison de l’absence de meilleures expli­ca­tions des critères d’inclusion et du triage des patients pour garan­tir la sécu­rité des patients.

Le jour­na­liste “fact-checker” Florian Gouthière écrit — sans crainte du ridi­cule — sur son blog (22 marsA198) :

L’emballement média­tique autour de la chlo­ro­quine (…) peut (…) se comprendre par des méca­nismes hélas très clas­siques : présup­posé erroné selon lequel un cher­cheur parle néces­sai­re­ment au nom de la commu­nauté scien­ti­fique ; présup­posé erroné selon lequel un cher­cheur au passé pres­ti­gieux est forcé­ment toujours à la pointe de la recherche, respec­tueux des bases de la méthode scien­ti­fique, et insoup­çon­nable d’inconduite scien­ti­fique ; présup­posé erroné selon lequel un cher­cheur isolé qui crie victoire a de bonnes raisons de le faire, et ne saurait être victime de biais ou d’illusions.

La jour­na­liste Ella Roche commente (29 marsA182) :

Soyons directs. Vouloir apprendre à Didier Raoult la métho­do­lo­gie scien­ti­fique, c’est un peu comme si un joueur de baby­foot voulait apprendre son sport à Zidane. Il faut montrer une arro­gance, une préten­tion monstre pour se dire qu’une personne aussi quali­fiée dans son domaine ne connaisse pas la méthode.

Une critique de ce rapport d’ex­pé­rience clinique qu’il n’y avait pas lieu de présen­ter comme une étude clinique est appa­rue sur le site For Better Science (26 marsA189). Cet essai obser­va­tion­nel a suscité de nombreux commen­taires, entre autres un témoi­gnage cala­mi­teux (crédible) sur le climat de défiance et de compé­ti­tion qui règne­rait dans l’ins­ti­tu­tion, avec en exclu­si­vité le portrait de son direc­teur comme un « tyran sadique miso­gyne » (selon Leonid Schneider) !

Lu et évalué comme une publi­ca­tion scien­ti­fique, en temps ordi­naire ce rapport (17 marsA59) aurait dû rester au stade de work in progress. Des rapports de recherche circulent en interne dans toutes les insti­tu­tions et ont toujours été parta­gés avec d’autres labo­ra­toires. La confu­sion des genres vient de ce que cette circu­la­tion est deve­nue publique, et média­ti­sée par les auteurs convain­cus que la situa­tion « de guerre » impo­sait une démarche prag­ma­tique — un « brico­lage » “quick and dirty”. La conclu­sion de leur essai est que la chlo­ro­quine serait une molé­cule promet­teuse pour dimi­nuer la charge virale de patients du CoVID-19.

Pourcentage de patients avec des échan­tillons naso­pha­ryn­gés posi­tifs pour la PCR depuis leur inclu­sion jusqu’au 6e jour après inclu­sion chez les patients COVID-19 trai­tés avec l’hy­droxy­chlo­ro­quine unique­ment, chez les patients COVID-19 trai­tés avec l’hy­droxy­chlo­ro­quine et l’azi­tho­my­cine en asso­cia­tion et chez les patients témoins de COVID-19. Source : A59

Un deuxième rapport de la même équipe a été publiée le 27 marsA185. Il portait sur 80 patients de 18 à 88 ans hospi­ta­li­sés en moyenne cinq jours après l’ap­pa­ri­tion des symp­tômes. Les critères d’éva­lua­tion prin­ci­paux étaient i) une évolu­tion clinique agres­sive néces­si­tant une oxygé­no­thé­ra­pie ou un trans­fert à l’unité de soins inten­sifs après au moins trois jours de trai­te­ment, ii) la conta­gio­sité telle qu’é­va­luée par PCR et culture de cellules, et iii) la durée du séjour en salle de soins des mala­dies infec­tieuses. Le trai­te­ment a duré moins de dix jours. Un patient a été exclus de l’étude au motif d’une incom­pa­ti­bi­lité avec un autre médi­ca­ment qu’il rece­vait. Résultat cliniqueA185 :

La majo­rité (65/80, 81.3%) des patients ont eu un résul­tat favo­rable et sont sortis de notre unité au moment de la rédac­tion avec de faibles scores NEWS (61/65, 93.8%). Seulement 15% ont néces­sité une oxygé­no­thé­ra­pie. Trois patients ont été trans­fé­rés aux soins inten­sifs, dont deux se sont amélio­rés et ont ensuite été renvoyés au service des mala­dies infec­tieuses. Un patient de 74 ans était toujours aux soins inten­sifs au moment de la rédac­tion du présent rapport. Enfin, un patient de 86 ans qui n’a pas été trans­féré aux soins inten­sifs est décédé dans le service des mala­dies infectieuses. […]

Le nombre de patients présu­mé­ment conta­gieux (PCR C < 34) a dimi­nué régu­liè­re­ment et atteint zéro le 12e jour. […] Les cultures de virus de prélè­ve­ments respi­ra­toires étaient néga­tives pour 97.5% des patients le 5e jour.

Sachant que les patients admis en réani­ma­tion ont déjà forte­ment réduit leur charge virale, la chlo­ro­quine serait, selon les auteurs, de peu d’ef­fi­ca­cité au stade critique de la mala­die. L’IHU recom­mande donc son utili­sa­tion dès que le test CoVID-19 est posi­tif, sans attendre l’ap­pa­ri­tion de symp­tômes (27 marsA185) :

L’objectif théra­peu­tique prin­ci­pal est donc de trai­ter les personnes atteintes d’in­fec­tions modé­rées ou sévères à un stade suffi­sam­ment précoce pour éviter une progres­sion vers une affec­tion grave et irréversible. […]

Le deuxième défi est la propa­ga­tion rapide de la mala­die dans la popu­la­tion par des indi­vi­dus conta­gieux. L’élimination du trans­port viral dans le réser­voir humain du virus a récem­ment été recon­nue comme une prio­rité. À cette fin, la néga­ti­va­tion rapide des cultures de prélè­ve­ments respi­ra­toires de patients sous trai­te­ment par hydroxy­chlo­ro­quine plus azithro­my­cine montre l’efficacité de cette association.

La réus­site du trai­te­ment est donc impé­ra­ti­ve­ment liée à une pratique de dépis­tage à grande échelle. Mais ce message a été inter­prété à contre­sens. En France, le Haut Conseil de santé publique a décidé le 23 mars que la chlo­ro­quine pour­rait être admi­nis­trée aux malades souf­frant de « formes graves » du Covid-19, mais ne devait pas être utili­sée pour des formes « moins sévères ». Un profes­seur de micro­bio­lo­gie de la région Rhône-Alpes commente (anony­me­ment) cette déci­sion (26 marsN30) :

[…] nous avons tous constaté que pour les patients qui présentent des forme graves et qui finissent en réani­ma­tion il n’y a plus grand chose à faire que de la réani­ma­tion. La mala­die évolue pour son propre compte, le virus n’est souvent même plus détec­table. Et donc on se doute déjà du résul­tat de l’éva­lua­tion du trai­te­ment Hydroxychloroquine – Azithromycine dans ces formes-là qui sera proba­ble­ment la seule évalua­tion qui sera faite dans l’es­sai offi­ciel : pas ou peu de bénéfice.

Ce que Méditerranée-Infection dit est diffé­rent : dépis­ter tôt pour trai­ter tôt afin d’évi­ter cette évolu­tion vers les formes sévères. Oups, j’avais oublié qu’on n’avait pas les moyens en France du dépis­tage de masse… d’où la posi­tion peut-être pas si inno­cente de notre gouvernement.

Et puis le coût. Traitement complet Remdésivir [N31] 900‑1000 dollars (c’est sur le site de Gilead) versus Hydroxychloroquine-Azithromycine 15 euros…

Le Dr Gérard Maudrux écri­vait sur son blog (23 marsA196) :

Ils conti­nuent de faire le contraire de ce qu’on devrait faire. Je doute forte­ment que le Plaquenil agisse sur les poumons des patients hospi­ta­li­sés (l’Azithromycine si). La première indi­ca­tion du Plaquenil, c’est au début de la mala­die, en dimi­nuant la charge virale, il dimi­nue la conta­gio­sité et peut éviter l’aggravation et le passage à l’hôpital. Il est proba­ble­ment plus utile pour éviter l’hospitalisation, que pour les cas déjà sévères. LE PREMIER PRESCRIPTEUR DOIT ÊTRE LE MEDECIN TRAITANT, pas l’hôpital, même s’il peut en utili­ser aussi.

Le gouver­ne­ment envoie les méde­cins de ville en première ligne, sans protec­tion, mais ne leur fait toujours pas confiance, lui seul sait comment faire, pas les ploucs de la ville (et de la campagne). Ils ne doivent plus pres­crire ce trai­te­ment, alors qu’ils devraient le PRESCRIRE en premier, DÈS LES PREMIERS SYMPTÔMES, pour éviter l’hospitalisation.

Répété en boucle par les auto­ri­tés sani­taires en France, le discours sur l’inef­fi­ca­cité et la dange­ro­sité du « mélange de n’im­porte quoi » (chlo­ro­quine + anti­bio­tique) est tragi­co­mique pour qui se souvient que la Direction géné­rale de la santé avait recom­mandé, dans la foulée de l’OMS et de L’Agence euro­péenne du médi­ca­ment (EMA), la pres­crip­tion systé­ma­tique de TamifluN32 pour lutter contre la grippe porcine en 2009… Ceci en l’ab­sence de preuve de son effi­ca­cité et malgré les décès suspects de patients trai­tés par cet anti­vi­ral (2009A227). Le scan­dale avait éclaté après que le British Medical Journal eût exigé du labo­ra­toire Roche qu’il publie ses donnéesN33.

Sauf ses détrac­teurs et Donald Trump, personne n’a dési­gné l’hy­droxy­chlo­ro­quine comme un « remède miracle ». De nombreux hôpi­taux ont adopté le proto­cole de l’IHU (22 marsA197) et il a été implé­menté dans de nombreux pays afri­cains qui ont aussi mis en route des essais cliniques (30 marsA181).

Aux USA, le Dr Zev Zelenko affir­mait avoir traité avec succès plus de 500 patients à risques en ajou­tant au cock­tail du sulfate de zinc (26 marsA186 ; confirmé à 1450 le 21 avrilA150) mais la réalité de cette infor­ma­tion est vive­ment contes­tée (29 octobreA26). D’autres méde­cins ajoutent 1000 mg quoti­diens de vita­mine C. Le zinc a aussi été utilisé à l’IHU de Marseille (25 maiA107) et son effi­ca­cité en complé­ment de l’hy­droxy­chlo­ro­quine a été évaluée dans une étude rétros­pec­tive par Carlucci P et al. (8 marsA212).

Des études cliniques

Le soin à l’hy­droxy­chlo­ro­quine a été inclus comme un bras de l’es­sai clinique euro­péen DiscoveryN34·N35 démarré le 22 mars et coor­donné par l’INSERM et connecté au programme inter­na­tio­nal Solidarity Trial (18 marsA203). Cet essai n’est pas contre placebo puisque 5 moda­li­tés de trai­te­ment sont comparées :

  1. soins stan­dards
  2. soins stan­dards plus remdesivir
  3. soins stan­dards plus lopi­na­vir et ritonavir
  4. soins stan­dards plus lopi­na­vir, rito­na­vir et inter­fé­ron beta
  5. soins stan­dards plus hydroxychloroquine
Source : N36

Dans le cinquième groupe, le proto­cole de l’IHU de Marseille a été amputé de la pres­crip­tion de l’an­ti­bio­tique azithro­my­cineN28 dont les études préli­mi­naires avaient montré la néces­sité en complé­ment de l’hy­droxy­chlo­ro­quine. D’autre part, l’es­sai Discovery est ouvert, autre­ment dit pas en double aveugle : aussi bien les patients que leurs soignants seront infor­més du groupe auquel ils ont été assi­gnés par tirage au sort.

Le double-aveugle est primor­dial pour la crédi­bi­lité d’un essai. […]

Connaître le produit admi­nis­tré permet aussi toutes les fraudes possibles, biais d’éva­lua­tion [et de suivi, de complai­sance…] et biais d’at­tri­tion en parti­cu­lier. Il est impé­ra­tif que toutes les personnes impli­quées dans l’éva­lua­tion soient « en aveugle ». Ces personnes sont les patients et les méde­cins inves­ti­ga­teurs de l’étude mais aussi tous les comi­tés de surveillance ou d’éva­lua­tion, les statisticiens… […]

Si les patients au plus mauvais pronos­tic sont exclus d’un des deux groupes compa­rés [biais d’at­tri­tion], cela favo­ri­sera l’autre groupe. […] Ce biais est un des meilleurs moyens de faus­ser un essai.

Dr Alexis Clapin (2018N36 pages 14 et 120)

Le Pr Christian Perronne, chef du service d’infectiologie à l’hôpital univer­si­taire de Garches, décla­rait à propos de l’es­sai Discovery (29 marsA183) :

J’ai refusé d’y parti­ci­per car cette étude prévoit un groupe de patients sévè­re­ment atteints [N34] qui ne seront trai­tés que symp­to­ma­ti­que­ment et servi­ront de témoins-contrôles face à quatre autres groupes qui rece­vront des anti­vi­raux. Ce n’est pas éthi­que­ment accep­table à mes yeux. On pouvait parfai­te­ment, dans la situa­tion où nous sommes, évaluer ces trai­te­ments en appli­quant un proto­cole diffé­rent. De surcroît, le groupe hydroxy­chlo­ro­quine (qui a été ajouté à cette étude à la dernière minute) devrait être remplacé par un groupe hydroxy­chlo­ro­quine plus azithro­my­cine, trai­te­ment de réfé­rence actuel selon les données les plus récentes. […]

Mais il n’y aura rien à espé­rer de cette étude concer­nant l’hydroxychloroquine qui est admi­nis­trée trop tard. Le proto­cole indique que le produit peut être donné seule­ment si la satu­ra­tion en oxygène des patients est infé­rieure à 95% , c’est à dire à des malades justi­ciables d’un apport massif en oxygène ou qui doivent être mis sous venti­la­tion arti­fi­cielle. Ce n’est pas la bonne indication.

Louise Ballongue signale, le 13 maiA127, que les cher­cheurs de DiscoveryN35 n’avaient pu recru­ter que 740 patients sur les 3200 atten­dus. Or il aurait fallu, pour atteindre un résul­tat signi­fi­ca­tif, 600 sujets par trai­te­ment testé. Elle ajoute :

Ce nombre trop faible de patients peut s’ex­pli­quer en partie par le fait que l’hy­droxy­chlo­ro­quine a été ajou­tée au dernier moment au programme euro­péen. En effet, comme le raconte le média, la popu­la­rité de cette molé­cule pour­rait avoir un effet contre-productif sur l’avan­cée de la recherche.

Les cher­cheurs peinent à atti­rer de nouveaux parti­ci­pants puisque les patients qui acceptent d’être des cobayes s’ex­posent au risque de rece­voir des soins stan­dards (placebo), et non la molé­cule. Au vu de la répu­ta­tion de l’hy­droxy­chlo­ro­quine, les malades ne sont donc pas « prêts » à rece­voir un simple placebo.

Autre décep­tion, cette fois-ci au niveau euro­péen : l’es­sai, qui devait être lancé dans 7 pays, n’a fina­le­ment pas atteint ses promesses : un seul patient seule­ment a été inclus hors de France, au Luxembourg, a reconnu l’in­fec­tio­logue Florence Ader, qui pilote l’étude.

Pour ce qui concerne l’Italie, Perronne ajoute (29 marsA183) :

En Italie, qui nous précède de seule­ment huit jours et ou la situa­tion devient presque incon­trô­lable, une course de vitesse contre le Covid-19 vient d’être enclen­chée avec pour arme clé l’hydroxychloroquine (Plaquenil®, forme la mieux tolé­rée de la chlo­ro­quine). Tout parti­cu­liè­re­ment dans le Lazio, région très touchée, où elle est désor­mais large­ment pres­crite aux patients ayant des signes débu­tants, avec d’ores et déjà des résul­tats très encou­ra­geants en termes de protec­tion des sujets trai­tés. Dans le jour­nal « Corriere della Sera » le Dr Pierluigi Bartoletti, vice président de la Fédération Italienne des méde­cins géné­ra­listes, explique que toute personne isolée, Covid-19 posi­tive avec des signes débu­tants (toux, fièvre par exemple), est aujourd’hui trai­tée par l’antipaludique. Le produit est remboursé par l’assurance mala­die italienne. Il peut être obtenu faci­le­ment sur pres­crip­tion d’un méde­cin (géné­ra­liste notam­ment), dans les phar­ma­cies hospi­ta­lières, qui trans­mettent toutes les données rela­tives au patient à l’Agence italienne du médi­ca­ment (AIFA).

Les effets indé­si­rables de la chlo­ro­quine étant connus, la surveillance de l’ap­pa­ri­tion de cardio­myo­pa­thie du fait de son asso­cia­tion avec l’azi­thro­my­cine, le dosage du potas­sium et l’ob­ser­va­tion d’autres signaux d’alerte font partie du suivi à l’IHU. D’autres effets indé­si­rables — opaci­fi­ca­tion de la cornée réver­sible à l’arrêt du trai­te­ment, baisse de l’acuité visuelle, réti­no­pa­thie — corres­pondent à un usage à forte dose de longue durée. C’est pour­quoi aucun méde­cin ne préco­nise l’ad­mi­nis­tra­tion de chlo­ro­quine à usage préven­tif, et la mise en garde contre l’au­to­mé­di­ca­tion fait l’una­ni­mité. En janvier 2020, la chlo­ro­quine a d’ailleurs été clas­sée comme « substance véné­neuse », terme archaïque qui signi­fie qu’elle ne peut plus être déli­vrée que sous ordon­nance, déci­sion inter­pré­tée de manière abusive par des théo­ri­ciens du complot…

Certains commen­ta­teurs font mine de ne pas connaître la tempo­ra­lité d’un essai rando­misé contrôlé multi­site suivi de publi­ca­tion dans un jour­nal scien­ti­fique à comité de lecture… Comme si les pompiers atten­daient, pour aller éteindre un incen­die, que leur échelle ait été « vali­dée » par le Laboratoire natio­nal d’essais !

Aucun des zété­ti­ciens en culottes courtes qui se sont achar­nés sur la médiocre descrip­tion de l’es­sai préli­mi­naire ne s’est inté­ressé à la publi­ca­tion scien­ti­fique sur ce sujet (11 mars 2020A210) ni aux articles anté­rieurs des scien­ti­fiques chinois (4 févrierA220 ; 19 févrierA219). Après les tests in vitro, des essais cliniques ont été lancés dans 10 hôpi­taux de Wuhan, Jingzhou, Guangzhou, Beijing, Shanghai, Chongqing et Ningbo. Le trai­te­ment de plus de 100 patients a déjà montré une supé­rio­rité signi­fi­ca­tive sur le groupe de contrôle (19 févrierA219). Une autre étude rando­mi­sée sur 62 patients à Wuhan affi­chait un net avan­tage du trai­te­ment à l’hy­droxy­chlo­ro­quine au niveau du temps de récu­pé­ra­tion clinique et de la guéri­son de la pneu­mo­nie (30 marsA180) ; les 4 patients dont l’état s’est aggravé appar­te­naient tous au groupe de contrôle. La mauvaise qualité du compte-rendu laisse toute­fois ouverte la possi­bi­lité de biais méthodologiques.

Une étude menée à Shanghai sur 30 patients (26 févrierA215) n’avait par contre pas donné de résul­tat signi­fi­ca­tif, ni dans un sens ni dans l’autre. La meute anti-chloroquine s’est ruée sur ce résul­tat… Ses auteurs ont exigé la mise en chan­tier d’es­sais cliniques rando­mi­sés à grande échelle (24 févrierA217). D’autres scien­ti­fiques se sont joints à cet appel, tout en rappe­lant que l’hy­droxy­chlo­ro­quine compor­tait moins d’ef­fets secon­daires que la simple chlo­ro­quine, notam­ment au niveau de la toxi­cité oculaire (17 marsA206) et pour son usage par des femmes enceintes (20 marsA201).

Le profes­seur Jun Chen, qui diri­geait l’étude de Shanghai, aurait déclaré à un jour­na­liste de Les​-Crises​.fr (26 marsA188) :

Nous n’avons observé aucune tendance béné­fique de l’hy­droxy­chlo­ro­quine dans le trai­te­ment du Covid-19. Mais cela ne signi­fie pas non plus que cela aggra­ve­rait la mala­die. Notre étude était limi­tée par sa petite taille d’échantillon. Mais nous pouvons consta­ter dans cet essai que l’hydroxychloroquine n’est pas un médi­ca­ment « magique » – dans l’hypothèse où elle aurait bien un effet antiviral. 

Je sais qu’il y a des ECR [Etudes Comparatives Randomisées = essais cliniques de qualité] en cours sur l’hydroxychloroquine. Mais je ne connais aucun résul­tat posi­tif de ces études par commu­ni­ca­tion personnelle.

Son problème est qu’elle a parfois un effet néfaste, aggra­vant des mala­dies virales telles que le Sida ou le Chikungunya.

Par consé­quent, je recom­mande forte­ment d’at­tendre que les essais cliniques soient effec­tués avant d’uti­li­ser cette substance comme prophy­laxie ou comme médi­ca­ment thérapeutique

Le proto­cole de Chen et al. (26 févrierA215) était diffé­rent de celui suivi par l’IHU de Marseille : 400 mg/jour au lieu de 600 d’hy­droxy­chlo­ro­quine, et sans azithro­my­cine dont nous avons vu qu’elle pouvait amélio­rer sensi­ble­ment le résul­tat. Mais surtout, le groupe témoin était traité par des anti­vi­raux. La compa­rai­son portait donc en réalité sur les effets de l’hy­droxy­chlo­ro­quine et d’un anti­vi­ral — et non un placebo. Sachant que presque tous les patients des deux groupes ont vu dispa­raître leur charge virale en 4 jours au lieu de 8 jours en moyenne chez un patient non-traité, on ne peut conclure qu’à l’éga­lité des deux trai­te­ments : l’hy­droxy­chlo­ro­quine n’était pas meilleure que l’an­ti­vi­ral du groupe témoin, ce qui ne veut pas dire qu’elle serait inef­fi­cace comme la presse fran­çaise s’est plu à le répé­ter. Des publi­ca­tions comme le Journal International de Médecine ont titré : « Hydroxychloroquine et Covid-19 : un essai rando­misé chinois néga­tif » (le 26 mars). Les expé­riences de Marseille et de Shanghai n’ont rien de comparable.

En période d’épi­dé­mie et d’ur­gence sani­taire, les contro­verses sont entre­te­nues par le fait que plus de 2000 articles ont été parta­gés sur ce sujet en prépu­bli­ca­tion (preprint) depuis le début de l’an­née. La plupart ne seront jamais publiés, ou forte­ment amen­dés. Leur statut est compa­rable à ce qu’au­tre­fois nous appe­lions des « notes internes » dans les labos du CNRS, sauf que leur diffu­sion en libre accès sur Internet situe le débat sur la place publique. Il est donc à la portée de commen­ta­teurs qui, pour beau­coup, n’ont ni les compé­tences ni la neutra­lité exigées par une lecture critique. La démarche d’Open Science qui s’im­pose avec le partage en prépu­bli­ca­tion n’est pas encore inté­grée à la culture de nombreux cher­cheurs scien­ti­fiques qui s’ac­crochent à « l’an­cienne école »….

Encore moins celle de jour­na­listes et vulga­ri­sa­teurs ! La scène média­tique fran­çaise offre un pitoyable spec­tacle avec la mise en scène de preux cheva­liers de la Science bien­veillante face aux égare­ments présu­més de Didier Raoult et de ses complices… J’ai assisté au débal­lage d’élé­ments de langage sur la chaîne C8 (maga­zine Balance ton post) le 31 mars. Le profes­seur Christian Perronne, qui était invité, rappelle les querelles d’égo en arrière-plan de la préten­due contro­verse (2 avrilA176) :

[…] cela me désole de voir l’am­pleur qu’a pris, en France, l’es­prit des statis­tiques sur le véri­table esprit de la méde­cine. Il consiste à lais­ser penser que la méde­cine ne procède que de chiffres, de tirages au sort, d’équa­tions… Cela est effi­cient lors­qu’on peut procé­der sur le long terme, mais devient tota­le­ment inopé­rant dans certains secteurs de la méde­cine, comme celui des mala­dies rares. Il est conster­nant de consta­ter que dans la méde­cine actuelle la démarche empi­rique puisse être mépri­sée, sous prétexte qu’on n’ait pas recouru à des tests en rando­mi­sa­tion avec tirage au sort.

Il lui est répondu qu’à l’époque de Molière les char­la­tans de la méde­cine obéis­saient à une démarche empi­rique ! Argument qui me rappelle celui des incon­di­tion­nels de l’in­dus­trie nucléaire : renon­cer aux centrales nous ferait reve­nir à l’époque de la bougie

Selon ceux qui se drapent dans leur exper­tise — toujours sur la chaîne C8 — l’étude chinoise qui avait montré l’avan­tage du trai­te­ment à l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur 62 patients dans un tirage rando­misé avec groupe de contrôle (30 marsA180) n’au­rait « rien de scien­ti­fique ». Par contre, l’ex­pé­rience de Shanghai sur 30 patients (26 févrierA215) qui n’avait abouti à un résul­tat signi­fi­ca­tif dans un sens ni dans l’autre, serait la preuve que l’hy­droxy­chlo­ro­quine est inef­fi­cace. Ils concluent que le débat devrait être défi­ni­ti­ve­ment tran­ché par l’es­sai clinique euro­péen DiscoveryN34 — dont nous avons vu les biais — bien qu’il soit en totale inadé­qua­tion avec le proto­cole de l’IHU. Interpellé sur cette inadé­qua­tion, le chirur­gien Laurent AlexandreN37 s’est écrié qu’il y aurait « bien d’autres études dans les mois et années à venir »… Combien de morts en attendant ?

La ques­tion maintes fois posée d’une possible pénu­rie d’hy­droxy­chlo­ro­quine au cas où les auto­ri­tés sani­taires — suivant l’exemple italien — déci­de­raient d’en géné­ra­li­ser l’usage, n’a pas reçu de réponse dans cette émis­sion du 2 avril. Le seul fabri­cant de chlo­ro­quine, en France, est l’en­tre­prise Famar située dans le dépar­te­ment du Rhône, en redres­se­ment judi­ciaire depuis juin 2019 (25 marsA192). L’usine a produit en janvier son dernier lot : 180 000 boîtes livrées à Sanofi. Il s’agis­sait toute­fois de chlo­ro­quine (Nivaquine) et non de l’hydroxy­chlo­ro­quine (Plaquenil)N27 utili­sée pour la CoVID-19. « [Sanofi] s’est dit prêt à offrir des millions de doses d’un médi­ca­ment, le Plaquenil, après des essais cliniques jugés “promet­teurs” auprès de quelques patients atteints du coro­na­vi­rus. Encore faut-il que ses essais soient confir­més, prévient Sanofi s’ali­gnant ainsi sur les décla­ra­tions du minis­tère de la Santé » (18 marsA204). Interprétation des twit­teurs enra­gés : « Didier Raoult est rému­néré par Sanofi ! »

Sur le Journal International de Médecine (26 marsA190) un méde­cin commente :

La mala­die déclen­chée par le virus évolue en 2 phases, une phase virale, puis une phase immu­no­lo­gique, réac­tion­nelle, pendant laquelle le virus n’est souvent plus détec­table. Si l’hy­droxy­chlo­ro­quine a une action anti-virale, c’est dans cette première phase qu’il faut la tester, et non dans la 2e, pendant laquelle il est plutôt conseillé des produits à tropisme anti-inflammatoire, comme le toci­li­zu­mab dont les premiers résul­tats sont encourageants.

Malheureusement, l’es­sai euro­péen en cours [N34] veut tester l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur les formes graves, ce qui n’est a priori pas l’in­di­ca­tion. Tant qu’il ne sera pas testé dans les formes débu­tantes, le débat ne sera pas clos, ce qui est dommage car son utili­sa­tion précoce, idéa­le­ment avec le Zythromax qui justi­fie bien sûr de tester tous les patients suspects (comme le demande l’OMS) pour­rait permettre, si ce trai­te­ment est effi­cace dans cette phase, de dimi­nuer la charge virale globale de la popu­la­tion, de dimi­nuer ainsi la conta­gio­sité, et les formes graves, ce qui libé­re­rait des lits d’urgences… 

L’exclusion de patients qui a priori seraient de bons répon­deurs du trai­te­ment est un biais d’enri­chis­se­ment prédic­tif (Clapin A, 2018N36 page 128). Une biolo­giste ajoute (26 marsA190) : « En seconde phase, il s’agi­rait plutôt de régu­ler la réponse immu­ni­taire qui appa­rait inadap­tée dans les cas les plus graves. »

Un commen­ta­teur répon­dant au pseu­do­nyme ‘Nmr’ écrit (2 avrilA176) :

Administrer l’hydroxychloroquine à l’hôpital n’a pas d’intérêt sauf si le malade est pris en charge suffi­sam­ment tôt dans le proces­sus d’évolution de la mala­die. Mais il est clair que dans tous les cas, à l’hôpital, il est pris en charge envi­ron 10 jours après les premiers symp­tômes et donc en cari­ca­tu­rant à peine, on peut quasi­ment dire que dans le mode de fonc­tion­ne­ment actuel, le patient commence le trai­te­ment à l’hôpital au moment où il l’aurait arrêté s’il avait été pres­crit en ville par son méde­cin traitant.

L’étude multi­cen­trique rando­mi­sée Hycovid, coor­don­née depuis le 1er avril par le CHU d’Angers, est plus promet­teuse de par son proto­cole de recru­te­ment (1er avrilA178) :

L’infection par SARS-CoV‑2 devra être mise en évidence par test PCR « ou à défaut par scan­ner thora­cique » et le diag­nos­tic devra avoir été établi « depuis moins de 48 heures ». Les patients devront présen­ter « au moins un des deux facteurs de risque d’évolution compli­quée suivants » : être âgé de plus de 75 ans ou présen­ter une « oxygé­no­dé­pen­dance avec satu­ra­tion capil­laire péri­phé­rique en oxygène ≤ 94% en air ambiant ».

La bataille a conti­nué puis­qu’une étude rétros­pec­tive parta­gée en pre-print par une équipe chinoise (1er maiA141) témoi­gnait de l’ef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur des patients de CoVID-19 en état critique : réduc­tion de 67% de la morta­lité… Ici encore, on ne peut pas parler d’es­sai clinique puis­qu’il n’y avait pas de rando­mi­sa­tion. Certains défen­seurs du « clan Raoult » y ont vu la « preuve ultime » alors que le proto­cole était radi­ca­le­ment diffé­rent de celui de l’IHU : trai­te­ment de la mala­die à un stade avancé et pas d’as­so­cia­tion à un anti­bio­tique. Un lecteur du Journal International de Médecine commente toute­fois (le 6 mai) :

La seule chose à rete­nir de cette commu­ni­ca­tion (n’ap­pe­lons ça ni un essai théra­peu­tique ni même une publi­ca­tion scien­ti­fique) est que l’évo­lu­tion du taux d’IL6 semble avoir été nette­ment lié à l’ad­mi­nis­tra­tion d’HCQ. Que le Plaquenil soit un anti-inflammatoire, c’est connu, il est même utilisé pour ça. Que l’IL6 joue un rôle majeur dans le Covid19 sévère, c’est certain et les effets du toli­ci­zu­mab sont en faveur de l’in­té­rêt d’agir sur ce facteur. L’ensemble de ces données n’est pas à négliger.

On est quand même en droit de s’in­ter­ro­ger sur la perti­nence de cette étude (1er maiA141) sachant que les 18.8% de morta­lité dans le groupe HCQ y étaient supé­rieurs aux 15% chez les patients CoVID-19 de plus de 80 ans trai­tés en Chine, et a fortiori aux 8% pour la même tranche d’âge ! Son authen­ti­cité même est contes­tée : la compo­si­tion a poste­riori de deux groupes à ce point compa­rables — dont celui des 84 patients trai­tés à l’hy­droxy­chlo­ro­quine — relè­ve­rait de la magie… Jérémy Anso le signale ainsi (1er maiA132) :

Comment ont-ils pu contrô­ler tous les facteurs de risques, diabète, hyper­ten­sions, mala­dies pulmo­naires ou cardiaques, mais aussi les états critiques, venti­la­tions méca­niques, besoin en oxygène, en choi­sis­sant des personnes dont ils igno­raient tout à la base ?

Rosenberg ES et al. (11 maiA128) ont mené une étude retros­pec­tive couvrant 25 hôpi­taux de New York jusqu’au 24 avril, soit 1438 patients d’âge médian 63 ans, concluant à une absence d’ef­fet obser­vable de l’hy­droxy­chlo­ro­quine (ni de sa combi­nai­son avec l’azi­thro­my­cine) sur la morta­lité à l’hôpital :

[…] le rapport de risque ajusté pour la morta­lité hospi­ta­lière pour le trai­te­ment par l’hy­droxy­chlo­ro­quine seule était de 1,08, pour l’azi­thro­my­cine seule était de 0,56 et pour l’hy­droxy­chlo­ro­quine et l’azi­thro­my­cine combi­nées était de 1,35. Aucun de ces rapports de risque n’était statis­ti­que­ment significatif. […]

[…] ceux qui rece­vaient de l’hy­droxy­chlo­ro­quine, de l’azi­thro­my­cine ou les deux étaient plus suscep­tibles que ceux qui ne rece­vaient ni l’un ni l’autre des médi­ca­ments d’avoir un diabète, une fréquence respi­ra­toire > 22 / min, des résul­tats anor­maux d’ima­ge­rie thora­cique, une satu­ra­tion en O2 infé­rieure à 90% et une aspar­tate amino­trans­fé­rase supé­rieure à 40 U / L.

Cette étude n’était pas un essai clinique puis­qu’elle était obser­va­tion­nelle, autre­ment dit sans rando­mi­sa­tion ni groupe placebo. On constate d’ailleurs que les patients trai­tés avec une de ces molé­cules ou les deux étaient au départ dans de plus mauvaises condi­tions, ce qui intro­dui­sait un biais et ne corres­pon­dait pas au proto­cole de soin de l’IHU. Autre diffé­rence notable : l’hy­po­thèse primaire était le décès et non la baisse de charge virale chez un sujet en début d’in­fec­tion. Cette étude incor­rec­te­ment présen­tée comme un « échec de la chlo­ro­quine » n’ap­por­tait donc rien de nouveau, si ce n’est d’ajou­ter du bruit en marge des pratiques scien­ti­fiques et médicales…

À la date du 10 avril, la contro­verse était parve­nue à son pic avec le signa­le­ment d’ef­fets indé­si­rables de l’hy­droxy­chlo­ro­quine : depuis le 27 mars, 54 cas de troubles cardiaques, dont 4 mortels, ont été recen­sés par le centre régio­nal de phar­ma­co­vi­gi­lance de Nice chez des patients ayant reçu ce trai­te­ment. Ces patients étaient âgés de 34 à 88 ans. Les troubles liés à un allon­ge­ment de l’in­ter­valle QTN38 auraient été « poten­tiel­le­ment induits par le Plaquenil et poten­tia­li­sés par l’as­so­cia­tion avec l’azi­thro­my­cine ». L’effet iatro­gé­nique reste toute­fois à prou­ver car des troubles cardiaques ont pu être causés par l’in­fec­tion. Sur le Journal International de méde­cine (7 avril) un cardio­logue (JPH) commentait :

On ne se posait pas autant de ques­tions jusqu’ici pour pres­crire de l’HCQ à de nombreux patients souf­frant de patho­lo­gie chro­nique, pas tous jeunes et sans patho­lo­gie asso­ciée. Par quel miracle de si petites séries révèlent-elles des effets indé­si­rables qui n’au­raient pas été détec­tés jusqu’ici ?
Peut-être un biais de recru­te­ment, mais peut-être aussi une atti­tude des méde­cins ?Aujourd’hui, en l’ab­sence d’études contrô­lées, il est légi­time d’ar­rê­ter l’HCQ au moindre doute.
Il n’en demeure pas moins légi­time de la pres­crire dans le doute, le plus tôt possible dans la mala­die, à tous les patients atteint de Covid-19.

En Suède, l’hôpital de Sahlgrenska à Göteborg a cessé fin mars de pres­crire l’hy­droxy­chlo­ro­quine pour le trai­te­ment de l’in­fec­tion CoVID-19. Cette déci­sion a été suivie par d’autres hôpi­taux. Magnus Gisslén, profes­seur de mala­dies infec­tieuses, la justi­fie ainsi (Hivert AF, 9 avrilA169) :

Nous avons d’abord décidé de ne plus donner de chlo­ro­quine aux patients souf­frant d’insuffisance rénale, puis de ne plus le donner du tout, même si nous n’avons pas constaté d’effets secon­daires chez nous. Des collègues, en Suède et à l’étranger, nous ont fait part de cas suspi­cieux, même s’il est diffi­cile de savoir si la chlo­ro­quine était à l’origine des effets obser­vés ou si c’était une consé­quence de la maladie.

La léta­lité du Covid-19 chez les personnes souf­frant de mala­dies cardio­vas­cu­laires est de 10.5%, mais il peut aussi provo­quer les lésions cardiaques chez des personnes ne souf­frant d’au­cun problème cardiaque : le coro­na­vi­rus s’at­tache à certains récep­teurs dans les poumons, alors que ces mêmes récep­teurs sont égale­ment présents égale­ment dans le muscle cardiaque (8 avrilA170). Ces obser­va­tions ont été faites sur des patients qui n’étaient pas trai­tés à la chloroquine.

Le Lancet : fin de partie ?

Les dossiers de 96 000 patients hospi­ta­li­sés dans 671 centres sur six conti­nents ont été analy­sés par l’équipe de Mandeep R Mehra et al. (22 maiA114) en termes d’ef­fi­ca­cité des trai­te­ments à la chlo­ro­quine ou l’hy­droxy­chlo­ro­quine en combi­nai­son éven­tuelle avec un anti­bio­tique. Dans cette popu­la­tion, 1868 ont reçu de la chlo­ro­quine, 3783 ont reçu de la chlo­ro­quine avec un macro­lideN39, 3016 ont reçu de l’hy­droxy­chlo­ro­quine et 6221 ont reçu de l’hy­droxy­chlo­ro­quine avec un macro­lide. Les patients dont le trai­te­ment avait débuté plus de 48 heures après le diag­nos­tic avaient été exclus de l’étude, ainsi que ceux sous RemdésivirN31 ou sous venti­la­tion. Les résul­tats obser­vés étaient le décès ou la surve­nue d’aryth­mies ventri­cu­laires : tachy­car­die ventri­cu­laire non soute­nue ou soute­nue, ou fibril­la­tion ventri­cu­laire. Les cher­cheurs ont conclu :

Nous n’avons pas été en mesure de confir­mer un avan­tage de l’hy­droxy­chlo­ro­quine ou de la chlo­ro­quine, lors­qu’ils sont utili­sés seuls ou avec un macro­lide, sur les résul­tats à l’hô­pi­tal pour la COVID-19. Chacun de ces sché­mas théra­peu­tiques était asso­cié à une dimi­nu­tion de la survie à l’hô­pi­tal et à une fréquence accrue des aryth­mies ventri­cu­laires lors­qu’il était utilisé pour le trai­te­ment de la COVID-19.

Source : A114 page 6 (facteurs prédic­teurs de morta­lité) et 7 (facteurs prédic­teurs d’aryth­mie ventriculaire)

Les détrac­teurs de Didier Raoult se sont empres­sés d’an­non­cer que cette étude « prou­vait qu’il avait tort » et que le sujet de la contro­verse était réglé. S’ils avaient lu l’ar­ticle, plutôt que son résumé — ou un médiocre commen­taire en fran­çais d’une médiocre traduc­tion du résumé — ils auraient vu que les auteurs avaient clai­re­ment exposé les limites de leur étude. J’ai souli­gné en gras deux passages impor­tants (22 maiA114 pages 8–9) :

Notre étude comporte plusieurs limites. L’association d’une dimi­nu­tion de la survie avec des sché­mas théra­peu­tiques à base d’hy­droxy­chlo­ro­quine ou de chlo­ro­quine doit être inter­pré­tée avec prudence. En raison de la concep­tion de l’étude obser­va­tion­nelle, nous ne pouvons pas exclure la possi­bi­lité de facteurs de confu­sion non mesu­rés, bien que nous ayons noté de manière rassu­rante la cohé­rence entre l’ana­lyse primaire et les analyses appa­riées du score de propen­sionN40. Néanmoins, une rela­tion de cause à effet entre la phar­ma­co­thé­ra­pie et la survie ne devrait pas être déduite. Ces données ne s’ap­pliquent pas à l’uti­li­sa­tion de tout schéma théra­peu­tique utilisé en ambu­la­toire et en dehors de l’hô­pi­tal. Des essais cliniques rando­mi­sés seront néces­saires avant de pouvoir tirer des conclu­sions sur les avan­tages ou les incon­vé­nients de ces agents chez les patients atteints de COVID-19. Nous notons égale­ment que, bien que nous ayons évalué la rela­tion entre les sché­mas théra­peu­tiques et la surve­nue d’aryth­mies ventri­cu­laires, nous n’avons pas mesuré les inter­valles QT, ni stra­ti­fié le schéma d’aryth­mie (comme la torsade de pointes). Nous n’avons pas non plus établi si l’as­so­cia­tion d’un risque accru de décès à l’hô­pi­tal avec l’uti­li­sa­tion des sché­mas théra­peu­tiques était direc­te­ment liée à leur risque cardio­vas­cu­laire, ni effec­tué une analyse dose-réponse médi­ca­men­teuse des risques obser­vés. Même si ces limites suggèrent une inter­pré­ta­tion prudente des résul­tats, nous pensons que l’ab­sence de tout avan­tage observé pour­rait déjà repré­sen­ter une expli­ca­tion raisonnable.

Les auteurs ont donc reconnu qu’au­cun lien de causa­lité entre trai­te­ment et décès ou problèmes cardio­vas­cu­laires ne pouvait être inféré des corré­la­tions mesu­rées, même après ajus­te­ments. Ils sont donc à l’abri de toute accu­sa­tion de fraude. L’erreur incombe plutôt à ceux (poli­ti­ciens, jour­na­listes etc.) qui extra­polent leurs résul­tats pour appuyer leurs convic­tions ou défendre leurs inté­rêts… L’ajustement de toutes les variables confon­dantesN41 — certaines ayant pu échap­per à l’ob­ser­va­tion — est en effet impos­sible sur une telle étude obser­va­tion­nelle. Mandeep Mehra recon­naît lui-même : « Nous ne saurons jamais si nous avons manqué certains facteurs ou effets » (23 maiA108). Cette limi­ta­tion peut être comprise à l’aide d’une expé­rience fictive propo­sée par l’au­teur de tweets Puissants&Misérables (compi­lés sur Bribes d’Info le 26 maiA106). Sa lecture critique, qui s’ap­plique aussi à l’étude obser­va­tion­nelle de Geleris et al. (7 maiA131), illustre le vieil adage des infor­ma­ti­ciens : “Garbage in, garbage out”. Seule une étude rando­mi­sée en double aveugleN42 pour­rait établir un lien de causa­lité entre trai­te­ment et deve­nir du patient, à suppo­ser que sa mise en œuvre ait été auto­ri­sée par un comité d’éthique. Les auteurs se contentent donc d’écrire que leur étude n’a pas prouvé l’ef­fi­ca­cité des trai­te­ments, ce qui était prévi­sible dans ce contexte.

Quant aux défen­seurs incon­di­tion­nels du proto­cole de l’IHU, certains se sont empres­sés de mettre en doute la véra­cité du travail de Mehra et collègues en affir­mant qu’il était impos­sible de trai­ter 96 000 dossiers en si peu de temps. Ils n’avaient pas lu la publi­ca­tion dans laquelle les condi­tions de l’ac­qui­si­tion de données ont été expo­sées (pages 2–3) : il s’agit de dossiers infor­ma­tiques collec­tés auto­ma­ti­que­ment depuis 671 hôpi­taux qui enre­gistrent les health records selon une norme de la US Food and Drug Administration.

Le problème n’est pas la rapi­dité de saisie — bien que, nous le verrons, des erreurs graves aient été signa­lées — mais leur perti­nence : le cœur de cette étude réside dans le trai­te­ment algo­rith­mique de données effec­tué par des analystes qui n’étaient en contact ni avec les malades ni leurs équipes soignantes. Les cher­cheurs n’avaient pas d’autre option que de suppo­ser négli­geable l’in­fluence de variables non-renseignées. Or certaines, comme les dosages et la poso­lo­gie des trai­te­ments, ont une inci­dence vitale sur l’évo­lu­tion de la mala­die. La qualité de la prise en charge dépend de la maîtrise de cette expé­rience clinique. D’autres données étaient proba­ble­ment enta­chées d’er­reurs, notam­ment le diag­nos­tic de l’in­fec­tion CoVID-19 qui repo­sait pour chaque patient sur un seul test dont on sait qu’il produit 30% de faux négatifs.

Le collec­tif « Laissons les méde­cins pres­crire » a publié un commen­taire critique (23 maiA110) dont la majo­rité des points manquent de perti­nence, comme l’exis­tence de comor­bi­di­tés avec « 1 patient sur 3 avec hyper­ten­sion dans le groupe hydroxy­chlo­ro­quine + macro­lide » : c’est vrai, mais seule­ment 29.4% dans ce groupe alors que 26.4% étaient aussi en hyper­ten­sion dans le groupe témoin. Sachant que l’âge moyen des sujets était proche de 55 ans dans chaque groupe, et en l’ab­sence de défi­ni­tion du critère « hyper­ten­sion », la diffé­rence entre les groupes n’est proba­ble­ment pas signi­fi­ca­tive. D’autres inco­hé­rences dans le commen­taire hâtif de ce collec­tif « pro-Raoult » ont été rele­vées par Jérémy Anso (29 maiA100). De même, il est surpre­nant d’en­tendre certains commen­ta­teurs affir­mer que les données seraient issues d’une popu­la­tion de personnes « trai­tées en cardio­lo­gie » : ce n’est pas le critère de recru­te­ment décrit dans la publi­ca­tion, la confu­sion venant peut-être de ce que les quatre auteurs sont des méde­cins cardio­logues et que la base de données avait initia­le­ment été conçue pour l’évaluation des procé­dures cardio­vas­cu­laires et des pharmacothérapies.

Je suis plus étonné du fait que les données collec­tées corres­pondent à une période débu­tant le 20 décembre 2019, soit bien avant la vague d’épi­dé­mie de CoVID-19 et les propo­si­tions de trai­te­ment par hydroxy­chlo­ro­quine et azithro­my­cine. Mehra l’a expli­qué par le fait que les données les plus anciennes prove­naient de Chine.

L’étude se rapporte unique­ment à des patients dans un état assez grave pour justi­fier une hospi­ta­li­sa­tion. L’âge moyen de 55 ans, rela­ti­ve­ment faible, et le taux de satu­ra­tion SPO2 unifor­mé­ment élevé, suggère qu’une grande partie ont été hospi­ta­li­sés pour d’autres raisons que la CoVID-19. Aucune donnée n’est dispo­nible sur les condi­tions de prise en charge des patients, ni les examens cardio­lo­giques et thora­ciques qui auraient dû être conduits avant d’ad­mi­nis­trer le cock­tail hydroxy­chlo­ro­quine + azithro­my­cine. Les trai­te­ments par macro­lidesN39 ont été grou­pés dans la même classe : clari­thro­my­cine, roxi­thro­my­cine et azithro­my­cine. Or, le dernier (utilisé à l’IHU) est celui qui présente un risque cardio­lo­gique moindre que les deux autresN43.

Dans un commen­taire de cette publi­ca­tion, Didier Raoult rappelle que, pour les 4000 patients trai­tés dans son service, plus de 10 000 élec­tro­car­dio­grammes ont été réali­sés par des experts, et aucun des 0.5% qui ont perdu la vie n’était en diffi­culté cardio­lo­gique (25 maiA107, voir aussi : A168). Selon l’étude de Mehra et collègues, le taux de décès des patients trai­tés avec ces médi­ca­ments serait donc 50 fois plus élevé…

Laurent Mucchielli (26 maiA105) remarque à propos du tableau 2 (page 5) :

Source : A114 page 5

Sans doute pour donner une appa­rence de cohé­rence à cet ensemble fait de bric et de broc, il semble que les auteurs (i.e. les petites mains de la société d’intelligence arti­fi­cielle et de Big data qui ont fait le travail) aient trié les malades rete­nus dans la base statis­tique en fonc­tion de critères socio-démographiques (âge, sexe, origine ethnique, indice de masse corpo­relle) et médi­caux (coro­na­ro­pa­thies, insuf­fi­sances cardiaques, tabaco-dépendance, hyper­ten­sion, diabètes…). Comment expli­quer autre­ment la table 2 de l’article, qui donne dans chacun des 5 groupes de malades compa­rés des pour­cen­tages quasi­ment iden­tiques sur la tota­lité des critères qu’on vient d’énoncer ? Une telle perfec­tion est impos­sible dans la vraie vie des études statis­tiques. Il ne s’agit donc pas d’un échan­tillon repré­sen­ta­tif des malades, mais d’une popu­la­tion d’enquête triée sur le volet, dans le meilleur des cas. Et dans la mesure où ce tri n’est pas expli­cité dans l’article, on peut parler d’une manipulation.

La même remarque peut être faite sur les cinq groupes « par conti­nent » qui affichent des taux quasi­ment iden­tiques de fumeurs, de diabé­tiques, d’usa­gers d’an­ti­vi­raux etc. Sachant que les auteurs déclarent qu’ils ne sont pas « auto­ri­sés à parta­ger leurs données », le scep­ti­cisme sur leur authen­ti­cité reste entier. Il ne s’agit certai­ne­ment pas de données brutes, mais le proces­sus d’har­mo­ni­sa­tion n’est pas décrit dans l’article.

Autre bizar­re­rie obser­vée dans l’an­nexe (page 5) et signa­lée le 27 mai par Didier Raoult dans son entre­tien avec David Pujadas (LCI) : l’étude recense 73 morts de CoVID-19 parmi les 609 patients austra­liens, le 14 avril, alors qu’ils n’étaient que 61 pour tout le pays à cette date (voir stats). Or l’étude du Lancet compi­lait les données de 5 hôpi­taux sur les 300 en Australie, sans négli­ger qu’une partie impor­tante des décès ont eu lieu dans des maisons de retraite, hors hôpi­tal… Melissa Davey écrit dans The Guardian (27 maiA103) :

The Lancet a déclaré à Guardian Australia : « Nous avons demandé des éclair­cis­se­ments aux auteurs, nous savons qu’ils enquêtent de toute urgence et nous atten­dons leur réponse. » L’auteur prin­ci­pal de l’étude, le Dr Mandeep Mehra, a déclaré qu’il avait contacté Surgisphere, la société qui a fourni les données, pour résoudre les diver­gences « dans la plus grande urgence ». Surgisphere est décrit comme une société d’ana­lyse de données sur les soins de santé et une société d’en­sei­gne­ment médical.

Dans un commu­ni­qué, le fonda­teur de Surgisphere, le Dr Sapan Desai, égale­ment auteur du jour­nal The Lancet, a déclaré qu’un hôpi­tal d’Asie avait été acci­den­tel­le­ment inclus dans les données australiennes. […]

Le Dr Allen Cheng, épidé­mio­lo­giste et méde­cin spécia­liste des mala­dies infec­tieuses à Alfred Health de Melbourne, a demandé que les hôpi­taux austra­liens impli­qués dans l’étude soient nommés. Il a dit qu’il n’avait jamais entendu parler de Surgisphere, et personne de son hôpi­tal, The Alfred, n’avait fourni à Surgisphere des données.

« Habituellement, pour soumettre à une base de données comme Surgisphere, vous avez besoin d’une appro­ba­tion éthique, et un membre de l’hô­pi­tal sera impli­qué dans ce proces­sus pour le mettre dans une base de données », a‑t-il déclaré. Il a précisé que l’en­semble de données devrait être rendu public, ou du moins ouvert à un révi­seur statis­tique indépendant.

« S’ils se sont trom­pés, que pourrait-il y avoir d’autre ? » dit Cheng. C’était aussi un « drapeau rouge » pour lui que le docu­ment ne mentionne que quatre auteurs.

« D’habitude, avec des études qui rapportent les résul­tats de milliers de patients, vous voyez une grande liste d’au­teurs sur le papier », a‑t-il déclaré. « Plusieurs sources sont néces­saires pour collec­ter et analy­ser les données pour les grandes études et c’est géné­ra­le­ment reconnu dans la liste des auteurs. »

Comme l’écrit Andy Wang sur un forum de statis­ti­ciens (25 maiA103) : « Il s’agit peut-être de données fabri­quées, du moins pour la partie austra­lienne, ce qui est un problème plus grave vis à vis de la commu­nauté scientifique. »

Les erreurs sur les statis­tiques austra­liennes ont été corri­gées le 30 maiA99.

L’auteur Mandeep Mehra rappelle dans un entre­tien les limites d’une étude obser­va­tion­nelle conduite dans un milieu hospi­ta­lier (23 maiA108) :

Je veux dire par là, un patient ayant reçu un diag­nos­tic de Covid 19, qui a besoin d’une hospi­ta­li­sa­tion pour trai­te­ment. Ce sont des patients qui sont plus malades que les patients qui peuvent rester à la maison en atten­dant de déve­lop­per la mala­die, ou sont rela­ti­ve­ment asymp­to­ma­tiques et peuvent faire une utili­sa­tion prophy­lac­tique de ce médicament.

Laurent Mucchielli ajoute (26 maiA105) :

Compte tenu de l’histoire natu­relle de la mala­die et du prin­ci­pal critère d’hospitalisation tant en Europe qu’aux USA (le besoin d’un supplé­ment d’oxygène), les patients hospi­ta­li­sés sont symp­to­ma­tiques depuis au moins une semaine au moment de leur admis­sion. Généralement, il faut ensuite ajou­ter 1 jour pour obte­nir le résul­tat du test par PCR et 2 jours de délai jusqu’au début du trai­te­ment comme critère d’inclusion dans l’étude. Au final, on peut donc esti­mer que le trai­te­ment est insti­tué à plus de 10 jours du début des symp­tômes (et non 2 comme pour­rait le croire un lecteur naïf). Et à ce stade, on est entré dans la phase critique de la mala­die (entre le besoin d’un supplé­ment d’oxygène et l’orage cyto­ki­nique), où l’IHU de Marseille dit lui-même depuis le début que son trai­te­ment ne sert plus à rien.

L’équipe de Mandeep R Mehra avait déjà publié dans le New England Journal of Medicine un article décri­vant une analyse de type simi­laire conduite sur une base de données couvrant 169 hôpi­taux d’Europe, Asie et Amérique du nord (1er maiA140). Il s’agis­sait de 8910 patients atteints de CoVID-19 dont 515 étaient morts pendant leur séjour à l’hô­pi­tal. Cette étude confir­mait que les patients atteints de troubles cardio­vas­cu­laires étaient plus à risque de mourir lors d’une hospi­ta­li­sa­tion suite à leur infec­tion au SARS-CoV‑2. Ici encore, la métho­do­lo­gie, l’in­té­grité des données et la vali­dité des conclu­sions de l’étude ont été mises en cause, et ses auteurs ont été sommés de four­nir des expli­ca­tions (2 juinA95). Une décla­ra­tion “Expression of Concern” a aussi été publiée par les éditeurs de The Lancet au sujet de leur article sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine (3 juinA89). Les critiques de cet article figurent sur PubPeer (22 maiA111) et une lettre ouverte signée par 146 scien­ti­fiques a été adres­sée à l’édi­teur (28 maiA101). Les données publiées ont été compi­lées dans un tableau pour en faci­li­ter l’ana­lyse (2 juinA93).

Le 4 juin, The Lancet a annoncé la rétrac­ta­tion de l’étude à la demande de trois des auteurs, le quatrième — Sapan Desai, fonda­teur de la société Surgisphere qui avait collecté les données — ne les ayant pas auto­ri­sés à effec­tuer un audit indé­pen­dant des données qui sous-tendaient leur analyse. Ils ont donc déclaré « ne plus garan­tir la véra­cité des sources de données primaires ». Le fait qu’ils n’aient pas procédé à une telle véri­fi­ca­tion des données avant trai­te­ment en dit long sur leur concep­tion de l’éthique scien­ti­fique ! Sans oublier les relec­teurs frap­pés de cécité qui avaient validé la publication…

Une heure plus tard, le New England Journal of Medicine a annoncé, pour les mêmes raisons, la rétrac­ta­tion de son article par la même équipe (Mehra MR etal., 1er maiA140). Le NEJM avait toute­fois publié l’étude rando­misé contrô­lée en double-aveugle de Boulware DL et al. qui ne révé­lait aucun avan­tage à l’hy­droxy­chlo­ro­quine en usage préven­tif de la CoVID-19 dans une popu­la­tion de 821 parti­ci­pants asymp­to­ma­tiques (3 juinA90).

Comme de nombreux pour­fen­deurs des fraudes scien­ti­fiques igno­rées (ou tolé­rées) par les comi­tés de lecture, Laurent Mucchielli rappelle une cita­tion de Richard Horton qui n’est autre que le rédac­teur en chef de The Lancet (Horton R, 2015A223) :

L’endémicité appa­rente des mauvais compor­te­ments en matière de recherche est alar­mante. Dans leur quête d’une histoire convain­cante, les scien­ti­fiques sculptent trop souvent les données pour qu’elles corres­pondent à leur théo­rie du monde préfé­rée. Ou bien ils modi­fient leurs hypo­thèses pour les adap­ter à leurs données. […]

Notre amour de la « signi­fi­ca­tion » pollue la litté­ra­ture avec de nombreuses fables statis­tiques. Nous reje­tons les confir­ma­tions importantes.

Marcia Angell, ancienne éditrice en chef (pendant 21 ans) du New England Journal of Medicine s’est aussi fréquem­ment inquié­tée des liens d’in­fluence entre l’in­dus­trie phar­ma­ceu­tique, les univer­si­tés et la presse scien­ti­fique (2 juinA94).

Plusieurs personnes direc­te­ment impli­quées dans la publi­ca­tion de travaux scien­ti­fiques ont dénoncé les dysfonc­tion­ne­ments et les limites du peer revie­wing — l’éva­lua­tion par les pairs — des articles soumis à leur jour­nal. Ces publi­ca­tions ne sont donc pas le stade ultime du « niveau de preuve » recher­ché dans l’ana­lyse critique d’un compte-rendu expé­ri­men­tal. Ce n’est pas non plus une raison de croire l’in­verse, à savoir que cette procé­dure clas­sique (et coûteuse) de partage des connais­sances devrait impé­ra­ti­ve­ment être aban­don­née au béné­fice du seul dépôt en archive ouverte. Les gens du métier savent que les deux sont complémentaires.

Il est faux d’af­fir­mer que le gouver­ne­ment fran­çais aurait « inter­dit la chlo­ro­quine » suite à cette publi­ca­tion du Lancet. Il n’a fait qu’an­nu­ler le décret qui auto­ri­sait aux prati­ciens hospi­ta­liers l’ad­mi­nis­tra­tion en dernier recours de chlo­ro­quine, ce qui n’était pas la procé­dure de l’IHU mais pouvait reflé­ter les cas analy­sés dans l’étude de Mehra et collègues. Il avait aussi décidé hâti­ve­ment — comme l’OMS — de suppri­mer les bras « hydroxy­chlo­ro­quine » des essais cliniques en cours, mais les deux ont fait machine arrière face à la remise en ques­tion de l’au­then­ti­cité des données de Mehra et collègues.

Suite du dossier « HCQ »

L’équipe de l’IHU de Marseille a rendu public fin mai son étude rétros­pec­tive de 1061 cas trai­tés plus de 3 jours par de l’hy­droxy­chlo­ro­quine (200 mg trois fois par jour pendant dix jours) et de l’azi­thro­my­cine (500 mg le premier jour puis 250 mg par jour pendant les quatre jours suivants). Les issues néga­tives étaient le décès, l’aggravation clinique (trans­fert à l’USI et hospi­ta­li­sa­tion plus de 10 jours) et la persis­tance virale de la perte (plus de 10 jours). Ils indiquent comme résul­tats et conclu­sion (M Million et al., 5 maiA133) :

Résultats
Un total de 1061 patients ont été inclus dans cette analyse (46,4% de mâles, âge moyen 43,6 ans – de 14 à 95 ans). De bons résul­tats cliniques et la guéri­son viro­lo­gique ont été obte­nus dans 973 patients dans un délai de 10 jours (91.7%). Une charge virale prolon­gée a été obser­vée chez 47 patients (4,4 %) et asso­cié à une charge virale plus élevée au diag­nos­tic (p < .001) mais la culture virale était néga­tive au jour 10. Tous sauf un, étaient néga­tifs au PCR au jour 15. Un mauvais résul­tat clinique (PClinO) a été observé chez 46 patients (4,3 %) et 8 sont morts (0,75%) (74–95 ans). Tous les décès ont résulté d’une insuf­fi­sance respi­ra­toire et non d’une toxi­cité cardiaque. Cinq patients sont encore hospi­ta­li­sés (98,7% des patients étant guéris jusqu’à présent). Le PClinO était asso­cié à l’âge plus avancé (OR 1.11), à la sévé­rité de la mala­die à l’admission (OR 10.05) et à la faible concen­tra­tion sérique de HCQ. Le PClinO était indé­pen­dam­ment asso­cié à l’utilisation d’agents bêta­blo­quants sélec­tifs et de inhi­bi­teurs des récep­teurs de l’angiotensine II (p < .05). Un total de 2,3 % des patients ont signalé des effets indé­si­rables bénins (symp­tômes gastro-intestinaux ou cuta­nés, maux de tête, insom­nie et vision floue transitoire).

Conclusion
L’administration de la combi­nai­son HCQ-AZ avant que des compli­ca­tions de COVID-19 se produisent est sûre et asso­ciée à un taux de morta­lité très faible chez les patients.

L’IHU a par la suite publié dans le jour­nal New Microbes and New Infections une méta-analyse des études (jusqu’au 27 mai) ayant mesuré l’ef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine dans le trai­te­ment de la CoVID-19 (Millon M et al., 6 juinA84). Le résumé se termine par la phrase conclusive :

En conclu­sion, une méta-analyse des rapports cliniques acces­sibles au public démontre que les déri­vés de la chlo­ro­quine sont effi­caces pour amélio­rer les résul­tats cliniques et viro­lo­giques mais, plus impor­tants encore, elle réduit la morta­lité d’un facteur 3 chez les patients infec­tés par COVID-19.

Les condi­tions de réali­sa­tion de cette « méta-analyse » (sic) posent problème à la lecture détaillée de l’ar­ticle. Jérémy Anso en a résumé huit obser­va­tions dont je cite les trois premières (11 juinA80) :

  • L’étude ne respecte pas les prin­cipes de rigueur et d’objectivité des méta-analyses (PRISMA [N44], Cochrane), sans extrac­tion indé­pen­dante des données et critères objec­tifs d’évaluation
  • La majo­rité des études défa­vo­rables à l’hydroxychloroquine ont été exclues des analyses sans justi­fi­ca­tion ni critère objec­tif valide
  • La méta-analyse se porte sur 3 études publiées, toutes favo­rables à l’hydroxychloroquine ; 3 docu­ments inter­nets sans valeur scien­ti­fique ; et 8 études non publiées dans un jour­nal scientifique

Autrement dit, en mettant de côté les règles de bonne pratique dans les rapports de revues systé­ma­tiques ou de méta-analyses, on laisse le champ libre à des biais de confir­ma­tionN45 permet­tant de « prou­ver » ce que l’équipe de recherche souhai­tait confirmer.

Des anoma­lies ont été rele­vées au niveau du trai­te­ment statis­tique, entre autres une confu­sion entre hazard ratioN46 et odds ratioN47 qui sont des résul­tats de trai­te­ment de données radi­ca­le­ment diffé­rents. Anso conclut (11 juinA80) :

Nous n’avons aujourd’hui toujours pas d’indice scien­ti­fique sérieux et repro­duit qui permet­trait d’être caté­go­rique et d’exclure le doute concer­nant l’efficacité de l’hydroxychloroquine, en asso­cia­tion ou non avec l’azithromycine (l’antibiotique).

On peut à ce titre être élogieux envers l’équipe d’infectiologie de Marseille du profes­seur Raoult pour l’énorme produc­tion scien­ti­fique pendant cette crise, mais égale­ment très critique (17 avrilA151) sur la qualité de ces travaux qui entre­tiennent un brouillard médi­cal très problématique.

D’autres méta-analyses, non citées ou exclues de la publi­ca­tion, concluaient à l’ab­sence de preuve d’ef­fet de l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur la dimi­nu­tion de la charge virale et sur un risque moindre de morta­lité ou de néces­sité de soins intensifs.

Cette publi­ca­tion a généré un fil de commen­taires sur PubPeerN48 qui confirment et complètent les critiques précé­dentes. Une méta-analyse de l’épi­dé­mio­lo­giste Harvey A Risch (27 maiA104) est encore citée comme établis­sant la preuve de l’ef­fi­ca­cité du cock­tail hydroxy­chlo­ro­quine + azithro­my­cine, mais elle s’ap­puie sur les mêmes études peu fiables — voir PubPeerN49. Des critiques ont été publiées auxquelles l’au­teur a répondu, voir notam­ment HA Risch (20 juilletA51) s’adres­sant à Korman, Peiffer-Smadja et Costagliola.

Fin juin ont été publiés les résul­tats de l’étude rétros­pec­tive portant sur 3737 patients de CoVID-19 pris en charge à l’IHU de Marseille (Lagier JC et al., 25 juinA67), concluant à l’ef­fi­ca­cité du proto­cole hydroxy­chlo­ro­quine + azithro­my­cine. Des erreurs ont été signa­lées sur PubPeer (2020N50).

Le Canard enchaîné, 30/09/20

Au chapitre des conflits d’in­té­rêts, P. Gautret, un des co-auteurs de l’ar­ticle (25 juinA67) est asso­ciate editor de la revue Travel Medicine and Infectious Disease dans laquelle il a été publié. J. Anso souligne par ailleurs que le comité édito­rial de New Microbes and New Infections compte cinq cher­cheurs de l’IHU — sous l’au­to­rité de Didier Raoult — et que le l’édi­teur en chef adjoint de la revue, Pierre-Edouard Fournier, est lui-même un des co-auteurs de la publi­ca­tion (11 juinA80). Hervé Maisonneuve appelle ce jour­nal le « bulle­tin parois­sial de l’IHU » ! Yves Gringas & Mahdi Khelfaoui (21 juinA72) précisent :

Bien que toutes les publi­ca­tions soient censées être évaluées par des spécia­listes indé­pen­dants et exté­rieurs, mais choi­sis par les respon­sables de la revue, il demeure que la forte compo­sante locale — soit près de la moitié du total — du comité de direc­tion de la revue, peut contri­buer à expli­quer la domi­na­tion des publi­ca­tions très locales dans cette revue dite « inter­na­tio­nale ». […] Un bon usage de la biblio­mé­trie nous éclaire en effet de manière unique sur la socio­lo­gie des sciences. Elle permet ainsi de suggé­rer que les jour­na­listes qui couvrent les recherches en santé, et plus large­ment en sciences, ne devraient pas se conten­ter de répé­ter l’expression conve­nue « paru dans une revue scien­ti­fique », mais devraient scru­ter davan­tage la nature de la revue qui annonce les résul­tats qui auront l’honneur de figu­rer dans les médias de masse. […]

Ils terminent sur une remarque très perti­nente sur le « modèle finan­cier » des revues préda­trices (21 juinA72) :

On peut aussi s’interroger sur la perti­nence de créer constam­ment de nouvelles revues scien­ti­fiques, alors que les meilleures revues exis­tantes suffisent à faire connaître les résul­tats les plus robustes, utiles et inté­res­sants d’une disci­pline. En conser­vant de hauts stan­dards de sélec­tion, celles-ci contri­buent en effet à écar­ter les études douteuses, car bâclées ou effec­tuées à la va-vite pour s’assurer une prio­rité, un renou­vel­le­ment de poste ou d’octroi de crédits de recherche. En se montrant sélec­tives, elles contri­buent aussi à ralen­tir le rythme des publi­ca­tions – devenu déli­rant en cette période de pandé­mie. On constate cepen­dant que les grands éditeurs de revues ont trouvé le moyen de moné­ti­ser des articles refu­sés par leurs titres les plus sélec­tifs, en les accep­tant dans de nouvelles revues, souvent en « accès libre » et donc payées par les auteurs et leurs labo­ra­toires. Ainsi, les articles refu­sés par une revue A pres­ti­gieuse, mais recy­clés dans une revue C moins regar­dante, tombent encore dans l’escarcelle de l’éditeur, contri­buant alors davan­tage à son profit écono­mique qu’au profit de la science.

La publi­ca­tion d’études solides, rando­mi­sées et contrô­lées, semble inva­li­der l’uti­li­sa­tion d’hy­droxy­chlo­ro­quine, seule ou en combi­nai­son avec l’azi­thro­my­cine, pour le trai­te­ment de la CoVID-19 à tous les stades de la mala­die. Mais la ques­tion reste ouverte puisque l’ab­sence de preuve n’est pas la preuve de l’in­verse. Les études sur les trai­te­ments de la CoVID-19 sont réper­to­riées sur un siteN51 dont on ne connaît pas l’origine…

Si l’on s’en tient à la morta­lité, la méta-analyse de Thibault Fiolet et collègues (26 aoûtA44) paraît montrer l’ab­sence d’in­fluence des trai­te­ments à l’hy­droxy­chlo­ro­quine seule sur le taux de morta­lité (11932 sujets, risque rela­tif 0.65 à 1.06 pour un inter­valle de confiance de 95%), et par contre son augmen­ta­tion signi­fi­ca­tive (1.04 à 1.54) en combi­nai­son avec l’azi­thro­my­cine (voir commen­taire en fran­çais, 29 aoûtA43). Cette étude est criti­quée du fait qu’en partant de plus de 800 publi­ca­tions sur le sujet les cher­cheurs n’en ont sélec­tionné que 21 auxquelles ils ont ajouté en dernière minute 10 prépu­bli­ca­tions de Medrxiv/Google Scholar (non revues par les pairs), dont une prépu­bli­ca­tion de l’es­sai RECOVERYN52 dans lequel l’hy­droxy­chlo­ro­quine était admi­nis­trée à dose toxique (2400 mg). Seules 3 études sélec­tion­nées étaient des essais rando­mi­sés contrô­lés, mais deux études chinoises ont été écar­tées sous prétexte qu’elles ne comp­taient aucun décès dans le groupe d’in­ter­ven­tion ni dans le groupe témoin…

À l’in­verse, l’étude obser­va­tion­nelle multi­cen­trique COVID-19 RISK and Treatments (CORIST), portant sur 3451 patients non sélec­tion­nés en Italie du 19 février au 23 mai 2020, a conclu que l’usage d’hy­droxy­chlo­ro­quine avait été asso­cié à une dimi­nu­tion de 30% de la morta­lité (25 aoûtA45). Cette corré­la­tion était plus forte chez des patients qui affi­chaient un taux élevé de protéine C‑réactiveN53 lors de leur admission.

Alors que la chlo­ro­quine est effi­cace pour éviter la proli­fé­ra­tion virale sur des cellules Vero du singe afri­cain, elle s’est révé­lée tota­le­ment inef­fi­cace pour proté­ger les cellules pulmo­naires humaines (22 juilletA53). À ce sujet, Frédéric Adnet commente : « Autrement dit, le support cellu­laire qui rendait crédible l’utilisation de l’hydroxychloroquine est tout simple­ment faux puisque dans le COVID-19, le rein n’est pas la porte d’entrée du virus mais c’est l’épithélium respi­ra­toire » (18 aoûtA47). Les expé­ri­men­ta­tions in vitro ont été compa­rées à l’ob­ser­va­tion clinique sur des sujets humains. J Anso conclut (30 juilletA50) :

Les derniers essais cliniques chez l’homme et études précli­niques chez les macaques ont apporté des preuves très solides, et extrê­me­ment concor­dantes, de l’absence d’efficacité de l’HCQ, avec ou sans AZT, à n’importe quel stade de la mala­die : juste après l’infection, peu après les premiers symp­tômes, chez des patients légers ou sévères.

Un bilan des contro­verses oppo­sant les défen­seurs du trai­te­ment HCQ + AZT + Zinc préco­nisé par l’IHU de Marseille (et encore pres­crit en février 2021) à ceux qui, à tort ou à raison, ont opposé des argu­ments disqua­li­fiant cet insti­tut et son direc­teur, permet­trait de faire le point sur la rela­tion problé­ma­tique entre commu­ni­ca­tion « scien­ti­fique » et commu­ni­ca­tion « média­tique ». Les vidéos de Zetetix “Affaire Raoult, le bilan” (2020A22, 2021A15) sont un bon point de départ, même si elles accordent peu de place à une discus­sion des fonde­ments de la « vérité scientifique ».

Il est gênant de confondre — comme le fait Étienne Klein (2 juilletA57) — la néces­sité de travaux en équipe et de liens sans fron­tières entre équipes scien­ti­fiques, avec le statut « consen­suel » des conclu­sions de ces travaux. Le consen­sus n’est néces­saire que lors­qu’on doit prendre des déci­sions, élabo­rer un proto­cole répon­dant à une situa­tion d’ur­gence sans avoir les réponses précises à toutes les ques­tions. Il n’y a pas de consen­sus sur la théo­rie de la rela­ti­vité ni la méca­nique quan­tique… Mais dans le domaine du vivant les preuves sont extrê­me­ment diffi­ciles à établir, surtout lorsque des résul­tats partiels sont contre­dits par des études en lien d’in­té­rêt avec des entre­prises profi­tables — comme ce fut le cas pour les dangers du tabac et, plus récem­ment, de la consom­ma­tion abusive de sucre. Dénoncer les liens d’in­té­rêt est certes béné­fique pour l’ap­proche de la vérité, mais cela ne permet pas pour autant de mieux répondre aux questions.

Et la science dans tout cela ?

Un aspect central de la contro­verse autour des trai­te­ments de la CoVID-19, foca­li­sée sur l’usage de la chlo­ro­quine, est l’im­por­tance accor­dée aux essais cliniques rando­mi­sés contrô­lésN54 et à leur capa­cité à tran­cher le débat sur une base réel­le­ment scien­ti­fique. Outre qu’il paraît très diffi­cile, sous le regard des comi­tés d’éthiques, d’ima­gi­ner un proto­cole d’es­sai contre placebo pour une mala­die infec­tieuse avec un médi­ca­ment auquel on attri­bue des effets secon­daires poten­tiel­le­ment irré­ver­sibles, cette approche en soi mérite discussion.

Les études obser­va­tion­nelles ou inter­ven­tion­nelles desti­nées à mesu­rer l’ef­fi­ca­cité et la sécu­rité du trai­te­ment hydroxy­chlo­ro­quine + azithro­my­cine utili­saient le nombre de décès comme variable de sortie : cette variable binaire est irré­fu­table et elle a le mérite d’af­fi­cher un résul­tat acces­sible aux non-initiés. Or il est apparu assez vite que le taux de léta­lité de la CoVID-19 était bien infé­rieur à celui estimé en début d’épi­dé­mie. Avec un taux moyen de 0.3% on aurait 1 décès pour 300 malades dans le groupe placebo. Pour affi­cher une diffé­rence signi­fi­ca­tive il faudrait envi­ron 50 décès, autre­ment dit 50 x 300 = 15 000 malades. Un essai clinique rando­misé aurait comporté quatre bras : HCQ seule, AZT seule, HCQ + AZT, placebo, ce qui impli­quait de recru­ter 60 000 patients selon les critères d’ad­mis­sion de l’IHU. Si l’on inclut l’ad­mi­nis­tra­tion de zinc, ajou­tée plus tard au proto­cole de l’IHU, la combi­na­toire (HCQ, AZT, ZN, HCQ + Zn, HCQ + AZT + Zn etc.) indui­rait un nombre bien plus élevé. Le coût de l’es­sai se chif­fre­rait donc en million d’eu­ros, sans oublier la mobi­li­sa­tion néces­saire en person­nel, maté­riel et locaux… Il est donc ridi­cule de clai­ron­ner que l’équipe du Dr Raoult aurait dû mener cet essai avant même de soigner toute personne testée posi­tive au SARS-CoV‑2.

Le statis­ti­cien Marc Rameaux a rappelé d’autres limites des essais rando­mi­sés contrô­lés dans le cadre du débat sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine (21 avrilA149). Pour lui, oppo­ser l’es­sai rando­misé contrôlé à l’étude obser­va­tion­nelle et au raison­ne­ment causal est « une polé­mique arti­fi­cielle et bien peu scien­ti­fique » :

[…] une étude rando­mi­sée néces­site de s’y reprendre à plusieurs fois, de faire varier les sous-groupes et les stra­ti­fi­ca­tions. Pour ces étapes, le statis­ti­cien réin­tro­duit des a priori, les teste à nouveau par des RCT [essais rando­mi­sés contrô­lés] plus fins, revient ensuite à des raison­ne­ments de causa­lité ou des obser­va­tions pour les inter­pré­ter, et ainsi de suite.

En statis­tique, il existe toujours un postu­lat non statis­tique sur les variables expli­ca­tives. La rigueur du calcul des proba­bi­li­tés ne doit pas aveu­gler : le calcul porte sur un champ de variables et de biais iden­ti­fiés a priori. Tout échan­tillon­nage porte avec lui un modèle sous-jacent, c’est-à-dire une rela­tion entre des variables expli­ca­tives et une variable expli­quée : le tirage aléa­toire ne nous fait pas atteindre l’objectivité divine ou « les faits », il n’est qu’une mise à l’épreuve effi­cace de nos hypo­thèses et comporte des hypo­thèses a priori impli­cites dès que l’on sort de la popu­la­tion de réfé­rence ayant servi au tirage.

Un concen­tré de théo­ries de complot sur la CoVID-19…

La critique d’une métho­do­lo­gie n’est pas le signe ni l’abou­tis­se­ment d’une défiance de la science médi­cale — le grain à moudre des théo­ries de complot, voir ci-contre. Bien au contraire, elle rappelle les condi­tions de rece­va­bi­lité des résul­tats d’un test clinique, tout en dénon­çant les conflits d’in­té­rêts de tests conduits par les labo­ra­toires aux seules fins de promou­voir un produit.

Dans un commen­taire de la redif­fu­sion de son ouvrage Alertes grip­pales – comprendre et choi­sir, Marc Girard écrit (mai 2020N55) :

La lecture scien­ti­fique, c’est comprendre que la recherche clinique en géné­ral, et l’évaluation des médi­ca­ments en parti­cu­lier, n’ont rien (ou pas grand-chose) à voir avec le travail dit clas­si­que­ment « scien­ti­fique », centré sur une épis­té­mo­lo­gie tirée des sciences physiques ou, à la rigueur, de la biolo­gie. Rien à voir, donc, avec les réfé­rences intel­lec­tuelles de tous « les sages et les savants » qui se prévalent bruyam­ment d’une agré­ga­tion […], d’un docto­rat d’État ou de quelque autre affi­lia­tion censé­ment pres­ti­gieuse (CNRS, INSERM…), mais peu perti­nente pour l’espèce.

Didier Raoult décla­rait dans une tribune le 2 avril : « Le premier devoir du méde­cin est le soin, et non l’expérimentation » (2 avrilA177) :

Dans ma propre expé­rience, j’ai déjà mis au point dix trai­te­ments diffé­rents, dont la plupart se retrouvent dans tous les livres de méde­cine rappor­tant les mala­dies sur lesquelles j’ai travaillé, sans jamais avoir fait d’essais rando­mi­sés. Les éléments, qui amènent, géné­ra­le­ment, à la décou­verte des trai­te­ments, sont : l’observation anec­do­tique et les obser­va­tions de séries correc­te­ment analysées.

Toutefois, en décla­rant à l’Assemblée natio­nale que de petites études aux résul­tats « statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tifs » ont une très grande valeur sur le plan clinique, et qu’à son avis « Tout essai qui comporte plus de 1000 personnes est un essai qui cherche à démon­trer quelque chose qui n’existe pas », Raoult s’at­tire les foudres de tout lecteur ayant un mini­mum de forma­tion scien­ti­fique. Florian Gouthière cite à ce sujet le biosta­tis­ti­cien Stéphane Morisset (28 juinA65) :

En menant une étude sur peu de personnes, Didier Raoult parie sur un effet fort des trai­te­ments testés, alors qu’on était déjà en droit de s’interroger sur l’existence d’un quel­conque effet. […] Pour répondre à cette ques­tion, le seul critère de la signi­fi­ca­ti­vité statis­tique ne suffit pas.

Plus tard, Didier Raoult a tenté d’ex­pli­quer la démarche épis­té­mo­lo­gique qui sous-tend son travail scien­ti­fique en s’ap­puyant sur les écrits de philo­sophes des sciences. Pour lui, aucune théo­rie scien­ti­fique ne doit précé­der l’ob­ser­va­tion atten­tive des faits, et le scien­ti­fique engagé dans cette obser­va­tion devrait faire abstrac­tion de ses suppo­si­tions et de ses préju­gés. Dans un article lumi­neux, Florian Cova met en regard les écrits et décla­ra­tions de Raoult avec les ensei­gne­ments dont il dit s’ins­pi­rer (20 aoûtA46) :

[…] la concep­tion induc­ti­viste de la méthode scien­ti­fique [selon Francis BaconN56] « arrange bien » Raoult : elle lui permet à la fois d’expliquer pour­quoi il est meilleur que la plupart des autres scien­ti­fiques (aveu­glés par l’idole du « pour­quoi ») tout en répon­dant aux critiques qui lui sont faites.

Problème : si on met de côté Francis Bacon, la plupart des philo­sophes des sciences sur lesquels Didier Raoult s’appuie dans ses confé­rences et dans ses cours (Popper, Kuhn, Feyerabend) sont préci­sé­ment connus pour avoir rejeté cet induc­ti­visme naïf et montré pour­quoi il était inte­nable et ne corres­pon­dait pas à la façon dont la science progresse (si on se penche un tant soit peu sur l’histoire des sciences). Comment Didier Raoult se sort-il de cette contra­dic­tion ? Simplement en traves­tis­sant et en défor­mant complè­te­ment les pensées de ces philo­sophes, en les tordant de façon à ce qu’elles contri­buent à glori­fier l’auguste de Didier Raoult et à justi­fier son rapport très « libé­ral » à la méthode scien­ti­fique. Comme on le verra, il y a aussi de fortes chances pour que ce proces­sus soit dû en partie au fait que Didier Raoult ne comprend pas ce qu’il prétend avoir lu. Mais, dans tous les cas, il est frap­pant que l’interprétation qu’il en fait est systé­ma­ti­que­ment celle qui lui permet de se peindre dans une lumière favorable. […]

Ne vous lais­sez donc pas piéger : Raoult n’est pas un huma­niste, pas plus qu’il n’est philo­sophe. Tout au contraire, il fait partie de ces gens qui ne prennent pas les huma­ni­tés au sérieux et n’y voient qu’un vague « supplé­ment d’âme » qui leur servent surtout à paraître intel­li­gent dans les cock­tails mondains ou à impres­sion­ner un public pas assez informé pour détec­ter la super­che­rie. Son atti­tude contri­bue en fait à déva­luer la philo­so­phie en la rédui­sant à un vague réser­voir d’idées où l’on irait piocher ce qui nous arrange, là où elle a pour voca­tion d’être avant tout un appren­tis­sage de la pensée critique et rigoureuse.

De son côté, Claude Rochet remet en pers­pec­tive l’EBMN57 au cœur de la pratique médi­cale (29 marsA184) :

J’ai eu de l’attirance au début pour cette approche née en 1980. Elle combi­nait l’approche théo­rique par consul­ta­tion des données de la recherche, l’expérience empi­rique du prati­cien (par l’archivage systé­ma­tique des compte-rendus d’intervention) et des données de contexte qui sont celles du patient. J’ai utilisé cette approche dans la concep­tion des systèmes d’information où il s’agit de contre­ba­lan­cer la science toute puis­sante des vendeurs de tech­no­lo­gies par l’expérience empi­rique de l’utilisateur et les variables de contexte d’une organisation.

Le problème est que seule est restée la partie théo­rique. Et la traduc­tion en fran­çais de “evidence” par « preuve » est trom­peuse : evidence a, en anglais, un sens beau­coup plus large que preuves (qui a en fran­çais un sens d’irréfutabilité) et intègre l’ensemble des faits. L’EBM est de fait devenu l’outil du scien­tisme pour satis­faire aux préten­tions scien­ti­fiques de l’idéologie dominante.

Il s’agit donc moins pour lui d’une critique que l’EBMN57 que celle d’une dérive de l’EBM consis­tant à exclure de la prise de déci­sion l’avis du patient et l’ex­pé­rience clinique de son méde­cin, pour ne tenir compte que des « preuves scien­ti­fiques ». C’est exac­te­ment ce qui oppose aujourd’­hui les arti­sans de la stra­té­gie mise en œuvre par l’IHU (Marseille) à leurs détracteurs.

Schéma de l’EBM
Claude Racinet le 22/09/2005 à la HAS

Dans sa présen­ta­tion Comment l’EBM peut parti­ci­per à la démarche qualité (22/09/2005) à la Haute auto­rité de santé, Claude Racinet rappe­lait sa défi­ni­tion énon­cée par Sackett DL et al. (2000A229) : « Intégration des meilleures données de la recherche à la compé­tence clinique du soignant et aux valeurs du patient ». Il était ques­tion d’obs­té­trique à cette époque, préci­sé­ment la tension entre les demandes des partu­rientes, l’ex­pé­rience des méde­cins et sages-femmes, les circons­tances cliniques et les proto­coles dictés par les données de la recherche. Cette défi­ni­tion était illus­trée par le schéma ci-joint, dont C. Rochet a repro­duit sans la commen­ter une version simpli­fiée (29 marsA184).

La compé­tence clinique occupe dans ce proces­sus une place qui ne se super­pose pas aux données de la recherche. Elle intègre une partie des préfé­rences et du compor­te­ment du patient que Racinet décri­vait ainsi :

  • La person­na­lité, l’histoire person­nelle et familiale
  • Les repré­sen­ta­tions de la santé et de la maladie
  • Les valeurs socio-culturelles
  • L’information médi­cale médiatisée
  • L’opinion du patient

C’est cette vision fonda­trice de la méde­cine fondée sur les faits (EBMN57) qu’il faudrait réha­bi­li­ter plutôt que d’op­po­ser de façon binaire les approches « scien­ti­fiques » et « empi­riques ». Marc Rameaux ajoute (21 avrilA149) :

Si l’on pous­sait à sa limite la croyance abso­lue en l’EBM, il n’y aurait plus besoin de méde­cins ou d’experts dans aucune disci­pline, seule­ment de statis­ti­ciens appli­quant méca­ni­que­ment un calcul de proba­bi­li­tés. Egalement, toute parole aurait le même poids, quelles que soient les années d’études faites dans une spécia­lité : la démo­cra­ti­sa­tion du savoir trouve sa limite dans le mérite à avoir accom­pli des études. Sans avoir nulle­ment recours aux RCT, des géné­ra­tions de méde­cins et biolo­gistes n’ont cessé d’échanger et de recou­per leurs résul­tats par des expé­riences croisées. […]

Les personnes qui divi­nisent les tirages aléa­toires et les RCT [essais rando­mi­sés contrô­lés] n’en ont compris le sens que très super­fi­ciel­le­ment. Elles ont géné­ra­le­ment appris la statis­tique comme une tech­nique formelle, qu’elles peuvent appli­quer très rigou­reu­se­ment dans leur domaine, mais sans en connaître les limites. Bradford Hill est issu du même creu­set intel­lec­tuel que Pearson et Fisher. Ces pères fonda­teurs de la statis­tique moderne connais­saient très bien l’impossibilité d’un tirage aléa­toire neutre et les ques­tions épis­té­mo­lo­giques sur les rapports entre causa­lité, corré­la­tion et hasard que la statis­tique pouvait poser. Opposer l’analyse par tirage aléa­toire et le raison­ne­ment causal ou obser­va­tion­nel était pour eux un non-sens : ils ont forgé des outils rigou­reux aussi bien pour l’un que pour l’autre.

Les incon­di­tion­nels de « la Science » sont prompts à rappe­ler, en épilogue de la saga sur la chlo­ro­quine, que la méde­cine fondée sur les faits (EBM) doit rester la pierre de touche pour la vali­da­tion d’un trai­te­ment médi­cal et le passage obli­ga­toire pour son auto­ri­sa­tion de mise sur le marché. Arnaud Fontanet l’a rappelé à la fin d’un entre­tien radio­pho­nique (4 juinA86). On est donc en droit d’es­pé­rer que la diffu­sion du vaccin contre la grippe 2020 a été précé­dée d’es­sais cliniques rando­mi­sés contrô­lés en double aveugle avec évalua­tion du rapport béné­fice sur risque !

Transmission et immunité collective

Le Canard Enchaîné, 3 juin 2020

Fin mai 2020, les courbes de morta­lité par CoVID-19 étaient sur une pente descen­dante partout en Europe : le 21 mai, la France passait au-dessous de la barre des 100 décès quoti­diens et l’Espagne en dessous de 50. Le 28 mai, le ministre de la santé Olivier Véran annon­çait que le taux effec­tif de repro­duc­tion R0 dans l’Hexagone était retombé à 0.77 — ce qui, au passage, rendait inutile la propo­si­tion d’une appli­ca­tion de traçage StopCovidN58 initia­le­ment conçue pour un taux égal ou supé­rieur à 3. Au niveau de la confi­den­tia­lité, cette appli­ca­tion “made in France” lais­sait à dési­rer puis­qu’elle utili­sait le dispo­si­tif de sécu­rité reCAPTCHA de Google qui récu­père l’adresse IP de l’uti­li­sa­teur sur un serveur… améri­cain. Ce problème du CAPTCHA avait été signalé par la CNIL le 25 mai 2020N59.

Au niveau mondial à mi-mai 2020, la barre des 290 000 morts par CoVID-19 était fran­chie, corres­pon­dant à la four­chette basse de la morta­lité d’une grippe saison­nière selon l’OMS. On peut donc se deman­der si les épidé­mies de grippe à venir donne­ront lieu aux mêmes mesures de protec­tion sani­taire que celle du SARS-CoV‑2 en 2020…

Interrogés par les médias, les experts — qui ne disposent d’au­cune donnée fiable pour appuyer leurs propos — sont parta­gés sur les raisons de l’ac­cal­mie : effet du confi­ne­ment, d’un meilleur respect des gestes barrières, du port du masque, des tests systé­ma­tiques, du chan­ge­ment de saison ? Ou une combi­nai­son de ces facteurs ? La compa­rai­son des courbes de morta­lité et leur répar­ti­tion par âges dans diffé­rentes villes et régions de France pour­rait four­nir un indice de la qualité du dépis­tage et de la prise en charge des personnes infec­tées (19 mai 2020A120) :

Source : A117

La fin de l’épi­dé­mie est condi­tion­née par le fran­chis­se­ment d’un seuil de pour­cen­tage de personnes immu­ni­sées par l’ex­po­si­tion au virus, sous réserve que cette immu­nité soit effec­tive et assez longue, ce qui n’est pas encore certain avec le SARS-CoV‑2 (voir ci-dessous). En extra­po­lant à partir des données actuelles, Xavier Deparis écri­vait à ce sujet (4 avril 2020A174) :

Pour que l’épidémie cesse, il faudra atteindre une immu­nité de masse. Par exemple, pour la rougeole, le seuil est de 95%. Ceci signi­fie que lorsque 95% de la popu­la­tion est immu­ni­sée contre la rougeole, le virus de la rougeole ne peut plus circu­ler dans la popu­la­tion et les cas de rougeole dispa­raissent ou sont extrê­me­ment rares. Dans le cas du COVID-19, compte-tenu de sa conta­gio­sité heureu­se­ment moindre que celle de la rougeole, il est possible de consi­dé­rer qu’une immu­nité de masse de l’ordre de 75% stop­pera l’épidémie. Seuls quelques cas ou foyers ponc­tuels conti­nue­ront à être obser­vés, passé ce seuil. Donc, pour un million de personnes expo­sées au COVID-19, nous décomp­te­rons en fin d’épidémie 750 000 personnes conta­mi­nées. Sur ces 750 000 personnes, 1% auront fait une forme sévère de la mala­die néces­si­tant une hospi­ta­li­sa­tion, soit 7500, dont une sur six sera décé­dée, soit 1250 [par million d’individus].

Ce calcul faisait anti­ci­per une borne supé­rieure de 83 000 morts en France. Le seul moyen d’évi­ter un bilan aussi élevé est de mettre au point des procé­dures de prise en charge des patients au stade initial de l’in­fec­tion avec des trai­te­ments adap­tés à leur cas. Prendre exemple sur l’Allemagne qui affiche 7 fois moins de décès dans des condi­tions sani­taires simi­laires à celles de la France…

Le seuil de 70% pour l’ac­qui­si­tion d’une immu­nité collec­tive au SARS-CoV‑2 a été évalué au doigt mouillé à partir d’un modèle simple de trans­mis­sion basé sur une homo­gé­néité « où nous aurions grosso modo tous la même proba­bi­lité d’infecter n’importe quel autre indi­vidu » (22 maiA113) : si R0 est le facteur de trans­mis­sion, le seuil théo­rique devrait être 100 x (1 – 1/R0). Nous avons vu que l’uni­cité de R0 était loin d’être le cas si l’on tient compte de l’exis­tence de « super-contaminateurs » dont la charge virale serait un million de fois supé­rieure à celle des autres sujets infec­tés (voir Dépister ci-dessus). On observe donc plutôt des clus­ters de conta­mi­na­tion induits par des réunions dans un espace clos (réunions fami­liales etc.) en présence d’au moins une personne super-contaminatrice… La trans­mis­sion par les « aéro­sols » — les micro­par­ti­cules émises par des personnes conta­mi­nées — est trop négli­gée dans les pratiques de port du masque en milieu fermé (Dupagne D, 2021A4). L’évolution n’est plus expo­nen­tielle mais les chaînes de conta­mi­na­tion forment une arbo­res­cence (20 mai 2020A118) :

Chaîne de conta­mi­na­tion dans un espace hété­ro­gène. Source : A118

Ce modèle de trans­mis­sion prédi­sait une deuxième vague de conta­mi­na­tion, en automne, nette­ment moins impor­tante que celle anti­ci­pée par le modèle SIR. Il semble que cette prédic­tion se soit avérée exacte. Toutefois, on ne connaît pas l’évo­lu­tion dans le temps de cette hété­ro­gé­néité. Lise Barnéoud écri­vait (22 mai 2020A113) :

« Notre réseau est peut-être hété­ro­gène actuel­le­ment parce que les travailleurs essen­tiels sont au front alors que la plupart d’entre nous sont à la maison », souligne Nathalie Dean, biosta­tis­ti­cienne à l’Université de Floride. Mais que se passe-t-il en « temps de paix » ? « Notre struc­ture en réseau ne tendrait-elle pas à deve­nir plus homo­gène ? » Ce serait pour le coup une très mauvaise nouvelle. Chacun de nous devien­drait une porte ouverte au virus, qui pour­rait alors entrer de toute part dans l’organisme géant de la popu­la­tion. Ce qui se tradui­rait par une deuxième vague catastrophique.

Avec des modèles prenant en compte les situa­tions locales réelles, des épidé­mio­lo­gistes situent le seuil d’im­mu­nité collec­tive entre 10 et 20%. Le facteur de repro­duc­tion R0 n’est donc pas suffi­sant pour prédire l’éten­due de l’épi­dé­mie. Une équipe de mathé­ma­ti­ciens concluait (16 avril 2020A158) :

[…] Nous réité­rons que lorsque l’on tient compte de la distri­bu­tion complète des cas secon­daires causés par une personne infec­tée, il n’y a pas de rela­tion directe entre R0 et la taille d’une vague de conta­mi­na­tion. Nous insis­tons égale­ment sur le fait que R0 et la distri­bu­tion complète des cas secon­daires ne sont pas des proprié­tés de la mala­die elle-même, mais plutôt des proprié­tés du patho­gène, de la popu­la­tion hôte et du contexte de l’épi­dé­mie. Néanmoins, nous four­nis­sons une métho­do­lo­gie simple pour traduire les esti­ma­tions de l’hé­té­ro­gé­néité de la trans­mis­sion en prévi­sions épidé­miques. Dans l’en­semble, la prévi­sion de la taille de l’épi­dé­mie sur la base de données précoces est un défi incroya­ble­ment complexe, mais qui est de plus en plus à portée de main en raison de nouvelles analyses mathé­ma­tiques et d’une commu­ni­ca­tion plus rapide des données de santé publique.

Il reste que la trans­mis­sion du virus reste condi­tion­née par la distan­cia­tion physique. L’hypothèse d’un seuil moins élevé pour l’im­mu­nité collec­tive ne devrait donc pas servir de prétexte au relâ­che­ment de toute précau­tion sanitaire.

L’épidémiologiste Sunetra Gupta, au Royaume-Uni, défen­dait un modèle opposé de celui de Neil Ferguson à l’Imperial College. Alors que Ferguson, sur la seule base des tests séro­lo­giques, affirme que la CoVID-19 aurait touché une très petite frac­tion de la popu­la­tion et qu’elle reste une mala­die grave à forte léta­lité, Gupta esti­mait au contraire que près de 50% de la popu­la­tion aurait été expo­sée au virus et que le taux de léta­lité ne dépas­se­rait pas 0.1% : « Quelque part entre 0.01 et 0.1% ». Elle décla­rait (21 mai 2020A115) :

Dans presque tous les contextes, nous avons vu l’épidémie croître, s’in­ver­ser et dispa­raître — presque comme une horloge. Différents pays ont eu des poli­tiques de confi­ne­ment diffé­rentes, et pour­tant ce que nous avons observé est presque un modèle de compor­te­ment uniforme très cohé­rent avec le modèle SIR [Susceptible, Infectious, RemovedN25]. Pour moi, cela suggère qu’une grande partie de la force en jeu est due à la consti­tu­tion de l’im­mu­nité. Je pense que c’est une expli­ca­tion plus parci­mo­nieuse que celle qui implique que dans chaque pays le confi­ne­ment (ou divers degrés de confi­ne­ment, y compris aucun confi­ne­ment) ait eu le même effet.

La jour­na­liste F Sayers expli­quait (21 mai 2020A115) :

Selon elle, les études d’an­ti­corps, bien qu’u­tiles, n’in­diquent pas le véri­table niveau d’ex­po­si­tion ou le niveau d’im­mu­nité. Premièrement, de nombreux tests d’an­ti­corps sont « extrê­me­ment peu fiables » et reposent sur des groupes repré­sen­ta­tifs diffi­ciles à construire. Mais, plus impor­tant encore, de nombreuses personnes qui ont été expo­sées au virus béné­fi­cie­raient d’autres types d’im­mu­nité qui n’ap­pa­raissent pas dans les tests d’an­ti­corps — soit pour des raisons géné­tiques, soit en raison d’im­mu­ni­tés préexis­tantes à des coro­na­vi­rus appa­ren­tés tels que le rhume. […]

Elle ne croit pas que le taux de R0 soit un outil utile pour prendre des déci­sions sur les poli­tiques gouver­ne­men­tales, car un taux de R0 dépend « prin­ci­pa­le­ment du nombre de personnes immu­ni­sées » et nous n’avons pas cette infor­ma­tion. Elle consi­dère que les nombres de décès sont la seule mesure fiable et que le nombre de cas ne devrait même pas être pris en compte car il dépend forte­ment de la quan­tité de tests effectués.

Début juin, des données nouvelles ont été publiées qui renfor­çaient l’hy­po­thèse de l’ac­qui­si­tion par certains groupes humains d’une immu­nité adap­ta­tive suite à l’ex­po­si­tion anté­rieure à d’autres agents infec­tieux. On cite pour exemple le cas de personnes âgées qui résis­taient bien au virus de la grippe H1N1, ayant conservé une réponse cyto­toxique CD8 acquise contre d’autres souches de virus qui circu­laient dans les décen­nies précé­dentes. Alba Grifoni et al. (14 mai 2020A123) ont montré qu’il exis­tait des lympho­cytes T CD4+N60 protec­teurs du SARS-CoV‑2 chez 40 à 60% des personnes qui n’avaient pas été expo­sées à ce virus, ce que l’on peut quali­fier d’immu­nité croi­sée.

Fin mai 2020 a été publiée une expli­ca­tion du fait que les enfants sont nette­ment mieux proté­gés contre le SARS-CoV‑2. Plusieurs facteurs entre­raient en compte, entre autres qu’ils ont déve­loppé des anti­corps lors d’ex­po­si­tions à d’autres virus auxquels ils étaient plus sensibles que les personnes âgées. Les auteurs de l’étude commentent (Carsetti R et al., 1er juin 2020A98) :

Chez l’homme, les anti­corps natu­rels sont produits par les MBC [lympho­cytes B à mémoireN61] innés ou IgM [N62], une popu­la­tion de MBC qui est géné­rée indé­pen­dam­ment des centres germi­na­tifs et qui est la plus abon­dante chez les enfants. […] À partir de cette popu­la­tion de cellules B, triées dans le sang de jeunes adultes jamais expo­sés au virus de la grippe aviaire, nous avons cloné des anti­corps humains capables de neutra­li­ser divers sous-types de grippe H1, H2, H5, H6, H8 et H911. Ainsi, les MBC innés ou IgM peuvent se lier à de nombreux micro-organismes incon­nus différents. […]

Avec le vieillis­se­ment, la malnu­tri­tion, l’im­mu­no­sup­pres­sion et les états de comor­bi­dité, notre système immu­ni­taire perd la capa­cité de s’adap­ter à la nouveauté. Bien que les vaccins soient la voie à suivre, dans des situa­tions d’ur­gence telles que la pandé­mie de COVID-19, l’en­quête et l’uti­li­sa­tion d’ou­tils immu­ni­taires dont la nature a doté les enfants pour­raient amélio­rer les résul­tats de la gestion.

À l’IHU de Marseille, les cher­cheurs ont signalé qu’un grand nombre d’en­fants avaient fabri­qué des anti­corps contre les coro­na­vi­rus en circu­la­tion qui les touchent majo­ri­tai­re­ment lors d’épi­dé­mies annuelles, et que cette immu­nité était suscep­tible de les proté­ger aussi bien contre le SARS-CoV‑2 (2 juin 2020A96).

La campagne de tests séro­lo­giques d’an­ti­corps — qui battait son plein début juin 2020 — est-elle légi­time pour offrir des « passe­ports d’im­mu­nité » dans le cadre du décon­fi­ne­ment ? L’OMS en doute, mais des cher­cheurs s’élèvent contre cette recherche à tout prix d’une preuve factuelle de leur effi­ca­cité. Weinstein MC et al. écrivent dans le NEJM (5 juinA85) :

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a publié les lignes direc­trices suivantes : « À ce stade de la pandé­mie, il n’y a pas suffi­sam­ment de preuves de l’ef­fi­ca­cité de l’im­mu­nité à média­tion par anti­corps pour garan­tir l’exac­ti­tude d’un “passe­port d’im­mu­nité” ou d’un “certi­fi­cat sans risque”. »

L’OMS a raison de noter les nombreuses incer­ti­tudes. Les anti­corps confèrent-ils une immu­nité et, si oui, pendant combien de temps ? Quelle est la préci­sion du test d’an­ti­corps ? Quels sont les préju­dices indi­vi­duels et collec­tifs qui peuvent être causés si des personnes sans réelle immu­nité sont certi­fiées pour retour­ner sur le lieu de travail ? Quelle est la mesure du danger que des personnes déses­pé­rées de retour­ner au travail cherchent à s’ex­po­ser inten­tion­nel­le­ment au virus dans l’es­poir de déve­lop­per des anticorps ?

Mais nous pensons que l’OMS a tout à fait tort de suggé­rer que nous ne pouvons pas agir tant que nous ne garan­tis­sons pas l’exac­ti­tude du proces­sus de certi­fi­ca­tion d’im­mu­nité. Des preuves irré­fu­tables et exigeantes peuvent être appro­priées dans le monde étroit de la recherche scien­ti­fique savante. Mais dans le contexte d’une pandé­mie qui fait rage, nous n’avons tout simple­ment pas le luxe de suspendre les déci­sions jusqu’à ce que toutes les preuves perti­nentes puissent être rassem­blées. Ne pas agir est en soi une action qui entraîne des coûts et des consé­quences sani­taires considérables.

Less auteurs pour­sui­vaient en nous rame­nant au débat de la méde­cine fondée sur les faits (EBMN57) évoqué plus haut dans la contro­verse sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine (5 juinA85) :

Pour les soignants, agir à partir d’ infor­ma­tions incom­plètes n’est pas une idée révo­lu­tion­naire. Pratiquer la méde­cine signi­fie s’ap­puyer sur des preuves impar­faites pour équi­li­brer au jour le jour les béné­fices et risques. Les méde­cins utilisent quoti­dien­ne­ment des tests d’une préci­sion infé­rieure à 100%, sachant qu’il y aura toujours des faux posi­tifs et des faux néga­tifs. Lorsque nous jugeons que les avan­tages probables d’agir sur un diag­nos­tic correct l’emportent sur les incon­vé­nients possibles d’une action erro­née sur un diag­nos­tic incor­rect, nous agis­sons. Nous choi­sis­sons de réali­ser des appen­di­cec­to­mies, par exemple, même si nous avons rare­ment des preuves irré­fu­tables que l’ap­pen­dice d’un patient est enflammé. Bien que nous arri­vions à des poli­tiques de santé publique et à des déci­sions cliniques par diffé­rentes voies, dans les deux domaines, nous devons souvent faire des choix avec des preuves moins que parfaites. […]

Ceux qui pensent qu’au­cun avan­tage écono­mique ne justi­fie le risque de propa­ga­tion de la CoVID-19 peuvent se réfu­gier dans le choix de ne pas rouvrir l’éco­no­mie jusqu’à ce que toute la popu­la­tion soit couverte par un vaccin complè­te­ment effi­cace ou qu’un trai­te­ment haute­ment effi­cace soit large­ment dispo­nible. À l’autre extrême se trouve la solu­tion trou­vée par ceux qui voudraient rouvrir l’éco­no­mie sans tenir compte des risques que les travailleurs indi­vi­duels encour­raient et impo­se­raient aux autres. […]

[…] nous avons suffi­sam­ment de preuves et d’avis d’ex­perts pour prendre une déci­sion éclai­rée aujourd’­hui. Et nous pouvons mettre en place des systèmes de surveillance pour tirer des ensei­gne­ments de cette déci­sion afin de pouvoir faire des choix encore meilleurs demain.

Fin juin, on a assisté en Europe à ce que des propos alar­mistes dési­gnaient comme une deuxième vague marquée par des clus­ters impor­tants d’in­fec­tion, notam­ment autour d’abat­toirs en Allemagne. Certains commen­ta­teurs objectent que les statis­tiques enre­gistrent plus de cas d’in­fec­tions du simple fait de la géné­ra­li­sa­tion des tests, alors que le discours offi­ciel met plutôt en garde contre le non-respect des règles sanitaires.

Le virus est en circu­la­tion « à bas bruit » chez des sujets testés posi­tifs non-symptomatiques, ce qui a pour consé­quence directe que le taux de léta­lité (rapport du nombre d’in­di­vi­dus décé­dés aux nombre d’in­di­vi­dus infec­tés) dimi­nue mathé­ma­ti­que­ment. C’était le cas aux États-Unis qui prati­quaient un dépis­tage à grande échelle fin juin 2020. Mais Christian Perronne semblait igno­rer ce fait quand il affir­mait que la léta­lité cinq fois plus faible aux USA qu’en France prou­ve­rait que notre prise en charge des patients est inadéquate…

Il se peut aussi que le SARS-CoV‑2 perde de sa viru­lence : au Royaume-Uni, les taux de décès de patients hospi­ta­li­sés fin juin 2020 — donc symp­to­ma­tiques — étaient le quart de ceux pendant le pic de la vague initiale (26 juin 2020A66). Toutefois, début juillet 2020 l’OMS signa­lait que la pandé­mie était encore en pleine expan­sion, entre autres « hors de contrôle » aux États-Unis où le nombre de morts était vrai­sem­bla­ble­ment sous-évalué (1er juillet 2020A63), en Inde et en Amérique du Sud : Brésil, Chili… Des clus­ters inquié­tants se sont produits en Chine.

Dans sa lettre Spécial Coronavirus n°14 (3 juillet 2020), le Journal inter­na­tio­nal de méde­cine (JIM​.fr) souli­gnait l’ef­fet trompe-l’œil des statis­tiques compa­ra­tives entre les pays, les infor­ma­tions étant « parfois rassu­rantes lors­qu’elles proviennent de régions en phase précoce de décon­fi­ne­ment, souvent inquié­tantes quand elles émanent d’états touchés plus récem­ment » :

Impression renfor­cée lorsque l’on se penche à la fois sur l’évo­lu­tion du nombre de cas quoti­diens (tribu­taire des capa­ci­tés de dépis­tage par RT-PCR et donc le plus souvent en hausse) et sur celle du nombre jour­na­lier de morts impu­tables au virus.

Globalement si l’on se situe à l’échelle de la planète dans son ensemble, les données les plus fiables (nombre de décès) montrent un recul de la gravité de la pandé­mie avec par exemple 9796 décès le 30 avril 2020 contre 4193 le 1er juillet.

Au mois d’août 2020 a été émise l’hy­po­thèse d’une muta­tion du SARS-CoV2 qui l’au­rait rendu moins viru­lent, expli­quant le déca­lage entre une augmen­ta­tion signi­fi­ca­tive du nombre de cas mais pas de celui des décès. Cette hypo­thèse avait été écar­tée : des infec­tio­logues (dont Karine Lacombe) ont reconnu début septembre 2020 qu’une variante du virus serait effec­ti­ve­ment en circu­la­tion, mais qu’elle était déjà présente en mars-avril sur le sol français.

Cette décla­ra­tion est contre­dite par des travaux mention­nés par l’IHU de Marseille selon lesquels sept muta­tions auraient été repé­rées dès l’été 2020, lais­sant espé­rer un affai­blis­se­ment de leur léta­lité : « Les muta­tions que nous voyons sont asso­ciés avec la dégra­da­tion des orga­nismes [du virus]. Quand ça se passe, c’est que ça va mal pour la bestiole », décla­rait Didier Raoult (9 septembre 2020A40). Pour d’autres détails sur les muta­tions du SARS-CoV‑2, voir l’ar­ticle d’Anne Goffard (13 septembre 2020A38). Les données sont parta­gées sur la base de données GISAIDN63.

Le suivi sur la plate­forme NextstrainN64 qui, fin septembre 2020 , avait collecté près de 1500 génomes, montrait que des muta­tions de l’ARN du SARS-CoV‑2 auraient lieu envi­ron tous les 15 jours. Le virus s’adapte à de nouveaux terri­toires et de nouvelles popu­la­tions. SW Long et son équipe en ont séquencé les génomes dans la région de Houston (Texas) et observé (16 septembre 2020A33) :

Pratiquement toutes les souches de la deuxième vague ont un acide aminé de rempla­ce­ment Gly614 de la protéine de pointe, un poly­mor­phisme qui a été lié à une trans­mis­sion et une infec­ti­vité accrues. Les patients infec­tés par les souches variantes Gly614 avaient des charges virales signi­fi­ca­ti­ve­ment plus élevées dans le naso­pha­rynx lors du diag­nos­tic initial. Nous avons trouvé peu de preuves d’une rela­tion signi­fi­ca­tive entre les géno­types de virus et une modi­fi­ca­tion de la viru­lence souli­gnant le lien entre la gravité de la mala­die, les condi­tions médi­cales sous-jacentes et la géné­tique de l’hôte.

Au sujet de cet acide aminé 614 de la protéine de pointe, Anthony Fauci préci­sait (25 septembre 2020A31) :

[…] c’est la partie du virus qui se lie au récep­teur ACE2, et dans des études in vitro et d’autres études, il semble que cela se lie plus faci­le­ment au récep­teur, ce qui suggé­re­rait peut-être que cela signi­fie qu’il est plus trans­mis­sible. Pas grand-chose sur la viru­lence mais plus trans­mis­sible. La décou­verte de la domi­nance de ce virus muté coïn­cide avec les gros pics que nous avons vus dans ce pays, vous pouvez donc inter­pré­ter qu’il devient plus trans­mis­sible et que le pic est dû à la muta­tion. Ou vous pouvez dire que le virus qui s’est propagé si rapi­de­ment était le virus qui a conduit à cette muta­tion qui allait se propa­ger plus rapi­de­ment de toute façon, mais vous devez garder à l’es­prit qu’il y a une possi­bi­lité qu’ap­pa­raissent des muta­tions qui pour­raient avoir une signi­fi­ca­tion fonctionnelle.

Hélène Banoun, phar­ma­cienne biolo­giste ancien­ne­ment char­gée de recherches à l’INSERM, a essayé d’ex­pli­quer par l’évo­lu­tion du virus la perte de viru­lence appa­rente du SARS-CoV‑2. Elle confirme ses obser­va­tions à la fin de l’été (septembre 2020A34) :

Il n’est pas impos­sible que tous les coro­na­vi­rus des rhumes banals, lorsque qu’ils ont sauté de l’ani­mal à l’homme (ils sont tous à l’ori­gine respon­sables de zoonoses), aient commencé leur course évolutive comme le SARS-CoV‑2 avec une pandémie comme pour la Covid-19. Mais à l’époque les moyens d’in­ves­ti­ga­tions en viro­lo­gie et en biolo­gie moléculaire n’exis­taient pas et on ne les a pas repérés.

On connaît les autres coro­na­vi­rus des rhumes comme des virus banals ; les viro­lo­gistes alle­mands Ulf Dittmer et Christian Drosten pensent que le SARS-CoV‑2 pour­rait se trans­for­mer en virus de rhume banal (Dittmer et Drosten, 2020).

Cette évolution semble commune aux virus émergents (atténuation virale). Des muta­tions impor­tantes du point de vue évolutif sont appa­rues dans les gènes codant des protéines qui inter­agissent avec le système immu­ni­taire de l’hôte. Une des prin­ci­pales muta­tions (dans la polymérase virale) est logi­que­ment associée à une plus grande fréquence de muta­tions dans tout le génome. Cette fréquence fluc­tue au fil du temps et montre un pic au moment où l’épidémie a été la plus active. Ces deux phénomènes liés pour­raient donc expli­quer l’évolution vers un phénotype bénin du SARS-CoV‑2.

À mi-septembre 2020, Lise Barnéoud a cité de nombreux travaux sur l’im­mu­nité face au SARS-CoV‑2 dans son article Covid et immu­nité : des pistes négli­gées ?, concluant qu’on sous-estime proba­ble­ment la part de la popu­la­tion immu­ni­sée. Elle écri­vait notam­ment au sujet des cellules T (15 septembre 2020A35) :

Pour les scien­ti­fiques, les lympho­cytes T sont les véri­tables chefs d’orchestre de notre système immunitaire.

Les études qui se sont penchées sur ces cellules en trouvent quasi systé­ma­ti­que­ment dans le sang des personnes qui ont été conta­mi­nées par le SARS-CoV‑2 (voir notam­ment les travaux menés à Strasbourg […], en Suède […], à Berlin […] ou en Californie […]). Tout comme les IgA, on en détecte égale­ment chez des personnes expo­sées au virus mais n’ayant jamais déve­loppé de symp­tômes et dont la séro­lo­gie clas­sique ne révèle aucun anti­corps circu­lant. Dans l’étude suédoise, parmi 30 personnes proches de cas diag­nos­ti­qués et 55 donneurs de sang, les deux tiers présen­taient des lympho­cytes T dans leur sang mais pas d’anticorps IgG anti SARS-CoV‑2.

Plus frap­pant encore : on retrouve des lympho­cytes T qui réagissent au SARS-CoV‑2 dans des échan­tillons de sang préle­vés… avant 2019, donc avant la pandé­mie ! Dans l’étude menée en Californie, de tels lympho­cytes étaient ainsi détec­tés dans la moitié des 20 échan­tillons de sang préle­vés entre 2015 et 2018. « Cela pour­rait reflé­ter l’existence, chez certains indi­vi­dus, d’une immu­nité croi­sée préexis­tante », concluent les auteurs. […]

Problème : mesu­rer et analy­ser ces lympho­cytes T néces­site des tech­niques d’analyse beau­coup plus lourdes et coûteuses que pour les anti­corps. Impossible pour l’heure de les tester en routine. […]

« Intuitivement, on peut penser que [les lympho­cytes T] nous protègent mais l’immunologie est l’endroit où l’intuition se meurt », dit Donna Farber, micro­bio­lo­giste à l’université Columbia (New York). […]

Cependant, cette vision tron­quée pour­rait nous four­voyer dans le déve­lop­pe­ment des vaccins. Bon nombre de projets se concentrent unique­ment sur les anti­corps circu­lants capables de neutra­li­ser une seule protéine du virus : la fameuse Spike [spicule].

Elle concluait (15 septembre 2020A35) :

La pandé­mie a révélé l’importance d’une réponse loca­li­sée et diffé­ren­ciée en fonc­tion des carac­té­ris­tiques des zones touchées. De même, il semble désor­mais néces­saire d’adopter un regard beau­coup plus terri­to­ria­lisé et diver­si­fié de notre corps pour appré­hen­der son immunité.

Début octobre 2020, les chiffres des conta­mi­na­tions et de hospi­ta­li­sa­tions, en France comme dans d’autres pays, ont suscité des commen­taires divi­sés entre ceux qui croyaient détec­ter une « crois­sance expo­nen­tielle » de l’épi­dé­mie CoVID-19 et ceux qui déce­laient au contraire un fléchis­se­ment de son inci­dence. Dominique Dupagne s’ap­puyait sur ces données pour conclure que nous ne serions pas au seuil d’une « deuxième vague » mais plutôt de « répliques » de moindre ampli­tude (1er octobre 2020A30) :

La rela­tion inverse entre l’intensité des répliques et l’ampleur de la première vague suivant les régions confirme s’il en était besoin que l’immunité collec­tive est réelle. Cette immu­nité collec­tive n’est pas correc­te­ment évaluée par le taux de sujets séro­lo­gi­que­ment posi­tifs, c’est à dire portant des anti­corps diri­gés contre le SARS-CoV2 (immu­nité humo­rale). Ce n’est pas surpre­nant car nous savons que l’immunité dite « cellu­laire », impos­sible à détec­ter par des analyses sanguines, joue un rôle impor­tant dans cette immu­nité collective.

Les hôpi­taux vont encore vivre des semaines diffi­ciles dans les zones où les répliques sont les plus fortes. Ils pour­raient être tran­si­toi­re­ment satu­rés, et ce risque justi­fie plei­ne­ment des mesures dras­tiques loca­li­sées comme la ferme­ture des bars et restau­rants à Marseille. Mais globa­le­ment, nous avons mangé notre pain noir.

Faut-il pour autant relâ­cher notre vigi­lance ? Certainement pas. Cette situa­tion a été permise par les mesures mises en place depuis plusieurs mois comme l’imposition du masque à l’intérieur des bâti­ments et l’incitation forte au télé­tra­vail. Il faudra conti­nuer à respec­ter ces mesures indis­pen­sables quelques mois.

Les statis­tiques ont malheu­reu­se­ment contre­dit cet opti­misme. Fin 2020, la deuxième vague (ou deuxième épidé­mie ?) est appa­rue, en France, comme plus coûteuse que la première en vies humaines :

Source : A2

Début 2020, le discours offi­ciel, en Europe et en Amérique du Nord, consis­tait à faire patien­ter la popu­la­tion dans l’at­tente d’une « immu­nité collec­tive » qui pour­rait acquise grâce à la vacci­na­tion de masse. Le premier ministre fran­çais Jean Castex l’an­non­çait à mi-mars « pour le 14 juillet 2021 »… Cette pers­pec­tive pour­rait être tota­le­ment illu­soire, comme l’ex­pose un article de Nature (Aschwanden C, 18 mars 2020A8), cela pour cinq raisons :

  1. La capa­cité des vaccins à empê­cher la trans­mis­sion du virus est encore inconnue
  2. Le déploie­ment des vaccins est inégal selon les zones géogra­phiques, favo­ri­sant la résur­gence de nouveaux foyers de contamination
  3. Les variants modi­fient de manière impré­vi­sible les para­mètres de la contagion
  4. Aucune donnée fiable n’existe sur la durée de l’im­mu­nité acquise par la vacci­na­tion ou la maladie
  5. Les sujets vacci­nés, se perce­vant comme proté­gés, auront tendance à renon­cer aux gestes barrières et entrer en contact avec plus de personnes

La piste de la « variolisation »

Cette piste a été suggé­rée par Monica Gandhi et George W Rutherford dans leur étude épidé­mio­lo­gique sur le port du masque (8 septembre 2020A41). Un extrait de leur article est dispo­nible en fran­çais (B‑A Gaüzère, 5 octobre 2020A29). Ils sont partis d’ob­ser­va­tions telles que :

Lors d’une épidé­mie surve­nue sur un bateau de croi­sière argen­tin fermé, où les passa­gers ont reçu des masques chirur­gi­caux et le person­nel des masques N95, le taux d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique a été de 81 % versus 20 % lors des précé­dentes épidé­mies sur des bateaux de croi­sière sans masquage univer­sel. Lors de deux récentes flam­bées dans des usines alimen­taires améri­caines, où tous les travailleurs ont été obli­gés de porter des masques, la propor­tion d’in­fec­tions asymp­to­ma­tiques parmi plus de 500 personnes infec­tées a été de 95 %, 5 % seule­ment présen­tant des symp­tômes légers à modé­rés. Les taux de léta­lité dans les pays où le masquage est obli­ga­toire ou appli­qué à l’en­semble de la popu­la­tion sont restés faibles, même après la levée du confinement.

La vario­li­sa­tionN65 était un proces­sus par lequel les personnes sensibles à la variole étaient inocu­lées avec du maté­riel prélevé sur une vési­cule d’une personne atteinte de variole, dans le but de provo­quer une infec­tion légère et une immu­nité subsé­quente. La vario­li­sa­tion n’a été prati­quée que jusqu’à l’in­tro­duc­tion du vaccin vario­lique, qui a fina­le­ment éradi­qué la variole.

Une autre obser­va­tion est que la dose de virus reçue à l’in­fec­tion serait corré­lée à la gravité des symp­tômes obser­vés, comme véri­fié par une expé­ri­men­ta­tion animale : « […] des doses plus élevées de virus admi­nis­trées ont conduit à des mani­fes­ta­tions plus graves de Covid-19 dans un modèle de hamster syrien d’in­fec­tion par le SARS-CoV‑2 » (14 juillet 2020A52). Par consé­quent, bien qu’une personne proté­gée par un masque ne soit pas tota­le­ment à l’abri d’une conta­mi­na­tion, la faible quan­tité de virus trans­mis pour­rait induire chez elle une infec­tion asymp­to­ma­tique ou avec des symp­tômes très atté­nués (8 septembre 2020A41) :

Le taux typique d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique par le SARS-CoV‑2 a été estimé à 40% par le CDC [Center for Disease Control aux USA] à la mi-juillet, mais les taux d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique seraient supé­rieurs à 80% dans les milieux avec masquage facial univer­sel, ce qui four­nit des preuves d’ob­ser­va­tion pour cette hypo­thèse. Les pays qui ont adopté le masquage à l’échelle de la popu­la­tion ont obtenu de meilleurs résul­tats en termes de taux de mala­dies graves liées à la Covid et de décès, ce qui, dans des envi­ron­ne­ments où les tests sont limi­tés, suggère un passage des infec­tions symp­to­ma­tiques aux infec­tions asymp­to­ma­tiques. Une autre expé­rience du modèle de hamster syrien a simulé le masquage chirur­gi­cal des animaux et a montré qu’a­vec le masquage simulé, les hamsters étaient moins suscep­tibles d’être infec­tés, et s’ils étaient infec­tés, ils étaient soit asymp­to­ma­tiques ou avaient des symp­tômes plus légers que les hamsters non masqués.

Vers un vaccin ?

La pers­pec­tive d’un vaccin était rresté loin­taine malgré la commu­ni­ca­tion média­tique des équipes enga­gées sur ce projet et les spécu­la­tions dont il faisait l’ob­jet sur les marchés finan­ciers (19 mai 2020A119) avant même son exis­tence — certains réus­sissent à vendre la peau de l’ours avant de l’avoir tué

Christian Bréchot, viro­logue, ancien direc­teur de l’Inserm puis de l’Institut Pasteur, aujourd’hui président du Global Virus Network (GVNN66), décla­rait sur France Info le 11 avril 2020A163 : « Jusqu’à présent personne n’a fait un vaccin effi­cace contre un coro­na­vi­rus humain. Je pense qu’on y arri­vera, mais ça n’est pas simple. » D’autres spécia­listes estiment que cette absence de résul­tat serait plutôt liée au moindre inves­tis­se­ment sur les épidé­mies précé­dentes : une centaine de projets de vaccins étaient à l’étude début mai 2020. Les stra­té­gies corres­pon­dantes ont été décrites par Pandey SC et al. qui concluaient (12 juin 2020A79) :

[…] des études précli­niques sur les candi­dats vaccins SAR-CoV‑2 devront peut-être être menées paral­lè­le­ment aux essais cliniques. Mais en réalité, les vaccins contre le SARS-CoV‑2 ne seront pas dispo­nibles avant 12 à 18 mois en raison des limi­ta­tions telles que l’in­dis­po­ni­bi­lité de modèles animaux appro­priés pour véri­fier l’ef­fi­ca­cité et la toxi­cité avant de passer aux essais cliniques. De plus, ils doivent être conformes aux bonnes pratiques de fabri­ca­tion (cGMP) pour assu­rer la sécu­rité des humains.

Dans un article bien docu­menté (3 mai 2020A137), Emma Khan (nom d’emprunt) déve­lop­pait l’ar­gu­men­taire suivant :

L’immunité de groupe est une notion qui repose unique­ment sur des modé­li­sa­tions mathé­ma­tiques tirées d’observations à partir de la rougeole pendant l’ère pré-vaccinale. Ces modé­li­sa­tions et les stra­té­gies préven­tives qui en sont issues ont failli à éradi­quer cette maladie […]

L’OMS avait pour­tant prévenu en 1949N67 de l’impossibilité d’éradiquer la mala­die avec un vaccin qui ne confé­re­rait pas une immu­nité aussi solide que celle de la mala­die… On observe toujours des flam­bées de rougeole dans des popu­la­tions vacci­nées à 99% (pour­cen­tage des enfants de 2 ans), et ceci est dû soit à des échecs primaires (non répon­deur au vaccin) soit à des échecs secon­daires (immu­nité décrois­sante avec le temps)… De plus de fortes contraintes géné­tiques sont garantes de la stabi­lité du virus de la rougeole ; au contraire des coro­na­vi­rus qui sont très suscep­tibles de muter.

[Les stra­té­gies préven­tives] failli­ront encore plus à maitri­ser le Covid-19 dû à un virus émergent, donc mal connu, dont les carac­té­ris­tiques en termes épidé­mio­lo­giques semblent bien loin de celui de la rougeole, d’après ce qu’on sait du SARS-CoV de 2003 et de ce qu’on a appris du SARS-CoV‑2.

Les tenta­tives pour mettre au point un vaccin contre le SARS de 2003 (dû à un proche parent de SARS-CoV‑2) ont toutes échoué depuis, en parti­cu­lier à cause de la surve­nue de graves phéno­mènes immuno-pathologiques, dont la redou­table faci­li­ta­tion de l’infection induite par certains types d’anticorps. […]

[Selon] deux étudesA155 (une alle­mande et l’autre chinoise) sur la séro­lo­gie, la présence d’anticorps n’est pas corré­lée à la dispa­ri­tion du virus (les anti­corps ne sont donc pas « neutra­li­sants » in vivo contrai­re­ment à ce qui se passe in vitro).

[…] les médias conti­nuent à écrire « anti­corps neutra­li­sants » sans préci­ser qu’il s’agit d’une neutra­li­sa­tion IN VITRO et que IN VIVO, ces anti­corps [« de liai­son »N68] semblent plutôt jouer un rôle facilitateur…

Un article de RL Ropert & KE Rehm sur les tenta­tives précé­dentes de vacci­na­tion contre des coro­na­vi­rus SARS est cité à l’ap­pui (2009A228) :

La plus grande crainte chez les vacci­no­logues est la créa­tion d’un vaccin qui serait non seule­ment inef­fi­cace, mais qui exacer­be­rait la mala­die [Antibody Dependent Enhancement, ADEN69]. Malheureusement, les vaccins contre la CoV ont des anté­cé­dents d’aug­men­ta­tion de la mala­die, notam­ment avec les CoV félins.

Des articles comme celui publié dans Nature (21 avril 2020A152) renforcent cette crainte. On peut lire sur Wikipedia Antibody Dependent Enhancement (ADEN69) :

L’ADE est peut-être la raison pour laquelle l’évo­lu­tion du SRAS et du COVID-19 est plus grave pour les personnes âgées que pour les personnes plus jeunes. Il est probable que chez les personnes âgées, la produc­tion d’an­ti­corps est plus lente et, au moment où les anti­corps sont déve­lop­pés avec un taux suffi­sant pour neutra­li­ser le virus, le virus a changé ses déter­mi­nants anti­gé­niques. Dans ce cas, les anti­corps neutra­li­sants immuno-dominants pour­raient commen­cer à former des complexes instables avec la nouvelle forme du virus et commen­cer à infec­ter les monocytes/macrophages, causant l’ADE. Ce proces­sus peut déclen­cher une infec­tion géné­ra­li­sée des cellules immu­ni­taires dans plusieurs organes et une tempête de cyto­kinesN70.

Autrement dit, un indi­vidu vacciné serait a priori jugé « immu­nisé » en raison du taux impor­tant d’an­ti­corps — seul critère d’ef­fi­ca­cité d’un vaccin — jusqu’au moment où il serait confronté au virus sauvage dont la péné­tra­tion serait au contraire faci­li­tée par les anti­corps de liai­son. C’est ce qui s’est produit avec des tenta­tives de vaccins contre la dengueN71, le virus respi­ra­toire syncy­tial (SRVN72) et le SARSN73. Quatre vaccins contre le SARS admi­nis­trés à des furets parais­saient parfai­te­ment effi­caces, vue l’aug­men­ta­tion de leurs taux d’an­ti­corps, jusqu’à ce que ces animaux soient expo­sés au virus et meurent à cause de ce renfor­ce­ment immu­ni­taire. Dans les années 1960, un essai de vacci­na­tion contre le SRV en urgence sur 35 enfants — sans expé­ri­men­ta­tion animale préa­lable — s’était déjà soldé par deux décès, susci­tant une vive émotion (1998A230).

Il est donc risqué de griller les étapes des essais, comme cela semble avoir été le cas dans la course aux vaccins CoVID-19. Toutefois, les travaux d’im­mu­no­logues tendent à mini­mi­ser ce risque de renfor­ce­ment de la mala­die par les anti­corps. Selon A Grifoni et collègues (14 mai 2020A123 page 8) :

Il y a eu des inquié­tudes au sujet de l’aug­men­ta­tion vacci­nale de la mala­die selon certaines approches vacci­nales de la COVID-19, via l’amé­lio­ra­tion immu­no­dé­pen­dante (ADE) ou le déve­lop­pe­ment de réponses TH2 […]. Ici, nous avons vu des réponses TH1 prédo­mi­nantes dans les cas de conva­les­cents de COVID-19, avec peu ou pas de cyto­kines TH2. Il est clair que d’autres études sont néces­saires, mais les données ici semblent repré­sen­ter prin­ci­pa­le­ment une réponse clas­sique du TH1 au SARS-CoV‑2.

Administrés en mai à des volon­taires humains en parfaite santé, les nouveaux vaccins de Pfizer et BioNTech utilisent des tech­niques nouvelles de défense dont on ignore les risques sur le long terme : aucune expé­ri­men­ta­tion animale n’a précédé cet essai et les sujets n’ont pas été systé­ma­ti­que­ment expo­sés au virus sauvage après vacci­na­tion (5 mai 2020A135). L’ADE n’est pas le seul effet indé­si­rable en cause. L Peeples écri­vait (14 avril 2020A161) :

Ce retour de flamme immu­ni­taire, ou « renfor­ce­ment immu­ni­taire », peut se mani­fes­ter de diffé­rentes manières, comme un renfor­ce­ment dépen­dant des anti­corps (ADE), un proces­sus dans lequel un virus utilise des anti­corps pour aider l’in­fec­tion ; ou le renfor­ce­ment cellu­laire, une caté­go­rie qui inclut l’in­flam­ma­tion aller­gique causée par l’im­mu­no­pa­tho­lo­gie Th2 [N74]. Dans certains cas, les proces­sus de renfor­ce­ment peuvent se super­po­ser. Un débat scien­ti­fique est en cours pour déter­mi­ner lesquels, le cas échéant, de ces phéno­mènes — pour lesquels les méca­nismes exacts restent flous — pour­raient être en jeu avec le nouveau coro­na­vi­rus, et comment ils pour­raient affec­ter le succès des candi­dats vaccins.

Un autre vaccin déve­loppé à l’Université d’Oxford (UK) avec l »aide d’AstraZeneca et testé en effi­ca­cité sur des macaques rhésusN75 pouvait être distri­bué dès septembre 2020 à plusieurs millions de doses. Commentaire (27 avril 2020A144) :

« Nous sommes seuls dans ce pays à souhai­ter que le nombre de nouvelles infec­tions reste élevé pendant quelques semaines, afin que nous puis­sions tester notre vaccin », a déclaré le profes­seur Adrian Hill, direc­teur du Jenner Institute et l’un des cinq cher­cheurs impli­qués dans le projet […]

Les règles d’éthique, en tant que prin­cipe géné­ral, inter­disent de cher­cher à infec­ter les parti­ci­pants aux tests humains avec une mala­die grave. Cela signi­fie que la seule façon de prou­ver qu’un vaccin fonc­tionne est d’ino­cu­ler les gens dans un endroit où le virus se propage natu­rel­le­ment autour d’eux.

Si les mesures de distan­cia­tion sociale ou d’autres facteurs conti­nuent de ralen­tir le taux de nouvelles infec­tions en Grande-Bretagne, a‑t-il déclaré, l’es­sai pour­rait ne pas être en mesure de montrer que le vaccin fait une diffé­rence : les parti­ci­pants qui ont reçu un placebo pour­raient ne pas être infec­tés plus fréquem­ment que ceux qui ont reçu le vaccin. Les scien­ti­fiques devraient rées­sayer ailleurs, un dilemme auquel tous les autres efforts de vacci­na­tion seront égale­ment confrontés.

Au sujet de ce vaccin, Anthony King écri­vait (30 juin 2020A64) :

Les résul­tats préli­mi­naires de six singes vacci­nés soumis à une expo­si­tion au Sars-CoV‑2 ont révélé qu’ils n’avaient pas déve­loppé de Covid-19 dans leurs poumons, mais les charges virales dans leur nez étaient les mêmes que celles des singes non vacci­nés. Cela pour­rait signi­fier que ceux qui reçoivent le vaccin seraient proté­gés mais pour­raient encore en infec­ter d’autres. Ce phéno­mène avait été signalé pour le vaccin anti­co­que­lu­cheux acellulaire.

Toutefois, un édito­rial de The Spectator (15 juillet 2020) était plus optimiste :

Une étude à venir dans le Lancet devrait montrer des résul­tats posi­tifs des essais jusqu’à présent, avec des anti­corps et des cellules T géné­rés en réponse au vaccin. […]

Le marché se sent confiant : les actions AstraZeneca ont connu une nette hausse après l’an­nonce de Peston. Mais dans quelle mesure sommes-nous proches du succès ? Les repré­sen­tants d’Oxford ont vanté la possi­bi­lité qu’un vaccin soit prêt dès septembre, mais c’est un scéna­rio extrê­me­ment opti­miste. Le vaccin devra faire ses preuves en dehors d’un labo­ra­toire contrôlé et fonc­tion­ner non seule­ment pour les plus aptes et les plus sains, mais aussi pour ceux dont le système immu­ni­taire est compro­mis. Il y aura égale­ment un déca­lage entre le test du vaccin sur l’homme et l’at­tente de voir quel est le taux d’in­fec­tion chez ceux qui l’ont reçu. Bref, avoir un vaccin prêt au début de l’au­tomne néces­si­te­rait non seule­ment un fonc­tion­ne­ment spec­ta­cu­laire, mais aussi une effi­ca­cité étonnante.

Dans le clan « vaccino-sceptique », Emma Khan consta­tait que les projets de déve­lop­pe­ment de vaccins contre la CoVID-19 sont plutôt l’œuvre de star­tups que de grands indus­triels des vaccins : « Les meilleurs experts de l’industrie savent déjà que les vaccins anti-coronavirus sont trop risqués, ils induisent la faci­li­ta­tion [enhan­ce­ment] et des phéno­mènes immuno-pathologiques » (3 mai 2020A137). Elle suggé­rait enfin :

L’Institut Pasteur n’a pas lancé d’essai clinique, par contre les actions de Moderna et Inovio grimpent en flèche à la bourse ; leurs déten­teurs pour­ront donc les revendre juste avant que les résul­tats catas­tro­phiques des études cliniques soient révé­lés voire jamais publiés.

Bernard Guennebaud écri­vait dans un commen­taire (3 mai 2020A137) : « Des États ont déjà prati­que­ment acheté des vaccins qui n’existent pas, ils font un chèque en blanc. Le monde du vaccin joue ici à quitte ou double. » Ceux qui prennent un tel risque (finan­cier) ont inté­rêt à entre­te­nir la confu­sion au sujet de solu­tions « alter­na­tives », vite quali­fiées de fake news, ainsi qu’à discré­di­ter tout repo­si­tion­ne­ment de médi­ca­ments rele­vant du domaine public. Les lois du marché ne sont pas en phase avec les impé­ra­tifs de santé publique.

Anthony Fauci, conseiller de la Maison Blanche en matière de santé, craint que l’im­mu­nité acquise contre le SARS-CoV‑2 ne soit que de courte durée — quelques mois — de sorte que le vaccin serait admi­nis­tré de manière « saison­nière » comme celui contre la grippe (2 juin 2020A92).

La Chine a annoncé le 1er juillet 2020 qu’elle allait lancer une campagne de vacci­na­tion de BBIBP-CorV (6 juin 2020A83) dans son person­nel militaire.

Lise Barnéoud (4 mai 2020A124) est reve­nue sur les taux de léta­lité qui étaient en France de 10% chez les plus de 80 ans et seule­ment 0.02% chez le moins de 40 ans. Il s’en­suit que la prio­rité du vaccin serait la protec­tion des personnes âgées. Mais problème : « Plus on vieillit, moins les vacci­na­tions sont effi­caces ». Elle cite David Dowling, immu­no­lo­giste au Boston Children’s Hospital, décla­rant : « Les équipes déve­loppent des vaccins conçus pour les adultes en bonne santé. Nous sommes en train de faire une grosse erreur ». Elle ajoute (4 mai 2020A124) :

Ce problème est bien connu pour le vaccin contre la grippe, dont la cible est égale­ment les personnes âgées. Cette vacci­na­tion ne dimi­nue que de 35 % en moyenne la morta­lité chez les plus de 65 ans. D’où la stra­té­gie de certains pays, comme la Finlande, le Royaume-Uni ou certains États des États-Unis, de vacci­ner les enfants, prin­ci­pal réser­voir de la grippe et chez qui le vaccin est beau­coup plus effi­cace, afin de limi­ter la circu­la­tion de ce virus et ainsi, proté­ger les personnes âgées. Toutefois, à l’inverse de la grippe, les enfants de moins de 10 ans pour­raient ne pas être les prin­ci­paux vecteurs actuellement.

Fin août, l’étude CoVaPredN76 en France, desti­née à « mieux comprendre les mesures de protec­tion adop­tées par la popu­la­tion contre le Covid-19, d’autre part, évaluer son inten­tion de se faire vacci­ner lorsqu’un vaccin sera dispo­nible », n’est acces­sible qu’aux personnes âgées de 18 à 64 ans, ce qui confirme qu’au­cun vaccin ne serait proposé aux personnes âgées les plus mena­cées par la CoVID-19.

En France, le taux de léta­lité de la CoVID-19 chez les moins de 20 ans est de 0.001%, nette­ment infé­rieur à celui de toutes les mala­dies infec­tieuses contre lesquelles les enfants sont actuel­le­ment vacci­nés (Barnéoud L, 4 mai 2020A124) :

Ce faible taux de léta­lité implique une contre­par­tie quasi impos­sible à assu­rer : pour que la balance bénéfice/risque d’un vaccin contre le Sars-CoV‑2 soit posi­tive pour cette caté­go­rie d’âge, il est néces­saire de s’assurer qu’il présente un taux d’événements indé­si­rables graves infé­rieur à 1 pour 100 000. Or, aucun essai clinique, a fortiori mené en urgence, ne porte sur une popu­la­tion si large. Les équipes enga­gées dans cette voie annoncent des essais sur quelques centaines d’individus, 2500 pour le plus ambitieux.

Ainsi, vacci­ner cette caté­go­rie d’âge posera inévi­ta­ble­ment une ques­tion éthique très déli­cate : non seule­ment les enfants n’auraient pas grand-chose à gagner à titre indi­vi­duel d’une telle vacci­na­tion, mais leur balance bénéfice/risque restera incon­nue tant que l’on ne béné­fi­ciera pas d’un recul sur plus de 100 000 personnes vaccinées.

D’autres problèmes ont été signa­lés dans le même article (4 mai 2020A124) qui fait état de nombreux débats scien­ti­fiques comme l’in­cer­ti­tude sur la présence d’anticorps neutra­li­sants à des niveaux compa­rables ou supé­rieurs à ceux d’individus conva­les­cents. Même si le vaccin protège l’in­di­vidu vacciné, il n’est pas garanti qu’il l’empêche de trans­mettre le virus. C’est notam­ment le problème de ceux contre la polio­myé­lite et la diphtérie.

Un vaccin est un médi­ca­ment comme un autre, ce qui suppose que sa mise en circu­la­tion devrait être déci­dée sur la base de la balance bénéfice-risqueN77. Marc Girard écri­vait à ce sujet, en présen­ta­tion de la redif­fu­sion son ouvrage (publié en 2009) Alertes grip­pales – comprendre et choi­sir (mai 2020N55) :

Curieusement, alors que les auto­ri­tés sani­taires et poli­tiques s’acharnent à démon­trer que le risque des vaccins est telle­ment minime qu’on peut quasi­ment l’ignorer, il s’avère – on permet­tra au spécia­liste de phar­ma­co­vi­gi­lance de parler de ce qu’il connaît – que parmi tous les médi­ca­ments, les vaccins posent des problèmes de tolé­rance extrê­me­ment ardus à résoudre : i) un suivi sur le long terme (les vaccins sont géné­ra­le­ment suppo­sés exer­cer leur effet durant des années, voire des décen­nies) ; ii) un risque de réac­tion immu­ni­taire d’autant plus signi­fi­ca­tif que les expo­si­tions aux vaccins auront été multiples ou répé­tées (la “mosaïque de l’auto-immunité”) ; iii) l’effet d’échelle : une compli­ca­tion surve­nant chez un patient sur 10 000 n’a quasi­ment aucune chance d’être obser­vée si la population-cible est de 5000 patients, alors qu’elle va géné­rer une catas­trophe si la population-cible est de 68 millions de personnes (vacci­na­tion “univer­selle” ou “obli­ga­toire” à l’échelle d’un pays comme la France) : 68 000 victimes à peu près…

En été 2020, il deve­nait de plus en plus diffi­cile de recru­ter des sujets pour des études théra­peu­tiques sur la CoVID-19 — médi­ca­ments ou vaccins — en raison de leur crainte face aux compli­ca­tions mécon­nues de cette mala­die, mais aussi parce que le nombre de cas ne cessait de dimi­nuer en Europe. Une autre stra­té­gie de recru­te­ment a donc été envi­sa­gée (24 juin 2020A68) :

[…] dès le début du mois d’avril, certaines équipes améri­caines mais aussi britan­niques ont sérieu­se­ment envi­sagé de pouvoir renouer avec la stra­té­gie du chal­lenge infec­tieux. Il s’agit non plus d’évaluer l’efficacité du vaccin grâce à un test dans les condi­tions de vie réelle, mais d’infecter quelques volon­taires sains, pour mesu­rer la réponse immu­ni­taire confé­rée par le virus. Employée jusque dans les années 70, cette tech­nique a été écar­tée pour des raisons éthiques évidentes. Cependant, elle n’est pas stric­te­ment prohi­bée par les instances internationales. […]

[…] l’Organisation mondiale de la santé, dans une note publiée début mai, n’émet pas d’opposition abso­lue, mais juge indis­pen­sable d’imposer des critères très stricts de sélec­tion des sujets. Ils devront néces­sai­re­ment être jeunes, en bonne santé, expo­sés au virus, mais sans exer­cer de profes­sions consi­dé­rées comme essen­tielles… Non seule­ment ces critères peuvent être consi­dé­rés comme éthi­que­ment discu­tables, mais sont égale­ment une entrave à une bonne repré­sen­ta­ti­vité de la popu­la­tion, alors que la Covid-19 est prin­ci­pa­le­ment un danger chez les plus âgés (et chez des sujets atteints par certaines patho­lo­gies chro­niques comme l’obé­sité) dont la réponse spéci­fique du système immu­ni­taire pour­rait être une clé impor­tante pour l’élaboration d’un vaccin effi­cace (et en tout cas pour l’évaluation de son efficacité). […]

Ainsi, alors que certains spécia­listes ont pu défendre le recours à une procé­dure « extra­or­di­naire », d’autres comme William Haseltine, président du think tank Access Health International et ancien profes­seur à l’école de méde­cine de Harvard, sont convain­cus que « dans le cas présent, cette procé­dure extra­or­di­naire n’est ni néces­saire, ni effi­cace, ni éthique ».

Fin juin, Anthony King (30 juin 2020A64) décri­vait les types de vaccins anti CoVID-19 en cours d’es­sais à l’état clinique ou préclinique :

De bonnes données [en expé­ri­men­ta­tion] animale peuvent mettre en évidence des problèmes de sécu­rité et d’ef­fi­ca­cité, mais en fin de compte, les vaccins doivent être testés chez l’homme. Une façon d’ac­cé­lé­rer les choses serait d’in­fec­ter avec un virus vivant déli­bé­ré­ment des adultes vacci­nés en bonne santé — une stra­té­gie qui présente des dangers évidents. […]

Un certain nombre de produc­teurs de vaccins disent qu’ils envi­sagent un déploie­ment à l’au­tomne. Certains scien­ti­fiques estiment que les vaccins pour­raient être plus large­ment dispo­nibles au début de 2021 en Europe et en Amérique du Nord. Le défi de fabri­quer des milliards de doses de vaccins, en parti­cu­lier dans le cas de nouvelles plate­formes, ne devrait pas être sous-estimé.

La course fréné­tique au vaccin pour­rait avoir un effet néfaste sur la pandé­mie. Richard Peto, profes­seur de statis­tique médi­cale à l’université d’Oxford et conseiller de l’OMS, décla­rait à The Guardian (30 août 2020A42) :

Même si le premier vaccin dispo­nible ne proté­geait qu’une mino­rité de la popu­la­tion, il serait pris comme réfé­rence à partir de laquelle l’efficacité des produits ulté­rieurs serait mesu­rée. Ce qui pour­rait conduire à la vali­da­tion de vaccins de qualité médiocre car ils n’auraient pas à démon­trer qu’ils sont meilleurs.

Ajoutons à cela l’ap­pa­ri­tion de variants du SARS-COV‑2, qui très vite ont occupé le terrain de la souche d’ori­gine, fin 2020, augmen­tant les doutes sur l’ef­fi­ca­cité des vaccins en termes de protec­tion contre la trans­mis­sion de la mala­die. Par exemple, le vaccin ChAdOx1 nCoV-19 créé par AstraZeneca ne résis­te­rait pas au « variant sud-africain » (B.1.351) selon un essai rando­misé en double aveugle mené début 2021 en Afrique du Sud (Madhi SA et al., 16 mars 2021A12).

Le président Trump avait créé la surprise en annon­çant, début septembre 2020, qu’un vaccin contre la CoVID-19 pour­rait être dispo­nible avant le 3 novembre, jour de l’élec­tion prési­den­tielle améri­caine, et que pour cela la Food and Drug Administration (FDA) pour­rait déli­vrer une auto­ri­sa­tion excep­tion­nelle de mise sur marché avant la fin des essais cliniques de phase 3 suppo­sés mesu­rer l’ef­fi­ca­cité du vaccin. Cette annonce a suscité la réac­tion des diri­geants de 9 compa­gnies phar­ma­ceu­tiques — enga­gées dans la course au vaccin — décla­rant qu’elles n’ho­no­re­raient pas cette appro­ba­tion hâtive et qu’elles « s’en tien­draient à la science » (plutôt qu’au calen­drier électoral). 

Jerry Avorn et Aaron S. Kesselheim écri­vaient dans le New England Journal of Medicine (15 septembre 2020A36) :

Les chefs de file de l’in­dus­trie qui ont signé cet enga­ge­ment ont compris que dans un pays déjà méfiant à la fois des vaccins et des fabri­cants de médi­ca­ments, l’ap­pro­ba­tion préci­pi­tée des vaccins suivie de consé­quences impré­vues pour­rait grave­ment nuire à la fois à leur crédi­bi­lité et à la confiance de la popu­la­tion dans la vaccination… […]

L’engagement des fabri­cants stipu­lait que toute demande d’ap­pro­ba­tion de vaccin ou d’au­to­ri­sa­tion de mise sur le marché en urgence (EUA) auprès de la FDA néces­si­te­rait des données « démon­trant l’in­no­cuité et l’ef­fi­ca­cité par le biais d’une étude clinique de phase 3 conçue et menée pour répondre aux exigences des auto­ri­tés régle­men­taires compé­tentes telles que [la] FDA. » Les direc­tives de la FDA publiées le 30 juin indiquent que pour appro­ba­tion, un vaccin doit démon­trer une réduc­tion de 50% ou plus de l’in­ci­dence ou de la gravité de l’in­fec­tion à Covid-19 par rapport au placebo, une barre rela­ti­ve­ment élevée. La combi­nai­son néces­saire de temps-personne et de l’in­ci­dence de la mala­die est décou­ra­geante : avec des taux de cas qui plafonnent ou chutent dans de nombreux endroits où des essais sont menés, il est plau­sible qu’à la fin octobre, aucun essai n’ait accu­mulé suffi­sam­ment d’évé­ne­ments cliniques pour démon­trer une diffé­rence statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tive dans cette mesure d’efficacité.

Mais le docu­ment d’orien­ta­tion de la FDA auto­ri­sait égale­ment une EUA ou une appro­ba­tion accé­lé­rée si l’ef­fi­ca­cité est suggé­rée par des chan­ge­ments dans une mesure de substi­tu­tion « raison­na­ble­ment suscep­tible de prédire » la protec­tion contre le SARS-CoV‑2. Cette mesure pour­rait être simple­ment un chan­ge­ment des taux d’an­ti­corps – la variable la plus suscep­tible de démon­trer une diffé­rence statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tive le jour du scrutin. […]

Mais si un titre d’an­ti­corps est utilisé comme preuve d’ef­fi­ca­cité pour une appro­ba­tion précoce, sa signi­fi­ca­tion clinique pour­rait être diffi­cile à évaluer, étant donné que la commu­nauté médi­cale connaît cette infec­tion depuis moins de 10 mois. Quel niveau d’an­ti­corps pour­rait être prédit de manière fiable pour confé­rer une immu­nité ? Quel anti­corps exac­te­ment ? Pour quelle durée ? Atteindre des niveaux simi­laires à ceux obser­vés chez les patients guéris peut ne pas être suffi­sam­ment convain­cant, car nous sommes encore en train d’ap­prendre dans quelle mesure une telle immu­nité natu­relle confère une protec­tion contre l’in­fec­tion et pendant combien de temps. Le lien entre une mesure de substi­tu­tion non vali­dée et un béné­fice clinique est au mieux diffi­cile, mais il l’est parti­cu­liè­re­ment pour une mala­die émer­gente avec laquelle nous avons une expé­rience clinique limi­tée. Et au-delà de l’ef­fi­ca­cité, un vaccin qui augmente les niveaux d’an­ti­corps ou réduit la gravité de la Covid-19 réduira-t-il égale­ment la conta­gio­sité chez un patient vacciné ? Pas néces­sai­re­ment — ques­tion impor­tante à consi­dé­rer pour évaluer son impact sur la santé publique. […]

Les essais cliniques de phase 3 sont géné­ra­le­ment dimen­sion­nés pour démon­trer l’ef­fi­ca­cité, mais ils ont une puis­sance limi­tée pour évaluer les événe­ments indé­si­rables. Ainsi, la promesse de mener à son terme un essai de phase 3 ne défi­nira pas en soi de manière adéquate la sécu­rité d’un vaccin. Les infor­ma­tions sur les événe­ments indé­si­rables prove­nant d’un essai de phase 3 dépen­dront des types de patients inscrits, de la durée de l’es­sai et de la manière dont les événe­ments indé­si­rables sont déter­mi­nés. Les réponses les plus claires sur les risques ne vien­dront qu’a­près une utili­sa­tion géné­ra­li­sée par des centaines de milliers de personnes, suivies de systèmes de surveillance post-approbation systé­ma­tiques capables de détec­ter et de quan­ti­fier les effets secondaires.

Le bruit courant qu’une vacci­na­tion anté­rieure par le BCG pour­rait proté­ger contre l’in­fec­tion CoVID-19 a été démenti par les statis­tiques (13 mai 2020A126). Par contre, les gouver­nants d’Australie (27 mai 2020A102) et du Royaume-Uni se sont appuyés sur la peur d’épi­dé­mie déjà présente pour promou­voir une vacci­na­tion massive contre la grippe, suppo­sée sauver des milliers de vies à défaut de proté­ger les indi­vi­dus contre le SARS-Cov‑2.

Il existe en fait un soup­çon d’ef­fet ampli­fi­ca­teur du risque d’in­fec­tion par coro­na­vi­rus suite à la vacci­na­tion anti­grip­pale. Un article de Greg G Wolff — soumis en septembre 2019 et publié le 10 janvier 2020A221 — révèle que la sensi­bi­lité aux coro­na­vi­rus (en géné­ral) aurait augmenté (en risque rela­tif) de 35% chez les personnes vacci­nées contre la grippe (voir table 5), alors que la protec­tion était renfor­cée pour d’autres virus y compris bien sûr celui de la grippe. Wolff signale que ce résul­tat est en désac­cord avec les conclu­sions de ME Sundaram et al. (2013A225). Toutefois, une étude statis­tique (en prépu­bli­ca­tion) portant spéci­fi­que­ment sur la CoVID-19 conclut (16 juin 2020A78) :

Notre analyse indique que le fait d’avoir reçu des vaccins contre la grippe saison­nière dans le passé pour­rait être un facteur de risque supplé­men­taire pour les personnes âgées en termes de suscep­ti­bi­lité accrue à l’in­fec­tion par le SARS-CoV‑2 et de proba­bi­lité plus élevée d’une issue létale en cas d’infection.

Le seul point rassu­rant dans ce débat était — je cite Emma Khan le 4 mai 2020A124 : « Un virus émergent évolue vite (les coro­na­vi­rus ont un fort poten­tiel évolu­tif) et s’adapte à son hôte en perdant viru­lence et trans­mis­si­bi­lité. » Cela rendait moins probable un rebond de l’épi­dé­mie, une deuxième vague qui justi­fiait un nouveau confi­ne­ment… Mais cette hypo­thèse opti­miste n’a pas été véri­fiée à l’au­tomne 2020 !

Un flot consi­dé­rable de messages média­tiques circule depuis l’au­to­ri­sa­tion de mise sur le marché du vaccin Pfizer-BioNTech, pour beau­coup des commu­ni­qués de presse, des résul­tats d’études à confir­mer et surtout des messages prophé­ti­sant la « fin du cauchemar ».

À l’op­posé, des mani­pu­la­teurs d’opi­nions répandent l’idée que « l’élite » qui cherche à rendre docile et domi­ner la popu­la­tion mondiale est consciente du fait que les vaccins — sans effet sur un virus « qui n’existe pas » — feraient partie de l’ar­se­nal utilisé pour cette prise de contrôle : nano­par­ti­cules acti­vées par la 5‑G, injec­tion de puce infor­ma­tique, etc. Pour prou­ver que les célé­bri­tés vacci­nées en public n’ont en réalité reçu qu’une substance inerte, une vidéo a circulé montrant le Dr Fauci vacciné au bras gauche puis signa­lant, dans une inter­view, qu’il ressen­tait une douleur au bras droit. Seul détail : l’image a été inver­sée droite-gauche !

Le moindre scep­ti­cisme expose son auteur — surtout sans compé­tence dans les domaines scien­ti­fiques concer­nés — à passer pour « anti­vax » ou victime de propa­gandes complo­tistes. Or il est clair qu’au­cune affir­ma­tion ne peut être tenue pour scien­ti­fi­que­ment valable, pour ce qui concerne la capa­cité de tel vaccin à enrayer la trans­mis­sion des virus (dans toutes les variantes en circu­la­tion) ni la proba­bi­lité très faible d’ef­fets secon­daires à moyen terme — autres que le « bobo dans l’épaule » ou la « pous­sée de fièvre » dans les trois jours qui suivent… Seule la phar­ma­co­vi­gi­lance pourra four­nir des données fiables, si elle s’exerce dans les règles de l’art. Toutefois, nous aurons vrai­sem­bla­ble­ment ces données quand elles seront deve­nues inutiles, les circons­tances sani­taires ayant changé, espé­rons pour le mieux !

Le monde n’est certai­ne­ment pas divisé entre « provax », « anti­vax » et une marge de « scep­tiques ». Les mêmes argu­ments peuvent circu­ler d’un camp à l’autre, recy­clés pour atti­rer l’at­ten­tion des oppo­sants en même temps qu’af­fai­blir leur posi­tion. C’est semble-t-il ce qui s’est passé avec la vigou­reuse lettre ouverte « À toutes les auto­ri­tés, scien­ti­fiques et experts du monde entier, à qui cela concerne : la popu­la­tion mondiale entière » adres­sée le 6 mars 2011 à l’OMS par le viro­logue et vacci­no­logue Geert Vanden BosscheN78. Une traduc­tion — effroya­ble­ment médiocre bien que compré­hen­sible — circule dans le monde fran­co­phone (17 mars 2021A9) ; il est préfé­rable de lire le texte origi­nal en anglais (6 mars 2021A13).

Cette lettre a été large­ment relayée par des opposants/sceptiques de la vacci­na­tion contre la CoVID-19 bien qu’elle se termine par un appel à une vacci­na­tion massive. Vanden Bossche est non seule­ment « provax », il l’af­firme d’emblée, mais ses liens d’in­té­rêt avec l’in­dus­trie font dire à ses détrac­teurs — par exemple Rosemary Frei (16 mars 2021A10) — qu’il cherche unique­ment à favo­ri­ser la concur­rence de vaccins à base de cellules NKN79. Selon lui, « les vaccins à base de cellules permet­tront prin­ci­pa­le­ment de mieux prépa­rer notre immu­nité natu­relle (mémoire !) et d’in­duire une immu­nité de groupe (ce qui est exac­te­ment le contraire de ce que font les vaccins Covid-19 actuels, qui trans­forment de plus en plus les personnes vacci­nées en porteurs asymp­to­ma­tiques qui excrètent le virus). » (6 mars 2021A13 page 5)

Le propos de Vanden Bossche est assez compré­hen­sible — ce qui faci­lite sa diffu­sion et l’adhé­sion de collec­teurs d’opi­nions sans examen critique — mais ses prédic­tions alar­mantes ne sont pas étayées par des données factuelles. Il se comporte en lanceur d’alerte, « mettant en jeu toute [sa] répu­ta­tion et [sa] crédi­bi­lité » (2021A9). Ses propo­si­tions méri­te­raient d’être étudiées et discu­tées par des cher­cheurs indé­pen­dants plutôt que de se voir écar­tées, sur la simple suspi­cion de conflit d’in­té­rêts, par des personnes à leur tour accu­sées de mani­pu­ler leurs lecteurs — voir les nombreux commen­taires au pied de l’ar­ticle de Rosemary Frei (16 mars 2021A10). L’hypothèse de Geert Vanden Bossche ne devrait pas tarder à être confir­mée ou infir­mée puis­qu’il décla­rait sur son fil LinkedIn (18 mars 2021N78) :

Dans les pays ayant mis en place un programme de vacci­na­tion de masse plus offen­sif, la forte baisse des infec­tions sera proba­ble­ment suivie d’un plateau prolongé. On peut s’at­tendre à ce que ce dernier se trans­forme en une augmen­ta­tion beau­coup plus forte des courbes de morbi­dité avec des pics beau­coup plus élevés. Il n’y a pas de précé­dent d’une telle situa­tion, donc personne ne peut vrai­ment prédire quand exac­te­ment cela va se produire. Cependant, je m’at­tends à ce que cela se produise assez rapi­de­ment, très proba­ble­ment dans les 2 à 4 semaines à venir.

La menace d’une extinc­tion de l’es­pèce humaine, du fait de la sélec­tion de variants de plus en plus viru­lents qui serait causée par la « théra­pie génique » des vaccins à ARN messa­ger (2021N80) et accen­tuée par les mesures de distan­cia­tion sani­taire, devrait être envi­sa­gée plus sérieu­se­ment que celle — annon­cée par des viro­logues depuis plusieurs décen­nies mais accueillie par un silence dubi­ta­tif et coupable — de la surve­nue d’une pandé­mie à l’échelle mondiale. Il n’est pas néces­saire d’être complo­tiste pour accor­der de l’at­ten­tion à des hypo­thèses, même si celles-ci remettent en cause un consen­sus médiatico-politique.

Parmi les spécu­la­tions qui allaient bon train en fin d’an­née 2020, celle qui concerne un risque de modi­fi­ca­tion de l’ADN du patient ayant reçu un vaccin à ARN messa­ger. Tania Louis s’ex­pri­mait à ce sujet (28 décembre 2020A23) :

Le vaccin consiste à injec­ter un ARN messa­ger, dans une zone du corps, et une fois ces molé­cules détruites le stock n’est pas renou­velé. L’infection par le virus abou­tit à la produc­tion de plusieurs ARN messa­gers diffé­rents, simul­ta­né­ment dans diffé­rents organes, et le stock d’ARN est renou­velé en continu par les cellules infec­tées. Quelle que soit la proba­bi­lité qu’un ARN messa­ger modi­fie l’ADN de la cellule dans laquelle il se trouve, ce risque est beau­coup plus élevé pour les ARN messa­gers viraux produits en cas d’infection que pour l’ARN messa­ger injecté pour la vacci­na­tion. Ce n’est donc pas une raison de préfé­rer le risque d’infection à la vaccination.

Source : lien:qhl3

En avril 2021 des critiques se sont fait entendre sur le décompte des effets indé­si­rables graves des vaccins anti-CoVID en circu­la­tion (AIMSIB, 11 avril 2021A3).

L’AIMSIB a repro­duit (image ci-contre) un tableau compa­ra­tif des effets indé­si­rables du vaccin Covid-19 AstraZenecaTM et du vaccin contre la grippe clas­sique, à partir des données de la base ADRreports​.eu. À noter que ces chiffres couvrent une période de 3 mois pour le vaccin anti-CoVID et une année entière pour celui contre la grippe. Cette compa­rai­son montre qu’il serait diffi­cile de prou­ver que toutes les throm­boses avaient des causes étran­gères à la vaccination.

Autres pistes de traitement

Le sujet surmé­dia­tisé de la chlo­ro­quine ne devrait pas faire oublier que d’autres médi­ca­ments sont à l’es­sai pour soigner la CoVID-19. La recherche de nouvelles molé­cules candi­dates bat son plein, appuyée parfois sur des tech­niques d’ap­pren­tis­sage auto­ma­tique — « intel­li­gence arti­fi­cielle » — mobi­li­sant les systèmes infor­ma­tiques les plus puissants.

Présentation par le Washington Post de deux essais cliniques sans groupes de contrôle rando­mi­sés (avril 2020)…

Des essais cliniques ont été finan­cés par l’en­tre­prise Gilead pour tenter de démon­trer l’ef­fi­ca­cité du RemdésivirN31 déjà utilisé avec succès contre l’Ebola (27 février 2020A214). Ils étaient desti­nés à 1000 personnes en Chine. On peut s’éton­ner toute­fois — après ce qui a été écrit sur la non-scientificité des essais du proto­cole hydroxychloroquine/azithromicyne à l’IHU de Marseille — qu’il n’y ait eu aucun groupe de contrôle (placebo) dans un essai mené à l’Université de Chicago. Kathleen Mullane, qui super­vi­sait ces projets, avait fait preuve d’en­thou­siasme sur le seul constat que la fièvre avait rapi­de­ment dimi­nué chez 125 patients trai­tés, malgré le décompte de 2 décès (16 avril 2020A157). Autre motif de perplexité : un des deux essais du Remdésivir en Chine a été suspendu à mi-avril 2020 « en raison du nombre insuf­fi­sant de personnes enrô­lées » (15 avril 2020A159). Un autre a abouti à un résul­tat insa­tis­fai­sant (24 avril 2020A145). Bruce Aylward, direc­teur géné­ral adjoint de l’Organisation mondiale de la santé, n’avait pour­tant pas hésité à décla­rer fin février : « Il n’y a actuel­le­ment qu’un seul médi­ca­ment qui, selon nous, pour­rait avoir une réelle effi­ca­cité et c’est le Remdésivir » (25 février 2020A216).

Le RemdésivirN31 a obtenu de l’Agence euro­péenne des médi­ca­ments (EMA), le 25 juin 2020, un accord pour utili­sa­tion excep­tion­nelle suivi d’une commande massive du gouver­ne­ment améri­cain. « Une auto­ri­sa­tion sans preuve directe du moindre béné­fice pour la santé, mais plutôt pour la gestion finan­cière des hôpi­taux », selon J Anso (1er juillet 2020A58). Laurent Mucchielli affirme qu’entre Remdésivir et hydroxy­chlo­ro­quine, « la guerre du médi­ca­ment n’est pas termi­née » (8 juillet 2020A55) :

Les agences euro­péennes et fran­çaises du médi­ca­ment favo­risent le produit de l’in­dus­triel phar­ma­ceu­tique Gilead, sans preuve de son inté­rêt dans la lutte contre le Covid et à un coût très élevé. Dans le même temps, les études se multi­plient en faveur de l’ef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine, molé­cule hors brevet qui ne coûte presque rien et qui est d’usage courant dans la plupart des pays du monde. […]

Du coup, l’Agence natio­nale de sécu­rité du médi­ca­ment (ANSM) s’est empres­sée de faire savoir que « La France s’est assu­rée de la dispo­ni­bi­lité de doses suffi­santes » de ce médi­ca­ment. On crée le besoin, puis on laisse entre­voir un risque de pénu­rie, et ainsi l’acheteur se préci­pite pour faire son stock « au cas où ». Le busi­ness plan est bien rôdé (et il n’est pas sans rappe­ler celui qui condui­sit au scan­dale du vaccin contre la grippe H1N1 sous le minis­tère Bachelot). Dans le même temps on commu­nique à tout va pour décon­si­dé­rer toute solu­tion alternative.

Laurent Vercoustre rappelle que « les grandes firmes phar­ma­ceu­tiques ont pont pour fina­lité non pas la santé des popu­la­tions mais le profit » et dénonce les manœuvres exer­cées par Gilead pour impo­ser son médi­ca­ment, le Remdésivir (12 juillet 2020A54) :

France-Soir, dans un article qui a fait sensa­tion, dévoile le Top 13 du clas­se­ment des reve­nus récents versés par l’industrie phar­ma­ceu­tique à la commu­nauté médi­cale [A70]. Les 13 méde­cins ont reçu des sommes plus ou impor­tantes de Gilead et ont parti­cipé à la promo­tion du remde­si­vir ou ont criti­qué l’hydroxychloroquine. « La Palme d’Or revient au Pr François Raffi de Nantes. 541.729 €, dont 52.812 € de Gilead. Est-ce un hasard si on nous apprend que le coup de télé­phone anonyme pour mena­cer Didier Raoult, s’il persis­tait avec l’hydroxychloroquine, est parti du télé­phone portable du service d’infectiologie du CHU de Nantes, dont François Raffi est chef de service ? Sûrement une pure coïncidence. »

Les condi­tions qui ont été impo­sées au trai­te­ment de Marseille pour être recon­nues comme valides sont tota­le­ment diffé­rentes de celles qui ont été accor­dées au remde­si­vir. Celui-ci béné­fi­cie en effet de faci­li­tés scan­da­leuses quant à sa recom­man­da­tion par l’agence euro­péenne des médi­ca­ments. Il y a une inéga­lité de trai­te­ment telle­ment spec­ta­cu­laire qu’on ne peut voir dans cette diffé­rence que le jeu d’un travail d’influence et de mani­pu­la­tion des autorités.

Le 22 octobre 2020, la Food and Drug Administration, sous la pres­sion de Donald Trump, a approuvé l’uti­li­sa­tion du Remdésivir en trai­te­ment de la CoVID-19. On se souvient de l’ahu­ris­sante mise en scène de l’équipe prési­den­tielle améri­caine, en campagne pour sa réélec­tion, expo­sant la guéri­son mira­cu­leuse du POTUS en trois jours, grâce notam­ment à l’ad­mi­nis­tra­tion de Remdésivir mais surtout une force de carac­tère excep­tion­nelle ayant terrassé le « virus chinois »… Mais la dernière (et la plus grande) étude clinique publiée le 15 octobre a démon­tré, comme la grande majo­rité des précé­dentes, que ce trai­te­ment par intra­vei­neuse très coûteux (2400$ au tarif euro­péen) ne rédui­sait pas la morta­lité des patients CoVID ni même leur temps de passage à l’hô­pi­tal. Il n’a pas été prouvé non plus que ce trai­te­ment « anti­vi­ral » rédui­rait la charge virale chez les patients. Cette conclu­sion est une très mauvaise nouvelle autant pour la FDA que pour L’Union euro­péenne. On apprend notam­ment ceci (28 octobre 2020A27) :

L’Agence médi­cale euro­péenne, l’ho­mo­logue euro­péen de la FDA, a donné en juillet une « appro­ba­tion condi­tion­nelle » — simi­laire à une Emergency Use Authorization — au remdé­si­vir mais elle n’a pas encore donné toute sa béné­dic­tion. L’Union euro­péenne a néan­moins négo­cié un « accord d’ap­pro­vi­sion­ne­ment conjoint » avec Gilead qui propose 500 000 forma­tions au trai­te­ment sur les 6 prochains mois pour 1,2 milliard de dollars. Une porte-parole de la Commission confirme à Science qu’elle n’a été infor­mée de l’échec du médi­ca­ment dans l’essai Solidarité que le lende­main de la signa­ture du nouveau contrat, le 8 octobre.

Le Formindep renvoie dos à dos les accu­sa­teurs de conflits d’in­té­rêt, parti­cu­liè­re­ment dans le combat entre Gilead et l’IHU de Marseille (3 juillet 2020A56) :

Il n’est clai­re­ment pas des plus judi­cieux d’interviewer des experts en lien avec un labo­ra­toire sur un de ses produits ou de ses concur­rents. Mais en l’occurrence, il est à noter que la revue Prescrire, rigou­reu­se­ment indé­pen­dante des labo­ra­toires, exprime les mêmes réserves sur l’hydroxychloroquine que des experts en lien avec Gilead, car celles-ci sont fondées sur les données de la science et non sur un discours marke­ting. Ceci n’exempte bien sûr en rien Gilead pour ses pratiques marke­ting scan­da­leuses, qu’aborde un récent article du British Medical Journal [24 juin 2020A69].

L’administration par voie intra­vei­neuse de fortes doses de vita­mine C pour renfor­cer le trai­te­ment de formes sévères du syndrome respi­ra­toire fait l’ob­jet d’une contro­verse simi­laire à celle sur le cock­tail hydroxy­chlo­ro­quine + azithro­my­cine promu par l’IHU de Marseille. Des succès ont été annon­cés sans l’ap­pui d’es­sais cliniques. Les experts protestent donc que ce proto­cole n’est pas « validé » (31 mars 2020A179). Toutefois, plus de 20 hôpi­taux new-yorkais l’ont adopté (24 marsA194) et des essais cliniques ont été menés en Chine (21 février 2020A218) — voir la présen­ta­tion de Dr R Cheng au NIH, mars 2020. Une étude préli­mi­naire aux USA sur des patients de septi­cé­mie et de syndrome respi­ra­toire aigu n’avait pas donné de résul­tat posi­tif (Fowler AA et al., 2019N81).

Aux USA, les méde­cins membres du Front Line COVID-19 Critical Care Consortium préco­ni­saient de lutter en prio­rité contre l’in­flam­ma­tion galo­pante dans les poumons (10 avril 2020A165). Ils utili­saient à cet effet un trai­te­ment par injec­tion intra­vei­neuse d’anti-inflammatoires puis­sants : de la vita­mine C et des corti­co­sté­roïdesN82 dès l’en­trée aux urgences et toutes les six heures.

Le Dr Marik témoigne : « Ce n’est pas le virus qui tue l’hôte, c’est la réponse de l’hôte au virus. » […]

Le système immu­ni­taire réagit à une infec­tion en libé­rant des protéines appe­lées cyto­kines qui déclenchent l’in­flam­ma­tion. L’inflammation est une partie natu­relle du proces­sus de guéri­son, mais un système immu­ni­taire exces­sif peut déclen­cher une « tempête de cyto­kines » qui peut envoyer l’in­flam­ma­tion en spirale à des niveaux dangereux.

Lorsque cette inflam­ma­tion extrême laisse les patients à bout de souffle, les soignants l’at­tri­buent par erreur au syndrome de détresse respi­ra­toire aiguë (SDRA), explique le Dr Marik. Le trai­te­ment SDRA stan­dard est l’in­tu­ba­tion — l’in­ser­tion d’un tube dans la gorge et direc­te­ment dans les poumons — et leur connexion à un venti­la­teur méca­nique qui force l’air dans les poumons. Malheureusement, une grande majo­rité des patients sous COVID-19 venti­lés — dans certains cas, plus de 80% — meurent. […]

Le Dr Marik réitère l’im­por­tance de commen­cer le trai­te­ment tôt. « Si vous atten­dez qu’ils se brisent et finissent en venti­la­tion, le Titanic est déjà en train de couler. […] Vous devez inter­ve­nir tôt et de manière agres­sive pour éviter qu’ils ne se détériorent. »

Début avril 2020, la thèse d’une double affec­tion — virale et bacté­rienne (PrevotellaN83) — dans l’épi­dé­mie CoVID-19 est propo­sée au vu d’ob­ser­va­tions de patients chinois (Chakraborty S, février 2020N84 ; autre N85). Elle est expo­sée en détail par Bernard Dugué (7 avril 2020A171) et conduit à l’ad­mi­nis­tra­tion de trai­te­ments anti­bio­tiques (prin­ci­pa­le­ment l’azi­thro­my­cine) dans plusieurs centres de soins fran­çais (13 avril 2020A162). Une discus­sion plus complète se trouve dans mon article CoVID-19 : immunité, style de vie.

L’intubation et la venti­la­tion ont montré leurs limites pour le trai­te­ment des patients de CoVID-19 en détresse respi­ra­toire (LCI, 6 avril 2020A172). Une approche moins inva­sive serait celle de l’oxygé­no­thé­ra­pie hyper­bareN86 qui consiste à placer le patient pendant 90 minutes dans un cais­son rempli d’oxy­gène sous pres­sion. L’oxygénation est ainsi rendue possible par absorp­tion cuta­née sans passer par les poumons. Des essais promet­teurs ont conduit à la mise en place d’un test clinique à l’hô­pi­tal Winthrop de New York (6 avril 2020A173). Des variantes existent, comme le « système de Boussignac » proba­ble­ment moins coûteux (23 mars 2020A195). Une méta-analyse de 25 études couvrant 3804 patients en détresse respi­ra­toire indique que « le trai­te­ment avec des stra­té­gies d’oxy­gé­na­tion non-invasives telles que la venti­la­tion non-invasive et l’oxy­gé­na­tion nasale à haut débit peut être plus effi­cace que l’oxy­gé­no­thé­ra­pie seule chez les patients souf­frant d’in­suf­fi­sance respi­ra­toire hypoxé­mique aiguë » (4 juin 2020A87).

Un essai rando­misé multi­cen­trique (7 hôpi­taux) a été mené en Chine pour complé­ter le trai­te­ment des patients de CoVID-19 par la trans­fu­sion de plasma sanguin de personnes conva­les­cantes du coro­na­vi­rus (3 juin 2020A88). L’essai a été inter­rompu après l’in­clu­sion de 103 patients grave­ment atteints sur 200 prévus. Aucun résul­tat statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tif n’a été constaté à 28 jours du trai­te­ment. Selon les auteurs, l’in­ter­rup­tion précoce de l’es­sai a peut-être masqué un résul­tat qui aurait pu être significatif.

Le Dr Gérard Maudrux signa­lait en septembre 2020A37 des travaux ayant révélé l’ef­fi­ca­cité de l’iver­mec­tineN87 en préven­tion et en trai­te­ment de la CoVID-19, écri­vant dans Le Quotidien du méde­cin :

Une nouvelle étude très inté­res­sante vient de sortir. Cette étude argen­tine porte sur près de 1 200 soignants pouvant être conta­mi­nés, sur 4 sites, pendant 2 mois et demi. 788 ont reçu de l’Ivermectine, 407 rien. Résultat : 237 infec­tions dans le groupe non traité, soit 58%, et 0 dans le groupe traité.

Un dossier sur ces trai­te­ments a été publié par The Complete Guide To Health​.comN88 et le proto­cole de soin traduit en fran­çais est dispo­nible en PDF (2020N89). Toutefois, l’en­goue­ment suscité par ces premiers résul­tats et des travaux de qualité scien­ti­fique médiocre (expé­ri­men­ta­tion in vitro, absence de groupes de contrôle ou de rando­mi­sa­tion etc.) rappelle forte­ment la propa­gande sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine. Le site de l’AIMSIB relaye malen­con­treu­se­ment ces données incom­plètes ou erro­nées. Une analyse critique a été publiée par Jérémy Anso (14 janvier 2021A20) qui conclut :

Je ne sais pas si ça fonc­tionne. Voilà tout. Ce n’est pour­tant pas si diffi­cile à recon­naître en lisant dans le détail toutes les études, et en évitant de tomber dans des attrape-nigauds tels que c19i​ver​mec​tin​.com.

Les preuves sont insuf­fi­santes. Globalement de mauvaises qualité et sous-dimensionné pour faire émer­ger des diffé­rences statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tives. On mélange de l’ivermectine avec d’autres molé­cules, on compare des groupes d’individus avec des statis­tiques mondiales sans rien connaître des patients. […]

J’ose leur deman­der de dire « je ne sais pas », quand on ne sait vrai­ment pas. C’est une preuve d’intelligence et d’honnêteté intel­lec­tuelle de le faire quand il le faut. Ce n’est pas une faiblesse, c’est presque du courage.

En réac­tion à un avis défa­vo­rable de l’Agence euro­péenne du médi­ca­ment sur l’iver­mec­tine (22 mars 2021A11), Gérard Maudrux a rappelé sur son blog — mais sans liens vers des sources véri­fiables — que de nombreuses nouvelles indi­ca­tions de son effi­ca­cité en trai­te­ment et en préven­tion ont été parta­gées (23 mars 2021A5). Il commente :

[L’EMA] recon­naît n’avoir été saisie d’aucune demande concer­nant cette auto­ri­sa­tion. Alors pour­quoi ce commu­ni­qué ? Il y a bien quelqu’un qui lui a demandé de le faire, à défaut d’avoir été inter­ro­gée pour consti­tuer un dossier ? Attitude plus qu’étrange, évoquant un commu­ni­qué télécommandé.

Aux accu­sa­tions complo­tistes autour d’une prépu­bli­ca­tion de méta-analyse par Unitaid (20 janvier 2021A18), Jérémy Anso répond (22 mars 2021A6) :

Les révé­la­tions de ce complot et de cette mani­pu­la­tion viennent […] du Dr. Lawrie, elle-même respon­sable d’une prépu­bli­ca­tion criti­quable et très favo­rable à l’ivermectine avec sa société […], qu’elle a obtenu d’une conver­sa­tion avec Andrew Hill.

D’après France Soir, connu pour parta­ger les thèses les plus folles sur le Covid-19 et ses trai­te­ments, le Dr Hill aurait dit au Dr Lawrie qui aurait dit à France-Soir qu’Unitaid aurait écrit la conclusion.

On est au niveau de « l’homme qui a vu l’homme qui a vu l’ours » d’un point de vue inves­ti­ga­tion jour­na­lis­tique. Ce serait risible si ce n’était pas aussi inquiétant.

Est-ce que les membres du collec­tif citoyen de France Soir, connu pour ses inves­ti­ga­tions qui se limitent à Google Image, ont-ils pris la peine de véri­fier cette information ?

Ont-ils seule­ment contacté le Dr Hill, auteur prin­ci­pal de la méta-analyse, pour confir­mer ses propos et les pres­sions faites par Unitaid ?

Dans le cadre de l’es­sai clinique RECOVERYN52, la dexa­mé­tha­soneN90, un médi­ca­ment anti-inflammatoire et immu­no­sup­pres­seur inventé en 1957 (et bon marché) s’est révélé effi­cace pour réduire le risque de décès des patients atteints de Covid-19 hospi­ta­li­sés en soins inten­sifs, qu’ils soient sous oxygène ou sous respi­ra­teur (17 juin 2020A76) :

La dexa­mé­tha­sone s’est avérée très utile pour les patients venti­lés ; les décès de ce groupe ont dimi­nué d’environ un tiers grâce au trai­te­ment médi­ca­men­teux. En revanche, les décès n’ont dimi­nué que d’un cinquième dans le groupe des patients qui n’avaient besoin que d’une oxygé­no­thé­ra­pie. Enfin, aucun avan­tage n’a pu être mis en évidence pour les patients capables de respi­rer normalement.

De nombreuses substances extraites de plantes (à des prix modé­rés) ont été essayées en complé­ment de trai­te­ment de la CoVID-19, parfois avec des résul­tats posi­tifs assez marqués pour en recom­man­der l’uti­li­sa­tion. C’est le cas de la quer­cé­tineN91 extraite de thé vert ou de capres qui possède des proprié­tés anti-oxydantes et anti­vi­rales (1er juillet 2020A61) :

La quer­cé­tine a long­temps été évaluée pour ses effets protec­teurs poten­tiels contre les cancers, les mala­dies cardiaques et les cellules qui libèrent des histamines.

Cette substance favo­rise le SIRT2, qui inhibe ensuite l’as­sem­blage du NLRP3N92 de l’inflam­ma­someN93 impli­qué dans l’in­fec­tion par COVID-19, a déclaré Samuel F. Yanuck, DC, du programme de méde­cine inté­gra­tive de l’Université de Caroline du Nord Chapel Hill School of Medicine, qui a co-écrit un examen des recherches émer­gentes sur le sujet [2017N94]. Il joue égale­ment un rôle dans la faci­li­ta­tion du trans­port du zinc à travers les membranes lipi­diques, a déclaré Yanuck.

L’article d’Elisabeth Hlavinka (1er juillet 2020A61) suggère un paral­lèle entre l’en­goue­ment pour cette substance et celui pour l’hy­droxy­chlo­ro­quine, du fait qu’au­cun essai clinique rando­misé contrôlé contre placebo n’a appuyé les résul­tats obte­nus par des équipes soignantes — voir le proto­cole d’EVMS (22 juin 2020A71) et la revue de Biancatelli (19 juin 2020A73). Un essai rando­misé contrôlé avec un bras placebo devait publier ses résul­tats en juillet-août (15 mai 2020A121), mais en mars 2021 aucun résul­tat n’a encore été commu­ni­qué, ce qui laisse suppo­ser que les hypo­thèses (trai­te­ment et prophy­laxie) n’au­raient pas été vérifiées.

Un groupe de jour­na­listes amateurs, le Collectif Citoyen pour France Soir, a publié un article supposé dénon­cer les mani­pu­la­tions et conflits d’in­té­rêts en arrière-plan d’es­sais cliniques comme RECOVERYN52 : CovidPapers, Recovery : Incompétence, Mensonge, Manipulation et gros dollars (17 juinA75). Les erreurs et le style complo­tiste de cette équipe (anonyme) ont été décryp­tés par J. Anso (18 juinA74) :

Le collec­tif a fait ce qu’il sait le mieux faire : des analyses tota­le­ment farfe­lues au mépris de toutes consi­dé­ra­tions éthiques et profes­sion­nelles pour en arri­ver à la seule conclu­sion dési­rée. Celle de discré­di­ter toutes les études néga­tives sur l’hydroxychloroquine. […]

Ce groupe d’individus n’hésite pas à rassem­bler des infor­ma­tions obso­lètes et falla­cieuses sans faire la moindre véri­fi­ca­tion ni recou­pe­ment, dans le but de monter un dossier à charge pure­ment complo­tiste et idéo­lo­gique. Plus grave, le collec­tif partage des infor­ma­tions qui inva­lident ses propres affir­ma­tions et semble être tota­le­ment incom­pé­tent en matière d’analyse médi­cale et statistique.

En février 2021, quelques trai­te­ments ont acquis de la popu­la­rité sur la base de l’ex­pé­rience clinique d’équipes hospi­ta­lières, en situa­tion d’ur­gence, à défaut d’es­sais cliniques randomisés/contrôlés dont j’ai souli­gné la diffi­culté de mise en œuvre. En Californie, Dr. George Fareed et Dr. Brian Tyson publient les proto­coles de trai­te­ments qui ont fait leurs preuves à Frontline Valley (17 février 2021A16). En plus des substances précé­dem­ment citées — hydroxy­chlo­ro­quine, azythro­mi­cine, sulfate de zinc, vita­mine D3, iver­mec­tineN87 — ils utilisent de l’aspi­rineN95, de la doxy­cy­clineN96, de la colchi­cineN97, du budé­so­nideN98 et de la fluvoxa­mineN99 dans des combi­nai­sons précises. Tout essai rando­misé sur de tels cock­tails de médi­ca­ments exige­rait une popu­la­tion de patients bien plus vaste que celle gérable par une insti­tu­tion hospi­ta­lière. Bien entendu, ces proto­coles ne peuvent être mis en œuvre que sous surveillance médicale.

Fin septembre 2020, les ques­tions « Pourquoi n’avons-nous toujours pas de remèdes au coro­na­vi­rus ? » et « Quels sont les méca­nismes du virus ciblés par les diffé­rentes stra­té­gies théra­peu­tiques ? » avaient été posées à Bruno Canard, direc­teur de recherche au CNRS, et Antoine Flahault, méde­cin épidé­mio­lo­giste et profes­seur de santé publique, lors d’un entre­tien radio­pho­nique dont je recom­mande vive­ment l’écoute (21 septembreA32).

Il est diffi­cile de se « faire une opinion » — à suppo­ser que ce soit néces­saire — au sujet de cette pandé­mie car les scien­ti­fiques qui ne sont pas mobi­li­sés pour galva­ni­ser les foules en faveur de la campagne vacci­nale s’ex­priment avec beau­coup de prudence. Ils/elles recon­naissent impli­ci­te­ment que, malgré les avan­cées des connais­sances sur cette pandé­mie, les incer­ti­tudes sont loin d’avoir disparu et auraient même tendance à en augmen­ter l’opacité.

Les moyens sont à la hauteur du défi lancé par cette pandé­mie — et d’autres à venir inévi­ta­ble­ment. Dans l’at­tente d’un « médi­ca­ment miracle », le plus sage est de prendre soin de sa santé globa­le­ment, en veillant plus parti­cu­liè­re­ment à la réac­ti­vité du système immu­ni­taire — voir mon article.

Origine ?

Il existe une abon­dante litté­ra­ture sur la contro­verse au sujet de l’ori­gine (humaine, acci­den­telle ou natu­relle) du virus SARS-CoV‑2, entre autres les affir­ma­tions d’un ancien direc­teur du MI‑6 au Royaume-Uni (7 juinA82). Un article détaillé sur l’hy­po­thèse d’une « fuite de labo­ra­toire » a été publié par Nicholson Baker (4 janvier 2021A21) dans le New York Magazine.

Le site Independent Science NewsN100 parle du danger de déve­lop­pe­ment d’armes biolo­giques, aussi bien aux USA qu’en Chine, sous le couvert de recherches en « biodé­fense ». Sam Husseini écrit dans son article Ce virus provient-il d’un labo­ra­toire ? Peut-être pas — mais il expose la menace de la course aux armes biolo­giques (24 avrilA146) :

La « biodé­fense » implique une guerre biolo­gique tacite consis­tant à produire des agents patho­gènes plus dange­reux dans le but allé­gué de trou­ver un moyen de les combattre. Bien que ce travail semble avoir réussi à créer des agents mortels et infec­tieux, y compris des souches de grippe mortelles, une telle recherche de « défense » s’avère impuis­sante à nous défendre contre cette pandémie. […]

Pendant des années, de nombreux scien­ti­fiques ont soulevé des objec­tions aux travaux de labo­ra­toire sur les armes biolo­giques et la biodé­fense, parti­cu­liè­re­ment du fait que d’énormes augmen­ta­tions de finan­ce­ment ont eu lieu depuis le 11 Septembre. C’était parti­cu­liè­re­ment vrai après les attaques à l’an­thrax par cour­rier qui ont tué cinq personnes dans les semaines après le 11 Septembre, que le FBI a fina­le­ment impu­tées à un cher­cheur en biodé­fense du gouver­ne­ment améri­cain. Une étude de 2013 a révélé que le finan­ce­ment de la biodé­fense depuis 2001 avait tota­lisé au moins 78 milliards de dollars, et certai­ne­ment plus a été dépensé depuis lors. Cela a conduit à une proli­fé­ra­tion de labo­ra­toires, de scien­ti­fiques et de nouveaux orga­nismes, déclen­chant effec­ti­ve­ment une course aux armes biologiques.

À la suite de l’épi­dé­mie d’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014, le gouver­ne­ment améri­cain a suspendu le finan­ce­ment de ce qu’on appelle la recherche sur le « gain de fonc­tion » [GoF] de certains orga­nismes. Ce travail vise en fait à rendre les agents patho­gènes mortels encore plus mortels, et dans certains cas permettre la diffu­sion dans l’air d’agents patho­gènes qui ne le pouvaient pas aupa­ra­vant. Avec peu d’in­for­ma­tions en dehors du domaine, la suspen­sion de ces recherches a été levée fin 2017 [N101].

Pendant cette pause, des excep­tions de finan­ce­ment ont été faites pour de dange­reux travaux de labo­ra­toire sur le gain de fonc­tion. Cela compre­nait des travaux réali­sés conjoin­te­ment par des scien­ti­fiques améri­cains de l’Université de Caroline du Nord, de Harvard et du Wuhan Institute of Virology. Ce travail — qui avait un finan­ce­ment de l’USAID et EcoHealth Alliance non reconnu à l’ori­gine — a été publié en 2015 dans Nature Medicine [Menachery VD et al., 2015A224].

Le résumé de l’ar­ticle de Menachery VD et al. — publié en 2015A224 — est d’une actua­lité stupé­fiante pour ceux qui prennent le monde de la recherche en viro­lo­gie pour celui des bisou­nours :

L’émergence du coro­na­vi­rus du syndrome respi­ra­toire aigu sévère (SARS-CoV) et du syndrome respi­ra­toire du Moyen-Orient (MERS)-CoV souligne la menace d’évé­ne­ments de trans­mis­sion inter-espèces condui­sant à des épidé­mies chez l’homme. Nous exami­nons ici le poten­tiel de mala­die d’un virus de type SRAS, SHC014-CoV, qui circule actuel­le­ment dans les popu­la­tions de chauves-souris chinoises fer à cheval [N102].

En utili­sant le système de géné­tique inverse SARS-CoV [N103], nous avons généré et carac­té­risé un virus chimé­rique expri­mant la pointe du coro­na­vi­rus de chauve-souris SHC014 dans un sque­lette SARS-CoV adapté à la souris. Les résul­tats indiquent que les virus du groupe 2b codant pour la pointe SHC014 dans une série [back­bone] sauvage peuvent utili­ser effi­ca­ce­ment plusieurs ortho­logues [N104] de l’en­zyme de conver­sion de l’an­gio­ten­sine humaine II (ACE2N105), se répli­quer effi­ca­ce­ment dans les cellules des voies respi­ra­toires humaines primaires et atteindre des concen­tra­tions in vitro équi­va­lentes à des souches épidé­miques de SARS-CoV. De plus, des expé­riences in vivo démontrent la répli­ca­tion du virus chimé­rique dans le poumon de souris avec une patho­ge­nèse notable. L’évaluation des moda­li­tés immu­no­thé­ra­peu­tiques et prophy­lac­tiques basées sur le SRAS a révélé une faible effi­ca­cité ; les approches à base d’an­ti­corps mono­clo­naux et de vaccins n’ont pas réussi à neutra­li­ser et à proté­ger contre l’in­fec­tion par les CoV en utili­sant la nouvelle protéine de pointeN106.

Sur la base de ces résul­tats, nous avons dérivé synthé­ti­que­ment un virus recom­bi­nant infec­tieux SHC014 de pleine longueur et démon­trons une répli­ca­tion virale robuste à la fois in vitro et in vivo. Nos travaux suggèrent un risque poten­tiel de réémer­gence du SARS-CoV à partir de virus circu­lant actuel­le­ment dans les popu­la­tions de chauves-souris.

La thèse de Sam Husseini — et d’autres auteurs promp­te­ment quali­fiés de « margi­naux » — se résume en 6 points :

  1. Des orga­nismes de recherche gouver­ne­men­taux de type P4 (très haute sécu­rité) procèdent à des expé­riences sur des virus visant à leur faire acqué­rir des avan­tages sélec­tifs en termes de conta­gio­sité et de léta­lité, pudi­que­ment appe­lés « gain de fonc­tion » (gain-of-function).
  2. Officiellement, ces travaux sont menés dans le but de déve­lop­per des stra­té­gies de « biodé­fense » et des trai­te­ments face à toute mala­die causée par un virus du même type — voir les recom­man­da­tions d’un groupe de travail du National Science Advisory Board for Biosecurity aux USA en 2016N107. C’est pour­quoi leurs souches sont issues d’es­pèces animales connues pour la conta­mi­na­tion d’hu­mains pouvant déclen­cher des épidé­mies (zoonosesN108).
  3. Des problèmes de sécu­rité ont été signa­lés dans les centres de recherche. Des acci­dents ont déjà eu lieu, ainsi que des malver­sa­tions qui pouvaient mener à une catas­trophe sani­taire, comme les attaques à l’an­thrax aux USA en 2001. Ces attaques ont suscité une panique dans le person­nel poli­tique, nour­ris­sant la propa­gande pour une « guerre contre le terro­risme » qui a conduit aux inter­ven­tions en Afghanistan et en Irak.
  4. La dérive vers la fabri­ca­tion d’armes biolo­giques est possible, si ce n’est inévi­table dans certains pays soumis à des régimes auto­ri­taires. Cette ques­tion a été posée en 2004 par le SGDSN (Secrétariat géné­ral à la Défense et à la Sécurité natio­nale) lors de la mise en place à Wuhan d’un labo­ra­toire P4 en colla­bo­ra­tion avec le P4 Jean Mérieux-Inserm de Lyon Bron.
  5. La coopé­ra­tion franco-chinoise n’a jamais démarré : en 2017, cinquante cher­cheurs fran­çais devaient y travailler en rési­dence pour amélio­rer le niveau de biosé­cu­rité, mais ce projet n’a pas été exécuté. En janvier 2018, des membres de l’ambassade améri­caine visitent les locaux du P4 de Wuhan et alertent Washington de l’insuffisance des mesures de sécu­rité prises dans un lieu où l’on étudie les coro­na­vi­rus issus de chauves-souris (17 avrilA154). En 2019, la mise en place d’un bouclier sani­taire pour la protec­tion de la province du Yunnan incluant les Instituts Pasteur France et des antennes de la fonda­tion Mérieux au Laos, Cambodge et Bangladesh échouait pareillement.
  6. La possi­bi­lité de l’ori­gine acci­den­telle du SARS-CoV‑2 du labo­ra­toire P4 de Wuhan est donc légi­ti­me­ment évoquée. Avec trois hypo­thèses : celle d’une simple (mais très problé­ma­tique) faille de sécu­rité, celle de la dissé­mi­na­tion acci­den­telle d’un produit destiné à des armes biolo­giques, ou celle de la dissé­mi­na­tion inten­tion­nelle. Seule la troi­sième peut être quali­fié de « théo­rie de complot ».

La première hypo­thèse (acci­dent) est à elle seule lourde de consé­quences sur le plan poli­tique. Elle dérange notam­ment ceux qui essaient de contre­car­rer les affir­ma­tions de Donald Trump accu­sant la Chine de n’avoir rien fait pour éviter la pandé­mie. Des personnes quali­fiées se sont donc mobi­li­sées afin de prou­ver que le SARS-CoV‑2 n’avait pas été « trafi­qué » dans un labo­ra­toire et qu’il prove­nait direc­te­ment d’une lignée animale.

Ce dilemne est décrit par Rowan Jacobsen (9 septembreA39) comme un « abso­lu­tisme malsain ». Il décrit dans un article le long parcours d’Alina Chan, cher­cheuse en biolo­gie molé­cu­laire au Broad Institute du MIT et de Harvard qui a mené une enquête sur l’éven­tua­lité d’une origine acci­den­telle du SARS-Cov‑2 après avoir constaté que ce virus était déjà adapté aux humains en début de l’épi­dé­mie — voir sa prépu­bli­ca­tion du 2 maiA139. Jacobsen ajoute (9 septembreA39) :

Nier la possi­bi­lité d’un inci­dent catas­tro­phique comme celui-ci pour­rait donc être consi­déré comme une forme de préser­va­tion de carrière. Richard Ebright, micro­bio­lo­giste de Rutgers et autre membre fonda­teur du Cambridge Working Group [N109] m’a dit : « Pour le sous-ensemble substan­tiel de viro­logues qui effec­tuent des recherches sur le gain de fonc­tion, éviter des coupes de finan­ce­ment de la recherche, éviter la mise en œuvre de normes de biosé­cu­rité appro­priées et la mise en œuvre d’une super­vi­sion appro­priée de la recherche sont de puis­sants facteurs de moti­va­tion ». Antonio Regalado, éditeur en biomé­de­cine du MIT Technology Review, l’a exprimé plus fran­che­ment : « S’il s’avé­rait que la CoVID-19 prove­nait d’un labo­ra­toire », a‑t-il tweeté, « cela brise­rait l’édi­fice scien­ti­fique de haut en bas. »

Sam Husseini a répondu à ces tenta­tives de désa­mor­çage de suspi­cions qui pouvaient produire l’ef­fet d’une bombe… Il cite la lettre aux éditeurs de Nature Medicine signée par Andersen KG et quatre collègues (17 marsA205) affir­mant :

Il est peu probable que le SARS-CoV‑2 soit apparu par mani­pu­la­tion en labo­ra­toire d’un coro­na­vi­rus appa­renté au SARS-CoV. Comme indi­qué ci-dessus, le RBD (Receptor Binding Domain) du SARS-CoV‑2 est opti­misé pour se lier à l’ACE2 humain avec une solu­tion effi­cace diffé­rente de celles prédites précé­dem­ment […]. De plus, si une mani­pu­la­tion géné­tique avait été effec­tuée, l’un des nombreux systèmes de géné­tique inverse dispo­nibles pour les béta­co­ro­na­vi­rus aurait proba­ble­ment été utilisé […]. Cependant, les données géné­tiques montrent irré­fu­ta­ble­ment que le SARS-CoV‑2 n’est dérivé d’au­cune série [back­bone] de virus précé­dem­ment utilisée […].

Cet argu­ment a été diffusé très large­ment comme preuve irré­fu­table que le virus ne pouvait pas être issu d’un labo­ra­toire. Il est le plus souvent énoncé sur un bruit de fond qui mélange les conspi­ra­tion­nistes (hypo­thèse 3) avec ceux qui évoquent la fabri­ca­tion d’armes biolo­giques (hypo­thèse 2) et même ceux qui se contentent de la possi­bi­lité d’une erreur humaine (hypo­thèse 1). Husseini remarque (24 avrilA146) :

Bien que les scien­ti­fiques affirment qu’il n’y a pas de « signa­ture » de labo­ra­toire connue dans l’ARN du SARS-Cov‑2, leur argu­ment ne tient pas compte d’autres méthodes de labo­ra­toire qui auraient pu créer des muta­tions de coro­na­vi­rus sans lais­ser une telle signature.

Le cher­cheur en biochi­mie Richard Ebright, de l’Université de Rutgers aux USA, répon­dait dans un message à Meryl Nass, lanceuse d’alerte sur les déve­lop­pe­ments d’armes biolo­giques (24 avrilA146) :

La séquence du génome du SARS-CoV‑2 n’a aucune signa­ture de mani­pu­la­tion humaine.

Cela exclut les types de recherche sur le gain de fonc­tion (GoF) qui laissent des signa­tures de mani­pu­la­tion humaine dans les séquences du génome (par exemple, l’uti­li­sa­tion de méthodes d’ADN recom­bi­nant pour construire des virus chimé­riques), mais n’ex­clut pas les types de recherche de GoF qui ne laissent pas de signa­tures (par exemple la trans­mis­sion en série chez les animaux). [Je souligne.]

Il est très facile d’imaginer l’équivalent des « 10 passages chez le furet » de Fouchier avec le virus de la grippe H5N1, mais, dans ce cas, avec 10 passages chez des primates non humains atteints de coro­na­vi­rus de chauve-souris RaTG13 ou de coro­na­vi­rus de chauve-souris KP876546.

Le dernier para­graphe fait allu­sion à une expé­rience menée sur le virus H1N1 dans un labo­ra­toire de Rotterdam auquel Ron Fouchier était ratta­ché (2012N110). Un édito­rial du New York Times l’évo­quait en ces termes (2012N111) :

La recherche la plus effrayante a été effec­tuée par des scien­ti­fiques du centre médi­cal Erasmus de Rotterdam, qui ont cher­ché à décou­vrir la proba­bi­lité que le virus de la « grippe aviaire », dési­gné par A(H5N1), mute d’une forme qui rare­ment infecte ou se propage chez les humains, vers une forme haute­ment trans­mis­sible par la toux ou les éternuements. […]

En travaillant avec des furets, l’ani­mal qui ressemble le plus aux humains pour sa réponse à la grippe, les cher­cheurs ont décou­vert que seule­ment cinq muta­tions géné­tiques permet­taient au virus de se propa­ger dans l’air d’un furet à l’autre tout en conser­vant sa létalité.

Ces résul­tats ont conduit à une demande sans précé­dent d’un conseil consul­ta­tif fédé­ral améri­cain que les cher­cheurs et les deux revues scien­ti­fiques qui envi­sagent de publier les études omettent tous les détails qui pour­raient aider des terro­ristes à comprendre comment déclen­cher une pandé­mie dévastatrice.

Autrement dit, l’hy­po­thèse envi­sa­gée n’est pas celle d’un engi­nee­ring géné­tique mais de muta­tions appa­rais­sant « natu­rel­le­ment » dans la trans­mis­sion entre animaux. Aucun marqueur géné­tique humain n’est visible dans ce proces­sus. Une expé­rience simi­laire a donné lieu à une publi­ca­tion dans Nature la même année (Imai M, Kawaoka Y et al., 2012N112).

Les épidé­mio­lo­gistes Marc Lipsitch et Alison P. Galvani avaient réagi aux travaux sur le gain de fonc­tion (GoF) des virus H5N1 (2014N113) :

Compte tenu de ce risque, des prin­cipes éthiques tels que ceux énon­cés dans le Code de Nuremberg dictent que de telles expé­riences ne devraient être auto­ri­sées que si elles procurent des avan­tages huma­ni­taires propor­tion­nels au risque et si ces avan­tages ne peuvent être obte­nus par des moyens moins risqués.

Nous soute­nons qu’il est peu probable que les deux prin­ci­paux avan­tages reven­di­qués pour ces expé­riences — une concep­tion amélio­rée des vaccins et une meilleure inter­pré­ta­tion de la surveillance — soient obte­nus par la créa­tion de poten­tiels agents patho­gènes pandé­miques (PPP), souvent appe­lés expé­riences de « gain de fonc­tion » (GOF).

Husseini constate (24 avrilA146) :

On peut croire qu’il existe un consen­sus scien­ti­fique selon lequel la pandé­mie n’est pas sortie d’un labo­ra­toire. Mais en réalité un bon nombre de scien­ti­fiques les plus compé­tents dans le domaine sont parti­cu­liè­re­ment silen­cieux. Cela comprend Lipsitch à Harvard, Jonathan A. King au MIT et bien d’autres.

L’an dernier, Lynn Klotz, du Center for Arms Control and Non-Proliferation, a écrit un article dans le Bulletin of the Atomic Scientists inti­tulé L’erreur humaine dans les labo­ra­toires à haut niveau de confi­ne­ment biolo­gique : une menace pandé­mique probable.

Klotz y aler­tait la commu­nauté scien­ti­fique en ces termes (2019N114) :

Les inci­dents provo­quant une expo­si­tion poten­tielle aux agents patho­gènes se produisent fréquem­ment dans les labo­ra­toires de haute sécu­rité souvent connus sous leurs acro­nymes BSL3 (niveau de biosé­cu­rité 3) et BSL4. Les inci­dents de labo­ra­toire qui conduisent à des infec­tions contrac­tées en labo­ra­toire non détec­tées ou non signa­lées peuvent entraî­ner la propa­ga­tion d’une mala­die dans la commu­nauté à l’ex­té­rieur du labo­ra­toire ; les employés de labo­ra­toire atteints de telles infec­tions quit­te­ront le travail en char­riant avec eux l’agent patho­gène. S’il s’agit d’un patho­gène pandé­mique poten­tiel, une telle dissé­mi­na­tion commu­nau­taire pour­rait conduire à une pandé­mie mondiale avec de nombreux décès. Le plus préoc­cu­pant est la libé­ra­tion d’un virus de l’in­fluenza aviaire haute­ment patho­gène trans­mis­sible par les mammi­fères, trans­mis par l’air, créé par les labo­ra­toires, comme les virus H5N1 trans­mis­sibles par l’air créés dans les labo­ra­toires de Ron Fouchier aux Pays-Bas et de Yoshihiro Kawaoka à Madison, Wisconsin.

Francis A. BoyleN115, profes­seur de droit inter­na­tio­nal, est à l’ori­gine de la rédac­tion du Biological Weapons Anti-Terrorism Act de 1989 (BWATA), version améri­caine de la conven­tion de 1972 sur les armes biolo­giques. Auteur de l’ou­vrage Biowarfare and Terrorism (2005N116), il lançait en 2015N117 :

Depuis le 11 septembre 2001, nous avons dépensé envi­ron 100 milliards de dollars en guerre biolo­gique [aux USA]. En fait, nous avons main­te­nant une indus­trie de guerre biolo­gique offen­sive dans ce pays qui viole la Convention sur les armes biolo­giques et ma Loi anti­ter­ro­riste sur les armes biolo­giques de 1989 [N118].

Cette loi décré­tait notam­ment (1989N118) :

Quiconque déve­loppe sciem­ment, produit, stocke, trans­fère, acquiert, conserve ou possède un agent biolo­gique, une toxine ou un système de distri­bu­tion pour une utili­sa­tion comme arme, ou aide sciem­ment un État étran­ger ou une orga­ni­sa­tion à le faire, sera condamné à une amende sous ce titre, ou empri­sonné à perpé­tuité ou pour une période de plusieurs années, ou les deux. Il existe une juri­dic­tion fédé­rale extra­ter­ri­to­riale sur une infrac­tion à cet article commise par ou contre un ressor­tis­sant des États-Unis.

Le cadre légal améri­cain permet de comprendre les efforts déployés pour laver les déci­deurs et les scien­ti­fiques améri­cains de toute suspi­cion d’ac­ti­vité suscep­tible de faci­li­ter la mise au point d’armes biolo­giques, quel que soit le procédé utilisé à cet effet.

Très engagé poli­ti­que­ment — ancien membre du Comité direc­teur d’Amnesty International et critique acerbe de la poli­tique d’Israël dans ses rapports avec les Palestiniens — Francis Boyle ajou­tait (2015N117) :

Nos adver­saires présu­més du monde entier, comme la Russie et la Chine, sont sans aucun doute parve­nus aux mêmes conclu­sions que celles que j’ai tirées des mêmes sources ouvertes et publiques, et ont répondu en nature. Ainsi, le monde est main­te­nant témoin d’une course aux arme­ments offen­sive tous azimuts de guerre biolo­gique entre les prin­ci­pales puis­sances mili­taires du monde : États-Unis, Russie, Grande-Bretagne, France, Chine, Israël, entre autres.

La compé­tence de Boyle s’ar­rête au cadre juri­dique qui vient d’être briè­ve­ment énoncé. Pour ce qui est de la pandé­mie CoVID-19, il s’est campé dans une posture de théo­ri­cien du complot s’ap­puyant unique­ment sur des infor­ma­tions — souvent fausses — collec­tées sur Internet. Exemple typique de profes­sion­nel compé­tent recy­clé en « expert YouTube »…

Dans une réac­tion du Guardian à la publi­ca­tion de Kawaoka et al. (2012N112), Ian Sample citait Lord May, ancien président de la Royal Society et ancien­ne­ment conseiller scien­ti­fique atti­tré du gouver­ne­ment du Royaume-Uni (2014N119) :

Le travail qu’ils font est abso­lu­ment fou. Tout cela est extrê­me­ment dange­reux. Oui, il y a un danger, mais il ne provient pas des virus présents sur les animaux. Il provient des labo­ra­toires [diri­gés par] des gens très ambitieux.

Ian Sample ajou­tait (2014N119) :

Ce travail est le dernier d’une série d’études contro­ver­sées qui ont divisé la commu­nauté scien­ti­fique. D’un côté, des cher­cheurs qui créent des virus dange­reux dans des labo­ra­toires sécu­ri­sés dans l’es­poir d’ap­prendre comment les souches exis­tantes pour­raient muter en consti­tuant une menace poten­tielle pour les humains. De l’autre, il y a des scien­ti­fiques qui soutiennent que le travail fait peu ou rien pour aider à proté­ger les gens, mais met plutôt la popu­la­tion mondiale en danger.

Sam Husseini conclut (24 avrilA146) :

Quelle que soit la cause de la pandé­mie actuelle, ces labo­ra­toires de guerre biologique/de biodé­fense devraient être exami­nés de manière beau­coup plus appro­fon­die. L’appel à leur ferme­ture par Boyle et d’autres devrait être clai­re­ment entendu — et la lumière devrait être faite préci­sé­ment sur les recherches qui y sont menées.

Le secret de ces labo­ra­toires pour­rait nous empê­cher de connaître avec certi­tude les origines de la pandé­mie actuelle. Il pour­rait s’agir d’une libé­ra­tion en labo­ra­toire, vrai­sem­bla­ble­ment acci­den­telle, ou d’une infec­tion « zoono­tique », de l’ani­mal à l’homme.

Plus récem­ment (4 janvier 2019A21) N. Baker concluait :

Pendant plus de 15 ans, les coro­na­vi­ro­logues se sont effor­cés de prou­ver que la menace du SRAS était toujours présente et devait être défen­due, et ils l’ont prouvé en montrant comment ils pouvaient soigner les virus qu’ils stockaient pour les forcer à sauter des espèces et passer direc­te­ment de la chauve-souris à l’hu­main. De plus en plus de virus de chauve-souris sont venus des équipes de terrain, et ils ont été séquen­cés, synthé­ti­sés et « recâ­blés » […]. Lors de ce souper partagé inter­na­tio­nal de cuisine géné­tique, des centaines de nouvelles variantes de mala­dies ont été inven­tées et stockées. Et puis un jour, peut-être, quel­qu’un s’est trompé. C’est au moins une expli­ca­tion raison­nable et « parci­mo­nieuse » de ce qui aurait pu se passer.

C’est peut-être la grande méta-expérience scien­ti­fique du 21e siècle. Un monde rempli de scien­ti­fiques pourrait-il faire toutes sortes de recom­bi­nai­sons impru­dentes avec des mala­dies virales pendant de nombreuses années et réus­sir à éviter une grave épidé­mie ? L’hypothèse était que, oui, c’était faisable. Le risque valait la peine d’être pris. Il n’y aurait pas eu de pandémie.

L’Organisation mondiale de la santé a délé­gué en Chine, en janvier 2021, une équipe de d’ex­perts char­gés d’en­quê­ter sur l’ori­gine du SARS-CoV‑2. Certains en ont été exclus, au dernier moment, suite à l’op­po­si­tion du gouver­ne­ment chinois. Les enquê­teurs n’avaient pas pour mission de mener une inves­ti­ga­tion indé­pen­dante mais de baser leurs conclu­sions sur les rapports de scien­ti­fiques chinois. Cette approche était biai­sée puisque l’hy­po­thèse d’un acci­dent de labo­ra­toire était écar­tée a priori par le chef de la délé­ga­tion et ne figu­rait pas à l’agenda de cette enquête axée sur l’ori­gine anthropo-épizootiqueN120 de la pandé­mie (5 novembreA25) :

L’OMS, l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et l’Organisation des Nations Unies pour l’ali­men­ta­tion et l’agri­cul­ture (FAO) ont convenu, dans la réso­lu­tion de la 73e Assemblée mondiale de la Santé, de galva­ni­ser les efforts pour retra­cer l’ori­gine animale du virus, sa voie de trans­mis­sion à l’homme au rôle éven­tuel de l’hôte intermédiaire.

Alina Chan (citée plus haut) et Matt Ridley en font état dans The Wall Street Journal (15 janvier 2021A19):

Le monde a besoin d’une enquête qui envi­sage non seule­ment les origines natu­relles, mais aussi la possi­bi­lité que le SRAS-CoV‑2, le virus qui cause la Covid-19, se soit échappé d’un labo­ra­toire. L’équipe de l’OMS prévoit cepen­dant de s’ap­puyer sur les rapports de scien­ti­fiques chinois plutôt que de mener une enquête indé­pen­dante. Étant donné que les auto­ri­tés chinoises ont tardé à publier des infor­ma­tions, péna­li­sant les scien­ti­fiques et les méde­cins qui ont partagé les détails cliniques et géno­miques du nouveau coro­na­vi­rus, et ont depuis démon­tré un vif inté­rêt pour le contrôle du récit sur la façon dont le virus est apparu, ce n’est pas une base promet­teuse pour l’en­quête de l’OMS.

L’équipe de l’OMS comprend des experts qui ont retracé les origines des épidé­mies d’Ebola et du MERS, mais les critiques craignent qu’elle ne dispose pas de l’expertise néces­saire pour mener une enquête qui exami­ne­rait les origines possibles du labo­ra­toire. Le Dr David Relman de l’Université de Stanford, qui a évoqué très tôt la possi­bi­lité que le virus ait pu fuir d’un labo­ra­toire, nous a dit : « Sur la base des rares infor­ma­tions qui ont été parta­gées publi­que­ment sur l’en­quête de l’OMS, il ne semble pas que l’OMS ait correc­te­ment repré­senté l’éven­tail des points de vue et pers­pec­tives des prin­ci­pales parties prenantes, ni inté­gré toutes les formes d’ex­per­tise néces­saires. » Répondant à la ques­tion de savoir si l’équipe de l’OMS enquê­tera sur les origines du labo­ra­toire, le Dr Peter Ben Embarek, chef de l’équipe, nous a dit : « Si nos études allaient dans le sens d’un possible acci­dent de labo­ra­toire, d’autres méca­nismes inter­na­tio­naux seraient impli­qués pour docu­men­ter un tel événe­ment. Cela pren­drait du temps et des types d’ex­per­tise supplémentaires. »

Une enquête sur les irré­gu­la­ri­tés des « récits » de l’ori­gine du SARS-CoV‑2 est menée par un groupe de cher­cheurs et jour­na­listes indé­pen­dants qui se désigne comme Decentralised Radical Autonomous Search Team Investigating Covid-19 (DRASTIC). Un article détaillé d’Annette Gartland (12 octobreA28) décrit les avan­cées de leurs travaux.

On peut aussi lire à ce sujet l’ar­ticle très docu­menté de Jonathan Latham et Allison Wilson (février 2021A17) qui soutiennent l’hy­po­thèse d’un acci­dent de laboratoire.

Un collec­tif de 26 scien­ti­fiques a adressé à l’OMS une lettre ouverte (4 mars 2021A14) récla­mant une véri­table enquête indé­pen­dante sur les origines du SARS-CoV‑2. La version fran­çaise est inclue dans le texte. Ils concluent :

Nous recon­nais­sons qu’en tant qu’agence inter­na­tio­nale dépen­dant de la colla­bo­ra­tion de ses États membres, l’Organisation mondiale de la santé est limi­tée dans ce qu’elle peut réali­ser dans ce type d’enquête. Notre inten­tion n’est pas d’affaiblir l’OMS, qui travaille dans des circons­tances diffi­ciles à un moment où les besoins mondiaux sont immenses.

Bien que l’enquête de l’équipe conjointe ait été une occa­sion impor­tante pour la commu­nauté inter­na­tio­nale d’obtenir des infor­ma­tions limi­tées et très enca­drées, elle s’est malheu­reu­se­ment révé­lée opaque et restric­tive, compro­met­tant gran­de­ment la vali­dité scien­ti­fique de l’enquête.

Avec plus de deux millions de morts, cent millions de personnes infec­tées par la COVID-19 dans le monde, et une pertur­ba­tion massive touchant certaines des popu­la­tions les plus vulné­rables de la planète, nous ne pouvons nous permettre une enquête sur les origines de la pandé­mie qui ne soit pas abso­lu­ment appro­fon­die et crédible. Si nous ne parve­nons pas à exami­ner plei­ne­ment et coura­geu­se­ment les origines de cette pandé­mie, nous risquons de ne pas être prépa­rés à une pandé­mie poten­tiel­le­ment plus grave à l’avenir.

Parce que nous pensons que le proces­sus et les efforts de l’équipe conjointe à ce jour ne consti­tuent pas une enquête appro­fon­die, crédible et trans­pa­rente, nous appe­lons la commu­nauté inter­na­tio­nale à mettre en place une struc­ture et un proces­sus en mesure de le faire.

Trois membres (répu­bli­cains) du Congrès, aux USA, ont adressé au direc­teur du National Institutes of Health (NIH) une lettre de 11 pages dans laquelle ils déclarent notam­ment (18 mars 2021A7):

Récemment, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a tenté d’en­quê­ter sur l’ori­gine du COVID-19. L’OMS a déclaré que cette mission d’in­ves­ti­ga­tion serait guidée par la science, serait « ouverte d’es­prit » et « n’ex­clu­rait aucune hypo­thèse ». Malheureusement, la Chine n’a pas fourni un accès complet ou une indé­pen­dance totale pour la mission critique de l’OMS. […]

En raison des tensions crois­santes entre les États-Unis et la Chine, l’OMS a aban­donné le projet d’un rapport inter­mé­diaire. Un groupe inter­na­tio­nal d’ex­perts scien­ti­fiques, dont des spécia­listes en viro­lo­gie, en micro­bio­lo­gie et en zoolo­gie, a demandé un nouvel examen.

Les NIH, en tant qu’ins­ti­tu­tion scien­ti­fique de premier plan, doivent prendre l’ini­tia­tive de favo­ri­ser une enquête trans­pa­rente, indé­pen­dante et scien­ti­fique sur l’ori­gine de la pandé­mie de COVID-19. Un tel effort doit répondre aux objec­tifs décla­rés de l’OMS, à savoir une enquête ouverte d’es­prit qui n’ex­clut aucune hypo­thèse plau­sible. En outre, les NIH sont bien placés pour recueillir et four­nir des infor­ma­tions grâce à la surveillance de leurs subven­tions et autres bourses fédé­rales. Ainsi, le NIH est dans une posi­tion unique pour enquê­ter sur la possi­bi­lité que la pandé­mie provienne d’un acci­dent ou d’une fuite de labo­ra­toire, notam­ment en ce qui concerne le Wuhan Institute of Virology (WIV). […]

Notamment, l’an­cien enquê­teur prin­ci­pal du Département d’Etat [David Asher] qui a super­visé le groupe de travail sur l’ori­gine du virus COVID-19 a récem­ment déclaré [le 12 mars] qu’il pense non seule­ment que le virus s’est échappé du WIV, mais qu’il pour­rait être le résul­tat de recherches que l’ar­mée chinoise, ou l’Armée de libé­ra­tion du peuple, effec­tuait sur une arme biologique. […]

Par consé­quent, il est impé­ra­tif de déter­mi­ner non seule­ment l’ori­gine du SRAS-CoV‑2, mais aussi comment et si le finan­ce­ment et la recherche des NIH aux projets du WIV ont pu contri­buer au SRAS-CoV‑2. Pour faci­li­ter nos demandes et notre enquête, veuillez four­nir les infor­ma­tions suivantes avant le 19 avril 2021 :

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La suite…

Début août 2020, les incer­ti­tudes subsistent sur la suite de cette pandé­mie — terme remis en ques­tion par certains analystes —, la perti­nence des solu­tions mises en place pour échap­per à une hypo­thé­tique « seconde vague », l’ef­fi­ca­cité des mesures de protec­tion : port du masque etc. Il n’est pas du ressort d’un site de veille scien­ti­fique de faire le tri entre ce qui, du côté des cher­cheurs, relève d’hy­po­thèses et d’ex­tra­po­la­tion des données, et du côté du grand public, d’opi­nions agré­gées dans un système de croyances…

Une certi­tude : l’épi­dé­mie CoVID-19 a installé dans le monde entier des pratiques qui déséqu­librent forte­ment les systèmes de santé au détri­ment de la lutte contre d’autres mala­dies infec­tieuses dont la préva­lence et la léta­lité seraient plus impor­tantes. En sauvant des centaines de milliers de malades de CoVID-19, n’aurait-on pas causé le décès de plus nombreux malades de tuber­cu­lose, de VIH et de mala­ria ? La ques­tion est rare­ment posée dans les pays occi­den­taux car ces grandes épidé­mies touchent prin­ci­pa­le­ment les pays du Sud…

Voici pour termi­ner le début d’un article très docu­menté de la jour­na­liste Apoorva Mandavilli, lauréate en 2019 du Victor Cohn Prize for Excellence in Medical Science Reporting (3 aoûtA49) :

Jusqu’à cette année, la tuber­cu­lose et ses alliés mortels, le VIH et le palu­disme, étaient en déclin. Le bilan de chacune de ces mala­dies au cours de la décen­nie précé­dente était à son plus bas en 2018, dernière année pour laquelle des données sont disponibles.

Pourtant, main­te­nant, alors que la pandé­mie de coro­na­vi­rus se propage dans le monde entier, consom­mant les ressources de santé mondiales, ces adver­saires perpé­tuel­le­ment négli­gés sont de retour.

La covid-19 risque de faire dérailler tous nos efforts et de nous rame­ner là où nous étions il y a 20 ans”, a déclaré le Dr Pedro L. Alonso, direc­teur du programme mondial de lutte contre le palu­disme de l’Organisation mondiale de la santé.

Ce n’est pas seule­ment que le coro­na­vi­rus a détourné l’attention scien­ti­fique de la tuber­cu­lose, du VIH et du palu­disme. Les confi­ne­ments, en parti­cu­lier dans certaines régions d’Afrique, d’Asie et d’Amérique latine, ont soulevé des obstacles insur­mon­tables pour les patients qui doivent voya­ger pour obte­nir des diag­nos­tics ou des médi­ca­ments, selon des entre­tiens avec plus de deux douzaines de respon­sables de la santé publique, de méde­cins et de patients dans le monde.

La peur du coro­na­vi­rus et la ferme­ture des cliniques ont éloi­gné de nombreux patients aux prises avec le VIH, la tuber­cu­lose et le palu­disme, tandis que les restric­tions sur les voyages aériens et mari­times ont grave­ment limité la livrai­son de médi­ca­ments dans les régions les plus touchées.

Environ 80 pour cent des programmes de lutte contre le palu­disme, la tuber­cu­lose, du VIH dans le monde ont signalé des pertur­ba­tions dans leurs services, et une personne sur quatre vivant avec le VIH a signalé des problèmes d’ac­cès aux médi­ca­ments, selon UNAIDS. Les inter­rup­tions ou les retards de trai­te­ment peuvent conduire à une résis­tance aux médi­ca­ments, déjà un problème redou­table dans de nombreux pays.

En Inde, où vivent envi­ron 27% des cas de tuber­cu­leux dans le monde, les diag­nos­tics ont chuté de près de 75% depuis le début de la pandé­mie. En Russie, les cliniques du VIH ont été réaf­fec­tées à des tests de coronavirus.

La saison du palu­disme a commencé en Afrique de l’Ouest, qui compte 90 pour cent des décès dus au palu­disme dans le monde, mais les stra­té­gies normales de préven­tion – distri­bu­tion de mous­ti­quaires impré­gnées d’in­sec­ti­cide et pulvé­ri­sa­tion de pesti­cides – ont été réduites en raison des confinements.

Selon une esti­ma­tion, un confi­ne­ment de trois mois dans diffé­rentes parties du monde et un retour progres­sif à la normale sur 10 mois pour­raient entraî­ner 6,3 millions de cas supplé­men­taires de tuber­cu­lose et 1,4 million de décès.

Une inter­rup­tion de six mois du trai­te­ment anti­ré­tro­vi­ral peut entraî­ner plus de 500 000 décès supplé­men­taires dus à des mala­dies liées au VIH, selon l’OMS. Un autre modèle de l’OMS a prédit que dans le pire des cas, les décès dus au palu­disme pour­raient doubler pour atteindre 770 000 par an.

Plusieurs experts en santé publique, certains au bord des larmes, ont averti que si les tendances actuelles se pour­suivent, le coro­na­vi­rus est suscep­tible de faire recu­ler des années, voire des décen­nies, de progrès achar­nés contre la tuber­cu­lose, le VIH et le paludisme.

(À suivre…)

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Article créé le 16/03/2020 - modifié le 12/04/2021 à 10h52

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