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Sommaire

Veille scientifique CoVID-19 : un défi

Fin août 2020, en reli­sant des pas­sages de cet article modi­fié presque au quo­ti­dien pen­dant les six pre­miers mois de l’an­née, je me rends compte de la dif­fi­culté insur­mon­table à pré­sen­ter une syn­thèse cohé­rente des publi­ca­tions et avis qui se sont expri­més sous l’au­to­rité de la science… Cette auto­rité est aujourd’­hui mise en doute par une frac­tion des popu­la­tions tou­chées par la pan­dé­mie, y com­pris celles qui appar­tiennent à l’é­lite scientifique.

Sans doute est-ce prin­ci­pa­le­ment un pro­blème de com­mu­ni­ca­tion : les res­pon­sables poli­tiques et les auto­ri­tés sani­taires ont elles-même baigné dans le flot chao­tique d’in­for­ma­tions inhé­rent à la mécon­nais­sance d’une pan­dé­mie nou­velle, de ses causes et des moyens de la frei­ner ou d’y mettre fin. Les injonc­tions et obli­ga­tions se sont suc­cé­dées, par­fois contra­dic­toires, voire men­son­gères, sans autre jus­ti­fi­ca­tion que la recherche de com­pro­mis et l’ur­gence de « faire quelque chose ». Les fac­teurs éco­no­miques ont été déter­mi­nants là où on ne les atten­dait pas dans des pays répu­tés pour la qua­lité de leur sys­tème de santé : pénu­rie de maté­riel, de médi­ca­ments, de res­sources humaines, et d’un autre côté l’ex­tra­or­di­naire spé­cu­la­tion finan­cière de groupes phar­ma­ceu­tiques et de gou­ver­ne­ments qui s’é­rigent en pion­niers de la pré­ven­tion. Tout cela ne peut qu’a­li­men­ter les théo­ries de com­plot qui, c’est bien connu, reposent en partie sur des don­nées vérifiables !

Pour la presse scien­ti­fique, le bilan est plutôt catas­tro­phique car la quan­tité et la vitesse de publi­ca­tion sous cou­vert d’ur­gence a for­te­ment dégradé la qua­lité des articles. Les lec­teurs, pour beau­coup de simples citoyens à la recherche de réfé­rences scien­ti­fiques, sont sou­vent tombés dans le pan­neau des revues pré­da­trices dont j’ai parlé dans Ma démarche… Mais les équipes de recherche elles-mêmes, sous la pres­sion de com­mu­ni­quer leurs résul­tats, en ont aussi fait usage plus ou moins sciem­ment. Jaime A. Teixeira da Silva écrit (16 juinA57) :

La pan­dé­mie COVID-19, qui a conduit à un flot d’ar­ticles et de pré-publications, a posé de mul­tiples défis à l’é­di­tion aca­dé­mique, le plus évident étant l’in­té­grité durable sous la pres­sion de publier rapi­de­ment. Il existe des risques liés à ce rap­port du volume à la vitesse. De nom­breuses lettres, édi­to­riaux et articles censés être « éva­lués par des pairs » dans des revues clas­sées et indexées ont été publiés en quelques jours, ce qui sug­gère que l’exa­men par les pairs était soit éphé­mère, soit inexis­tant, ou que les articles étaient rapi­de­ment approu­vés par les édi­teurs en fonc­tion de leur inté­rêt perçu et de l’ac­tua­lité, plutôt que sur leur valeur aca­dé­mique intrin­sèque. Dans les cercles de l’é­di­tion aca­dé­mique, la reven­di­ca­tion d’un « examen par les pairs » alors qu’en fait elle n’a pas été menée est une carac­té­ris­tique fon­da­men­tale de « l’é­di­tion pré­da­trice », éga­le­ment un élé­ment “fake” qui peut saper les efforts de ces der­nières années pour ins­tau­rer la confiance dans la crise des publi­ca­tions pério­diques flo­ris­santes. Alors que le monde est tou­jours centré sur la CoVID-19, la ques­tion de « l’é­di­tion pré­da­trice » est igno­rée ou ne reçoit pas suf­fi­sam­ment d’at­ten­tion. Les risques pour la com­mu­nauté scien­ti­fique, l’é­di­tion uni­ver­si­taire et, en fin de compte, la santé publique sont en jeu lorsque l’é­di­tion abu­sive et pré­da­trice n’est pas remise en question. […]

Des membres du public, de jeunes étu­diants, des cher­cheurs en début de car­rière, des médias avides d’attrape-clics, ou des uni­ver­si­taires inca­pables d’é­va­luer de manière cri­tique le contenu aca­dé­mique et scien­ti­fique et les défauts de la lit­té­ra­ture bio­mé­di­cale, sont les plus à risque d’être por­teurs de dés­in­for­ma­tion, ali­men­tée par la pro­pa­gande char­riée par les médias sociaux. […]

À titre d’exemple extrême [lien], un « article de recherche » sur le COVID-19 qui pré­tend être évalué par des pairs et dont le DOI [iden­ti­fiant pérenne] est inva­lide, contient 38 pages de pseudo-science appa­rem­ment concoc­tée presque entiè­re­ment sans rap­port avec la CoVID-19. Cet article a été rédigé par une équipe de sept auteurs, vrai­sem­bla­ble­ment pseu­do­nymes ou faux, qui uti­lisent deux faux éta­blis­se­ments uni­ver­si­taires (California South University et American International Standards Institute) […]. Cet « article » cite 348 réfé­rences qui sont à 100% des auto-citations, la plu­part sus­cep­tibles d’a­mé­lio­rer fri­vo­le­ment les métriques des pro­fils Google Scholar et ResearchGate de l’au­teur prin­ci­pal « Alireza Heidari ». De telles attaques effron­tées contre l’in­té­grité aca­dé­mique, sou­te­nues par des édi­teurs tout aussi faux ou non savants qui ont accepté cette pseudo-science en quelques jours, devraient envoyer un mes­sage fort et très effrayant aux uni­ver­si­tés mon­diales selon les­quelles l’in­té­grité de leurs propres recherches valides pour­rait être pro­gres­si­ve­ment érodée par la capa­cité de faus­saires pseudo-universitaires, clai­re­ment per­tur­ba­teurs, anti-scientifiques et d’é­di­teurs tout aussi cor­rom­pus à faire pro­li­fé­rer ce type de science fac­tice, incon­tes­tée et non menacée.

Sans sur­prise, de nom­breux articles scien­ti­fiques sur la CoVID-19 ont été rétrac­tés par leurs auteurs ou reti­rés des publi­ca­tions — voir le dos­sier de Retraction Watch (2020N1). Mais ce n’est que la face visible de l’iceberg…

Stratégies

Cette image au micro­scope élec­tro­nique à balayage montre le SARS-CoV‑2 (objets magenta ronds) émer­geant de la sur­face de cel­lules culti­vées en labo­ra­toire. Le SARS-CoV‑2, éga­le­ment connu sous le nom de 2019-nCoV, est le virus qui cause l’é­pi­dé­mie COVID-19. Le virus montré a été isolé d’un patient aux États-Unis.

L’article de Léo Goltzmann publié sur Planet​.fr (16 marsA189, 20 marsA180) était incom­plet, mais on com­prend que les médias en France aient rare­ment évoqué ce qui s’an­non­çait en Angleterre à cette époque…

Il y était prédit qu’une fois que 60% (d’autres esti­maient 75 à 80%) de la popu­la­tion auraient été tou­chés par le coro­na­vi­rus, l’im­mu­nité « de trou­peau » devrait inter­rompre l’é­pi­dé­mie — du moins tant que cette immu­nité reste effec­tive, dont on ne connaît pas la duréeN2… Toutefois, si l’on ne pre­nait pas en charge avec effi­ca­cité les per­sonnes gra­ve­ment malades, envi­ron 1% ris­quaient de mourir dans des condi­tions dramatiques.

En nombre, cela signi­fie­rait 53 x 80 / 100 = 42 mil­lions de per­sonnes tou­chées en Angleterre, soit 420 000 morts — à peu près (en quelques mois ?) le même nombre qu’en 9 ans de guerre en Syrie ! Le 16 mars, l’é­pi­dé­mio­lo­giste Neil Ferguson, dans un rap­port de l’Imperial College de Londres, pré­voyait « seule­ment » 250 000 morts en cas de main­tien de cette stra­té­gie d’ac­qui­si­tion d’une immu­nité de groupe. Cette pré­dic­tion de taille effrayante a convaincu le Premier ministre Boris Johnson de chan­ger son fusil d’é­paule. Frappé à son tour par la mala­die malgré un opti­misme « chur­chil­lien » — I conti­nued sha­king hands ! — il a pu mesu­rer les consé­quences, dès le 7 avril, du retard pris à la mise en place de mesures visant à ralen­tir la pro­gres­sion de la pandémie.

La stra­té­gie d’ac­qui­si­tion d’une l’im­mu­nité col­lec­tive a été, selon les dires de leur Premier ministre Mark Rutte, celle des Pays-Bas le 16 mars 2020N3 : « lais­ser faire » tout en s’ef­for­çant de mettre à l’abri les per­sonnes les plus vul­né­rables. Selon l’Institut natio­nal de la santé aux Pays-Bas (26 marsA167) :

Une inter­dic­tion totale de sortir à l’ex­té­rieur n’a aucune valeur ajou­tée. En effet, le nou­veau coro­na­vi­rus ne pourra pas se pro­pa­ger aussi rapi­de­ment, mais per­sonne ne pourra non plus déve­lop­per une immu­nité contre la mala­die. Étant donné que la mala­die se pro­page à l’é­chelle mon­diale, il y a de fortes chances que, après la levée d’une inter­dic­tion, de nom­breuses per­sonnes tombent malades en même temps et en peu de temps. Cela entraî­nera une charge maxi­male d’in­fec­tions. Avec un confi­ne­ment, vous ne faites que repous­ser le moment où de nom­breuses per­sonnes tombent malades en même temps, et nous ne vou­lons pas cela.

Même en l’ab­sence de confi­ne­ment, les mesures de « dis­tan­cia­tion sociale » et la prise en charge immé­diate de per­sonnes tes­tées posi­tives (notam­ment en uti­li­sant la chlo­ro­quine fabri­quée dans ce pays) se tra­dui­saient aux Pays-Bas, le 25 mars, par un apla­tis­se­ment de la courbe d’é­vo­lu­tion (par rap­port au modèle mathé­ma­tique) qui lais­sait sup­po­ser que la stra­té­gie de cir­cu­la­tion du virus pour­rait s’a­vé­rer effi­cace. La plu­part des per­sonnes décé­dées étaient dans la tranche d’âge de 80 à 84 ans. L’approche adop­tée pat la suite était une série de recom­man­da­tions pour limi­ter les contacts et rester à domi­cile autant que pos­sible, l’es­sen­tiel étant de pro­té­ger les per­sonnes âgées ou vul­né­rablesN4.

La Suède a suivi la même stra­té­gie de refus du confi­ne­ment géné­ra­lisé et d’i­so­la­tion des per­sonnes fra­giles. Le 8 avril une amie rési­dente sué­doise nous écrivait :

Ici en Suède nous ne sommes tou­jours pas confi­nés, pas testés, on affirme tou­jours que les masques c’est bull­shit et que le lavage de mains suffit bien. Les for­ma­tions pour adultes et le lycée sont fermés, le reste de la société tourne quasi nor­ma­le­ment. […] Les consignes sont d’al­ler tra­vailler tant que pas de symp­tômes sans iso­le­ment même si tu vis avec un covid+. Ajoutez à ça que nous sommes sommes en queue de pelo­ton pour l’é­qui­pe­ment en réani­ma­tion parmi les pays de l’OCDE et qu’a­vant la crise du Corona le sys­tème de soin a vécu des pénu­ries de gants et dés­in­fec­tants car tout fonc­tionne à flux tendus.

Johan Norberg (trad. Bérengère Viennot) signa­lait tou­te­fois, fin avril, que malgré une forte mor­ta­lité dans les mai­sons de retraite et sans confi­ne­ment strict, le pays semble dans la moyenne de ses voi­sins euro­péens en matière de décès liés au virus (22 avrilA128) :

Comment la Suède peut-elle s’en sortir aussi bien, malgré les pré­dic­tions ? Alors qu’il était annoncé que le confi­ne­ment obli­ga­toire était la seule planche de salut ? Eh bien parce que les modèles ne pré­voient que deux confi­gu­ra­tions : soit le confi­ne­ment avec blo­cage total de l’é­co­no­mie, soit aucun chan­ge­ment dans les com­por­te­ments. Ils ne prennent pas en compte le fait que les Suédois·es aient pu adop­ter volon­tai­re­ment les com­por­te­ments sani­taires néces­saires à la limi­ta­tion de la pro­pa­ga­tion du virus. Or, c’est pour­tant ce qu’il s’est passé.

Les hôpi­taux sué­dois n’ont pas connu l’en­com­bre­ment de ceux des pays voi­sins qui pra­ti­quaient le confi­ne­ment. Norberg concluait (17 avrilA133) :

Nous ne savons pas encore si le modèle sué­dois est meilleur ou pire. Ce que nous savons, c’est que la Suède n’a pas réprimé les liber­tés fon­da­men­tales comme les autres, et n’a pas détruit la société et l’é­co­no­mie dans la même mesure.
Comme Hippocrate aurait pu le dire : « D’abord, ne pas nuire. »

Début juin, tou­te­fois, Anders Tegnell, l’é­pi­dé­mio­lo­giste res­pon­sable du contrôle de la pan­dé­mie en Suède, a reconnu que la mor­ta­lité avait été exces­sive en com­pa­rai­son à ses voi­sins immé­diats : 4542 décès pour 10 mil­lions d’ha­bi­tants, alors qu’ils n’é­taient que 580 au Danemark pour 5.8 mil­lions d’ha­bi­tants, 237 en Norvège pour 5.3 mil­lions et 321 en Finlande pour 5.5 mil­lions. Trop de décès ont eu lieu dans des mai­sons de retraite dont les rési­dents étaient insuf­fi­sam­ment isolés. Il admet­tait qu’un chan­ge­ment de stra­té­gie serait néces­saire en cas de réplique, sans tou­te­fois remettre en cause les déci­sions qui avaient été prises (3 juinA71).

Suède : taux de repro­duc­tion R0 effec­tif (ligne) pour un inter­valle de confiance à 95% basé sur des fenêtres glis­santes de 7 jours : 17 février 2020 – 25 avril 2020. Source : N5

Fin avril, l’a­gence de santé publique sué­doise a annoncé que le taux de repro­duc­tion R0 du virus SARS-Cov‑2 était tombé à 0.85±0.02, autre­ment dit que l’é­pi­dé­mie régres­sait puisque ce nombre est infé­rieur à 1 (29 avrilA116). Le 21 mai, la même agence esti­mait à « un peu plus de 20% » la pro­por­tion d’ha­bi­tants de Stockholm ayant contracté le virus.

Ces don­nées sem­blaient indi­quer que la stra­té­gie mise en œuvre était adé­quate — sans effet dévas­ta­teur sur l’é­co­no­mie et la vie sociale. Toutefois, la ministre des finances Magdalena Andersson a reconnu que la Suède était confron­tée à la pire crise éco­no­mique depuis la Seconde guerre mon­diale, com­pa­rable en cela aux autres pays de l’Union euro­péenne. Toutefois, sachant qu’une partie impor­tante de son PIB est liée aux expor­ta­tions, on peut se deman­der si cette crise touche pareille­ment le com­merce local, les ser­vices et l’artisanat.

À mi-août, les courbes de mor­ta­lité res­tent plates en Suède, ce qui fait dire à cer­tains que l’im­mu­nité col­lec­tive pour­rait déjà entrer en jeu grâce à la libre cir­cu­la­tion du virus. Gibert Berdine, pro­fes­seur asso­cié de méde­cine à l’Université du Texas et mili­tant “liber­ta­rian”, com­pare les résul­tats de la Suède avec ceux de villes ou états aux USA qui ont appli­qué des mesures plus ou moins strictes de ver­rouillage de l’é­co­no­mie (15 aoûtA29) :

Les don­nées sug­gèrent que les ver­rouillages n’ont empê­ché aucun décès dû au covid-19. Au mieux, ils ont retardé la mor­ta­lité pen­dant une courte période, mais ils ne peuvent pas être pour­sui­vis à long terme. Il semble pro­bable que l’on n’aura même pas à com­pa­rer la réces­sion éco­no­mique à la perte de vies, car le nombre final de morts après des ver­rouillages auto­ri­taires dépas­sera très pro­ba­ble­ment le nombre de décès dus au fait de lais­ser les gens choi­sir com­ment gérer leurs propres risques. Après avoir pris en compte la dépres­sion éco­no­mique sans pré­cé­dent, l’his­toire jugera pro­ba­ble­ment ces ver­rouillages comme la plus grande erreur poli­tique de cette géné­ra­tion. La CoVID-19 ne sera pas vain­cue, nous devrons apprendre à coexis­ter avec elle. La seule façon dont nous pou­vons apprendre la meilleure façon de faire face à la CoVID-19 est de lais­ser les indi­vi­dus gérer leurs propres risques, obser­ver les résul­tats et apprendre de leurs erreurs. Le monde a une grande dette envers la Suède pour avoir donné l’exemple que nous pour­rions tous suivre.

En exa­mi­nant les don­nées de l’Illinois, Berdine sug­gère que « le ver­rouillage a effec­ti­ve­ment ralenti le taux de trans­mis­sion chez les jeunes et en bonne santé, mais a éga­le­ment permis un délai plus long pour la trans­mis­sion des jeunes aux per­sonnes âgées ». Il admet tou­te­fois qu’il faudra attendre de voir si une reprise d’é­pi­dé­mie aura lieu en Suède le pro­chain hiver ou au prin­temps pour confir­mer ce qu’il estime être un succès. Sans oublier que ces com­pa­rai­sons ne prennent pas en compte la den­sité de popu­la­tion (faible en Suède) qui est un fac­teur impor­tant du risque de transmission.

En France, Pr Philippe Ravaud du CRESS-UMR 1153N6 esti­mait à mi-mars qu’en l’ab­sence de confi­ne­ment 30 mil­lions de per­sonnes seraient atteintes, avec un pic dans 50 jours. Pour éviter ce scé­na­rio — 300 à 400 000 morts selon le modèle le plus pes­si­miste des épi­dé­mio­lo­gistes — le confi­ne­ment a été décidé le 16 mars, afin que le sys­tème de santé fran­çais dis­pose d’as­sez de temps, de res­sources humaines et tech­niques pour soi­gner les malades et dimi­nuer la léta­lité de cette épi­dé­mie. Ceci dans l’at­tente de trai­te­ments effi­caces et de tests assez sen­sibles pour isoler toutes les per­sonnes contagieuses.

Xavier Deparis, pro­fes­seur d’é­pi­dé­mio­lo­gie et de santé publique, écri­vait le 4 avrilA154 :

Problème : nos capa­ci­tés hos­pi­ta­lières ont été sérieu­se­ment rabo­tées depuis plu­sieurs années. Le nombre élevé de cas à prendre en charge dans un court délai de temps a noyé nos ser­vices hos­pi­ta­liers qui ne tiennent que par l’acharnement des équipes médi­cales. Conséquence directe : la léta­lité du COVID est très cer­tai­ne­ment supé­rieure à celle qui serait obser­vée en temps normal. De plus, et c’est inévi­table, d’autres urgences passent for­cé­ment au second plan et elles sont source d’une sur­mor­ta­lité qui pourra être ana­ly­sée en détails, par com­pa­rai­son aux années précédentes.

Solution : il faut étaler la sur­ve­nue des cas sévères dans le temps. C’est la seule raison d’être du confi­ne­ment. Lueur d’espoir, les essais cli­niques en cours pour­ront peut-être per­mettre d’identifier un trai­te­ment effi­cace des formes sévères. Mais il faudra attendre encore quelques semaines pour avoir un début de réponse.

En conclu­sion, plu­sieurs mesures sup­plé­men­taires pour­raient être prises rapi­de­ment : impo­ser le port du masque, même arti­sa­nal ; élar­gir nos capa­ci­tés de dépis­tage à tous les labo­ra­toires exis­tants ; auto­ri­ser la pres­crip­tion d’hydroxychloroquine et d’azithromycine selon le pro­to­cole défini par l’Institut Hospitalo-Universitaire de Marseille à tous les soi­gnants et à tous les méde­cins du travail.

J’oubliais une der­nière mesure. Comme disait Einstein, « casser un atome est plus facile que briser un pré­jugé ». En France, nous avons besoin de briser les murs de nos pré­ju­gés : si nous nous pen­sions les meilleurs, il nous faut atter­rir, et vite. […]

Alors, confi­ne­ment strict imposé ou simple iso­la­tion des per­sonnes à risque ? On ne saura que dans quelques mois quelle solu­tion était la meilleure, en « comp­tant les morts » dans des pays qui ont mis en place des stra­té­gies différentes…

Un rap­port très cri­tique de l’ac­tion gou­ver­ne­men­tale a déjà été rédigé en Allemagne (7 maiA109) sous la direc­tion d’une per­sonne qua­li­fiée ensuite de « lan­ceur d’a­lerte » : Stephen Kohn (1er juinA77). Pour la France, il est très inté­res­sant d’é­cou­ter le compte-rendu d’Arnaud Fontanet, épi­dé­mio­lo­giste membre du Conseil scien­ti­fique gou­ver­ne­men­tal, dans son entre­tien avec Nicolas Martin sur France Culture (4 juinA66). Lire aussi la note publiée par l’Institut Montaigne (juinA61).

Jérémy Anso a publié une pre­mière ana­lyse qui sug­gère qu’on ne devrait pas clas­ser les pays en fonc­tion d’une simple déci­sion poli­tique de « confi­ne­ment » (23 maiA89) :

Un gou­ver­ne­ment qui décide de confi­ner sa popu­la­tion avec des amendes et des peines de prison sera logi­que­ment sous la ban­nière de « confiné », tandis qu’un pays qui ne le fait pas n’aura pas cette étiquette.

Mais déjà, ce rai­son­ne­ment coince. Il coince car toutes les popu­la­tions du monde n’ont pas ins­tinc­ti­ve­ment réagi de la même manière. Il coince aussi car si tous les pays du monde n’ont pas décrété de confi­ne­ment, au sens propre, ils ont ins­tauré d’autres mesures (fer­me­ture des bars et des res­tau­rants, inter­dic­tion de ras­sem­ble­ment au-delà de deux per­sonnes, etc.) qui impliquent de facto un confi­ne­ment, sans le nommer.

Il montre par ailleurs, à partir de don­nées de dépla­ce­ment de télé­phones por­tables, que même dans des pays n’ayant pas décrété un confi­ne­ment strict (comme Singapour), les per­sonnes ont consi­dé­ra­ble­ment réduit leurs dépla­ce­ments, la fré­quen­ta­tion des com­merces, les trans­ports et leurs loi­sirs (23 maiA89). Il fau­drait donc plutôt prendre en compte l’indice (de sévé­rité) du confi­ne­ment (strin­gency index) comme l’a pro­posé le Financial Times (22 maiA92). Sur cette base, Anso montre que la Suède, avec un indice de confi­ne­ment plus faible que ses pays voi­sins (Danemark, Finlande et Norvège), accuse une mor­ta­lité bien supé­rieure par mil­lion d’ha­bi­tantsA89 : fin mai, elle n’est dépas­sée en Europe que par le Royaume-Uni, l’Italie, la Belgique et l’Espagne.

Il faut enfin tenir compte du timing : l’é­pi­dé­mie a été net­te­ment moins meur­trière dans les pays qui ont ins­tallé très tôt des mesures de dis­tan­cia­tion phy­sique, sachant que les « gestes bar­rières » et l’ar­rêt de cer­taines acti­vi­tés ont aussi devancé les consignes sani­taires dans les pays les plus « ver­tueux ». Aux États-Unis, la Californie fait figure d’exemple puis­qu’elle a com­mencé son confi­ne­ment (avant la France) alors qu’au­cun cas n’a­vait encore été déclaré. Pour Jérémy Anso, c’est par un retour­ne­ment de cau­sa­lité que cer­tains cri­tiques affirment que le confi­ne­ment aurait « causé de nom­breux décès ». En réa­lité, il a été mis en place — tar­di­ve­ment — dans des pays où la mor­ta­lité était pré­oc­cu­pante, qui n’é­taient pas équi­pés pour gérer cette situa­tion : pénu­rie de masques, de lits de réani­ma­tion, de per­son­nel soi­gnant, de tests de dépis­tage etc.

Le 16 mars, le groupe de tra­vail CoVID-19 de l’Imperial College au Royaume-Uni a rendu public un rap­port de 20 pages titré Impact of non-pharmaceutical inter­ven­tions (NPIs) to reduce COVID19 mor­ta­lity and heal­th­care demandA188. Voici une partie du résumé (j’ai souligné) :

En l’ab­sence de vaccin COVID-19, nous éva­luons le rôle poten­tiel d’un cer­tain nombre de mesures de santé publique – les inter­ven­tions dites non phar­ma­ceu­tiques (NPI) – visant à réduire les taux de contact dans la popu­la­tion et donc la trans­mis­sion du virus. Dans les résul­tats pré­sen­tés ici, nous appli­quons un modèle de micro­si­mu­la­tion pré­cé­dem­ment publié par deux pays : le Royaume-Uni (en par­ti­cu­lier la Grande-Bretagne) et les États-Unis. Nous concluons que l’ef­fi­ca­cité de toute inter­ven­tion isolée est sus­cep­tible d’être limi­tée, néces­si­tant la com­bi­nai­son de plu­sieurs inter­ven­tions pour avoir un impact sub­stan­tiel sur la transmission.

Deux stra­té­gies fon­da­men­tales sont pos­sibles : (a) l’at­té­nua­tion, qui se concentre sur le ralen­tis­se­ment mais pas néces­sai­re­ment l’ar­rêt de la pro­pa­ga­tion de l’é­pi­dé­mie – en rédui­sant la demande de soins de santé maxi­male tout en pro­té­geant contre l’in­fec­tion les per­sonnes les plus expo­sées au risque de mala­dies graves, et (b) la sup­pres­sion, qui vise à inver­ser la crois­sance épi­dé­mique, rédui­sant le nombre de cas à de faibles niveaux et main­te­nant cette situa­tion indé­fi­ni­ment. Chaque poli­tique pré­sente des défis majeurs.
Nous consta­tons que des poli­tiques d’atté­nua­tion opti­males (com­bi­nant l’i­so­le­ment à domi­cile des cas sus­pects, la mise en qua­ran­taine à domi­cile des per­sonnes vivant dans le même ménage que les cas sus­pects et la dis­tan­cia­tion sociale des per­sonnes âgées et des per­sonnes les plus à risque de mala­die grave) pour­raient réduire le pic de la demande de soins de santé de 2/3 et les décès de moitié. Cependant, l’é­pi­dé­mie atté­nuée qui en résul­te­rait entraî­ne­rait pro­ba­ble­ment des cen­taines de mil­liers de décès et des sys­tèmes de santé (notam­ment des unités de soins inten­sifs) sub­mer­gés à plu­sieurs reprises. Pour les pays capables d’y par­ve­nir, la sup­pres­sion reste l’op­tion poli­tique pri­vi­lé­giée.
Nous mon­trons qu’au Royaume-Uni et aux États-Unis, la sup­pres­sion néces­si­tera au mini­mum une com­bi­nai­son de dis­tan­cia­tion sociale de l’en­semble de la popu­la­tion, d’i­so­le­ment à domi­cile des cas et de mise en qua­ran­taine des membres de leur famille. Cela peut devoir être com­plété par des fer­me­tures d’é­coles et d’u­ni­ver­si­tés, mais il faut recon­naître que ces fer­me­tures peuvent avoir des impacts néga­tifs sur les sys­tèmes de santé en raison de l’aug­men­ta­tion de l’ab­sen­téisme.
Le prin­ci­pal défi de la sup­pres­sion est que ce type de pro­gramme d’in­ter­ven­tion inten­sive – ou quelque chose d’é­qui­valent en effi­ca­cité pour réduire la trans­mis­sion – devra être main­tenu jus­qu’à ce qu’un vaccin devienne dis­po­nible (poten­tiel­le­ment 18 mois ou plus) – étant donné que nous pré­voyons que la trans­mis­sion repren­dra rapi­de­ment une fois les contraintes relâ­chées.
Nous mon­trons que la dis­tan­cia­tion sociale inter­mit­tente – déclen­chée selon les indi­ca­teurs de sur­veillance de la mala­die – peut per­mettre d’as­sou­plir tem­po­rai­re­ment les inter­ven­tions dans des délais rela­ti­ve­ment courts, mais des mesures devront être réin­tro­duites si ou lorsque le nombre de cas rebon­dit. Enfin, si l’ex­pé­rience en Chine et main­te­nant en Corée du Sud montre qu’une sup­pres­sion est pos­sible à court terme, il reste à voir si elle est pos­sible à long terme et si les coûts sociaux et éco­no­miques des inter­ven­tions adop­tées jus­qu’à pré­sent peuvent être réduits.

Paul Mainwood, un membre du forum Quora com­mente le 18 mars :

Les plus récents tra­vaux contre­disent les esti­ma­tions anté­rieures selon les­quelles une stra­té­gie d’at­té­nua­tion pour­rait fonc­tion­ner pour le Royaume-Uni. De nou­veaux chiffres ont été reçus d’Italie sur l’ef­fi­ca­cité des dif­fé­rentes approches pour ralen­tir la mala­die, en par­ti­cu­lier sur le nombre très élevé de lits néces­saires en soin inten­sif. La stra­té­gie d’at­té­nua­tion est passée d’une stra­té­gie « ris­quée mais pré­fé­rable si cela fonc­tionne » à une qui est presque cer­taine de sub­mer­ger le sys­tème de santé (NHS) de nom­breuses fois.

Comparaison des stra­té­gies d’at­té­nua­tion : nombres de lits en ser­vice d’ur­gence rap­por­tés à la popu­la­tion. Source : Imperial College UKA188

L’intervenant sur Quora continue :

Même la stra­té­gie d’atté­nua­tion la plus effi­cace ne s’ap­proche pas de la ligne rouge, ce dont on aurait besoin pour que le NHS puisse faire face.

Ainsi, l’at­té­nua­tion attein­dra approxi­ma­ti­ve­ment la situa­tion en Italie aujourd’­hui, étalée sur envi­ron trois mois. Et cela est main­te­nant reconnu comme inac­cep­table. Cela semble un appel assez tardif (mais soyons géné­reux et sup­po­sons que les anciens chiffres sem­blaient beau­coup mieux, ce qu’ils auraient pu faire : de petites dif­fé­rences d’hy­po­thèses font une grande dif­fé­rence dans les résultats).

Donc, main­te­nant le Royaume-Uni passe à la stra­té­gie de sup­pres­sion. En voici les chiffres :

Scénarios de stra­té­gie de sup­pres­sion pour la Grande Bretagne mon­trant les besoins en lits de soins inten­sifs. La ligne noire montre l’é­vo­lu­tion de l’é­pi­dé­mie sans inter­ven­tion. En vert, une stra­té­gie de sup­pres­sion com­pre­nant la fer­me­ture des écoles et des uni­ver­si­tés, l’i­so­le­ment des cas et la dis­tan­cia­tion sociale à l’é­chelle de la popu­la­tion à partir de fin mars 2020. La ligne orange montre une stra­té­gie de confi­ne­ment com­pre­nant l’i­so­le­ment des cas, la mise en qua­ran­taine des ménages et la dis­tan­cia­tion sociale à l’é­chelle de la popu­la­tion. La ligne rouge repré­sente la capa­cité esti­mée de lits de soins inten­sifs en GB. L’ombrage bleu montre la période de 5 mois pen­dant laquelle ces inter­ven­tions sont sup­po­sées rester en place. Le gra­phique (B) affiche les mêmes don­nées que (A) mais en agran­dis­sant les niveaux infé­rieurs du gra­phique. Source : Imperial College UKA188

Le chan­ge­ment de stra­té­gie en Grande Bretagne a été motivé par l’ob­ser­va­tion de la situa­tion en Italie, où les sta­tis­tiques d’hos­pi­ta­li­sa­tion et de décès étaient net­te­ment plus éle­vées que l’a­vait laissé anti­ci­per l’é­vo­lu­tion de l’é­pi­dé­mie en Chine. Cette gra­vité était prin­ci­pa­le­ment due à l’âge et à l’état de santé de la popu­la­tion ita­lienne. Or le profil de la popu­la­tion anglaise est à ces égards sem­blable à celui de l’Italie.

La nou­velle stra­té­gie anglaise sem­ble­rait avoir prouvé son effi­ca­cité puisque l’Université de Cambridge et Public Health England annon­çaient, le 15 mai, que le fac­teur de repro­duc­tion R0 était des­cendu à 0.4 à Londres, contre 2.8 le 23 mars (début du confi­ne­ment) avec 200 000 nou­veaux cas chaque jour. Le fac­teur R0 est très variable selon les régions et sa valeur est uti­li­sée pour ajus­ter les règles de confi­ne­ment. Sean Morrison ajoute (15 maiA102) :

Selon l’Unité de bio­sta­tis­tique du MRC de Cambridge, le taux « R » de la ville est le plus bas du pays, alors qu’elle avait été la plus affec­tée en termes d’hos­pi­ta­li­sa­tions liées au coronavirus.

La recherche a montré que pour 10 per­sonnes infec­tées, elles sont sus­cep­tibles de le trans­mettre à quatre personnes.

Selon le rap­port du Telegraph sur la même modé­li­sa­tion, le nombre de nou­veaux cas dans la ville dimi­nue de moitié tous les 3,5 jours et moins de 24 trans­mis­sions auraient lieu quotidiennement.

Ce pro­nos­tic opti­miste est mis en doute par des experts quand il sert à jus­ti­fier une déci­sion de reprise d’ac­ti­vité : on igno­rait si la fin du confi­ne­ment ne serait pas suivie d’une seconde vague de contaminations.

Deepti Gurdasani et Hisham Ziauddeen (30 avrilA123) ont fait le point dans The Lancet sur les biais qui conduisent les modèles mathé­ma­tiquesA207 à des pro­po­si­tions stra­té­giques erro­nées, pre­nant exemple sur celui de Joel Hellewell et col­lègues uti­lisé par le gou­ver­ne­ment bri­tan­nique dans sa lutte contre la pan­dé­mie CoVID-19. Le 12 mars, les Anglais avaient pris la déci­sion de ne plus effec­tuer de tests sys­té­ma­tiques ni de tra­çage des contacts, arguant que leur modèle démon­trait l’in­ca­pa­cité de telles mesures à jugu­ler l’é­pi­dé­mie en moins de 12 semaines. Or, un para­mètre clé du modèle était le temps écoulé entre la pre­mière appa­ri­tion de symp­tômes et la mise en qua­ran­taine des per­sonnes infec­tées. Deux durées moyennes avaient été étu­diées : 3.83 et 8.09 jours, avec une dis­tri­bu­tion empi­rique cal­cu­lée sur la pre­mière phase de l’é­pi­dé­mie à Wuhan. Toutefois, entre­temps des tests rapides (en drive-in) avaient été mis en place en Corée et à Singapour, ce qui rame­nait le délai à 1 jour et chan­geait tota­le­ment la pré­vi­sion : le contrôle de l’é­pi­dé­mie aurait alors 80% de chances de réus­sir. Les auteures concluent (30 avrilA123) :

Les tra­jec­toires épi­dé­miques en Corée du Sud, au Japon, à Taiwan et à Singapour ont été très dif­fé­rentes de celles de la plu­part des pays euro­péens, avec beau­coup moins de décès. Bien que plu­sieurs aspects des popu­la­tions et des sys­tèmes de ces pays aient pu contri­buer à ces dif­fé­rences, l’un des points com­muns clés est l’a­dop­tion pré­coce d’une approche axée sur les tests, l’i­so­le­ment et la recherche des contacts dans les pays à tra­jec­toires plus lentes. En effet, bon nombre de ces pays n’ont pas mis en place de mesures de ver­rouillage à l’é­chelle natio­nale ou beau­coup plus tard, après que la courbe s’est apla­tie, indi­quant poten­tiel­le­ment l’im­pact des stra­té­gies basées sur la détec­tion des cas sur la trans­mis­sion. Ces stra­té­gies basées sur la détec­tion auraient pu per­mettre aux pays de contrô­ler la trans­mis­sion sans mesures strictes de confi­ne­ment et de fer­me­ture d’é­coles, évi­tant ainsi les per­tur­ba­tions que cela implique. Au lieu de cela, ils ont pu appli­quer des res­tric­tions ciblées en réponse aux épi­dé­mies obser­vées (par exemple, les fer­me­tures d’é­glises en Corée du Sud). À l’op­posé, de nom­breux pays euro­péens ont dû impo­ser le confi­ne­ment beau­coup plus tôt dans la chro­no­lo­gie de leurs épidémies.

Thomas AJ Meunier a publié (en pre­print le 1er maiA122) un article mon­trant que le degré de coer­cion des mesures de confi­ne­ment prises en Italie, France, Espagne et Royaume-Uni n’a­vait pas eu d’in­ci­dence visible sur l’é­vo­lu­tion de la pandémie :

En com­pa­rant la tra­jec­toire de l’é­pi­dé­mie avant et après le confi­ne­ment, nous ne trou­vons aucune preuve de dis­con­ti­nuité dans les taux de crois­sance, les temps de dou­ble­ment et les ten­dances des taux de repro­duc­tion. En extra­po­lant les ten­dances du taux de crois­sance avant le confi­ne­ment, nous four­nis­sons des esti­ma­tions du nombre de morts en l’ab­sence de toute poli­tique de confi­ne­ment et mon­trons que ces stra­té­gies n’ont peut-être pas sauvé de vie en Europe occi­den­tale. Nous mon­trons éga­le­ment que les pays voi­sins appli­quant des mesures de dis­tan­cia­tion sociale moins res­tric­tives (par oppo­si­tion au confi­ne­ment à domi­cile par la police) connaissent une évo­lu­tion tem­po­relle très simi­laire de l’épidémie.

Cet article est tou­te­fois cri­ti­qué par un com­men­ta­teur (Gruffmeister) pour la métho­do­lo­gie expo­sée (1er maiA122) :

Les don­nées que vous ana­ly­sez n’ap­puient pas vos conclu­sions. Le pro­blème prin­ci­pal est que vous avez fait beau­coup trop d’hy­po­thèses dans votre ana­lyse des don­nées, ce qui vous a ensuite conduit à la conclu­sion que le confi­ne­ment com­plet n’a­vait aucun effet alors que vos don­nées ne le jus­ti­fiaient pas. La varia­bi­lité tem­po­relle entre l’in­fec­tion et le décès n’a aucune inci­dence sur l’ef­fet du confi­ne­ment — il y a beau­coup trop de variables qui agissent comme fac­teurs contri­bu­tifs pour en faire une mesure valide.

En réa­lité, avant le confi­ne­ment dans les quatre pays que vous men­tion­nez, les taux d’in­fec­tion et de mor­ta­lité évo­luaient expo­nen­tiel­le­ment, et non selon un ajus­te­ment de régres­sion linéaire qui rend l’ex­tra­po­la­tion incorrecte.

En uti­li­sant un modèle cor­rec­te­ment adapté, vos don­nées expo­se­raient une aug­men­ta­tion beau­coup plus agres­sive du nombre de cas avant les mesures de confinement.

La conclu­sion de Thomas Meunier est que la dis­tan­cia­tion sociale pour­rait être aussi effi­cace, à elle seule, que le confinement.

Jean-Pierre Nordmann montre sur des gra­phiques que la poli­tique sani­taire la plus effi­cace serait celle d’un confi­ne­ment ciblé asso­cié à un large dépis­tage au-delà des seules per­sonnes symp­to­ma­tiques (2 maiA118). La France est un des pays (avec le Royaume-Uni, l’Espagne, l’Italie et la Belgique) où le rap­port du nombre de morts rap­porté à la popu­la­tion était le plus élevé au même stade d’é­vo­lu­tion de l’é­pi­dé­mie. Au 40e jour de l’é­pi­dé­mie, il était (avec 263/million) plus de deux fois celui de la Suède (119/million) et le quin­tuple de celui de l’Allemagne (43/million), pays qui n’ont pas imposé un confi­ne­ment strict mais ren­forcé la pro­tec­tion des per­sonnes fra­giles et/ou pro­cédé à un dépis­tage sys­té­ma­tique Le cri­tère de l’âge de la popu­la­tion ne suffit pas à expli­quer de tels écarts (2 maiA118).

Ce point de vue rejoi­gnait, à la même époque (7 maiA110), celui de Michael Levitt, lau­réat du prix Nobel de chimie et bio­phy­si­cien à l’université de Stanford. Son expli­ca­tion était que l’im­mu­nité de groupe avait pu jouer un rôle pré­do­mi­nant, le virus SARS-CoV‑2 ayant été lar­ge­ment trans­porté et par­tagé par des patients asymp­to­ma­tiques. Ces points sont dis­cu­tés plus bas dans la sec­tion Immunité.

Fin juin, la sur­ve­nue de ce qui res­semble à une « deuxième vague » avec des clus­ters inquié­tants en Allemagne, Suède, Portugal… démontre une fois de plus le sim­plisme de la modé­li­sa­tion mathématique. 

Épidémiologie

Pour mieux connaître les outils des épi­dé­mio­lo­gistes, avec un rappel sur les épi­dé­mies émer­gentes récentes du SRAS, de l’hé­pa­tite C, du Zika, de l’Ebola etc., je recom­mande vive­ment l’é­coute de la série Épidémiologie, pro­blé­ma­tiques et enjeux au Collège de France (Arnaud Fontanet, octobre 2019A203).

Le risque de pan­dé­mie avait été annoncé par la com­mu­nauté scien­ti­fique depuis un quart de siècle, mais la classe poli­tique de tous bords n’ac­cor­dait aucune atten­tion à ces aver­tis­se­ments. Dans Le Canard enchaîné du 8 avril 2020 (page 3) Claude Angeli rappelle :

En sep­tembre 2005, sous la pré­si­dence Obama, [25 experts de la CIA] avaient remis un rap­port cir­cons­tan­cié au National Intelligence Council, qui pré­voyait notam­ment l’ar­ri­vée d’une pan­dé­mie, « une mala­die res­pi­ra­toire, viru­lente, extrê­me­ment conta­gieuse, [sans] trai­te­ment adé­quat ». […]

Comme c’est l’u­sage, les ser­vices des pays alliés avaient reçu ce docu­ment, puis­qu’il ne conte­nait rien qui aurait pu nuire au pré­sident de la Grande Amérique.

Deux Livres blancs sur la défense et la sécu­rité natio­nale lan­ceurs de la même alerte sani­taire ont été publiés en France, en 2008 et 2013, puis en 2017 la Revue stra­té­gique de défense et de sécu­rité natio­nale décri­vait le « risque d’é­mer­gence d’un nou­veau virus fran­chis­sant la bar­rière des espèces » (Angeli C, 2020). À noter que l’exis­tence de ces docu­ments peut servir à nour­rir une thèse com­plo­tiste selon laquelle le virus SARS-Cov‑2 aurait été « fabri­qué » par ???… Le même scé­na­rio avait été ima­giné pour la pan­dé­mie de cho­léra qui avait fait 19000 vic­times à Paris en 1832N7.

L’ouvrage Pandémie, la grande menace de Jean-Philippe Derenne et François Bricaire (2005N8) décri­vait par le menu, lorsque la grippe H1N1 était à nos portes, les mesures à prendre pour pro­té­ger la popu­la­tion et dis­po­ser d’in­fra­struc­tures suf­fi­santes pour le trai­te­ment des per­sonnes gra­ve­ment touchées.

Les scé­na­rios ins­pi­rés des modèles pré­dic­tifs ne font pas l’u­na­ni­mité des spé­cia­listes. Selon cer­tains viro­logues, les méca­nismes seraient plus com­plexes — et sur­tout trop aléa­toires pour four­nir des pré­dic­tions fiables. Une com­plexité qui sus­cite les rac­cour­cis, des approxi­ma­tions et la dif­fu­sion de fausses nouvelles.

En France, envi­ron 500 000 per­sonnes sont tou­chées chaque année par des pneu­mo­niesN9 — pneu­mo­pa­thies infec­tieusesN10 d’o­ri­gine bac­té­rienne ou virale — ayant causé plus de 13 000 morts en 2015 et 2016N11. Le SARS-CoV‑2 de l’é­pi­dé­mie CoVID-19 n’est qu’un parmi la ving­taine de virus en cir­cu­la­tion ordi­nai­re­ment asso­ciés à ces pneu­mo­pa­thies (9 marsA191) dont jus­qu’à 35% sont dues à des coro­na­vi­rus (27 marsN12). Au départ (jan­vier 2020), l’im­por­tance de l’é­pi­dé­mie CoVID-19 appa­rais­sait donc mineure du point de vue de l’é­pi­dé­mio­lo­gie, en dépit du tollé déclen­ché sur les réseaux sociaux par la pré­sen­ta­tion abrupte des don­nées sta­tis­tiques. Cette dis­tor­sion dra­ma­tique du réel est com­pa­rable à celle que j’a­vais notée dans mon article Vivre bien et longtemps, com­pa­rant les 3500 décès annuels par acci­dent de la route, qui sus­citent beau­coup d’é­mo­tion, aux 12 000 chutes mor­telles de per­sonnes âgées iso­lées dont on ne parle jamais alors qu’elles seraient évitables.

La sur­éva­lua­tion du taux de léta­lité de l’é­pi­dé­mie CoVID-19 pour­rait pro­ve­nir d’une détec­tion insuf­fi­sante des cas et d’une prise en charge des malades à un stade trop avancé. Forte de son expé­rience de ges­tion de l’é­pi­dé­mie MERS-CoVN13 en 2015, la Corée du Sud affiche de bons résul­tats en met­tant à dis­po­si­tion le test de CoVID-19 au plus grand nombre plutôt que de décré­ter un confi­ne­ment géné­ralN14. Tous les por­teurs du virus y sont isolés pour être sur­veillés médi­ca­le­ment dès le stade ini­tial de la mala­die et pris en charge si nécessaire.

Il faut tou­te­fois lire avec pru­dence les articles qui men­tionnent la Corée du Sud sans pré­ci­ser leurs sources. Un dia­gramme cir­cu­lait à mi-mars mon­trant que la tranche d’âge la plus atteinte dans ce pays serait 20 à 29 ans, contrai­re­ment à l’Italie et d’autres pays euro­péens où les vic­times sont plutôt des per­sonnes âgées. Le dia­gramme est pro­ba­ble­ment exact mais cette com­pa­rai­son n’est pas per­ti­nente : sur son fil twit­ter (15 mars twit​ter​.com/​s​u​n​g​j​i​n​y​ang) Yang Sun-jin, édi­teur du Korea Herald, expli­quait que 80% des cas en Corée du Sud pro­viennent de (jeunes) membres de l’Église Shincheonji de JésusN15 accu­sés d’a­voir déli­bé­ré­ment trans­mis le virus (twit​ter​.com/​h​a​s​h​t​a​g​/​s​h​i​n​c​h​e​o​nji). Le 16 mars, les Sud-Coréens ont décou­vert de nou­veaux foyers d’in­fec­tion, notam­ment à Seongnam au sud de Séoul où 40 per­sonnes ont été tou­chées, toutes membres d’une église pro­tes­tante qui ne res­pec­tait pas l’in­ter­dic­tion de tout ras­sem­ble­mentN16.

Professeur depuis 2015 aux dépar­te­ments de phy­sique et de sciences de la vie à l’UNIST (Ulsan National Institute of Science & Technology, Corée du Sud), en déta­che­ment du CNRS, François Amblard a rédigé pour l’Académie des sciences un rap­port sur la ges­tion de l’é­pi­dé­mie CoVID-19 en CoréeN17. Il décla­rait au Quotidien du méde­cin le 5 maiA114 :

On a entendu des âne­ries, y com­pris au plus haut de l’État fran­çais, sur la Corée du Sud. Il a été dit que les solu­tions qui ont été employées y ont fonc­tionné car ce pays n’é­tait pas démo­cra­tique, et que les Coréens n’ont pas de pro­blème avec le fait d’être tra­qués en per­ma­nence. Or, le débat démo­cra­tique ne s’est jamais arrêté : des élec­tions légis­la­tives se sont tenues le 15 avril.

Le fon­de­ment cultu­rel et phi­lo­so­phique coréen, c’est le res­pect de la connais­sance, du savoir, de la science et de la méde­cine qui tranche avec l’es­pèce de rela­ti­visme qu’on voit s’ins­tal­ler un peu par­tout. Ce res­pect n’est pour­tant pas étran­ger à nos valeurs en France. […]

Les Coréens ont adhéré mas­si­ve­ment à la poli­tique de dépis­tage parce qu’elle est très claire, pré­sen­tée par des pro­fes­sion­nels et non par des poli­tiques, et d’une façon adulte. À l’inverse, la com­mu­ni­ca­tion fran­çaise est pré­sen­tée par des poli­tiques qui prennent la popu­la­tion de très haut, sans direc­tion fixe, et livrent une série de men­songes dont per­sonne n’est dupe. Le pro­blème de l’u­na­ni­mité en France est celui de la confiance.

Le pro­blème des Français est aussi de croire que tout méde­cin est un (oracle) scientifique…

Il a été signalé très tôt que la léta­lité était sur­éva­luée dans les pays euro­péens, car rap­por­tée au seul nombre des patients hos­pi­ta­li­sés et non des per­sonnes iden­ti­fiées por­teuses du virus SARS-Cov‑2. Une popu­la­tion dont 100% des membres ont béné­fi­cié du dépis­tage est celle du navire Diamond Princess. Parmi les 700 pas­sa­gers infec­tés, il y a eu 7 décès, soit 1% de léta­lité. Toutefois c’é­tait une popu­la­tion âgée avec vrai­sem­bla­ble­ment un nombre impor­tant de mala­dies méta­bo­liques. En ajus­tant cette sta­tis­tique sur la pyra­mide des âges aux USA, compte tenu d’autres incer­ti­tudes, le taux moyen de léta­litéN18 serait plutôt entre 0.05% et 1%, soit infé­rieur à celui d’une grippe sai­son­nièreA187. Toutefois, JS Faust et C del Rio donnent 0.5% après ajus­te­ment, cor­res­pon­dant à 10 fois celui d’une grippe sai­son­nière (14 maiA105).

Dr John Lee sou­le­vait dans The Spectator quelques points spé­ci­fiques du Royaume-Uni (4 avrilA155) :

Si une per­sonne meurt d’une infec­tion res­pi­ra­toire au Royaume-Uni, la cause spé­ci­fique de l’in­fec­tion n’est géné­ra­le­ment pas enre­gis­trée, à moins que la mala­die ne soit une « mala­die à décla­ra­tion obli­ga­toire » rare. Ainsi, la grande majo­rité des décès dus à des mala­dies res­pi­ra­toires au Royaume-Uni sont enre­gis­trés comme bron­cho­pneu­mo­nie, pneu­mo­nie, vieillesse ou une dési­gna­tion simi­laire. Nous ne fai­sons pas vrai­ment de tests pour la grippe ou d’autres infec­tions sai­son­nières. Si le patient a, par exemple, un cancer, une mala­die des neu­rones moteurs ou une autre mala­die grave, cela sera enre­gis­tré comme la cause du décès, même si la mala­die finale était une infec­tion res­pi­ra­toire. Cela signi­fie que les cer­ti­fi­ca­tions bri­tan­niques sous-enregistrent nor­ma­le­ment les décès dus à des infec­tions respiratoires.

Examinons main­te­nant ce qui s’est passé depuis l’é­mer­gence de la Covid-19. La liste des mala­dies à décla­ra­tion obli­ga­toire a été mise à jour. Cette liste (…) a été modi­fiée pour inclure la Covid-19. Mais pas la grippe. Cela signi­fie que tout test posi­tif pour la Covid-19 doit être noti­fié, d’une manière qui ne l’est pas pour la grippe ou la plu­part des autres infections.

Dans le climat actuel, toute per­sonne ayant un test posi­tif pour la Covid-19 sera cer­tai­ne­ment connue du per­son­nel soi­gnant qui s’oc­cupe d’elle : si l’un de ces patients meurt, le per­son­nel devra ins­crire la dési­gna­tion Covid-19 sur le cer­ti­fi­cat de décès — contrai­re­ment à la pra­tique habi­tuelle pour la plu­part des infec­tions de ce type. Il y a une grande dif­fé­rence entre le décès causé par la Covid-19 et le fait de trou­ver la Covid-19 chez une per­sonne qui est morte d’autres causes.

Rendre la Covid-19 noti­fiable pour­rait donner l’im­pres­sion qu’elle cause un nombre crois­sant de décès, que cela soit vrai ou non. Il pour­rait sem­bler beau­coup plus meur­trier que la grippe, sim­ple­ment en raison de la façon dont les décès sont enregistrés. […]

Cette façon inha­bi­tuelle de signa­ler les décès dus à la Covid-19 explique le constat évident que la plu­part de ses vic­times pré­sentent des affec­tions sous-jacentes (et seraient nor­ma­le­ment sen­sibles à d’autres virus sai­son­niers, qui ne sont pra­ti­que­ment jamais enre­gis­trés comme une cause spé­ci­fique de décès).

Expert dans la détec­tion de biais métho­do­lo­giques en épi­dé­mio­lo­gie, John PA Ioannidis regret­tait à mi-mars qu’on navigue dans le brouillard à devoir prendre des déci­sions radi­cales en l’ab­sence de don­nées fiables (17 marsA187) :

Le taux de léta­lité de Covid-19 pourrait-il être aussi bas ? Non, disent cer­tains, sou­li­gnant le taux élevé chez les per­sonnes âgées. Cependant, même cer­tains coro­na­vi­rus dits « bénins » ou de type « rhume ordi­naire » connus depuis des décen­nies peuvent avoir des taux de léta­lité pou­vant atteindre 8% lors­qu’ils infectent des per­sonnes âgées dans des mai­sons de soins. En fait, de tels coro­na­vi­rus « bénins » infectent des dizaines de mil­lions de per­sonnes chaque année et repré­sentent 3 à 11% des per­sonnes hos­pi­ta­li­sées chaque hiver aux États-Unis pour des infec­tions des voies res­pi­ra­toires infé­rieures.

Ces coro­na­vi­rus « bénins » peuvent être impli­qués dans plu­sieurs mil­liers de décès chaque année dans le monde, bien que la grande majo­rité d’entre eux ne soit pas docu­men­tée par des tests précis. Au lieu de cela, ils se perdent sous forme de bruit parmi les 60 mil­lions de décès de causes diverses chaque année. […]

Dans une série d’au­top­sies qui ont signalé des virus res­pi­ra­toires chez 57 per­sonnes âgées décé­dées au cours de la saison grip­pale 2016 à 2017, des virus grip­paux ont été détec­tés dans 18% des échan­tillons, tandis que d’autres types de virus res­pi­ra­toires ont été trou­vés dans 47%. Chez cer­taines per­sonnes qui meurent de patho­gènes res­pi­ra­toires viraux, plus d’un virus est détecté lors de l’au­top­sie et les bac­té­ries sont sou­vent en ajout. Un test posi­tif pour le coro­na­vi­rus ne signi­fie donc pas néces­sai­re­ment que ce virus est prin­ci­pa­le­ment res­pon­sable de la mort d’un patient.

Il ajou­tait le 19 marsA182 :

Le coût éven­tuel d’une telle per­tur­ba­tion est notoi­re­ment dif­fi­cile à pré­voir. Une cita­tion de 2,7 bil­lions [mil­lions de mil­lions] de dol­lars […] est tota­le­ment spé­cu­la­tive. Cela dépend beau­coup de la durée de l’a­no­ma­lie. L’économie et la société mon­diales reçoivent déjà un coup dur d’une épi­dé­mie qui autre­ment (le 14 mars) repré­sente 0,01% des 60 mil­lions de décès annuels dans le monde, toutes causes confon­dues, et qui tue presque exclu­si­ve­ment les per­sonnes dont l’es­pé­rance de vie est rela­ti­ve­ment faible. […]

L’épidémie de coro­na­vi­rus de cette année est clai­re­ment sans pré­cé­dent en termes d’at­ten­tion reçue. Les médias ont capi­ta­lisé sur la curio­sité, l’in­cer­ti­tude et l’hor­reur. Une requête Google sur « coro­na­vi­rus » a donné 3 550 000 000 résul­tats le 3 mars et 9 440 000 000 résul­tats le 14 mars. Inversement, la « grippe » a attiré 30 à 60 fois moins d’at­ten­tion, bien que cette saison elle ait jus­qu’à pré­sent causé envi­ron 100 fois plus de décès dans le monde que le coronavirus.

Ce point de vue mérite d’être actua­lisé car il a été émis à une période où le nombre de vic­times était encore peu élevé en com­pa­rai­son avec les don­nées des infec­tions sai­son­nières. Une théo­rie néga­tion­niste a vu le jour — et bat son plein dans les milieux ultra­con­ser­va­teurs des USA ou du Brésil — selon laquelle les sta­tis­tiques seraient déli­bé­ré­ment fal­si­fiées pour entre­te­nir une culture de la peurN19 jus­ti­fiant des mesures liberticides.

Statistiques sai­sion­nières de décès par grippe ou pneu­mo­nie aux USA. En rouge, l’an­née 2020.

Denis Minger a ana­lysé et décons­truit les argu­ments uti­li­sés par les adeptes de cette croyance (2020A136). Un des argu­ments était qu’en mars 2020 les sta­tis­tiques de décès par pneu­mo­nie ou grippe auraient chuté spec­ta­cu­lai­re­ment aux USA, lais­sant croire que ces malades avaient été (déli­bé­ré­ment ?) reclas­sés comme vic­times de CoVID-19. Or cette appa­rente chute est due au fait que les cer­ti­fi­cats de décès, pour les mala­dies pul­mo­naires en par­ti­cu­lier, sont saisis à la main et peuvent mettre jus­qu’à 8 semaines pour appa­raître dans les sta­tis­tiques natio­nales. Le déca­lage entre les courbes de la 13e semaine et celles éta­blies après le trai­te­ment com­plet des cer­ti­fi­cats est remar­qua­ble­ment illus­tré sur une ani­ma­tion (10 avrilA147) qui en affiche l’é­vo­lu­tion sur 10 ans :

The “recent drop” in U.S. pneu­mo­nia deaths is actually an always-present lag in repor­ting. Source : A147

Les taux de mor­ta­lité par CoVID-19 sont au contraire pro­ba­ble­ment sous-évalués (1er juilletA43). On peut consta­ter, en France, une explo­sion de la mor­ta­lité glo­bale en mars 2020 mesu­rée à mi-avril grâce aux sta­tis­tiques de l’INSEE excep­tion­nel­le­ment mises à jour chaque semaine. Dans les dépar­te­ments les plus tou­chés, cette sur­mor­ta­lité était deux à trois fois supé­rieure au nombre offi­ciel de vic­times de CoVID-19 (10 avrilA146). On peut donc s’at­tendre à ce que les nombres de vic­times soient ajus­tés à la hausse une fois que toutes les décla­ra­tions auront été trans­mises. Des don­nées de sur­mor­ta­lité dans plu­sieurs pays, mon­trant la même ten­dance, sont recen­sées sur la page Excess MortalityN20. Ce qui est dénoncé comme un « men­songe d’État » est donc sim­ple­ment un déca­lage lié à la len­teur rela­tive de trans­mis­sion des don­nées. Je ne pré­tends pas que ce soit tou­jours le cas, ni que la culture de la peur serait absente de la com­mu­ni­ca­tion gou­ver­ne­men­tale ; mais l’in­ter­pré­ta­tion des sta­tis­tiques n’en four­nit pas (encore) la preuve…

Aux États-Unis, Jeremy Samuel Faust et Carlos del Rio ont remis en ques­tion, sur la base des don­nées du Centre for Disease Control (CDC) début mai, la com­pa­rai­son des nombres de décès causés par la CoVID-19 et par la grippe sai­son­nière, qui font dire aux médias (et à cer­tains poli­ti­ciens) que la CoVID-19 ne tue­rait pas plus que la grippe, en contra­dic­tion avec le vécu du per­son­nel hos­pi­ta­lier. Ils expliquent (14 maiA105) :

La raison pro­fonde de ces com­pa­rai­sons incor­rectes peut être un manque de connais­sances sur la façon dont les don­nées sur la grippe sai­son­nière et la COVID-19 sont ren­dues publiques. Le CDC, comme de nom­breux orga­nismes simi­laires de lutte contre les mala­dies dans le monde, pré­sente la mor­bi­dité et la mor­ta­lité liées à la grippe sai­son­nière non pas comme des chiffres bruts mais comme des esti­ma­tions cal­cu­lées sur la base des codes soumis de la Classification inter­na­tio­nale des mala­dies. Entre 2013–2014 et 2018–2019, les décès annuels esti­més dus à la grippe variaient de 23000 à 61000. Au cours de cette même période, cepen­dant, le nombre de décès dus à la grippe recen­sés se situait entre 3448 et 15620 par an. En moyenne, Les esti­ma­tions des décès attri­buables à la grippe par les CDC étaient près de 6 fois supé­rieures aux chiffres recen­sés. Inversement, les décès par COVID-19 sont actuel­le­ment comp­tés et signa­lés direc­te­ment, non esti­més. Par consé­quent, la com­pa­rai­son la plus valable consis­te­rait à com­pa­rer les dénom­bre­ments heb­do­ma­daires des décès dus à COVID-19 aux dénom­bre­ments heb­do­ma­daires des décès dus à la grippe saisonnière.

Les cher­cheurs ont donc com­paré les décomptes des décès de CoVID-19 pen­dant la troi­sième semaine d’a­vril (15455) avec les don­nées réelles pen­dant les semaines de pic d’é­pi­dé­mie grip­pale entre 2013 et 2019 (752 en moyenne). En tenant compte des incer­ti­tudes, ils ont estimé que (14 maiA105) :

[…] les décès par CoVID-19 étaient de 9.5 à 44 fois plus nom­breux que ceux pen­dant les semaines de pic de grippe sai­son­nière aux USA ces 7 der­nières années, avec une aug­men­ta­tion moyenne de 20.5 fois. […] Nous dédui­sons de notre ana­lyse que les esti­ma­tions annuelles du CDC sur­éva­luent consi­dé­ra­ble­ment le nombre réel de décès causés par la grippe, ou que le nombre actuel de décès recen­sés par COVID-19 sous-évalue consi­dé­ra­ble­ment le nombre réel de décès causés par le SARS-CoV‑2, ou les deux.

À l’in­verse de cette éva­lua­tion cor­rec­tive, des décès par CoVID-19 ne sont pas comp­ta­bi­li­sés en raison des faux-négatifs dans les tests : chez un patient au stade inflam­ma­toire de la mala­die, la charge virale peut avoir for­te­ment dimi­nué. D’autre part, des décès par la grippe ne sont pas pris en compte car il n’y a aucune obli­ga­tion de décla­ra­tion, contrai­re­ment à la CoVID-19 ; les épi­dé­mio­lo­gistes uti­lisent des fac­teurs de cor­rec­tion tenant compte de la sous-déclaration. Nous l’a­vons vu, des décès ont pu être attri­bués par erreur à la CoVID-19.

En France, l’exa­men des sta­tis­tiques heb­do­ma­daires de décès (source : INSEE) abou­tit au constat inverse de celui de Faust et del Rio : « La grippe 2020 [a été] plus meur­trière en France que le SARS-COV‑2, selon les cumuls heb­do­ma­daires de décès pen­dant les 2 périodes épi­dé­miques suc­ces­sives » (F Pesty, 20 maiA96).

Une esti­ma­tion des taux de mor­ta­lité et de léta­lité de la CoVID-19 serait pré­ma­tu­rée. Mais Faust et del Rio (14 maiA105) déplorent que le gou­ver­ne­ment amé­ri­cain ait mal inter­prété les don­nées publiées pour remettre en route l’é­co­no­mie en sup­po­sant qu’on avait affaire à « juste une nou­velle grippe ». Ils sug­gèrent de « com­pa­rer des pommes avec des pommes et non des pommes avec des oranges ». Début juillet, les édi­teurs du JAMA écrivent (1er juilletA40) :

Fin mai 2020, plus de 100 000 per­sonnes aux États-Unis étaient décé­dées des suites d’une mala­die à coro­na­vi­rus 2019 (COVID-19) […]. Les repor­tages ont déploré ce nombre, le com­pa­rant à la capa­cité d’un grand stade de foot­ball ou d’une petite ville et notant sa simi­li­tude avec le nombre de sol­dats amé­ri­cains tués pen­dant la Première Guerre mon­diale ou dans les guerres coréenne et viet­na­mienne combinées […].

La mort semble être une mesure pré­cise de l’évolution et des effets de la pan­dé­mie — le pire résul­tat, un résul­tat sans équi­voque. Cependant, le nombre de décès attri­bués à la COVID-19 dans les rap­ports offi­ciels est pro­ba­ble­ment une sous-estimation des décès causés par le syn­drome res­pi­ra­toire aigu sévère coro­na­vi­rus 2 (SARS-CoV‑2). De plus, la sta­tis­tique n’in­clut pas les décès indi­rec­te­ment impu­tables au virus et les mesures uti­li­sées pour le contenir. […]

Comment est-il alors pos­sible d’es­ti­mer le véri­table effet de cette pan­dé­mie en tenant compte de ces dif­fé­rents fac­teurs ? Une façon consiste à esti­mer les décès en excès (c.-à‑d. au delà de ce qui serait attendu). Dans ce numéro de JAMA, Woolf et ses col­lègues ont com­paré le nombre de décès exces­sifs aux États-Unis entre le 1er mars 2020 et le 25 avril 2020 avec les 6 années pré­cé­dentes [1er juilletA42]. Sur la base des don­nées de 2014 à 2019, les auteurs s’at­ten­daient à 419 058 décès mais ont observé 505 059, soit un excès de 87 001 décès. Ils ont estimé que 65% étaient attri­buables à la COVID-19, lais­sant 35% des décès excé­den­taires inex­pli­qués. Certains de ces décès peuvent être dus à des inexac­ti­tudes dans les don­nées (par exemple, des décès mal clas­sés, des rap­ports incom­plets) ou à l’absence de soins. Si le même schéma se pour­sui­vait jus­qu’à la fin du mois de mai, il y aurait, comme indi­qué, 100 000 décès impu­tables au COVID-19, mais envi­ron 135 000 décès au total impu­tables à la pan­dé­mie. Woolf et al [1er juilletA42] four­nissent éga­le­ment des esti­ma­tions état par état des décès exces­sifs et un compte rendu plus détaillé des 5 États les plus tou­chés par COVID-19.

Comme nous le disait Michel Odent dans un sémi­naire : « L’épidémiologie c’est tout sauf l’his­toire de ma voi­sine ! » La com­pa­rai­son des taux de mor­ta­litéN21 — et non de léta­litéN18 — de l’é­pi­dé­mie CoVID-19 et de la grippe sai­son­nière avait fait (pré)dire à des cher­cheurs, au début de l’an­née, qu’il s’a­gi­rait d’une « simple grip­pette »… La per­cep­tion de la mor­ta­lité n’est pas la même selon les don­nées sta­tis­tiques et le vécu de décès inat­ten­dus parmi ses proches. Cette pan­dé­mie a été pré­sen­tée comme ter­ri­fiante en l’ab­sence de cer­ti­tude sur les modes de trans­mis­sion, les moyens de pro­tec­tion et de trai­te­ment des individus.

Dépister

Membre à cette époque du conseil scien­ti­fique fran­çais dédié au coro­na­vi­rus, Didier Raoult s’ex­pri­mait avec la même défiance des pré­dic­tions mathé­ma­tiques de mor­ta­lité dans une vidéo le 17 mars 2020N22. Il regret­tait l’emballement face à un coro­na­vi­rus qu’il invi­tait depuis des semaines à détec­ter et à soi­gner (16 mars 2020N23) :

[À l’IHUN24] Nous avons sans doute fait plus de tests du coro­na­vi­rus que tous les autres labo­ra­toires fran­çais réunis, avec aussi bien des formes modé­rées que graves. Le PACA [Région Sud] est peut-être épar­gné avec un seul décès, mais ça prou­ve­rait que les géné­ra­li­sa­tions sont fausses. Les éco­sys­tèmes sont dif­fé­rents entre Paris intra-muros, Wuhan, la région PACA, et il y a le risque non mesu­rable car chao­tique des super-contaminateurs, dif­fi­ci­le­ment com­pré­hen­sibles. On sait tout de même main­te­nant mesu­rer les charges virales et on voit que des gens ont des quan­ti­tés de virus un mil­lion de fois plus impor­tantes que d’autres. Logiquement, cela peut jouer un rôle dans la conta­mi­na­tion, avec d’autres choses comme le comportement.

Reste qu’au­jourd’­hui la plu­part de nos patients viennent pour des symp­tômes res­pi­ra­toires dus à la ving­taine d’autres virus qui cir­culent, ou parce qu’ils ont ren­con­tré quel­qu’un qui avait le coro­na­vi­rus. Ils sont affo­lés et veulent savoir s’ils n’ont pas un truc qui va les tuer.

L’hétérogénéité de la popu­la­tion infec­tée en termes de charge virale — l’exis­tence de super-contaminateurs — met­tait en défaut des modèles pré­dic­tifs comme le SIR (Susceptible, Infectious, RemovedN25) per­met­tant d’an­ti­ci­per l’é­vo­lu­tion de l’é­pi­dé­mie à partir du simple fac­teur de repro­duc­tion R0, le nombre de per­sonnes qu’un indi­vidu infecté peut conta­mi­ner. Laurent Hébert-Dufresne et ses col­lègues ont pro­posé, sur la base de don­nées nou­velles, un modèle tenant compte de cette hété­ro­gé­néité : « Nous démon­trons que sans don­nées sur l’hé­té­ro­gé­néité des infec­tions secon­daires pour les mala­dies infec­tieuses émer­gentes comme la CoVID-19, l’in­cer­ti­tude sur la taille des vagues de conta­mi­na­tion varie consi­dé­ra­ble­ment : dans le cas de la CoVID-19, de 10 à 70% des indi­vi­dus sen­sibles » (16 avrilA138). Les indi­vi­dus « sen­sibles » (“sus­cep­tible” en anglais) sont les indi­vi­dus sains en contact avec des per­sonnes conta­gieuses (N25).

« Nul ne peut com­battre un incen­die les yeux bandés » a déclaré, le 16 mars, le pré­sident de l’Organisation mon­diale de la santé (OMS), Tedros Adhanom Ghebreyesus qui pré­co­nise la stra­té­gie “Test and Treat”. Mais Jérôme Salomon, direc­teur géné­ral de la santé (DGS) en France, a balayé du coude cette décla­ra­tion en répon­dant, le 17 mars : « En cir­cu­la­tion active, le test n’a pas beau­coup d’intérêt, aucun pays ne l’a fait. […] Ce qu’il faut, c’est rester chez soi, car on est tous poten­tiel­le­ment por­teurs » (21 marsA179). Il parais­sait igno­rer que les Sud-Coréens pra­ti­quaient 18 000 tests par jour…

Jérôme Salomon s’est heu­reu­se­ment contre­dit le 20 mars en décla­rant : « Le pas­sage en phase 3 épi­dé­mique entraîne aussi un chan­ge­ment de doc­trine concer­nant les tests. » Le pro­fes­seur Jean-François Delfraissy, pré­sident du conseil scien­ti­fique fran­çais, a reconnu : « Si l’on n’a pas choisi cette stra­té­gie [de dépis­tage à large échelle] en France, c’est parce qu’on n’a­vait pas la capa­cité, dans un pre­mier temps, de réa­li­ser des tests pour de très nom­breuses per­sonnes… » :

La doc­trine offi­cielle, en France le 21 mars, est que le dépis­tage à grande échelle serait uti­lisé pour « sortir du confi­ne­ment toutes les per­sonnes tes­tées néga­tives ». On attend beau­coup de la décou­verte de tests plus rapides ou/et moins oné­reux qui per­met­traient d’im­plé­men­ter à grande échelle un dépis­tage sys­té­ma­tiqueA1.

Un test rapide (15mn) et peu coû­teux avec une sen­si­bi­lité de 70% a été homo­lo­gué en Belgique grâce aux tra­vaux de l’é­quipe de Benoît Muylkens (24 marsA173). Quatre pro­jets de l’Institut Pasteur sont entiè­re­ment dédiés à cet objec­tif. Parallèlement, l’entreprise de bio­tech­no­lo­gie NG Biotech (en Ille-et-Vilaine) a fina­lisé un test qui repose sur la détec­tion et la dif­fé­ren­cia­tion des anti­corps IgM et/ou IgG (immu­no­glo­bu­lines G) [N26]. En Suisse, le labo­ra­toire Roche a fourni un nou­veau kit de dépis­tage (qui néces­site un équi­pe­ment spé­cia­lisé très coû­teux) et en France BioMérieux a mis un nou­veau test sur le marché. L’entreprise Novacyt, qui fabrique en France le nou­veau test Primerdesign « conçu pour fonc­tion­ner sur de mul­tiples pla­te­formes de tests molé­cu­laires cou­ram­ment uti­li­sées dans le monde entier », n’a reçu des com­mandes mas­sives que « de ter­ri­toires asia­tiques en dehors de la Chine conti­nen­tale » et signé un accord avec un groupe de santé amé­ri­cain (28 févrierA194).

Une équipe ita­lienne a montré que le test rPT-PCR pou­vait être réa­lisé avec la même fia­bi­lité sur un échan­tillon sali­vaire, ce qui faci­lite consi­dé­ra­ble­ment la pro­cé­dure (14 avrilA140).

Philippe Froguel, direc­teur du labo­ra­toire de recherche public du CHRU de Lille, s’est vu refu­ser de pro­duire des tests de dépis­tage du Covid-19 (25 marsA171). Ce labo­ra­toire pra­tique régu­liè­re­ment des tests PCR, uti­li­sés notam­ment pour la grippe mais aussi pour dépis­ter la Covid-19. Réponse de l’administration : Il faut res­pec­ter les pro­cé­dures, seul un bio­lo­giste médi­cal étant offi­ciel­le­ment habi­lité à lire les résul­tats, alors que le labo­ra­toire le fait depuis des années… Le pro­blème, c’est qu’aujourd’hui, le CHRU de Lille et celui de Mulhouse sont, d’a­près Philippe Froguel, en rup­ture de stocks d’enzymes, et ne peuvent donc plus fabri­quer ces tests. « Si on nous avait auto­ri­sés, nous les gens de la recherche, j’aurais mon congé­la­teur plein d’enzymes, on aurait fait le pro­to­cole et on tra­vaille­rait à fond pour le CHU aujourd’hui », regrette-t-ilA171.

Le 21 mars, 120 labo­ra­toires fran­çais étaient habi­li­tés à effec­tuer des tests, mais « face à la pénu­rie de gants, de lunettes et de masques, les bio­lo­gistes et infir­miers de ces labo­ra­toires ne [pou­vaient] pas effec­tuer les pré­lè­ve­ments sans ris­quer d’être conta­mi­nés, puis de pro­pa­ger le virus eux-mêmes »A179. L’autorisation leur avait été donnée trop tard pour qu’ils puissent prendre leurs dis­po­si­tions à la hau­teur de la demande. Lionel Barrand, pré­sident des jeunes bio­lo­gistes médi­caux, décla­rait : « Si l’État avait aidé tous les labo­ra­toires à obte­nir le maté­riel de pro­tec­tion néces­saire aux pré­lè­ve­ments, on aurait pu avoir cinq, six fois plus de dépis­tages » (21 marsA179).

Ne pas oublier le scan­ner tho­ra­cique qui détec­te­rait l’in­fec­tion avec une sen­si­bi­lité de 98% à J+3 des symp­tômes — com­men­taire ano­nyme sur Mediapart (21 marsA179)…

Le suivi des cas testés posi­tifs, même en l’ab­sence de symp­tômes, est d’au­tant plus per­ti­nent que lorsque les patients arrivent en réani­ma­tion leur charge virale a si for­te­ment dimi­nué qu’un trai­te­ment anti­vi­ral ne serait d’au­cun bénéfice…

Soigner

Piste encou­ra­geante : le repo­si­tion­ne­ment de molé­cules anciennes uti­li­sées pour d’autres affec­tions. L’exploration de mul­tiples com­bi­nai­sons prend du temps même pour des essais sur des cultures micro­biennes ou des animaux.

À l’Institut hospitalo-universitaire Méditerranée InfectionN24, l’ad­mi­nis­tra­tion à 24 sujets humains d’hydroxy­chlo­ro­quineN27 asso­ciée à de l’azi­thro­my­cineN28 avait donné des résul­tats assez convain­cants, selon les auteurs, pour être menée à plus grande échelle (PubMed le 11 mars 2020A190). Ce trai­te­ment per­met­trait de réduire à zéro la charge virale en 6 jours au lieu de 20 jours sans trai­te­ment — autre­ment dit le nombre de jours pen­dant les­quels la per­sonne infec­tée est conta­gieuse. Il pour­rait aussi éviter à la per­sonne trai­tée de déve­lop­per des com­pli­ca­tions qui la condui­raient aux urgences. En période de crise, la lutte contre la conta­gion est prio­ri­taire car elle est le seul moyen de mettre fin à l’épidémie.

Un rap­port sur cette étude pré­li­mi­naire (17 mars puis juilletA39) a été vive­ment cri­ti­qué, d’a­bord sur un ton polé­mique puis à partir de remarques sur PubPeer(N29) fai­sant appa­raître, sans sur­prise, des failles métho­do­lo­giques (22 mars 2020A178). Hervé Maisonneuve a résumé les points d’ar­ti­cu­la­tion de la cri­tique (23 avrilA127). Le 3 avril 2020, l’International Society of Antimicrobial Chemotherapy a publié un avis qui sus­cite chez Elsevier une enquête en vue de rétrac­tion (12 avrilA144) :

[Cette publi­ca­tion] ne répon­dait pas à la norme atten­due [de la société], notam­ment en raison de l’absence de meilleures expli­ca­tions des cri­tères d’inclusion et du triage des patients pour garan­tir la sécu­rité des patients.

Le jour­na­liste “fact-checker” Florian Gouthière écrit — sans crainte du ridi­cule — sur son blog (22 marsA178) :

L’emballement média­tique autour de la chlo­ro­quine (…) peut (…) se com­prendre par des méca­nismes hélas très clas­siques : pré­sup­posé erroné selon lequel un cher­cheur parle néces­sai­re­ment au nom de la com­mu­nauté scien­ti­fique ; pré­sup­posé erroné selon lequel un cher­cheur au passé pres­ti­gieux est for­cé­ment tou­jours à la pointe de la recherche, res­pec­tueux des bases de la méthode scien­ti­fique, et insoup­çon­nable d’inconduite scien­ti­fique ; pré­sup­posé erroné selon lequel un cher­cheur isolé qui crie vic­toire a de bonnes rai­sons de le faire, et ne sau­rait être vic­time de biais ou d’illusions.

La jour­na­liste Ella Roche com­mente (29 marsA162) :

Soyons directs. Vouloir apprendre à Didier Raoult la métho­do­lo­gie scien­ti­fique, c’est un peu comme si un joueur de baby­foot vou­lait apprendre son sport à Zidane. Il faut mon­trer une arro­gance, une pré­ten­tion monstre pour se dire qu’une per­sonne aussi qua­li­fiée dans son domaine ne connaisse pas la méthode.

Une cri­tique de ce rap­port d’ex­pé­rience cli­nique qu’il n’y avait pas lieu de pré­sen­ter comme une étude cli­nique est appa­rue sur le site For Better Science (26 marsA169). Cet essai obser­va­tion­nel a sus­cité de nom­breux com­men­taires, entre autres un témoi­gnage cala­mi­teux (cré­dible) sur le climat de défiance et de com­pé­ti­tion qui règne­rait dans l’ins­ti­tu­tion, avec en exclu­si­vité le por­trait de son direc­teur comme un « tyran sadique miso­gyne » (selon Leonid Schneider) !

Lu et évalué comme une publi­ca­tion scien­ti­fique, en temps ordi­naire ce rap­port (17 marsA39) aurait dû rester au stade de work in pro­gress. Des rap­ports de recherche cir­culent en interne dans toutes les ins­ti­tu­tions et ont tou­jours été par­ta­gés avec d’autres labo­ra­toires. La confu­sion des genres vient de ce que cette cir­cu­la­tion est deve­nue publique, et média­ti­sée par les auteurs convain­cus que la situa­tion « de guerre » impo­sait une démarche prag­ma­tique — un « bri­co­lage » “quick and dirty”. La conclu­sion de leur essai est que la chlo­ro­quine serait une molé­cule pro­met­teuse pour dimi­nuer la charge virale de patients du CoVID-19.

Pourcentage de patients avec des échan­tillons naso­pha­ryn­gés posi­tifs pour la PCR depuis leur inclu­sion jus­qu’au 6e jour après inclu­sion chez les patients COVID-19 trai­tés avec l’hy­droxy­chlo­ro­quine uni­que­ment, chez les patients COVID-19 trai­tés avec l’hy­droxy­chlo­ro­quine et l’a­zi­tho­my­cine en asso­cia­tion et chez les patients témoins de COVID-19. Source : A39

Un deuxième rap­port de la même équipe a été publiée le 27 marsA165. Il por­tait sur 80 patients de 18 à 88 ans hos­pi­ta­li­sés en moyenne cinq jours après l’ap­pa­ri­tion des symp­tômes. Les cri­tères d’é­va­lua­tion prin­ci­paux étaient i) une évo­lu­tion cli­nique agres­sive néces­si­tant une oxy­gé­no­thé­ra­pie ou un trans­fert à l’u­nité de soins inten­sifs après au moins trois jours de trai­te­ment, ii) la conta­gio­sité telle qu’é­va­luée par PCR et culture de cel­lules, et iii) la durée du séjour en salle de soins des mala­dies infec­tieuses. Le trai­te­ment a duré moins de dix jours. Un patient a été exclus de l’é­tude au motif d’une incom­pa­ti­bi­lité avec un autre médi­ca­ment qu’il rece­vait. Résultat cli­niqueA165 :

La majo­rité (65/80, 81.3%) des patients ont eu un résul­tat favo­rable et sont sortis de notre unité au moment de la rédac­tion avec de faibles scores NEWS (61/65, 93.8%). Seulement 15% ont néces­sité une oxy­gé­no­thé­ra­pie. Trois patients ont été trans­fé­rés aux soins inten­sifs, dont deux se sont amé­lio­rés et ont ensuite été ren­voyés au ser­vice des mala­dies infec­tieuses. Un patient de 74 ans était tou­jours aux soins inten­sifs au moment de la rédac­tion du pré­sent rap­port. Enfin, un patient de 86 ans qui n’a pas été trans­féré aux soins inten­sifs est décédé dans le ser­vice des mala­dies infectieuses. […]

Le nombre de patients pré­su­mé­ment conta­gieux (PCR C < 34) a dimi­nué régu­liè­re­ment et atteint zéro le 12e jour. […] Les cultures de virus de pré­lè­ve­ments res­pi­ra­toires étaient néga­tives pour 97.5% des patients le 5e jour.

Sachant que les patients admis en réani­ma­tion ont déjà for­te­ment réduit leur charge virale, la chlo­ro­quine serait, selon les auteurs, de peu d’ef­fi­ca­cité au stade cri­tique de la mala­die. L’IHU recom­mande donc son uti­li­sa­tion dès que le test CoVID-19 est posi­tif, sans attendre l’ap­pa­ri­tion de symp­tômes (27 marsA165) :

L’objectif thé­ra­peu­tique prin­ci­pal est donc de trai­ter les per­sonnes atteintes d’in­fec­tions modé­rées ou sévères à un stade suf­fi­sam­ment pré­coce pour éviter une pro­gres­sion vers une affec­tion grave et irréversible. […]

Le deuxième défi est la pro­pa­ga­tion rapide de la mala­die dans la popu­la­tion par des indi­vi­dus conta­gieux. L’élimination du trans­port viral dans le réser­voir humain du virus a récem­ment été recon­nue comme une prio­rité. À cette fin, la néga­ti­va­tion rapide des cultures de pré­lè­ve­ments res­pi­ra­toires de patients sous trai­te­ment par hydroxy­chlo­ro­quine plus azi­thro­my­cine montre l’efficacité de cette association.

La réus­site du trai­te­ment est donc impé­ra­ti­ve­ment liée à une pra­tique de dépis­tage à grande échelle. Mais ce mes­sage a été inter­prété à contre­sens. En France, le Haut Conseil de santé publique a décidé le 23 mars que la chlo­ro­quine pour­rait être admi­nis­trée aux malades souf­frant de « formes graves » du Covid-19, mais ne devait pas être uti­li­sée pour des formes « moins sévères ». Un pro­fes­seur de micro­bio­lo­gie de la région Rhône-Alpes com­mente (ano­ny­me­ment) cette déci­sion (26 marsN30) :

[…] nous avons tous constaté que pour les patients qui pré­sentent des forme graves et qui finissent en réani­ma­tion il n’y a plus grand chose à faire que de la réani­ma­tion. La mala­die évolue pour son propre compte, le virus n’est sou­vent même plus détec­table. Et donc on se doute déjà du résul­tat de l’é­va­lua­tion du trai­te­ment Hydroxychloroquine – Azithromycine dans ces formes-là qui sera pro­ba­ble­ment la seule éva­lua­tion qui sera faite dans l’es­sai offi­ciel : pas ou peu de bénéfice.

Ce que Méditerranée-Infection dit est dif­fé­rent : dépis­ter tôt pour trai­ter tôt afin d’é­vi­ter cette évo­lu­tion vers les formes sévères. Oups, j’a­vais oublié qu’on n’avait pas les moyens en France du dépis­tage de masse… d’où la posi­tion peut-être pas si inno­cente de notre gouvernement.

Et puis le coût. Traitement com­plet Remdésivir [N31] 900‑1000 dol­lars (c’est sur le site de Gilead) versus Hydroxychloroquine-Azithromycine 15 euros…

Le Dr Gérard Maudrux écri­vait sur son blog (23 marsA176) :

Ils conti­nuent de faire le contraire de ce qu’on devrait faire. Je doute for­te­ment que le Plaquenil agisse sur les pou­mons des patients hos­pi­ta­li­sés (l’Azithromycine si). La pre­mière indi­ca­tion du Plaquenil, c’est au début de la mala­die, en dimi­nuant la charge virale, il dimi­nue la conta­gio­sité et peut éviter l’aggravation et le pas­sage à l’hôpital. Il est pro­ba­ble­ment plus utile pour éviter l’hospitalisation, que pour les cas déjà sévères. LE PREMIER PRESCRIPTEUR DOIT ÊTRE LE MEDECIN TRAITANT, pas l’hôpital, même s’il peut en uti­li­ser aussi.

Le gou­ver­ne­ment envoie les méde­cins de ville en pre­mière ligne, sans pro­tec­tion, mais ne leur fait tou­jours pas confiance, lui seul sait com­ment faire, pas les ploucs de la ville (et de la cam­pagne). Ils ne doivent plus pres­crire ce trai­te­ment, alors qu’ils devraient le PRESCRIRE en pre­mier, DÈS LES PREMIERS SYMPTÔMES, pour éviter l’hospitalisation.

Répété en boucle par les auto­ri­tés sani­taires en France, le dis­cours sur l’i­nef­fi­ca­cité et la dan­ge­ro­sité du « mélange de n’im­porte quoi » (chlo­ro­quine + anti­bio­tique) est tra­gi­co­mique pour qui se sou­vient que la Direction géné­rale de la santé avait recom­mandé, dans la foulée de l’OMS et de L’Agence euro­péenne du médi­ca­ment (EMA), la pres­crip­tion sys­té­ma­tique de TamifluN32 pour lutter contre la grippe por­cine en 2009… Ceci en l’ab­sence de preuve de son effi­ca­cité et malgré les décès sus­pects de patients trai­tés par cet anti­vi­ral (2009A208). Le scan­dale avait éclaté après que le British Medical Journal eût exigé du labo­ra­toire Roche qu’il publie ses don­néesN33.

Sauf ses détrac­teurs et Donald Trump, per­sonne n’a dési­gné l’hy­droxy­chlo­ro­quine comme un « remède miracle ». De nom­breux hôpi­taux ont adopté le pro­to­cole de l’IHU (22 marsA177) et il a été implé­menté dans de nom­breux pays afri­cains qui ont aussi mis en route des essais cli­niques (30 marsA161).

Aux USA, le Dr Zev Zelenko affir­mait avoir traité avec succès plus de 500 patients à risques en ajou­tant au cock­tail du sul­fate de zinc (26 marsA166 ; confirmé à 1450 le 21 avrilA130) mais la réa­lité de cette infor­ma­tion est vive­ment contes­tée (29 octobreA6). D’autres méde­cins ajoutent 1000 mg quo­ti­diens de vita­mine C. Le zinc a aussi été uti­lisé à l’IHU de Marseille (25 maiA87) et son effi­ca­cité en com­plé­ment de l’hy­droxy­chlo­ro­quine a été éva­luée dans une étude rétros­pec­tive par Carlucci P et al. (8 marsA192).

Des études cliniques

Le soin à l’hy­droxy­chlo­ro­quine a été inclus comme un bras de l’es­sai cli­nique euro­péen DiscoveryN34·N35 démarré le 22 mars et coor­donné par l’INSERM et connecté au pro­gramme inter­na­tio­nal Solidarity Trial (18 marsA183). Cet essai n’est pas contre pla­cebo puisque 5 moda­li­tés de trai­te­ment sont comparées :

  1. soins stan­dards
  2. soins stan­dards plus remdesivir
  3. soins stan­dards plus lopi­na­vir et ritonavir
  4. soins stan­dards plus lopi­na­vir, rito­na­vir et inter­fé­ron beta
  5. soins stan­dards plus hydroxychloroquine
Source : N36

Dans le cin­quième groupe, le pro­to­cole de l’IHU de Marseille a été amputé de la pres­crip­tion de l’an­ti­bio­tique azi­thro­my­cineN28 dont les études pré­li­mi­naires avaient montré la néces­sité en com­plé­ment de l’hy­droxy­chlo­ro­quine. D’autre part, l’es­sai Discovery est ouvert, autre­ment dit pas en double aveugle : aussi bien les patients que leurs soi­gnants seront infor­més du groupe auquel ils ont été assi­gnés par tirage au sort.

Le double-aveugle est pri­mor­dial pour la cré­di­bi­lité d’un essai. […]

Connaître le pro­duit admi­nis­tré permet aussi toutes les fraudes pos­sibles, biais d’é­va­lua­tion [et de suivi, de com­plai­sance…] et biais d’at­tri­tion en par­ti­cu­lier. Il est impé­ra­tif que toutes les per­sonnes impli­quées dans l’é­va­lua­tion soient « en aveugle ». Ces per­sonnes sont les patients et les méde­cins inves­ti­ga­teurs de l’é­tude mais aussi tous les comi­tés de sur­veillance ou d’é­va­lua­tion, les statisticiens… […]

Si les patients au plus mau­vais pro­nos­tic sont exclus d’un des deux groupes com­pa­rés [biais d’at­tri­tion], cela favo­ri­sera l’autre groupe. […] Ce biais est un des meilleurs moyens de faus­ser un essai.

Dr Alexis Clapin (2018N36 pages 14 et 120)

Le Pr Christian Perronne, chef du ser­vice d’infectiologie à l’hôpital uni­ver­si­taire de Garches, décla­rait à propos de l’es­sai Discovery (29 marsA163) :

J’ai refusé d’y par­ti­ci­per car cette étude pré­voit un groupe de patients sévè­re­ment atteints [N34] qui ne seront trai­tés que symp­to­ma­ti­que­ment et ser­vi­ront de témoins-contrôles face à quatre autres groupes qui rece­vront des anti­vi­raux. Ce n’est pas éthi­que­ment accep­table à mes yeux. On pou­vait par­fai­te­ment, dans la situa­tion où nous sommes, éva­luer ces trai­te­ments en appli­quant un pro­to­cole dif­fé­rent. De sur­croît, le groupe hydroxy­chlo­ro­quine (qui a été ajouté à cette étude à la der­nière minute) devrait être rem­placé par un groupe hydroxy­chlo­ro­quine plus azi­thro­my­cine, trai­te­ment de réfé­rence actuel selon les don­nées les plus récentes. […]

Mais il n’y aura rien à espé­rer de cette étude concer­nant l’hydroxychloroquine qui est admi­nis­trée trop tard. Le pro­to­cole indique que le pro­duit peut être donné seule­ment si la satu­ra­tion en oxy­gène des patients est infé­rieure à 95% , c’est à dire à des malades jus­ti­ciables d’un apport massif en oxy­gène ou qui doivent être mis sous ven­ti­la­tion arti­fi­cielle. Ce n’est pas la bonne indication.

Louise Ballongue signale, le 13 maiA107, que les cher­cheurs de DiscoveryN35 n’a­vaient pu recru­ter que 740 patients sur les 3200 atten­dus. Or il aurait fallu, pour atteindre un résul­tat signi­fi­ca­tif, 600 sujets par trai­te­ment testé. Elle ajoute :

Ce nombre trop faible de patients peut s’ex­pli­quer en partie par le fait que l’hy­droxy­chlo­ro­quine a été ajou­tée au der­nier moment au pro­gramme euro­péen. En effet, comme le raconte le média, la popu­la­rité de cette molé­cule pour­rait avoir un effet contre-productif sur l’a­van­cée de la recherche.

Les cher­cheurs peinent à atti­rer de nou­veaux par­ti­ci­pants puisque les patients qui acceptent d’être des cobayes s’ex­posent au risque de rece­voir des soins stan­dards (pla­cebo), et non la molé­cule. Au vu de la répu­ta­tion de l’hy­droxy­chlo­ro­quine, les malades ne sont donc pas « prêts » à rece­voir un simple placebo.

Autre décep­tion, cette fois-ci au niveau euro­péen : l’es­sai, qui devait être lancé dans 7 pays, n’a fina­le­ment pas atteint ses pro­messes : un seul patient seule­ment a été inclus hors de France, au Luxembourg, a reconnu l’in­fec­tio­logue Florence Ader, qui pilote l’étude.

Pour ce qui concerne l’Italie, Perronne ajoute (29 marsA163) :

En Italie, qui nous pré­cède de seule­ment huit jours et ou la situa­tion devient presque incon­trô­lable, une course de vitesse contre le Covid-19 vient d’être enclen­chée avec pour arme clé l’hydroxychloroquine (Plaquenil®, forme la mieux tolé­rée de la chlo­ro­quine). Tout par­ti­cu­liè­re­ment dans le Lazio, région très tou­chée, où elle est désor­mais lar­ge­ment pres­crite aux patients ayant des signes débu­tants, avec d’ores et déjà des résul­tats très encou­ra­geants en termes de pro­tec­tion des sujets trai­tés. Dans le jour­nal « Corriere della Sera » le Dr Pierluigi Bartoletti, vice pré­sident de la Fédération Italienne des méde­cins géné­ra­listes, explique que toute per­sonne isolée, Covid-19 posi­tive avec des signes débu­tants (toux, fièvre par exemple), est aujourd’hui trai­tée par l’antipaludique. Le pro­duit est rem­boursé par l’assurance mala­die ita­lienne. Il peut être obtenu faci­le­ment sur pres­crip­tion d’un méde­cin (géné­ra­liste notam­ment), dans les phar­ma­cies hos­pi­ta­lières, qui trans­mettent toutes les don­nées rela­tives au patient à l’Agence ita­lienne du médi­ca­ment (AIFA).

Les effets indé­si­rables de la chlo­ro­quine étant connus, la sur­veillance de l’ap­pa­ri­tion de car­dio­myo­pa­thie du fait de son asso­cia­tion avec l’a­zi­thro­my­cine, le dosage du potas­sium et l’ob­ser­va­tion d’autres signaux d’a­lerte font partie du suivi à l’IHU. D’autres effets indé­si­rables — opa­ci­fi­ca­tion de la cornée réver­sible à l’arrêt du trai­te­ment, baisse de l’acuité visuelle, réti­no­pa­thie — cor­res­pondent à un usage à forte dose de longue durée. C’est pour­quoi aucun méde­cin ne pré­co­nise l’ad­mi­nis­tra­tion de chlo­ro­quine à usage pré­ven­tif, et la mise en garde contre l’au­to­mé­di­ca­tion fait l’u­na­ni­mité. En jan­vier 2020, la chlo­ro­quine a d’ailleurs été clas­sée comme « sub­stance véné­neuse », terme archaïque qui signi­fie qu’elle ne peut plus être déli­vrée que sous ordon­nance, déci­sion inter­pré­tée de manière abu­sive par des théo­ri­ciens du complot…

Certains com­men­ta­teurs font mine de ne pas connaître la tem­po­ra­lité d’un essai ran­do­misé contrôlé mul­ti­site suivi de publi­ca­tion dans un jour­nal scien­ti­fique à comité de lec­ture… Comme si les pom­piers atten­daient, pour aller éteindre un incen­die, que leur échelle ait été « vali­dée » par le Laboratoire natio­nal d’essais !

Aucun des zété­ti­ciens en culottes courtes qui se sont achar­nés sur la médiocre des­crip­tion de l’es­sai pré­li­mi­naire ne s’est inté­ressé à la publi­ca­tion scien­ti­fique sur ce sujet (11 mars 2020A190) ni aux articles anté­rieurs des scien­ti­fiques chi­nois (4 févrierA201 ; 19 févrierA200). Après les tests in vitro, des essais cli­niques ont été lancés dans 10 hôpi­taux de Wuhan, Jingzhou, Guangzhou, Beijing, Shanghai, Chongqing et Ningbo. Le trai­te­ment de plus de 100 patients a déjà montré une supé­rio­rité signi­fi­ca­tive sur le groupe de contrôle (19 févrierA200). Une autre étude ran­do­mi­sée sur 62 patients à Wuhan affi­chait un net avan­tage du trai­te­ment à l’hy­droxy­chlo­ro­quine au niveau du temps de récu­pé­ra­tion cli­nique et de la gué­ri­son de la pneu­mo­nie (30 marsA160) ; les 4 patients dont l’état s’est aggravé appar­te­naient tous au groupe de contrôle. La mau­vaise qua­lité du compte-rendu laisse tou­te­fois ouverte la pos­si­bi­lité de biais méthodologiques.

Une étude menée à Shanghai sur 30 patients (26 févrierA196) n’a­vait par contre pas donné de résul­tat signi­fi­ca­tif, ni dans un sens ni dans l’autre. La meute anti-chloroquine s’est ruée sur ce résul­tat… Ses auteurs ont exigé la mise en chan­tier d’es­sais cli­niques ran­do­mi­sés à grande échelle (24 févrierA198). D’autres scien­ti­fiques se sont joints à cet appel, tout en rap­pe­lant que l’hy­droxy­chlo­ro­quine com­por­tait moins d’ef­fets secon­daires que la simple chlo­ro­quine, notam­ment au niveau de la toxi­cité ocu­laire (17 marsA186) et pour son usage par des femmes enceintes (20 marsA181).

Le pro­fes­seur Jun Chen, qui diri­geait l’é­tude de Shanghai, aurait déclaré à un jour­na­liste de Les​-Crises​.fr (26 marsA168) :

Nous n’a­vons observé aucune ten­dance béné­fique de l’hy­droxy­chlo­ro­quine dans le trai­te­ment du Covid-19. Mais cela ne signi­fie pas non plus que cela aggra­ve­rait la mala­die. Notre étude était limi­tée par sa petite taille d’échantillon. Mais nous pou­vons consta­ter dans cet essai que l’hydroxychloroquine n’est pas un médi­ca­ment « magique » – dans l’hypothèse où elle aurait bien un effet antiviral. 

Je sais qu’il y a des ECR [Etudes Comparatives Randomisées = essais cli­niques de qua­lité] en cours sur l’hydroxychloroquine. Mais je ne connais aucun résul­tat posi­tif de ces études par com­mu­ni­ca­tion personnelle.

Son pro­blème est qu’elle a par­fois un effet néfaste, aggra­vant des mala­dies virales telles que le Sida ou le Chikungunya.

Par consé­quent, je recom­mande for­te­ment d’at­tendre que les essais cli­niques soient effec­tués avant d’u­ti­li­ser cette sub­stance comme pro­phy­laxie ou comme médi­ca­ment thérapeutique

Le pro­to­cole de Chen et al. (26 févrierA196) était dif­fé­rent de celui suivi par l’IHU de Marseille : 400 mg/jour au lieu de 600 d’hy­droxy­chlo­ro­quine, et sans azi­thro­my­cine dont nous avons vu qu’elle pou­vait amé­lio­rer sen­si­ble­ment le résul­tat. Mais sur­tout, le groupe témoin était traité par des anti­vi­raux. La com­pa­rai­son por­tait donc en réa­lité sur les effets de l’hy­droxy­chlo­ro­quine et d’un anti­vi­ral — et non un pla­cebo. Sachant que presque tous les patients des deux groupes ont vu dis­pa­raître leur charge virale en 4 jours au lieu de 8 jours en moyenne chez un patient non-traité, on ne peut conclure qu’à l’é­ga­lité des deux trai­te­ments : l’hy­droxy­chlo­ro­quine n’é­tait pas meilleure que l’an­ti­vi­ral du groupe témoin, ce qui ne veut pas dire qu’elle serait inef­fi­cace comme la presse fran­çaise s’est plu à le répé­ter. Des publi­ca­tions comme le Journal International de Médecine ont titré : « Hydroxychloroquine et Covid-19 : un essai ran­do­misé chi­nois néga­tif » (le 26 mars). Les expé­riences de Marseille et de Shanghai n’ont rien de comparable.

En période d’é­pi­dé­mie et d’ur­gence sani­taire, les contro­verses sont entre­te­nues par le fait que plus de 2000 articles ont été par­ta­gés sur ce sujet en pré­pu­bli­ca­tion (pre­print) depuis le début de l’an­née. La plu­part ne seront jamais publiés, ou for­te­ment amen­dés. Leur statut est com­pa­rable à ce qu’au­tre­fois nous appe­lions des « notes internes » dans les labos du CNRS, sauf que leur dif­fu­sion en libre accès sur Internet situe le débat sur la place publique. Il est donc à la portée de com­men­ta­teurs qui, pour beau­coup, n’ont ni les com­pé­tences ni la neu­tra­lité exi­gées par une lec­ture cri­tique. La démarche d’Open Science qui s’im­pose avec le par­tage en pré­pu­bli­ca­tion n’est pas encore inté­grée à la culture de nom­breux cher­cheurs scien­ti­fiques qui s’ac­crochent à « l’an­cienne école »….

Encore moins celle de jour­na­listes et vul­ga­ri­sa­teurs ! La scène média­tique fran­çaise offre un pitoyable spec­tacle avec la mise en scène de preux che­va­liers de la Science bien­veillante face aux éga­re­ments pré­su­més de Didier Raoult et de ses com­plices… J’ai assisté au débal­lage d’élé­ments de lan­gage sur la chaîne C8 (maga­zine Balance ton post) le 31 mars. Le pro­fes­seur Christian Perronne, qui était invité, rap­pelle les que­relles d’égo en arrière-plan de la pré­ten­due contro­verse (2 avrilA156) :

[…] cela me désole de voir l’am­pleur qu’a pris, en France, l’es­prit des sta­tis­tiques sur le véri­table esprit de la méde­cine. Il consiste à lais­ser penser que la méde­cine ne pro­cède que de chiffres, de tirages au sort, d’é­qua­tions… Cela est effi­cient lors­qu’on peut pro­cé­der sur le long terme, mais devient tota­le­ment inopé­rant dans cer­tains sec­teurs de la méde­cine, comme celui des mala­dies rares. Il est conster­nant de consta­ter que dans la méde­cine actuelle la démarche empi­rique puisse être mépri­sée, sous pré­texte qu’on n’ait pas recouru à des tests en ran­do­mi­sa­tion avec tirage au sort.

Il lui est répondu qu’à l’é­poque de Molière les char­la­tans de la méde­cine obéis­saient à une démarche empi­rique ! Argument qui me rap­pelle celui des incon­di­tion­nels de l’in­dus­trie nucléaire : renon­cer aux cen­trales nous ferait reve­nir à l’é­poque de la bougie

Selon ceux qui se drapent dans leur exper­tise — tou­jours sur la chaîne C8 — l’é­tude chi­noise qui avait montré l’a­van­tage du trai­te­ment à l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur 62 patients dans un tirage ran­do­misé avec groupe de contrôle (30 marsA160) n’au­rait « rien de scien­ti­fique ». Par contre, l’ex­pé­rience de Shanghai sur 30 patients (26 févrierA196) qui n’a­vait abouti à un résul­tat signi­fi­ca­tif dans un sens ni dans l’autre, serait la preuve que l’hy­droxy­chlo­ro­quine est inef­fi­cace. Ils concluent que le débat devrait être défi­ni­ti­ve­ment tran­ché par l’es­sai cli­nique euro­péen DiscoveryN34 — dont nous avons vu les biais — bien qu’il soit en totale inadé­qua­tion avec le pro­to­cole de l’IHU. Interpellé sur cette inadé­qua­tion, le chi­rur­gien Laurent AlexandreN37 s’est écrié qu’il y aurait « bien d’autres études dans les mois et années à venir »… Combien de morts en attendant ?

La ques­tion maintes fois posée d’une pos­sible pénu­rie d’hy­droxy­chlo­ro­quine au cas où les auto­ri­tés sani­taires — sui­vant l’exemple ita­lien — déci­de­raient d’en géné­ra­li­ser l’u­sage, n’a pas reçu de réponse dans cette émis­sion du 2 avril. Le seul fabri­cant de chlo­ro­quine, en France, est l’en­tre­prise Famar située dans le dépar­te­ment du Rhône, en redres­se­ment judi­ciaire depuis juin 2019 (25 marsA172). L’usine a pro­duit en jan­vier son der­nier lot : 180 000 boîtes livrées à Sanofi. Il s’a­gis­sait tou­te­fois de chlo­ro­quine (Nivaquine) et non de l’hydroxy­chlo­ro­quine (Plaquenil)N27 uti­li­sée pour la CoVID-19. « [Sanofi] s’est dit prêt à offrir des mil­lions de doses d’un médi­ca­ment, le Plaquenil, après des essais cli­niques jugés “pro­met­teurs” auprès de quelques patients atteints du coro­na­vi­rus. Encore faut-il que ses essais soient confir­més, pré­vient Sanofi s’a­li­gnant ainsi sur les décla­ra­tions du minis­tère de la Santé » (18 marsA184). Interprétation des twit­teurs enra­gés : « Didier Raoult est rému­néré par Sanofi ! »

Sur le Journal International de Médecine (26 marsA170) un méde­cin commente :

La mala­die déclen­chée par le virus évolue en 2 phases, une phase virale, puis une phase immu­no­lo­gique, réac­tion­nelle, pen­dant laquelle le virus n’est sou­vent plus détec­table. Si l’hy­droxy­chlo­ro­quine a une action anti-virale, c’est dans cette pre­mière phase qu’il faut la tester, et non dans la 2e, pen­dant laquelle il est plutôt conseillé des pro­duits à tro­pisme anti-inflammatoire, comme le toci­li­zu­mab dont les pre­miers résul­tats sont encourageants.

Malheureusement, l’es­sai euro­péen en cours [N34] veut tester l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur les formes graves, ce qui n’est a priori pas l’in­di­ca­tion. Tant qu’il ne sera pas testé dans les formes débu­tantes, le débat ne sera pas clos, ce qui est dom­mage car son uti­li­sa­tion pré­coce, idéa­le­ment avec le Zythromax qui jus­ti­fie bien sûr de tester tous les patients sus­pects (comme le demande l’OMS) pour­rait per­mettre, si ce trai­te­ment est effi­cace dans cette phase, de dimi­nuer la charge virale glo­bale de la popu­la­tion, de dimi­nuer ainsi la conta­gio­sité, et les formes graves, ce qui libé­re­rait des lits d’urgences… 

L’exclusion de patients qui a priori seraient de bons répon­deurs du trai­te­ment est un biais d’enri­chis­se­ment pré­dic­tif (Clapin A, 2018N36 page 128). Une bio­lo­giste ajoute (26 marsA170) : « En seconde phase, il s’a­gi­rait plutôt de régu­ler la réponse immu­ni­taire qui appa­rait inadap­tée dans les cas les plus graves. »

Un com­men­ta­teur répon­dant au pseu­do­nyme ‘Nmr’ écrit (2 avrilA156) :

Administrer l’hydroxychloroquine à l’hôpital n’a pas d’intérêt sauf si le malade est pris en charge suf­fi­sam­ment tôt dans le pro­ces­sus d’évolution de la mala­die. Mais il est clair que dans tous les cas, à l’hôpital, il est pris en charge envi­ron 10 jours après les pre­miers symp­tômes et donc en cari­ca­tu­rant à peine, on peut qua­si­ment dire que dans le mode de fonc­tion­ne­ment actuel, le patient com­mence le trai­te­ment à l’hôpital au moment où il l’aurait arrêté s’il avait été pres­crit en ville par son méde­cin traitant.

L’étude mul­ti­cen­trique ran­do­mi­sée Hycovid, coor­don­née depuis le 1er avril par le CHU d’Angers, est plus pro­met­teuse de par son pro­to­cole de recru­te­ment (1er avrilA158) :

L’infection par SARS-CoV‑2 devra être mise en évi­dence par test PCR « ou à défaut par scan­ner tho­ra­cique » et le diag­nos­tic devra avoir été établi « depuis moins de 48 heures ». Les patients devront pré­sen­ter « au moins un des deux fac­teurs de risque d’évolution com­pli­quée sui­vants » : être âgé de plus de 75 ans ou pré­sen­ter une « oxy­gé­no­dé­pen­dance avec satu­ra­tion capil­laire péri­phé­rique en oxy­gène ≤ 94% en air ambiant ».

La bataille a conti­nué puis­qu’une étude rétros­pec­tive par­ta­gée en pre-print par une équipe chi­noise (1er maiA121) témoi­gnait de l’ef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur des patients de CoVID-19 en état cri­tique : réduc­tion de 67% de la mor­ta­lité… Ici encore, on ne peut pas parler d’es­sai cli­nique puis­qu’il n’y avait pas de ran­do­mi­sa­tion. Certains défen­seurs du « clan Raoult » y ont vu la « preuve ultime » alors que le pro­to­cole était radi­ca­le­ment dif­fé­rent de celui de l’IHU : trai­te­ment de la mala­die à un stade avancé et pas d’as­so­cia­tion à un anti­bio­tique. Un lec­teur du Journal International de Médecine com­mente tou­te­fois (le 6 mai) :

La seule chose à rete­nir de cette com­mu­ni­ca­tion (n’ap­pe­lons ça ni un essai thé­ra­peu­tique ni même une publi­ca­tion scien­ti­fique) est que l’é­vo­lu­tion du taux d’IL6 semble avoir été net­te­ment lié à l’ad­mi­nis­tra­tion d’HCQ. Que le Plaquenil soit un anti-inflammatoire, c’est connu, il est même uti­lisé pour ça. Que l’IL6 joue un rôle majeur dans le Covid19 sévère, c’est cer­tain et les effets du toli­ci­zu­mab sont en faveur de l’in­té­rêt d’agir sur ce fac­teur. L’ensemble de ces don­nées n’est pas à négliger.

On est quand même en droit de s’in­ter­ro­ger sur la per­ti­nence de cette étude (1er maiA121) sachant que les 18.8% de mor­ta­lité dans le groupe HCQ y étaient supé­rieurs aux 15% chez les patients CoVID-19 de plus de 80 ans trai­tés en Chine, et a for­tiori aux 8% pour la même tranche d’âge ! Son authen­ti­cité même est contes­tée : la com­po­si­tion a pos­te­riori de deux groupes à ce point com­pa­rables — dont celui des 84 patients trai­tés à l’hy­droxy­chlo­ro­quine — relè­ve­rait de la magie… Jérémy Anso le signale ainsi (1er maiA112) :

Comment ont-ils pu contrô­ler tous les fac­teurs de risques, dia­bète, hyper­ten­sions, mala­dies pul­mo­naires ou car­diaques, mais aussi les états cri­tiques, ven­ti­la­tions méca­niques, besoin en oxy­gène, en choi­sis­sant des per­sonnes dont ils igno­raient tout à la base ?

Rosenberg ES et al. (11 maiA108) ont mené une étude retros­pec­tive cou­vrant 25 hôpi­taux de New York jus­qu’au 24 avril, soit 1438 patients d’âge médian 63 ans, concluant à une absence d’ef­fet obser­vable de l’hy­droxy­chlo­ro­quine (ni de sa com­bi­nai­son avec l’a­zi­thro­my­cine) sur la mor­ta­lité à l’hôpital :

[…] le rap­port de risque ajusté pour la mor­ta­lité hos­pi­ta­lière pour le trai­te­ment par l’hy­droxy­chlo­ro­quine seule était de 1,08, pour l’a­zi­thro­my­cine seule était de 0,56 et pour l’hy­droxy­chlo­ro­quine et l’a­zi­thro­my­cine com­bi­nées était de 1,35. Aucun de ces rap­ports de risque n’é­tait sta­tis­ti­que­ment significatif. […]

[…] ceux qui rece­vaient de l’hy­droxy­chlo­ro­quine, de l’a­zi­thro­my­cine ou les deux étaient plus sus­cep­tibles que ceux qui ne rece­vaient ni l’un ni l’autre des médi­ca­ments d’a­voir un dia­bète, une fré­quence res­pi­ra­toire > 22 / min, des résul­tats anor­maux d’i­ma­ge­rie tho­ra­cique, une satu­ra­tion en O2 infé­rieure à 90% et une aspar­tate ami­no­trans­fé­rase supé­rieure à 40 U / L.

Cette étude n’é­tait pas un essai cli­nique puis­qu’elle était obser­va­tion­nelle, autre­ment dit sans ran­do­mi­sa­tion ni groupe pla­cebo. On constate d’ailleurs que les patients trai­tés avec une de ces molé­cules ou les deux étaient au départ dans de plus mau­vaises condi­tions, ce qui intro­dui­sait un biais et ne cor­res­pon­dait pas au pro­to­cole de soin de l’IHU. Autre dif­fé­rence notable : l’hy­po­thèse pri­maire était le décès et non la baisse de charge virale chez un sujet en début d’in­fec­tion. Cette étude incor­rec­te­ment pré­sen­tée comme un « échec de la chlo­ro­quine » n’ap­por­tait donc rien de nou­veau, si ce n’est d’a­jou­ter du bruit en marge des pra­tiques scien­ti­fiques et médicales…

À la date du 10 avril, la contro­verse était par­ve­nue à son pic avec le signa­le­ment d’ef­fets indé­si­rables de l’hy­droxy­chlo­ro­quine : depuis le 27 mars, 54 cas de troubles car­diaques, dont 4 mor­tels, ont été recen­sés par le centre régio­nal de phar­ma­co­vi­gi­lance de Nice chez des patients ayant reçu ce trai­te­ment. Ces patients étaient âgés de 34 à 88 ans. Les troubles liés à un allon­ge­ment de l’in­ter­valle QTN38 auraient été « poten­tiel­le­ment induits par le Plaquenil et poten­tia­li­sés par l’as­so­cia­tion avec l’a­zi­thro­my­cine ». L’effet iatro­gé­nique reste tou­te­fois à prou­ver car des troubles car­diaques ont pu être causés par l’in­fec­tion. Sur le Journal International de méde­cine (7 avril) un car­dio­logue (JPH) commentait :

On ne se posait pas autant de ques­tions jus­qu’ici pour pres­crire de l’HCQ à de nom­breux patients souf­frant de patho­lo­gie chro­nique, pas tous jeunes et sans patho­lo­gie asso­ciée. Par quel miracle de si petites séries révèlent-elles des effets indé­si­rables qui n’au­raient pas été détec­tés jus­qu’ici ?
Peut-être un biais de recru­te­ment, mais peut-être aussi une atti­tude des méde­cins ?Aujourd’hui, en l’ab­sence d’é­tudes contrô­lées, il est légi­time d’ar­rê­ter l’HCQ au moindre doute.
Il n’en demeure pas moins légi­time de la pres­crire dans le doute, le plus tôt pos­sible dans la mala­die, à tous les patients atteint de Covid-19.

En Suède, l’hôpital de Sahlgrenska à Göteborg a cessé fin mars de pres­crire l’hy­droxy­chlo­ro­quine pour le trai­te­ment de l’in­fec­tion CoVID-19. Cette déci­sion a été suivie par d’autres hôpi­taux. Magnus Gisslén, pro­fes­seur de mala­dies infec­tieuses, la jus­ti­fie ainsi (Hivert AF, 9 avrilA149) :

Nous avons d’abord décidé de ne plus donner de chlo­ro­quine aux patients souf­frant d’insuffisance rénale, puis de ne plus le donner du tout, même si nous n’avons pas constaté d’effets secon­daires chez nous. Des col­lègues, en Suède et à l’étranger, nous ont fait part de cas sus­pi­cieux, même s’il est dif­fi­cile de savoir si la chlo­ro­quine était à l’origine des effets obser­vés ou si c’était une consé­quence de la maladie.

La léta­lité du Covid-19 chez les per­sonnes souf­frant de mala­dies car­dio­vas­cu­laires est de 10.5%, mais il peut aussi pro­vo­quer les lésions car­diaques chez des per­sonnes ne souf­frant d’au­cun pro­blème car­diaque : le coro­na­vi­rus s’at­tache à cer­tains récep­teurs dans les pou­mons, alors que ces mêmes récep­teurs sont éga­le­ment pré­sents éga­le­ment dans le muscle car­diaque (8 avrilA150). Ces obser­va­tions ont été faites sur des patients qui n’é­taient pas trai­tés à la chloroquine.

Le Lancet : fin de partie ?

Les dos­siers de 96 000 patients hos­pi­ta­li­sés dans 671 centres sur six conti­nents ont été ana­ly­sés par l’é­quipe de Mandeep R Mehra et al. (22 maiA94) en termes d’ef­fi­ca­cité des trai­te­ments à la chlo­ro­quine ou l’hy­droxy­chlo­ro­quine en com­bi­nai­son éven­tuelle avec un anti­bio­tique. Dans cette popu­la­tion, 1868 ont reçu de la chlo­ro­quine, 3783 ont reçu de la chlo­ro­quine avec un macro­lideN39, 3016 ont reçu de l’hy­droxy­chlo­ro­quine et 6221 ont reçu de l’hy­droxy­chlo­ro­quine avec un macro­lide. Les patients dont le trai­te­ment avait débuté plus de 48 heures après le diag­nos­tic avaient été exclus de l’é­tude, ainsi que ceux sous RemdésivirN31 ou sous ven­ti­la­tion. Les résul­tats obser­vés étaient le décès ou la sur­ve­nue d’a­ryth­mies ven­tri­cu­laires : tachy­car­die ven­tri­cu­laire non sou­te­nue ou sou­te­nue, ou fibril­la­tion ven­tri­cu­laire. Les cher­cheurs ont conclu :

Nous n’a­vons pas été en mesure de confir­mer un avan­tage de l’hy­droxy­chlo­ro­quine ou de la chlo­ro­quine, lors­qu’ils sont uti­li­sés seuls ou avec un macro­lide, sur les résul­tats à l’hô­pi­tal pour la COVID-19. Chacun de ces sché­mas thé­ra­peu­tiques était asso­cié à une dimi­nu­tion de la survie à l’hô­pi­tal et à une fré­quence accrue des aryth­mies ven­tri­cu­laires lors­qu’il était uti­lisé pour le trai­te­ment de la COVID-19.

Source : A94 page 6 (fac­teurs pré­dic­teurs de mor­ta­lité) et 7 (fac­teurs pré­dic­teurs d’a­ryth­mie ventriculaire)

Les détrac­teurs de Didier Raoult se sont empres­sés d’an­non­cer que cette étude « prou­vait qu’il avait tort » et que le sujet de la contro­verse était réglé. S’ils avaient lu l’ar­ticle, plutôt que son résumé — ou un médiocre com­men­taire en fran­çais d’une médiocre tra­duc­tion du résumé — ils auraient vu que les auteurs avaient clai­re­ment exposé les limites de leur étude. J’ai sou­li­gné en gras deux pas­sages impor­tants (22 maiA94 pages 8–9) :

Notre étude com­porte plu­sieurs limites. L’association d’une dimi­nu­tion de la survie avec des sché­mas thé­ra­peu­tiques à base d’hy­droxy­chlo­ro­quine ou de chlo­ro­quine doit être inter­pré­tée avec pru­dence. En raison de la concep­tion de l’é­tude obser­va­tion­nelle, nous ne pou­vons pas exclure la pos­si­bi­lité de fac­teurs de confu­sion non mesu­rés, bien que nous ayons noté de manière ras­su­rante la cohé­rence entre l’a­na­lyse pri­maire et les ana­lyses appa­riées du score de pro­pen­sionN40. Néanmoins, une rela­tion de cause à effet entre la phar­ma­co­thé­ra­pie et la survie ne devrait pas être déduite. Ces don­nées ne s’ap­pliquent pas à l’u­ti­li­sa­tion de tout schéma thé­ra­peu­tique uti­lisé en ambu­la­toire et en dehors de l’hô­pi­tal. Des essais cli­niques ran­do­mi­sés seront néces­saires avant de pou­voir tirer des conclu­sions sur les avan­tages ou les incon­vé­nients de ces agents chez les patients atteints de COVID-19. Nous notons éga­le­ment que, bien que nous ayons évalué la rela­tion entre les sché­mas thé­ra­peu­tiques et la sur­ve­nue d’a­ryth­mies ven­tri­cu­laires, nous n’a­vons pas mesuré les inter­valles QT, ni stra­ti­fié le schéma d’a­ryth­mie (comme la tor­sade de pointes). Nous n’a­vons pas non plus établi si l’as­so­cia­tion d’un risque accru de décès à l’hô­pi­tal avec l’u­ti­li­sa­tion des sché­mas thé­ra­peu­tiques était direc­te­ment liée à leur risque car­dio­vas­cu­laire, ni effec­tué une ana­lyse dose-réponse médi­ca­men­teuse des risques obser­vés. Même si ces limites sug­gèrent une inter­pré­ta­tion pru­dente des résul­tats, nous pen­sons que l’ab­sence de tout avan­tage observé pour­rait déjà repré­sen­ter une expli­ca­tion raisonnable.

Les auteurs ont donc reconnu qu’au­cun lien de cau­sa­lité entre trai­te­ment et décès ou pro­blèmes car­dio­vas­cu­laires ne pou­vait être inféré des cor­ré­la­tions mesu­rées, même après ajus­te­ments. Ils sont donc à l’abri de toute accu­sa­tion de fraude. L’erreur incombe plutôt à ceux (poli­ti­ciens, jour­na­listes etc.) qui extra­polent leurs résul­tats pour appuyer leurs convic­tions ou défendre leurs inté­rêts… L’ajustement de toutes les variables confon­dantesN41 — cer­taines ayant pu échap­per à l’ob­ser­va­tion — est en effet impos­sible sur une telle étude obser­va­tion­nelle. Mandeep Mehra recon­naît lui-même : « Nous ne sau­rons jamais si nous avons manqué cer­tains fac­teurs ou effets » (23 maiA88). Cette limi­ta­tion peut être com­prise à l’aide d’une expé­rience fic­tive pro­po­sée par l’au­teur de tweets Puissants&Misérables (com­pi­lés sur Bribes d’Info le 26 maiA86). Sa lec­ture cri­tique, qui s’ap­plique aussi à l’é­tude obser­va­tion­nelle de Geleris et al. (7 maiA111), illustre le vieil adage des infor­ma­ti­ciens : “Garbage in, gar­bage out”. Seule une étude ran­do­mi­sée en double aveugleN42 pour­rait éta­blir un lien de cau­sa­lité entre trai­te­ment et deve­nir du patient, à sup­po­ser que sa mise en œuvre ait été auto­ri­sée par un comité d’é­thique. Les auteurs se contentent donc d’é­crire que leur étude n’a pas prouvé l’ef­fi­ca­cité des trai­te­ments, ce qui était pré­vi­sible dans ce contexte.

Quant aux défen­seurs incon­di­tion­nels du pro­to­cole de l’IHU, cer­tains se sont empres­sés de mettre en doute la véra­cité du tra­vail de Mehra et col­lègues en affir­mant qu’il était impos­sible de trai­ter 96 000 dos­siers en si peu de temps. Ils n’a­vaient pas lu la publi­ca­tion dans laquelle les condi­tions de l’ac­qui­si­tion de don­nées ont été expo­sées (pages 2–3) : il s’agit de dos­siers infor­ma­tiques col­lec­tés auto­ma­ti­que­ment depuis 671 hôpi­taux qui enre­gistrent les health records selon une norme de la US Food and Drug Administration.

Le pro­blème n’est pas la rapi­dité de saisie — bien que, nous le ver­rons, des erreurs graves aient été signa­lées — mais leur per­ti­nence : le cœur de cette étude réside dans le trai­te­ment algo­rith­mique de don­nées effec­tué par des ana­lystes qui n’é­taient en contact ni avec les malades ni leurs équipes soi­gnantes. Les cher­cheurs n’a­vaient pas d’autre option que de sup­po­ser négli­geable l’in­fluence de variables non-renseignées. Or cer­taines, comme les dosages et la poso­lo­gie des trai­te­ments, ont une inci­dence vitale sur l’é­vo­lu­tion de la mala­die. La qua­lité de la prise en charge dépend de la maî­trise de cette expé­rience cli­nique. D’autres don­nées étaient pro­ba­ble­ment enta­chées d’er­reurs, notam­ment le diag­nos­tic de l’in­fec­tion CoVID-19 qui repo­sait pour chaque patient sur un seul test dont on sait qu’il pro­duit 30% de faux négatifs.

Le col­lec­tif « Laissons les méde­cins pres­crire » a publié un com­men­taire cri­tique (23 maiA90) dont la majo­rité des points manquent de per­ti­nence, comme l’exis­tence de comor­bi­di­tés avec « 1 patient sur 3 avec hyper­ten­sion dans le groupe hydroxy­chlo­ro­quine + macro­lide » : c’est vrai, mais seule­ment 29.4% dans ce groupe alors que 26.4% étaient aussi en hyper­ten­sion dans le groupe témoin. Sachant que l’âge moyen des sujets était proche de 55 ans dans chaque groupe, et en l’ab­sence de défi­ni­tion du cri­tère « hyper­ten­sion », la dif­fé­rence entre les groupes n’est pro­ba­ble­ment pas signi­fi­ca­tive. D’autres inco­hé­rences dans le com­men­taire hâtif de ce col­lec­tif « pro-Raoult » ont été rele­vées par Jérémy Anso (29 maiA80). De même, il est sur­pre­nant d’en­tendre cer­tains com­men­ta­teurs affir­mer que les don­nées seraient issues d’une popu­la­tion de per­sonnes « trai­tées en car­dio­lo­gie » : ce n’est pas le cri­tère de recru­te­ment décrit dans la publi­ca­tion, la confu­sion venant peut-être de ce que les quatre auteurs sont des méde­cins car­dio­logues et que la base de don­nées avait ini­tia­le­ment été conçue pour l’évaluation des pro­cé­dures car­dio­vas­cu­laires et des pharmacothérapies.

Je suis plus étonné du fait que les don­nées col­lec­tées cor­res­pondent à une période débu­tant le 20 décembre 2019, soit bien avant la vague d’é­pi­dé­mie de CoVID-19 et les pro­po­si­tions de trai­te­ment par hydroxy­chlo­ro­quine et azi­thro­my­cine. Mehra l’a expli­qué par le fait que les don­nées les plus anciennes pro­ve­naient de Chine.

L’étude se rap­porte uni­que­ment à des patients dans un état assez grave pour jus­ti­fier une hos­pi­ta­li­sa­tion. L’âge moyen de 55 ans, rela­ti­ve­ment faible, et le taux de satu­ra­tion SPO2 uni­for­mé­ment élevé, sug­gère qu’une grande partie ont été hos­pi­ta­li­sés pour d’autres rai­sons que la CoVID-19. Aucune donnée n’est dis­po­nible sur les condi­tions de prise en charge des patients, ni les exa­mens car­dio­lo­giques et tho­ra­ciques qui auraient dû être conduits avant d’ad­mi­nis­trer le cock­tail hydroxy­chlo­ro­quine + azi­thro­my­cine. Les trai­te­ments par macro­lidesN39 ont été grou­pés dans la même classe : cla­ri­thro­my­cine, roxi­thro­my­cine et azi­thro­my­cine. Or, le der­nier (uti­lisé à l’IHU) est celui qui pré­sente un risque car­dio­lo­gique moindre que les deux autresN43.

Dans un com­men­taire de cette publi­ca­tion, Didier Raoult rap­pelle que, pour les 4000 patients trai­tés dans son ser­vice, plus de 10 000 élec­tro­car­dio­grammes ont été réa­li­sés par des experts, et aucun des 0.5% qui ont perdu la vie n’é­tait en dif­fi­culté car­dio­lo­gique (25 maiA87, voir aussi : A148). Selon l’é­tude de Mehra et col­lègues, le taux de décès des patients trai­tés avec ces médi­ca­ments serait donc 50 fois plus élevé…

Laurent Mucchielli (26 maiA85) remarque à propos du tableau 2 (page 5) :

Source : A94 page 5

Sans doute pour donner une appa­rence de cohé­rence à cet ensemble fait de bric et de broc, il semble que les auteurs (i.e. les petites mains de la société d’intelligence arti­fi­cielle et de Big data qui ont fait le tra­vail) aient trié les malades rete­nus dans la base sta­tis­tique en fonc­tion de cri­tères socio-démographiques (âge, sexe, ori­gine eth­nique, indice de masse cor­po­relle) et médi­caux (coro­na­ro­pa­thies, insuf­fi­sances car­diaques, tabaco-dépendance, hyper­ten­sion, dia­bètes…). Comment expli­quer autre­ment la table 2 de l’article, qui donne dans chacun des 5 groupes de malades com­pa­rés des pour­cen­tages qua­si­ment iden­tiques sur la tota­lité des cri­tères qu’on vient d’énoncer ? Une telle per­fec­tion est impos­sible dans la vraie vie des études sta­tis­tiques. Il ne s’agit donc pas d’un échan­tillon repré­sen­ta­tif des malades, mais d’une popu­la­tion d’enquête triée sur le volet, dans le meilleur des cas. Et dans la mesure où ce tri n’est pas expli­cité dans l’article, on peut parler d’une manipulation.

La même remarque peut être faite sur les cinq groupes « par conti­nent » qui affichent des taux qua­si­ment iden­tiques de fumeurs, de dia­bé­tiques, d’u­sa­gers d’an­ti­vi­raux etc. Sachant que les auteurs déclarent qu’ils ne sont pas « auto­ri­sés à par­ta­ger leurs don­nées », le scep­ti­cisme sur leur authen­ti­cité reste entier. Il ne s’agit cer­tai­ne­ment pas de don­nées brutes, mais le pro­ces­sus d’har­mo­ni­sa­tion n’est pas décrit dans l’article.

Autre bizar­re­rie obser­vée dans l’an­nexe (page 5) et signa­lée le 27 mai par Didier Raoult dans son entre­tien avec David Pujadas (LCI) : l’é­tude recense 73 morts de CoVID-19 parmi les 609 patients aus­tra­liens, le 14 avril, alors qu’ils n’é­taient que 61 pour tout le pays à cette date (voir stats). Or l’é­tude du Lancet com­pi­lait les don­nées de 5 hôpi­taux sur les 300 en Australie, sans négli­ger qu’une partie impor­tante des décès ont eu lieu dans des mai­sons de retraite, hors hôpi­tal… Melissa Davey écrit dans The Guardian (27 maiA83) :

The Lancet a déclaré à Guardian Australia : « Nous avons demandé des éclair­cis­se­ments aux auteurs, nous savons qu’ils enquêtent de toute urgence et nous atten­dons leur réponse. » L’auteur prin­ci­pal de l’é­tude, le Dr Mandeep Mehra, a déclaré qu’il avait contacté Surgisphere, la société qui a fourni les don­nées, pour résoudre les diver­gences « dans la plus grande urgence ». Surgisphere est décrit comme une société d’a­na­lyse de don­nées sur les soins de santé et une société d’en­sei­gne­ment médical.

Dans un com­mu­ni­qué, le fon­da­teur de Surgisphere, le Dr Sapan Desai, éga­le­ment auteur du jour­nal The Lancet, a déclaré qu’un hôpi­tal d’Asie avait été acci­den­tel­le­ment inclus dans les don­nées australiennes. […]

Le Dr Allen Cheng, épi­dé­mio­lo­giste et méde­cin spé­cia­liste des mala­dies infec­tieuses à Alfred Health de Melbourne, a demandé que les hôpi­taux aus­tra­liens impli­qués dans l’é­tude soient nommés. Il a dit qu’il n’a­vait jamais entendu parler de Surgisphere, et per­sonne de son hôpi­tal, The Alfred, n’a­vait fourni à Surgisphere des données.

« Habituellement, pour sou­mettre à une base de don­nées comme Surgisphere, vous avez besoin d’une appro­ba­tion éthique, et un membre de l’hô­pi­tal sera impli­qué dans ce pro­ces­sus pour le mettre dans une base de don­nées », a‑t-il déclaré. Il a pré­cisé que l’en­semble de don­nées devrait être rendu public, ou du moins ouvert à un révi­seur sta­tis­tique indépendant.

« S’ils se sont trom­pés, que pourrait-il y avoir d’autre ? » dit Cheng. C’était aussi un « dra­peau rouge » pour lui que le docu­ment ne men­tionne que quatre auteurs.

« D’habitude, avec des études qui rap­portent les résul­tats de mil­liers de patients, vous voyez une grande liste d’au­teurs sur le papier », a‑t-il déclaré. « Plusieurs sources sont néces­saires pour col­lec­ter et ana­ly­ser les don­nées pour les grandes études et c’est géné­ra­le­ment reconnu dans la liste des auteurs. »

Comme l’é­crit Andy Wang sur un forum de sta­tis­ti­ciens (25 maiA83) : « Il s’agit peut-être de don­nées fabri­quées, du moins pour la partie aus­tra­lienne, ce qui est un pro­blème plus grave vis à vis de la com­mu­nauté scientifique. »

Les erreurs sur les sta­tis­tiques aus­tra­liennes ont été cor­ri­gées le 30 maiA79.

L’auteur Mandeep Mehra rap­pelle dans un entre­tien les limites d’une étude obser­va­tion­nelle conduite dans un milieu hos­pi­ta­lier (23 maiA88) :

Je veux dire par là, un patient ayant reçu un diag­nos­tic de Covid 19, qui a besoin d’une hos­pi­ta­li­sa­tion pour trai­te­ment. Ce sont des patients qui sont plus malades que les patients qui peuvent rester à la maison en atten­dant de déve­lop­per la mala­die, ou sont rela­ti­ve­ment asymp­to­ma­tiques et peuvent faire une uti­li­sa­tion pro­phy­lac­tique de ce médicament.

Laurent Mucchielli ajoute (26 maiA85) :

Compte tenu de l’histoire natu­relle de la mala­die et du prin­ci­pal cri­tère d’hospitalisation tant en Europe qu’aux USA (le besoin d’un sup­plé­ment d’oxygène), les patients hos­pi­ta­li­sés sont symp­to­ma­tiques depuis au moins une semaine au moment de leur admis­sion. Généralement, il faut ensuite ajou­ter 1 jour pour obte­nir le résul­tat du test par PCR et 2 jours de délai jusqu’au début du trai­te­ment comme cri­tère d’inclusion dans l’étude. Au final, on peut donc esti­mer que le trai­te­ment est ins­ti­tué à plus de 10 jours du début des symp­tômes (et non 2 comme pour­rait le croire un lec­teur naïf). Et à ce stade, on est entré dans la phase cri­tique de la mala­die (entre le besoin d’un sup­plé­ment d’oxygène et l’orage cyto­ki­nique), où l’IHU de Marseille dit lui-même depuis le début que son trai­te­ment ne sert plus à rien.

L’équipe de Mandeep R Mehra avait déjà publié dans le New England Journal of Medicine un article décri­vant une ana­lyse de type simi­laire conduite sur une base de don­nées cou­vrant 169 hôpi­taux d’Europe, Asie et Amérique du nord (1er maiA120). Il s’a­gis­sait de 8910 patients atteints de CoVID-19 dont 515 étaient morts pen­dant leur séjour à l’hô­pi­tal. Cette étude confir­mait que les patients atteints de troubles car­dio­vas­cu­laires étaient plus à risque de mourir lors d’une hos­pi­ta­li­sa­tion suite à leur infec­tion au SARS-CoV‑2. Ici encore, la métho­do­lo­gie, l’in­té­grité des don­nées et la vali­dité des conclu­sions de l’é­tude ont été mises en cause, et ses auteurs ont été sommés de four­nir des expli­ca­tions (2 juinA75). Une décla­ra­tion “Expression of Concern” a aussi été publiée par les édi­teurs de The Lancet au sujet de leur article sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine (3 juinA69). Les cri­tiques de cet article figurent sur PubPeer (22 maiA91) et une lettre ouverte signée par 146 scien­ti­fiques a été adres­sée à l’é­di­teur (28 maiA81). Les don­nées publiées ont été com­pi­lées dans un tableau pour en faci­li­ter l’a­na­lyse (2 juinA73).

Le 4 juin, The Lancet a annoncé la rétrac­ta­tion de l’é­tude à la demande de trois des auteurs, le qua­trième — Sapan Desai, fon­da­teur de la société Surgisphere qui avait col­lecté les don­nées — ne les ayant pas auto­ri­sés à effec­tuer un audit indé­pen­dant des don­nées qui sous-tendaient leur ana­lyse. Ils ont donc déclaré « ne plus garan­tir la véra­cité des sources de don­nées pri­maires ». Le fait qu’ils n’aient pas pro­cédé à une telle véri­fi­ca­tion des don­nées avant trai­te­ment en dit long sur leur concep­tion de l’é­thique scien­ti­fique ! Sans oublier les relec­teurs frap­pés de cécité qui avaient validé la publication…

Une heure plus tard, le New England Journal of Medicine a annoncé, pour les mêmes rai­sons, la rétrac­ta­tion de son article par la même équipe (Mehra MR etal., 1er maiA120). Le NEJM avait tou­te­fois publié l’é­tude ran­do­misé contrô­lée en double-aveugle de Boulware DL et al. qui ne révé­lait aucun avan­tage à l’hy­droxy­chlo­ro­quine en usage pré­ven­tif de la CoVID-19 dans une popu­la­tion de 821 par­ti­ci­pants asymp­to­ma­tiques (3 juinA70).

Comme de nom­breux pour­fen­deurs des fraudes scien­ti­fiques igno­rées (ou tolé­rées) par les comi­tés de lec­ture, Laurent Mucchielli rap­pelle une cita­tion de Richard Horton qui n’est autre que le rédac­teur en chef de The Lancet (Horton R, 2015A204) :

L’endémicité appa­rente des mau­vais com­por­te­ments en matière de recherche est alar­mante. Dans leur quête d’une his­toire convain­cante, les scien­ti­fiques sculptent trop sou­vent les don­nées pour qu’elles cor­res­pondent à leur théo­rie du monde pré­fé­rée. Ou bien ils modi­fient leurs hypo­thèses pour les adap­ter à leurs données. […]

Notre amour de la « signi­fi­ca­tion » pollue la lit­té­ra­ture avec de nom­breuses fables sta­tis­tiques. Nous reje­tons les confir­ma­tions importantes.

Marcia Angell, ancienne édi­trice en chef (pen­dant 21 ans) du New England Journal of Medicine s’est aussi fré­quem­ment inquié­tée des liens d’in­fluence entre l’in­dus­trie phar­ma­ceu­tique, les uni­ver­si­tés et la presse scien­ti­fique (2 juinA74).

Plusieurs per­sonnes direc­te­ment impli­quées dans la publi­ca­tion de tra­vaux scien­ti­fiques ont dénoncé les dys­fonc­tion­ne­ments et les limites du peer revie­wing — l’é­va­lua­tion par les pairs — des articles soumis à leur jour­nal. Ces publi­ca­tions ne sont donc pas le stade ultime du « niveau de preuve » recher­ché dans l’a­na­lyse cri­tique d’un compte-rendu expé­ri­men­tal. Ce n’est pas non plus une raison de croire l’in­verse, à savoir que cette pro­cé­dure clas­sique (et coû­teuse) de par­tage des connais­sances devrait impé­ra­ti­ve­ment être aban­don­née au béné­fice du seul dépôt en archive ouverte. Les gens du métier savent que les deux sont complémentaires.

Il est faux d’af­fir­mer que le gou­ver­ne­ment fran­çais aurait « inter­dit la chlo­ro­quine » suite à cette publi­ca­tion du Lancet. Il n’a fait qu’an­nu­ler le décret qui auto­ri­sait aux pra­ti­ciens hos­pi­ta­liers l’ad­mi­nis­tra­tion en der­nier recours de chlo­ro­quine, ce qui n’é­tait pas la pro­cé­dure de l’IHU mais pou­vait reflé­ter les cas ana­ly­sés dans l’é­tude de Mehra et col­lègues. Il avait aussi décidé hâti­ve­ment — comme l’OMS — de sup­pri­mer les bras « hydroxy­chlo­ro­quine » des essais cli­niques en cours, mais les deux ont fait machine arrière face à la remise en ques­tion de l’au­then­ti­cité des don­nées de Mehra et collègues.

Suite du dossier « HCQ »

L’équipe de l’IHU de Marseille a rendu public fin mai son étude rétros­pec­tive de 1061 cas trai­tés plus de 3 jours par de l’hy­droxy­chlo­ro­quine (200 mg trois fois par jour pen­dant dix jours) et de l’a­zi­thro­my­cine (500 mg le pre­mier jour puis 250 mg par jour pen­dant les quatre jours sui­vants). Les issues néga­tives étaient le décès, l’aggravation cli­nique (trans­fert à l’USI et hos­pi­ta­li­sa­tion plus de 10 jours) et la per­sis­tance virale de la perte (plus de 10 jours). Ils indiquent comme résul­tats et conclu­sion (M Million et al., 5 maiA113) :

Résultats
Un total de 1061 patients ont été inclus dans cette ana­lyse (46,4% de mâles, âge moyen 43,6 ans – de 14 à 95 ans). De bons résul­tats cli­niques et la gué­ri­son viro­lo­gique ont été obte­nus dans 973 patients dans un délai de 10 jours (91.7%). Une charge virale pro­lon­gée a été obser­vée chez 47 patients (4,4 %) et asso­cié à une charge virale plus élevée au diag­nos­tic (p < .001) mais la culture virale était néga­tive au jour 10. Tous sauf un, étaient néga­tifs au PCR au jour 15. Un mau­vais résul­tat cli­nique (PClinO) a été observé chez 46 patients (4,3 %) et 8 sont morts (0,75%) (74–95 ans). Tous les décès ont résulté d’une insuf­fi­sance res­pi­ra­toire et non d’une toxi­cité car­diaque. Cinq patients sont encore hos­pi­ta­li­sés (98,7% des patients étant guéris jusqu’à pré­sent). Le PClinO était asso­cié à l’âge plus avancé (OR 1.11), à la sévé­rité de la mala­die à l’admission (OR 10.05) et à la faible concen­tra­tion sérique de HCQ. Le PClinO était indé­pen­dam­ment asso­cié à l’utilisation d’agents bêta­blo­quants sélec­tifs et de inhi­bi­teurs des récep­teurs de l’angiotensine II (p < .05). Un total de 2,3 % des patients ont signalé des effets indé­si­rables bénins (symp­tômes gastro-intestinaux ou cuta­nés, maux de tête, insom­nie et vision floue transitoire).

Conclusion
L’administration de la com­bi­nai­son HCQ-AZ avant que des com­pli­ca­tions de COVID-19 se pro­duisent est sûre et asso­ciée à un taux de mor­ta­lité très faible chez les patients.

L’IHU a par la suite publié dans le jour­nal New Microbes and New Infections une méta-analyse des études (jus­qu’au 27 mai) ayant mesuré l’ef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine dans le trai­te­ment de la CoVID-19 (Millon M et al., 6 juinA64). Le résumé se ter­mine par la phrase conclusive :

En conclu­sion, une méta-analyse des rap­ports cli­niques acces­sibles au public démontre que les déri­vés de la chlo­ro­quine sont effi­caces pour amé­lio­rer les résul­tats cli­niques et viro­lo­giques mais, plus impor­tants encore, elle réduit la mor­ta­lité d’un fac­teur 3 chez les patients infec­tés par COVID-19.

Les condi­tions de réa­li­sa­tion de cette « méta-analyse » (sic) posent pro­blème à la lec­ture détaillée de l’ar­ticle. Jérémy Anso en a résumé huit obser­va­tions dont je cite les trois pre­mières (11 juinA60) :

  • L’étude ne res­pecte pas les prin­cipes de rigueur et d’objectivité des méta-analyses (PRISMA [N44], Cochrane), sans extrac­tion indé­pen­dante des don­nées et cri­tères objec­tifs d’évaluation
  • La majo­rité des études défa­vo­rables à l’hydroxychloroquine ont été exclues des ana­lyses sans jus­ti­fi­ca­tion ni cri­tère objec­tif valide
  • La méta-analyse se porte sur 3 études publiées, toutes favo­rables à l’hydroxychloroquine ; 3 docu­ments inter­nets sans valeur scien­ti­fique ; et 8 études non publiées dans un jour­nal scientifique

Autrement dit, en met­tant de côté les règles de bonne pra­tique dans les rap­ports de revues sys­té­ma­tiques ou de méta-analyses, on laisse le champ libre à des biais de confir­ma­tionN45 per­met­tant de « prou­ver » ce que l’é­quipe de recherche sou­hai­tait confirmer.

Des ano­ma­lies ont été rele­vées au niveau du trai­te­ment sta­tis­tique, entre autres une confu­sion entre hazard ratioN46 et odds ratioN47 qui sont des résul­tats de trai­te­ment de don­nées radi­ca­le­ment dif­fé­rents. Anso conclut (11 juinA60) :

Nous n’avons aujourd’hui tou­jours pas d’indice scien­ti­fique sérieux et repro­duit qui per­met­trait d’être caté­go­rique et d’exclure le doute concer­nant l’efficacité de l’hydroxychloroquine, en asso­cia­tion ou non avec l’azithromycine (l’antibiotique).

On peut à ce titre être élo­gieux envers l’équipe d’infectiologie de Marseille du pro­fes­seur Raoult pour l’énorme pro­duc­tion scien­ti­fique pen­dant cette crise, mais éga­le­ment très cri­tique (17 avrilA131) sur la qua­lité de ces tra­vaux qui entre­tiennent un brouillard médi­cal très problématique.

D’autres méta-analyses, non citées ou exclues de la publi­ca­tion, concluaient à l’ab­sence de preuve d’ef­fet de l’hy­droxy­chlo­ro­quine sur la dimi­nu­tion de la charge virale et sur un risque moindre de mor­ta­lité ou de néces­sité de soins intensifs.

Cette publi­ca­tion a généré un fil de com­men­taires sur PubPeerN48 qui confirment et com­plètent les cri­tiques pré­cé­dentes. Une méta-analyse de l’é­pi­dé­mio­lo­giste Harvey A Risch (27 maiA84) est encore citée comme éta­blis­sant la preuve de l’ef­fi­ca­cité du cock­tail hydroxy­chlo­ro­quine + azi­thro­my­cine, mais elle s’ap­puie sur les mêmes études peu fiables — voir PubPeerN49. Des cri­tiques ont été publiées aux­quelles l’au­teur a répondu, voir notam­ment HA Risch (20 juilletA32) s’a­dres­sant à Korman, Peiffer-Smadja et Costagliola.

Fin juin ont été publiés les résul­tats de l’é­tude rétros­pec­tive por­tant sur 3737 patients de CoVID-19 pris en charge à l’IHU de Marseille (Lagier JC et al., 25 juinA47), concluant à l’ef­fi­ca­cité du pro­to­cole hydroxy­chlo­ro­quine + azi­thro­my­cine. Des erreurs ont été signa­lées sur PubPeer (2020N50).

Le Canard enchaîné, 30/09/20

Au cha­pitre des conflits d’in­té­rêts, P. Gautret, un des co-auteurs de l’ar­ticle (25 juinA47) est asso­ciate editor de la revue Travel Medicine and Infectious Disease dans laquelle il a été publié. J. Anso sou­ligne par ailleurs que le comité édi­to­rial de New Microbes and New Infections compte cinq cher­cheurs de l’IHU — sous l’au­to­rité de Didier Raoult — et que le l’é­di­teur en chef adjoint de la revue, Pierre-Edouard Fournier, est lui-même un des co-auteurs de la publi­ca­tion (11 juinA60). Hervé Maisonneuve appelle ce jour­nal le « bul­le­tin parois­sial de l’IHU » ! Yves Gringas & Mahdi Khelfaoui (21 juinA52) pré­cisent :

Bien que toutes les publi­ca­tions soient cen­sées être éva­luées par des spé­cia­listes indé­pen­dants et exté­rieurs, mais choi­sis par les res­pon­sables de la revue, il demeure que la forte com­po­sante locale — soit près de la moitié du total — du comité de direc­tion de la revue, peut contri­buer à expli­quer la domi­na­tion des publi­ca­tions très locales dans cette revue dite « inter­na­tio­nale ». […] Un bon usage de la biblio­mé­trie nous éclaire en effet de manière unique sur la socio­lo­gie des sciences. Elle permet ainsi de sug­gé­rer que les jour­na­listes qui couvrent les recherches en santé, et plus lar­ge­ment en sciences, ne devraient pas se conten­ter de répé­ter l’expression conve­nue « paru dans une revue scien­ti­fique », mais devraient scru­ter davan­tage la nature de la revue qui annonce les résul­tats qui auront l’honneur de figu­rer dans les médias de masse. […]

Ils ter­minent sur une remarque très per­ti­nente sur le « modèle finan­cier » des revues pré­da­trices (21 juinA52) :

On peut aussi s’interroger sur la per­ti­nence de créer constam­ment de nou­velles revues scien­ti­fiques, alors que les meilleures revues exis­tantes suf­fisent à faire connaître les résul­tats les plus robustes, utiles et inté­res­sants d’une dis­ci­pline. En conser­vant de hauts stan­dards de sélec­tion, celles-ci contri­buent en effet à écar­ter les études dou­teuses, car bâclées ou effec­tuées à la va-vite pour s’assurer une prio­rité, un renou­vel­le­ment de poste ou d’octroi de cré­dits de recherche. En se mon­trant sélec­tives, elles contri­buent aussi à ralen­tir le rythme des publi­ca­tions – devenu déli­rant en cette période de pan­dé­mie. On constate cepen­dant que les grands édi­teurs de revues ont trouvé le moyen de moné­ti­ser des articles refu­sés par leurs titres les plus sélec­tifs, en les accep­tant dans de nou­velles revues, sou­vent en « accès libre » et donc payées par les auteurs et leurs labo­ra­toires. Ainsi, les articles refu­sés par une revue A pres­ti­gieuse, mais recy­clés dans une revue C moins regar­dante, tombent encore dans l’escarcelle de l’éditeur, contri­buant alors davan­tage à son profit éco­no­mique qu’au profit de la science.

La publi­ca­tion d’é­tudes solides, ran­do­mi­sées et contrô­lées, semble inva­li­der l’u­ti­li­sa­tion d’hy­droxy­chlo­ro­quine, seule ou en com­bi­nai­son avec l’a­zi­thro­my­cine, pour le trai­te­ment de la CoVID-19 à tous les stades de la mala­die. Mais la ques­tion reste ouverte puisque l’ab­sence de preuve n’est pas la preuve de l’in­verse. Les études sur les trai­te­ments de la CoVID-19 sont réper­to­riées sur un siteN51 dont on ne connaît pas l’origine…

Si l’on s’en tient à la mor­ta­lité, la méta-analyse de Thibault Fiolet et col­lègues (26 aoûtA24) paraît mon­trer l’ab­sence d’in­fluence des trai­te­ments à l’hy­droxy­chlo­ro­quine seule sur le taux de mor­ta­lité (11932 sujets, risque rela­tif 0.65 à 1.06 pour un inter­valle de confiance de 95%), et par contre son aug­men­ta­tion signi­fi­ca­tive (1.04 à 1.54) en com­bi­nai­son avec l’a­zi­thro­my­cine (voir com­men­taire en fran­çais, 29 aoûtA23). Cette étude est cri­ti­quée du fait qu’en par­tant de plus de 800 publi­ca­tions sur le sujet les cher­cheurs n’en ont sélec­tionné que 21 aux­quelles ils ont ajouté en der­nière minute 10 pré­pu­bli­ca­tions de Medrxiv/Google Scholar (non revues par les pairs), dont une pré­pu­bli­ca­tion de l’es­sai RECOVERYN52 dans lequel l’hy­droxy­chlo­ro­quine était admi­nis­trée à dose toxique (2400 mg). Seules 3 études sélec­tion­nées étaient des essais ran­do­mi­sés contrô­lés, mais deux études chi­noises ont été écar­tées sous pré­texte qu’elles ne comp­taient aucun décès dans le groupe d’in­ter­ven­tion ni dans le groupe témoin…

À l’in­verse, l’é­tude obser­va­tion­nelle mul­ti­cen­trique COVID-19 RISK and Treatments (CORIST), por­tant sur 3451 patients non sélec­tion­nés en Italie du 19 février au 23 mai 2020, a conclu que l’u­sage d’hy­droxy­chlo­ro­quine avait été asso­cié à une dimi­nu­tion de 30% de la mor­ta­lité (25 aoûtA25). Cette cor­ré­la­tion était plus forte chez des patients qui affi­chaient un taux élevé de pro­téine C‑réactiveN53 lors de leur admission.

Alors que la chlo­ro­quine est effi­cace pour éviter la pro­li­fé­ra­tion virale sur des cel­lules Vero du singe afri­cain, elle s’est révé­lée tota­le­ment inef­fi­cace pour pro­té­ger les cel­lules pul­mo­naires humaines (22 juilletA34). À ce sujet, Frédéric Adnet com­mente : « Autrement dit, le sup­port cel­lu­laire qui ren­dait cré­dible l’utilisation de l’hydroxychloroquine est tout sim­ple­ment faux puisque dans le COVID-19, le rein n’est pas la porte d’entrée du virus mais c’est l’épithélium res­pi­ra­toire » (18 aoûtA28). Les expé­ri­men­ta­tions in vitro ont été com­pa­rées à l’ob­ser­va­tion cli­nique sur des sujets humains. J Anso conclut (30 juilletA31) :

Les der­niers essais cli­niques chez l’homme et études pré­cli­niques chez les macaques ont apporté des preuves très solides, et extrê­me­ment concor­dantes, de l’absence d’efficacité de l’HCQ, avec ou sans AZT, à n’importe quel stade de la mala­die : juste après l’infection, peu après les pre­miers symp­tômes, chez des patients légers ou sévères.

Et la science dans tout cela ?

Un aspect cen­tral de la contro­verse autour des trai­te­ments de la CoVID-19, foca­li­sée sur l’u­sage de la chlo­ro­quine, est l’im­por­tance accor­dée aux essais cli­niques ran­do­mi­sés contrô­lésN54 et à leur capa­cité à tran­cher le débat sur une base réel­le­ment scien­ti­fique. Outre qu’il paraît très dif­fi­cile, sous le regard des comi­tés d’é­thiques, d’i­ma­gi­ner un pro­to­cole d’es­sai contre pla­cebo pour une mala­die infec­tieuse avec un médi­ca­ment auquel on attri­bue des effets secon­daires poten­tiel­le­ment irré­ver­sibles, cette approche en soi mérite discussion.

Les études obser­va­tion­nelles ou inter­ven­tion­nelles des­ti­nées à mesu­rer l’ef­fi­ca­cité et la sécu­rité du trai­te­ment hydroxy­chlo­ro­quine + azi­thro­my­cine uti­li­saient le nombre de décès comme variable de sortie : cette variable binaire est irré­fu­table et elle a le mérite d’af­fi­cher un résul­tat acces­sible aux non-initiés. Or il est apparu assez vite que le taux de léta­lité de la CoVID-19 était bien infé­rieur à celui estimé en début d’é­pi­dé­mie. Avec un taux moyen de 0.3% on aurait 1 décès pour 300 malades dans le groupe pla­cebo. Pour affi­cher une dif­fé­rence signi­fi­ca­tive il fau­drait envi­ron 50 décès, autre­ment dit 50 x 300 = 15 000 malades. Un essai cli­nique ran­do­misé aurait com­porté quatre bras : HCQ seule, AZT seule, HCQ + AZT, pla­cebo, ce qui impli­quait de recru­ter 60 000 patients selon les cri­tères d’ad­mis­sion de l’IHU. Si l’on inclut l’ad­mi­nis­tra­tion de zinc, ajou­tée plus tard au pro­to­cole de l’IHU, la com­bi­na­toire (HCQ, AZT, ZN, HCQ + Zn, HCQ + AZT + Zn etc.) indui­rait un nombre bien plus élevé. Le coût de l’es­sai se chif­fre­rait donc en mil­lion d’eu­ros, sans oublier la mobi­li­sa­tion néces­saire en per­son­nel, maté­riel et locaux… Il est donc ridi­cule de clai­ron­ner que l’é­quipe du Dr Raoult aurait dû mener cet essai avant même de soi­gner toute per­sonne testée posi­tive au SARS-CoV‑2.

Le sta­tis­ti­cien Marc Rameaux a rap­pelé d’autres limites des essais ran­do­mi­sés contrô­lés dans le cadre du débat sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine (21 avrilA129). Pour lui, oppo­ser l’es­sai ran­do­misé contrôlé à l’é­tude obser­va­tion­nelle et au rai­son­ne­ment causal est « une polé­mique arti­fi­cielle et bien peu scien­ti­fique » :

[…] une étude ran­do­mi­sée néces­site de s’y reprendre à plu­sieurs fois, de faire varier les sous-groupes et les stra­ti­fi­ca­tions. Pour ces étapes, le sta­tis­ti­cien réin­tro­duit des a priori, les teste à nou­veau par des RCT [essais ran­do­mi­sés contrô­lés] plus fins, revient ensuite à des rai­son­ne­ments de cau­sa­lité ou des obser­va­tions pour les inter­pré­ter, et ainsi de suite.

En sta­tis­tique, il existe tou­jours un pos­tu­lat non sta­tis­tique sur les variables expli­ca­tives. La rigueur du calcul des pro­ba­bi­li­tés ne doit pas aveu­gler : le calcul porte sur un champ de variables et de biais iden­ti­fiés a priori. Tout échan­tillon­nage porte avec lui un modèle sous-jacent, c’est-à-dire une rela­tion entre des variables expli­ca­tives et une variable expli­quée : le tirage aléa­toire ne nous fait pas atteindre l’objectivité divine ou « les faits », il n’est qu’une mise à l’épreuve effi­cace de nos hypo­thèses et com­porte des hypo­thèses a priori impli­cites dès que l’on sort de la popu­la­tion de réfé­rence ayant servi au tirage.

Un concen­tré de théo­ries de com­plot sur la CoVID-19…

La cri­tique d’une métho­do­lo­gie n’est pas le signe ni l’a­bou­tis­se­ment d’une défiance de la science médi­cale — le grain à moudre des théo­ries de com­plot, voir ci-contre. Bien au contraire, elle rap­pelle les condi­tions de rece­va­bi­lité des résul­tats d’un test cli­nique, tout en dénon­çant les conflits d’in­té­rêts de tests conduits par les labo­ra­toires aux seules fins de pro­mou­voir un produit.

Dans un com­men­taire de la redif­fu­sion de son ouvrage Alertes grip­pales – com­prendre et choi­sir, Marc Girard écrit (mai 2020N55) :

La lec­ture scien­ti­fique, c’est com­prendre que la recherche cli­nique en géné­ral, et l’évaluation des médi­ca­ments en par­ti­cu­lier, n’ont rien (ou pas grand-chose) à voir avec le tra­vail dit clas­si­que­ment « scien­ti­fique », centré sur une épis­té­mo­lo­gie tirée des sciences phy­siques ou, à la rigueur, de la bio­lo­gie. Rien à voir, donc, avec les réfé­rences intel­lec­tuelles de tous « les sages et les savants » qui se pré­valent bruyam­ment d’une agré­ga­tion […], d’un doc­to­rat d’État ou de quelque autre affi­lia­tion cen­sé­ment pres­ti­gieuse (CNRS, INSERM…), mais peu per­ti­nente pour l’espèce.

Didier Raoult décla­rait dans une tri­bune le 2 avril : « Le pre­mier devoir du méde­cin est le soin, et non l’expérimentation » (2 avrilA157) :

Dans ma propre expé­rience, j’ai déjà mis au point dix trai­te­ments dif­fé­rents, dont la plu­part se retrouvent dans tous les livres de méde­cine rap­por­tant les mala­dies sur les­quelles j’ai tra­vaillé, sans jamais avoir fait d’essais ran­do­mi­sés. Les élé­ments, qui amènent, géné­ra­le­ment, à la décou­verte des trai­te­ments, sont : l’observation anec­do­tique et les obser­va­tions de séries cor­rec­te­ment analysées.

Toutefois, en décla­rant à l’Assemblée natio­nale que de petites études aux résul­tats « sta­tis­ti­que­ment signi­fi­ca­tifs » ont une très grande valeur sur le plan cli­nique, et qu’à son avis « Tout essai qui com­porte plus de 1000 per­sonnes est un essai qui cherche à démon­trer quelque chose qui n’existe pas », Raoult s’at­tire les foudres de tout lec­teur ayant un mini­mum de for­ma­tion scien­ti­fique. Florian Gouthière cite à ce sujet le bio­sta­tis­ti­cien Stéphane Morisset (28 juinA45) :

En menant une étude sur peu de per­sonnes, Didier Raoult parie sur un effet fort des trai­te­ments testés, alors qu’on était déjà en droit de s’interroger sur l’existence d’un quel­conque effet. […] Pour répondre à cette ques­tion, le seul cri­tère de la signi­fi­ca­ti­vité sta­tis­tique ne suffit pas.

Plus tard, Didier Raoult a tenté d’ex­pli­quer la démarche épis­té­mo­lo­gique qui sous-tend son tra­vail scien­ti­fique en s’ap­puyant sur les écrits de phi­lo­sophes des sciences. Pour lui, aucune théo­rie scien­ti­fique ne doit pré­cé­der l’ob­ser­va­tion atten­tive des faits, et le scien­ti­fique engagé dans cette obser­va­tion devrait faire abs­trac­tion de ses sup­po­si­tions et de ses pré­ju­gés. Dans un article lumi­neux, Florian Cova met en regard les écrits et décla­ra­tions de Raoult avec les ensei­gne­ments dont il dit s’ins­pi­rer (20 aoûtA27) :

[…] la concep­tion induc­ti­viste de la méthode scien­ti­fique [selon Francis BaconN56] « arrange bien » Raoult : elle lui permet à la fois d’expliquer pour­quoi il est meilleur que la plu­part des autres scien­ti­fiques (aveu­glés par l’idole du « pour­quoi ») tout en répon­dant aux cri­tiques qui lui sont faites.

Problème : si on met de côté Francis Bacon, la plu­part des phi­lo­sophes des sciences sur les­quels Didier Raoult s’appuie dans ses confé­rences et dans ses cours (Popper, Kuhn, Feyerabend) sont pré­ci­sé­ment connus pour avoir rejeté cet induc­ti­visme naïf et montré pour­quoi il était inte­nable et ne cor­res­pon­dait pas à la façon dont la science pro­gresse (si on se penche un tant soit peu sur l’histoire des sciences). Comment Didier Raoult se sort-il de cette contra­dic­tion ? Simplement en tra­ves­tis­sant et en défor­mant com­plè­te­ment les pen­sées de ces phi­lo­sophes, en les tor­dant de façon à ce qu’elles contri­buent à glo­ri­fier l’auguste de Didier Raoult et à jus­ti­fier son rap­port très « libé­ral » à la méthode scien­ti­fique. Comme on le verra, il y a aussi de fortes chances pour que ce pro­ces­sus soit dû en partie au fait que Didier Raoult ne com­prend pas ce qu’il pré­tend avoir lu. Mais, dans tous les cas, il est frap­pant que l’interprétation qu’il en fait est sys­té­ma­ti­que­ment celle qui lui permet de se peindre dans une lumière favorable. […]

Ne vous lais­sez donc pas piéger : Raoult n’est pas un huma­niste, pas plus qu’il n’est phi­lo­sophe. Tout au contraire, il fait partie de ces gens qui ne prennent pas les huma­ni­tés au sérieux et n’y voient qu’un vague « sup­plé­ment d’âme » qui leur servent sur­tout à paraître intel­li­gent dans les cock­tails mon­dains ou à impres­sion­ner un public pas assez informé pour détec­ter la super­che­rie. Son atti­tude contri­bue en fait à déva­luer la phi­lo­so­phie en la rédui­sant à un vague réser­voir d’idées où l’on irait pio­cher ce qui nous arrange, là où elle a pour voca­tion d’être avant tout un appren­tis­sage de la pensée cri­tique et rigoureuse.

De son côté, Claude Rochet remet en pers­pec­tive l’EBMN57 au cœur de la pra­tique médi­cale (29 marsA164) :

J’ai eu de l’attirance au début pour cette approche née en 1980. Elle com­bi­nait l’approche théo­rique par consul­ta­tion des don­nées de la recherche, l’expérience empi­rique du pra­ti­cien (par l’archivage sys­té­ma­tique des compte-rendus d’intervention) et des don­nées de contexte qui sont celles du patient. J’ai uti­lisé cette approche dans la concep­tion des sys­tèmes d’information où il s’agit de contre­ba­lan­cer la science toute puis­sante des ven­deurs de tech­no­lo­gies par l’expérience empi­rique de l’utilisateur et les variables de contexte d’une organisation.

Le pro­blème est que seule est restée la partie théo­rique. Et la tra­duc­tion en fran­çais de “evi­dence” par « preuve » est trom­peuse : evi­dence a, en anglais, un sens beau­coup plus large que preuves (qui a en fran­çais un sens d’irréfutabilité) et intègre l’ensemble des faits. L’EBM est de fait devenu l’outil du scien­tisme pour satis­faire aux pré­ten­tions scien­ti­fiques de l’idéologie dominante.

Il s’agit donc moins pour lui d’une cri­tique que l’EBMN57 que celle d’une dérive de l’EBM consis­tant à exclure de la prise de déci­sion l’avis du patient et l’ex­pé­rience cli­nique de son méde­cin, pour ne tenir compte que des « preuves scien­ti­fiques ». C’est exac­te­ment ce qui oppose aujourd’­hui les arti­sans de la stra­té­gie mise en œuvre par l’IHU (Marseille) à leurs détracteurs.

Schéma de l’EBM
Claude Racinet le 22/09/2005 à la HAS

Dans sa pré­sen­ta­tion Comment l’EBM peut par­ti­ci­per à la démarche qua­lité (22/09/2005) à la Haute auto­rité de santé, Claude Racinet rap­pe­lait sa défi­ni­tion énon­cée par Sackett DL et al. (2000A210) : « Intégration des meilleures don­nées de la recherche à la com­pé­tence cli­nique du soi­gnant et aux valeurs du patient ». Il était ques­tion d’obs­té­trique à cette époque, pré­ci­sé­ment la ten­sion entre les demandes des par­tu­rientes, l’ex­pé­rience des méde­cins et sages-femmes, les cir­cons­tances cli­niques et les pro­to­coles dictés par les don­nées de la recherche. Cette défi­ni­tion était illus­trée par le schéma ci-joint, dont C. Rochet a repro­duit sans la com­men­ter une ver­sion sim­pli­fiée (29 marsA164).

La com­pé­tence cli­nique occupe dans ce pro­ces­sus une place qui ne se super­pose pas aux don­nées de la recherche. Elle intègre une partie des pré­fé­rences et du com­por­te­ment du patient que Racinet décri­vait ainsi :

  • La per­son­na­lité, l’histoire per­son­nelle et familiale
  • Les repré­sen­ta­tions de la santé et de la maladie
  • Les valeurs socio-culturelles
  • L’information médi­cale médiatisée
  • L’opinion du patient

C’est cette vision fon­da­trice de la méde­cine fondée sur les faits (EBMN57) qu’il fau­drait réha­bi­li­ter plutôt que d’op­po­ser de façon binaire les approches « scien­ti­fiques » et « empi­riques ». Marc Rameaux ajoute (21 avrilA129) :

Si l’on pous­sait à sa limite la croyance abso­lue en l’EBM, il n’y aurait plus besoin de méde­cins ou d’experts dans aucune dis­ci­pline, seule­ment de sta­tis­ti­ciens appli­quant méca­ni­que­ment un calcul de pro­ba­bi­li­tés. Egalement, toute parole aurait le même poids, quelles que soient les années d’études faites dans une spé­cia­lité : la démo­cra­ti­sa­tion du savoir trouve sa limite dans le mérite à avoir accom­pli des études. Sans avoir nul­le­ment recours aux RCT, des géné­ra­tions de méde­cins et bio­lo­gistes n’ont cessé d’échanger et de recou­per leurs résul­tats par des expé­riences croisées. […]

Les per­sonnes qui divi­nisent les tirages aléa­toires et les RCT [essais ran­do­mi­sés contrô­lés] n’en ont com­pris le sens que très super­fi­ciel­le­ment. Elles ont géné­ra­le­ment appris la sta­tis­tique comme une tech­nique for­melle, qu’elles peuvent appli­quer très rigou­reu­se­ment dans leur domaine, mais sans en connaître les limites. Bradford Hill est issu du même creu­set intel­lec­tuel que Pearson et Fisher. Ces pères fon­da­teurs de la sta­tis­tique moderne connais­saient très bien l’impossibilité d’un tirage aléa­toire neutre et les ques­tions épis­té­mo­lo­giques sur les rap­ports entre cau­sa­lité, cor­ré­la­tion et hasard que la sta­tis­tique pou­vait poser. Opposer l’analyse par tirage aléa­toire et le rai­son­ne­ment causal ou obser­va­tion­nel était pour eux un non-sens : ils ont forgé des outils rigou­reux aussi bien pour l’un que pour l’autre.

Les incon­di­tion­nels de « la Science » sont prompts à rap­pe­ler, en épi­logue de la saga sur la chlo­ro­quine, que la méde­cine fondée sur les faits (EBM) doit rester la pierre de touche pour la vali­da­tion d’un trai­te­ment médi­cal et le pas­sage obli­ga­toire pour son auto­ri­sa­tion de mise sur le marché. Arnaud Fontanet l’a rap­pelé à la fin d’un entre­tien radio­pho­nique (4 juinA66). On est donc en droit d’es­pé­rer que la dif­fu­sion du vaccin contre la grippe 2020 a été pré­cé­dée d’es­sais cli­niques ran­do­mi­sés contrô­lés en double aveugle avec éva­lua­tion du rap­port béné­fice sur risque !

Transmission et immunité collective

Le Canard Enchaîné, 3 juin 2020

Fin mai, les courbes de mor­ta­lité par CoVID-19 étaient sur une pente des­cen­dante par­tout en Europe : le 21 mai, la France pas­sait au-dessous de la barre des 100 décès quo­ti­diens et l’Espagne en des­sous de 50. Le 28 mai, le ministre de la santé Olivier Véran annon­çait que le taux effec­tif de repro­duc­tion R0 dans l’Hexagone était retombé à 0.77 — ce qui, au pas­sage, ren­dait inutile la pro­po­si­tion d’une appli­ca­tion de tra­çage StopCovidN58 ini­tia­le­ment conçue pour un taux égal ou supé­rieur à 3. Au niveau de la confi­den­tia­lité, cette appli­ca­tion “made in France” laisse à dési­rer puis­qu’elle uti­lise le dis­po­si­tif de sécu­rité reCAPTCHA de Google qui récu­père l’a­dresse IP de l’u­ti­li­sa­teur sur un ser­veur… amé­ri­cain. Ce pro­blème du CAPTCHA avait été signalé par la CNIL le 25 mai 2020N59.

Au niveau mon­dial à mi-mai, la barre des 290 000 morts par CoVID-19 a été fran­chie, cor­res­pon­dant à la four­chette basse de la mor­ta­lité d’une grippe sai­son­nière selon l’OMS. On peut donc se deman­der si les épi­dé­mies de grippe à venir don­ne­ront lieu aux mêmes mesures de pro­tec­tion sani­taire que celle du SARS-CoV‑2 en 2020…

Interrogés par les médias, les experts — qui ne dis­posent d’au­cune donnée fiable pour appuyer leurs propos — sont par­ta­gés sur les rai­sons de l’ac­cal­mie : effet du confi­ne­ment, d’un meilleur res­pect des gestes bar­rières, du port du masque, des tests sys­té­ma­tiques, du chan­ge­ment de saison ? Ou une com­bi­nai­son de ces fac­teurs ? La com­pa­rai­son des courbes de mor­ta­lité et leur répar­ti­tion par âges dans dif­fé­rentes villes et régions de France pour­rait four­nir un indice de la qua­lité du dépis­tage et de la prise en charge des per­sonnes infec­tées (19 maiA100) :

Source : A97

La fin de l’é­pi­dé­mie est condi­tion­née par le fran­chis­se­ment d’un seuil de pour­cen­tage de per­sonnes immu­ni­sées par l’ex­po­si­tion au virus, sous réserve que cette immu­nité soit effec­tive et assez longue, ce qui n’est pas encore cer­tain avec le SARS-CoV‑2 (voir ci-dessous). En extra­po­lant à partir des don­nées actuelles, Xavier Deparis écri­vait à ce sujet (4 avrilA154) :

Pour que l’épidémie cesse, il faudra atteindre une immu­nité de masse. Par exemple, pour la rou­geole, le seuil est de 95%. Ceci signi­fie que lorsque 95% de la popu­la­tion est immu­ni­sée contre la rou­geole, le virus de la rou­geole ne peut plus cir­cu­ler dans la popu­la­tion et les cas de rou­geole dis­pa­raissent ou sont extrê­me­ment rares. Dans le cas du COVID-19, compte-tenu de sa conta­gio­sité heu­reu­se­ment moindre que celle de la rou­geole, il est pos­sible de consi­dé­rer qu’une immu­nité de masse de l’ordre de 75% stop­pera l’épidémie. Seuls quelques cas ou foyers ponc­tuels conti­nue­ront à être obser­vés, passé ce seuil. Donc, pour un mil­lion de per­sonnes expo­sées au COVID-19, nous décomp­te­rons en fin d’épidémie 750 000 per­sonnes conta­mi­nées. Sur ces 750 000 per­sonnes, 1% auront fait une forme sévère de la mala­die néces­si­tant une hos­pi­ta­li­sa­tion, soit 7500, dont une sur six sera décé­dée, soit 1250 [par mil­lion d’individus].

Ce calcul fai­sait anti­ci­per une borne supé­rieure de 83 000 morts en France. Le seul moyen d’é­vi­ter un bilan aussi élevé est de mettre au point des pro­cé­dures de prise en charge des patients au stade ini­tial de l’in­fec­tion avec des trai­te­ments adap­tés à leur cas. Prendre exemple sur l’Allemagne qui affiche 7 fois moins de décès dans des condi­tions sani­taires simi­laires à celles de la France…

Le seuil de 70% pour l’ac­qui­si­tion d’une immu­nité col­lec­tive au SARS-CoV‑2 a été évalué au doigt mouillé à partir d’un modèle simple de trans­mis­sion basé sur une homo­gé­néité « où nous aurions grosso modo tous la même pro­ba­bi­lité d’infecter n’importe quel autre indi­vidu » (22 maiA93) : si R0 est le fac­teur de trans­mis­sion, le seuil théo­rique devrait être 100 x (1 – 1/R0). Nous avons vu que l’u­ni­cité de R0 était loin d’être le cas si l’on tient compte de l’exis­tence de « super-contaminateurs » dont la charge virale serait un mil­lion de fois supé­rieure à celle des autres sujets infec­tés (voir Dépister ci-dessus). On observe donc plutôt des clus­ters de conta­mi­na­tion induits par des réunions dans un espace clos (réunions fami­liales etc.) en pré­sence d’au moins une per­sonne super-contaminatrice… L’évolution n’est plus expo­nen­tielle mais les chaînes de conta­mi­na­tion forment une arbo­res­cence (20 maiA98) :

Chaîne de conta­mi­na­tion dans un espace hété­ro­gène. Source : A98

Ce modèle de trans­mis­sion pré­di­sait une deuxième vague de conta­mi­na­tion, en automne, net­te­ment moins impor­tante que celle anti­ci­pée par le modèle SIR. Il semble que cette pré­dic­tion se soit avérée exacte. Toutefois, on ne connaît pas l’é­vo­lu­tion dans le temps de cette hété­ro­gé­néité. Lise Barnéoud écrit (22 maiA93) :

« Notre réseau est peut-être hété­ro­gène actuel­le­ment parce que les tra­vailleurs essen­tiels sont au front alors que la plu­part d’entre nous sont à la maison », sou­ligne Nathalie Dean, bio­sta­tis­ti­cienne à l’Université de Floride. Mais que se passe-t-il en « temps de paix » ? « Notre struc­ture en réseau ne tendrait-elle pas à deve­nir plus homo­gène ? » Ce serait pour le coup une très mau­vaise nou­velle. Chacun de nous devien­drait une porte ouverte au virus, qui pour­rait alors entrer de toute part dans l’organisme géant de la popu­la­tion. Ce qui se tra­dui­rait par une deuxième vague catastrophique.

Avec des modèles pre­nant en compte les situa­tions locales réelles, des épi­dé­mio­lo­gistes situent le seuil d’im­mu­nité col­lec­tive entre 10 et 20%. Le fac­teur de repro­duc­tion R0 n’est donc pas suf­fi­sant pour pré­dire l’é­ten­due de l’é­pi­dé­mie. Une équipe de mathé­ma­ti­ciens concluait (16 avrilA138) :

[…] Nous réité­rons que lorsque l’on tient compte de la dis­tri­bu­tion com­plète des cas secon­daires causés par une per­sonne infec­tée, il n’y a pas de rela­tion directe entre R0 et la taille d’une vague de conta­mi­na­tion. Nous insis­tons éga­le­ment sur le fait que R0 et la dis­tri­bu­tion com­plète des cas secon­daires ne sont pas des pro­prié­tés de la mala­die elle-même, mais plutôt des pro­prié­tés du patho­gène, de la popu­la­tion hôte et du contexte de l’é­pi­dé­mie. Néanmoins, nous four­nis­sons une métho­do­lo­gie simple pour tra­duire les esti­ma­tions de l’hé­té­ro­gé­néité de la trans­mis­sion en pré­vi­sions épi­dé­miques. Dans l’en­semble, la pré­vi­sion de la taille de l’é­pi­dé­mie sur la base de don­nées pré­coces est un défi incroya­ble­ment com­plexe, mais qui est de plus en plus à portée de main en raison de nou­velles ana­lyses mathé­ma­tiques et d’une com­mu­ni­ca­tion plus rapide des don­nées de santé publique.

Il reste que la trans­mis­sion du virus reste condi­tion­née par la dis­tan­cia­tion phy­sique. L’hypothèse d’un seuil moins élevé pour l’im­mu­nité col­lec­tive ne devrait donc pas servir de pré­texte au relâ­che­ment de toute pré­cau­tion sanitaire.

L’épidémiologiste Sunetra Gupta, au Royaume-Uni, défend un modèle opposé de celui de Neil Ferguson à l’Imperial College. Alors que Ferguson, sur la seule base des tests séro­lo­giques, affirme que la CoVID-19 aurait touché une très petite frac­tion de la popu­la­tion et qu’elle reste une mala­die grave à forte léta­lité, Gupta esti­mait au contraire que près de 50% de la popu­la­tion aurait été expo­sée au virus et que le taux de léta­lité ne dépas­se­rait pas 0.1% : « Quelque part entre 0.01 et 0.1% ». Elle décla­rait (21 maiA95) :

Dans presque tous les contextes, nous avons vu l’épidémie croître, s’in­ver­ser et dis­pa­raître — presque comme une hor­loge. Différents pays ont eu des poli­tiques de confi­ne­ment dif­fé­rentes, et pour­tant ce que nous avons observé est presque un modèle de com­por­te­ment uni­forme très cohé­rent avec le modèle SIR [Susceptible, Infectious, RemovedN25]. Pour moi, cela sug­gère qu’une grande partie de la force en jeu est due à la consti­tu­tion de l’im­mu­nité. Je pense que c’est une expli­ca­tion plus par­ci­mo­nieuse que celle qui implique que dans chaque pays le confi­ne­ment (ou divers degrés de confi­ne­ment, y com­pris aucun confi­ne­ment) ait eu le même effet.

La jour­na­liste F Sayers expli­quait (21 maiA95) :

Selon elle, les études d’an­ti­corps, bien qu’u­tiles, n’in­diquent pas le véri­table niveau d’ex­po­si­tion ou le niveau d’im­mu­nité. Premièrement, de nom­breux tests d’an­ti­corps sont « extrê­me­ment peu fiables » et reposent sur des groupes repré­sen­ta­tifs dif­fi­ciles à construire. Mais, plus impor­tant encore, de nom­breuses per­sonnes qui ont été expo­sées au virus béné­fi­cie­raient d’autres types d’im­mu­nité qui n’ap­pa­raissent pas dans les tests d’an­ti­corps — soit pour des rai­sons géné­tiques, soit en raison d’im­mu­ni­tés pré­exis­tantes à des coro­na­vi­rus appa­ren­tés tels que le rhume. […]

Elle ne croit pas que le taux de R0 soit un outil utile pour prendre des déci­sions sur les poli­tiques gou­ver­ne­men­tales, car un taux de R0 dépend « prin­ci­pa­le­ment du nombre de per­sonnes immu­ni­sées » et nous n’a­vons pas cette infor­ma­tion. Elle consi­dère que les nombres de décès sont la seule mesure fiable et que le nombre de cas ne devrait même pas être pris en compte car il dépend for­te­ment de la quan­tité de tests effectués.

Début juin, des don­nées nou­velles ont été publiées qui ren­for­çaient l’hy­po­thèse de l’ac­qui­si­tion par cer­tains groupes humains d’une immu­nité adap­ta­tive suite à l’ex­po­si­tion anté­rieure à d’autres agents infec­tieux. On cite pour exemple le cas de per­sonnes âgées qui résis­taient bien au virus de la grippe H1N1, ayant conservé une réponse cyto­toxique CD8 acquise contre d’autres souches de virus qui cir­cu­laient dans les décen­nies pré­cé­dentes. Alba Grifoni et al. (14 maiA103) ont montré qu’il exis­tait des lym­pho­cytes T CD4+N60 pro­tec­teurs du SARS-CoV‑2 chez 40 à 60% des per­sonnes qui n’a­vaient pas été expo­sées à ce virus, ce que l’on peut qua­li­fier d’immu­nité croi­sée.

Fin mai a été publiée une expli­ca­tion du fait que les enfants sont net­te­ment mieux pro­té­gés contre le SARS-CoV‑2. Plusieurs fac­teurs entrent en compte, entre autres qu’ils ont déve­loppé des anti­corps lors d’ex­po­si­tions à d’autres virus aux­quels ils étaient plus sen­sibles que les per­sonnes âgées. Les auteurs de l’é­tude com­mentent (Carsetti R et al., 1er juinA78) :

Chez l’homme, les anti­corps natu­rels sont pro­duits par les MBC [lym­pho­cytes B à mémoireN61] innés ou IgM [N62], une popu­la­tion de MBC qui est géné­rée indé­pen­dam­ment des centres ger­mi­na­tifs et qui est la plus abon­dante chez les enfants. […] À partir de cette popu­la­tion de cel­lules B, triées dans le sang de jeunes adultes jamais expo­sés au virus de la grippe aviaire, nous avons cloné des anti­corps humains capables de neu­tra­li­ser divers sous-types de grippe H1, H2, H5, H6, H8 et H911. Ainsi, les MBC innés ou IgM peuvent se lier à de nom­breux micro-organismes incon­nus différents. […]

Avec le vieillis­se­ment, la mal­nu­tri­tion, l’im­mu­no­sup­pres­sion et les états de comor­bi­dité, notre sys­tème immu­ni­taire perd la capa­cité de s’a­dap­ter à la nou­veauté. Bien que les vac­cins soient la voie à suivre, dans des situa­tions d’ur­gence telles que la pan­dé­mie de COVID-19, l’en­quête et l’u­ti­li­sa­tion d’ou­tils immu­ni­taires dont la nature a doté les enfants pour­raient amé­lio­rer les résul­tats de la gestion.

À l’IHU de Marseille, les cher­cheurs ont signalé qu’un grand nombre d’en­fants avaient fabri­qué des anti­corps contre les coro­na­vi­rus en cir­cu­la­tion qui les touchent majo­ri­tai­re­ment lors d’é­pi­dé­mies annuelles, et que cette immu­nité était sus­cep­tible de les pro­té­ger aussi bien contre le SARS-CoV‑2 (2 juinA76).

La cam­pagne de tests séro­lo­giques d’an­ti­corps — qui bat­tait son plein début juin — est-elle légi­time pour offrir des « pas­se­ports d’im­mu­nité » dans le cadre du décon­fi­ne­ment ? L’OMS en doute, mais des cher­cheurs s’é­lèvent contre cette recherche à tout prix d’une preuve fac­tuelle de leur effi­ca­cité. Weinstein MC et al. écrivent dans le NEJM (5 juinA65) :

L’Organisation mon­diale de la santé (OMS) a publié les lignes direc­trices sui­vantes : « À ce stade de la pan­dé­mie, il n’y a pas suf­fi­sam­ment de preuves de l’ef­fi­ca­cité de l’im­mu­nité à média­tion par anti­corps pour garan­tir l’exac­ti­tude d’un “pas­se­port d’im­mu­nité” ou d’un “cer­ti­fi­cat sans risque”. »

L’OMS a raison de noter les nom­breuses incer­ti­tudes. Les anti­corps confèrent-ils une immu­nité et, si oui, pen­dant com­bien de temps ? Quelle est la pré­ci­sion du test d’an­ti­corps ? Quels sont les pré­ju­dices indi­vi­duels et col­lec­tifs qui peuvent être causés si des per­sonnes sans réelle immu­nité sont cer­ti­fiées pour retour­ner sur le lieu de tra­vail ? Quelle est la mesure du danger que des per­sonnes déses­pé­rées de retour­ner au tra­vail cherchent à s’ex­po­ser inten­tion­nel­le­ment au virus dans l’es­poir de déve­lop­per des anticorps ?

Mais nous pen­sons que l’OMS a tout à fait tort de sug­gé­rer que nous ne pou­vons pas agir tant que nous ne garan­tis­sons pas l’exac­ti­tude du pro­ces­sus de cer­ti­fi­ca­tion d’im­mu­nité. Des preuves irré­fu­tables et exi­geantes peuvent être appro­priées dans le monde étroit de la recherche scien­ti­fique savante. Mais dans le contexte d’une pan­dé­mie qui fait rage, nous n’a­vons tout sim­ple­ment pas le luxe de sus­pendre les déci­sions jus­qu’à ce que toutes les preuves per­ti­nentes puissent être ras­sem­blées. Ne pas agir est en soi une action qui entraîne des coûts et des consé­quences sani­taires considérables.

Less auteurs pour­sui­vaient en nous rame­nant au débat de la méde­cine fondée sur les faits (EBMN57) évoqué plus haut dans la contro­verse sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine (5 juinA65) :

Pour les soi­gnants, agir à partir d’ infor­ma­tions incom­plètes n’est pas une idée révo­lu­tion­naire. Pratiquer la méde­cine signi­fie s’ap­puyer sur des preuves impar­faites pour équi­li­brer au jour le jour les béné­fices et risques. Les méde­cins uti­lisent quo­ti­dien­ne­ment des tests d’une pré­ci­sion infé­rieure à 100%, sachant qu’il y aura tou­jours des faux posi­tifs et des faux néga­tifs. Lorsque nous jugeons que les avan­tages pro­bables d’agir sur un diag­nos­tic cor­rect l’emportent sur les incon­vé­nients pos­sibles d’une action erro­née sur un diag­nos­tic incor­rect, nous agis­sons. Nous choi­sis­sons de réa­li­ser des appen­di­cec­to­mies, par exemple, même si nous avons rare­ment des preuves irré­fu­tables que l’ap­pen­dice d’un patient est enflammé. Bien que nous arri­vions à des poli­tiques de santé publique et à des déci­sions cli­niques par dif­fé­rentes voies, dans les deux domaines, nous devons sou­vent faire des choix avec des preuves moins que parfaites. […]

Ceux qui pensent qu’au­cun avan­tage éco­no­mique ne jus­ti­fie le risque de pro­pa­ga­tion de la CoVID-19 peuvent se réfu­gier dans le choix de ne pas rou­vrir l’é­co­no­mie jus­qu’à ce que toute la popu­la­tion soit cou­verte par un vaccin com­plè­te­ment effi­cace ou qu’un trai­te­ment hau­te­ment effi­cace soit lar­ge­ment dis­po­nible. À l’autre extrême se trouve la solu­tion trou­vée par ceux qui vou­draient rou­vrir l’é­co­no­mie sans tenir compte des risques que les tra­vailleurs indi­vi­duels encour­raient et impo­se­raient aux autres. […]

[…] nous avons suf­fi­sam­ment de preuves et d’avis d’ex­perts pour prendre une déci­sion éclai­rée aujourd’­hui. Et nous pou­vons mettre en place des sys­tèmes de sur­veillance pour tirer des ensei­gne­ments de cette déci­sion afin de pou­voir faire des choix encore meilleurs demain.

Fin juin, on a assisté en Europe à ce que des propos alar­mistes dési­gnaient comme une deuxième vague mar­quée par des clus­ters impor­tants d’in­fec­tion, notam­ment autour d’a­bat­toirs en Allemagne. Certains com­men­ta­teurs objectent que les sta­tis­tiques enre­gistrent plus de cas d’in­fec­tions du simple fait de la géné­ra­li­sa­tion des tests, alors que le dis­cours offi­ciel met plutôt en garde contre le non-respect des règles sanitaires.

Le virus est en cir­cu­la­tion « à bas bruit » chez des sujets testés posi­tifs non-symptomatiques, ce qui a pour consé­quence directe que le taux de léta­lité (rap­port du nombre d’in­di­vi­dus décé­dés aux nombre d’in­di­vi­dus infec­tés) dimi­nue mathé­ma­ti­que­ment. C’est le cas aux États-Unis qui pra­tiquent un dépis­tage à grande échelle fin juin. Mais Christian Perronne semble igno­rer ce fait quand il affirme que la léta­lité cinq fois plus faible aux USA qu’en France prou­ve­rait que notre prise en charge des patients est inadéquate…

Il se peut aussi que le SARS-CoV‑2 ait perdu de sa viru­lence : au Royaume-Uni, les taux de décès de patients hos­pi­ta­li­sés fin juin — donc symp­to­ma­tiques — sont le quart de ceux pen­dant le pic de la vague ini­tiale (26 juinA46). Toutefois, début juillet l’OMS signa­lait que la pan­dé­mie était encore en pleine expan­sion, entre autres « hors de contrôle » aux États-Unis où le nombre de morts est vrai­sem­bla­ble­ment sous-évalué (1er juilletA43), en Inde et en Amérique du Sud : Brésil, Chili… Des clus­ters inquié­tants se sont pro­duits en Chine.

Dans sa lettre Spécial Coronavirus n°14 (3 juillet), le Journal inter­na­tio­nal de méde­cine (JIM​.fr) sou­li­gnait l’ef­fet trompe-l’œil des sta­tis­tiques com­pa­ra­tives entre les pays, les infor­ma­tions étant « par­fois ras­su­rantes lors­qu’elles pro­viennent de régions en phase pré­coce de décon­fi­ne­ment, sou­vent inquié­tantes quand elles émanent d’é­tats tou­chés plus récem­ment » :

Impression ren­for­cée lorsque l’on se penche à la fois sur l’é­vo­lu­tion du nombre de cas quo­ti­diens (tri­bu­taire des capa­ci­tés de dépis­tage par RT-PCR et donc le plus sou­vent en hausse) et sur celle du nombre jour­na­lier de morts impu­tables au virus.

Globalement si l’on se situe à l’é­chelle de la pla­nète dans son ensemble, les don­nées les plus fiables (nombre de décès) montrent un recul de la gra­vité de la pan­dé­mie avec par exemple 9796 décès le 30 avril 2020 contre 4193 le 1er juillet.

Au mois d’août a été émise l’hy­po­thèse d’une muta­tion du SARS-CoV2 qui l’au­rait rendu moins viru­lent, expli­quant le déca­lage entre une aug­men­ta­tion signi­fi­ca­tive du nombre de cas mais pas de celui des décès. Cette hypo­thèse semble avoir été écar­tée : des infec­tio­logues (dont Karine Lacombe) ont reconnu début sep­tembre qu’une variante du virus serait effec­ti­ve­ment en cir­cu­la­tion, mais qu’elle était déjà pré­sente en mars-avril sur le sol français.

Cette décla­ra­tion est contre­dite par des tra­vaux men­tion­nés par l’IHU de Marseille selon les­quels sept muta­tions auraient été repé­rées dès cet été, lais­sant espé­rer un affai­blis­se­ment de leur léta­lité : « Les muta­tions que nous voyons sont asso­ciés avec la dégra­da­tion des orga­nismes [du virus]. Quand ça se passe, c’est que ça va mal pour la bes­tiole », décla­rait Didier Raoult (9 sep­tembreA20). Pour d’autres détails sur les muta­tions du SARS-CoV‑2, voir l’ar­ticle d’Anne Goffard (13 sep­tembreA18). Les don­nées sont par­ta­gées sur la base de don­nées GISAIDN63.

Le suivi sur la pla­te­forme NextstrainN64 qui, fin sep­tembre, avait col­lecté près de 1500 génomes, montre que des muta­tions de l’ARN du SARS-CoV‑2 auraient lieu envi­ron tous les 15 jours. Le virus s’a­dapte à de nou­veaux ter­ri­toires et de nou­velles popu­la­tions. SW Long et son équipe en ont séquencé les génomes dans la région de Houston (Texas) et observé (16 sep­tembreA13) :

Pratiquement toutes les souches de la deuxième vague ont un acide aminé de rem­pla­ce­ment Gly614 de la pro­téine de pointe, un poly­mor­phisme qui a été lié à une trans­mis­sion et une infec­ti­vité accrues. Les patients infec­tés par les souches variantes Gly614 avaient des charges virales signi­fi­ca­ti­ve­ment plus éle­vées dans le naso­pha­rynx lors du diag­nos­tic ini­tial. Nous avons trouvé peu de preuves d’une rela­tion signi­fi­ca­tive entre les géno­types de virus et une modi­fi­ca­tion de la viru­lence sou­li­gnant le lien entre la gra­vité de la mala­die, les condi­tions médi­cales sous-jacentes et la géné­tique de l’hôte.

Au sujet de cet acide aminé 614 de la pro­téine de pointe, Anthony Fauci pré­ci­sait (25 sep­tembreA11) :

[…] c’est la partie du virus qui se lie au récep­teur ACE2, et dans des études in vitro et d’autres études, il semble que cela se lie plus faci­le­ment au récep­teur, ce qui sug­gé­re­rait peut-être que cela signi­fie qu’il est plus trans­mis­sible. Pas grand-chose sur la viru­lence mais plus trans­mis­sible. La décou­verte de la domi­nance de ce virus muté coïn­cide avec les gros pics que nous avons vus dans ce pays, vous pouvez donc inter­pré­ter qu’il devient plus trans­mis­sible et que le pic est dû à la muta­tion. Ou vous pouvez dire que le virus qui s’est pro­pagé si rapi­de­ment était le virus qui a conduit à cette muta­tion qui allait se pro­pa­ger plus rapi­de­ment de toute façon, mais vous devez garder à l’es­prit qu’il y a une pos­si­bi­lité qu’ap­pa­raissent des muta­tions qui pour­raient avoir une signi­fi­ca­tion fonctionnelle.

Hélène Banoun, phar­ma­cienne bio­lo­giste ancien­ne­ment char­gée de recherches à l’INSERM, a essayé d’ex­pli­quer par l’é­vo­lu­tion du virus la perte de viru­lence appa­rente du SARS-CoV‑2. Elle confirme ses obser­va­tions à la fin de l’été (sep­tembreA14) :

Il n’est pas impos­sible que tous les coro­na­vi­rus des rhumes banals, lorsque qu’ils ont sauté de l’a­ni­mal à l’homme (ils sont tous à l’o­ri­gine res­pon­sables de zoo­noses), aient com­mencé leur course évolutive comme le SARS-CoV‑2 avec une pandémie comme pour la Covid-19. Mais à l’époque les moyens d’in­ves­ti­ga­tions en viro­lo­gie et en bio­lo­gie moléculaire n’exis­taient pas et on ne les a pas repérés.

On connaît les autres coro­na­vi­rus des rhumes comme des virus banals ; les viro­lo­gistes alle­mands Ulf Dittmer et Christian Drosten pensent que le SARS-CoV‑2 pour­rait se trans­for­mer en virus de rhume banal (Dittmer et Drosten, 2020).

Cette évolution semble com­mune aux virus émergents (atténuation virale). Des muta­tions impor­tantes du point de vue évolutif sont appa­rues dans les gènes codant des protéines qui inter­agissent avec le système immu­ni­taire de l’hôte. Une des prin­ci­pales muta­tions (dans la polymérase virale) est logi­que­ment associée à une plus grande fréquence de muta­tions dans tout le génome. Cette fréquence fluc­tue au fil du temps et montre un pic au moment où l’épidémie a été la plus active. Ces deux phénomènes liés pour­raient donc expli­quer l’évolution vers un phénotype bénin du SARS-CoV‑2.

À mi-septembre, Lise Barnéoud a cité de nom­breux tra­vaux sur l’im­mu­nité face au SARS-CoV‑2 dans son article Covid et immu­nité : des pistes négli­gées ?, concluant qu’on sous-estime pro­ba­ble­ment la part de la popu­la­tion immu­ni­sée. Elle écri­vait notam­ment au sujet des cel­lules T (15 sep­tembreA15) :

Pour les scien­ti­fiques, les lym­pho­cytes T sont les véri­tables chefs d’orchestre de notre sys­tème immunitaire.

Les études qui se sont pen­chées sur ces cel­lules en trouvent quasi sys­té­ma­ti­que­ment dans le sang des per­sonnes qui ont été conta­mi­nées par le SARS-CoV‑2 (voir notam­ment les tra­vaux menés à Strasbourg […], en Suède […], à Berlin […] ou en Californie […]). Tout comme les IgA, on en détecte éga­le­ment chez des per­sonnes expo­sées au virus mais n’ayant jamais déve­loppé de symp­tômes et dont la séro­lo­gie clas­sique ne révèle aucun anti­corps cir­cu­lant. Dans l’étude sué­doise, parmi 30 per­sonnes proches de cas diag­nos­ti­qués et 55 don­neurs de sang, les deux tiers pré­sen­taient des lym­pho­cytes T dans leur sang mais pas d’anticorps IgG anti SARS-CoV‑2.

Plus frap­pant encore : on retrouve des lym­pho­cytes T qui réagissent au SARS-CoV‑2 dans des échan­tillons de sang pré­le­vés… avant 2019, donc avant la pan­dé­mie ! Dans l’étude menée en Californie, de tels lym­pho­cytes étaient ainsi détec­tés dans la moitié des 20 échan­tillons de sang pré­le­vés entre 2015 et 2018. « Cela pour­rait reflé­ter l’existence, chez cer­tains indi­vi­dus, d’une immu­nité croi­sée pré­exis­tante », concluent les auteurs. […]

Problème : mesu­rer et ana­ly­ser ces lym­pho­cytes T néces­site des tech­niques d’analyse beau­coup plus lourdes et coû­teuses que pour les anti­corps. Impossible pour l’heure de les tester en routine. […]

« Intuitivement, on peut penser que [les lym­pho­cytes T] nous pro­tègent mais l’immunologie est l’endroit où l’intuition se meurt », dit Donna Farber, micro­bio­lo­giste à l’université Columbia (New York). […]

Cependant, cette vision tron­quée pour­rait nous four­voyer dans le déve­lop­pe­ment des vac­cins. Bon nombre de pro­jets se concentrent uni­que­ment sur les anti­corps cir­cu­lants capables de neu­tra­li­ser une seule pro­téine du virus : la fameuse Spike [spi­cule].

Elle concluait (15 sep­tembreA15) :

La pan­dé­mie a révélé l’importance d’une réponse loca­li­sée et dif­fé­ren­ciée en fonc­tion des carac­té­ris­tiques des zones tou­chées. De même, il semble désor­mais néces­saire d’adopter un regard beau­coup plus ter­ri­to­ria­lisé et diver­si­fié de notre corps pour appré­hen­der son immunité.

Début octobre, les chiffres des conta­mi­na­tions et de hos­pi­ta­li­sa­tions, en France comme dans d’autres pays, appellent des com­men­taires divi­sés entre ceux qui croient détec­ter une « crois­sance expo­nen­tielle » de l’é­pi­dé­mie CoVID-19 et ceux qui décèlent au contraire un flé­chis­se­ment de son inci­dence. Dominique Dupagne s’ap­puyait sur ces don­nées pour conclure que nous ne serions pas au seuil d’une « deuxième vague » mais plutôt de « répliques » de moindre ampli­tude (1er octobreA10) :

La rela­tion inverse entre l’intensité des répliques et l’ampleur de la pre­mière vague sui­vant les régions confirme s’il en était besoin que l’immunité col­lec­tive est réelle. Cette immu­nité col­lec­tive n’est pas cor­rec­te­ment éva­luée par le taux de sujets séro­lo­gi­que­ment posi­tifs, c’est à dire por­tant des anti­corps diri­gés contre le SARS-CoV2 (immu­nité humo­rale). Ce n’est pas sur­pre­nant car nous savons que l’immunité dite « cel­lu­laire », impos­sible à détec­ter par des ana­lyses san­guines, joue un rôle impor­tant dans cette immu­nité collective.

Les hôpi­taux vont encore vivre des semaines dif­fi­ciles dans les zones où les répliques sont les plus fortes. Ils pour­raient être tran­si­toi­re­ment satu­rés, et ce risque jus­ti­fie plei­ne­ment des mesures dras­tiques loca­li­sées comme la fer­me­ture des bars et res­tau­rants à Marseille. Mais glo­ba­le­ment, nous avons mangé notre pain noir.

Faut-il pour autant relâ­cher notre vigi­lance ? Certainement pas. Cette situa­tion a été per­mise par les mesures mises en place depuis plu­sieurs mois comme l’imposition du masque à l’intérieur des bâti­ments et l’incitation forte au télé­tra­vail. Il faudra conti­nuer à res­pec­ter ces mesures indis­pen­sables quelques mois.

Les sta­tis­tiques ont mal­heu­reu­se­ment contre­dit cet opti­misme. Fin 2020, la deuxième vague est appa­rue, en France, comme plus coû­teuse que la pre­mière en vies humaines :

Source : A2

La piste de la « variolisation »

Cette piste a été sug­gé­rée par Monica Gandhi et George W Rutherford dans leur étude épi­dé­mio­lo­gique sur le port du masque (8 sep­tembreA21). Un extrait de leur article est dis­po­nible en fran­çais (B‑A Gaüzère, 5 octobreA9). Ils sont partis d’ob­ser­va­tions telles que :

Lors d’une épi­dé­mie sur­ve­nue sur un bateau de croi­sière argen­tin fermé, où les pas­sa­gers ont reçu des masques chi­rur­gi­caux et le per­son­nel des masques N95, le taux d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique a été de 81 % versus 20 % lors des pré­cé­dentes épi­dé­mies sur des bateaux de croi­sière sans mas­quage uni­ver­sel. Lors de deux récentes flam­bées dans des usines ali­men­taires amé­ri­caines, où tous les tra­vailleurs ont été obli­gés de porter des masques, la pro­por­tion d’in­fec­tions asymp­to­ma­tiques parmi plus de 500 per­sonnes infec­tées a été de 95 %, 5 % seule­ment pré­sen­tant des symp­tômes légers à modé­rés. Les taux de léta­lité dans les pays où le mas­quage est obli­ga­toire ou appli­qué à l’en­semble de la popu­la­tion sont restés faibles, même après la levée du confinement.

La vario­li­sa­tionN65 était un pro­ces­sus par lequel les per­sonnes sen­sibles à la variole étaient ino­cu­lées avec du maté­riel pré­levé sur une vési­cule d’une per­sonne atteinte de variole, dans le but de pro­vo­quer une infec­tion légère et une immu­nité sub­sé­quente. La vario­li­sa­tion n’a été pra­ti­quée que jus­qu’à l’in­tro­duc­tion du vaccin vario­lique, qui a fina­le­ment éra­di­qué la variole.

Une autre obser­va­tion est que la dose de virus reçue à l’in­fec­tion serait cor­ré­lée à la gra­vité des symp­tômes obser­vés, comme véri­fié par une expé­ri­men­ta­tion ani­male : « […] des doses plus éle­vées de virus admi­nis­trées ont conduit à des mani­fes­ta­tions plus graves de Covid-19 dans un modèle de ham­ster syrien d’in­fec­tion par le SARS-CoV‑2 » (14 juilletA33). Par consé­quent, bien qu’une per­sonne pro­té­gée par un masque ne soit pas tota­le­ment à l’abri d’une conta­mi­na­tion, la faible quan­tité de virus trans­mis pour­rait induire chez elle une infec­tion asymp­to­ma­tique ou avec des symp­tômes très atté­nués (8 sep­tembreA21) :

Le taux typique d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique par le SARS-CoV‑2 a été estimé à 40% par le CDC [Center for Disease Control aux USA] à la mi-juillet, mais les taux d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique seraient supé­rieurs à 80% dans les milieux avec mas­quage facial uni­ver­sel, ce qui four­nit des preuves d’ob­ser­va­tion pour cette hypo­thèse. Les pays qui ont adopté le mas­quage à l’é­chelle de la popu­la­tion ont obtenu de meilleurs résul­tats en termes de taux de mala­dies graves liées à la Covid et de décès, ce qui, dans des envi­ron­ne­ments où les tests sont limi­tés, sug­gère un pas­sage des infec­tions symp­to­ma­tiques aux infec­tions asymp­to­ma­tiques. Une autre expé­rience du modèle de ham­ster syrien a simulé le mas­quage chi­rur­gi­cal des ani­maux et a montré qu’a­vec le mas­quage simulé, les ham­sters étaient moins sus­cep­tibles d’être infec­tés, et s’ils étaient infec­tés, ils étaient soit asymp­to­ma­tiques ou avaient des symp­tômes plus légers que les ham­sters non masqués.

Vers un vaccin ?

La pers­pec­tive d’un vaccin reste loin­taine malgré la com­mu­ni­ca­tion média­tique des équipes enga­gées sur ce projet et les spé­cu­la­tions dont il fait l’ob­jet sur les mar­chés finan­ciers (19 maiA99) malgré son inexis­tence — cer­tains réus­sissent à vendre la peau de l’ours avant de l’a­voir tué

Christian Bréchot, viro­logue, ancien direc­teur de l’Inserm et de l’Institut Pasteur, aujourd’hui pré­sident du Global Virus Network (GVNN66), décla­rait sur France Info le 11 avrilA143 : « Jusqu’à pré­sent per­sonne n’a fait un vaccin effi­cace contre un coro­na­vi­rus humain. Je pense qu’on y arri­vera, mais ça n’est pas simple. » D’autres spé­cia­listes estiment que cette absence de résul­tat serait plutôt liée au moindre inves­tis­se­ment sur les épi­dé­mies pré­cé­dentes : une cen­taine de pro­jets de vac­cins étaient à l’é­tude début mai. Les stra­té­gies cor­res­pon­dantes ont été décrites par Pandey SC et al. qui concluent (12 juinA59) :

[…] des études pré­cli­niques sur les can­di­dats vac­cins SAR-CoV‑2 devront peut-être être menées paral­lè­le­ment aux essais cli­niques. Mais en réa­lité, les vac­cins contre le SARS-CoV‑2 ne seront pas dis­po­nibles avant 12 à 18 mois en raison des limi­ta­tions telles que l’in­dis­po­ni­bi­lité de modèles ani­maux appro­priés pour véri­fier l’ef­fi­ca­cité et la toxi­cité avant de passer aux essais cli­niques. De plus, ils doivent être conformes aux bonnes pra­tiques de fabri­ca­tion (cGMP) pour assu­rer la sécu­rité des humains.

Dans un article bien docu­menté (3 maiA117), Emma Khan déve­loppe l’ar­gu­men­taire suivant :

L’immunité de groupe est une notion qui repose uni­que­ment sur des modé­li­sa­tions mathé­ma­tiques tirées d’observations à partir de la rou­geole pen­dant l’ère pré-vaccinale. Ces modé­li­sa­tions et les stra­té­gies pré­ven­tives qui en sont issues ont failli à éra­di­quer cette maladie […]

L’OMS avait pour­tant pré­venu en 1949N67 de l’impossibilité d’éradiquer la mala­die avec un vaccin qui ne confé­re­rait pas une immu­nité aussi solide que celle de la mala­die… On observe tou­jours des flam­bées de rou­geole dans des popu­la­tions vac­ci­nées à 99% (pour­cen­tage des enfants de 2 ans), et ceci est dû soit à des échecs pri­maires (non répon­deur au vaccin) soit à des échecs secon­daires (immu­nité décrois­sante avec le temps)… De plus de fortes contraintes géné­tiques sont garantes de la sta­bi­lité du virus de la rou­geole ; au contraire des coro­na­vi­rus qui sont très sus­cep­tibles de muter.

[Les stra­té­gies pré­ven­tives] failli­ront encore plus à mai­tri­ser le Covid-19 dû à un virus émergent, donc mal connu, dont les carac­té­ris­tiques en termes épi­dé­mio­lo­giques semblent bien loin de celui de la rou­geole, d’après ce qu’on sait du SARS-CoV de 2003 et de ce qu’on a appris du SARS-CoV‑2.

Les ten­ta­tives pour mettre au point un vaccin contre le SARS de 2003 (dû à un proche parent de SARS-CoV‑2) ont toutes échoué depuis, en par­ti­cu­lier à cause de la sur­ve­nue de graves phé­no­mènes immuno-pathologiques, dont la redou­table faci­li­ta­tion de l’infection induite par cer­tains types d’anticorps. […]

[Selon] deux étudesA135 (une alle­mande et l’autre chi­noise) sur la séro­lo­gie, la pré­sence d’anticorps n’est pas cor­ré­lée à la dis­pa­ri­tion du virus (les anti­corps ne sont donc pas « neu­tra­li­sants » in vivo contrai­re­ment à ce qui se passe in vitro).

[…] les médias conti­nuent à écrire « anti­corps neu­tra­li­sants » sans pré­ci­ser qu’il s’agit d’une neu­tra­li­sa­tion IN VITRO et que IN VIVO, ces anti­corps [« de liai­son »N68] semblent plutôt jouer un rôle facilitateur…

Un article de RL Ropert & KE Rehm sur les ten­ta­tives pré­cé­dentes de vac­ci­na­tion contre des coro­na­vi­rus SARS est cité à l’ap­pui (2009A209) :

La plus grande crainte chez les vac­ci­no­logues est la créa­tion d’un vaccin qui serait non seule­ment inef­fi­cace, mais qui exa­cer­be­rait la mala­die [Antibody Dependent Enhancement, ADEN69]. Malheureusement, les vac­cins contre la CoV ont des anté­cé­dents d’aug­men­ta­tion de la mala­die, notam­ment avec les CoV félins.

Des articles récents comme celui publié dans Nature (21 avrilA132) ren­forcent cette crainte. On peut lire sur Wikipedia Antibody Dependent Enhancement (ADEN69) :

L’ADE est peut-être la raison pour laquelle l’é­vo­lu­tion du SRAS et du COVID-19 est plus grave pour les per­sonnes âgées que pour les per­sonnes plus jeunes. Il est pro­bable que chez les per­sonnes âgées, la pro­duc­tion d’an­ti­corps est plus lente et, au moment où les anti­corps sont déve­lop­pés avec un taux suf­fi­sant pour neu­tra­li­ser le virus, le virus a changé ses déter­mi­nants anti­gé­niques. Dans ce cas, les anti­corps neu­tra­li­sants immuno-dominants pour­raient com­men­cer à former des com­plexes instables avec la nou­velle forme du virus et com­men­cer à infec­ter les monocytes/macrophages, cau­sant l’ADE. Ce pro­ces­sus peut déclen­cher une infec­tion géné­ra­li­sée des cel­lules immu­ni­taires dans plu­sieurs organes et une tem­pête de cyto­kinesN70.

Autrement dit, un indi­vidu vac­ciné serait a priori jugé « immu­nisé » en raison du taux impor­tant d’an­ti­corps — seul cri­tère d’ef­fi­ca­cité d’un vaccin — jus­qu’au moment où il serait confronté au virus sau­vage dont la péné­tra­tion serait au contraire faci­li­tée par les anti­corps de liai­son. C’est ce qui s’est pro­duit avec des ten­ta­tives de vac­cins contre la dengueN71, le virus res­pi­ra­toire syn­cy­tial (SRVN72) et le SARSN73. Quatre vac­cins contre le SARS admi­nis­trés à des furets parais­saient par­fai­te­ment effi­caces, vue l’aug­men­ta­tion de leurs taux d’an­ti­corps, jus­qu’à ce que ces ani­maux soient expo­sés au virus et meurent à cause de ce ren­for­ce­ment immu­ni­taire. Dans les années 1960, un essai de vac­ci­na­tion contre le SRV en urgence sur 35 enfants — sans expé­ri­men­ta­tion ani­male préa­lable — s’é­tait déjà soldé par deux décès, sus­ci­tant une vive émo­tion (1998A211).

Il est donc risqué de griller les étapes des essais, comme cela semble être le cas dans la course aux vac­cins CoVID-19. Toutefois, les tra­vaux d’im­mu­no­logues tendent à mini­mi­ser ce risque de ren­for­ce­ment de la mala­die par les anti­corps. Selon A Grifoni et col­lègues (14 maiA103 page 8) :

Il y a eu des inquié­tudes au sujet de l’aug­men­ta­tion vac­ci­nale de la mala­die selon cer­taines approches vac­ci­nales de la COVID-19, via l’a­mé­lio­ra­tion immu­no­dé­pen­dante (ADE) ou le déve­lop­pe­ment de réponses TH2 […]. Ici, nous avons vu des réponses TH1 pré­do­mi­nantes dans les cas de conva­les­cents de COVID-19, avec peu ou pas de cyto­kines TH2. Il est clair que d’autres études sont néces­saires, mais les don­nées ici semblent repré­sen­ter prin­ci­pa­le­ment une réponse clas­sique du TH1 au SARS-CoV‑2.

Administrés en mai à des volon­taires humains en par­faite santé, les nou­veaux vac­cins de Pfizer et BioNTech uti­lisent des tech­niques nou­velles de défense dont on ignore les risques : aucune expé­ri­men­ta­tion ani­male n’a pré­cédé cet essai et les sujets ne seront pas sys­té­ma­ti­que­ment expo­sés au virus sau­vage après vac­ci­na­tion (5 maiA115). L’ADE n’est pas le seul effet indé­si­rable en cause. L Peeples écrit (14 avrilA141) :

Ce retour de flamme immu­ni­taire, ou « ren­for­ce­ment immu­ni­taire », peut se mani­fes­ter de dif­fé­rentes manières, comme un ren­for­ce­ment dépen­dant des anti­corps (ADE), un pro­ces­sus dans lequel un virus uti­lise des anti­corps pour aider l’in­fec­tion ; ou le ren­for­ce­ment cel­lu­laire, une caté­go­rie qui inclut l’in­flam­ma­tion aller­gique causée par l’im­mu­no­pa­tho­lo­gie Th2 [N74]. Dans cer­tains cas, les pro­ces­sus de ren­for­ce­ment peuvent se super­po­ser. Un débat scien­ti­fique est en cours pour déter­mi­ner les­quels, le cas échéant, de ces phé­no­mènes — pour les­quels les méca­nismes exacts res­tent flous — pour­raient être en jeu avec le nou­veau coro­na­vi­rus, et com­ment ils pour­raient affec­ter le succès des can­di­dats vaccins.

Un autre vaccin déve­loppé à l’Université d’Oxford (UK) et testé en effi­ca­cité sur des macaques rhésusN75 pour­rait être dis­tri­bué dès sep­tembre 2020 à plu­sieurs mil­lions de doses. Commentaire (27 avrilA124) :

« Nous sommes seuls dans ce pays à sou­hai­ter que le nombre de nou­velles infec­tions reste élevé pen­dant quelques semaines, afin que nous puis­sions tester notre vaccin », a déclaré le pro­fes­seur Adrian Hill, direc­teur du Jenner Institute et l’un des cinq cher­cheurs impli­qués dans le projet […]

Les règles d’é­thique, en tant que prin­cipe géné­ral, inter­disent de cher­cher à infec­ter les par­ti­ci­pants aux tests humains avec une mala­die grave. Cela signi­fie que la seule façon de prou­ver qu’un vaccin fonc­tionne est d’i­no­cu­ler les gens dans un endroit où le virus se pro­page natu­rel­le­ment autour d’eux.

Si les mesures de dis­tan­cia­tion sociale ou d’autres fac­teurs conti­nuent de ralen­tir le taux de nou­velles infec­tions en Grande-Bretagne, a‑t-il déclaré, l’es­sai pour­rait ne pas être en mesure de mon­trer que le vaccin fait une dif­fé­rence : les par­ti­ci­pants qui ont reçu un pla­cebo pour­raient ne pas être infec­tés plus fré­quem­ment que ceux qui ont reçu le vaccin. Les scien­ti­fiques devraient rées­sayer ailleurs, un dilemme auquel tous les autres efforts de vac­ci­na­tion seront éga­le­ment confrontés.

Au sujet de ce vaccin, Anthony King écrit (30 juinA44) :

Les résul­tats pré­li­mi­naires de six singes vac­ci­nés soumis à une expo­si­tion au Sars-CoV‑2 ont révélé qu’ils n’a­vaient pas déve­loppé de Covid-19 dans leurs pou­mons, mais les charges virales dans leur nez étaient les mêmes que celles des singes non vac­ci­nés. Cela pour­rait signi­fier que ceux qui reçoivent le vaccin seraient pro­té­gés mais pour­raient encore en infec­ter d’autres. Ce phé­no­mène avait été signalé pour le vaccin anti­co­que­lu­cheux acellulaire.

Toutefois, un édi­to­rial de The Spectator (15 juillet) est plus optimiste :

Une étude à venir dans le Lancet devrait mon­trer des résul­tats posi­tifs des essais jus­qu’à pré­sent, avec des anti­corps et des cel­lules T géné­rés en réponse au vaccin. […]

Le marché se sent confiant : les actions AstraZeneca ont connu une nette hausse après l’an­nonce de Peston. Mais dans quelle mesure sommes-nous proches du succès ? Les repré­sen­tants d’Oxford ont vanté la pos­si­bi­lité qu’un vaccin soit prêt dès sep­tembre, mais c’est un scé­na­rio extrê­me­ment opti­miste. Le vaccin devra faire ses preuves en dehors d’un labo­ra­toire contrôlé et fonc­tion­ner non seule­ment pour les plus aptes et les plus sains, mais aussi pour ceux dont le sys­tème immu­ni­taire est com­pro­mis. Il y aura éga­le­ment un déca­lage entre le test du vaccin sur l’homme et l’at­tente de voir quel est le taux d’in­fec­tion chez ceux qui l’ont reçu. Bref, avoir un vaccin prêt au début de l’au­tomne néces­si­te­rait non seule­ment un fonc­tion­ne­ment spec­ta­cu­laire, mais aussi une effi­ca­cité étonnante.

Dans le clan pes­si­miste, Emma Khan constate que les pro­jets de déve­lop­pe­ment de vac­cins contre la CoVID-19 sont plutôt l’œuvre de star­tups que de grands indus­triels des vac­cins : « Les meilleurs experts de l’industrie savent déjà que les vac­cins anti-coronavirus sont trop ris­qués, ils induisent la faci­li­ta­tion [enhan­ce­ment] et des phé­no­mènes immuno-pathologiques » (3 maiA117). Elle sug­gère enfin :

L’Institut Pasteur n’a pas lancé d’essai cli­nique, par contre les actions de Moderna et Inovio grimpent en flèche à la bourse ; leurs déten­teurs pour­ront donc les revendre juste avant que les résul­tats catas­tro­phiques des études cli­niques soient révé­lés voire jamais publiés.

Bernard Guennebaud écrit dans un com­men­taire (3 maiA117) : « Des États ont déjà pra­ti­que­ment acheté des vac­cins qui n’existent pas, ils font un chèque en blanc. Le monde du vaccin joue ici à quitte ou double. » Ceux qui prennent un tel risque (finan­cier) ont inté­rêt à entre­te­nir la confu­sion au sujet de solu­tions « alter­na­tives », vite qua­li­fiées de fake news, ainsi qu’à dis­cré­di­ter tout repo­si­tion­ne­ment de médi­ca­ments rele­vant du domaine public. Les lois du marché ne sont pas en phase avec les impé­ra­tifs de santé publique.

Anthony Fauci, conseiller de la Maison Blanche en matière de santé, craint que l’im­mu­nité acquise contre le SARS-CoV‑2 ne soit que de courte durée — quelques mois — de sorte que le vaccin serait admi­nis­tré de manière « sai­son­nière » comme celui contre la grippe (2 juinA72).

La Chine a annoncé le 1er juillet qu’elle allait lancer une cam­pagne de vac­ci­na­tion de BBIBP-CorV (6 juinA63) dans son per­son­nel militaire.

Lise Barnéoud (4 maiA104) revient sur les taux de léta­lité qui seraient en France de 10% chez les plus de 80 ans et seule­ment 0.02% chez le moins de 40 ans. Il s’en­suit que la prio­rité du vaccin serait la pro­tec­tion des per­sonnes âgées. Mais pro­blème : « Plus on vieillit, moins les vac­ci­na­tions sont effi­caces ». Elle cite David Dowling, immu­no­lo­giste au Boston Children’s Hospital, décla­rant : « Les équipes déve­loppent des vac­cins conçus pour les adultes en bonne santé. Nous sommes en train de faire une grosse erreur ». Elle ajoute (4 maiA104) :

Ce pro­blème est bien connu pour le vaccin contre la grippe, dont la cible est éga­le­ment les per­sonnes âgées. Cette vac­ci­na­tion ne dimi­nue que de 35 % en moyenne la mor­ta­lité chez les plus de 65 ans. D’où la stra­té­gie de cer­tains pays, comme la Finlande, le Royaume-Uni ou cer­tains États des États-Unis, de vac­ci­ner les enfants, prin­ci­pal réser­voir de la grippe et chez qui le vaccin est beau­coup plus effi­cace, afin de limi­ter la cir­cu­la­tion de ce virus et ainsi, pro­té­ger les per­sonnes âgées. Toutefois, à l’inverse de la grippe, les enfants de moins de 10 ans pour­raient ne pas être les prin­ci­paux vec­teurs actuellement.

Fin août, l’é­tude CoVaPredN76 en France, des­ti­née à « mieux com­prendre les mesures de pro­tec­tion adop­tées par la popu­la­tion contre le Covid-19, d’autre part, éva­luer son inten­tion de se faire vac­ci­ner lorsqu’un vaccin sera dis­po­nible », n’est acces­sible qu’aux per­sonnes âgées de 18 à 64 ans, ce qui confirme qu’au­cun vaccin ne serait pro­posé aux per­sonnes âgées les plus mena­cées par la CoVID-19. Le Dr. Gérard Maudrux s’in­digne (23 aoûtA26) :

Mais qu’ont-ils dans la tête ces cher­cheurs, ces fonc­tion­naires, plu­sieurs dizaines à avoir plan­ché sur ce son­dage dans ces dif­fé­rents orga­nismes pour sortir cela ? Moi qui les finance avec mes impôts, si je ne les inté­resse pas, je demande à être rem­boursé ! Si je ne compte pas, rendez-moi mes sous et j’en fais mon affaire.

En France, le taux de léta­lité de la CoVID-19 chez les moins de 20 ans est de 0.001%, net­te­ment infé­rieur à celui de toutes les mala­dies infec­tieuses contre les­quelles les enfants sont actuel­le­ment vac­ci­nés (Barnéoud L, 4 maiA104) :

Ce faible taux de léta­lité implique une contre­par­tie quasi impos­sible à assu­rer : pour que la balance bénéfice/risque d’un vaccin contre le Sars-CoV‑2 soit posi­tive pour cette caté­go­rie d’âge, il est néces­saire de s’assurer qu’il pré­sente un taux d’événements indé­si­rables graves infé­rieur à 1 pour 100 000. Or, aucun essai cli­nique, a for­tiori mené en urgence, ne porte sur une popu­la­tion si large. Les équipes enga­gées dans cette voie annoncent des essais sur quelques cen­taines d’individus, 2500 pour le plus ambitieux.

Ainsi, vac­ci­ner cette caté­go­rie d’âge posera inévi­ta­ble­ment une ques­tion éthique très déli­cate : non seule­ment les enfants n’auraient pas grand-chose à gagner à titre indi­vi­duel d’une telle vac­ci­na­tion, mais leur balance bénéfice/risque res­tera incon­nue tant que l’on ne béné­fi­ciera pas d’un recul sur plus de 100 000 per­sonnes vaccinées.

D’autres pro­blèmes sont signa­lés dans le même article (4 maiA104) qui fait état de nom­breux débats scien­ti­fiques comme l’in­cer­ti­tude sur la pré­sence d’anticorps neu­tra­li­sants à des niveaux com­pa­rables ou supé­rieurs à ceux d’individus conva­les­cents. Même si le vaccin pro­tège l’in­di­vidu vac­ciné, il n’est pas garanti qu’il l’empêche de trans­mettre le virus. C’est notam­ment le pro­blème de ceux contre la polio­myé­lite et la diphtérie.

Un vaccin est un médi­ca­ment comme un autre, ce qui sup­pose que sa mise en cir­cu­la­tion devrait être déci­dée sur la base de la balance bénéfice-risqueN77. Marc Girard écrit à ce sujet, en pré­sen­ta­tion de la redif­fu­sion son ouvrage (publié en 2009) Alertes grip­pales – com­prendre et choi­sir (mai 2020N55) :

Curieusement, alors que les auto­ri­tés sani­taires et poli­tiques s’acharnent à démon­trer que le risque des vac­cins est tel­le­ment minime qu’on peut qua­si­ment l’ignorer, il s’avère – on per­met­tra au spé­cia­liste de phar­ma­co­vi­gi­lance de parler de ce qu’il connaît – que parmi tous les médi­ca­ments, les vac­cins posent des pro­blèmes de tolé­rance extrê­me­ment ardus à résoudre : i) un suivi sur le long terme (les vac­cins sont géné­ra­le­ment sup­po­sés exer­cer leur effet durant des années, voire des décen­nies) ; ii) un risque de réac­tion immu­ni­taire d’autant plus signi­fi­ca­tif que les expo­si­tions aux vac­cins auront été mul­tiples ou répé­tées (la “mosaïque de l’auto-immunité”) ; iii) l’effet d’échelle : une com­pli­ca­tion sur­ve­nant chez un patient sur 10 000 n’a qua­si­ment aucune chance d’être obser­vée si la population-cible est de 5000 patients, alors qu’elle va géné­rer une catas­trophe si la population-cible est de 68 mil­lions de per­sonnes (vac­ci­na­tion “uni­ver­selle” ou “obli­ga­toire” à l’échelle d’un pays comme la France) : 68 000 vic­times à peu près…

Il devient de plus en plus dif­fi­cile de recru­ter des sujets pour des études thé­ra­peu­tiques sur la CoVID-19 — médi­ca­ments ou vac­cins — en raison de leur crainte face aux com­pli­ca­tions mécon­nues de cette mala­die, mais aussi parce que le nombre de cas ne cesse de dimi­nuer en Europe. Une autre stra­té­gie de recru­te­ment est donc envi­sa­gée (24 juinA48) :

[…] dès le début du mois d’avril, cer­taines équipes amé­ri­caines mais aussi bri­tan­niques ont sérieu­se­ment envi­sagé de pou­voir renouer avec la stra­té­gie du chal­lenge infec­tieux. Il s’agit non plus d’évaluer l’efficacité du vaccin grâce à un test dans les condi­tions de vie réelle, mais d’infecter quelques volon­taires sains, pour mesu­rer la réponse immu­ni­taire confé­rée par le virus. Employée jusque dans les années 70, cette tech­nique a été écar­tée pour des rai­sons éthiques évi­dentes. Cependant, elle n’est pas stric­te­ment pro­hi­bée par les ins­tances internationales. […]

[…] l’Organisation mon­diale de la santé, dans une note publiée début mai, n’émet pas d’opposition abso­lue, mais juge indis­pen­sable d’imposer des cri­tères très stricts de sélec­tion des sujets. Ils devront néces­sai­re­ment être jeunes, en bonne santé, expo­sés au virus, mais sans exer­cer de pro­fes­sions consi­dé­rées comme essen­tielles… Non seule­ment ces cri­tères peuvent être consi­dé­rés comme éthi­que­ment dis­cu­tables, mais sont éga­le­ment une entrave à une bonne repré­sen­ta­ti­vité de la popu­la­tion, alors que la Covid-19 est prin­ci­pa­le­ment un danger chez les plus âgés (et chez des sujets atteints par cer­taines patho­lo­gies chro­niques comme l’o­bé­sité) dont la réponse spé­ci­fique du sys­tème immu­ni­taire pour­rait être une clé impor­tante pour l’élaboration d’un vaccin effi­cace (et en tout cas pour l’évaluation de son efficacité). […]

Ainsi, alors que cer­tains spé­cia­listes ont pu défendre le recours à une pro­cé­dure « extra­or­di­naire », d’autres comme William Haseltine, pré­sident du think tank Access Health International et ancien pro­fes­seur à l’école de méde­cine de Harvard, sont convain­cus que « dans le cas pré­sent, cette pro­cé­dure extra­or­di­naire n’est ni néces­saire, ni effi­cace, ni éthique ».

Fin juin, Anthony King (30 juinA44) décrit les types de vac­cins anti CoVID-19 en cours d’es­sais à l’état cli­nique ou préclinique :

De bonnes don­nées [en expé­ri­men­ta­tion] ani­male peuvent mettre en évi­dence des pro­blèmes de sécu­rité et d’ef­fi­ca­cité, mais en fin de compte, les vac­cins doivent être testés chez l’homme. Une façon d’ac­cé­lé­rer les choses serait d’in­fec­ter avec un virus vivant déli­bé­ré­ment des adultes vac­ci­nés en bonne santé — une stra­té­gie qui pré­sente des dan­gers évidents. […]

Un cer­tain nombre de pro­duc­teurs de vac­cins disent qu’ils envi­sagent un déploie­ment à l’au­tomne. Certains scien­ti­fiques estiment que les vac­cins pour­raient être plus lar­ge­ment dis­po­nibles au début de 2021 en Europe et en Amérique du Nord. Le défi de fabri­quer des mil­liards de doses de vac­cins, en par­ti­cu­lier dans le cas de nou­velles pla­te­formes, ne devrait pas être sous-estimé.

La course fré­né­tique au vaccin pour­rait avoir un effet néfaste sur la pan­dé­mie. Richard Peto, pro­fes­seur de sta­tis­tique médi­cale à l’université d’Oxford et conseiller de l’OMS, décla­rait à The Guardian (30 aoûtA22) :

Même si le pre­mier vaccin dis­po­nible ne pro­té­geait qu’une mino­rité de la popu­la­tion, il serait pris comme réfé­rence à partir de laquelle l’efficacité des pro­duits ulté­rieurs serait mesu­rée. Ce qui pour­rait conduire à la vali­da­tion de vac­cins de qua­lité médiocre car ils n’auraient pas à démon­trer qu’ils sont meilleurs.

Le pré­sident Trump a créé la sur­prise en sug­gé­rant, début sep­tembre, qu’un vaccin contre la CoVID-19 pour­rait être dis­po­nible avant le 3 novembre, jour de l’é­lec­tion pré­si­den­tielle amé­ri­caine, et que pour cela la Food and Drug Administration (FDA) pour­rait déli­vrer une auto­ri­sa­tion excep­tion­nelle de mise sur marché avant la fin des essais cli­niques de phase 3 sup­po­sés mesu­rer l’ef­fi­ca­cité du vaccin. Cette annonce a sus­cité la réac­tion des diri­geants de 9 com­pa­gnies phar­ma­ceu­tiques — enga­gées dans la course au vaccin — décla­rant qu’elles n’ho­no­re­raient pas cette appro­ba­tion hâtive et qu’elles « s’en tien­draient à la science » (plutôt qu’au calen­drier électoral). 

Jerry Avorn et Aaron S. Kesselheim écrivent dans le New England Journal of Medicine (15 sep­tembreA16) :

Les chefs de file de l’in­dus­trie qui ont signé cet enga­ge­ment ont com­pris que dans un pays déjà méfiant à la fois des vac­cins et des fabri­cants de médi­ca­ments, l’ap­pro­ba­tion pré­ci­pi­tée des vac­cins suivie de consé­quences impré­vues pour­rait gra­ve­ment nuire à la fois à leur cré­di­bi­lité et à la confiance de la popu­la­tion dans la vaccination… […]

L’engagement des fabri­cants sti­pu­lait que toute demande d’ap­pro­ba­tion de vaccin ou d’au­to­ri­sa­tion de mise sur le marché en urgence (EUA) auprès de la FDA néces­si­te­rait des don­nées « démon­trant l’in­no­cuité et l’ef­fi­ca­cité par le biais d’une étude cli­nique de phase 3 conçue et menée pour répondre aux exi­gences des auto­ri­tés régle­men­taires com­pé­tentes telles que [la] FDA. » Les direc­tives de la FDA publiées le 30 juin indiquent que pour appro­ba­tion, un vaccin doit démon­trer une réduc­tion de 50% ou plus de l’in­ci­dence ou de la gra­vité de l’in­fec­tion à Covid-19 par rap­port au pla­cebo, une barre rela­ti­ve­ment élevée. La com­bi­nai­son néces­saire de temps-personne et de l’in­ci­dence de la mala­die est décou­ra­geante : avec des taux de cas qui pla­fonnent ou chutent dans de nom­breux endroits où des essais sont menés, il est plau­sible qu’à la fin octobre, aucun essai n’ait accu­mulé suf­fi­sam­ment d’é­vé­ne­ments cli­niques pour démon­trer une dif­fé­rence sta­tis­ti­que­ment signi­fi­ca­tive dans cette mesure d’efficacité.

Mais le docu­ment d’o­rien­ta­tion de la FDA auto­ri­sait éga­le­ment une EUA ou une appro­ba­tion accé­lé­rée si l’ef­fi­ca­cité est sug­gé­rée par des chan­ge­ments dans une mesure de sub­sti­tu­tion « rai­son­na­ble­ment sus­cep­tible de pré­dire » la pro­tec­tion contre le SARS-CoV‑2. Cette mesure pour­rait être sim­ple­ment un chan­ge­ment des taux d’an­ti­corps – la variable la plus sus­cep­tible de démon­trer une dif­fé­rence sta­tis­ti­que­ment signi­fi­ca­tive le jour du scrutin. […]

Mais si un titre d’an­ti­corps est uti­lisé comme preuve d’ef­fi­ca­cité pour une appro­ba­tion pré­coce, sa signi­fi­ca­tion cli­nique pour­rait être dif­fi­cile à éva­luer, étant donné que la com­mu­nauté médi­cale connaît cette infec­tion depuis moins de 10 mois. Quel niveau d’an­ti­corps pour­rait être prédit de manière fiable pour confé­rer une immu­nité ? Quel anti­corps exac­te­ment ? Pour quelle durée ? Atteindre des niveaux simi­laires à ceux obser­vés chez les patients guéris peut ne pas être suf­fi­sam­ment convain­cant, car nous sommes encore en train d’ap­prendre dans quelle mesure une telle immu­nité natu­relle confère une pro­tec­tion contre l’in­fec­tion et pen­dant com­bien de temps. Le lien entre une mesure de sub­sti­tu­tion non vali­dée et un béné­fice cli­nique est au mieux dif­fi­cile, mais il l’est par­ti­cu­liè­re­ment pour une mala­die émer­gente avec laquelle nous avons une expé­rience cli­nique limi­tée. Et au-delà de l’ef­fi­ca­cité, un vaccin qui aug­mente les niveaux d’an­ti­corps ou réduit la gra­vité de la Covid-19 réduira-t-il éga­le­ment la conta­gio­sité chez un patient vac­ciné ? Pas néces­sai­re­ment — ques­tion impor­tante à consi­dé­rer pour éva­luer son impact sur la santé publique. […]

Les essais cli­niques de phase 3 sont géné­ra­le­ment dimen­sion­nés pour démon­trer l’ef­fi­ca­cité, mais ils ont une puis­sance limi­tée pour éva­luer les évé­ne­ments indé­si­rables. Ainsi, la pro­messe de mener à son terme un essai de phase 3 ne défi­nira pas en soi de manière adé­quate la sécu­rité d’un vaccin. Les infor­ma­tions sur les évé­ne­ments indé­si­rables pro­ve­nant d’un essai de phase 3 dépen­dront des types de patients ins­crits, de la durée de l’es­sai et de la manière dont les évé­ne­ments indé­si­rables sont déter­mi­nés. Les réponses les plus claires sur les risques ne vien­dront qu’a­près une uti­li­sa­tion géné­ra­li­sée par des cen­taines de mil­liers de per­sonnes, sui­vies de sys­tèmes de sur­veillance post-approbation sys­té­ma­tiques capables de détec­ter et de quan­ti­fier les effets secondaires.

Le bruit cou­rant qu’une vac­ci­na­tion anté­rieure par le BCG pour­rait pro­té­ger contre l’in­fec­tion CoVID-19 a été démenti par les sta­tis­tiques (13 maiA106). Par contre, les gou­ver­nants d’Australie (27 maiA82) et du Royaume-Uni s’ap­puient sur la peur d’é­pi­dé­mie déjà pré­sente pour pro­mou­voir une vac­ci­na­tion mas­sive contre la grippe, sup­po­sée sauver des mil­liers de vies à défaut de pro­té­ger les indi­vi­dus contre le SARS-Cov‑2.

Il existe en fait une sus­pi­cion d’ef­fet ampli­fi­ca­teur du risque d’in­fec­tion par coro­na­vi­rus suite à la vac­ci­na­tion anti­grip­pale. Un article de Greg G Wolff — soumis en sep­tembre 2019 et publié le 10 jan­vier 2020A202 — révèle que la sen­si­bi­lité aux coro­na­vi­rus (en géné­ral) aurait aug­menté (en risque rela­tif) de 35% chez les per­sonnes vac­ci­nées contre la grippe (voir table 5), alors que la pro­tec­tion était ren­for­cée pour d’autres virus y com­pris bien sûr celui de la grippe. Wolff signale que ce résul­tat est en désac­cord avec les conclu­sions de ME Sundaram et al. (2013A206). Toutefois, une étude sta­tis­tique (en pré­pu­bli­ca­tion) por­tant spé­ci­fi­que­ment sur la CoVID-19 conclut (16 juinA58) :

Notre ana­lyse indique que le fait d’a­voir reçu des vac­cins contre la grippe sai­son­nière dans le passé pour­rait être un fac­teur de risque sup­plé­men­taire pour les per­sonnes âgées en termes de sus­cep­ti­bi­lité accrue à l’in­fec­tion par le SARS-CoV‑2 et de pro­ba­bi­lité plus élevée d’une issue létale en cas d’infection.

Le seul point ras­su­rant dans ce débat est — je cite Emma Khan le 4 maiA104 : « Un virus émergent évolue vite (les coro­na­vi­rus ont un fort poten­tiel évo­lu­tif) et s’adapte à son hôte en per­dant viru­lence et trans­mis­si­bi­lité. » Cela ren­dait moins pro­bable un rebond de l’é­pi­dé­mie, une deuxième vague qui jus­ti­fiait un nou­veau confi­ne­ment… Mais cette hypo­thèse opti­miste n’a pas été véri­fiée à l’au­tomne 2020 !

Un flot consi­dé­rable de mes­sages média­tiques cir­cule depuis l’au­to­ri­sa­tion de mise sur le marché du vaccin Pfizer-BioNTech, pour beau­coup des com­mu­ni­qués de presse, des résul­tats d’é­tudes à confir­mer et sur­tout des mes­sages pro­phé­ti­sant la « fin du cauchemar ».

À l’op­posé, des mani­pu­la­teurs d’o­pi­nions répandent l’idée que « l’é­lite » qui cherche à rendre docile et domi­ner la popu­la­tion mon­diale est consciente du fait que les vac­cins — sans effet sur un virus « qui n’existe pas » — feraient partie de l’ar­se­nal uti­lisé pour cette prise de contrôle : nano­par­ti­cules acti­vées par la 5‑G, injec­tion de puce infor­ma­tique, etc. Pour prou­ver que les célé­bri­tés vac­ci­nées en public n’ont en réa­lité reçu qu’une sub­stance inerte, une vidéo a cir­culé mon­trant le Dr Fauci vac­ciné au bras gauche puis signa­lant, dans une inter­view, qu’il res­sen­tait une dou­leur au bras droit. Seul détail : l’i­mage a été inver­sée droite-gauche !

Le moindre scep­ti­cisme expose son auteur — sur­tout sans com­pé­tence dans les domaines scien­ti­fiques concer­nés — à passer pour « anti­vax » ou vic­time de pro­pa­gandes com­plo­tistes. Or il est clair qu’au­cune affir­ma­tion ne peut être tenue pour scien­ti­fi­que­ment valable, pour ce qui concerne la capa­cité de tel vaccin à enrayer la trans­mis­sion des virus (dans toutes les variantes en cir­cu­la­tion) ni la pro­ba­bi­lité très faible d’ef­fets secon­daires à moyen terme — autres que le « bobo dans l’é­paule » ou la « pous­sée de fièvre » dans les trois jours qui suivent… Seule la phar­ma­co­vi­gi­lance pourra four­nir des don­nées fiables, si elle s’exerce dans les règles de l’art. Toutefois, nous aurons vrai­sem­bla­ble­ment ces don­nées quand elles seront deve­nues inutiles, les cir­cons­tances sani­taires ayant changé, espé­rons pour le mieux !

Parmi les spé­cu­la­tions qui vont bon train en fin d’an­née 2020, celle qui concerne un risque de modi­fi­ca­tion de l’ADN du patient ayant reçu un vaccin à ARN mes­sa­ger. Tania Louis s’ex­pri­mait à ce sujet (28 décembreA5) :

Le vaccin consiste à injec­ter un ARN mes­sa­ger, dans une zone du corps, et une fois ces molé­cules détruites le stock n’est pas renou­velé. L’infection par le virus abou­tit à la pro­duc­tion de plu­sieurs ARN mes­sa­gers dif­fé­rents, simul­ta­né­ment dans dif­fé­rents organes, et le stock d’ARN est renou­velé en continu par les cel­lules infec­tées. Quelle que soit la pro­ba­bi­lité qu’un ARN mes­sa­ger modi­fie l’ADN de la cel­lule dans laquelle il se trouve, ce risque est beau­coup plus élevé pour les ARN mes­sa­gers viraux pro­duits en cas d’infection que pour l’ARN mes­sa­ger injecté pour la vac­ci­na­tion. Ce n’est donc pas une raison de pré­fé­rer le risque d’infection à la vaccination.

Autres pistes de traitement

Le sujet sur­mé­dia­tisé de la chlo­ro­quine ne devrait pas faire oublier que d’autres médi­ca­ments sont à l’es­sai pour soi­gner la CoVID-19. La recherche de nou­velles molé­cules can­di­dates bat son plein, appuyée par­fois sur des tech­niques d’ap­pren­tis­sage auto­ma­tique — « intel­li­gence arti­fi­cielle » — mobi­li­sant les sys­tèmes infor­ma­tiques les plus puissants.

Présentation par le Washington Post de deux essais cli­niques sans groupes de contrôle ran­do­mi­sés (avril 2020)…

Des essais cli­niques sont finan­cés par l’en­tre­prise Gilead pour tenter de démon­trer l’ef­fi­ca­cité du RemdésivirN31 déjà uti­lisé avec succès contre l’Ebola (27 févrierA195). Ils étaient des­ti­nés à 1000 per­sonnes en Chine. On peut s’é­ton­ner tou­te­fois — après ce qui a été écrit sur la non-scientificité des essais du pro­to­cole hydroxychloroquine/azithromicyne à l’IHU de Marseille — qu’il n’y ait aucun groupe de contrôle (pla­cebo) dans un essai mené à l’Université de Chicago. Kathleen Mullane, qui super­vise ces pro­jets, a fait preuve d’en­thou­siasme sur le seul constat que la fièvre avait rapi­de­ment dimi­nué chez 125 patients trai­tés, malgré le décompte de 2 décès (16 avrilA137). Autre motif de per­plexité : un des deux essais du Remdésivir en Chine a été sus­pendu à mi-avril « en raison du nombre insuf­fi­sant de per­sonnes enrô­lées » (15 avrilA139). Un autre a abouti à un résul­tat insa­tis­fai­sant (24 avrilA125). Bruce Aylward, direc­teur géné­ral adjoint de l’Organisation mon­diale de la santé, n’a­vait pour­tant pas hésité à décla­rer fin février : « Il n’y a actuel­le­ment qu’un seul médi­ca­ment qui, selon nous, pour­rait avoir une réelle effi­ca­cité et c’est le Remdésivir » (25 févrierA197).

Le RemdésivirN31 a obtenu de l’Agence euro­péenne des médi­ca­ments (EMA), le 25 juin, un accord pour uti­li­sa­tion excep­tion­nelle suivi d’une com­mande mas­sive du gou­ver­ne­ment amé­ri­cain. « Une auto­ri­sa­tion sans preuve directe du moindre béné­fice pour la santé, mais plutôt pour la ges­tion finan­cière des hôpi­taux », selon J Anso (1er juilletA38). Laurent Mucchielli affirme qu’entre Remdésivir et hydroxy­chlo­ro­quine, « la guerre du médi­ca­ment n’est pas ter­mi­née » (8 juilletA36) :

Les agences euro­péennes et fran­çaises du médi­ca­ment favo­risent le pro­duit de l’in­dus­triel phar­ma­ceu­tique Gilead, sans preuve de son inté­rêt dans la lutte contre le Covid et à un coût très élevé. Dans le même temps, les études se mul­ti­plient en faveur de l’ef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine, molé­cule hors brevet qui ne coûte presque rien et qui est d’u­sage cou­rant dans la plu­part des pays du monde. […]

Du coup, l’Agence natio­nale de sécu­rité du médi­ca­ment (ANSM) s’est empres­sée de faire savoir que « La France s’est assu­rée de la dis­po­ni­bi­lité de doses suf­fi­santes » de ce médi­ca­ment. On crée le besoin, puis on laisse entre­voir un risque de pénu­rie, et ainsi l’acheteur se pré­ci­pite pour faire son stock « au cas où ». Le busi­ness plan est bien rôdé (et il n’est pas sans rap­pe­ler celui qui condui­sit au scan­dale du vaccin contre la grippe H1N1 sous le minis­tère Bachelot). Dans le même temps on com­mu­nique à tout va pour décon­si­dé­rer toute solu­tion alternative.

Laurent Vercoustre rap­pelle que « les grandes firmes phar­ma­ceu­tiques ont pont pour fina­lité non pas la santé des popu­la­tions mais le profit » et dénonce les manœuvres exer­cées par Gilead pour impo­ser son médi­ca­ment, le Remdésivir (12 juilletA35) :

France-Soir, dans un article qui a fait sen­sa­tion, dévoile le Top 13 du clas­se­ment des reve­nus récents versés par l’industrie phar­ma­ceu­tique à la com­mu­nauté médi­cale [A50]. Les 13 méde­cins ont reçu des sommes plus ou impor­tantes de Gilead et ont par­ti­cipé à la pro­mo­tion du rem­de­si­vir ou ont cri­ti­qué l’hydroxychloroquine. « La Palme d’Or revient au Pr François Raffi de Nantes. 541.729 €, dont 52.812 € de Gilead. Est-ce un hasard si on nous apprend que le coup de télé­phone ano­nyme pour mena­cer Didier Raoult, s’il per­sis­tait avec l’hydroxychloroquine, est parti du télé­phone por­table du ser­vice d’infectiologie du CHU de Nantes, dont François Raffi est chef de ser­vice ? Sûrement une pure coïncidence. »

Les condi­tions qui ont été impo­sées au trai­te­ment de Marseille pour être recon­nues comme valides sont tota­le­ment dif­fé­rentes de celles qui ont été accor­dées au rem­de­si­vir. Celui-ci béné­fi­cie en effet de faci­li­tés scan­da­leuses quant à sa recom­man­da­tion par l’agence euro­péenne des médi­ca­ments. Il y a une inéga­lité de trai­te­ment tel­le­ment spec­ta­cu­laire qu’on ne peut voir dans cette dif­fé­rence que le jeu d’un tra­vail d’influence et de mani­pu­la­tion des autorités.

Le 22 octobre 2020, la Food and Drug Administration, sous la pres­sion de Donald Trump, a approuvé l’u­ti­li­sa­tion du Remdésivir en trai­te­ment de la CoVID-19. On se sou­vient de l’a­hu­ris­sante mise en scène de l’é­quipe pré­si­den­tielle amé­ri­caine, en cam­pagne pour sa réélec­tion, expo­sant la gué­ri­son mira­cu­leuse du POTUS en trois jours, grâce notam­ment à l’ad­mi­nis­tra­tion de Remdésivir mais sur­tout une force de carac­tère excep­tion­nelle ayant ter­rassé le « virus chi­nois »… Mais la der­nière (et la plus grande) étude cli­nique publiée le 15 octobre a démon­tré, comme la grande majo­rité des pré­cé­dentes, que ce trai­te­ment par intra­vei­neuse très coû­teux (2400$ au tarif euro­péen) ne rédui­sait pas la mor­ta­lité des patients CoVID ni même leur temps de pas­sage à l’hô­pi­tal. Il n’a pas été prouvé non plus que ce trai­te­ment « anti­vi­ral » rédui­rait la charge virale chez les patients. Cette conclu­sion est une très mau­vaise nou­velle autant pour la FDA que pour L’Union euro­péenne. On apprend notam­ment ceci (28 octobreA7) :

L’Agence médi­cale euro­péenne, l’ho­mo­logue euro­péen de la FDA, a donné en juillet une « appro­ba­tion condi­tion­nelle » — simi­laire à une Emergency Use Authorization — au rem­dé­si­vir mais elle n’a pas encore donné toute sa béné­dic­tion. L’Union euro­péenne a néan­moins négo­cié un « accord d’ap­pro­vi­sion­ne­ment conjoint » avec Gilead qui pro­pose 500 000 for­ma­tions au trai­te­ment sur les 6 pro­chains mois pour 1,2 mil­liard de dol­lars. Une porte-parole de la Commission confirme à Science qu’elle n’a été infor­mée de l’échec du médi­ca­ment dans l’essai Solidarité que le len­de­main de la signa­ture du nou­veau contrat, le 8 octobre.

Le Formindep ren­voie dos à dos les accu­sa­teurs de conflits d’in­té­rêt, par­ti­cu­liè­re­ment dans le combat entre Gilead et l’IHU de Marseille (3 juilletA37) :

Il n’est clai­re­ment pas des plus judi­cieux d’interviewer des experts en lien avec un labo­ra­toire sur un de ses pro­duits ou de ses concur­rents. Mais en l’occurrence, il est à noter que la revue Prescrire, rigou­reu­se­ment indé­pen­dante des labo­ra­toires, exprime les mêmes réserves sur l’hydroxychloroquine que des experts en lien avec Gilead, car celles-ci sont fon­dées sur les don­nées de la science et non sur un dis­cours mar­ke­ting. Ceci n’exempte bien sûr en rien Gilead pour ses pra­tiques mar­ke­ting scan­da­leuses, qu’aborde un récent article du British Medical Journal [24 juinA49].

L’administration par voie intra­vei­neuse de fortes doses de vita­mine C pour ren­for­cer le trai­te­ment de formes sévères du syn­drome res­pi­ra­toire fait l’ob­jet d’une contro­verse simi­laire à celle sur le cock­tail hydroxy­chlo­ro­quine + azi­thro­my­cine promu par l’IHU de Marseille. Des succès ont été annon­cés sans l’ap­pui d’es­sais cli­niques. Les experts pro­testent donc que ce pro­to­cole n’est pas « validé » (31 marsA159). Toutefois, plus de 20 hôpi­taux new-yorkais l’ont adopté (24 marsA174) et des essais cli­niques sont menés en Chine (21 févrierA199) — voir la pré­sen­ta­tion de Dr R Cheng au NIH, mars 2020. Une étude pré­li­mi­naire aux USA sur des patients de sep­ti­cé­mie et de syn­drome res­pi­ra­toire aigu n’a­vait pas donné de résul­tat posi­tif (Fowler AA et al., 2019N78).

Aux USA, les méde­cins membres du Front Line COVID-19 Critical Care Consortium pré­co­nisent de lutter en prio­rité contre l’in­flam­ma­tion galo­pante dans les pou­mons (10 avrilA145). Ils uti­lisent à cet effet un trai­te­ment par injec­tion intra­vei­neuse d’anti-inflammatoires puis­sants : de la vita­mine C et des cor­ti­co­sté­roïdesN79 dès l’en­trée aux urgences et toutes les six heures.

Le Dr Marik témoigne : « Ce n’est pas le virus qui tue l’hôte, c’est la réponse de l’hôte au virus. » […]

Le sys­tème immu­ni­taire réagit à une infec­tion en libé­rant des pro­téines appe­lées cyto­kines qui déclenchent l’in­flam­ma­tion. L’inflammation est une partie natu­relle du pro­ces­sus de gué­ri­son, mais un sys­tème immu­ni­taire exces­sif peut déclen­cher une « tem­pête de cyto­kines » qui peut envoyer l’in­flam­ma­tion en spi­rale à des niveaux dangereux.

Lorsque cette inflam­ma­tion extrême laisse les patients à bout de souffle, les soi­gnants l’at­tri­buent par erreur au syn­drome de détresse res­pi­ra­toire aiguë (SDRA), explique le Dr Marik. Le trai­te­ment SDRA stan­dard est l’in­tu­ba­tion — l’in­ser­tion d’un tube dans la gorge et direc­te­ment dans les pou­mons — et leur connexion à un ven­ti­la­teur méca­nique qui force l’air dans les pou­mons. Malheureusement, une grande majo­rité des patients sous COVID-19 ven­ti­lés — dans cer­tains cas, plus de 80% — meurent. […]

Le Dr Marik réitère l’im­por­tance de com­men­cer le trai­te­ment tôt. « Si vous atten­dez qu’ils se brisent et finissent en ven­ti­la­tion, le Titanic est déjà en train de couler. […] Vous devez inter­ve­nir tôt et de manière agres­sive pour éviter qu’ils ne se détériorent. »

Début avril 2020, la thèse d’une double affec­tion — virale et bac­té­rienne (PrevotellaN80) — dans l’é­pi­dé­mie CoVID-19 est pro­po­sée au vu d’ob­ser­va­tions de patients chi­nois (Chakraborty S, février 2020N81 ; autre N82). Elle est expo­sée en détail par Bernard Dugué (7 avrilA151) et conduit à l’ad­mi­nis­tra­tion de trai­te­ments anti­bio­tiques (prin­ci­pa­le­ment l’a­zi­thro­my­cine) dans plu­sieurs centres de soins fran­çais (13 avrilA142). Une dis­cus­sion plus com­plète se trouve dans mon article CoVID-19 : immunité, style de vie.

L’intubation et la ven­ti­la­tion ont montré leurs limites pour le trai­te­ment des patients de CoVID-19 en détresse res­pi­ra­toire (LCI, 6 avrilA152). Une approche moins inva­sive serait celle de l’oxy­gé­no­thé­ra­pie hyper­bareN83 qui consiste à placer le patient pen­dant 90 minutes dans un cais­son rempli d’oxy­gène sous pres­sion. L’oxygénation est ainsi rendue pos­sible par absorp­tion cuta­née sans passer par les pou­mons. Des essais pro­met­teurs ont conduit à la mise en place d’un test cli­nique à l’hô­pi­tal Winthrop de New York (6 avrilA153). Des variantes existent, comme le « sys­tème de Boussignac » pro­ba­ble­ment moins coû­teux (23 marsA175). Une méta-analyse de 25 études cou­vrant 3804 patients en détresse res­pi­ra­toire indique que « le trai­te­ment avec des stra­té­gies d’oxy­gé­na­tion non-invasives telles que la ven­ti­la­tion non-invasive et l’oxy­gé­na­tion nasale à haut débit peut être plus effi­cace que l’oxy­gé­no­thé­ra­pie seule chez les patients souf­frant d’in­suf­fi­sance res­pi­ra­toire hypoxé­mique aiguë » (4 juinA67).

Un essai ran­do­misé mul­ti­cen­trique (7 hôpi­taux) a été mené en Chine pour com­plé­ter le trai­te­ment des patients de CoVID-19 par la trans­fu­sion de plasma san­guin de per­sonnes conva­les­cantes du coro­na­vi­rus (3 juinA68). L’essai a été inter­rompu après l’in­clu­sion de 103 patients gra­ve­ment atteints sur 200 prévus. Aucun résul­tat sta­tis­ti­que­ment signi­fi­ca­tif n’a été constaté à 28 jours du trai­te­ment. Selon les auteurs, l’in­ter­rup­tion pré­coce de l’es­sai a peut-être masqué un résul­tat qui aurait pu être significatif.

Le Dr Gérard Maudrux signa­lait en sep­tembre 2020A17 des tra­vaux ayant révélé l’ef­fi­ca­cité de l’iver­mec­tineN84 en pré­ven­tion et en trai­te­ment de la CoVID-19, écri­vant dans Le Quotidien du méde­cin :

Une nou­velle étude très inté­res­sante vient de sortir. Cette étude argen­tine porte sur près de 1 200 soi­gnants pou­vant être conta­mi­nés, sur 4 sites, pen­dant 2 mois et demi. 788 ont reçu de l’Ivermectine, 407 rien. Résultat : 237 infec­tions dans le groupe non traité, soit 58%, et 0 dans le groupe traité.

Un dos­sier sur ces trai­te­ments a été publié par The Complete Guide To Health​.comN85 et le pro­to­cole de soin tra­duit en fran­çais est dis­po­nible en PDF (2020N86). Toutefois, l’en­goue­ment sus­cité par ces pre­miers résul­tats et des tra­vaux de qua­lité scien­ti­fique médiocre (expé­ri­men­ta­tion in vitro, absence de groupes de contrôle ou de ran­do­mi­sa­tion etc.) rap­pellent for­te­ment la pro­pa­gande sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine. Le site de l’AIMSIB relaye mal­en­con­treu­se­ment ces don­nées incom­plètes ou erro­nées. Une ana­lyse cri­tique a été publiée par Jérémy Anso (14 jan­vier 2021A3) qui conclut :

Je ne sais pas si ça fonc­tionne. Voilà tout. Ce n’est pour­tant pas si dif­fi­cile à recon­naître en lisant dans le détail toutes les études, et en évi­tant de tomber dans des attrape-nigauds tels que c19i​ver​mec​tin​.com.

Les preuves sont insuf­fi­santes. Globalement de mau­vaises qua­lité et sous-dimensionné pour faire émer­ger des dif­fé­rences sta­tis­ti­que­ment signi­fi­ca­tives. On mélange de l’ivermectine avec d’autres molé­cules, on com­pare des groupes d’individus avec des sta­tis­tiques mon­diales sans rien connaître des patients. […]

J’ose leur deman­der de dire « je ne sais pas », quand on ne sait vrai­ment pas. C’est une preuve d’intelligence et d’honnêteté intel­lec­tuelle de le faire quand il le faut. Ce n’est pas une fai­blesse, c’est presque du courage.

Dans le cadre de l’es­sai cli­nique RECOVERYN52, la dexa­mé­tha­soneN87, un médi­ca­ment anti-inflammatoire et immu­no­sup­pres­seur inventé en 1957 (et bon marché) s’est révélé effi­cace pour réduire le risque de décès des patients atteints de Covid-19 hos­pi­ta­li­sés en soins inten­sifs, qu’ils soient sous oxy­gène ou sous res­pi­ra­teur (17 juinA56) :

La dexa­mé­tha­sone s’est avérée très utile pour les patients ven­ti­lés ; les décès de ce groupe ont dimi­nué d’environ un tiers grâce au trai­te­ment médi­ca­men­teux. En revanche, les décès n’ont dimi­nué que d’un cin­quième dans le groupe des patients qui n’avaient besoin que d’une oxy­gé­no­thé­ra­pie. Enfin, aucun avan­tage n’a pu être mis en évi­dence pour les patients capables de res­pi­rer normalement.

De nom­breuses sub­stances extraites de plantes (à des prix modé­rés) ont été essayées en com­plé­ment de trai­te­ment de la CoVID-19, par­fois avec des résul­tats posi­tifs assez mar­qués pour en recom­man­der l’u­ti­li­sa­tion. C’est le cas de la quer­cé­tineN88 extraite de thé vert ou de capres qui pos­sède des pro­prié­tés anti-oxydantes et anti­vi­rales (1er juilletA41) :

La quer­cé­tine a long­temps été éva­luée pour ses effets pro­tec­teurs poten­tiels contre les can­cers, les mala­dies car­diaques et les cel­lules qui libèrent des histamines.

Cette sub­stance favo­rise le SIRT2, qui inhibe ensuite l’as­sem­blage du NLRP3N89 de l’inflam­ma­someN90 impli­qué dans l’in­fec­tion par COVID-19, a déclaré Samuel F. Yanuck, DC, du pro­gramme de méde­cine inté­gra­tive de l’Université de Caroline du Nord Chapel Hill School of Medicine, qui a co-écrit un examen des recherches émer­gentes sur le sujet [2017N91]. Il joue éga­le­ment un rôle dans la faci­li­ta­tion du trans­port du zinc à tra­vers les mem­branes lipi­diques, a déclaré Yanuck.

L’article d’Elisabeth Hlavinka (1er juilletA41) sug­gère un paral­lèle entre l’en­goue­ment pour cette sub­stance et celui pour l’hy­droxy­chlo­ro­quine, du fait qu’au­cun essai cli­nique ran­do­misé contrôlé contre pla­cebo n’a appuyé les résul­tats obte­nus par des équipes soi­gnantes — voir le pro­to­cole d’EVMS (22 juinA51) et la revue de Biancatelli (19 juinA53). Un essai ran­do­misé contrôlé avec un bras pla­cebo devrait publier ses résul­tats en juillet-août (15 maiA101).

Un groupe de jour­na­listes ama­teurs, le Collectif Citoyen pour France Soir, a publié un article sup­posé dénon­cer les mani­pu­la­tions et conflits d’in­té­rêts en arrière-plan d’es­sais cli­niques comme RECOVERYN52 : CovidPapers, Recovery : Incompétence, Mensonge, Manipulation et gros dol­lars (17 juinA55). Les erreurs et le style com­plo­tiste de cette équipe (ano­nyme) ont été décryp­tés par J. Anso (18 juinA54) :

Le col­lec­tif a fait ce qu’il sait le mieux faire : des ana­lyses tota­le­ment far­fe­lues au mépris de toutes consi­dé­ra­tions éthiques et pro­fes­sion­nelles pour en arri­ver à la seule conclu­sion dési­rée. Celle de dis­cré­di­ter toutes les études néga­tives sur l’hydroxychloroquine. […]

Ce groupe d’individus n’hésite pas à ras­sem­bler des infor­ma­tions obso­lètes et fal­la­cieuses sans faire la moindre véri­fi­ca­tion ni recou­pe­ment, dans le but de monter un dos­sier à charge pure­ment com­plo­tiste et idéo­lo­gique. Plus grave, le col­lec­tif par­tage des infor­ma­tions qui inva­lident ses propres affir­ma­tions et semble être tota­le­ment incom­pé­tent en matière d’analyse médi­cale et statistique.

Les moyens sont à la hau­teur du défi lancé par cette pan­dé­mie — et d’autres à venir inévi­ta­ble­ment. Dans l’at­tente d’un « médi­ca­ment miracle », le plus sage est de prendre soin de sa santé glo­ba­le­ment, en veillant plus par­ti­cu­liè­re­ment à la réac­ti­vité du sys­tème immu­ni­taire — voir mon article.

Fin sep­tembre, les ques­tions « Pourquoi n’avons-nous tou­jours pas de remèdes au coro­na­vi­rus ? » et « Quels sont les méca­nismes du virus ciblés par les dif­fé­rentes stra­té­gies thé­ra­peu­tiques ? » ont été posées à Bruno Canard, direc­teur de recherche au CNRS, et Antoine Flahault, méde­cin épi­dé­mio­lo­giste et pro­fes­seur de santé publique, lors d’un entre­tien radio­pho­nique dont je recom­mande vive­ment l’é­coute (21 sep­tembreA12).

Il est dif­fi­cile de se « faire une opi­nion » — à sup­po­ser que ce soit néces­saire — au sujet de cette pan­dé­mie car les scien­ti­fiques qui ne sont pas mobi­li­sés pour gal­va­ni­ser les foules en faveur de la cam­pagne vac­ci­nale s’ex­priment avec beau­coup de pru­dence. Ils/elles recon­naissent impli­ci­te­ment que, malgré les avan­cées des connais­sances sur cette pan­dé­mie, les incer­ti­tudes sont loin d’a­voir dis­paru et auraient même ten­dance à aug­men­ter en opacité.

Origine ?

Il existe une abon­dante lit­té­ra­ture sur la contro­verse au sujet de l’o­ri­gine (humaine, acci­den­telle ou natu­relle) du virus SARS-CoV‑2, entre autres les affir­ma­tions d’un ancien direc­teur du MI‑6 au Royaume-Uni (7 juinA62). Un article détaillé sur l’hy­po­thèse d’une « fuite de labo­ra­toire » a été publié par Nicholson Baker (4 jan­vier 2021A4) dans le New York Magazine.

Le site Independent Science NewsN92 parle du danger de déve­lop­pe­ment d’armes bio­lo­giques, aussi bien aux USA qu’en Chine, sous le cou­vert de recherches en « bio­dé­fense ». Sam Husseini écrit dans son article Ce virus provient-il d’un labo­ra­toire ? Peut-être pas — mais il expose la menace de la course aux armes bio­lo­giques (24 avrilA126) :

La « bio­dé­fense » implique une guerre bio­lo­gique tacite consis­tant à pro­duire des agents patho­gènes plus dan­ge­reux dans le but allé­gué de trou­ver un moyen de les com­battre. Bien que ce tra­vail semble avoir réussi à créer des agents mor­tels et infec­tieux, y com­pris des souches de grippe mor­telles, une telle recherche de « défense » s’a­vère impuis­sante à nous défendre contre cette pandémie. […]

Pendant des années, de nom­breux scien­ti­fiques ont sou­levé des objec­tions aux tra­vaux de labo­ra­toire sur les armes bio­lo­giques et la bio­dé­fense, par­ti­cu­liè­re­ment du fait que d’é­normes aug­men­ta­tions de finan­ce­ment ont eu lieu depuis le 11 Septembre. C’était par­ti­cu­liè­re­ment vrai après les attaques à l’an­thrax par cour­rier qui ont tué cinq per­sonnes dans les semaines après le 11 Septembre, que le FBI a fina­le­ment impu­tées à un cher­cheur en bio­dé­fense du gou­ver­ne­ment amé­ri­cain. Une étude de 2013 a révélé que le finan­ce­ment de la bio­dé­fense depuis 2001 avait tota­lisé au moins 78 mil­liards de dol­lars, et cer­tai­ne­ment plus a été dépensé depuis lors. Cela a conduit à une pro­li­fé­ra­tion de labo­ra­toires, de scien­ti­fiques et de nou­veaux orga­nismes, déclen­chant effec­ti­ve­ment une course aux armes biologiques.

À la suite de l’é­pi­dé­mie d’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014, le gou­ver­ne­ment amé­ri­cain a sus­pendu le finan­ce­ment de ce qu’on appelle la recherche sur le « gain de fonc­tion » [GoF] de cer­tains orga­nismes. Ce tra­vail vise en fait à rendre les agents patho­gènes mor­tels encore plus mor­tels, et dans cer­tains cas per­mettre la dif­fu­sion dans l’air d’a­gents patho­gènes qui ne le pou­vaient pas aupa­ra­vant. Avec peu d’in­for­ma­tions en dehors du domaine, la sus­pen­sion de ces recherches a été levée fin 2017 [N93].

Pendant cette pause, des excep­tions de finan­ce­ment ont été faites pour de dan­ge­reux tra­vaux de labo­ra­toire sur le gain de fonc­tion. Cela com­pre­nait des tra­vaux réa­li­sés conjoin­te­ment par des scien­ti­fiques amé­ri­cains de l’Université de Caroline du Nord, de Harvard et du Wuhan Institute of Virology. Ce tra­vail — qui avait un finan­ce­ment de l’USAID et EcoHealth Alliance non reconnu à l’o­ri­gine — a été publié en 2015 dans Nature Medicine [Menachery VD et al., 2015A205].

Le résumé de l’ar­ticle de Menachery VD et al. — publié en 2015A205 — est d’une actua­lité stu­pé­fiante pour ceux qui prennent le monde de la recherche en viro­lo­gie pour celui des bisou­nours :

L’émergence du coro­na­vi­rus du syn­drome res­pi­ra­toire aigu sévère (SARS-CoV) et du syn­drome res­pi­ra­toire du Moyen-Orient (MERS)-CoV sou­ligne la menace d’é­vé­ne­ments de trans­mis­sion inter-espèces condui­sant à des épi­dé­mies chez l’homme. Nous exa­mi­nons ici le poten­tiel de mala­die d’un virus de type SRAS, SHC014-CoV, qui cir­cule actuel­le­ment dans les popu­la­tions de chauves-souris chi­noises fer à cheval [N94].

En uti­li­sant le sys­tème de géné­tique inverse SARS-CoV [N95], nous avons généré et carac­té­risé un virus chi­mé­rique expri­mant la pointe du coro­na­vi­rus de chauve-souris SHC014 dans un sque­lette SARS-CoV adapté à la souris. Les résul­tats indiquent que les virus du groupe 2b codant pour la pointe SHC014 dans une série [back­bone] sau­vage peuvent uti­li­ser effi­ca­ce­ment plu­sieurs ortho­logues [N96] de l’en­zyme de conver­sion de l’an­gio­ten­sine humaine II (ACE2N97), se répli­quer effi­ca­ce­ment dans les cel­lules des voies res­pi­ra­toires humaines pri­maires et atteindre des concen­tra­tions in vitro équi­va­lentes à des souches épi­dé­miques de SARS-CoV. De plus, des expé­riences in vivo démontrent la répli­ca­tion du virus chi­mé­rique dans le poumon de souris avec une patho­ge­nèse notable. L’évaluation des moda­li­tés immu­no­thé­ra­peu­tiques et pro­phy­lac­tiques basées sur le SRAS a révélé une faible effi­ca­cité ; les approches à base d’an­ti­corps mono­clo­naux et de vac­cins n’ont pas réussi à neu­tra­li­ser et à pro­té­ger contre l’in­fec­tion par les CoV en uti­li­sant la nou­velle pro­téine de pointeN98.

Sur la base de ces résul­tats, nous avons dérivé syn­thé­ti­que­ment un virus recom­bi­nant infec­tieux SHC014 de pleine lon­gueur et démon­trons une répli­ca­tion virale robuste à la fois in vitro et in vivo. Nos tra­vaux sug­gèrent un risque poten­tiel de réémer­gence du SARS-CoV à partir de virus cir­cu­lant actuel­le­ment dans les popu­la­tions de chauves-souris.

La thèse de Sam Husseini — et d’autres auteurs promp­te­ment qua­li­fiés de « mar­gi­naux » — se résume en 6 points :

  1. Des orga­nismes de recherche gou­ver­ne­men­taux de type P4 (très haute sécu­rité) pro­cèdent à des expé­riences sur des virus visant à leur faire acqué­rir des avan­tages sélec­tifs en termes de conta­gio­sité et de léta­lité, pudi­que­ment appe­lés « gain de fonc­tion » (gain-of-function).
  2. Officiellement, ces tra­vaux sont menés dans le but de déve­lop­per des stra­té­gies de « bio­dé­fense » et des trai­te­ments face à toute mala­die causée par un virus du même type — voir les recom­man­da­tions d’un groupe de tra­vail du National Science Advisory Board for Biosecurity aux USA en 2016N99. C’est pour­quoi leurs souches sont issues d’es­pèces ani­males connues pour la conta­mi­na­tion d’hu­mains pou­vant déclen­cher des épi­dé­mies (zoo­nosesN100).
  3. Des pro­blèmes de sécu­rité ont été signa­lés dans les centres de recherche. Des acci­dents ont déjà eu lieu, ainsi que des mal­ver­sa­tions qui pou­vaient mener à une catas­trophe sani­taire, comme les attaques à l’an­thrax aux USA en 2001. Ces attaques ont sus­cité une panique dans le per­son­nel poli­tique, nour­ris­sant la pro­pa­gande pour une « guerre contre le ter­ro­risme » qui a conduit aux inter­ven­tions en Afghanistan et en Irak.
  4. La dérive vers la fabri­ca­tion d’armes bio­lo­giques est pos­sible, si ce n’est inévi­table dans cer­tains pays soumis à des régimes auto­ri­taires. Cette ques­tion a été posée en 2004 par le SGDSN (Secrétariat géné­ral à la Défense et à la Sécurité natio­nale) lors de la mise en place à Wuhan d’un labo­ra­toire P4 en col­la­bo­ra­tion avec le P4 Jean Mérieux-Inserm de Lyon Bron.
  5. La coopé­ra­tion franco-chinoise n’a jamais démarré : en 2017, cin­quante cher­cheurs fran­çais devaient y tra­vailler en rési­dence pour amé­lio­rer le niveau de bio­sé­cu­rité, mais ce projet n’a pas été exé­cuté. En jan­vier 2018, des membres de l’ambassade amé­ri­caine visitent les locaux du P4 de Wuhan et alertent Washington de l’insuffisance des mesures de sécu­rité prises dans un lieu où l’on étudie les coro­na­vi­rus issus de chauves-souris (17 avrilA134). En 2019, la mise en place d’un bou­clier sani­taire pour la pro­tec­tion de la pro­vince du Yunnan incluant les Instituts Pasteur France et des antennes de la fon­da­tion Mérieux au Laos, Cambodge et Bangladesh échouait pareillement.
  6. La pos­si­bi­lité de l’o­ri­gine acci­den­telle du SARS-CoV‑2 du labo­ra­toire P4 de Wuhan est donc légi­ti­me­ment évo­quée. Avec trois hypo­thèses : celle d’une simple (mais très pro­blé­ma­tique) faille de sécu­rité, celle de la dis­sé­mi­na­tion acci­den­telle d’un pro­duit des­tiné à des armes bio­lo­giques, ou celle de la dis­sé­mi­na­tion inten­tion­nelle. Seule la troi­sième peut être qua­li­fié de « théo­rie de complot ».

La pre­mière hypo­thèse (acci­dent) est à elle seule lourde de consé­quences sur le plan poli­tique. Elle dérange notam­ment ceux qui essaient de contre­car­rer les affir­ma­tions de Donald Trump accu­sant la Chine de n’a­voir rien fait pour éviter la pan­dé­mie. Des per­sonnes qua­li­fiées se sont donc mobi­li­sées afin de prou­ver que le SARS-CoV‑2 n’a­vait pas été « tra­fi­qué » dans un labo­ra­toire et qu’il pro­ve­nait direc­te­ment d’une lignée animale.

Ce dilemne est décrit par Rowan Jacobsen (9 sep­tembreA19) comme un « abso­lu­tisme mal­sain ». Il décrit dans un article le long par­cours d’Alina Chan, cher­cheuse en bio­lo­gie molé­cu­laire au Broad Institute du MIT et de Harvard qui a mené une enquête sur l’é­ven­tua­lité d’une ori­gine acci­den­telle du SARS-Cov‑2 après avoir constaté que ce virus était déjà adapté aux humains en début de l’é­pi­dé­mie — voir sa pré­pu­bli­ca­tion du 2 maiA119. Jacobsen ajoute (9 sep­tembreA19) :

Nier la pos­si­bi­lité d’un inci­dent catas­tro­phique comme celui-ci pour­rait donc être consi­déré comme une forme de pré­ser­va­tion de car­rière. Richard Ebright, micro­bio­lo­giste de Rutgers et autre membre fon­da­teur du Cambridge Working Group [N101] m’a dit : « Pour le sous-ensemble sub­stan­tiel de viro­logues qui effec­tuent des recherches sur le gain de fonc­tion, éviter des coupes de finan­ce­ment de la recherche, éviter la mise en œuvre de normes de bio­sé­cu­rité appro­priées et la mise en œuvre d’une super­vi­sion appro­priée de la recherche sont de puis­sants fac­teurs de moti­va­tion ». Antonio Regalado, édi­teur en bio­mé­de­cine du MIT Technology Review, l’a exprimé plus fran­che­ment : « S’il s’a­vé­rait que la CoVID-19 pro­ve­nait d’un labo­ra­toire », a‑t-il tweeté, « cela bri­se­rait l’é­di­fice scien­ti­fique de haut en bas. »

Sam Husseini a répondu à ces ten­ta­tives de désa­mor­çage de sus­pi­cions qui pou­vaient pro­duire l’ef­fet d’une bombe… Il cite la lettre aux édi­teurs de Nature Medicine signée par Andersen KG et quatre col­lègues (17 marsA185) affir­mant :

Il est peu pro­bable que le SARS-CoV‑2 soit apparu par mani­pu­la­tion en labo­ra­toire d’un coro­na­vi­rus appa­renté au SARS-CoV. Comme indi­qué ci-dessus, le RBD (Receptor Binding Domain) du SARS-CoV‑2 est opti­misé pour se lier à l’ACE2 humain avec une solu­tion effi­cace dif­fé­rente de celles pré­dites pré­cé­dem­ment […]. De plus, si une mani­pu­la­tion géné­tique avait été effec­tuée, l’un des nom­breux sys­tèmes de géné­tique inverse dis­po­nibles pour les béta­co­ro­na­vi­rus aurait pro­ba­ble­ment été uti­lisé […]. Cependant, les don­nées géné­tiques montrent irré­fu­ta­ble­ment que le SARS-CoV‑2 n’est dérivé d’au­cune série [back­bone] de virus pré­cé­dem­ment utilisée […].

Cet argu­ment a été dif­fusé très lar­ge­ment comme preuve irré­fu­table que le virus ne pou­vait pas être issu d’un labo­ra­toire. Il est le plus sou­vent énoncé sur un bruit de fond qui mélange les conspi­ra­tion­nistes (hypo­thèse 3) avec ceux qui évoquent la fabri­ca­tion d’armes bio­lo­giques (hypo­thèse 2) et même ceux qui se contentent de la pos­si­bi­lité d’une erreur humaine (hypo­thèse 1). Husseini remarque (24 avrilA126) :

Bien que les scien­ti­fiques affirment qu’il n’y a pas de « signa­ture » de labo­ra­toire connue dans l’ARN du SARS-Cov‑2, leur argu­ment ne tient pas compte d’autres méthodes de labo­ra­toire qui auraient pu créer des muta­tions de coro­na­vi­rus sans lais­ser une telle signature.

Le cher­cheur en bio­chi­mie Richard Ebright, de l’Université de Rutgers aux USA, répon­dait dans un mes­sage à Meryl Nass, lan­ceuse d’a­lerte sur les déve­lop­pe­ments d’armes bio­lo­giques (24 avrilA126) :

La séquence du génome du SARS-CoV‑2 n’a aucune signa­ture de mani­pu­la­tion humaine.

Cela exclut les types de recherche sur le gain de fonc­tion (GoF) qui laissent des signa­tures de mani­pu­la­tion humaine dans les séquences du génome (par exemple, l’u­ti­li­sa­tion de méthodes d’ADN recom­bi­nant pour construire des virus chi­mé­riques), mais n’ex­clut pas les types de recherche de GoF qui ne laissent pas de signa­tures (par exemple la trans­mis­sion en série chez les ani­maux). [Je souligne.]

Il est très facile d’imaginer l’équivalent des « 10 pas­sages chez le furet » de Fouchier avec le virus de la grippe H5N1, mais, dans ce cas, avec 10 pas­sages chez des pri­mates non humains atteints de coro­na­vi­rus de chauve-souris RaTG13 ou de coro­na­vi­rus de chauve-souris KP876546.

Le der­nier para­graphe fait allu­sion à une expé­rience menée sur le virus H1N1 dans un labo­ra­toire de Rotterdam auquel Ron Fouchier était rat­ta­ché (2012N102). Un édi­to­rial du New York Times l’é­vo­quait en ces termes (2012N103) :

La recherche la plus effrayante a été effec­tuée par des scien­ti­fiques du centre médi­cal Erasmus de Rotterdam, qui ont cher­ché à décou­vrir la pro­ba­bi­lité que le virus de la « grippe aviaire », dési­gné par A(H5N1), mute d’une forme qui rare­ment infecte ou se pro­page chez les humains, vers une forme hau­te­ment trans­mis­sible par la toux ou les éternuements. […]

En tra­vaillant avec des furets, l’a­ni­mal qui res­semble le plus aux humains pour sa réponse à la grippe, les cher­cheurs ont décou­vert que seule­ment cinq muta­tions géné­tiques per­met­taient au virus de se pro­pa­ger dans l’air d’un furet à l’autre tout en conser­vant sa létalité.

Ces résul­tats ont conduit à une demande sans pré­cé­dent d’un conseil consul­ta­tif fédé­ral amé­ri­cain que les cher­cheurs et les deux revues scien­ti­fiques qui envi­sagent de publier les études omettent tous les détails qui pour­raient aider des ter­ro­ristes à com­prendre com­ment déclen­cher une pan­dé­mie dévastatrice.

Autrement dit, l’hy­po­thèse envi­sa­gée n’est pas celle d’un engi­nee­ring géné­tique mais de muta­tions appa­rais­sant « natu­rel­le­ment » dans la trans­mis­sion entre ani­maux. Aucun mar­queur géné­tique humain n’est visible dans ce pro­ces­sus. Une expé­rience simi­laire a donné lieu à une publi­ca­tion dans Nature la même année (Imai M, Kawaoka Y et al., 2012N104).

Les épi­dé­mio­lo­gistes Marc Lipsitch et Alison P. Galvani avaient réagi aux tra­vaux sur le gain de fonc­tion (GoF) des virus H5N1 (2014N105) :

Compte tenu de ce risque, des prin­cipes éthiques tels que ceux énon­cés dans le Code de Nuremberg dictent que de telles expé­riences ne devraient être auto­ri­sées que si elles pro­curent des avan­tages huma­ni­taires pro­por­tion­nels au risque et si ces avan­tages ne peuvent être obte­nus par des moyens moins risqués.

Nous sou­te­nons qu’il est peu pro­bable que les deux prin­ci­paux avan­tages reven­di­qués pour ces expé­riences — une concep­tion amé­lio­rée des vac­cins et une meilleure inter­pré­ta­tion de la sur­veillance — soient obte­nus par la créa­tion de poten­tiels agents patho­gènes pan­dé­miques (PPP), sou­vent appe­lés expé­riences de « gain de fonc­tion » (GOF).

Husseini constate (24 avrilA126) :

On peut croire qu’il existe un consen­sus scien­ti­fique selon lequel la pan­dé­mie n’est pas sortie d’un labo­ra­toire. Mais en réa­lité un bon nombre de scien­ti­fiques les plus com­pé­tents dans le domaine sont par­ti­cu­liè­re­ment silen­cieux. Cela com­prend Lipsitch à Harvard, Jonathan A. King au MIT et bien d’autres.

L’an der­nier, Lynn Klotz, du Center for Arms Control and Non-Proliferation, a écrit un article dans le Bulletin of the Atomic Scientists inti­tulé L’erreur humaine dans les labo­ra­toires à haut niveau de confi­ne­ment bio­lo­gique : une menace pan­dé­mique pro­bable.

Klotz y aler­tait la com­mu­nauté scien­ti­fique en ces termes (2019N106) :

Les inci­dents pro­vo­quant une expo­si­tion poten­tielle aux agents patho­gènes se pro­duisent fré­quem­ment dans les labo­ra­toires de haute sécu­rité sou­vent connus sous leurs acro­nymes BSL3 (niveau de bio­sé­cu­rité 3) et BSL4. Les inci­dents de labo­ra­toire qui conduisent à des infec­tions contrac­tées en labo­ra­toire non détec­tées ou non signa­lées peuvent entraî­ner la pro­pa­ga­tion d’une mala­die dans la com­mu­nauté à l’ex­té­rieur du labo­ra­toire ; les employés de labo­ra­toire atteints de telles infec­tions quit­te­ront le tra­vail en char­riant avec eux l’agent patho­gène. S’il s’agit d’un patho­gène pan­dé­mique poten­tiel, une telle dis­sé­mi­na­tion com­mu­nau­taire pour­rait conduire à une pan­dé­mie mon­diale avec de nom­breux décès. Le plus pré­oc­cu­pant est la libé­ra­tion d’un virus de l’in­fluenza aviaire hau­te­ment patho­gène trans­mis­sible par les mam­mi­fères, trans­mis par l’air, créé par les labo­ra­toires, comme les virus H5N1 trans­mis­sibles par l’air créés dans les labo­ra­toires de Ron Fouchier aux Pays-Bas et de Yoshihiro Kawaoka à Madison, Wisconsin.

Francis A. BoyleN107, pro­fes­seur de droit inter­na­tio­nal, est à l’o­ri­gine de la rédac­tion du Biological Weapons Anti-Terrorism Act de 1989 (BWATA), ver­sion amé­ri­caine de la conven­tion de 1972 sur les armes bio­lo­giques. Auteur de l’ou­vrage Biowarfare and Terrorism (2005N108), il lan­çait en 2015N109 :

Depuis le 11 sep­tembre 2001, nous avons dépensé envi­ron 100 mil­liards de dol­lars en guerre bio­lo­gique [aux USA]. En fait, nous avons main­te­nant une indus­trie de guerre bio­lo­gique offen­sive dans ce pays qui viole la Convention sur les armes bio­lo­giques et ma Loi anti­ter­ro­riste sur les armes bio­lo­giques de 1989 [N110].

Cette loi décré­tait notam­ment (1989N110) :

Quiconque déve­loppe sciem­ment, pro­duit, stocke, trans­fère, acquiert, conserve ou pos­sède un agent bio­lo­gique, une toxine ou un sys­tème de dis­tri­bu­tion pour une uti­li­sa­tion comme arme, ou aide sciem­ment un État étran­ger ou une orga­ni­sa­tion à le faire, sera condamné à une amende sous ce titre, ou empri­sonné à per­pé­tuité ou pour une période de plu­sieurs années, ou les deux. Il existe une juri­dic­tion fédé­rale extra­ter­ri­to­riale sur une infrac­tion à cet article com­mise par ou contre un res­sor­tis­sant des États-Unis.

Le cadre légal amé­ri­cain permet de com­prendre les efforts déployés pour laver les déci­deurs et les scien­ti­fiques amé­ri­cains de toute sus­pi­cion d’ac­ti­vité sus­cep­tible de faci­li­ter la mise au point d’armes bio­lo­giques, quel que soit le pro­cédé uti­lisé à cet effet.

Très engagé poli­ti­que­ment — ancien membre du Comité direc­teur d’Amnesty International et cri­tique acerbe de la poli­tique d’Israël dans ses rap­ports avec les Palestiniens — Francis Boyle ajou­tait (2015N109) :

Nos adver­saires pré­su­més du monde entier, comme la Russie et la Chine, sont sans aucun doute par­ve­nus aux mêmes conclu­sions que celles que j’ai tirées des mêmes sources ouvertes et publiques, et ont répondu en nature. Ainsi, le monde est main­te­nant témoin d’une course aux arme­ments offen­sive tous azi­muts de guerre bio­lo­gique entre les prin­ci­pales puis­sances mili­taires du monde : États-Unis, Russie, Grande-Bretagne, France, Chine, Israël, entre autres.

La com­pé­tence de Boyle s’ar­rête au cadre juri­dique qui vient d’être briè­ve­ment énoncé. Pour ce qui est de la pan­dé­mie CoVID-19, il s’est campé dans une pos­ture de théo­ri­cien du com­plot s’ap­puyant uni­que­ment sur des infor­ma­tions — sou­vent fausses — col­lec­tées sur Internet. Exemple typique de pro­fes­sion­nel com­pé­tent recy­clé en « expert YouTube »…

Dans une réac­tion du Guardian à la publi­ca­tion de Kawaoka et al. (2012N104), Ian Sample citait Lord May, ancien pré­sident de la Royal Society et ancien­ne­ment conseiller scien­ti­fique atti­tré du gou­ver­ne­ment du Royaume-Uni (2014N111) :

Le tra­vail qu’ils font est abso­lu­ment fou. Tout cela est extrê­me­ment dan­ge­reux. Oui, il y a un danger, mais il ne pro­vient pas des virus pré­sents sur les ani­maux. Il pro­vient des labo­ra­toires [diri­gés par] des gens très ambitieux.

Ian Sample ajou­tait (2014N111) :

Ce tra­vail est le der­nier d’une série d’é­tudes contro­ver­sées qui ont divisé la com­mu­nauté scien­ti­fique. D’un côté, des cher­cheurs qui créent des virus dan­ge­reux dans des labo­ra­toires sécu­ri­sés dans l’es­poir d’ap­prendre com­ment les souches exis­tantes pour­raient muter en consti­tuant une menace poten­tielle pour les humains. De l’autre, il y a des scien­ti­fiques qui sou­tiennent que le tra­vail fait peu ou rien pour aider à pro­té­ger les gens, mais met plutôt la popu­la­tion mon­diale en danger.

Sam Husseini conclut (24 avrilA126) :

Quelle que soit la cause de la pan­dé­mie actuelle, ces labo­ra­toires de guerre biologique/de bio­dé­fense devraient être exa­mi­nés de manière beau­coup plus appro­fon­die. L’appel à leur fer­me­ture par Boyle et d’autres devrait être clai­re­ment entendu — et la lumière devrait être faite pré­ci­sé­ment sur les recherches qui y sont menées.

Le secret de ces labo­ra­toires pour­rait nous empê­cher de connaître avec cer­ti­tude les ori­gines de la pan­dé­mie actuelle. Il pour­rait s’agir d’une libé­ra­tion en labo­ra­toire, vrai­sem­bla­ble­ment acci­den­telle, ou d’une infec­tion « zoo­no­tique », de l’a­ni­mal à l’homme.

Plus récem­ment (4 jan­vier 2019A4) N. Baker concluait :

Pendant plus de 15 ans, les coro­na­vi­ro­logues se sont effor­cés de prou­ver que la menace du SRAS était tou­jours pré­sente et devait être défen­due, et ils l’ont prouvé en mon­trant com­ment ils pou­vaient soi­gner les virus qu’ils sto­ckaient pour les forcer à sauter des espèces et passer direc­te­ment de la chauve-souris à l’hu­main. De plus en plus de virus de chauve-souris sont venus des équipes de ter­rain, et ils ont été séquen­cés, syn­thé­ti­sés et « recâ­blés » […]. Lors de ce souper par­tagé inter­na­tio­nal de cui­sine géné­tique, des cen­taines de nou­velles variantes de mala­dies ont été inven­tées et sto­ckées. Et puis un jour, peut-être, quel­qu’un s’est trompé. C’est au moins une expli­ca­tion rai­son­nable et « par­ci­mo­nieuse » de ce qui aurait pu se passer.

C’est peut-être la grande méta-expérience scien­ti­fique du 21e siècle. Un monde rempli de scien­ti­fiques pourrait-il faire toutes sortes de recom­bi­nai­sons impru­dentes avec des mala­dies virales pen­dant de nom­breuses années et réus­sir à éviter une grave épi­dé­mie ? L’hypothèse était que, oui, c’é­tait fai­sable. Le risque valait la peine d’être pris. Il n’y aurait pas eu de pandémie.

Une enquête sur les irré­gu­la­ri­tés des « récits » de l’o­ri­gine du SARS-CoV‑2 est menée par un groupe de cher­cheurs et jour­na­listes indé­pen­dants qui se désigne comme Decentralised Radical Autonomous Search Team Investigating Covid-19 (DRASTIC). Un article détaillé d’Annette Gartland (12 octobreA8) décrit les avan­cées de leurs travaux.

➡ J’ai eu le bon réflexe de docu­men­ter ce sujet avant de lire l’ar­ticle de William Audureau dans Le Monde (6 marsA193)…

La suite…

Début août 2020, les incer­ti­tudes sub­sistent sur la suite de cette pan­dé­mie — terme remis en ques­tion par cer­tains ana­lystes —, la per­ti­nence des solu­tions mises en place pour échap­per à une hypo­thé­tique « seconde vague », l’ef­fi­ca­cité des mesures de pro­tec­tion : port du masque etc. Il n’est pas du res­sort d’un site de veille scien­ti­fique de faire le tri entre ce qui, du côté des cher­cheurs, relève d’hy­po­thèses et d’ex­tra­po­la­tion des don­nées, et du côté du grand public, d’o­pi­nions agré­gées dans un sys­tème de croyances…

Une cer­ti­tude : l’é­pi­dé­mie CoVID-19 a ins­tallé dans le monde entier des pra­tiques qui dés­équ­librent for­te­ment les sys­tèmes de santé au détri­ment de la lutte contre d’autres mala­dies infec­tieuses dont la pré­va­lence et la léta­lité seraient plus impor­tantes. En sau­vant des cen­taines de mil­liers de malades de CoVID-19, n’aurait-on pas causé le décès de plus nom­breux malades de tuber­cu­lose, de VIH et de mala­ria ? La ques­tion est rare­ment posée dans les pays occi­den­taux car ces grandes épi­dé­mies touchent prin­ci­pa­le­ment les pays du Sud…

Voici pour ter­mi­ner le début d’un article très docu­menté de la jour­na­liste Apoorva Mandavilli, lau­réate en 2019 du Victor Cohn Prize for Excellence in Medical Science Reporting (3 aoûtA30) :

Jusqu’à cette année, la tuber­cu­lose et ses alliés mor­tels, le VIH et le palu­disme, étaient en déclin. Le bilan de cha­cune de ces mala­dies au cours de la décen­nie pré­cé­dente était à son plus bas en 2018, der­nière année pour laquelle des don­nées sont disponibles.

Pourtant, main­te­nant, alors que la pan­dé­mie de coro­na­vi­rus se pro­page dans le monde entier, consom­mant les res­sources de santé mon­diales, ces adver­saires per­pé­tuel­le­ment négli­gés sont de retour.

La covid-19 risque de faire dérailler tous nos efforts et de nous rame­ner là où nous étions il y a 20 ans”, a déclaré le Dr Pedro L. Alonso, direc­teur du pro­gramme mon­dial de lutte contre le palu­disme de l’Organisation mon­diale de la santé.

Ce n’est pas seule­ment que le coro­na­vi­rus a détourné l’attention scien­ti­fique de la tuber­cu­lose, du VIH et du palu­disme. Les confi­ne­ments, en par­ti­cu­lier dans cer­taines régions d’Afrique, d’Asie et d’Amérique latine, ont sou­levé des obs­tacles insur­mon­tables pour les patients qui doivent voya­ger pour obte­nir des diag­nos­tics ou des médi­ca­ments, selon des entre­tiens avec plus de deux dou­zaines de res­pon­sables de la santé publique, de méde­cins et de patients dans le monde.

La peur du coro­na­vi­rus et la fer­me­ture des cli­niques ont éloi­gné de nom­breux patients aux prises avec le VIH, la tuber­cu­lose et le palu­disme, tandis que les res­tric­tions sur les voyages aériens et mari­times ont gra­ve­ment limité la livrai­son de médi­ca­ments dans les régions les plus touchées.

Environ 80 pour cent des pro­grammes de lutte contre le palu­disme, la tuber­cu­lose, du VIH dans le monde ont signalé des per­tur­ba­tions dans leurs ser­vices, et une per­sonne sur quatre vivant avec le VIH a signalé des pro­blèmes d’ac­cès aux médi­ca­ments, selon UNAIDS. Les inter­rup­tions ou les retards de trai­te­ment peuvent conduire à une résis­tance aux médi­ca­ments, déjà un pro­blème redou­table dans de nom­breux pays.

En Inde, où vivent envi­ron 27% des cas de tuber­cu­leux dans le monde, les diag­nos­tics ont chuté de près de 75% depuis le début de la pan­dé­mie. En Russie, les cli­niques du VIH ont été réaf­fec­tées à des tests de coronavirus.

La saison du palu­disme a com­mencé en Afrique de l’Ouest, qui compte 90 pour cent des décès dus au palu­disme dans le monde, mais les stra­té­gies nor­males de pré­ven­tion – dis­tri­bu­tion de mous­ti­quaires impré­gnées d’in­sec­ti­cide et pul­vé­ri­sa­tion de pes­ti­cides – ont été réduites en raison des confinements.

Selon une esti­ma­tion, un confi­ne­ment de trois mois dans dif­fé­rentes par­ties du monde et un retour pro­gres­sif à la nor­male sur 10 mois pour­raient entraî­ner 6,3 mil­lions de cas sup­plé­men­taires de tuber­cu­lose et 1,4 mil­lion de décès.

Une inter­rup­tion de six mois du trai­te­ment anti­ré­tro­vi­ral peut entraî­ner plus de 500 000 décès sup­plé­men­taires dus à des mala­dies liées au VIH, selon l’OMS. Un autre modèle de l’OMS a prédit que dans le pire des cas, les décès dus au palu­disme pour­raient dou­bler pour atteindre 770 000 par an.

Plusieurs experts en santé publique, cer­tains au bord des larmes, ont averti que si les ten­dances actuelles se pour­suivent, le coro­na­vi­rus est sus­cep­tible de faire recu­ler des années, voire des décen­nies, de pro­grès achar­nés contre la tuber­cu­lose, le VIH et le paludisme.

✓ Références

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  • A1 · 853v · 🔴 COVID-19 tes­ting – Wikipedia
  • A2 · b5p0 · 🔴 Tableau de bord COVID-19 – France
  • A3 · a5y0 · La goutte d’Ivermectine qui fait débor­der le vase – J Anso (14 jan­vier 2021)
  • A4 · u8ho · The Lab-Leak Hypothesis – Nicholson Baker (4 jan­vier 2021)
  • A5 · k9mo · Le com­pro­mis de la vul­ga­ri­sa­tion – Tania Louis (28 décembre)
  • A6 · x5c4 · Zelenko and Raoult fall in each other’s arms – L Schneider (29 octobre)
  • A7 · x1up · The ‘very, very bad look’ of rem­de­si­vir, the first FDA-approved COVID-19 drug - J Cohen & Kupferschmidt (28 octobre)
  • A8 · a8w2 · SARS-CoV‑2 : lab-origin hypo­the­sis gains trac­tion – A Gartland (12 octobre)
  • A9 · itm0 · Covid-19 : plus de formes asymp­to­ma­tiques grâce aux masques et peut-être une « vario­li­sa­tion » - B‑A Gaüzère (5 octobre)
  • A10 · ra8a · COVID-19 : Pas de deuxième vague, mais des répliques – D Dupagne (1er octobre)
  • A11 · z27t · Coronavirus Q&A With Anthony Fauci, MD – September 25, 2020 – H Bauchner (25 septembre)
  • A12 · gf5f · Coronavirus, l’im­pos­sible remède ? – Émission de France Culture avec B Canard et A Flahault (21 septembre)
  • A13 · adc0 · Molecular Architecture of Early Dissemination and Massive Second Wave of the SARS-CoV‑2 Virus in a Major Metropolitan Area – SW Long et al. (16 sep­tembre) 🔵 prépublication
  • A14 · q508 · Évolution du SARS-CoV‑2 : mise à jour sep­tembre 2020 – H Banoun (sep­tembre) 🔵 prépublication
  • A15 · o0l6 · Covid et immu­nité : des pistes négli­gées ? – L Barnéoud (15 septembre)
  • A16 · gqx4 · Up Is Down — Pharmaceutical Industry Caution vs. Federal Acceleration of Covid-19 Vaccine Approval – J Avorn & AS Kesselheim (15 septembre)
  • A17 · j22n · Covid-19 : actua­li­tés thé­ra­peu­tiques – G Maudrux (14 septembre)
  • A18 · b9mv · Que sait-on des muta­tions du SARS-CoV‑2 et de leurs effets ? – A Goffard (13 septembre)
  • A19 · kxz5 · Could COVID-19 Have Escaped from a Lab ? – R Jacobsen (9 septembre)
  • A20 · o1vz · Didier Raoult : décou­verte d’une sur­mu­ta­tion du Covid-19 - S Tenré (9 septembre)
  • A21 · jxn4 · Facial Masking for Covid-19 – Potential for « Variolation » as We Await a Vaccine – M Gandhi & J Rutherford (8 septembre)
  • A22 · qnl4 · Covid vac­cine rush could make pan­de­mic worse, say scien­tists – S Boseley (30 août)
  • A23 · bu5k · Que vaut la nou­velle méta-analyse sur l’i­nef­fi­ca­cité de l’hy­droxy­chlo­ro­quine contre le coro­na­vi­rus ? – B Zagdoun (29 août)
  • A24 · vtq7 · Effect of hydroxy­chlo­ro­quine with or without azi­thro­my­cin on the mor­ta­lity of COVID-19 patients : a sys­te­ma­tic review and meta-analysis – T Fiolet et al. (26 août)
  • A25 · xh1z · Use of hydroxy­chlo­ro­quine in hos­pi­ta­li­sed COVID-19 patients is asso­cia­ted with redu­ced mor­ta­lity : Findings from the obser­va­tio­nal mul­ti­centre Italian CORIST study – CORIST (25 août)
  • A26 · a96u · Le vaccin Covid-19, pas prévu pour les plus de 65 ans ? – G Maudrux (23 août)
  • A27 · o1j1 · L’épistémologie oppor­tu­niste de Didier Raoult – Florian Cova (20 août)
  • A28 · ic5o · News Letter 15 – F Adnet (18 août)
  • A29 · j895 · Why Americans Should Adopt the Sweden Model on Covid-19 – G Berdine (15 août)
  • A30 · rxy1 · ‘The Biggest Monster’ Is Spreading. And It’s Not the Coronavirus – A Mandavilli (3 août)
  • A31 · fj0j · Fin de Partie pour la Chloroquine – J Anso (30 juillet)
  • A32 · t4wf · Response to : “Early Outpatient Treatment of Symptomatic, High-Risk Covid-19 Patients” and “Re : Early Outpatient Treatment of Symptomatic, High-Risk Covid-19 Patients that Should be Ramped-Up Immediately as Key to the Pandemic Crisis” – HA Risch (20 juillet)
  • A33 · xm95 · Syrian ham­sters as a small animal model for SARS-CoV‑2 infec­tion and coun­ter­mea­sure deve­lop­ment – M Imai et al. (14 juillet)
  • A34 · z59k · Hydroxychloroquine use against SARS-CoV‑2 infec­tion in non-human pri­mates – P Maisonnasse et al. (22 juillet)
  • A35 · s6qs · Quand big pharma prend notre santé en otage – L Vercoustre (12 juillet)
  • A36 · v8ac · Hydroxychloroquine versus Remdesivir : la guerre du médi­ca­ment n’est pas ter­mi­née – L Mucchielli (8 juillet)
  • A37 · zt5k · Quelques leçons de la crise – Formindep (3 juillet)
  • A38 · s510 · Remdesivir : recom­mandé sans preuve d’efficacité ? – J Anso (1er juillet)
  • A39 · lm2j · Hydroxychloroquine and azi­thro­my­cin as a treat­ment of COVID-19 : results of an open-label non-randomized cli­ni­cal trial – Gautret et al. (17 mars puis juillet)
  • A40 · z6xd · Mortality and Morbidity : The Measure of a Pandemic – Zylke JW & Bauchner H (1er juillet)
  • A41 · utz3 · Quercetin : New Hype for COVID-19 ? – E Hlavinka (1er juillet)
  • A42 · r2up · Excess Deaths From COVID-19 and Other Causes, March-April 2020 – Woolf SH et al. (1er juillet)
  • A43 · wa4k · Estimation of Excess Deaths Associated With the COVID-19 Pandemic in the United States, March to May 2020 – Weinberger DM et al. (1er juillet)
  • A44 · ep0r · Explainer : how is the vac­cine pipe­line for Covid-19 loo­king ? – A King (30 juin)
  • A45 · r74r · « Plus l’é­chan­tillon d’un essai cli­nique est faible, plus c’est signi­fi­ca­tif » : que veut dire Didier Raoult ? – F Gouthière (28 juin)
  • A46 · jj5n · Virus patients less likely to die now than at peak of crisis – T Whipple (26 juin)
  • A47 · g4u2 · Outcomes of 3,737 COVID-19 patients trea­ted with hydroxychloroquine/azithromycin and other regi­mens in Marseille, France : A retros­pec­tive ana­ly­sis – JC Lagier (25 juin)
  • A48 · f8ho · La Covid va-t-elle res­sus­ci­ter le chal­lenge infec­tieux ? – A Laroche (24 juin)
  • A49 · f72g · Commercial influence and covid-19 – Moynihan R et al. (24 juin)
  • A50 · zxi9 · Revenus versés par BigPharma. A partir de 12 on a un foyer épi­dé­mique de conflits d’intérêts ? - FranceSoir (24 juin)
  • A51 · tg9b · COVID Care for Clinicians - EVMS (22 juin)
  • A52 · ub62 · Être juge et partie, ou com­ment contrô­ler une revue scien­ti­fique – Y Gringas & M Khelfaoui (21 juin)
  • A53 · hex1 · Quercetin and Vitamin C : An Experimental, Synergistic Therapy for the Prevention and Treatment of SARS-CoV‑2 Related Disease (COVID-19) – Biancatelli RLMC et al. (19 juin)
  • A54 · n9hf · CovidPapers : quand les enquêtes citoyennes pro­pagent le pire – J Anso (18 juin)
  • A55 · gr7l · CovidPapers, Recovery : Incompétence, Mensonge, Manipulation et gros dol­lars - Collectif Citoyen pour France Soir (17 juin)
  • A56 · ibj1 · Dexaméthasone : un médi­ca­ment ancien et bon marché effi­cace contre le coro­na­vi­rus ? – N Wheate (17 juin)
  • A57 · tz9o · An Alert to COVID-19 Literature in Predatory Publishing Venues – JA Teixeira da Silva (16 juin)
  • A58 · cx0u · COVID-19 Severity in Europe and the USA : Could the Seasonal Influenza Vaccination Play a Role ? – Ebmphet Consortium (16 juin)
  • A59 · wy53 · Vaccination Strategies to Combat Novel Corona Virus SARS-CoV‑2 – Pandey SC et al. (12 juin)
  • A60 · x3g6 · Une récente méta-analyse favo­rable à la chlo­ro­quine sonne-t-elle la fin de partie ? – J Anso (11 juin)
  • A61 · r0vj · L’action publique face à la crise du Covid-19, note de l’Institut Montaigne – N Bauquet (juin)
  • A62 · wkc2 · Un ancien patron du MI‑6 affirme que le coro­na­vi­rus de Wuhan a été fabri­qué dans un labo­ra­toire chi­nois – A Girard (7 juin)
  • A63 · t0kb · Development of an Inactivated Vaccine Candidate, BBIBP-CorV, with Potent Protection against SARS-CoV‑2 – Hui Wang et al. (6 juin)
  • A64 · v1u1 · Clinical Efficacy of Chloroquine deri­va­tives in COVID-19 Infection : Comparative meta-analysis bet­ween the Big data and the real world – Millon M et al. (6 juin)
  • A65 · dn3h · Waiting for Certainty on Covid-19 Antibody Tests — At What Cost ? – Weinstein MC et al. (5 juin)
  • A66 · ewt3 · Émission “Grand entre­tien avec Arnaud Fontanet” – La Méthode scien­ti­fique (4 juin)
  • A67 · x6x9 · Association of Noninvasive Oxygenation Strategies With All-Cause Mortality in Adults With Acute Hypoxemic Respiratory Failure – Ferreyro BL et al. (4 juin)
  • A68 · zj54 · Effect of Convalescent Plasma Therapy on Time to Clinical Improvement in Patients With Severe and Life-threatening COVID-19 – Li L et al. (3 juin)
  • A69 · nsh7 · Expression of concern : Hydroxychloroquine or chlo­ro­quine with or without a macro­lide for treat­ment of COVID-19 : a mul­ti­na­tio­nal regis­try ana­ly­sis – Lancet edi­tors (3 juin)
  • A70 · ab7f · A Randomized Trial of Hydroxychloroquine as Postexposure Prophylaxis for Covid-19 – Boulware DL et al. (3 juin)
  • A71 · e95b · Coronavirus : Sweden’s Tegnell admits too many died – BBC (3 juin)
  • A72 · ibe0 · Dr. Anthony Fauci says the­re’s a chance coro­na­vi­rus vac­cine may not pro­vide immu­nity for very long – B Lovelace Jr. (2 juin)
  • A73 · i208 · Data from Mehra et al. (2020–05-29), “Hydroxychloroquine or chlo­ro­quine with or without a macro­lide for treat­ment of COVID-19 : a mul­ti­na­tio­nal regis­try ana­ly­sis” – TA Munro (2 juin)
  • A74 · d7u0 · Vidéo “Big Pharma : Interview with ex-editor-in-chief of NEJM, Marcia Angell” - (2 juin)
  • A75 · mz6q · Expression of Concern : Mehra MR et al. Cardiovascular Disease, Drug Therapy, and Mortality in Covid-19 – E Rubin (2 juin)
  • A76 · yt4d · Vidéo “Pourquoi les enfants sont moins sen­sibles au SARS-CoV‑2” – D Raoult (2 juin)
  • A77 · wy1d · Un rap­port offi­ciel alle­mand dénonce la pan­dé­mie COVID-19 comme « une fausse alerte mon­diale » – D Pozzati (1er juin)
  • A78 · i9am · The immune system of chil­dren : the key to unders­tan­ding SARS-CoV‑2 sus­cep­ti­bi­lity ? – R Carsetti et al. (1er juin)
  • A79 · s3rb · Corrections de l’ar­ticle “Hydroxychloroquine or chlo­ro­quine with or without a macro­lide for treat­ment of COVID-19” – MR Mehra et al. (30 mai)
  • A80 · jy1f · Hydroxychloroquine : autop­sie d’une dés­in­for­ma­tion géné­ra­li­sée – J Anso (29 mai)
  • A81 · pzv1 · An open letter to Mehra et al and The Lancet – J Watson et al. (28 mai)
  • A82 · vq37 · Record flu vac­cines in 2020 to pro­tect Australians – Greg Hunt (27 mai)
  • A83 · yiw7 · Questions raised over hydroxy­chlo­ro­quine study which caused WHO to halt trials for Covid-19 – M Davey (27 mai)
  • A84 · p194 · Early Outpatient Treatment of Symptomatic, High-Risk Coronavirus Disease 2019 Patients That Should Be Ramped Up Immediately as Key to the Pandemic Crisis – HA Risch (27 mai)
  • A85 · ok66 · « Fin de partie » pour l’hydroxychloroquine ? Une escro­que­rie intel­lec­tuelle – L Mucchielli (26 mai)
  • A86 · a38l · Hydroxychloroquine. Quand on veut tuer son chien… – Bribes d’Info (26 mai)
  • A87 · c3pt · Vidéo “4000 patients trai­tés VS Big Data : qui croire ?” – D Raoult (25 mai)
  • A88 · r226 · Mandeep Mehra, l’hy­droxy­chlo­ro­quine pas effi­cace pour des patients hos­pi­ta­li­sés mais… – Interview de M Mehra (23 mai)
  • A89 · v643 · Confinement : la pire stra­té­gie de santé publique ? – J Anso (23 mai)
  • A90 · dkh6 · LANCET : publi­ca­tion Mehra et al. sur l’hy­droxy­chlo­ro­quine. Chercher l’er­reur ! Les erreurs ! – Collectif « Laissons les méde­cins pres­crire » (23 mai)
  • A91 · j5co · PubPeer : cri­tique de l’é­tude de Mehra et al., The Lancet doi : 10.1016/s0140-6736(20)31180–6 (22 mai)
  • A92 · ybf1 · Coronavirus tra­cked : the latest figures as coun­tries fight to contain the pan­de­mic – FT Visual & Data Journalism team (22 mai)
  • A93 · s450 · Des cher­cheurs revoient le seuil d’immunité col­lec­tive à la baisse – L Barnéoud (22 mai)
  • A94 · a5va · Hydroxychloroquine or chlo­ro­quine with or without a macro­lide for treat­ment of COVID-19 : a mul­ti­na­tio­nal regis­try ana­ly­sis – MR Mehra et al. (22 mai) 🔵 rétracté
  • A95 · tuz5 · Sunetra Gupta : Covid-19 is on the way out – F Sayers (21 mai)
  • A96 · kij5 · La grippe 2020 plus meur­trière en France que le SARS-COV‑2 – F Pesty (20 mai)
  • A97 · wv19 · COVID-19 : Marseille 5 – Paris 1 juste les chiffres – France Soir (20 mai)
  • A98 · gpf3 · Epidemiologische Abklärung am Beispiel COVID-19 – Service Presse AGES (20 mai)
  • A99 · aja2 · Vaccin : les bonnes affaires des diri­geants de la bio­tech Moderna – S Rolland (19 mai)
  • A100 · w2sc · Vidéo “Comparaison des courbes épi­dé­miques selon villes et pays” – IHU Marseille (19 mai)
  • A101 · rsz7 · Effect of Quercetin on Prophylaxis and Treatment of COVID-19 – Hasan Önal et al. (15 mai)
  • A102 · vx5i · London ‘hit with just 24 new coro­na­vi­rus cases a day’ as model­ling shows ‘R’ rate lowest in coun­try – S Morrison (15 mai)
  • A103 · tt43 · Targets of T Cell Responses to SARS-CoV‑2 Coronavirus in Humans with COVID-19 Disease and Unexposed Individuals – Grifoni A et al. (14 mai)
  • A104 · ttku · La course aveugle aux vac­cins contre le Covid-19 – L Barnéoud (14 mai)
  • A105 · ko1t · Assessment of Deaths From COVID-19 and From Seasonal Influenza – JS Faust & C del Rio (14 mai)
  • A106 · q5nh · SARS-CoV‑2 Rates in BCG-Vaccinated and Unvaccinated Young Adults – U Hamiel et al. (13 mai)
  • A107 · zaix · Coronavirus : l’es­sai Discovery est-il un fiasco ? – L Ballongue (13 mai)
  • A108 · kvuf · Association of Treatment With Hydroxychloroquine or Azithromycin With In-Hospital Mortality in Patients With COVID-19 in New York State – Rosenberg ES et al. (11 mai)
  • A109 · icx1 · Analyse des Krisenmanagements (PDF) – Referat KM4 (7 mai)
  • A110 · rw0b · Nouvelle inter­view de Michael Levitt, prix Nobel de chimie : le confi­ne­ment a été « une énorme erreur » (7 mai).
  • A111 · qlr0 · Observational Study of Hydroxychloroquine in Hospitalized Patients with Covid-19 – J Geleris et al. (7 mai)
  • A112 · a9uz · Hydroxychloroquine et Covid-19 : l’étude qui change la donne ? – Jérémy Anso (6 mai)
  • A113 · rl33 · Early treat­ment of COVID-19 patients with hydroxy­chlo­ro­quine and azi­thro­my­cin : A retros­pec­tive ana­ly­sis of 1061 cases in Marseille, France – M Million et al. (5 mai)
  • A114 · z8io · Pr François Amblard : « Après avoir vu la maî­trise coréenne contre l’é­pi­dé­mie j’ai assisté au désastre fran­çais » – Damien Coulomb (5 mai)
  • A115 · msl4 · Pfizer Begins Human Trials of Possible Coronavirus Vaccine – K Sheikh (5 mai)
  • A116 · jlkp · Sweden tames its ‘R number’ without lock­down – Fraser Nelson (4 mai)
  • A117 · uam1 · Vaccin anti-Covid-19 et immu­nité de groupe, c’est non… et encore non – E Khan (3 mai)
  • A118 · e0le · Confinés mais non testés, la potion toxique des Gaulois – JP Nordmann (2 mai)
  • A119 · oxh3 · SARS-CoV‑2 is well adap­ted for humans. What does this mean for re-emergence ? – SH Zhan et al. (2 mai) 🔵 preprint
  • A120 · cit4 · Cardiovascular Disease, Drug Therapy, and Mortality in Covid-19 – MR Mehra et al. (1er mai) 🔵 rétracté
  • A121 · 27i8 · Hydroxychloroquine appli­ca­tion is asso­cia­ted with a decrea­sed mor­ta­lity in cri­ti­cally ill patients with COVID-19 – B Yu et al. (1er mai) 🔵 preprint
  • A122 · w7t5 · Full lock­down poli­cies in Western Europe coun­tries have no evident impacts on the COVID-19 epi­de­mic – TAJ Meunier (1er mai) 🔵 preprint
  • A123 · 6r7u · On the fal­li­bi­lity of simu­la­tion models in infor­ming pan­de­mic res­ponses – Gurdasani D et al. (30 avril)
  • A124 · r9nx · In Race for a Coronavirus Vaccine, an Oxford Group Leaps Ahead – DD Kirkpatrick (27 avril)
  • A125 · 4j6q · Contre le coro­na­vi­rus, pre­miers résul­tats non concluants de l’antiviral Remdesivir lors d’un essai cli­nique – Le Monde (24 avril)
  • A126 · ux4a · Did this Virus Come from a Lab ? Maybe Not — But it Exposes the Threat of a Biowarfare Arms Race – S Husseini (24 avril)
  • A127 · n7em · COVID-19 : STROBE et CONSORT sont des lignes direc­trices incon­nues à l’IHU de Marseille – Hervé Maisonneuve (23 avril)
  • A128 · dikq · En Suède, le Covid-19 n’a rien changé (ou presque) – B Viennot (22 avril)
  • A129 · pe10 · La Querelle Raoult (Série) : A la recherche de la raison dans la contro­verse sur l’hydroxychloroquine – M Rameaux (21 avril)
  • A130 · lcv3 · Dr. Vladimir Zelenko has now trea­ted over 1,450 coro­na­vi­rus patients (2 deaths) using hydroxy­chlo­ro­quine with 99.99% suc­cess rate – N Louise (21 avril) 🔵 à confirmer
  • A131 · mz1t · Professeur Raoult : les rai­sons de la méfiance – J Anso (17 avril)
  • A132 · oe29 · The poten­tial danger of subop­ti­mal anti­body res­ponses in COVID-19 – A Iwazaki & Y Yang (21 avril)
  • A133 · pnc8 · In Sweden, Will Voluntary Self-Isolation Work Better Than State-Enforced Lockdowns in the Long Run ? – J Norberg (17 avril)
  • A134 · xq2d · Covid-19 : enquête sur le P4 de Wuhan, ce labo­ra­toire en partie financé par la France où a été iden­ti­fié le virus – P Reltien (17 avril)
  • A135 · lvw5 · Covid-19 : inter­ro­ga­tions sur l’excrétion du virus et la réponse en anti­corps – M Gozlan (17 avril)
  • A136 · 53cy · Some thoughts on thin­king cri­ti­cally in times of uncer­tainty, and the trap of lop­si­ded skep­ti­cism – D Minger (16 avril)
  • A137 · sv1g · Early peek at data on Gilead coro­na­vi­rus drug sug­gests patients are respon­ding to treat­ment – A Feuerstein, M Herper (16 avril)
  • A138 · tc2r · Beyond R0 : Heterogeneity in secon­dary infec­tions and pro­ba­bi­lis­tic epi­de­mic fore­cas­ting – L Hébert-Dufresne et al. (16 avril)
  • A139 · 6mq5 · Gilead takes a hit after a closely-watched Covid-19 trial of rem­de­si­vir is quietly ter­mi­na­ted, rai­sing fresh doubts – J Carroll (15 avril)
  • A140 · djrd · Saliva is a reliable tool to detect SARS-CoV‑2 – L Azzi et al. (14 avril)
  • A141 · db63 · News Feature : Avoiding pit­falls in the pur­suit of a COVID-19 vac­cine – L Peeples (14 avril)
  • A142 · 9rfw · Coronavirus : trois méde­cins géné­ra­listes pensent avoir trouvé un pos­sible remède – Y Leroy (13 avril)
  • A143 · sh6z · « Ce coro­na­vi­rus est beau­coup plus conta­gieux que le pre­mier Sras de 2003 », estime le viro­logue Christian Bréchot – France Info (11 avril)
  • A144 · kxqn · Elsevier inves­ti­ga­ting hydroxychloroquine-COVID-19 paper – A Marcus (12 avril)
  • A145 · 1j2x · Physicians say treat­ment can keep COVID patients off ven­ti­la­tor – EVMS News (10 avril)
  • A146 · krs9 · (MAJ 10/04) – Les morts invi­sibles du coro­na­vi­rus : la vérité der­rière les chiffres offi­ciels – L Gautheron, C Gence (10 avril)
  • A147 · zt0s · The “recent drop” in U.S. pneu­mo­nia deaths is actually an always-present lag in repor­ting – u/cookgame (10 avril)
  • A148 · iin1 · Safety of hydroxy­chlo­ro­quine, alone and in com­bi­na­tion with azi­thro­my­cin, in light of rapid wide-spread use for COVID-19 : a mul­ti­na­tio­nal, net­work cohort and self-controlled case series study – JCE Lane et al. (10 avril) 🔵 preprint
  • A149 · 16e4 · Coronavirus : en Suède, les hôpi­taux ont pres­crit de l’hydroxychloroquine avant de rapi­de­ment s’arrêter – AF Hivert (9 avril)
  • A150 · 2mz6 · Covid-19 : il peut pro­vo­quer la mort par arrêt car­diaque sans détresse res­pi­ra­toire – S Girardot (8 avril)
  • A151 · 78e8 · La thèse de la double « affec­tion » se confirme. Esquisse d’un méca­nisme de déve­lop­pe­ment du Covid-19 – B Dugué (7 avril)
  • A152 · k2iz · Coronavirus : l’in­tu­ba­tion des patients en réani­ma­tion, un geste tout sauf anodin – LCI (6 avril)
  • A153 · mqwv · Open Label Single-Center Study of Emergency Hyperbaric Oxygen for Respiratory Distress in Patients With COVID-19NYU Winthrop Hospital (6 avril)
  • A154 · kdnx · Face au COVID-19, chan­ger de cap est-il encore pos­sible ? – X Deparis (4 avril)
  • A155 · qxpm · How deadly is the coro­na­vi­rus ? It’s still far from clear – J Lee (4 avril)
  • A156 · sd9q · Christian Perronne : « Les tirs de bar­rage reçus par Didier Raoult sont aussi liés à des que­relles d’égos » (2 avril)
  • A157 · njx7 · Didier Raoult : « Le méde­cin peut et doit réflé­chir comme un méde­cin, et non pas comme un métho­do­lo­giste » (2 avril)
  • A158 · csqo · Hydroxychloroquine : une étude fran­çaise de grande ampleur coor­don­née par le CHU d’Angers – A Laroche (1er avril)
  • A159 · wjug · Claims vita­min C can prevent or cure COVID-19 unfoun­ded, experts warn – Bogart N (31 mars)
  • A160 · a1tb · Efficacy of hydroxy­chlo­ro­quine in patients with COVID-19 : results of a ran­do­mi­zed cli­ni­cal trial – Z Chen et al. (30 mars) 🔵 à confirmer
  • A161 · dcuo · Une partie de l’Afrique mise sur la chlo­ro­quine contre le Covid-2019 – R El Azzouzi (30 mars)
  • A162 · fpx7 · Pour soi­gner en France, faut-il faire autant de Raoult ? – E Roche (29 mars)
  • A163 · cjte · Covid-19 : À propos de la chlo­ro­quine et de l’inimaginable pénu­rie des masques en France – P Gorny (29 mars)
  • A164 · ijsd · L’affaire Chloroquine – C Rochet (29 mars)
  • A165 · tbg1 · Clinical and micro­bio­lo­gi­cal effect of a com­bi­na­tion of hydroxy­chlo­ro­quine and azi­thro­my­cin in 80 COVID-19 patients with at least a six-day follow up : an obser­va­tio­nal study – Gautret P et al. (27 mars PDF)
  • A166 · 6n9c · Un méde­cin amé­ri­cain aurait traité avec succès plus de 500 patients avec l’hydroxychloroquine – Caducee​.net (26 mars) 🔵 à confirmer
  • A167 · licw · Q&As novel coro­na­vi­rus COVID-19 – Pays-Bas (26 mars)
  • A168 · l1n3 · Aucune effi­ca­cité de la Chloroquine contre le Covid19 d’après un nouvel essai chi­nois – O Berruyer (26 mars)
  • A169 · kmsp · Chloroquine genius Didier Raoult to save the world from COVID-19 – Leonid Schneider (26 mars)
  • A170 · 3lk3 · Hydroxychloroquine et Covid-19 : un essai ran­do­misé chi­nois néga­tif – P Tellier (26 mars)
  • A171 · p5s9 · « On m’a répondu qu’il fal­lait res­pec­ter les pro­cé­dures » : la colère d’un géné­ti­cien qui n’a pas pu réa­li­ser des tests de dépis­tage du coro­na­vi­rus – Laetitia Cherel (25 mars)
  • A172 · 9yw6 · Lyon : Wauquiez veut sauver Famar, seul fabri­cant de chlo­ro­quine en France – J Boche (25 mars)
  • A173 · j8g0 · Coronavirus : un test belge en 15 minutes reçoit la cer­ti­fi­ca­tion – J Montay (24 mars)
  • A174 · v5jh · New York hos­pi­tals trea­ting coro­na­vi­rus patients with vita­min C – Mongelli L et Golding B (24 mars)
  • A175 · u0i1 · Coronavirus : un sys­tème de ven­ti­la­tion non-invasive réduit le recours à la res­pi­ra­tion arti­fi­cielle – JP Marre (23 mars)
  • A176 · eyw2 · Covid-19 : un second scan­dale de la Chloroquine – G Maudrux (23 mars)
  • A177 · ik0i · Epidémie à coro­na­vi­rus Covid-19, pro­to­cole de trai­te­ment – Philippe Brouqui et al. (22 mars)
  • A178 · syo9 · Covid19 & chlo­ro­quine : à propos d’une étude très fra­gile, et d’un dan­ge­reux embal­le­ment média­tique et poli­tique – Florian Gouthière (22 mars)
  • A179 · h6s3 · Derrière l’absence de dépis­tage massif au Covid-19, la réa­lité d’une pénu­rie – Mediapart (21 mars)
  • A180 · imrl · Covid-19 and the Stiff Upper Lip — The Pandemic Response in the United Kingdom – David J Hunter (20 mars)
  • A181 · r30p · COVID-19 : a recom­men­da­tion to exa­mine the effect of hydroxy­chlo­ro­quine in pre­ven­ting infec­tion and pro­gres­sion – Zhou D et al. (20 mars)
  • A182 · o9cg · Coronavirus disease 2019 : the harms of exag­ge­ra­ted infor­ma­tion and non-evidence-based mea­sures – John PA Ioannidis (19 mars)
  • A183 · k7gf · UN health chief announces global ‘soli­da­rity trial’ to jumps­tart search for COVID-19 treat­ment (18 mars)
  • A184 · hanu · Coronavirus : Sanofi prêt à offrir son anti­pa­lu­dique si les essais cli­niques sont confir­més – E Moreira (18 mars)
  • A185 · j012 · The proxi­mal origin of SARS-CoV‑2 – Andersen KG et al. (17 mars)
  • A186 · yps3 · Aminoquinolines Against Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Chloroquine or Hydroxychloroquine – Z Sahraei et al. (17 mars)
  • A187 · 72vp · A fiasco in the making ? As the coro­na­vi­rus pan­de­mic takes hold, we are making deci­sions without reliable data – John PA Ioannidis (17 mars)
  • A188 · l0ih · Impact of non-pharmaceutical inter­ven­tions (NPIs) to reduce COVID19 mor­ta­lity and heal­th­care demand – Imperial College UK (16 mars)
  • A189 · 3zh1 · Coronavirus : le sur­pre­nant modèle anglais – Léo Goltzmann (16 mars)
  • A190 · a5ah · New insights on the anti­vi­ral effects of chlo­ro­quine against coro­na­vi­rus : what to expect for COVID-19 ? – Devaux CA, Rolain JM, Colson P, Raoult D (11 mars 2020)
  • A191 · 200v · Vidéo “Coronavirus (Covid-19) : symp­tômes et modes de trans­mis­sion” – Bulletin d’information scien­ti­fique de l’IHU (9 mars 2020)
  • A192 · jjt4 · Hydroxychloroquine and azi­thro­my­cin plus zinc vs hydroxy­chlo­ro­quine and azi­thro­my­cin alone : out­comes in hos­pi­ta­li­zed COVID-19 patients – Carlucci P et al. (8 mars) 🔵 preprint
  • A193 · ov6i · Le coro­na­vi­rus, « arme bio­lo­gique » ? Le vrai du faux d’une vidéo virale – W Audureau (6 mars)
  • A194 · 3v82 · Mise à jour sur le test pour le coro­na­vi­rus : accord de dis­tri­bu­tion majeur pour le test COVID-19 – Novacyt (28 février)
  • A195 · 2c73 · The $95 bil­lion bio­tech Gilead just announ­ced plans to test a pro­mi­sing poten­tial coro­na­vi­rus treat­ment in 1,000 people – A Dunn (27 février)
  • A196 · cgut · A pilot study of hydroxy­chlo­ro­quine in treat­ment of patients with common coro­na­vi­rus disease-19 – Chen et al. (26 février)
  • A197 · 6fos · Gilead Sciences drug rem­de­si­vir may help treat coro­na­vi­rus symp­toms, accor­ding to WHOPR La Monica (25 février)
  • A198 · wr52 · An urgent call for rai­sing the scien­ti­fic rigo­rous­ness of cli­ni­cal trials on COVID-19 – Chen Feng, Hao Yuantao, Zhang Zhijie, et al. (en chi­nois, 24 février)
  • A199 · 7ex4 · Three Intravenous Vitamin C Research Studies Approved for Treating COVID-19AW Saul (21 février)
  • A200 · og24 · Breakthrough : Chloroquine phos­phate has shown appa­rent effi­cacy in treat­ment of COVID-19 asso­cia­ted pneu­mo­nia in cli­ni­cal stu­dies – Gao, Tiang, Yang (19 février)
  • A201 · tbdo · Remdesivir and chlo­ro­quine effec­ti­vely inhi­bit the recently emer­ged novel coro­na­vi­rus (2019-nCoV) in vitro – Wang et al. (4 février)
  • A202 · rzv9 · Influenza vac­ci­na­tion and res­pi­ra­tory virus inter­fe­rence among Department of Defense per­son­nel during the 2017–2018 influenza season – GG Wolff (10 janvier)
  • A203 · 17m7 · Série “Épidémiologie, pro­blé­ma­tiques et enjeux” au Collège de France – Arnaud Fontanet (octobre 2019)
  • A204 · zl98 · Off-line : What is medicine’s 5 sigma ? – R Horton (2015)
  • A205 · j8mu · A SARS-like clus­ter of cir­cu­la­ting bat coro­na­vi­ruses shows poten­tial for human emer­gence – Menachery VD et al. (2015)
  • A206 · akc3 · Influenza vac­ci­na­tion is not asso­cia­ted with detec­tion of nonin­fluenza res­pi­ra­tory viruses in sea­so­nal stu­dies of influenza vac­cine effec­ti­ve­ness – ME Sundaram et al. (2013)
  • A207 · kn4q · Modéliser la pro­pa­ga­tion d’une épi­dé­mie – F Rechenmann (2011)
  • A208 · ulow · Tamiflu : appel à l’éthique – René Girard (2009)
  • A209 · v8l2 · SARS vac­cines : where are we ? – RL Ropert & KE Rehm (2009)
  • A210 · lnt5 · Ouvrage “Evidence-Based Medicine. How to Practice and Teach EBM” – David L. Sackett et al. (2000)
  • A211 · x0ku · Respiratory Syncytial Virus Vaccines – RA Dudas & RA Karron (1998)

▷ Liens

  • N1 · d193 · Retracted coro­na­vi­rus (COVID-19) papers – Retraction Watch
  • N2 · 4rtm · Covid-19 : peut-on être infecté plu­sieurs fois par le nou­veau coronavirus ?
  • N3 · opkd · Pays-Bas – Coronavirus. Le Premier ministre des Pays-Bas pri­vi­lé­gie “l’immunité col­lec­tive” au confinement
  • N4 · 4g5k · The approach to tack­ling coro­na­vi­rus in the Netherlands
  • N5 · hzky · Sweden : esti­mate of the effec­tive repro­duc­tion number – 29 April 2020 (PDF)
  • N6 · 8dlx · Centre of Research in Epidemiology and StatisticS (CRESS, UMR 1153)
  • N7 · 9qyw · Deuxième pan­dé­mie de cho­léra – Wikipedia
  • N8 · xqhz · Ouvrage “Pandémie, la grande menace” – Jean-Philippe Derenne et François Bricaire
  • N9 · 6quh · Pneumonie : défi­ni­tion et fac­teurs de risque
  • N10 · 35lf · La pneu­mo­nie, une infec­tion poten­tiel­le­ment grave – Doctissimo
  • N11 · 2j0v · Causes of death – deaths by coun­try of resi­dence and occurrence
  • N12 · eisd · Il était une fois les coronavirus 
  • N13 · ju5v · Coronavirus du syn­drome res­pi­ra­toire du Moyen-Orient (MERS-CoV) – Wikipedia
  • N14 · 2s08 · Coronavirus : moins de 100 nou­veaux cas pour le 4e jour consé­cu­tif malgré les clus­ters – Agence de presse YONHAP (18 mars)
  • N15 · ggp5 · Église Shincheonji de Jésus – Wikipedia
  • N16 · z0r5 · Coronavirus : un autre foyer d’in­fec­tion dans la ban­lieue de Séoul
  • N17 · aa76 · Comment la démo­cra­tie coréenne a‑t-elle dompté Covid-19 ? – François Amblard (25 avril)
  • N18 · nd0a · Taux de léta­lité – Wikipedia
  • N19 · scl7 · Culture de la peur – Wikipedia
  • N20 · 9nx1 · Excess Mortality – Funding COVID-19 Research
  • N21 · r0ws · Taux de mor­ta­lité – Wikipedia
  • N22 · 7x2y · Coronavirus, ana­lyse des don­nées épi­dé­miques dans le monde : diag­nos­ti­quer doit être la prio­rité – vidéo de Didier Raoult (17 mars)
  • N23 · gqrk · Didier Raoult sur le coro­na­vi­rus : “Il ne faut pas jouer avec la peur”
  • N24 · 2if1 · Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée Infection
  • N25 · nk9o · Modelling the spread of Coronavirus (COVID-19)
  • N26 · s1aa · Différence entre IgM et IgG
  • N27 · jx0d · Hydroxychloroquine – Wikipedia
  • N28 · l04l · Azithromycine – Wikipedia
  • N29 · h46i · PubPeer – com­men­taires sur Gautret et al., juillet 2020
  • N30 · mj0i · Covid et men­songe d’état en France – JD Michel (26 mars)
  • N31 · jg4z · Remdésivir – Wikipedia
  • N32 · 9xjx · Oseltamivir (Tamiflu) – Wikipedia
  • N33 · qeun · Tamiflu cam­paign – BMJ
  • N34 · qi3x · Lancement de l’es­sai cli­nique euro­péen Discovery contre le Covid-19 – INSERM (22 mars)
  • N35 · s8xe · Discovery (essai cli­nique) – Wikipedia
  • N36 · oi79 · Clapin, A (2018). Enquêtes médi­cales & éva­lua­tion des médi­ca­ments : de l’er­reur invo­lon­taire à l’art de la fraude. Éditions Désiris. ➡ Existe aussi en ver­sion Kindle sur Amazon.
  • N37 · vp1j · Laurent Alexandre – Wikipedia
  • N38 · gkca · Syndrome du QT long – Wikipedia
  • N39 · gh44 · Macrolide – Wikipedia
  • N40 · b4to · Propensity score mat­ching – Wikipedia
  • N41 · 7f6i · Variable confon­dante – Wikipedia
  • N42 · axd7 · Étude ran­do­mi­sée en double aveugle – Wikipedia
  • N43 · e5rq · Comparative Pharmacodynamic Analysis of Q‑T Interval Prolongation Induced by the Macrolides Clarithromycin, Roxithromycin, and Azithromycin in Rats
  • N44 · y2ci · Articles pré­fé­rés d’in­for­ma­tion pour les exa­mens sys­té­ma­tiques et méta-analyses
  • N45 · 1oqd · Biais de confir­ma­tion – Wikipedia
  • N46 · iba6 · Hazard ratio – Wikipedia
  • N47 · l0ax · Odds ratio – Wikipedia
  • N48 · ec36 · PUBPEER ana­ly­sis of “Clinical Efficacy of Chloroquine deri­va­tives in COVID-19 Infection : Comparative meta-analysis bet­ween the Big data and the real world”
  • N49 · qt9c · PubPeer – com­men­taires sur Risch, mai 2020
  • N50 · iu22 · Outcomes of 3,737 COVID-19 patients trea­ted with hydroxychloroquine/azithromycin and other regi­mens in Marseille, France – PubPeer comments
  • N51 · ukj9 · Liste de publi­ca­tions sur les trai­te­ments de la CoVID-19
  • N52 · y8eb · Essai RECOVERY
  • N53 · c9jw · Protéine C réac­tive – CRP – Wikipedia
  • N54 · lcub · Essai ran­do­misé contrôlé – Wikipedia
  • N55 · c5fw · Présentation de l’ou­vrage “Alertes grip­pales : com­prendre et choi­sir” – Marc Girard
  • N56 · tqu1 · Francis Bacon (phi­lo­sophe) – Wikipedia
  • N57 · oyf0 · Médecine fondée sur les faits – Evidence-based medi­cine (EBM) – Wikipedia
  • N58 · gy9w · StopCovid – Wikipedia
  • N59 · apl5 · Délibération de la CNIL por­tant avis sur projet StopCovid
  • N60 · a1at · Lymphocyte T auxi­liaire – Wikipedia
  • N61 · ksq2 · Lymphocyte B à mémoire – Wikipedia
  • N62 · rxg1 · Immunoglobuline M – Wikipedia
  • N63 · ccc3 · Base de don­nées GISAID sur les virus de la grippe et les coronavirus
  • N64 · rav0 · Nextstrain SARS-CoV‑2 resources
  • N65 · v5kn · Variolisation – Wikipedia
  • N66 · 1ytt · Global Virus Network (GVN)
  • N67 · bq44 · Vaccination contre les mala­dies conta­gieuses cou­rantes de l’en­fance — rap­port OMS, 1949 (PDF)
  • N68 · w3u7 · Anticorps – Wikipedia
  • N69 · vg89 · Antibody-dependent enhan­ce­ment – Wikipedia
  • N70 · fufq · Cytokine – Wikipedia
  • N71 · qha0 · Dengue – Wikipedia
  • N72 · t80p · Virus res­pi­ra­toire syn­cy­tial – Wikipedia
  • N73 · as2w · Syndrome res­pi­ra­toire aigu sévère (SARS) – Wikipedia
  • N74 · qio0 · Immunologie : Th1 ou Th2 – Wikipedia
  • N75 · s7yl · Macaque rhésus – Wikipedia
  • N76 · t5fk · CoVaPred : com­ment se pro­tège la popu­la­tion et quelle est l’intention de vac­ci­na­tion contre la COVID-19 quand le vaccin sera disponible ?
  • N77 · km36 · Balance bénéfice-risque – Wikipedia
  • N78 · dhya · Effect of Vitamin C Infusion on Organ Failure and Biomarkers of Inflammation and Vascular Injury in Patients With Sepsis and Severe Acute Respiratory Failure
  • N79 · w1lg · Corticoïde – Wikipedia
  • N80 · 0z4h · Prevotella – Wikipedia
  • N81 · 1789 · Sequencing data (N=3) shows Wuhan coro­na­vi­rus inte­gra­tion in bac­te­ria (Prevotella mostly). Sequencing arti­fact – or is the virus infec­ting both bac­te­rial and human cells ?
  • N82 · n6y6 · The 2019 Wuhan out­break could be caused by the bac­te­ria Prevotella, which is aided by the coro­na­vi­rus – Prevotella is present (some­times in huge amounts) in patients from two stu­dies in China and one in Hong Kong – S Chakraborty (février 2020)
  • N83 · yiri · Médecine hyper­bare – Wikipedia
  • N84 · i55d · Ivermectine – Wikipedia
  • N85 · utm7 · Ivermectin for CoVID-19 treatment
  • N86 · b3wl · Connaissances actuelles sur iver­mec­tine (PDF)
  • N87 · eb9v · Dexaméthasone – Wikipedia
  • N88 · hf2w · Quercétine – Wikipedia
  • N89 · c4m0 · NLRP3 – Wikipedia
  • N90 · tp9v · Inflammasome – Wikipedia
  • N91 · v4xi · Evidence Supporting a Phased Immuno-physiological Approach to COVID-19 From Prevention Through Recovery
  • N92 · s81r · Independent Science News | Food, Health and Agriculture Bioscience
  • N93 · y6lt · U.S. Lifts Funding Ban on Studies That Enhance Dangerous Germs
  • N94 · o1qx · Rhinolophe – chauve-souris fer à cheval – Wikipedia
  • N95 · c7wm · Reverse gene­tics with a full-length infec­tious cDNA of severe acute res­pi­ra­tory syn­drome coronavirus
  • N96 · i97c · Orthologue
  • N97 · 07ni · Enzyme de conver­sion de l’an­gio­ten­sine (ACE2) – Wikipedia
  • N98 · aks1 · Spike pro­tein
  • N99 · zfq1 · Gain-of-Function Research
  • N100 · urm9 · Zoonose – Wikipedia
  • N101 · he9v · The Cambridge Working Group
  • N102 · l34u · Airborne Transmission of Influenza A/H5N1 Virus Between Ferrets
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Article créé le 16/03/2020 - modifié le 17/01/2021 à 09h58

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