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Sommaire

Veille scientifique CoVID-19 : un défi

Quand cette page a été créée, en mars 2020, j’es­pé­rais son achè­ve­ment d’ici quelques semaines ou quelques mois. Un an plus tard, je dois ajou­ter l’an­née « 2020 » aux dates des articles cités en réfé­rence, mettre des verbes à l’im­par­fait et des affir­ma­tions au condi­tion­nel… De nombreux avis ont été réfu­tés depuis. Ces réfu­ta­tions ne sont pas toutes à jour et deman­de­raient un travail jour­na­lis­tique au-delà du temps que je peux y consa­crer. L’histoire se construit donc graduel­le­ment, sans préten­tion de vérité autre que celle des consen­sus énon­cés par les « leaders » scien­ti­fiques et politiques.

Fin août 2020, en reli­sant des passages de cet article modi­fié presque au quoti­dien pendant les six premiers mois de l’an­née, je m’étais déjà rendu compte de la difficulté‑b à présen­ter une synthèse cohé­rente des publi­ca­tions et avis qui s’ex­priment sous l’au­to­rité de la science… Cette auto­rité est aujourd’­hui mise en doute par une frac­tion des popu­la­tions touchées par la pandé­mie, y compris celles qui appar­tiennent à l’élite scientifique.

Sans doute est-ce prin­ci­pa­le­ment un problème de commu­ni­ca­tion : les respon­sables poli­tiques et les auto­ri­tés sani­taires ont elles-même baigné dans le flot chao­tique d’in­for­ma­tions inhé­rent à la mécon­nais­sance d’une pandé­mie nouvelle, de ses causes et des moyens de la frei­ner ou d’y mettre fin. Les injonc­tions et obli­ga­tions se sont succé­dées, parfois contra­dic­toires, voire menson­gères, sans autre justi­fi­ca­tion que la recherche de compro­mis et l’ur­gence de « faire quelque chose » qui n’a pas toujours le même sens pour les prati­ciens de santé et les élus… Les facteurs écono­miques se sont révé­lés déter­mi­nants, là où on ne s’y atten­dait pas, dans des pays répu­tés pour la qualité de leur système de santé : pénu­rie de maté­riel, de médi­ca­ments, de ressources humaines, et d’un autre côté l’ex­tra­or­di­naire spécu­la­tion finan­cière de groupes phar­ma­ceu­tiques et de gouver­ne­ments qui s’érigent en pion­niers de la préven­tion. Tout cela ne peut qu’a­li­men­ter les théo­ries de complot qui, c’est bien connu, reposent en partie sur des données vérifiables !

Pour la presse scien­ti­fique, le bilan est plutôt catas­tro­phique car la quan­tité et la vitesse de publi­ca­tion sous couvert d’ur­gence ont forte­ment dégradé la qualité des articles. Les lecteurs, pour beau­coup de simples citoyens à la recherche de réfé­rences scien­ti­fiques, sont souvent tombés dans le panneau des revues préda­trices dont j’ai parlé dans Ma démarche… Mais les équipes de recherche elles-mêmes, sous la pres­sion de commu­ni­quer leurs résul­tats, en ont aussi fait usage plus ou moins sciem­ment. Jaime A. Teixeira da Silva écri­vait (16 juinA93) :

La pandé­mie COVID-19, qui a conduit à un flot d’ar­ticles et de pré-publications, a posé de multiples défis à l’édi­tion acadé­mique, le plus évident étant l’in­té­grité durable sous la pres­sion de publier rapi­de­ment. Il existe des risques liés à ce rapport du volume à la vitesse. De nombreuses lettres, édito­riaux et articles censés être « évalués par des pairs » dans des revues clas­sées et indexées ont été publiés en quelques jours, ce qui suggère que l’exa­men par les pairs était soit éphé­mère, soit inexis­tant, ou que les articles étaient rapi­de­ment approu­vés par les éditeurs en fonc­tion de leur inté­rêt perçu et de l’ac­tua­lité, plutôt que sur leur valeur acadé­mique intrin­sèque. Dans les cercles de l’édi­tion acadé­mique, la reven­di­ca­tion d’un « examen par les pairs » alors qu’en fait elle n’a pas été menée est une carac­té­ris­tique fonda­men­tale de « l’édi­tion préda­trice », égale­ment un élément “fake” qui peut saper les efforts de ces dernières années pour instau­rer la confiance dans la crise des publi­ca­tions pério­diques floris­santes. Alors que le monde est toujours centré sur la CoVID-19, la ques­tion de « l’édi­tion préda­trice » est igno­rée ou ne reçoit pas suffi­sam­ment d’at­ten­tion. Les risques pour la commu­nauté scien­ti­fique, l’édi­tion univer­si­taire et, en fin de compte, la santé publique sont en jeu lorsque l’édi­tion abusive et préda­trice n’est pas remise en question. […]

Des membres du public, de jeunes étudiants, des cher­cheurs en début de carrière, des médias avides d’attrape-clics, ou des univer­si­taires inca­pables d’éva­luer de manière critique le contenu acadé­mique et scien­ti­fique et les défauts de la litté­ra­ture biomé­di­cale, sont les plus à risque d’être porteurs de désin­for­ma­tion, alimen­tée par la propa­gande char­riée par les médias sociaux. […]

À titre d’exemple extrême [lien], un « article de recherche » sur le COVID-19 qui prétend être évalué par des pairs et dont le DOI [iden­ti­fiant pérenne] est inva­lide, contient 38 pages de pseudo-science appa­rem­ment concoc­tée presque entiè­re­ment sans rapport avec la CoVID-19. Cet article a été rédigé par une équipe de sept auteurs, vrai­sem­bla­ble­ment pseu­do­nymes ou faux, qui utilisent deux faux établis­se­ments univer­si­taires (California South University et American International Standards Institute) […]. Cet « article » cite 348 réfé­rences qui sont à 100% des auto-citations, la plupart suscep­tibles d’amé­lio­rer frivo­le­ment les métriques des profils Google Scholar et ResearchGate de l’au­teur prin­ci­pal « Alireza Heidari ». De telles attaques effron­tées contre l’in­té­grité acadé­mique, soute­nues par des éditeurs tout aussi faux ou non savants qui ont accepté cette pseudo-science en quelques jours, devraient envoyer un message fort et très effrayant aux univer­si­tés mondiales selon lesquelles l’in­té­grité de leurs propres recherches valides pour­rait être progres­si­ve­ment érodée par la capa­cité de faus­saires pseudo-universitaires, clai­re­ment pertur­ba­teurs, anti-scientifiques et d’édi­teurs tout aussi corrom­pus à faire proli­fé­rer ce type de science factice, incon­tes­tée et non menacée.

Sans surprise, de nombreux articles scien­ti­fiques sur la CoVID-19 ont été rétrac­tés par leurs auteurs ou reti­rés des publi­ca­tions — voir le dossier de Retraction Watch (2020N1). Mais ce n’est que la face visible de l’iceberg…

➡ Tout n’est pas si sombre ! Lire mes articles COVID-19 : traitement et CoVID-19 : immunité, style de vie.

Stratégies

Cette image au micro­scope élec­tro­nique à balayage montre le SARS-CoV‑2 (objets magenta ronds) émer­geant de la surface de cellules culti­vées en labo­ra­toire. Le SARS-CoV‑2, égale­ment connu sous le nom de 2019-nCoV, est le virus qui cause l’épi­dé­mie COVID-19. Le virus montré a été isolé d’un patient aux États-Unis.

L’article de Léo Goltzmann publié sur Planet​.fr (16 mars 2020A153, 20 mars 2020A148) était incom­plet, mais on comprend que les médias en France aient rare­ment évoqué ce qui s’an­non­çait en Angleterre à cette époque…

Il y était prédit qu’une fois que 60% (d’autres esti­maient 75 à 80%) de la popu­la­tion auraient été touchés par le coro­na­vi­rus, l’im­mu­nité « de trou­peau » devrait inter­rompre l’épi­dé­mie — du moins tant que cette immu­nité reste effec­tive, dont on ne connaît pas la duréeN2… Toutefois, si l’on ne prenait pas en charge avec effi­ca­cité les personnes grave­ment malades, envi­ron 1% risquaient de mourir dans des condi­tions dramatiques.

En nombre, cela signi­fie­rait 53 x 80 / 100 = 42 millions de personnes touchées en Angleterre, soit 420 000 morts — à peu près (en quelques mois ?) le même nombre qu’en 9 ans de guerre en Syrie ! Après un brico­lage de chiffres, le 16 mars 2020, l’épi­dé­mio­lo­giste Neil Ferguson, dans un rapport de l’Imperial College de Londres, prévoyait « seule­ment » 250 000 morts en cas de main­tien de cette stra­té­gie d’ac­qui­si­tion d’une immu­nité de groupe. Cette prédic­tion de taille effrayante a convaincu le Premier ministre Boris Johnson de chan­ger son fusil d’épaule. Frappé à son tour par la mala­die malgré un opti­misme « chur­chil­lien » — I conti­nued shaking hands ! — il a pu mesu­rer les consé­quences, dès le 7 avril, du retard pris à la mise en place de mesures visant à ralen­tir la progres­sion de la pandémie.

La stra­té­gie d’ac­qui­si­tion d’une l’im­mu­nité collec­tive a été, selon les dires de leur Premier ministre Mark Rutte, celle des Pays-Bas le 16 mars 2020N3 : « lais­ser faire » tout en s’ef­for­çant de mettre à l’abri les personnes les plus vulnérables.

Même en l’ab­sence de confi­ne­ment, les mesures de « distan­cia­tion sociale » et la prise en charge immé­diate de personnes testées posi­tives (notam­ment en utili­sant la chlo­ro­quine fabri­quée dans ce pays) se tradui­saient aux Pays-Bas, le 25 mars 2020, par un apla­tis­se­ment de la courbe d’évo­lu­tion (par rapport au modèle mathématique/magique) qui lais­sait suppo­ser que la stra­té­gie de circu­la­tion du virus pour­rait s’avé­rer effi­cace. La plupart des personnes décé­dées étaient dans la tranche d’âge de 80 à 84 ans. L’approche adop­tée par la suite était une série de recom­man­da­tions pour limi­ter les contacts et rester à domi­cile autant que possible, l’es­sen­tiel étant de proté­ger les personnes âgées ou vulné­rablesN4.

La Suède a suivi la même stra­té­gie de refus du confi­ne­ment géné­ra­lisé et d’iso­la­tion des personnes fragiles. Le 8 avril 2020, une amie rési­dente suédoise nous écrivait :

Ici en Suède nous ne sommes toujours pas confi­nés, pas testés, on affirme toujours que les masques c’est bull­shit et que le lavage de mains suffit bien. Les forma­tions pour adultes et le lycée sont fermés, le reste de la société tourne quasi norma­le­ment. […] Les consignes sont d’al­ler travailler tant que pas de symp­tômes sans isole­ment même si tu vis avec un covid+. Ajoutez à ça que nous sommes sommes en queue de pelo­ton pour l’équi­pe­ment en réani­ma­tion parmi les pays de l’OCDE et qu’a­vant la crise du Corona le système de soin a vécu des pénu­ries de gants et désin­fec­tants car tout fonc­tionne à flux tendus.

Johan Norberg (trad. Bérengère Viennot) signa­lait toute­fois, fin avril, que malgré une forte morta­lité dans les maisons de retraite et sans confi­ne­ment strict, le pays semble dans la moyenne de ses voisins euro­péens en matière de décès liés au virus (22 avril 2020A134) :

Comment la Suède peut-elle s’en sortir aussi bien, malgré les prédic­tions ? Alors qu’il était annoncé que le confi­ne­ment obli­ga­toire était la seule planche de salut ? Eh bien parce que les modèles ne prévoient que deux confi­gu­ra­tions : soit le confi­ne­ment avec blocage total de l’éco­no­mie, soit aucun chan­ge­ment dans les compor­te­ments. Ils ne prennent pas en compte le fait que les Suédois·es aient pu adop­ter volon­tai­re­ment les compor­te­ments sani­taires néces­saires à la limi­ta­tion de la propa­ga­tion du virus. Or, c’est pour­tant ce qu’il s’est passé.

Les hôpi­taux suédois n’ont pas connu l’en­com­bre­ment de ceux des pays voisins qui prati­quaient le confi­ne­ment. Norberg concluait (17 avril 2020A136) :

Nous ne savons pas encore si le modèle suédois est meilleur ou pire. Ce que nous savons, c’est que la Suède n’a pas réprimé les liber­tés fonda­men­tales comme les autres, et n’a pas détruit la société et l’éco­no­mie dans la même mesure.
Comme Hippocrate aurait pu le dire : « D’abord, ne pas nuire. »

Début juin, toute­fois, Anders Tegnell, l’épi­dé­mio­lo­giste respon­sable du contrôle de la pandé­mie en Suède, a reconnu que la morta­lité avait été exces­sive en compa­rai­son à ses voisins immé­diats : 4542 décès pour 10 millions d’ha­bi­tants, alors qu’ils n’étaient que 580 au Danemark pour 5.8 millions d’ha­bi­tants, 237 en Norvège pour 5.3 millions et 321 en Finlande pour 5.5 millions. Trop de décès ont eu lieu dans des maisons de retraite dont les rési­dents étaient insuf­fi­sam­ment isolés. Il admet­tait qu’un chan­ge­ment de stra­té­gie serait néces­saire en cas de réplique, sans toute­fois remettre en cause les déci­sions qui avaient été prises (3 juin 2020A101).

Suède : taux de repro­duc­tion R0 effec­tif (ligne) pour un inter­valle de confiance à 95% basé sur des fenêtres glis­santes de 7 jours : 17 février 2020 – 25 avril 2020. Source : N5

Fin avril 2020, l’agence de santé publique suédoise a annoncé que le taux de repro­duc­tion R0 du virus SARS-Cov‑2 était tombé à 0.85±0.02, autre­ment dit que l’épi­dé­mie régres­sait puisque ce nombre est infé­rieur à 1 (29 avril 2020A127). Le 21 mai 2020, la même agence esti­mait à « un peu plus de 20% » la propor­tion d’ha­bi­tants de Stockholm ayant contracté le virus.

Ces données semblaient indi­quer que la stra­té­gie mise en œuvre était adéquate — sans effet dévas­ta­teur sur l’éco­no­mie et la vie sociale. Toutefois, la ministre des finances Magdalena Andersson a reconnu que la Suède était confron­tée à la pire crise écono­mique depuis la Seconde guerre mondiale, compa­rable en cela aux autres pays de l’Union euro­péenne. Toutefois, sachant qu’une partie impor­tante de son PIB est liée aux expor­ta­tions, on peut se deman­der si cette crise touche pareille­ment le commerce local, les services et l’artisanat.

À mi-août, les courbes de morta­lité restent plates en Suède, ce qui fait dire à certains que l’im­mu­nité collec­tive pour­rait déjà entrer en jeu grâce à la libre circu­la­tion du virus. Gibert Berdine, profes­seur asso­cié de méde­cine à l’Université du Texas et mili­tant “liber­ta­rian”, compare les résul­tats de la Suède avec ceux de villes ou états aux USA qui ont appli­qué des mesures plus ou moins strictes de verrouillage de l’éco­no­mie (15 août 2020A85) :

Les données suggèrent que les verrouillages n’ont empê­ché aucun décès dû au covid-19. Au mieux, ils ont retardé la morta­lité pendant une courte période, mais ils ne peuvent pas être pour­sui­vis à long terme. Il semble probable que l’on n’aura même pas à compa­rer la réces­sion écono­mique à la perte de vies, car le nombre final de morts après des verrouillages auto­ri­taires dépas­sera très proba­ble­ment le nombre de décès dus au fait de lais­ser les gens choi­sir comment gérer leurs propres risques. Après avoir pris en compte la dépres­sion écono­mique sans précé­dent, l’his­toire jugera proba­ble­ment ces verrouillages comme la plus grande erreur poli­tique de cette géné­ra­tion. La CoVID-19 ne sera pas vain­cue, nous devrons apprendre à coexis­ter avec elle. La seule façon dont nous pouvons apprendre la meilleure façon de faire face à la CoVID-19 est de lais­ser les indi­vi­dus gérer leurs propres risques, obser­ver les résul­tats et apprendre de leurs erreurs. Le monde a une grande dette envers la Suède pour avoir donné l’exemple que nous pour­rions tous suivre.

En exami­nant les données de l’Illinois, Berdine suggère que « le verrouillage a effec­ti­ve­ment ralenti le taux de trans­mis­sion chez les jeunes et en bonne santé, mais a égale­ment permis un délai plus long pour la trans­mis­sion des jeunes aux personnes âgées ». Il admet toute­fois qu’il faudra attendre de voir si une reprise d’épi­dé­mie aura lieu en Suède le prochain hiver ou au prin­temps pour confir­mer ce qu’il estime être un succès. Sans oublier que ces compa­rai­sons ne prennent pas en compte la densité de popu­la­tion (faible en Suède) qui est un facteur impor­tant du risque de transmission.

En France, Pr Philippe Ravaud du CRESS-UMR 1153N6 esti­mait à mi-mars qu’en l’ab­sence de confi­ne­ment 30 millions de personnes seraient atteintes, avec un pic dans 50 jours. Pour éviter ce scéna­rio — 300 à 400 000 morts selon le modèle le plus pessi­miste des épidé­mio­lo­gistes — le confi­ne­ment a été décidé le 16 mars, afin que le système de santé fran­çais dispose d’as­sez de temps, de ressources humaines et tech­niques pour soigner les malades et dimi­nuer la léta­lité de cette épidé­mie. Ceci dans l’at­tente de trai­te­ments effi­caces et de tests assez sensibles pour isoler toutes les personnes contagieuses.

Xavier Deparis, profes­seur d’épi­dé­mio­lo­gie et de santé publique, écri­vait le 4 avril 2020A144 :

Problème : nos capa­ci­tés hospi­ta­lières ont été sérieu­se­ment rabo­tées depuis plusieurs années. Le nombre élevé de cas à prendre en charge dans un court délai de temps a noyé nos services hospi­ta­liers qui ne tiennent que par l’acharnement des équipes médi­cales. Conséquence directe : la léta­lité du COVID est très certai­ne­ment supé­rieure à celle qui serait obser­vée en temps normal. De plus, et c’est inévi­table, d’autres urgences passent forcé­ment au second plan et elles sont source d’une surmor­ta­lité qui pourra être analy­sée en détails, par compa­rai­son aux années précédentes.

Solution : il faut étaler la surve­nue des cas sévères dans le temps. C’est la seule raison d’être du confi­ne­ment. Lueur d’espoir, les essais cliniques en cours pour­ront peut-être permettre d’identifier un trai­te­ment effi­cace des formes sévères. Mais il faudra attendre encore quelques semaines pour avoir un début de réponse.

En conclu­sion, plusieurs mesures supplé­men­taires pour­raient être prises rapi­de­ment : impo­ser le port du masque, même arti­sa­nal ; élar­gir nos capa­ci­tés de dépis­tage à tous les labo­ra­toires exis­tants ; auto­ri­ser la pres­crip­tion d’hydroxychloroquine et d’azithromycine selon le proto­cole défini par l’Institut Hospitalo-Universitaire de Marseille à tous les soignants et à tous les méde­cins du travail.

J’oubliais une dernière mesure. Comme disait Einstein, « casser un atome est plus facile que briser un préjugé ». En France, nous avons besoin de briser les murs de nos préju­gés : si nous nous pensions les meilleurs, il nous faut atter­rir, et vite. […]

Alors, confi­ne­ment strict imposé ou simple isola­tion des personnes à risque ? On ne saura que dans quelques mois quelle solu­tion était la meilleure, en « comp­tant les morts » dans des pays qui ont mis en place des stra­té­gies différentes…

Un rapport très critique de l’ac­tion gouver­ne­men­tale a déjà été rédigé en Allemagne (7 mai 2020A123) sous la direc­tion d’une personne quali­fiée ensuite de « lanceur d’alerte » : Stephen Kohn (1er juin 2020A104). Pour la France, il est très inté­res­sant d’écou­ter le compte-rendu d’Arnaud Fontanet, épidé­mio­lo­giste membre du Conseil scien­ti­fique gouver­ne­men­tal, dans son entre­tien avec Nicolas Martin sur France Culture (4 juin 2020A100). Lire aussi la note publiée par l’Institut Montaigne (juin 2020A96).

Jérémy Anso a publié une première analyse qui suggère qu’on ne devrait pas clas­ser les pays en fonc­tion d’une simple déci­sion poli­tique de « confi­ne­ment » (23 mai 2020A108) :

Un gouver­ne­ment qui décide de confi­ner sa popu­la­tion avec des amendes et des peines de prison sera logi­que­ment sous la bannière de « confiné », tandis qu’un pays qui ne le fait pas n’aura pas cette étiquette.

Mais déjà, ce raison­ne­ment coince. Il coince car toutes les popu­la­tions du monde n’ont pas instinc­ti­ve­ment réagi de la même manière. Il coince aussi car si tous les pays du monde n’ont pas décrété de confi­ne­ment, au sens propre, ils ont instauré d’autres mesures (ferme­ture des bars et des restau­rants, inter­dic­tion de rassem­ble­ment au-delà de deux personnes, etc.) qui impliquent de facto un confi­ne­ment, sans le nommer.

Il montre par ailleurs, à partir de données de dépla­ce­ment de télé­phones portables, que même dans des pays n’ayant pas décrété un confi­ne­ment strict (comme Singapour), les personnes ont consi­dé­ra­ble­ment réduit leurs dépla­ce­ments, la fréquen­ta­tion des commerces, les trans­ports et leurs loisirs (23 mai 2020A108). Il faudrait donc plutôt prendre en compte l’indice (de sévé­rité) du confi­ne­ment (strin­gency index) comme l’a proposé le Financial Times (22 mai 2020A109). Sur cette base, Anso montre que la Suède, avec un indice de confi­ne­ment plus faible que ses pays voisins (Danemark, Finlande et Norvège), accuse une morta­lité bien supé­rieure par million d’ha­bi­tants (Anso J, 23 mai 2020A108) : fin mai, elle n’est dépas­sée en Europe que par le Royaume-Uni, l’Italie, la Belgique et l’Espagne.

Il faut enfin tenir compte du timing : l’épi­dé­mie a été nette­ment moins meur­trière dans les pays qui ont installé très tôt des mesures de distan­cia­tion physique, sachant que les « gestes barrières » et l’ar­rêt de certaines acti­vi­tés ont aussi devancé les consignes sani­taires dans les pays les plus « vertueux ». Aux États-Unis, la Californie fait figure d’exemple puis­qu’elle a commencé son confi­ne­ment (avant la France) alors qu’au­cun cas n’avait encore été déclaré. Pour Jérémy Anso, c’est par un retour­ne­ment de causa­lité que certains critiques affirment que le confi­ne­ment aurait « causé de nombreux décès ». En réalité, il a été mis en place — tardi­ve­ment — dans des pays où la morta­lité était préoc­cu­pante, qui n’étaient pas équi­pés pour gérer cette situa­tion : pénu­rie de masques, de lits de réani­ma­tion, de person­nel soignant, de tests de dépis­tage etc.

Le 16 mars, le groupe de travail CoVID-19 de l’Imperial College au Royaume-Uni a rendu public un rapport de 20 pages titré Impact of non-pharmaceutical inter­ven­tions (NPIs) to reduce COVID19 morta­lity and heal­th­care demand (Ferguson N et al., 26 mars 2020A152). Voici une partie du résumé (j’ai souligné) :

En l’ab­sence de vaccin COVID-19, nous évaluons le rôle poten­tiel d’un certain nombre de mesures de santé publique – les inter­ven­tions dites non phar­ma­ceu­tiques (NPI) – visant à réduire les taux de contact dans la popu­la­tion et donc la trans­mis­sion du virus. Dans les résul­tats présen­tés ici, nous appli­quons un modèle de micro­si­mu­la­tion précé­dem­ment publié par deux pays : le Royaume-Uni (en parti­cu­lier la Grande-Bretagne) et les États-Unis. Nous concluons que l’ef­fi­ca­cité de toute inter­ven­tion isolée est suscep­tible d’être limi­tée, néces­si­tant la combi­nai­son de plusieurs inter­ven­tions pour avoir un impact substan­tiel sur la transmission.

Deux stra­té­gies fonda­men­tales sont possibles : (a) l’at­té­nua­tion, qui se concentre sur le ralen­tis­se­ment mais pas néces­sai­re­ment l’ar­rêt de la propa­ga­tion de l’épi­dé­mie – en rédui­sant la demande de soins de santé maxi­male tout en proté­geant contre l’in­fec­tion les personnes les plus expo­sées au risque de mala­dies graves, et (b) la suppres­sion, qui vise à inver­ser la crois­sance épidé­mique, rédui­sant le nombre de cas à de faibles niveaux et main­te­nant cette situa­tion indé­fi­ni­ment. Chaque poli­tique présente des défis majeurs.
Nous consta­tons que des poli­tiques d’atté­nua­tion opti­males (combi­nant l’iso­le­ment à domi­cile des cas suspects, la mise en quaran­taine à domi­cile des personnes vivant dans le même ménage que les cas suspects et la distan­cia­tion sociale des personnes âgées et des personnes les plus à risque de mala­die grave) pour­raient réduire le pic de la demande de soins de santé de 2/3 et les décès de moitié. Cependant, l’épi­dé­mie atté­nuée qui en résul­te­rait entraî­ne­rait proba­ble­ment des centaines de milliers de décès et des systèmes de santé (notam­ment des unités de soins inten­sifs) submer­gés à plusieurs reprises. Pour les pays capables d’y parve­nir, la suppres­sion reste l’op­tion poli­tique privi­lé­giée.
Nous montrons qu’au Royaume-Uni et aux États-Unis, la suppres­sion néces­si­tera au mini­mum une combi­nai­son de distan­cia­tion sociale de l’en­semble de la popu­la­tion, d’iso­le­ment à domi­cile des cas et de mise en quaran­taine des membres de leur famille. Cela peut devoir être complété par des ferme­tures d’écoles et d’uni­ver­si­tés, mais il faut recon­naître que ces ferme­tures peuvent avoir des impacts néga­tifs sur les systèmes de santé en raison de l’aug­men­ta­tion de l’ab­sen­téisme.
Le prin­ci­pal défi de la suppres­sion est que ce type de programme d’in­ter­ven­tion inten­sive – ou quelque chose d’équi­valent en effi­ca­cité pour réduire la trans­mis­sion – devra être main­tenu jusqu’à ce qu’un vaccin devienne dispo­nible (poten­tiel­le­ment 18 mois ou plus) – étant donné que nous prévoyons que la trans­mis­sion repren­dra rapi­de­ment une fois les contraintes relâ­chées.
Nous montrons que la distan­cia­tion sociale inter­mit­tente – déclen­chée selon les indi­ca­teurs de surveillance de la mala­die – peut permettre d’as­sou­plir tempo­rai­re­ment les inter­ven­tions dans des délais rela­ti­ve­ment courts, mais des mesures devront être réin­tro­duites si ou lorsque le nombre de cas rebon­dit. Enfin, si l’ex­pé­rience en Chine et main­te­nant en Corée du Sud montre qu’une suppres­sion est possible à court terme, il reste à voir si elle est possible à long terme et si les coûts sociaux et écono­miques des inter­ven­tions adop­tées jusqu’à présent peuvent être réduits.

Paul Mainwood, un membre du forum Quora commente le 18 mars 2020 :

Les plus récents travaux contre­disent les esti­ma­tions anté­rieures selon lesquelles une stra­té­gie d’at­té­nua­tion pour­rait fonc­tion­ner pour le Royaume-Uni. De nouveaux chiffres ont été reçus d’Italie sur l’ef­fi­ca­cité des diffé­rentes approches pour ralen­tir la mala­die, en parti­cu­lier sur le nombre très élevé de lits néces­saires en soin inten­sif. La stra­té­gie d’at­té­nua­tion est passée d’une stra­té­gie « risquée mais préfé­rable si cela fonc­tionne » à une qui est presque certaine de submer­ger le système de santé (NHS) de nombreuses fois.

Comparaison des stra­té­gies d’at­té­nua­tion : nombres de lits en service d’ur­gence rappor­tés à la popu­la­tion. Source : Imperial College UKA152

L’intervenant sur Quora continue :

Même la stra­té­gie d’atté­nua­tion la plus effi­cace ne s’ap­proche pas de la ligne rouge, ce dont on aurait besoin pour que le NHS puisse faire face.

Ainsi, l’at­té­nua­tion attein­dra approxi­ma­ti­ve­ment la situa­tion en Italie aujourd’­hui, étalée sur envi­ron trois mois. Et cela est main­te­nant reconnu comme inac­cep­table. Cela semble un appel assez tardif (mais soyons géné­reux et suppo­sons que les anciens chiffres semblaient beau­coup mieux, ce qu’ils auraient pu faire : de petites diffé­rences d’hy­po­thèses font une grande diffé­rence dans les résultats).

Donc, main­te­nant le Royaume-Uni passe à la stra­té­gie de suppres­sion. En voici les chiffres :

Scénarios de stra­té­gie de suppres­sion pour la Grande Bretagne montrant les besoins en lits de soins inten­sifs. La ligne noire montre l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie sans inter­ven­tion. En vert, une stra­té­gie de suppres­sion compre­nant la ferme­ture des écoles et des univer­si­tés, l’iso­le­ment des cas et la distan­cia­tion sociale à l’échelle de la popu­la­tion à partir de fin mars 2020. La ligne orange montre une stra­té­gie de confi­ne­ment compre­nant l’iso­le­ment des cas, la mise en quaran­taine des ménages et la distan­cia­tion sociale à l’échelle de la popu­la­tion. La ligne rouge repré­sente la capa­cité esti­mée de lits de soins inten­sifs en GB. L’ombrage bleu montre la période de 5 mois pendant laquelle ces inter­ven­tions sont suppo­sées rester en place. Le graphique (B) affiche les mêmes données que (A) mais en agran­dis­sant les niveaux infé­rieurs du graphique. Source : Imperial College UKA152

Le chan­ge­ment de stra­té­gie en Grande Bretagne a été motivé par l’ob­ser­va­tion de la situa­tion en Italie, où les statis­tiques d’hos­pi­ta­li­sa­tion et de décès étaient nette­ment plus élevées que l’avait laissé anti­ci­per l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie en Chine. Cette gravité était prin­ci­pa­le­ment due à l’âge et à l’état de santé de la popu­la­tion italienne. Or le profil de la popu­la­tion anglaise est à ces égards semblable à celui de l’Italie.

La nouvelle stra­té­gie anglaise semble­rait avoir prouvé son effi­ca­cité puisque l’Université de Cambridge et Public Health England annon­çaient, le 15 mai, que le facteur de repro­duc­tion R0 était descendu à 0.4 à Londres, contre 2.8 le 23 mars (début du confi­ne­ment) avec 200 000 nouveaux cas chaque jour. Le facteur R0 est très variable selon les régions et sa valeur est utili­sée pour ajus­ter les règles de confi­ne­ment. Sean Morrison ajoute (15 mai 2020A118) :

Selon l’Unité de biosta­tis­tique du MRC de Cambridge, le taux « R » de la ville est le plus bas du pays, alors qu’elle avait été la plus affec­tée en termes d’hos­pi­ta­li­sa­tions liées au coronavirus.

La recherche a montré que pour 10 personnes infec­tées, elles sont suscep­tibles de le trans­mettre à quatre personnes.

Selon le rapport du Telegraph sur la même modé­li­sa­tion, le nombre de nouveaux cas dans la ville dimi­nue de moitié tous les 3,5 jours et moins de 24 trans­mis­sions auraient lieu quotidiennement.

Ce pronos­tic opti­miste est mis en doute par des experts quand il sert à justi­fier une déci­sion de reprise d’ac­ti­vité : on igno­rait si la fin du confi­ne­ment ne serait pas suivie d’une seconde vague de contaminations.

Deepti Gurdasani et Hisham Ziauddeen (30 avril 2020A131) ont fait le point dans The Lancet sur les biais qui conduisent les modèles mathé­ma­tiquesA163 à des propo­si­tions stra­té­giques erro­nées, prenant exemple sur celui de Joel Hellewell et collègues utilisé par le gouver­ne­ment britan­nique dans sa lutte contre la pandé­mie CoVID-19. Le 12 mars, les Anglais avaient pris la déci­sion de ne plus effec­tuer de tests systé­ma­tiques ni de traçage des contacts, arguant que leur modèle démon­trait l’in­ca­pa­cité de telles mesures à jugu­ler l’épi­dé­mie en moins de 12 semaines. Or, un para­mètre clé du modèle était le temps écoulé entre la première appa­ri­tion de symp­tômes et la mise en quaran­taine des personnes infec­tées. Deux durées moyennes avaient été étudiées : 3.83 et 8.09 jours, avec une distri­bu­tion empi­rique calcu­lée sur la première phase de l’épi­dé­mie à Wuhan. Toutefois, entre­temps des tests rapides (en drive-in) avaient été mis en place en Corée et à Singapour, ce qui rame­nait le délai à 1 jour et chan­geait tota­le­ment la prévi­sion : le contrôle de l’épi­dé­mie aurait alors 80% de chances de réus­sir. Les auteures concluent (30 avril 2020A131) :

Les trajec­toires épidé­miques en Corée du Sud, au Japon, à Taiwan et à Singapour ont été très diffé­rentes de celles de la plupart des pays euro­péens, avec beau­coup moins de décès. Bien que plusieurs aspects des popu­la­tions et des systèmes de ces pays aient pu contri­buer à ces diffé­rences, l’un des points communs clés est l’adop­tion précoce d’une approche axée sur les tests, l’iso­le­ment et la recherche des contacts dans les pays à trajec­toires plus lentes. En effet, bon nombre de ces pays n’ont pas mis en place de mesures de verrouillage à l’échelle natio­nale ou beau­coup plus tard, après que la courbe s’est apla­tie, indi­quant poten­tiel­le­ment l’im­pact des stra­té­gies basées sur la détec­tion des cas sur la trans­mis­sion. Ces stra­té­gies basées sur la détec­tion auraient pu permettre aux pays de contrô­ler la trans­mis­sion sans mesures strictes de confi­ne­ment et de ferme­ture d’écoles, évitant ainsi les pertur­ba­tions que cela implique. Au lieu de cela, ils ont pu appli­quer des restric­tions ciblées en réponse aux épidé­mies obser­vées (par exemple, les ferme­tures d’églises en Corée du Sud). À l’op­posé, de nombreux pays euro­péens ont dû impo­ser le confi­ne­ment beau­coup plus tôt dans la chro­no­lo­gie de leurs épidémies.

Thomas AJ Meunier a publié (en preprint le 1er mai 2020A130) un article montrant que le degré de coer­cion des mesures de confi­ne­ment prises en Italie, France, Espagne et Royaume-Uni n’avait pas eu d’in­ci­dence visible sur l’évo­lu­tion de la pandémie :

En compa­rant la trajec­toire de l’épi­dé­mie avant et après le confi­ne­ment, nous ne trou­vons aucune preuve de discon­ti­nuité dans les taux de crois­sance, les temps de double­ment et les tendances des taux de repro­duc­tion. En extra­po­lant les tendances du taux de crois­sance avant le confi­ne­ment, nous four­nis­sons des esti­ma­tions du nombre de morts en l’ab­sence de toute poli­tique de confi­ne­ment et montrons que ces stra­té­gies n’ont peut-être pas sauvé de vie en Europe occi­den­tale. Nous montrons égale­ment que les pays voisins appli­quant des mesures de distan­cia­tion sociale moins restric­tives (par oppo­si­tion au confi­ne­ment à domi­cile par la police) connaissent une évolu­tion tempo­relle très simi­laire de l’épidémie.

Cet article est toute­fois criti­qué par un commen­ta­teur (Gruffmeister) pour la métho­do­lo­gie expo­sée (1er mai 2020A130) :

Les données que vous analy­sez n’ap­puient pas vos conclu­sions. Le problème prin­ci­pal est que vous avez fait beau­coup trop d’hy­po­thèses dans votre analyse des données, ce qui vous a ensuite conduit à la conclu­sion que le confi­ne­ment complet n’avait aucun effet alors que vos données ne le justi­fiaient pas. La varia­bi­lité tempo­relle entre l’in­fec­tion et le décès n’a aucune inci­dence sur l’ef­fet du confi­ne­ment — il y a beau­coup trop de variables qui agissent comme facteurs contri­bu­tifs pour en faire une mesure valide.

En réalité, avant le confi­ne­ment dans les quatre pays que vous mention­nez, les taux d’in­fec­tion et de morta­lité évoluaient expo­nen­tiel­le­ment, et non selon un ajus­te­ment de régres­sion linéaire qui rend l’ex­tra­po­la­tion incorrecte.

En utili­sant un modèle correc­te­ment adapté, vos données expo­se­raient une augmen­ta­tion beau­coup plus agres­sive du nombre de cas avant les mesures de confinement.

La conclu­sion de Thomas Meunier est que la distan­cia­tion sociale pour­rait être aussi effi­cace, à elle seule, que le confinement.

Jean-Pierre Nordmann montre sur des graphiques que la poli­tique sani­taire la plus effi­cace serait celle d’un confi­ne­ment ciblé asso­cié à un large dépis­tage au-delà des seules personnes symp­to­ma­tiques (2 mai 2020A128). La France est un des pays (avec le Royaume-Uni, l’Espagne, l’Italie et la Belgique) où le rapport du nombre de morts rapporté à la popu­la­tion était le plus élevé au même stade d’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie. Au 40e jour de l’épi­dé­mie, il était (avec 263/million) plus de deux fois celui de la Suède (119/million) et le quin­tuple de celui de l’Allemagne (43/million), pays qui n’ont pas imposé un confi­ne­ment strict mais renforcé la protec­tion des personnes fragiles et/ou procédé à un dépis­tage systé­ma­tique Le critère de l’âge de la popu­la­tion ne suffit pas à expli­quer de tels écarts (2 mai 2020A128).

Ce point de vue rejoi­gnait, à la même époque (7 mai 2020A124), celui de Michael Levitt, lauréat du prix Nobel de chimie et biophy­si­cien à l’université de Stanford. Son expli­ca­tion était que l’im­mu­nité de groupe avait pu jouer un rôle prédo­mi­nant, le virus SARS-CoV‑2 ayant été large­ment trans­porté et partagé par des patients asymp­to­ma­tiques. Ces points sont discu­tés plus bas dans la section Immunité.

Fin juin 2020, la surve­nue d’une « deuxième vague » avec des clus­ters inquié­tants en Allemagne, Suède, Portugal… démon­trait une fois de plus le simplisme de la modé­li­sa­tion mathématique. 

Épidémiologie, premières données

Pour mieux connaître les outils des épidé­mio­lo­gistes, avec un rappel sur les épidé­mies émer­gentes récentes du SRAS, de l’hé­pa­tite C, du Zika, de l’Ebola etc., je recom­mande vive­ment l’écoute de la série de cours Épidémiologie, problé­ma­tiques et enjeux au Collège de France (Arnaud Fontanet, octobre 2019A156).

Le risque de pandé­mie avait été annoncé par la commu­nauté scien­ti­fique depuis un quart de siècle, mais la classe poli­tique de tous bords n’ac­cor­dait aucune atten­tion à ces aver­tis­se­ments. Dans Le Canard enchaîné du 8 avril 2020 (page 3) Claude Angeli rappelle :

En septembre 2005, sous la prési­dence Obama, [25 experts de la CIA] avaient remis un rapport circons­tan­cié au National Intelligence Council, qui prévoyait notam­ment l’ar­ri­vée d’une pandé­mie, « une mala­die respi­ra­toire, viru­lente, extrê­me­ment conta­gieuse, [sans] trai­te­ment adéquat ». […]

Comme c’est l’usage, les services des pays alliés avaient reçu ce docu­ment, puis­qu’il ne conte­nait rien qui aurait pu nuire au président de la Grande Amérique.

Deux Livres blancs sur la défense et la sécu­rité natio­nale lanceurs de la même alerte sani­taire ont été publiés en France, en 2008 et 2013, puis en 2017 la Revue stra­té­gique de défense et de sécu­rité natio­nale décri­vait le « risque d’émer­gence d’un nouveau virus fran­chis­sant la barrière des espèces » (Angeli C, 2020). À noter que l’exis­tence de ces docu­ments peut servir à nour­rir une thèse complo­tiste selon laquelle le virus SARS-Cov‑2 aurait été « fabri­qué » par ???… Le même scéna­rio avait été imaginé pour la pandé­mie de choléra qui avait fait 19000 victimes à Paris en 1832N7.

L’ouvrage Pandémie, la grande menace de Jean-Philippe Derenne et François Bricaire (2005N8) décri­vait par le menu, lorsque la grippe H1N1 était à nos portes, les mesures à prendre pour proté­ger la popu­la­tion et dispo­ser d’in­fra­struc­tures suffi­santes pour le trai­te­ment des personnes grave­ment touchées.

Les scéna­rios inspi­rés des modèles prédic­tifs ne font pas l’una­ni­mité des spécia­listes. Selon certains viro­logues, les méca­nismes seraient plus complexes — et surtout trop aléa­toires pour four­nir des prédic­tions fiables. Une complexité qui suscite les raccour­cis, des approxi­ma­tions et la diffu­sion de fausses nouvelles.

En France, envi­ron 500 000 personnes sont touchées chaque année par des pneu­mo­niesN9 — pneu­mo­pa­thies infec­tieusesN10 d’ori­gine bacté­rienne ou virale — ayant causé plus de 13 000 morts en 2015 et 2016N11. Le SARS-CoV‑2 de l’épi­dé­mie CoVID-19 n’est qu’un parmi la ving­taine de virus en circu­la­tion ordi­nai­re­ment asso­ciés à ces pneu­mo­pa­thies (9 mars 2020A154) dont jusqu’à 35% sont dues à des coro­na­vi­rus (27 mars 2020N12). Au départ (janvier 2020), l’im­por­tance de l’épi­dé­mie CoVID-19 appa­rais­sait donc mineure du point de vue de l’épi­dé­mio­lo­gie, en dépit du tollé déclen­ché sur les réseaux sociaux par la présen­ta­tion abrupte des données statis­tiques. Cette distor­sion drama­tique du réel est compa­rable à celle que j’avais notée dans mon article Vivre bien et longtemps, compa­rant les 3500 décès annuels par acci­dent de la route, qui suscitent beau­coup d’émo­tion, aux 12 000 chutes mortelles de personnes âgées isolées dont on ne parle jamais alors qu’elles seraient évitables.

La suréva­lua­tion du taux de léta­lité de l’épi­dé­mie CoVID-19 pour­rait prove­nir d’une détec­tion insuf­fi­sante des cas et d’une prise en charge des malades à un stade trop avancé. Forte de son expé­rience de gestion de l’épi­dé­mie MERS-CoVN13 en 2015, la Corée du Sud affiche de bons résul­tats en mettant à dispo­si­tion le test de CoVID-19 au plus grand nombre plutôt que de décré­ter un confi­ne­ment géné­ralN14. Tous les porteurs du virus y sont isolés pour être surveillés médi­ca­le­ment dès le stade initial de la mala­die et pris en charge si nécessaire.

Il faut toute­fois lire avec prudence les articles qui mentionnent la Corée du Sud sans préci­ser leurs sources. Un diagramme circu­lait à mi-mars montrant que la tranche d’âge la plus atteinte dans ce pays serait 20 à 29 ans, contrai­re­ment à l’Italie et d’autres pays euro­péens où les victimes sont plutôt des personnes âgées. Le diagramme est proba­ble­ment exact mais cette compa­rai­son n’est pas perti­nente : sur son fil twit­ter (15 mars twit​ter​.com/​s​u​n​g​j​i​n​y​ang) Yang Sun-jin, éditeur du Korea Herald, expli­quait que 80% des cas en Corée du Sud proviennent de (jeunes) membres de l’Église Shincheonji de JésusN15 accu­sés d’avoir déli­bé­ré­ment trans­mis le virus (twit​ter​.com/​h​a​s​h​t​a​g​/​s​h​i​n​c​h​e​o​nji). Le 16 mars, les Sud-Coréens ont décou­vert de nouveaux foyers d’in­fec­tion, notam­ment à Seongnam au sud de Séoul où 40 personnes ont été touchées, toutes membres d’une église protes­tante qui ne respec­tait pas l’in­ter­dic­tion de tout rassem­ble­mentN16.

Professeur depuis 2015 aux dépar­te­ments de physique et de sciences de la vie à l’UNIST (Ulsan National Institute of Science & Technology, Corée du Sud), en déta­che­ment du CNRS, François Amblard a rédigé pour l’Académie des sciences un rapport sur la gestion de l’épi­dé­mie CoVID-19 en CoréeN17. Il décla­rait au Quotidien du méde­cin le 5 mai 2020A125 :

On a entendu des âneries, y compris au plus haut de l’État fran­çais, sur la Corée du Sud. Il a été dit que les solu­tions qui ont été employées y ont fonc­tionné car ce pays n’était pas démo­cra­tique, et que les Coréens n’ont pas de problème avec le fait d’être traqués en perma­nence. Or, le débat démo­cra­tique ne s’est jamais arrêté : des élec­tions légis­la­tives se sont tenues le 15 avril.

Le fonde­ment cultu­rel et philo­so­phique coréen, c’est le respect de la connais­sance, du savoir, de la science et de la méde­cine qui tranche avec l’es­pèce de rela­ti­visme qu’on voit s’ins­tal­ler un peu partout. Ce respect n’est pour­tant pas étran­ger à nos valeurs en France. […]

Les Coréens ont adhéré massi­ve­ment à la poli­tique de dépis­tage parce qu’elle est très claire, présen­tée par des profes­sion­nels et non par des poli­tiques, et d’une façon adulte. À l’inverse, la commu­ni­ca­tion fran­çaise est présen­tée par des poli­tiques qui prennent la popu­la­tion de très haut, sans direc­tion fixe, et livrent une série de mensonges dont personne n’est dupe. Le problème de l’una­ni­mité en France est celui de la confiance.

Le problème des Français est aussi de croire que tout méde­cin est un (oracle) scientifique…

Il a été signalé très tôt que la léta­lité était suréva­luée dans les pays euro­péens, car rappor­tée au seul nombre des patients hospi­ta­li­sés et non des personnes iden­ti­fiées porteuses du virus SARS-Cov‑2. Une popu­la­tion dont 100% des membres ont béné­fi­cié du dépis­tage est celle du navire Diamond Princess. Selon le rapport du CDC (27 mars 2020A146) :

Parmi les 3 711 passa­gers et membres d’équi­page du Diamond Princess, 712 (19,2 %) ont eu un résul­tat posi­tif au test de dépis­tage du SRAS-CoV‑2. Parmi ceux-ci, 331 (46,5 %) étaient asymp­to­ma­tiques au moment du test. Parmi les 381 patients symp­to­ma­tiques, 37 (9,7 %) ont néces­sité des soins inten­sifs et neuf (1,3 %) sont décédés.

C’était une popu­la­tion âgée avec vrai­sem­bla­ble­ment un nombre impor­tant de mala­dies méta­bo­liques. En ajus­tant cette statis­tique sur la pyra­mide des âges aux USA, compte tenu d’autres incer­ti­tudes, le taux moyen de léta­litéN18 serait plutôt entre 0.05% et 1%, soit infé­rieur à celui d’une grippe saison­nièreA151. Toutefois, JS Faust et C del Rio donnent 0.5% après ajus­te­ment, corres­pon­dant à 10 fois celui d’une grippe saison­nière (14 mai 2020A121).

Dr John Lee soule­vait dans The Spectator quelques points spéci­fiques du Royaume-Uni (4 avril 2020A145) :

Si une personne meurt d’une infec­tion respi­ra­toire au Royaume-Uni, la cause spéci­fique de l’in­fec­tion n’est géné­ra­le­ment pas enre­gis­trée, à moins que la mala­die ne soit une « mala­die à décla­ra­tion obli­ga­toire » rare. Ainsi, la grande majo­rité des décès dus à des mala­dies respi­ra­toires au Royaume-Uni sont enre­gis­trés comme bron­cho­pneu­mo­nie, pneu­mo­nie, vieillesse ou une dési­gna­tion simi­laire. Nous ne faisons pas vrai­ment de tests pour la grippe ou d’autres infec­tions saison­nières. Si le patient a, par exemple, un cancer, une mala­die des neurones moteurs ou une autre mala­die grave, cela sera enre­gis­tré comme la cause du décès, même si la mala­die finale était une infec­tion respi­ra­toire. Cela signi­fie que les certi­fi­ca­tions britan­niques sous-enregistrent norma­le­ment les décès dus à des infec­tions respiratoires.

Examinons main­te­nant ce qui s’est passé depuis l’émer­gence de la Covid-19. La liste des mala­dies à décla­ra­tion obli­ga­toire a été mise à jour. Cette liste (…) a été modi­fiée pour inclure la Covid-19. Mais pas la grippe. Cela signi­fie que tout test posi­tif pour la Covid-19 doit être noti­fié, d’une manière qui ne l’est pas pour la grippe ou la plupart des autres infections.

Dans le climat actuel, toute personne ayant un test posi­tif pour la Covid-19 sera certai­ne­ment connue du person­nel soignant qui s’oc­cupe d’elle : si l’un de ces patients meurt, le person­nel devra inscrire la dési­gna­tion Covid-19 sur le certi­fi­cat de décès — contrai­re­ment à la pratique habi­tuelle pour la plupart des infec­tions de ce type. Il y a une grande diffé­rence entre le décès causé par la Covid-19 et le fait de trou­ver la Covid-19 chez une personne qui est morte d’autres causes.

Rendre la Covid-19 noti­fiable pour­rait donner l’im­pres­sion qu’elle cause un nombre crois­sant de décès, que cela soit vrai ou non. Il pour­rait sembler beau­coup plus meur­trier que la grippe, simple­ment en raison de la façon dont les décès sont enregistrés. […]

Cette façon inha­bi­tuelle de signa­ler les décès dus à la Covid-19 explique le constat évident que la plupart de ses victimes présentent des affec­tions sous-jacentes (et seraient norma­le­ment sensibles à d’autres virus saison­niers, qui ne sont prati­que­ment jamais enre­gis­trés comme une cause spéci­fique de décès).

Expert dans la détec­tion de biais métho­do­lo­giques en épidé­mio­lo­gie, John PA Ioannidis regret­tait à mi-mars qu’on navigue dans le brouillard à devoir prendre des déci­sions radi­cales en l’ab­sence de données fiables (17 mars 2020A151) :

Le taux de léta­lité de Covid-19 pourrait-il être aussi bas ? Non, disent certains, souli­gnant le taux élevé chez les personnes âgées. Cependant, même certains coro­na­vi­rus dits « bénins » ou de type « rhume ordi­naire » connus depuis des décen­nies peuvent avoir des taux de léta­lité pouvant atteindre 8% lors­qu’ils infectent des personnes âgées dans des maisons de soins. En fait, de tels coro­na­vi­rus « bénins » infectent des dizaines de millions de personnes chaque année et repré­sentent 3 à 11% des personnes hospi­ta­li­sées chaque hiver aux États-Unis pour des infec­tions des voies respi­ra­toires infé­rieures.

Ces coro­na­vi­rus « bénins » peuvent être impli­qués dans plusieurs milliers de décès chaque année dans le monde, bien que la grande majo­rité d’entre eux ne soit pas docu­men­tée par des tests précis. Au lieu de cela, ils se perdent sous forme de bruit parmi les 60 millions de décès de causes diverses chaque année. […]

Dans une série d’au­top­sies qui ont signalé des virus respi­ra­toires chez 57 personnes âgées décé­dées au cours de la saison grip­pale 2016 à 2017, des virus grip­paux ont été détec­tés dans 18% des échan­tillons, tandis que d’autres types de virus respi­ra­toires ont été trou­vés dans 47%. Chez certaines personnes qui meurent de patho­gènes respi­ra­toires viraux, plus d’un virus est détecté lors de l’au­top­sie et les bacté­ries sont souvent en ajout. Un test posi­tif pour le coro­na­vi­rus ne signi­fie donc pas néces­sai­re­ment que ce virus est prin­ci­pa­le­ment respon­sable de la mort d’un patient.

Il ajou­tait le 19 mars 2020A149 :

Le coût éven­tuel d’une telle pertur­ba­tion est notoi­re­ment diffi­cile à prévoir. Une cita­tion de 2,7 billions [millions de millions] de dollars […] est tota­le­ment spécu­la­tive. Cela dépend beau­coup de la durée de l’ano­ma­lie. L’économie et la société mondiales reçoivent déjà un coup dur d’une épidé­mie qui autre­ment (le 14 mars) repré­sente 0,01% des 60 millions de décès annuels dans le monde, toutes causes confon­dues, et qui tue presque exclu­si­ve­ment les personnes dont l’es­pé­rance de vie est rela­ti­ve­ment faible. […]

L’épidémie de coro­na­vi­rus de cette année est clai­re­ment sans précé­dent en termes d’at­ten­tion reçue. Les médias ont capi­ta­lisé sur la curio­sité, l’in­cer­ti­tude et l’hor­reur. Une requête Google sur « coro­na­vi­rus » a donné 3 550 000 000 résul­tats le 3 mars et 9 440 000 000 résul­tats le 14 mars. Inversement, la « grippe » a attiré 30 à 60 fois moins d’at­ten­tion, bien que cette saison elle ait jusqu’à présent causé envi­ron 100 fois plus de décès dans le monde que le coronavirus.

Ce point de vue mérite d’être actua­lisé car il a été émis à une période où le nombre de victimes était encore peu élevé en compa­rai­son avec les données des infec­tions saison­nières. Une théo­rie néga­tion­niste a vu le jour — et bat son plein dans les milieux ultra­con­ser­va­teurs des USA ou du Brésil — selon laquelle les statis­tiques seraient déli­bé­ré­ment falsi­fiées pour entre­te­nir une culture de la peurN19 justi­fiant des mesures liberticides.

Statistiques saision­nières de décès par grippe ou pneu­mo­nie aux USA. En rouge, l’an­née 2020.

Denis Minger a analysé et décons­truit les argu­ments utili­sés par les adeptes de cette croyance (2020A138). Un des argu­ments était qu’en mars 2020 les statis­tiques de décès par pneu­mo­nie ou grippe auraient chuté spec­ta­cu­lai­re­ment aux USA, lais­sant croire que ces malades avaient été (déli­bé­ré­ment ?) reclas­sés comme victimes de CoVID-19. Or cette appa­rente chute est due au fait que les certi­fi­cats de décès, pour les mala­dies pulmo­naires en parti­cu­lier, sont saisis à la main et peuvent mettre jusqu’à 8 semaines pour appa­raître dans les statis­tiques natio­nales. Le déca­lage entre les courbes de la 13e semaine et celles établies après le trai­te­ment complet des certi­fi­cats est remar­qua­ble­ment illus­tré sur une anima­tion (10 avril 2020A143) qui en affiche l’évo­lu­tion sur 10 ans :

The “recent drop” in U.S. pneu­mo­nia deaths is actually an always-present lag in repor­ting. Source : A143

Les taux de morta­lité par CoVID-19 sont au contraire proba­ble­ment sous-évalués (1er juillet 2020A90). On peut consta­ter, en France, une explo­sion de la morta­lité globale en mars 2020 mesu­rée à mi-avril grâce aux statis­tiques de l’INSEE excep­tion­nel­le­ment mises à jour chaque semaine. Dans les dépar­te­ments les plus touchés, cette surmor­ta­lité était deux à trois fois supé­rieure au nombre offi­ciel de victimes de CoVID-19 (10 avril 2020A142). On peut donc s’at­tendre à ce que les nombres de victimes soient ajus­tés à la hausse une fois que toutes les décla­ra­tions auront été trans­mises. Des données de surmor­ta­lité dans plusieurs pays, montrant la même tendance, sont recen­sées sur la page Excess MortalityN20. Ce qui est dénoncé comme un « mensonge d’État » est donc simple­ment un déca­lage lié à la lenteur rela­tive de trans­mis­sion des données. Je ne prétends pas que ce soit toujours le cas, ni que la culture de la peur serait absente de la commu­ni­ca­tion gouver­ne­men­tale ; mais l’in­ter­pré­ta­tion des statis­tiques n’en four­nit pas (encore) la preuve…

Aux États-Unis, Jeremy Samuel Faust et Carlos del Rio ont remis en ques­tion, sur la base des données du Centre for Disease Control (CDC) début mai, la compa­rai­son des nombres de décès causés par la CoVID-19 et par la grippe saison­nière, qui font dire aux médias (et à certains poli­ti­ciens) que la CoVID-19 ne tuerait pas plus que la grippe, en contra­dic­tion avec le vécu du person­nel hospi­ta­lier. Ils expliquent (14 mai 2020A121) :

La raison profonde de ces compa­rai­sons incor­rectes peut être un manque de connais­sances sur la façon dont les données sur la grippe saison­nière et la COVID-19 sont rendues publiques. Le CDC, comme de nombreux orga­nismes simi­laires de lutte contre les mala­dies dans le monde, présente la morbi­dité et la morta­lité liées à la grippe saison­nière non pas comme des chiffres bruts mais comme des esti­ma­tions calcu­lées sur la base des codes soumis de la Classification inter­na­tio­nale des mala­dies. Entre 2013–2014 et 2018–2019, les décès annuels esti­més dus à la grippe variaient de 23000 à 61000. Au cours de cette même période, cepen­dant, le nombre de décès dus à la grippe recen­sés se situait entre 3448 et 15620 par an. En moyenne, Les esti­ma­tions des décès attri­buables à la grippe par les CDC étaient près de 6 fois supé­rieures aux chiffres recen­sés. Inversement, les décès par COVID-19 sont actuel­le­ment comp­tés et signa­lés direc­te­ment, non esti­més. Par consé­quent, la compa­rai­son la plus valable consis­te­rait à compa­rer les dénom­bre­ments hebdo­ma­daires des décès dus à COVID-19 aux dénom­bre­ments hebdo­ma­daires des décès dus à la grippe saisonnière.

Les cher­cheurs ont donc comparé les décomptes des décès de CoVID-19 pendant la troi­sième semaine d’avril (15455) avec les données réelles pendant les semaines de pic d’épi­dé­mie grip­pale entre 2013 et 2019 (752 en moyenne). En tenant compte des incer­ti­tudes, ils ont estimé que (14 mai 2020A121) :

[…] les décès par CoVID-19 étaient de 9.5 à 44 fois plus nombreux que ceux pendant les semaines de pic de grippe saison­nière aux USA ces 7 dernières années, avec une augmen­ta­tion moyenne de 20.5 fois. […] Nous dédui­sons de notre analyse que les esti­ma­tions annuelles du CDC suréva­luent consi­dé­ra­ble­ment le nombre réel de décès causés par la grippe, ou que le nombre actuel de décès recen­sés par COVID-19 sous-évalue consi­dé­ra­ble­ment le nombre réel de décès causés par le SARS-CoV‑2, ou les deux.

À l’in­verse de cette évalua­tion correc­tive, des décès par CoVID-19 ne sont pas comp­ta­bi­li­sés en raison des faux-négatifs dans les tests : chez un patient au stade inflam­ma­toire de la mala­die, la charge virale peut avoir forte­ment dimi­nué. D’autre part, des décès par la grippe ne sont pas pris en compte car il n’y a aucune obli­ga­tion de décla­ra­tion, contrai­re­ment à la CoVID-19 ; les épidé­mio­lo­gistes utilisent des facteurs de correc­tion tenant compte de la sous-déclaration. Nous l’avons vu, des décès ont pu être attri­bués par erreur à la CoVID-19.

En France, l’exa­men des statis­tiques hebdo­ma­daires de décès (source : INSEE) abou­tit au constat inverse de celui de Faust et del Rio : « La grippe 2020 [a été] plus meur­trière en France que le SARS-COV‑2, selon les cumuls hebdo­ma­daires de décès pendant les 2 périodes épidé­miques succes­sives » (F Pesty, 20 mai 2020A113).

Une esti­ma­tion des taux de morta­lité et de léta­lité de la CoVID-19 serait préma­tu­rée. Mais Faust et del Rio (14 mai 2020A121) déplorent que le gouver­ne­ment améri­cain ait mal inter­prété les données publiées pour remettre en route l’éco­no­mie en suppo­sant qu’on avait affaire à « juste une nouvelle grippe ». Ils suggèrent de « compa­rer des pommes avec des pommes et non des pommes avec des oranges ». Début juillet 2020, les éditeurs du JAMA écrivent (1er juillet 2020A88) :

Fin mai 2020, plus de 100 000 personnes aux États-Unis étaient décé­dées des suites d’une mala­die à coro­na­vi­rus 2019 (COVID-19) […]. Les repor­tages ont déploré ce nombre, le compa­rant à la capa­cité d’un grand stade de foot­ball ou d’une petite ville et notant sa simi­li­tude avec le nombre de soldats améri­cains tués pendant la Première Guerre mondiale ou dans les guerres coréenne et viet­na­mienne combinées […].

La mort semble être une mesure précise de l’évolution et des effets de la pandé­mie — le pire résul­tat, un résul­tat sans équi­voque. Cependant, le nombre de décès attri­bués à la COVID-19 dans les rapports offi­ciels est proba­ble­ment une sous-estimation des décès causés par le syndrome respi­ra­toire aigu sévère coro­na­vi­rus 2 (SARS-CoV‑2). De plus, la statis­tique n’in­clut pas les décès indi­rec­te­ment impu­tables au virus et les mesures utili­sées pour le contenir. […]

Comment est-il alors possible d’es­ti­mer le véri­table effet de cette pandé­mie en tenant compte de ces diffé­rents facteurs ? Une façon consiste à esti­mer les décès en excès (c.-à‑d. au delà de ce qui serait attendu). Dans ce numéro de JAMA, Woolf et ses collègues ont comparé le nombre de décès exces­sifs aux États-Unis entre le 1er mars 2020 et le 25 avril 2020 avec les 6 années précé­dentes [1er juilletA89]. Sur la base des données de 2014 à 2019, les auteurs s’at­ten­daient à 419 058 décès mais ont observé 505 059, soit un excès de 87 001 décès. Ils ont estimé que 65% étaient attri­buables à la COVID-19, lais­sant 35% des décès excé­den­taires inex­pli­qués. Certains de ces décès peuvent être dus à des inexac­ti­tudes dans les données (par exemple, des décès mal clas­sés, des rapports incom­plets) ou à l’absence de soins. Si le même schéma se pour­sui­vait jusqu’à la fin du mois de mai, il y aurait, comme indi­qué, 100 000 décès impu­tables au COVID-19, mais envi­ron 135 000 décès au total impu­tables à la pandé­mie. Woolf et al [1er juilletA89] four­nissent égale­ment des esti­ma­tions état par état des décès exces­sifs et un compte rendu plus détaillé des 5 États les plus touchés par COVID-19.

Comme nous le disait Michel Odent dans un sémi­naire : « L’épidémiologie c’est tout sauf l’his­toire de ma voisine ! » La compa­rai­son des taux de morta­litéN21 — et non de léta­litéN18 — de l’épi­dé­mie CoVID-19 et de la grippe saison­nière avait fait (pré)dire à des cher­cheurs, au début de l’an­née, qu’il s’agi­rait d’une « simple grip­pette »… La percep­tion de la morta­lité n’est pas la même selon les données statis­tiques et le vécu de décès inat­ten­dus parmi ses proches. Cette pandé­mie a été présen­tée comme terri­fiante en l’ab­sence de certi­tude sur les modes de trans­mis­sion, les moyens de protec­tion et de trai­te­ment des individus.

Une surveillance systé­ma­tique des infec­tions respi­ra­toires aiguës est réali­sée, en France métro­po­li­taine, par GEODESA1, CoVID TrackerA4, Coronavirus nombre de cas en FranceA3 et (pour les méde­cins géné­ra­listes) le Réseau SentinelleA5. Ce suivi permet de distin­guer les « syndromes grip­paux » de ceux de la pandé­mie CoVID-19.

Dépister

Membre à cette époque du conseil scien­ti­fique fran­çais dédié au coro­na­vi­rus, le profes­seur Didier Raoult — voir portrait le 7 novembre 2020A67 — s’ex­pri­mait avec la même défiance des prédic­tions mathé­ma­tiques de morta­lité dans une vidéo le 17 mars 2020N22. Il regret­tait l’emballement face à un coro­na­vi­rus qu’il invi­tait depuis des semaines à détec­ter et à soigner (16 mars 2020N23) :

[À l’IHUN24] Nous avons sans doute fait plus de tests du coro­na­vi­rus que tous les autres labo­ra­toires fran­çais réunis, avec aussi bien des formes modé­rées que graves. Le PACA [Région Sud] est peut-être épar­gné avec un seul décès, mais ça prou­ve­rait que les géné­ra­li­sa­tions sont fausses. Les écosys­tèmes sont diffé­rents entre Paris intra-muros, Wuhan, la région PACA, et il y a le risque non mesu­rable car chao­tique des super-contaminateurs, diffi­ci­le­ment compré­hen­sibles. On sait tout de même main­te­nant mesu­rer les charges virales et on voit que des gens ont des quan­ti­tés de virus un million de fois plus impor­tantes que d’autres. Logiquement, cela peut jouer un rôle dans la conta­mi­na­tion, avec d’autres choses comme le comportement.

Reste qu’au­jourd’­hui la plupart de nos patients viennent pour des symp­tômes respi­ra­toires dus à la ving­taine d’autres virus qui circulent, ou parce qu’ils ont rencon­tré quel­qu’un qui avait le coro­na­vi­rus. Ils sont affo­lés et veulent savoir s’ils n’ont pas un truc qui va les tuer.

L’hétérogénéité de la popu­la­tion infec­tée en termes de charge virale — l’exis­tence de super-contaminateurs — mettait en défaut des modèles prédic­tifs comme le SIR (Susceptible, Infectious, RemovedN25) permet­tant d’an­ti­ci­per l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie à partir du simple facteur de repro­duc­tion R0, le nombre de personnes qu’un indi­vidu infecté peut conta­mi­ner. Laurent Hébert-Dufresne et ses collègues ont proposé, sur la base de données nouvelles, un modèle tenant compte de cette hété­ro­gé­néité : « Nous démon­trons que sans données sur l’hé­té­ro­gé­néité des infec­tions secon­daires pour les mala­dies infec­tieuses émer­gentes comme la CoVID-19, l’in­cer­ti­tude sur la taille des vagues de conta­mi­na­tion varie consi­dé­ra­ble­ment : dans le cas de la CoVID-19, de 10 à 70% des indi­vi­dus sensibles » (16 avril 2020A139). Les indi­vi­dus « sensibles » (“suscep­tible” en anglais) sont les indi­vi­dus sains en contact avec des personnes conta­gieuses [2020N25].

« Nul ne peut combattre un incen­die les yeux bandés » avait déclaré, le 16 mars 2020, le président de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), Tedros Adhanom Ghebreyesus qui préco­ni­sait la stra­té­gie “Test and Treat”. Mais Jérôme Salomon, direc­teur géné­ral de la santé (DGS) en France, avait balayé du coude cette décla­ra­tion en répon­dant, le 17 mars 2020 : « En circu­la­tion active, le test n’a pas beau­coup d’intérêt, aucun pays ne l’a fait. […] Ce qu’il faut, c’est rester chez soi, car on est tous poten­tiel­le­ment porteurs » (21 mars 2020A147). Il parais­sait igno­rer que les Sud-Coréens prati­quaient 18 000 tests par jour…

Jérôme Salomon s’est heureu­se­ment contre­dit le 20 mars 2020 en décla­rant : « Le passage en phase 3 épidé­mique entraîne aussi un chan­ge­ment de doctrine concer­nant les tests. » Le profes­seur Jean-François Delfraissy, président du conseil scien­ti­fique fran­çais, a reconnu : « Si l’on n’a pas choisi cette stra­té­gie [de dépis­tage à large échelle] en France, c’est parce qu’on n’avait pas la capa­cité, dans un premier temps, de réali­ser des tests pour de très nombreuses personnes… » :

La doctrine offi­cielle, en France le 21 mars 2020, était que le dépis­tage à grande échelle serait utilisé pour « sortir du confi­ne­ment toutes les personnes testées néga­tives ». On atten­dait beau­coup de la décou­verte de tests plus rapides ou/et moins onéreux qui permet­traient d’im­plé­men­ter à grande échelle un dépis­tage systé­ma­tiqueN26.

Le 21 mars 2020, 120 labo­ra­toires fran­çais étaient habi­li­tés à effec­tuer des tests, mais « face à la pénu­rie de gants, de lunettes et de masques, les biolo­gistes et infir­miers de ces labo­ra­toires ne [pouvaient] pas effec­tuer les prélè­ve­ments sans risquer d’être conta­mi­nés, puis de propa­ger le virus eux-mêmes » (2020A147). L’autorisation leur avait été donnée trop tard pour qu’ils puissent prendre leurs dispo­si­tions à la hauteur de la demande. Lionel Barrand, président des jeunes biolo­gistes médi­caux, décla­rait : « Si l’État avait aidé tous les labo­ra­toires à obte­nir le maté­riel de protec­tion néces­saire aux prélè­ve­ments, on aurait pu avoir cinq, six fois plus de dépis­tages » (21 mars 2020A147).

Le suivi des cas testés posi­tifs, même en l’ab­sence de symp­tômes, est d’au­tant plus perti­nent que lorsque les patients arrivent en réani­ma­tion leur charge virale a si forte­ment dimi­nué qu’un trai­te­ment anti­vi­ral ne serait d’au­cun bénéfice.

Un article très péda­go­gique expli­quant le fonc­tion­ne­ment des tests PCR a été publié sur le site de l’AIMSIB (25 avril 2021A39).

➡ Dans les premières versions de cet article figu­raient ici les chapitres dépla­cés vers Saga de la chloroquine.

Transmission et immunité collective

Le Canard Enchaîné, 3 juin 2020

Fin mai 2020, les courbes de morta­lité par CoVID-19 étaient sur une pente descen­dante partout en Europe : le 21 mai, la France passait au-dessous de la barre des 100 décès quoti­diens et l’Espagne en dessous de 50. Le 28 mai, le ministre de la santé Olivier Véran annon­çait que le taux effec­tif de repro­duc­tion R0 dans l’Hexagone était retombé à 0.77 — ce qui, au passage, rendait inutile la propo­si­tion d’une appli­ca­tion de traçage StopCovidN27 initia­le­ment conçue pour un taux égal ou supé­rieur à 3. Au niveau de la confi­den­tia­lité, cette appli­ca­tion “made in France” lais­sait à dési­rer puis­qu’elle utili­sait le dispo­si­tif de sécu­rité reCAPTCHA de Google qui récu­père l’adresse IP de l’uti­li­sa­teur sur un serveur… améri­cain. Ce problème du CAPTCHA avait été signalé par la CNIL le 25 mai 2020N28.

Au niveau mondial à mi-mai 2020, la barre des 290 000 morts par CoVID-19 était fran­chie, corres­pon­dant à la four­chette basse de la morta­lité d’une grippe saison­nière selon l’OMS. On peut donc se deman­der si les épidé­mies de grippe à venir donne­ront lieu aux mêmes mesures de protec­tion sani­taire que celle du SARS-CoV‑2 en 2020…

Interrogés par les médias, les experts — qui ne disposent d’au­cune donnée fiable pour appuyer leurs propos — sont parta­gés sur les raisons de l’ac­cal­mie : effet du confi­ne­ment, d’un meilleur respect des gestes barrières, du port du masque, des tests systé­ma­tiques, du chan­ge­ment de saison ? Ou une combi­nai­son de ces facteurs ? La compa­rai­son des courbes de morta­lité et leur répar­ti­tion par âges dans diffé­rentes villes et régions de France pour­rait four­nir un indice de la qualité du dépis­tage et de la prise en charge des personnes infec­tées (19 mai 2020A117) :

Source : A114

La fin de l’épi­dé­mie est condi­tion­née par le fran­chis­se­ment d’un seuil de pour­cen­tage de personnes immu­ni­sées par l’ex­po­si­tion au virus, sous réserve que cette immu­nité soit effec­tive et assez longue, ce qui n’est pas encore certain avec le SARS-CoV‑2 (voir ci-dessous). En extra­po­lant à partir des données actuelles, Xavier Deparis écri­vait à ce sujet (4 avril 2020A144) :

Pour que l’épidémie cesse, il faudra atteindre une immu­nité de masse. Par exemple, pour la rougeole, le seuil est de 95%. Ceci signi­fie que lorsque 95% de la popu­la­tion est immu­ni­sée contre la rougeole, le virus de la rougeole ne peut plus circu­ler dans la popu­la­tion et les cas de rougeole dispa­raissent ou sont extrê­me­ment rares. Dans le cas du COVID-19, compte-tenu de sa conta­gio­sité heureu­se­ment moindre que celle de la rougeole, il est possible de consi­dé­rer qu’une immu­nité de masse de l’ordre de 75% stop­pera l’épidémie. Seuls quelques cas ou foyers ponc­tuels conti­nue­ront à être obser­vés, passé ce seuil. Donc, pour un million de personnes expo­sées au COVID-19, nous décomp­te­rons en fin d’épidémie 750 000 personnes conta­mi­nées. Sur ces 750 000 personnes, 1% auront fait une forme sévère de la mala­die néces­si­tant une hospi­ta­li­sa­tion, soit 7500, dont une sur six sera décé­dée, soit 1250 [par million d’individus].

Ce calcul faisait anti­ci­per une borne supé­rieure de 83 000 morts en France. Le seul moyen d’évi­ter un bilan aussi élevé est de mettre au point des procé­dures de prise en charge des patients au stade initial de l’in­fec­tion avec des trai­te­ments adap­tés à leur cas. Prendre exemple sur l’Allemagne qui affiche 7 fois moins de décès dans des condi­tions sani­taires simi­laires à celles de la France…

Le seuil de 70% pour l’ac­qui­si­tion d’une immu­nité collec­tive au SARS-CoV‑2 a été évalué au doigt mouillé à partir d’un modèle simple de trans­mis­sion basé sur une homo­gé­néité « où nous aurions grosso modo tous la même proba­bi­lité d’infecter n’importe quel autre indi­vidu » (22 mai 2020A110) : si R0 est le facteur de trans­mis­sion, le seuil théo­rique devrait être 100 x (1 – 1/R0). Nous avons vu que l’uni­cité de R0 était loin d’être le cas si l’on tient compte de l’exis­tence de « super-contaminateurs » dont la charge virale serait un million de fois supé­rieure à celle des autres sujets infec­tés (voir Dépister ci-dessus). On observe donc plutôt des clus­ters de conta­mi­na­tion induits par des réunions dans un espace clos (réunions fami­liales etc.) en présence d’au moins une personne super-contaminatrice… La trans­mis­sion par les « aéro­sols » — les micro­par­ti­cules émises par des personnes conta­mi­nées — est trop négli­gée dans les pratiques de port du masque en milieu fermé (Dupagne D, 2021A42). L’évolution n’est plus expo­nen­tielle mais les chaînes de conta­mi­na­tion forment une arbo­res­cence (20 mai 2020A115) :

Chaîne de conta­mi­na­tion dans un espace hété­ro­gène. Source : A115

Ce modèle de trans­mis­sion prédi­sait une deuxième vague de conta­mi­na­tion, en automne, nette­ment moins impor­tante que celle anti­ci­pée par le modèle SIR. Il semble que cette prédic­tion se soit avérée exacte. Toutefois, on ne connaît pas l’évo­lu­tion dans le temps de cette hété­ro­gé­néité. Lise Barnéoud écri­vait (22 mai 2020A110) :

« Notre réseau est peut-être hété­ro­gène actuel­le­ment parce que les travailleurs essen­tiels sont au front alors que la plupart d’entre nous sont à la maison », souligne Nathalie Dean, biosta­tis­ti­cienne à l’Université de Floride. Mais que se passe-t-il en « temps de paix » ? « Notre struc­ture en réseau ne tendrait-elle pas à deve­nir plus homo­gène ? » Ce serait pour le coup une très mauvaise nouvelle. Chacun de nous devien­drait une porte ouverte au virus, qui pour­rait alors entrer de toute part dans l’organisme géant de la popu­la­tion. Ce qui se tradui­rait par une deuxième vague catastrophique.

Avec des modèles prenant en compte les situa­tions locales réelles, des épidé­mio­lo­gistes situaient le seuil d’im­mu­nité collec­tive entre 10 et 20%. Le facteur de repro­duc­tion R0 n’est donc pas suffi­sant pour prédire l’éten­due de l’épi­dé­mie. Une équipe de mathé­ma­ti­ciens concluait (16 avril 2020A139) :

[…] Nous réité­rons que lorsque l’on tient compte de la distri­bu­tion complète des cas secon­daires causés par une personne infec­tée, il n’y a pas de rela­tion directe entre R0 et la taille d’une vague de conta­mi­na­tion. Nous insis­tons égale­ment sur le fait que R0 et la distri­bu­tion complète des cas secon­daires ne sont pas des proprié­tés de la mala­die elle-même, mais plutôt des proprié­tés du patho­gène, de la popu­la­tion hôte et du contexte de l’épi­dé­mie. Néanmoins, nous four­nis­sons une métho­do­lo­gie simple pour traduire les esti­ma­tions de l’hé­té­ro­gé­néité de la trans­mis­sion en prévi­sions épidé­miques. Dans l’en­semble, la prévi­sion de la taille de l’épi­dé­mie sur la base de données précoces est un défi incroya­ble­ment complexe, mais qui est de plus en plus à portée de main en raison de nouvelles analyses mathé­ma­tiques et d’une commu­ni­ca­tion plus rapide des données de santé publique.

Il reste que la trans­mis­sion du virus reste condi­tion­née par la distan­cia­tion physique. L’hypothèse d’un seuil moins élevé pour l’im­mu­nité collec­tive ne devrait donc pas servir de prétexte au relâ­che­ment de toute précau­tion sanitaire.

Malgré les échecs de ces modé­li­sa­tions prédic­tives basées sur une valeur fixe du R0, les épidé­mio­lo­gistes ont conti­nué à (pré-)publier des « résul­tats » utili­sés pour donner un vernis scien­ti­fique aux déci­sions des auto­ri­tés sani­taires. Par exemple, l’étude menée à l’Institut Pasteur (Bosetti P et al., 6 septembre 2021A26) prédi­sait une forte inci­dence des hospi­ta­li­sa­tions chez les personnes non-vaccinées de plus de 60 ans : « Dans notre scéna­rio de réfé­rence, les personnes non-vaccinées de plus de 60 ans repré­sentent 3% de la popu­la­tion mais 43% des hospi­ta­li­sa­tions ». Calcul basé sur un R0 arbi­trai­re­ment fixé à 5, et résul­tat en contra­dic­tion avec les données de morta­lité clas­sées par tranches d’âges et statut vacci­nal dans plusieurs États améri­cains. Ces données de John Hopkins University ont été repro­duites sur un post de Patrice Gibertie (19 septembre 2021N29) qui remarque avec justesse :

Jadis les sovié­tiques dispo­saient de la meilleure école de mathé­ma­ti­ciens du monde, ils obte­naient des prévi­sions tota­le­ment fausses à partir de construc­tions mathé­ma­tiques merveilleu­se­ment justes. Un bon data analyste observe des données justes et il explique, il ne s’agit pas de prévi­sions mais d’observations, c’est toute la différence !

L’épidémiologiste Sunetra Gupta, au Royaume-Uni, défen­dait un modèle opposé de celui de Neil Ferguson à l’Imperial College. Alors que Ferguson, sur la seule base des tests séro­lo­giques, affir­mait que la CoVID-19 aurait touché une très petite frac­tion de la popu­la­tion et qu’elle restait une mala­die grave à forte léta­lité, Gupta esti­mait au contraire que près de 50% de la popu­la­tion aurait été expo­sée au virus et que le taux de léta­lité ne dépas­se­rait pas 0.1% : « Quelque part entre 0.01 et 0.1% ». Elle décla­rait (21 mai 2020A111) :

Dans presque tous les contextes, nous avons vu l’épidémie croître, s’in­ver­ser et dispa­raître — presque comme une horloge. Différents pays ont eu des poli­tiques de confi­ne­ment diffé­rentes, et pour­tant ce que nous avons observé est presque un modèle de compor­te­ment uniforme très cohé­rent avec le modèle SIR [Susceptible, Infectious, RemovedN25]. Pour moi, cela suggère qu’une grande partie de la force en jeu est due à la consti­tu­tion de l’im­mu­nité. Je pense que c’est une expli­ca­tion plus parci­mo­nieuse que celle qui implique que dans chaque pays le confi­ne­ment (ou divers degrés de confi­ne­ment, y compris aucun confi­ne­ment) ait eu le même effet.

La jour­na­liste F Sayers expli­quait (21 mai 2020A111) :

Selon elle, les études d’an­ti­corps, bien qu’u­tiles, n’in­diquent pas le véri­table niveau d’ex­po­si­tion ou le niveau d’im­mu­nité. Premièrement, de nombreux tests d’an­ti­corps sont « extrê­me­ment peu fiables » et reposent sur des groupes repré­sen­ta­tifs diffi­ciles à construire. Mais, plus impor­tant encore, de nombreuses personnes qui ont été expo­sées au virus béné­fi­cie­raient d’autres types d’im­mu­nité qui n’ap­pa­raissent pas dans les tests d’an­ti­corps — soit pour des raisons géné­tiques, soit en raison d’im­mu­ni­tés préexis­tantes à des coro­na­vi­rus appa­ren­tés tels que le rhume. […]

Elle ne croit pas que le taux de R0 soit un outil utile pour prendre des déci­sions sur les poli­tiques gouver­ne­men­tales, car un taux de R0 dépend « prin­ci­pa­le­ment du nombre de personnes immu­ni­sées » et nous n’avons pas cette infor­ma­tion. Elle consi­dère que les nombres de décès sont la seule mesure fiable et que le nombre de cas ne devrait même pas être pris en compte car il dépend forte­ment de la quan­tité de tests effectués.

Début juin 2020, des données nouvelles ont été publiées qui renfor­çaient l’hy­po­thèse de l’ac­qui­si­tion par certains groupes humains d’une immu­nité adap­ta­tive suite à l’ex­po­si­tion anté­rieure à d’autres agents infec­tieux. On cite pour exemple le cas de personnes âgées qui résis­taient bien au virus de la grippe H1N1, ayant conservé une réponse cyto­toxique CD8 acquise contre d’autres souches de virus qui circu­laient dans les décen­nies précé­dentes. Alba Grifoni et al. (14 mai 2020A119) ont montré qu’il exis­tait des lympho­cytes T CD4+N30 protec­teurs du SARS-CoV‑2 chez 40 à 60% des personnes qui n’avaient pas été expo­sées à ce virus, ce que l’on peut quali­fier d’immu­nité croi­sée.

Source incon­nue

Fin mai 2020 a été publiée une expli­ca­tion du fait que les enfants sont nette­ment mieux proté­gés contre le SARS-CoV‑2. Plusieurs facteurs entre­raient en compte, entre autres qu’ils ont déve­loppé des anti­corps lors d’ex­po­si­tions à d’autres virus auxquels ils étaient plus sensibles que les personnes âgées. Les auteurs de l’étude commen­taient (Carsetti R et al., 1er juin 2020A105) :

Chez l’homme, les anti­corps natu­rels sont produits par les MBC [lympho­cytes B à mémoireN31] innés ou IgM [N32], une popu­la­tion de MBC qui est géné­rée indé­pen­dam­ment des centres germi­na­tifs et qui est la plus abon­dante chez les enfants. […] À partir de cette popu­la­tion de cellules B, triées dans le sang de jeunes adultes jamais expo­sés au virus de la grippe aviaire, nous avons cloné des anti­corps humains capables de neutra­li­ser divers sous-types de grippe H1, H2, H5, H6, H8 et H911. Ainsi, les MBC innés ou IgM peuvent se lier à de nombreux micro-organismes incon­nus différents. […]

Avec le vieillis­se­ment, la malnu­tri­tion, l’im­mu­no­sup­pres­sion et les états de comor­bi­dité, notre système immu­ni­taire perd la capa­cité de s’adap­ter à la nouveauté. Bien que les vaccins soient la voie à suivre, dans des situa­tions d’ur­gence telles que la pandé­mie de COVID-19, l’en­quête et l’uti­li­sa­tion d’ou­tils immu­ni­taires dont la nature a doté les enfants pour­raient amélio­rer les résul­tats de la gestion.

À l’IHU de Marseille, les cher­cheurs ont signalé qu’un grand nombre d’en­fants avaient fabri­qué des anti­corps contre les coro­na­vi­rus en circu­la­tion qui les touchent majo­ri­tai­re­ment lors d’épi­dé­mies annuelles, et que cette immu­nité était suscep­tible de les proté­ger aussi bien contre le SARS-CoV‑2 (2 juin 2020A103).

La campagne de tests séro­lo­giques d’an­ti­corps — qui battait son plein début juin 2020 — est-elle légi­time pour offrir des « passe­ports d’im­mu­nité » dans le cadre du décon­fi­ne­ment ? L’OMS en doutait, mais des cher­cheurs s’éle­vaient contre cette recherche à tout prix d’une preuve factuelle de leur effi­ca­cité. Weinstein MC et al. écri­vaient dans le NEJM (5 juin 2020A99) :

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a publié les lignes direc­trices suivantes : « À ce stade de la pandé­mie, il n’y a pas suffi­sam­ment de preuves de l’ef­fi­ca­cité de l’im­mu­nité à média­tion par anti­corps pour garan­tir l’exac­ti­tude d’un “passe­port d’im­mu­nité” ou d’un “certi­fi­cat sans risque”. »

L’OMS a raison de noter les nombreuses incer­ti­tudes. Les anti­corps confèrent-ils une immu­nité et, si oui, pendant combien de temps ? Quelle est la préci­sion du test d’an­ti­corps ? Quels sont les préju­dices indi­vi­duels et collec­tifs qui peuvent être causés si des personnes sans réelle immu­nité sont certi­fiées pour retour­ner sur le lieu de travail ? Quelle est la mesure du danger que des personnes déses­pé­rées de retour­ner au travail cherchent à s’ex­po­ser inten­tion­nel­le­ment au virus dans l’es­poir de déve­lop­per des anticorps ?

Mais nous pensons que l’OMS a tout à fait tort de suggé­rer que nous ne pouvons pas agir tant que nous ne garan­tis­sons pas l’exac­ti­tude du proces­sus de certi­fi­ca­tion d’im­mu­nité. Des preuves irré­fu­tables et exigeantes peuvent être appro­priées dans le monde étroit de la recherche scien­ti­fique savante. Mais dans le contexte d’une pandé­mie qui fait rage, nous n’avons tout simple­ment pas le luxe de suspendre les déci­sions jusqu’à ce que toutes les preuves perti­nentes puissent être rassem­blées. Ne pas agir est en soi une action qui entraîne des coûts et des consé­quences sani­taires considérables.

Less auteurs pour­sui­vaient en nous rame­nant au débat de la méde­cine fondée sur les faits (EBMN33) évoqué dans la controverse sur l'hydroxychloroquine (5 juin 2020A99) :

Pour les soignants, agir à partir d’ infor­ma­tions incom­plètes n’est pas une idée révo­lu­tion­naire. Pratiquer la méde­cine signi­fie s’ap­puyer sur des preuves impar­faites pour équi­li­brer au jour le jour les béné­fices et risques. Les méde­cins utilisent quoti­dien­ne­ment des tests d’une préci­sion infé­rieure à 100%, sachant qu’il y aura toujours des faux posi­tifs et des faux néga­tifs. Lorsque nous jugeons que les avan­tages probables d’agir sur un diag­nos­tic correct l’emportent sur les incon­vé­nients possibles d’une action erro­née sur un diag­nos­tic incor­rect, nous agis­sons. Nous choi­sis­sons de réali­ser des appen­di­cec­to­mies, par exemple, même si nous avons rare­ment des preuves irré­fu­tables que l’ap­pen­dice d’un patient est enflammé. Bien que nous arri­vions à des poli­tiques de santé publique et à des déci­sions cliniques par diffé­rentes voies, dans les deux domaines, nous devons souvent faire des choix avec des preuves moins que parfaites. […]

Ceux qui pensent qu’au­cun avan­tage écono­mique ne justi­fie le risque de propa­ga­tion de la CoVID-19 peuvent se réfu­gier dans le choix de ne pas rouvrir l’éco­no­mie jusqu’à ce que toute la popu­la­tion soit couverte par un vaccin complè­te­ment effi­cace ou qu’un trai­te­ment haute­ment effi­cace soit large­ment dispo­nible. À l’autre extrême se trouve la solu­tion trou­vée par ceux qui voudraient rouvrir l’éco­no­mie sans tenir compte des risques que les travailleurs indi­vi­duels encour­raient et impo­se­raient aux autres. […]

[…] nous avons suffi­sam­ment de preuves et d’avis d’ex­perts pour prendre une déci­sion éclai­rée aujourd’­hui. Et nous pouvons mettre en place des systèmes de surveillance pour tirer des ensei­gne­ments de cette déci­sion afin de pouvoir faire des choix encore meilleurs demain.

Fin juin 2020, on a assisté en Europe à ce que des propos alar­mistes dési­gnaient comme une deuxième vague marquée par des clus­ters impor­tants d’in­fec­tion, notam­ment autour d’abat­toirs en Allemagne. Certains commen­ta­teurs objec­taient que les statis­tiques enre­gis­traient plus de cas d’in­fec­tions du simple fait de la géné­ra­li­sa­tion des tests, alors que le discours offi­ciel mettait plutôt en garde contre le non-respect des règles sanitaires.

Le virus était en circu­la­tion « à bas bruit » chez des sujets testés posi­tifs non-symptomatiques, ce qui avait pour consé­quence directe que le taux de léta­lité (rapport du nombre d’in­di­vi­dus décé­dés aux nombre d’in­di­vi­dus infec­tés) dimi­nuait mathé­ma­ti­que­ment. C’était le cas aux États-Unis qui prati­quaient un dépis­tage à grande échelle fin juin 2020. Mais Christian Perronne semblait igno­rer ce fait quand il affir­mait que la léta­lité cinq fois plus faible aux USA qu’en France prou­ve­rait que notre prise en charge des patients est inadéquate…

Il se peut aussi que le SARS-CoV‑2 ait perdu de sa viru­lence : au Royaume-Uni, les taux de décès de patients hospi­ta­li­sés fin juin 2020 — donc symp­to­ma­tiques — étaient le quart de ceux pendant le pic de la vague initiale (26 juin 2020A92). Toutefois, début juillet 2020 l’OMS signa­lait que la pandé­mie était encore en pleine expan­sion, entre autres « hors de contrôle » aux États-Unis où le nombre de morts était vrai­sem­bla­ble­ment sous-évalué (1er juillet 2020A90), en Inde et en Amérique du Sud : Brésil, Chili… Des clus­ters inquié­tants se sont produits en Chine.

Dans sa lettre Spécial Coronavirus n°14 (3 juillet 2020), le Journal inter­na­tio­nal de méde­cine (JIM​.fr) souli­gnait l’ef­fet trompe-l’œil des statis­tiques compa­ra­tives entre les pays, les infor­ma­tions étant « parfois rassu­rantes lors­qu’elles proviennent de régions en phase précoce de décon­fi­ne­ment, souvent inquié­tantes quand elles émanent d’états touchés plus récem­ment » :

Impression renfor­cée lorsque l’on se penche à la fois sur l’évo­lu­tion du nombre de cas quoti­diens (tribu­taire des capa­ci­tés de dépis­tage par RT-PCR et donc le plus souvent en hausse) et sur celle du nombre jour­na­lier de morts impu­tables au virus.

Globalement si l’on se situe à l’échelle de la planète dans son ensemble, les données les plus fiables (nombre de décès) montrent un recul de la gravité de la pandé­mie avec par exemple 9796 décès le 30 avril 2020 contre 4193 le 1er juillet.

Au mois d’août 2020 a été émise l’hy­po­thèse d’une muta­tion du SARS-CoV2 qui l’au­rait rendu moins viru­lent, expli­quant le déca­lage entre une augmen­ta­tion signi­fi­ca­tive du nombre de cas mais pas de celui des décès. Cette hypo­thèse avait été écar­tée. Des infec­tio­logues (dont Karine Lacombe) ont toute­fois reconnu début septembre 2020 qu’une variante du virus serait effec­ti­ve­ment en circu­la­tion, mais qu’elle était déjà présente en mars-avril sur le sol français.

Cette décla­ra­tion est contre­dite par des travaux mention­nés par l’IHU de Marseille selon lesquels sept muta­tions auraient été repé­rées dès l’été 2020, lais­sant espé­rer un affai­blis­se­ment de leur léta­lité : « Les muta­tions que nous voyons sont asso­ciés avec la dégra­da­tion des orga­nismes [du virus]. Quand ça se passe, c’est que ça va mal pour la bestiole », décla­rait Didier Raoult (9 septembre 2020A81). Pour d’autres détails sur les muta­tions du SARS-CoV‑2, voir l’ar­ticle d’Anne Goffard (13 septembre 2020A78). Les données sont parta­gées sur la base de données GISAIDN34. Un tableau des variants présents sur le sol fran­çais fin août 2021 est affi­ché plus bas.

Le suivi sur la plate­forme NextstrainN35 qui, fin septembre 2020 , avait collecté près de 1500 génomes, montrait que des muta­tions de l’ARN du SARS-CoV‑2 étaient obser­vées envi­ron tous les 15 jours. Le virus s’adapte à de nouveaux terri­toires et de nouvelles popu­la­tions. SW Long et son équipe en ont séquencé les génomes dans la région de Houston (Texas) et observé (16 septembre 2020A74) :

Pratiquement toutes les souches de la deuxième vague ont un acide aminé de rempla­ce­ment Gly614 de la protéine de pointe, un poly­mor­phisme qui a été lié à une trans­mis­sion et une infec­ti­vité accrues. Les patients infec­tés par les souches variantes Gly614 avaient des charges virales signi­fi­ca­ti­ve­ment plus élevées dans le naso­pha­rynx lors du diag­nos­tic initial. Nous avons trouvé peu de preuves d’une rela­tion signi­fi­ca­tive entre les géno­types de virus et une modi­fi­ca­tion de la viru­lence souli­gnant le lien entre la gravité de la mala­die, les condi­tions médi­cales sous-jacentes et la géné­tique de l’hôte.

Au sujet de cet acide aminé 614 de la protéine de pointe, Anthony Fauci préci­sait (25 septembre 2020A73) :

[…] c’est la partie du virus qui se lie au récep­teur ACE2, et dans des études in vitro et d’autres études, il semble que cela se lie plus faci­le­ment au récep­teur, ce qui suggé­re­rait peut-être que cela signi­fie qu’il est plus trans­mis­sible. Pas grand-chose sur la viru­lence mais plus trans­mis­sible. La décou­verte de la domi­nance de ce virus muté coïn­cide avec les gros pics que nous avons vus dans ce pays, vous pouvez donc inter­pré­ter qu’il devient plus trans­mis­sible et que le pic est dû à la muta­tion. Ou vous pouvez dire que le virus qui s’est propagé si rapi­de­ment était le virus qui a conduit à cette muta­tion qui allait se propa­ger plus rapi­de­ment de toute façon, mais vous devez garder à l’es­prit qu’il y a une possi­bi­lité qu’ap­pa­raissent des muta­tions qui pour­raient avoir une signi­fi­ca­tion fonctionnelle.

Hélène Banoun, phar­ma­cienne biolo­giste ancien­ne­ment char­gée de recherches à l’INSERM, a essayé d’ex­pli­quer par l’évo­lu­tion du virus la perte de viru­lence appa­rente du SARS-CoV‑2. Elle confir­mait ses obser­va­tions à la fin de l’été (septembre 2020A75) :

Il n’est pas impos­sible que tous les coro­na­vi­rus des rhumes banals, lorsque qu’ils ont sauté de l’ani­mal à l’homme (ils sont tous à l’ori­gine respon­sables de zoonoses), aient commencé leur course évolutive comme le SARS-CoV‑2 avec une pandémie comme pour la Covid-19. Mais à l’époque les moyens d’in­ves­ti­ga­tions en viro­lo­gie et en biolo­gie moléculaire n’exis­taient pas et on ne les a pas repérés.

On connaît les autres coro­na­vi­rus des rhumes comme des virus banals ; les viro­lo­gistes alle­mands Ulf Dittmer et Christian Drosten pensent que le SARS-CoV‑2 pour­rait se trans­for­mer en virus de rhume banal (Dittmer et Drosten, 2020).

Cette évolution semble commune aux virus émergents (atténuation virale). Des muta­tions impor­tantes du point de vue évolutif sont appa­rues dans les gènes codant des protéines qui inter­agissent avec le système immu­ni­taire de l’hôte. Une des prin­ci­pales muta­tions (dans la polymérase virale) est logi­que­ment associée à une plus grande fréquence de muta­tions dans tout le génome. Cette fréquence fluc­tue au fil du temps et montre un pic au moment où l’épidémie a été la plus active. Ces deux phénomènes liés pour­raient donc expli­quer l’évolution vers un phénotype bénin du SARS-CoV‑2.

À mi-septembre 2020, Lise Barnéoud a cité de nombreux travaux sur l’im­mu­nité face au SARS-CoV‑2 dans son article Covid et immu­nité : des pistes négli­gées ?, concluant qu’on sous-estimait proba­ble­ment la part de la popu­la­tion immu­ni­sée. Elle écri­vait notam­ment au sujet des cellules T (15 septembre 2020A76) :

Pour les scien­ti­fiques, les lympho­cytes T sont les véri­tables chefs d’orchestre de notre système immunitaire.

Les études qui se sont penchées sur ces cellules en trouvent quasi systé­ma­ti­que­ment dans le sang des personnes qui ont été conta­mi­nées par le SARS-CoV‑2 (voir notam­ment les travaux menés à Strasbourg […], en Suède […], à Berlin […] ou en Californie […]). Tout comme les IgA, on en détecte égale­ment chez des personnes expo­sées au virus mais n’ayant jamais déve­loppé de symp­tômes et dont la séro­lo­gie clas­sique ne révèle aucun anti­corps circu­lant. Dans l’étude suédoise, parmi 30 personnes proches de cas diag­nos­ti­qués et 55 donneurs de sang, les deux tiers présen­taient des lympho­cytes T dans leur sang mais pas d’anticorps IgG anti SARS-CoV‑2.

Plus frap­pant encore : on retrouve des lympho­cytes T qui réagissent au SARS-CoV‑2 dans des échan­tillons de sang préle­vés… avant 2019, donc avant la pandé­mie ! Dans l’étude menée en Californie, de tels lympho­cytes étaient ainsi détec­tés dans la moitié des 20 échan­tillons de sang préle­vés entre 2015 et 2018. « Cela pour­rait reflé­ter l’existence, chez certains indi­vi­dus, d’une immu­nité croi­sée préexis­tante », concluent les auteurs. […]

Problème : mesu­rer et analy­ser ces lympho­cytes T néces­site des tech­niques d’analyse beau­coup plus lourdes et coûteuses que pour les anti­corps. Impossible pour l’heure de les tester en routine. […]

« Intuitivement, on peut penser que [les lympho­cytes T] nous protègent mais l’immunologie est l’endroit où l’intuition se meurt », dit Donna Farber, micro­bio­lo­giste à l’université Columbia (New York). […]

Cependant, cette vision tron­quée pour­rait nous four­voyer dans le déve­lop­pe­ment des vaccins. Bon nombre de projets se concentrent unique­ment sur les anti­corps circu­lants capables de neutra­li­ser une seule protéine du virus : la fameuse Spike [spicule].

Elle concluait (15 septembre 2020A76) :

La pandé­mie a révélé l’importance d’une réponse loca­li­sée et diffé­ren­ciée en fonc­tion des carac­té­ris­tiques des zones touchées. De même, il semble désor­mais néces­saire d’adopter un regard beau­coup plus terri­to­ria­lisé et diver­si­fié de notre corps pour appré­hen­der son immunité.

Début octobre 2020, les chiffres des conta­mi­na­tions et de hospi­ta­li­sa­tions, en France comme dans d’autres pays, ont suscité des commen­taires divi­sés entre ceux qui croyaient détec­ter une « crois­sance expo­nen­tielle » de l’épi­dé­mie CoVID-19 et ceux qui déce­laient au contraire un fléchis­se­ment de son inci­dence. Dominique Dupagne s’ap­puyait sur ces données pour conclure que nous ne serions pas au seuil d’une « deuxième vague » mais plutôt de « répliques » de moindre ampli­tude (1er octobre 2020A72) :

La rela­tion inverse entre l’intensité des répliques et l’ampleur de la première vague suivant les régions confirme s’il en était besoin que l’immunité collec­tive est réelle. Cette immu­nité collec­tive n’est pas correc­te­ment évaluée par le taux de sujets séro­lo­gi­que­ment posi­tifs, c’est à dire portant des anti­corps diri­gés contre le SARS-CoV2 (immu­nité humo­rale). Ce n’est pas surpre­nant car nous savons que l’immunité dite « cellu­laire », impos­sible à détec­ter par des analyses sanguines, joue un rôle impor­tant dans cette immu­nité collective.

Les hôpi­taux vont encore vivre des semaines diffi­ciles dans les zones où les répliques sont les plus fortes. Ils pour­raient être tran­si­toi­re­ment satu­rés, et ce risque justi­fie plei­ne­ment des mesures dras­tiques loca­li­sées comme la ferme­ture des bars et restau­rants à Marseille. Mais globa­le­ment, nous avons mangé notre pain noir.

Faut-il pour autant relâ­cher notre vigi­lance ? Certainement pas. Cette situa­tion a été permise par les mesures mises en place depuis plusieurs mois comme l’imposition du masque à l’intérieur des bâti­ments et l’incitation forte au télé­tra­vail. Il faudra conti­nuer à respec­ter ces mesures indis­pen­sables quelques mois.

Les statis­tiques ont malheu­reu­se­ment contre­dit cet opti­misme. Fin 2020, la deuxième vague (ou deuxième épidé­mie ?) est appa­rue, en France, comme plus coûteuse que la première en vies humaines :

Source : A2

Début 2020, le discours offi­ciel, en Europe et en Amérique du Nord, consis­tait à faire patien­ter la popu­la­tion dans l’at­tente d’une « immu­nité collec­tive » qui pour­rait acquise grâce à la vacci­na­tion de masse. Le premier ministre fran­çais Jean Castex l’an­non­çait à mi-mars « pour le 14 juillet 2021 »… Cette pers­pec­tive était illu­soire comme l’ex­po­sait un article de Nature (Aschwanden C, 18 mars 2020A46), cela pour cinq raisons :

  1. La capa­cité des vaccins à empê­cher la trans­mis­sion du virus est encore inconnue
  2. Le déploie­ment des vaccins est inégal selon les zones géogra­phiques, favo­ri­sant la résur­gence de nouveaux foyers de contamination
  3. Les variants modi­fient de manière impré­vi­sible les para­mètres de la contagion
  4. Aucune donnée fiable n’existe sur la durée de l’im­mu­nité acquise par la vacci­na­tion ou la maladie
  5. Les sujets vacci­nés, se perce­vant comme proté­gés, auront tendance à renon­cer aux gestes barrières et entrer en contact avec plus de personnes

Effectivement, à mi-juillet 2021, les statis­tiques d’in­ci­dence en Europe affi­chaient une forte dispa­rité entre les pays que les commen­ta­teurs peinaient à corré­ler avec les taux de vacci­na­tion et les propor­tions du (très conta­gieux) variant Delta :

Incidence du SARS-CoV‑2 en Europe à mi-juillet 2021

La piste de la « variolisation »

Cette piste a été suggé­rée par Monica Gandhi et George W Rutherford dans leur étude épidé­mio­lo­gique sur le port du masque (8 septembre 2020A82). Un extrait de leur article est dispo­nible en fran­çais (B‑A Gaüzère, 5 octobre 2020A71). Ils sont partis d’ob­ser­va­tions telles que :

Lors d’une épidé­mie surve­nue sur un bateau de croi­sière argen­tin fermé, où les passa­gers ont reçu des masques chirur­gi­caux et le person­nel des masques N95, le taux d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique a été de 81 % versus 20 % lors des précé­dentes épidé­mies sur des bateaux de croi­sière sans masquage univer­sel. Lors de deux récentes flam­bées dans des usines alimen­taires améri­caines, où tous les travailleurs ont été obli­gés de porter des masques, la propor­tion d’in­fec­tions asymp­to­ma­tiques parmi plus de 500 personnes infec­tées a été de 95 %, 5 % seule­ment présen­tant des symp­tômes légers à modé­rés. Les taux de léta­lité dans les pays où le masquage est obli­ga­toire ou appli­qué à l’en­semble de la popu­la­tion sont restés faibles, même après la levée du confinement.

La vario­li­sa­tionN36 était un proces­sus par lequel les personnes sensibles à la variole étaient inocu­lées avec du maté­riel prélevé sur une vési­cule d’une personne atteinte de variole, dans le but de provo­quer une infec­tion légère et une immu­nité subsé­quente. La vario­li­sa­tion n’a été prati­quée que jusqu’à l’in­tro­duc­tion du vaccin vario­lique, qui a fina­le­ment éradi­qué la variole.

Une autre obser­va­tion est que la dose de virus reçue à l’in­fec­tion serait corré­lée à la gravité des symp­tômes obser­vés, comme véri­fié par une expé­ri­men­ta­tion animale : « […] des doses plus élevées de virus admi­nis­trées ont conduit à des mani­fes­ta­tions plus graves de Covid-19 dans un modèle de hamster syrien d’in­fec­tion par le SARS-CoV‑2 » (14 juillet 2020A87). Par consé­quent, bien qu’une personne proté­gée par un masque ne soit pas tota­le­ment à l’abri d’une conta­mi­na­tion, la faible quan­tité de virus trans­mis pour­rait induire chez elle une infec­tion asymp­to­ma­tique ou avec des symp­tômes très atté­nués (8 septembre 2020A82) :

Le taux typique d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique par le SARS-CoV‑2 a été estimé à 40% par le CDC [Center for Disease Control aux USA] à la mi-juillet, mais les taux d’in­fec­tion asymp­to­ma­tique seraient supé­rieurs à 80% dans les milieux avec masquage facial univer­sel, ce qui four­nit des preuves d’ob­ser­va­tion pour cette hypo­thèse. Les pays qui ont adopté le masquage à l’échelle de la popu­la­tion ont obtenu de meilleurs résul­tats en termes de taux de mala­dies graves liées à la Covid et de décès, ce qui, dans des envi­ron­ne­ments où les tests sont limi­tés, suggère un passage des infec­tions symp­to­ma­tiques aux infec­tions asymp­to­ma­tiques. Une autre expé­rience du modèle de hamster syrien a simulé le masquage chirur­gi­cal des animaux et a montré qu’a­vec le masquage simulé, les hamsters étaient moins suscep­tibles d’être infec­tés, et s’ils étaient infec­tés, ils étaient soit asymp­to­ma­tiques ou avaient des symp­tômes plus légers que les hamsters non masqués.

Vaccins, premiers débats

La pers­pec­tive d’un vaccin était restée loin­taine malgré la commu­ni­ca­tion média­tique des équipes enga­gées sur ce projet et les spécu­la­tions dont il faisait l’ob­jet sur les marchés finan­ciers (19 mai 2020A116) avant même son exis­tence — certains réus­sissent à vendre la peau de l’ours avant de l’avoir tué

Christian Bréchot, viro­logue, ancien direc­teur de l’Inserm puis de l’Institut Pasteur, aujourd’hui président du Global Virus Network (GVNN37), décla­rait sur France Info le 11 avril 2020A141 : « Jusqu’à présent personne n’a fait un vaccin effi­cace contre un coro­na­vi­rus humain. Je pense qu’on y arri­vera, mais ça n’est pas simple. » Son pessi­misme s’est mué en certi­tude un an plus tard (Taddeï F, 21 juin 2021A29), mais il est révé­la­teur du degré d’in­cer­ti­tude de la commu­nauté scien­ti­fique au début de la pandé­mie. D’autres spécia­listes esti­maient que cette absence de résul­tat était plutôt liée au moindre inves­tis­se­ment sur les épidé­mies précé­dentes : une centaine de projets de vaccins CoVID étaient à l’étude début mai 2020. Les stra­té­gies corres­pon­dantes ont été décrites par Pandey SC et al. qui concluaient (12 juin 2020A95) :

[…] des études précli­niques sur les candi­dats vaccins SAR-CoV‑2 devront peut-être être menées paral­lè­le­ment aux essais cliniques. Mais en réalité, les vaccins contre le SARS-CoV‑2 ne seront pas dispo­nibles avant 12 à 18 mois en raison des limi­ta­tions telles que l’in­dis­po­ni­bi­lité de modèles animaux appro­priés pour véri­fier l’ef­fi­ca­cité et la toxi­cité avant de passer aux essais cliniques. De plus, ils doivent être conformes aux bonnes pratiques de fabri­ca­tion (cGMP) pour assu­rer la sécu­rité des humains.

Un article de RL Ropert & KE Rehm sur les tenta­tives précé­dentes de vacci­na­tion contre des coro­na­vi­rus SARS était cité à l’ap­pui (2009A164) :

La plus grande crainte chez les vacci­no­logues est la créa­tion d’un vaccin qui serait non seule­ment inef­fi­cace, mais qui exacer­be­rait la mala­die [Antibody Dependent Enhancement, ADEN38]. Malheureusement, les vaccins contre la CoV ont des anté­cé­dents d’aug­men­ta­tion de la mala­die, notam­ment avec les CoV félins.

Des articles comme celui publié dans Nature (21 avril 2020A135) renfor­çaient cette crainte. On peut lire sur Wikipedia Antibody Dependent Enhancement (ADEN38) :

L’ADE est peut-être la raison pour laquelle l’évo­lu­tion du SRAS et du COVID-19 est plus grave pour les personnes âgées que pour les personnes plus jeunes. Il est probable que chez les personnes âgées, la produc­tion d’an­ti­corps est plus lente et, au moment où les anti­corps sont déve­lop­pés avec un taux suffi­sant pour neutra­li­ser le virus, le virus a changé ses déter­mi­nants anti­gé­niques. Dans ce cas, les anti­corps neutra­li­sants immuno-dominants pour­raient commen­cer à former des complexes instables avec la nouvelle forme du virus et commen­cer à infec­ter les monocytes/macrophages, causant l’ADE. Ce proces­sus peut déclen­cher une infec­tion géné­ra­li­sée des cellules immu­ni­taires dans plusieurs organes et une tempête de cyto­kinesN39.

Autrement dit, un indi­vidu vacciné serait a priori jugé « immu­nisé » en raison du taux impor­tant d’an­ti­corps — seul critère d’ef­fi­ca­cité d’un vaccin — jusqu’au moment où il serait confronté au virus sauvage dont la péné­tra­tion serait au contraire faci­li­tée par les anti­corps de liai­son. C’est ce qui s’est produit avec des tenta­tives de vaccins contre la dengueN40, le virus respi­ra­toire syncy­tial (SRVN41) et le SARSN42. Quatre vaccins contre le SARS admi­nis­trés à des furets parais­saient parfai­te­ment effi­caces, vue l’aug­men­ta­tion de leurs taux d’an­ti­corps, jusqu’à ce que ces animaux soient expo­sés au virus et meurent à cause de ce renfor­ce­ment immu­ni­taire. Dans les années 1960, un essai de vacci­na­tion contre le SRV en urgence sur 35 enfants — sans expé­ri­men­ta­tion animale préa­lable — s’était déjà soldé par deux décès, susci­tant une vive émotion (1998A165).

Il est donc risqué de griller les étapes des essais, comme cela semble avoir été le cas dans la course aux vaccins CoVID-19. Toutefois, les travaux d’im­mu­no­logues ont vite tendu à mini­mi­ser ce risque de renfor­ce­ment de la mala­die par les anti­corps. Selon A Grifoni et collègues (14 mai 2020A119 page 8) :

Il y a eu des inquié­tudes au sujet de l’aug­men­ta­tion vacci­nale de la mala­die selon certaines approches vacci­nales de la COVID-19, via l’amé­lio­ra­tion immu­no­dé­pen­dante (ADE) ou le déve­lop­pe­ment de réponses TH2 […]. Ici, nous avons vu des réponses TH1 prédo­mi­nantes dans les cas de conva­les­cents de COVID-19, avec peu ou pas de cyto­kines TH2. Il est clair que d’autres études sont néces­saires, mais les données ici semblent repré­sen­ter prin­ci­pa­le­ment une réponse clas­sique du TH1 au SARS-CoV‑2.

Pour la diffé­rence entre TH1 et TH2, voir [N43].

En mai 2020, A Vojdani & D Kharrazian ont étudié, sur des échan­tillons sanguins, la possi­bi­lité d’une réac­ti­vité croi­sée anti­gé­nique entre le SARS-CoV‑2 et le tissu humain, avec un lien possible avec une augmen­ta­tion des mala­dies auto-immunes. Ils écri­vaient (24 mai 2020A107) :

L’auto-immunité induite par les vaccins à partir d’une réac­ti­vité croi­sée auto-immune est asso­ciée à la narco­lep­sie, au syndrome de Guillain-Barré, à la sclé­rose en plaques, aux neuro­pa­thies démyé­li­ni­santes, au lupus érythé­ma­teux dissé­miné et au syndrome de tachy­car­die ortho­sta­tique postu­rale dans des sous-groupes sensibles. […]

Il y a des raisons à toutes les précau­tions prises pour déve­lop­per un vaccin, dont les effets secon­daires indé­si­rables ne sont pas les moindres. À la lumière des infor­ma­tions susmen­tion­nées concer­nant la réac­ti­vité croi­sée des protéines du SRAS-CoV‑2 avec les tissus humains et la possi­bi­lité d’in­duire une auto-immunité, d’exa­cer­ber des condi­tions déjà malsaines ou d’en­traî­ner d’autres consé­quences impré­vues, il serait prudent de mener des recherches plus appro­fon­dies sur la capa­cité des anti­gènes du SRAS-CoV‑2 à induire une auto-immunité. La promo­tion et la mise en œuvre d’un tel programme agres­sif de « passe­port immu­ni­taire » dans le monde entier, en l’ab­sence d’études de sécu­rité appro­fon­dies et méti­cu­leuses, pour­raient avoir un coût monu­men­tal pour l’hu­ma­nité sous la forme d’une nouvelle épidé­mie, cette fois une marée montante de mala­dies auto-immunes accrues et les années de souf­france qui les accompagnent.

Administrés en mai 2020 à des volon­taires humains en parfaite santé, les nouveaux vaccins de Pfizer et BioNTech utilisent des tech­niques nouvelles de défense dont on igno­rait encore (en été 2021) les risques sur le long terme : aucune expé­ri­men­ta­tion animale n’au­rait précédé cet essai et les sujets n’ont pas été systé­ma­ti­que­ment expo­sés au virus sauvage après vacci­na­tion (5 mai 2020A126). Une étude sur les souris aurait été soumise (à véri­fier) par Pfizer en 2020 aux auto­ri­tés médi­cales du Japon, dont le contenu résume toutes les craintes au sujet de sa toxi­cité qui ont circulé par la suite (Palmer MP & S Bhakdi, 23 juillet 2021A14).

L’ADE n’est pas le seul effet indé­si­rable en cause. L Peeples écri­vait (14 avril 2020A140) :

Ce retour de flamme immu­ni­taire, ou « renfor­ce­ment immu­ni­taire », peut se mani­fes­ter de diffé­rentes manières, comme un renfor­ce­ment dépen­dant des anti­corps (ADE), un proces­sus dans lequel un virus utilise des anti­corps pour aider l’in­fec­tion ; ou le renfor­ce­ment cellu­laire, une caté­go­rie qui inclut l’in­flam­ma­tion aller­gique causée par l’im­mu­no­pa­tho­lo­gie Th2 [N44]. Dans certains cas, les proces­sus de renfor­ce­ment peuvent se super­po­ser. Un débat scien­ti­fique est en cours pour déter­mi­ner lesquels, le cas échéant, de ces phéno­mènes — pour lesquels les méca­nismes exacts restent flous — pour­raient être en jeu avec le nouveau coro­na­vi­rus, et comment ils pour­raient affec­ter le succès des candi­dats vaccins.

Un autre vaccin déve­loppé à l’Université d’Oxford (UK) avec l’aide d’AstraZeneca et testé en effi­ca­cité sur des macaques rhésusN45 devait être distri­bué dès septembre 2020 à plusieurs millions de doses. Commentaire (27 avril 2020A132) :

« Nous sommes seuls dans ce pays à souhai­ter que le nombre de nouvelles infec­tions reste élevé pendant quelques semaines, afin que nous puis­sions tester notre vaccin », a déclaré le profes­seur Adrian Hill, direc­teur du Jenner Institute et l’un des cinq cher­cheurs impli­qués dans le projet […]

Les règles d’éthique, en tant que prin­cipe géné­ral, inter­disent de cher­cher à infec­ter les parti­ci­pants aux tests humains avec une mala­die grave. Cela signi­fie que la seule façon de prou­ver qu’un vaccin fonc­tionne est d’ino­cu­ler les gens dans un endroit où le virus se propage natu­rel­le­ment autour d’eux.

Si les mesures de distan­cia­tion sociale ou d’autres facteurs conti­nuent de ralen­tir le taux de nouvelles infec­tions en Grande-Bretagne, a‑t-il déclaré, l’es­sai pour­rait ne pas être en mesure de montrer que le vaccin fait une diffé­rence : les parti­ci­pants qui ont reçu un placebo pour­raient ne pas être infec­tés plus fréquem­ment que ceux qui ont reçu le vaccin. Les scien­ti­fiques devraient rées­sayer ailleurs, un dilemme auquel tous les autres efforts de vacci­na­tion seront égale­ment confrontés.

Au sujet de ce vaccin, Anthony King écri­vait (30 juin 2020A91) :

Les résul­tats préli­mi­naires de six singes vacci­nés soumis à une expo­si­tion au Sars-CoV‑2 ont révélé qu’ils n’avaient pas déve­loppé de Covid-19 dans leurs poumons, mais les charges virales dans leur nez étaient les mêmes que celles des singes non vacci­nés. Cela pour­rait signi­fier que ceux qui reçoivent le vaccin seraient proté­gés mais pour­raient encore en infec­ter d’autres. Ce phéno­mène avait été signalé pour le vaccin anti­co­que­lu­cheux acellulaire.

Toutefois, un édito­rial de The Spectator (15 juillet 2020) était plus optimiste :

Une étude à venir dans le Lancet devrait montrer des résul­tats posi­tifs des essais jusqu’à présent, avec des anti­corps et des cellules T géné­rés en réponse au vaccin. […]

Le marché se sent confiant : les actions AstraZeneca ont connu une nette hausse après l’an­nonce de Peston. Mais dans quelle mesure sommes-nous proches du succès ? Les repré­sen­tants d’Oxford ont vanté la possi­bi­lité qu’un vaccin soit prêt dès septembre, mais c’est un scéna­rio extrê­me­ment opti­miste. Le vaccin devra faire ses preuves en dehors d’un labo­ra­toire contrôlé et fonc­tion­ner non seule­ment pour les plus aptes et les plus sains, mais aussi pour ceux dont le système immu­ni­taire est compro­mis. Il y aura égale­ment un déca­lage entre le test du vaccin sur l’homme et l’at­tente de voir quel est le taux d’in­fec­tion chez ceux qui l’ont reçu. Bref, avoir un vaccin prêt au début de l’au­tomne néces­si­te­rait non seule­ment un fonc­tion­ne­ment spec­ta­cu­laire, mais aussi une effi­ca­cité étonnante.

Bernard Guennebaud écri­vait dans un commen­taire (3 mai 2020N46) : « Des États ont déjà prati­que­ment acheté des vaccins qui n’existent pas, ils font un chèque en blanc. Le monde du vaccin joue ici à quitte ou double. » Ceux qui prennent un tel risque (finan­cier) ont inté­rêt à entre­te­nir la confu­sion au sujet de solu­tions « alter­na­tives », vite quali­fiées de fake news, ainsi qu’à discré­di­ter tout repo­si­tion­ne­ment de médi­ca­ments rele­vant du domaine public. Les lois du marché ne sont pas en phase avec les impé­ra­tifs de santé publique.

Anthony Fauci, conseiller de la Maison Blanche en matière de santé, crai­gnait que l’im­mu­nité acquise contre le SARS-CoV‑2 ne soit que de courte durée — quelques mois — de sorte que le vaccin devrait être admi­nis­tré de manière « saison­nière » comme celui contre la grippe (2 juin 2020A102).

La Chine a annoncé le 1er juillet 2020 qu’elle allait lancer une campagne de vacci­na­tion de BBIBP-CorV (6 juin 2020A98) dans son person­nel militaire.

Lise Barnéoud (4 mai 2020A120) est reve­nue sur les taux de léta­lité qui étaient en France de 10% chez les plus de 80 ans et seule­ment 0.02% chez le moins de 40 ans. Il s’en­suit que la prio­rité du vaccin serait la protec­tion des personnes âgées. Mais problème : « Plus on vieillit, moins les vacci­na­tions sont effi­caces ». Elle citait David Dowling, immu­no­lo­giste au Boston Children’s Hospital, décla­rant : « Les équipes déve­loppent des vaccins conçus pour les adultes en bonne santé. Nous sommes en train de faire une gros­sière erreur ». Elle ajou­tait (4 mai 2020A120) :

Ce problème est bien connu pour le vaccin contre la grippe, dont la cible est égale­ment les personnes âgées. Cette vacci­na­tion ne dimi­nue que de 35 % en moyenne la morta­lité chez les plus de 65 ans. D’où la stra­té­gie de certains pays, comme la Finlande, le Royaume-Uni ou certains États des États-Unis, de vacci­ner les enfants, prin­ci­pal réser­voir de la grippe et chez qui le vaccin est beau­coup plus effi­cace, afin de limi­ter la circu­la­tion de ce virus et ainsi, proté­ger les personnes âgées. Toutefois, à l’inverse de la grippe, les enfants de moins de 10 ans pour­raient ne pas être les prin­ci­paux vecteurs actuellement.

Fin août, l’étude CoVaPredN47 en France, desti­née à « mieux comprendre les mesures de protec­tion adop­tées par la popu­la­tion contre le Covid-19, d’autre part, évaluer son inten­tion de se faire vacci­ner lorsqu’un vaccin sera dispo­nible », n’était acces­sible qu’aux personnes âgées de 18 à 64 ans, ce qui impli­quait qu’au­cun vaccin ne serait proposé aux personnes âgées les plus mena­cées par la CoVID-19.

En France, le taux de léta­lité de la CoVID-19 chez les moins de 20 ans était de 0.001%, nette­ment infé­rieur à celui de toutes les mala­dies infec­tieuses contre lesquelles les enfants sont actuel­le­ment vacci­nés (Barnéoud L, 4 mai 2020A120) :

Ce faible taux de léta­lité implique une contre­par­tie quasi impos­sible à assu­rer : pour que la balance bénéfice/risque d’un vaccin contre le Sars-CoV‑2 soit posi­tive pour cette caté­go­rie d’âge, il est néces­saire de s’assurer qu’il présente un taux d’événements indé­si­rables graves infé­rieur à 1 pour 100 000. Or, aucun essai clinique, a fortiori mené en urgence, ne porte sur une popu­la­tion si large. Les équipes enga­gées dans cette voie annoncent des essais sur quelques centaines d’individus, 2500 pour le plus ambitieux.

Ainsi, vacci­ner cette caté­go­rie d’âge posera inévi­ta­ble­ment une ques­tion éthique très déli­cate : non seule­ment les enfants n’auraient pas grand-chose à gagner à titre indi­vi­duel d’une telle vacci­na­tion, mais leur balance bénéfice/risque restera incon­nue tant que l’on ne béné­fi­ciera pas d’un recul sur plus de 100 000 personnes vaccinées.

D’autres problèmes ont été signa­lés dans le même article (4 mai 2020A120) qui fait état de nombreux débats scien­ti­fiques comme l’in­cer­ti­tude sur la présence d’anticorps neutra­li­sants à des niveaux compa­rables ou supé­rieurs à ceux d’individus conva­les­cents. Même si le vaccin protège l’in­di­vidu vacciné, il n’est pas garanti qu’il l’empêche de trans­mettre le virus (voir plus bas). C’est notam­ment le problème de ceux contre la polio­myé­lite et la diphtérie.

Un vaccin est un médi­ca­ment comme un autre, ce qui suppose que sa mise en circu­la­tion devrait être déci­dée sur la base de la balance bénéfice-risqueN48. Marc Girard écri­vait à ce sujet, en présen­ta­tion de la redif­fu­sion son ouvrage (publié en 2009) Alertes grip­pales – comprendre et choi­sir (mai 2020N49) :

Curieusement, alors que les auto­ri­tés sani­taires et poli­tiques s’acharnent à démon­trer que le risque des vaccins est telle­ment minime qu’on peut quasi­ment l’ignorer, il s’avère – on permet­tra au spécia­liste de phar­ma­co­vi­gi­lance de parler de ce qu’il connaît – que parmi tous les médi­ca­ments, les vaccins posent des problèmes de tolé­rance extrê­me­ment ardus à résoudre : i) un suivi sur le long terme (les vaccins sont géné­ra­le­ment suppo­sés exer­cer leur effet durant des années, voire des décen­nies) ; ii) un risque de réac­tion immu­ni­taire d’autant plus signi­fi­ca­tif que les expo­si­tions aux vaccins auront été multiples ou répé­tées (la “mosaïque de l’auto-immunité”) ; iii) l’effet d’échelle : une compli­ca­tion surve­nant chez un patient sur 10 000 n’a quasi­ment aucune chance d’être obser­vée si la population-cible est de 5000 patients, alors qu’elle va géné­rer une catas­trophe si la population-cible est de 68 millions de personnes (vacci­na­tion “univer­selle” ou “obli­ga­toire” à l’échelle d’un pays comme la France) : 68 000 victimes à peu près…

La course fréné­tique au vaccin pour­rait avoir un effet néfaste sur la pandé­mie. Richard Peto, profes­seur de statis­tique médi­cale à l’université d’Oxford et conseiller de l’OMS, décla­rait à The Guardian (30 août 2020A84) :

Même si le premier vaccin dispo­nible ne proté­geait qu’une mino­rité de la popu­la­tion, il serait pris comme réfé­rence à partir de laquelle l’efficacité des produits ulté­rieurs serait mesu­rée. Ce qui pour­rait conduire à la vali­da­tion de vaccins de qualité médiocre car ils n’auraient pas à démon­trer qu’ils sont meilleurs.

Ajoutons à cela l’ap­pa­ri­tion de variants du SARS-COV‑2 qui très vite ont occupé le terrain de la souche d’ori­gine, fin 2020, augmen­tant les doutes sur l’ef­fi­ca­cité des vaccins en termes de protec­tion contre la trans­mis­sion de la mala­die. Par exemple, le vaccin ChAdOx1 nCoV-19 créé par AstraZeneca ne résis­te­rait pas au « variant sud-africain » (B.1.351) selon un essai rando­misé en double aveugle mené début 2021 en Afrique du Sud (Madhi SA et al., 16 mars 2021A50).

Le président Trump avait créé la surprise en annon­çant, début septembre 2020, qu’un vaccin contre la CoVID-19 pour­rait être dispo­nible avant le 3 novembre, jour de l’élec­tion prési­den­tielle améri­caine, et que pour cela la Food and Drug Administration (FDA) pour­rait déli­vrer une auto­ri­sa­tion excep­tion­nelle de mise sur marché avant la fin des essais cliniques de phase 3 suppo­sés mesu­rer l’ef­fi­ca­cité du vaccin. Cette annonce a suscité la réac­tion des diri­geants de 9 compa­gnies phar­ma­ceu­tiques — enga­gées dans la course au vaccin — décla­rant qu’elles n’ho­no­re­raient pas cette appro­ba­tion hâtive et qu’elles « s’en tien­draient à la science » (plutôt qu’au calen­drier électoral).

Jerry Avorn et Aaron S. Kesselheim écri­vaient dans le New England Journal of Medicine (15 septembre 2020A77) :

Les chefs de file de l’in­dus­trie qui ont signé cet enga­ge­ment ont compris que dans un pays déjà méfiant à la fois des vaccins et des fabri­cants de médi­ca­ments, l’ap­pro­ba­tion préci­pi­tée des vaccins suivie de consé­quences impré­vues pour­rait grave­ment nuire à la fois à leur crédi­bi­lité et à la confiance de la popu­la­tion dans la vaccination… […]

L’engagement des fabri­cants stipu­lait que toute demande d’ap­pro­ba­tion de vaccin ou d’au­to­ri­sa­tion de mise sur le marché en urgence (EUA) auprès de la FDA néces­si­te­rait des données « démon­trant l’in­no­cuité et l’ef­fi­ca­cité par le biais d’une étude clinique de phase 3 conçue et menée pour répondre aux exigences des auto­ri­tés régle­men­taires compé­tentes telles que [la] FDA. » Les direc­tives de la FDA publiées le 30 juin indiquent que pour appro­ba­tion, un vaccin doit démon­trer une réduc­tion de 50% ou plus de l’in­ci­dence ou de la gravité de l’in­fec­tion à Covid-19 par rapport au placebo, une barre rela­ti­ve­ment élevée. La combi­nai­son néces­saire de temps-personne et de l’in­ci­dence de la mala­die est décou­ra­geante : avec des taux de cas qui plafonnent ou chutent dans de nombreux endroits où des essais sont menés, il est plau­sible qu’à la fin octobre, aucun essai n’ait accu­mulé suffi­sam­ment d’évé­ne­ments cliniques pour démon­trer une diffé­rence statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tive dans cette mesure d’efficacité.

Mais le docu­ment d’orien­ta­tion de la FDA auto­ri­sait égale­ment une EUA ou une appro­ba­tion accé­lé­rée si l’ef­fi­ca­cité est suggé­rée par des chan­ge­ments dans une mesure de substi­tu­tion « raison­na­ble­ment suscep­tible de prédire » la protec­tion contre le SARS-CoV‑2. Cette mesure pour­rait être simple­ment un chan­ge­ment des taux d’an­ti­corps – la variable la plus suscep­tible de démon­trer une diffé­rence statis­ti­que­ment signi­fi­ca­tive le jour du scrutin. […]

Mais si un titre d’an­ti­corps est utilisé comme preuve d’ef­fi­ca­cité pour une appro­ba­tion précoce, sa signi­fi­ca­tion clinique pour­rait être diffi­cile à évaluer, étant donné que la commu­nauté médi­cale connaît cette infec­tion depuis moins de 10 mois. Quel niveau d’an­ti­corps pour­rait être prédit de manière fiable pour confé­rer une immu­nité ? Quel anti­corps exac­te­ment ? Pour quelle durée ? Atteindre des niveaux simi­laires à ceux obser­vés chez les patients guéris peut ne pas être suffi­sam­ment convain­cant, car nous sommes encore en train d’ap­prendre dans quelle mesure une telle immu­nité natu­relle confère une protec­tion contre l’in­fec­tion et pendant combien de temps. Le lien entre une mesure de substi­tu­tion non vali­dée et un béné­fice clinique est au mieux diffi­cile, mais il l’est parti­cu­liè­re­ment pour une mala­die émer­gente avec laquelle nous avons une expé­rience clinique limi­tée. Et au-delà de l’ef­fi­ca­cité, un vaccin qui augmente les niveaux d’an­ti­corps ou réduit la gravité de la Covid-19 réduira-t-il égale­ment la conta­gio­sité chez un patient vacciné ? Pas néces­sai­re­ment — ques­tion impor­tante à consi­dé­rer pour évaluer son impact sur la santé publique. […]

Les essais cliniques de phase 3 sont géné­ra­le­ment dimen­sion­nés pour démon­trer l’ef­fi­ca­cité, mais ils ont une puis­sance limi­tée pour évaluer les événe­ments indé­si­rables. Ainsi, la promesse de mener à son terme un essai de phase 3 ne défi­nira pas en soi de manière adéquate la sécu­rité d’un vaccin. Les infor­ma­tions sur les événe­ments indé­si­rables prove­nant d’un essai de phase 3 dépen­dront des types de patients inscrits, de la durée de l’es­sai et de la manière dont les événe­ments indé­si­rables sont déter­mi­nés. Les réponses les plus claires sur les risques ne vien­dront qu’a­près une utili­sa­tion géné­ra­li­sée par des centaines de milliers de personnes, suivies de systèmes de surveillance post-approbation systé­ma­tiques capables de détec­ter et de quan­ti­fier les effets secondaires.

Le bruit courant qu’une vacci­na­tion anté­rieure par le BCG pour­rait proté­ger contre l’in­fec­tion CoVID-19 a été démenti par les statis­tiques (13 mai 2020A122). Par contre, les gouver­nants d’Australie (27 mai 2020A106) et du Royaume-Uni se sont appuyés sur la peur d’épi­dé­mie déjà présente pour promou­voir une vacci­na­tion massive contre la grippe, suppo­sée sauver des milliers de vies à défaut de proté­ger les indi­vi­dus contre le SARS-Cov‑2.

Il existe en fait un soup­çon d’ef­fet ampli­fi­ca­teur du risque d’in­fec­tion par coro­na­vi­rus suite à la vacci­na­tion anti­grip­pale. Un article de Greg G Wolff — soumis en septembre 2019 et publié le 10 janvier 2020A155 — révèle que la sensi­bi­lité aux coro­na­vi­rus (en géné­ral) aurait augmenté (en risque rela­tif) de 35% chez les personnes vacci­nées contre la grippe (voir table 5), alors que la protec­tion était renfor­cée pour d’autres virus y compris bien sûr celui de la grippe. Wolff signale que ce résul­tat est en désac­cord avec les conclu­sions de ME Sundaram et al. (2013A162). Toutefois, une étude statis­tique portant spéci­fi­que­ment sur la CoVID-19 conclut (16 juin 2020A94) :

Notre analyse indique que le fait d’avoir reçu des vaccins contre la grippe saison­nière dans le passé pour­rait être un facteur de risque supplé­men­taire pour les personnes âgées en termes de suscep­ti­bi­lité accrue à l’in­fec­tion par le SARS-CoV‑2 et de proba­bi­lité plus élevée d’une issue létale en cas d’infection.

Le seul point rassu­rant dans ce débat aurait pu être — je cite « Emma Khan » (nom d’emprunt) le 4 mai 2020A120 : « Un virus émergent évolue vite (les coro­na­vi­rus ont un fort poten­tiel évolu­tif) et s’adapte à son hôte en perdant viru­lence et trans­mis­si­bi­lité. » Ce qui rendait moins probable un rebond de l’épi­dé­mie, une deuxième vague justi­fiant un nouveau confi­ne­ment… Toutefois, cette hypo­thèse opti­miste n’a pas été véri­fiée à l’au­tomne 2020 !

Dangers des vaccins CoVID ?

En décembre 2020, les vaccins de Pfizer-BioNTech et Moderna ont reçu de la Food and Drug Administration, aux USA, leurs auto­ri­sa­tions d’uti­li­sa­tion en urgence (EUA) qui ont permis le lance­ment de vastes campagnes de vacci­na­tion. Les docu­ments présen­tés à la FDA indiquent que leur effi­ca­cité et leur absence de noci­vité n’ont pas été véri­fiées sur les sujets de moins de 17 ans, les femmes enceintes ou allai­tantes et les personnes immu­no­dé­pri­mées (10 décembre 2020A66 page 49 ; 17 décembre 2020A65 page 50). Seule la phar­ma­co­vi­gi­lance permet­tra d’es­ti­mer les rapports béné­fice sur risque pour cette popu­la­tion. Les effets indé­si­rables à court terme de ces deux vaccins, très rares, ont pu être iden­ti­fiés et quan­ti­fiés — par exemple l’in­ci­dence de myocar­dites (APMnews, 6 juillet 2021A21).

Un flot consi­dé­rable de messages média­tiques ont circulé dès l’au­to­ri­sa­tion de mise sur le marché des vaccins Pfizer-BioNTech et Moderna, pour beau­coup des commu­ni­qués de presse, des résul­tats d’études à confir­mer et surtout des messages prophé­ti­sant la « fin du cauche­mar ». Or l’ef­fi­ca­cité contre la trans­mis­sion du virus n’a pas été démon­trée par les essais cliniques, bien qu’elle consti­tue l’ar­gu­ment prin­ci­pal en faveur d’une vacci­na­tion géné­ra­li­sée, repo­sant sur une inter­pré­ta­tion discu­table de corré­la­tions entre les taux de vacci­na­tion et l’évo­lu­tion des nombres de cas.

Les essais cliniques sur les vaccins sont conduits par les seuls labo­ra­toires car la confi­den­tia­lité des données brutes (secret indus­triel) ne permet pas leur analyse par des labo­ra­toires indépendants.

Des ques­tions métho­do­lo­giques ont été soule­vées, notam­ment l’ab­sence de procé­dure double aveugleN50 car ces deux essais ont été réali­sés en mode observer-blindN51, ce qui signi­fie unique­ment que « les personnes char­gées de mesu­rer, d’en­re­gis­trer et d’éva­luer les chan­ge­ments chez les parti­ci­pants à la recherche ne savent pas quels parti­ci­pants ont reçu un trai­te­ment et quels parti­ci­pants ont reçu un placebo. » Le patient, par contre, était donc informé du groupe auquel il appartenait.

Pour une analyse compré­hen­sible de ces deux essais, lire l’ar­ticle de Catherine Frade (30 mars 2021A43) et l’ou­vrage de Michel de Lorgeril (avril 2021A38 pages 341–366) — je précise que ce dernier n’a jamais été « anti­vax » contrai­re­ment aux accu­sa­tions de détrac­teurs qui ne lisent pas ses écrits. Détail révé­la­teur dans un commen­taire de blog : quand un·e inter­naute a abordé ce problème de l’observer-blinded en citant M de Lorgeril, il lui a été répondu (par un méde­cin qui n’est pas épidé­mio­lo­giste) : « Le Dr De Lorgeril devrait se canton­ner à la spécia­lité : la cardio­lo­gie » (17 juillet 2021). Quand on ne comprend pas le message, le plus simple est de disqua­li­fier le messager… 😣

Un concen­tré de théo­ries de complot
sur la CoVID-19 le 5 mai 2020…

Dans le camp ennemi, des mani­pu­la­teurs d’opi­nion répandent l’idée que « l’élite » qui cherche à rendre docile et domi­ner la popu­la­tion mondiale est consciente du fait que les vaccins — sans effet sur un virus « qui n’existe pas » — feraient partie de l’ar­se­nal utilisé pour cette prise de contrôle : nano­par­ti­cules acti­vées par la 5‑G (sic), injec­tion de puces infor­ma­tiques, etc. Pour prou­ver que les célé­bri­tés vacci­nées en public n’ont en réalité reçu qu’une substance inerte, une vidéo a circulé montrant le Dr Fauci vacciné au bras gauche, puis signa­lant, dans une inter­view, qu’il ressen­tait une douleur au bras droit. Seul détail : l’image a été inver­sée droite-gauche !

Le moindre scep­ti­cisme expose son auteur — surtout sans compé­tence dans les domaines scien­ti­fiques concer­nés — à passer pour « anti­vax » ou victime de propa­gandes complo­tistes. Or il est clair qu’au­cune affir­ma­tion ne peut être tenue pour scien­ti­fi­que­ment valable, pour ce qui concerne la capa­cité de tel vaccin à enrayer la trans­mis­sion des virus (dans toutes les variantes en circu­la­tion) ni la proba­bi­lité très faible d’ef­fets secon­daires à moyen terme — autres que le « bobo dans l’épaule » ou la « pous­sée de fièvre » dans les trois jours qui suivent… Seule la phar­ma­co­vi­gi­lance pourra four­nir des données fiables, si elle s’exerce dans les règles de l’art. Toutefois, nous aurons vrai­sem­bla­ble­ment ces données quand elles seront deve­nues inutiles, les circons­tances sani­taires ayant changé, espé­rons pour le mieux !

Le monde n’est certai­ne­ment pas divisé entre « provax », « anti­vax » et une marge de « scep­tiques ». Les mêmes argu­ments peuvent circu­ler d’un camp à l’autre, recy­clés pour atti­rer l’at­ten­tion des oppo­sants en même temps qu’af­fai­blir leur posi­tion. C’est semble-t-il ce qui s’est passé avec la vigou­reuse lettre ouverte « À toutes les auto­ri­tés, scien­ti­fiques et experts du monde entier, à qui cela concerne : la popu­la­tion mondiale entière » adres­sée le 6 mars 2011 à l’OMS par le viro­logue et vacci­no­logue Geert Vanden BosscheN52. Une traduc­tion — effroya­ble­ment médiocre bien que compré­hen­sible — circule dans le monde fran­co­phone (17 mars 2021A48) ; il est préfé­rable de lire le texte origi­nal en anglais (6 mars 2021A53).

La lettre de Vanden Bossche a été large­ment relayée par des opposants/sceptiques de la vacci­na­tion contre la CoVID-19, bien qu’elle se termine par un appel à une vacci­na­tion massive. Vanden Bossche est non seule­ment « provax », il l’af­firme d’emblée, mais ses liens d’in­té­rêt avec l’in­dus­trie font dire à ses détrac­teurs — par exemple Rosemary Frei (16 mars 2021A49) — qu’il cherche unique­ment à favo­ri­ser la concur­rence de vaccins à base de cellules NKN53. Selon lui, « les vaccins à base de cellules permet­tront prin­ci­pa­le­ment de mieux prépa­rer notre immu­nité natu­relle (mémoire !) et d’in­duire une immu­nité de groupe (ce qui est exac­te­ment le contraire de ce que font les vaccins Covid-19 actuels, qui trans­forment de plus en plus les personnes vacci­nées en porteurs asymp­to­ma­tiques qui excrètent le virus). » (6 mars 2021A53 page 5)

Le propos de Vanden Bossche est assez compré­hen­sible — ce qui faci­lite sa diffu­sion et l’adhé­sion de collec­teurs d’opi­nions sans examen critique — mais ses prédic­tions alar­mantes ne sont pas étayées par des données factuelles. Il se pose en lanceur d’alerte, « mettant en jeu toute [sa] répu­ta­tion et [sa] crédi­bi­lité » (2021A48). Ses propo­si­tions méri­te­raient d’être étudiées et discu­tées par des cher­cheurs indé­pen­dants plutôt que de se voir écar­tées, sur la simple suspi­cion de conflit d’in­té­rêts, par des personnes à leur tour accu­sées de mani­pu­ler leurs lecteurs — voir les nombreux commen­taires au pied de l’ar­ticle de Rosemary Frei (16 mars 2021A49, traduit en fran­çais le 24 mars 2021N54). Une analyse critique très claire a été publiée par Robert Verkerk, qui signale entre autres (18 mars 2021A47) :

Les vaccins expé­ri­men­taux à base de cellules NK sont loin d’être le seul moyen de renfor­cer la fonc­tion cyto­toxique des cellules NK. Ironiquement – et de manière bien plus avérée – les approches diété­tiques et liées au mode de vie améliorent la fonc­tion immu­ni­taire innée dans le cadre d’une stra­té­gie de préven­tion. Ainsi, la vita­mine D, la vita­mine C, le zinc, les bêta-glucanes et l’exercice ne sont que quelques-uns des éléments dont on a constaté qu’ils agis­saient comme des modu­la­teurs immu­ni­taires renfor­çant la fonc­tion des cellules NK.

L’hypothèse de Geert Vanden Bossche ne devrait pas tarder à être confir­mée ou infir­mée puis­qu’il décla­rait sur son fil LinkedIn (18 mars 2021N52) :

Dans les pays ayant mis en place un programme de vacci­na­tion de masse plus offen­sif, la forte baisse des infec­tions sera proba­ble­ment suivie d’un plateau prolongé. On peut s’at­tendre à ce que ce dernier se trans­forme en une augmen­ta­tion beau­coup plus forte des courbes de morbi­dité avec des pics beau­coup plus élevés. Il n’y a pas de précé­dent d’une telle situa­tion, donc personne ne peut vrai­ment prédire quand exac­te­ment cela va se produire. Cependant, je m’at­tends à ce que cela se produise assez rapi­de­ment, très proba­ble­ment dans les 2 à 4 semaines à venir.

La menace d’une extinc­tion de l’es­pèce humaine, du fait de la sélec­tion de variants de plus en plus viru­lents et résis­tant aux vaccins — « évasion immu­ni­taire » — induite par la « théra­pie génique » des vaccins à ARN messa­ger (2021N55) et accen­tuée par les mesures de distan­cia­tion sani­taire, devrait être envi­sa­gée ; en tout cas plus sérieu­se­ment que celle — annon­cée par des viro­logues depuis plusieurs décen­nies mais accueillie par un silence dubi­ta­tif et coupable — de la surve­nue de pandé­mies à l’échelle mondiale. Il n’est pas néces­saire d’être complo­tiste pour accor­der de l’at­ten­tion à des hypo­thèses, même quand celles-ci remettent en cause un consen­sus médiatico-politique.

Deux autres vaccins expé­ri­men­taux ont par la suite reçu de l’Agence euro­péenne du médi­ca­ment une auto­ri­sa­tion condi­tion­nelle d’uti­li­sa­tion : le Vaxzevria (29 janvier 2021A41), initia­le­ment appelé AstraZeneca, et le Janssen (11 mars 2021A51). Les socié­tés qui les commer­cia­lisent devront conti­nuer de « four­nir les résul­tats des essais cliniques, qui sont en cours », comme l’indiquent les rapports d’évaluation.

Une véri­table bataille média­tique — que certains quali­fient de « contrôle de l’in­for­ma­tion » — est en cours pour inci­ter la tota­lité de la popu­la­tion à se faire vacci­ner afin d’at­teindre « l’im­mu­nité de groupe » avant la surve­nue de « nouvelles vagues » causées par des variants. Des mani­pu­la­tions inquié­tantes ont effec­ti­ve­ment vu le jour, entre autres la censure des propos du Dr. Robert MaloneN56, un des inven­teurs de la tech­no­lo­gie à l’ori­gine de la vacci­na­tion à ARN messa­ger (30 juin 2021A24). Malone mettait en garde contre l’uti­li­sa­tion à grande échelle de « vaccins expé­ri­men­taux », déplo­rant le manque de trans­pa­rence et l’ab­sence de procé­dures de libre consen­te­ment éclairé — voir le flash diffusé par Fox News (23 juin 2021A28). Son compte LinkedIn a été fermé et son nom (défi­ni­ti­ve­ment) effacé, le 15 juin, de l’his­to­rique de la page RNA vaccineN57 sur Wikipedia. La discus­sion ayant abouti à cette suppres­sion figure sur l’on­glet “Talk” (2 mars 2021), aux seuls motifs que les infor­ma­tions seraient basées sur des « données primaires » et que Robert Malone n’a pas de page Wikipedia à son nom !

Parmi les spécu­la­tions qui allaient bon train en fin d’an­née 2020, celle qui concerne un risque de modi­fi­ca­tion de l’ADN du patient ayant reçu un vaccin à ARN messa­ger. Tania Louis s’ex­pri­mait à ce sujet (28 décembre 2020A63) :

Le vaccin consiste à injec­ter un ARN messa­ger, dans une zone du corps, et une fois ces molé­cules détruites le stock n’est pas renou­velé. L’infection par le virus abou­tit à la produc­tion de plusieurs ARN messa­gers diffé­rents, simul­ta­né­ment dans diffé­rents organes, et le stock d’ARN est renou­velé en continu par les cellules infec­tées. Quelle que soit la proba­bi­lité qu’un ARN messa­ger modi­fie l’ADN de la cellule dans laquelle il se trouve, ce risque est beau­coup plus élevé pour les ARN messa­gers viraux produits en cas d’infection que pour l’ARN messa­ger injecté pour la vacci­na­tion. Ce n’est donc pas une raison de préfé­rer le risque d’infection à la vaccination.

Le 28 février 2021, douze méde­cins et scien­ti­fiques ont adressé une lettre à l’Agence euro­péenne du médi­ca­ment pour préve­nir des risques asso­ciés aux vaccins à ARN messa­ger (Bhakdi S et al., 2021A55). Ils deman­daient la preuve que ces produits injec­tés en intra­mus­cu­laire n’at­tein­draient pas le flot sanguin :

En l’ab­sence de telles preuves, il faut s’at­tendre à ce que les vaccins restent piégés dans la circu­la­tion et soient absor­bés par les cellules endo­thé­liales. Il y a des raisons de penser que cela se produira en parti­cu­lier aux endroits où la circu­la­tion sanguine est lente, c’est-à-dire dans les petits vais­seaux et les capil­laires […]. Nous deman­dons des preuves que cette proba­bi­lité a été exclue dans les modèles animaux précli­niques avec les trois vaccins avant leur appro­ba­tion par l’EMA pour une utili­sa­tion chez l’homme.

Si cette preuve n’est pas dispo­nible, il faut s’at­tendre à ce que, pendant l’ex­pres­sion des acides nucléiques des vaccins, les peptides déri­vés de la protéine spike soient présen­tés par la voie du CMH I à la surface lumi­nale des cellules. De nombreux indi­vi­dus sains possèdent des lympho­cytes CD8 qui recon­naissent ces peptides, ce qui peut être dû à une infec­tion anté­rieure par COVID, mais aussi à des réac­tions croi­sées avec d’autres types de coro­na­vi­rus […]. Nous devons suppo­ser que ces lympho­cytes vont atta­quer les cellules concernées. […]

[Si de telles preuves ne sont pas dispo­nibles] il faut s’at­tendre à ce que des lésions endo­thé­liales, avec un déclen­che­ment ulté­rieur de la coagu­la­tion sanguine par l’ac­ti­va­tion des plaquettes, se produisent en d’in­nom­brables endroits du corps. […]

[…] il faut s’at­tendre à ce que cela entraîne une baisse du nombre de plaquettes, l’ap­pa­ri­tion de D‑dimèresN58 dans le sang et une myriade de lésions isché­miques dans tout le corps, y compris dans le cerveau, la moelle épinière et le cœur. Des troubles hémor­ra­giques pour­raient surve­nir à la suite de ce nouveau type de syndrome de coagu­la­tion intra­vas­cu­laire dissé­mi­néeN59 y compris, entre autres, des saigne­ments abon­dants et des acci­dents vascu­laires céré­braux hémorragiques.[…]

Source : A41

En avril 2021 des critiques se sont fait entendre sur le décompte des effets indé­si­rables graves des vaccins anti-CoVID en circu­la­tion (AIMSIB, 11 avril 2021A41).

L’AIMSIB a repro­duit (image ci-contre) un tableau compa­ra­tif des effets indé­si­rables du vaccin Covid-19 AstraZenecaTM et du vaccin contre la grippe clas­sique, à partir des données de la base ADRreports​.eu. À noter que ces chiffres couvrent une période de 3 mois pour le vaccin anti-CoVID et une année entière pour celui contre la grippe. Cette compa­rai­son montre qu’il serait diffi­cile de prou­ver que toutes les throm­boses avaient des causes étran­gères à la vaccination.

Les vaccins en circu­la­tion contre la CoVID-19 (début 2021) n’ont pas été testés sur des sujets immu­no­dé­fi­cientsN60. Leur utili­sa­tion sur cette popu­la­tion peut poser problème, comme signalé avec le vaccin Pfizer-BioNTech (BNT162b2) admi­nis­tré en Israël à des patients atteints de mala­dies auto-immunes ou inflam­ma­toires (avril 2021A37) dont 6 ont subi une réac­ti­va­tion d’herpes zoster (zonaN61) :

La préva­lence d’herpes zoster (HZN61) était de 1,2 % (n = 6) chez les patients atteints d’AIIRD, alors qu’elle était nulle chez les témoins. Six patientes âgées de 49 ± 11 ans et atteintes d’une mala­die auto-immune de rhuma­tisme inflam­ma­toire stable : poly­ar­thrite rhuma­toïdeN62 (n = 4), syndrome de SjögrenN63 (n = 1) et mala­die conjonc­tive indif­fé­ren­ciée (n = 1), ont déve­loppé la première infec­tion de leur vie à l’HZ peu de temps après l’ad­mi­nis­tra­tion de la première dose de vaccin dans 5 cas, et après la deuxième dose de vaccin dans un cas. Dans la majo­rité des cas, l’in­fec­tion à l’HZ était bénigne, à l’ex­cep­tion d’un cas de HZ ophtal­mique, sans atteinte cornéenne, chez une patiente atteinte de poly­ar­thrite rhuma­toïde trai­tée par tofa­ci­ti­nib. Il n’y a eu aucun cas de HZ dissé­miné ou de névral­gie post-zostérienne. Toutes les patientes sauf une ont reçu un trai­te­ment anti­vi­ral avec une réso­lu­tion des symp­tômes liés à l’HZ jusqu’à 6 semaines. Cinq patientes ont terminé la deuxième dose du vaccin sans autres effets indésirables.

La fin des essais cliniques de phase 3 est annon­cée le 27 octobre 2022 pour le vaccin de Moderna et le 2 mai 2023 pour Pfitzer. Ce qui n’empêche pas le ministre de la santé fran­çais d’af­fir­mer en juillet 2021 : « Parmi les “fake news” que l’on entend, il y aurait celle qui consiste à dire que le vaccin serait encore en cours d’expérimentation, c’est abso­lu­ment faux. La phase 3 est termi­née depuis des mois, elle est vali­dée » puis que « l’es­sai de phase 3 se pour­suit » ! (Maad A, 8 juillet 2021A19) La réalité est que la première partie évaluant « l’ef­fi­ca­cité » (voir ci-dessous) est termi­née, et la levée de l’insu a eu lieu à cet effet, alors que le volet « sécu­rité » reste à l’étude jusqu’à la fin des essais. Cette contra­dic­tion du ministre est parfai­te­ment assu­mée, noyée dans le flou artis­tique des « déco­deurs » du Monde qui concluent que le ministre a raison, tout en s’ap­puyant sur les propos d’un autre « expert » : « Les essais de phase 3 ont montré la qualité phar­ma­ceu­tique, l’efficacité, et la sécu­rité des vaccins ARN… » Alors que cette notion d’ef­fi­ca­cité est à géomé­trie variable (voir plus bas) et que la sécu­rité n’est pas encore évaluée, sauf à écar­ter d’emblée tout effet indé­si­rable qui pour­rait surve­nir au delà de six mois.

Une évalua­tion de la sécu­rité et de l’ef­fi­ca­cité à six mois du vaccin Pfizer-BioNTech (BNT162b2) a été pré-publiée fin juillet 2021 (Thomas et al., 28 juillet 2021A13). Au niveau « sécu­rité », on compte 15 morts pour toutes causes dans le groupe vacciné, contre 14 dans le groupe placebo. Parmi ceux-ci, seule­ment 1 décès a été attri­bué à la CoVID chez les vacci­nés, contre 2 dans le groupe placebo. Cette diffé­rence n’est pas signi­fi­ca­tive sachant que les groupes compre­naient chacun 22 000 sujets (dont la majo­rité avait moins de 55 ans). Néanmoins, l’ef­fi­ca­cité est affir­mée en mention­nant le décompte de 131 cas symp­to­ma­tiques chez les vacci­nés contre 1034 chez les non-vaccinés. Sachant que la morta­lité n’est pas impac­tée, la preuve est faite que ce vaccin protège des formes symp­to­ma­tiques, mais rien n’est établi avec certi­tude pour la protec­tion contre les formes graves. D’autres détails et objec­tions figurent dans la discus­sion de l’ar­ticle (Thomas et al., 28 juillet 2021A13).

L’article L. 1122–1‑1 du Code de la Santé Publique (2016A159), en France, stipule : « Aucune recherche mention­née au 1° de l’ar­ticle L. 1121–1 (“inter­ven­tion sur la personne non justi­fiée par sa prise en charge habi­tuelle”) ne peut être prati­quée sur une personne sans son consen­te­ment libre et éclairé, recueilli par écrit, après que lui a été déli­vrée l’in­for­ma­tion prévue à l’ar­ticle L. 1122–1. »

En mars 2021, un retraité de 83 ans vacciné, qui réside en Ile-de-France, a déposé un recours devant le Conseil d’État pour deman­der la levée du confi­ne­ment pour les personnes vacci­nées. Il lui a été répondu (Samson T, 30 mars 2021A44) :

[…] le ministre de la Santé estime qu’il est préma­turé en l’état des connais­sances scien­ti­fiques de diffé­ren­cier les « règles rela­tives aux limi­ta­tions de circu­la­tion selon que les personnes ont reçu ou non des doses des vaccins ». Olivier Véran invoque quatre argu­ments. D’une part, « l’ef­fi­ca­cité partielle des vaccins », et en deuxième lieu le fait que « l’ef­fi­ca­cité des vaccins est deve­nue parti­cu­liè­re­ment contin­gente du fait de l’apparition des nouveaux variants ». En troi­sième lieu, « les personnes vacci­nées sont aussi celles qui sont les plus expo­sées aux formes graves et aux décès en cas d’inefficacité initiale du vaccin ou de réin­fec­tion post-vaccinale ou de la viru­lence d’un variant. » Enfin, « le vaccin n’empêche pas de trans­mettre le virus aux tiers. L’impact de la vacci­na­tion sur la propa­ga­tion du virus n’est pas encore connu. »

Début juillet a été annon­cée, en France, l’obli­ga­tion vacci­nale de CoVID-19 pour les person­nels soignants et tout profes­sion­nel en contact avec des personnes faibles ou à risques. Le Gouvernement étudie la possi­bi­lité d’étendre cette obli­ga­tion à l’en­semble de la popu­la­tion, bien que cette dispo­si­tion risque d’être juri­di­que­ment impos­sible. Le profes­seur de droit Philippe Ségur écrit (1er juillet 2021A23) :

La formule « essai clinique » utili­sée par l’Agence euro­péenne est sans équi­voque. Cette notion est défi­nie par la direc­tive 2001/20/CE du Parlement euro­péen et du Conseil du 4 avril 2001 […]. Selon ce texte, un essai clinique est une « inves­ti­ga­tion menée chez l’homme, afin de déter­mi­ner ou de confir­mer les effets cliniques, phar­ma­co­lo­giques et/ou les autres effets phar­ma­co­dy­na­miques d’un ou de plusieurs médi­ca­ments expé­ri­men­taux (…) dans le but de s’assurer de leur inno­cuité et/ou effi­ca­cité ». On notera, par exemple, qu’en dehors même des incer­ti­tudes rela­tives à leur tech­nique spéci­fique — ARNm ou ADN recom­biné […] —, « aucune étude de cancé­ro­gé­ni­cité n’a été réali­sée » pour le vaccin Moderna et « aucune étude de géno­toxi­cité ou de cancé­ro­gé­ni­cité n’a été réali­sée » pour les vaccins Pfizer, AstraZeneca et Johnson & Johnson.

L’ensemble de ces infor­ma­tions suffisent à convaincre que la pandé­mie de covid-19 a conduit les auto­ri­tés sani­taires à auto­ri­ser une expé­ri­men­ta­tion vacci­nale à grande échelle inédite dans l’histoire de la méde­cine. En période d’urgence, rien ne paraît juri­di­que­ment s’y oppo­ser tant sur le plan de la santé indi­vi­duelle afin de proté­ger les personnes vulné­rables que sur le plan de la santé publique pour éviter la satu­ra­tion des struc­tures hospi­ta­lières. En revanche, le carac­tère expé­ri­men­tal de la vacci­na­tion invite le juriste à en recon­tex­tua­li­ser l’usage, car en cette matière, le droit interne comme le droit inter­na­tio­nal ont histo­ri­que­ment construit la notion de consen­te­ment du sujet comme garde-fou pour empê­cher toute dérive […]. Dès lors, ce prin­cipe du consen­te­ment semble suffi­sam­ment bien établi pour consti­tuer un obstacle à l’obligation vacci­nale aussi long­temps que les phases de tests cliniques ne seront pas terminées […].

Réduction de risque absolu ?

L’article Outcome Reporting Bias in COVID-19 mRNA Vaccine Clinical Trials (Brown RB, 26 février 2021A56) explique très clai­re­ment la diffé­rence entre l’ef­fi­ca­cité rela­tive et abso­lue de la réduc­tion de risque induite par une vacci­na­tion, citant en exemple les docu­ments four­nis à la Food and Drug Administration (FDA aux USA) par les fabri­cants des vaccins Pfizer-BioNTech (10 décembre 2020) et Moderna (17 décembre 2020). Les mêmes expli­ca­tions se trouvent dans l’ou­vrage Enquêtes médi­cales & évalua­tion des médi­ca­ments (Clapin A, 2018N64) ; il n’est pas néces­saire de reve­nir sur les méthodes de calcul qui forment la base de l’épi­dé­mio­lo­gie clinique.

Le résul­tat est le suivant :

  • Le vaccin Pfizer-BioNTech se présente avec une effi­ca­cité (réduc­tion de risque rela­tif) de 95.1% (90 à 97.6% dans un inter­valle de confiance à 95%). La réduc­tion de risque absolu est de 0.7% (0.59 à 0.83% dans un inter­valle de confiance à 95%).
  • Le vaccin Moderna se présente avec une effi­ca­cité (réduc­tion de risque rela­tif) de 94.1% (89.1 à 96.8% dans un inter­valle de confiance à 95%). La réduc­tion de risque absolu est de 1.1% (0.97 à 1.32% dans un inter­valle de confiance à 95%).

Les chiffres four­nis aux médias sont ceux de la réduc­tion de risque rela­tif car il est plus attrac­tif de parler d’une « effi­ca­cité » de 95% que d’une réduc­tion de risque proche de 1% en absolu. Pourtant, dans la vie réelle c’est cette dernière qui devrait permettre de faire un choix éclairé.

Avec le vaccin Pfizer-BioNTech, sur 21 712 personnes réel­le­ment vacci­nées, 8 ont été « infec­tées », et sur 21564 ayant reçu le placebo, 162 l’ont été. Attention : ce groupe « infecté » est celui de personnes présen­tant des signes cliniques d’in­fec­tion, les porteurs « asymp­to­ma­tiques » (test PCR posi­tif sans signes cliniques) étant exclus de cette caté­go­rie comme nous le verrons plus bas. Donc la propor­tion de personnes infec­tées chez les vacci­nés de Pfizer-BioNTech était 8 / 21 712 = 0.036% contre 162 / 21 564 = 0.75% chez les non-vaccinés, la diffé­rence étant 0.7%. Calcul analogue 185 / 15 025 – 11 / 15 199 = 1.1% pour Moderna. Ces diffé­rences tendent vers zéro dans les popu­la­tions « à moindre risque de forme symp­to­ma­tique de CoVID », ce qui reflète la réalité. Alors que le rapport servant à calcu­ler la « dimi­nu­tion de risque rela­tif » peut rester stable, à première vue, alors qu’il perd toute signi­fi­ca­tion en tendant vers 0/0…

Autre critère évoca­teur : le « nombre de personnes à vacci­ner » qui est l’in­verse de cette réduc­tion de risque absolu, autre­ment dit envi­ron 142 personnes pour le Pfizer-BioNTech et 88 personnes pour le Moderna. C’est le nombre de personnes qu’il faut vacci­ner pour qu’une au moins ne soit pas dans le groupe « infecté ».

Or seules les réduc­tions de risque rela­tif ont été prises en compte par le comité d’éva­lua­tion des vaccins (VRBPAC) à la FDA pour l’at­tri­bu­tion d’une Emergency Use Authorization (EUA) qui permet d’uti­li­ser ces vaccins avant leur mise sur le marché. Ce qui est clai­re­ment en désac­cord avec les règles de bonne pratique de la FDA (Fischoff B et al., 2011N65) :

Fournir des risques abso­lus et pas seule­ment des risques rela­tifs. Les patients sont indû­ment influen­cés lorsque les infor­ma­tions sur les risques sont présen­tées selon une approche de risque rela­tif, ce qui peut entraî­ner des déci­sions sous-optimales. Il convient donc d’uti­li­ser un format de risque absolu.

Dans les articles publiés par le New England Journal of Medicine au sujet de ces deux vaccins (10 décembre 2020A64 ; 4 février 2021A58) et dans les docu­ments desti­nés au public, seules sont mention­nées les réduc­tions de risque rela­tif, quali­fiées d’effi­ca­cité des vaccins. Toute la commu­ni­ca­tion sur les perfor­mances « excep­tion­nelles » de ces vaccins s’ap­puie sur ces données qui induisent des biais d’in­ter­pré­ta­tion. Ronald B Brown conclut (26 février 2021A56) :

De tels exemples de biais dans la commu­ni­ca­tion des résul­tats induisent en erreur et déforment l’in­ter­pré­ta­tion par le public de l’ef­fi­ca­cité du vaccin à ARNm COVID-19, tout en violant les obli­ga­tions éthiques et légales du consen­te­ment éclairé.

Ce problème d’éva­lua­tion de l’ef­fi­ca­cité en termes de dimi­nu­tion du risque rela­tif est signalé par Michel de Lorgeril (avril 2021A38 pages 351 et 359) : « Cette façon de calcu­ler […] ne peut abuser que des amateurs. »

Protection vaccinale contre la transmission

L’argument le plus souvent invo­qué pour convaincre les personnes à se faire vacci­ner contre la CoVID est « l’effi­ca­cité » des vaccins à leur dispo­si­tion. Il est rare que la signi­fi­ca­tion de ce terme soit expli­ci­tée, la croyance la plus répan­due étant qu’elle mesu­re­rait la capa­cité d’un vaccin à proté­ger l’in­di­vidu contre la trans­mis­sion du virus. On entend dire (argu­ment égoïste) « je suis protégé·e à 95% », sous-entendu « je n’ai plus que 5% de risque d’at­tra­per la CoVID » ou encore (argu­ment altruiste) « j’ai 20 fois moins de risque de la trans­mettre »… Ce qui est double­ment faux ! D’abord, nous venons de le voir, parce que le 95% est une dimi­nu­tion RELATIVE, mais surtout parce que le risque en ques­tion n’est pas celui de la trans­mis­sion du virus.

En effet, le critère de trans­mis­sion ne figu­rait pas dans les études menées par les labo­ra­toires de recherche, comme l’in­diquent expli­ci­te­ment les rapports four­nis à la FDA. L’efficacité dont il est ques­tion est une évalua­tion du risque de la néces­sité d’une hospi­ta­li­sa­tion suite à une conta­mi­na­tion. Ce risque est en partie fonc­tion du niveau d’an­ti­corps neutra­li­sants (mesuré en labo­ra­toire) et de l’im­mu­nité cellu­laire acquise par la vacci­na­tion — voir par exemple une expli­ca­tion de l’ef­fi­ca­cité des vaccins contre le variant Delta (16 juin 2021A30).

Ce qui a été véri­fié est la protec­tion de l’in­di­vidu, non pas contre la trans­mis­sion du SARS-CoV‑2 et de ses variants, mais contre les symp­tômes de CoVID-19 en cas de conta­mi­na­tion. Peter Doshi préci­sait dans le British Medical Journal (20 octobre 2020A69) :

Peter Hotez, doyen de l’École natio­nale de méde­cine tropi­cale du Baylor College of Medicine à Houston, a déclaré : « Idéalement, vous voudriez qu’un vaccin anti­vi­ral fasse deux choses […] d’abord, réduire la proba­bi­lité que vous tombiez grave­ment malade et que vous alliez à l’hô­pi­tal, et ensuite, préve­nir l’in­fec­tion et donc inter­rompre la trans­mis­sion de la maladie. »

Pourtant, les essais actuels de phase III ne sont pas réel­le­ment mis en place pour prou­ver l’un ou l’autre […]. Aucun des essais actuel­le­ment en cours n’est conçu pour détec­ter une réduc­tion des résul­tats graves tels que les admis­sions à l’hô­pi­tal, le recours aux soins inten­sifs ou les décès. Les vaccins ne sont pas non plus étudiés pour déter­mi­ner s’ils peuvent inter­rompre la trans­mis­sion du virus. […]

Dans tous les essais de phase III en cours pour lesquels des détails ont été publiés, les infec­tions confir­mées en labo­ra­toire, même avec des symp­tômes légers, répondent à la défi­ni­tion du critère d’éva­lua­tion primaire […]. Dans les essais de Pfizer et Moderna, par exemple, chaque cas de personne ne présen­tant qu’une toux et un test de labo­ra­toire posi­tif rappro­che­rait l’es­sai de son terme.

À mi-juillet 2021 aux USA, une petite frac­tion des décès attri­bués à la CoVID-19 surve­naient chez des personnes vacci­nées, alors que la moitié de la popu­la­tion était vacci­née. Ce résul­tat est proba­ble­ment enta­ché de biais — le compor­te­ment des vacci­nés (volon­taires) étant proba­ble­ment très diffé­rent de celui de ceux qui n’ont pas pu ou pas voulu se faire vacci­ner — mais il renforce l’idée que la protec­tion vacci­nale contre la forme grave de la mala­die serait effi­cace, bien que ne garan­tis­sant pas la durée de cette immunité.

En France, le 27 juillet 2021, la Direction géné­rale de la santé (DGS) émet­tait un Rappel de la procé­dure en lien avec l’évo­lu­tion de la circu­la­tion du variant Delta sur le terri­toire natio­nal (n° 2021_75) stipulant :

Un échec de vacci­na­tion contre la Covid-19 est défini comme une infec­tion symp­to­ma­tique au SARS-CoV‑2 confir­mée biolo­gi­que­ment par ampli­fi­ca­tion molé­cu­laire (RT-PCR ou RT-LAMP) ou par test antigénique.

Il s’en­suit que les porteurs asymp­to­ma­tiques vacci­nés — poten­tiel­le­ment conta­gieux — ne sont pas pris en compte dans cette évaluation.

Le corps médi­cal recon­nais­sait, à mi-2021, qu’on ne dispose pas encore de données fiables sur l’ef­fet protec­teur des vaccins contre la trans­mis­sion du virus et de ses variants. C’est pour­quoi les personnes vacci­nées sont encore tenues de respec­ter les gestes barrières. « Les gens ne doivent pas se lais­ser aller simple­ment parce qu’ils ont reçu les deux doses. Ils doivent encore se proté­ger », a déclaré (le 25 juin 2021) Dr Mariangela Simao, sous-directrice géné­rale pour l’accès aux médi­ca­ments et aux produits de santé à l’OMS.

En même temps, tous les respon­sables poli­tiques (et la plupart des médias) martèlent l’idée que la vacci­na­tion serait la seule issue de cette pandé­mie. La menace d’une « quatrième vague » du variant Delta a été drama­ti­sée en France fin juin 2021, au point que le direc­teur de l’ARS Nouvelle-Aquitaine n’a pas hésité à décla­rer sur BFMTV (4 juillet 2021A22) que « ce qui arrive actuel­le­ment dans les Landes va se produire partout en France » et que « chaque personne non vacci­née aura obli­ga­toi­re­ment le variant Delta, toutes les expé­riences inter­na­tio­nales le prouvent [sic]… Les personnes qui sont vacci­nées peuvent bien évidem­ment attra­per le virus. Mais lorsqu’elles sont conta­mi­nées, elles seront en mesure de conta­mi­ner moins d’une personne. C’est pour cela que le vaccin stoppe l’épidémie ! »

Christian Vélot proteste (8 juillet 2021A20) : « On nous garga­rise avec des chiffres sans nous appor­ter la moindre expli­ca­tion et en comp­tant sur l’imaginaire collec­tif pour une surin­ter­pré­ta­tion posi­tive de leur signification. »

Les oppo­sants à la vacci­na­tion agitent comme « preuve de son inef­fi­ca­cité » (au niveau de la trans­mis­sion) le constat que, dans les popu­la­tions majo­ri­tai­re­ment vacci­nées, les personnes infec­tées peuvent comprendre un nombre de personnes vacci­nées égal ou supé­rieur à celui des non-vaccinées. En réalité c’est un résul­tat qui ne prouve rien sur l’ef­fi­ca­cité : si 100 % de la popu­la­tion était vacci­née, alors 100 % des personnes infec­tées le seraient aussi. L’infographie ci-dessous explique parfai­te­ment ce biais d’interprétation :

Le même raison­ne­ment appli­qué à des données diffé­rentes peut soute­nir une hypo­thèse inverse sur la protec­tion contre la contamination : 

Pourcentages de cas non-vaccinés et vacci­nés en Israël du 27 juin au 3 juillet 2021

En Israël dans la période du 27 juin au 3 juillet 2021, les pour­cen­tages de cas confir­més (symp­to­ma­tiques) vacci­nés étaient presque égaux à la propor­tion des vacci­nés dans la popu­la­tion, pour toutes les tranches d’âge (voir figure ci-contre) alors qu’ils auraient dû être nette­ment infé­rieurs pour prou­ver l’ef­fi­ca­cité vaccinale.

Des évalua­tions de la « non-contamination » ont bien été expo­sées dans quelques publi­ca­tions média­ti­sées, notam­ment début 2021 après les campagnes vacci­nales en Israël et au Royaume-Uni. Il s’agis­sait toute­fois de corré­la­tions sur des données obser­va­tion­nelles. Les facteurs de confu­sion étaient nombreux, notam­ment du fait que la campagne de vacci­na­tion faisait suite à une période de confi­ne­ment strict, entraî­nant auto­ma­ti­que­ment une dimi­nu­tion de l’in­ci­dence de la mala­die. Pour y remé­dier, on crée des sous-groupes, au risque d’être confronté au para­doxe de SimpsonN66 qui permet d’at­teindre les conclu­sions souhai­tées — exac­te­ment ce qui est repro­ché aux promo­teurs de médi­ca­ments miracles… Par exemple, en Angleterre, on a annoncé qu’il y avait moins de trans­mis­sions dans les familles où une personne au moins était vacci­née. Le biais est évident : c’est dans ces mêmes familles qu’on trou­vera le plus de personnes respec­tueuses des direc­tives sur la distan­cia­tion physique, et le moins de celles qui doute­raient de l’uti­lité de la vacci­na­tion ou même de la réalité d’une pandé­mie. Si c’est le cas, l’ef­fet (dimi­nu­tion de la trans­mis­sion) n’est pas spéci­fique du vaccin.

D’autres « études pros­pec­tives » — qui ne méri­te­raient pas un tel nom vue leur faiblesse métho­do­lo­gique — ne respectent même pas la règle fonda­men­tale de rando­mi­sa­tion, exemple celle de MG Thompson et al. (30 juin 2021A25). Il reste les modèles mathé­ma­tiques prédic­tifs qu’on utilise pour « prophé­ti­ser » l’évo­lu­tion de l’épi­dé­mie à partir de données obser­va­tion­nelles et d’hy­po­thèses. Les résu­més « pour les déci­deurs » manquent suffi­sam­ment de clarté pour faire la confu­sion entre hypo­thèses et résul­tats. Par exemple, en s’ap­puyant sur une modé­li­sa­tion de l’évo­lu­tion d’une quatrième vague en septembre (Bosetti P et al., version du 28 juin 2021A26), le président Macron et les médias fran­çais annoncent, à mi-juillet 2021, que les non-vaccinés trans­mettent 12 fois plus la mala­die que les non-vaccinés, alors que ce n’est qu’une inter­pré­ta­tion des hypo­thèses de calcul (Favionu, 15 juillet 2021A17, lire les commen­taires). Hypothèse ferme­ment contre­dite par la décla­ra­tion du Dr. Anthony Fauci, le 28 juillet 2021N67, sur les charges virales des vacci­nés et des non-vaccinés expo­sés au variant Delta — voir ci-dessous.

On peut espé­rer, sans en attendre la preuve, que le simple fait d’at­té­nuer la gravité de l’in­fec­tion élimi­nera le risque de trans­mis­sion ; mais ce serait la mise au rebut d’une autre croyance : la trans­mis­sion du virus par des personnes conta­mi­nées non-symptomatiques, argu­ment utilisé pour justi­fier la ferme­ture des écoles et, plus tard, la vacci­na­tion des enfants. Exit le « porteur sain »… De fait, toutes ces croyances anta­go­nistes coexistent dans les discours de diri­geants qui ont parfai­te­ment inté­gré la doctrine du « en même temps »

Une étude à grande échelle menée sur 500 000 soignants aux USA au prin­temps 2021 (14 mai 2021A34) concluait effec­ti­ve­ment à 94% « d’ef­fi­ca­cité », mais elle aussi ne dénom­brait que les patients symp­to­ma­tiques. En l’ab­sence de « porteurs sains » elle ne dit rien sur l’ef­fi­ca­cité en termes de propa­ga­tion du virus. Même problème avec une étude rétros­pec­tive au Danemark évaluant « l’ef­fi­ca­cité » des 2 injec­tions de Pfizer-BioNtech (Moustens-Helms IR et al., 9 mars 2021A52) et en Israël (Dagan N et al., 15 avril 2021A40). Ce qui n’empêche pas le Conseil d’orientation de la stra­té­gie vacci­nale (COSV, France) de décla­rer : « Les vaccins à ARNm sont les seuls pour lesquels existent des données sur l’efficacité de protec­tion contre l’infection, et donc contre la trans­mis­sion » (7 mai 2021A35 page 2).

L’enquête cas-témoins d’Alyson M Cavanaugh et al. (6 août 2021A10) portant sur des sujets du Kentucky âgés de plus de 18 ans ayant été infec­tés par le SARS-CoV‑2 avant décembre 2020, a estimé qu’ils avaient 2.35 fois moins de risque d’être de nouveau infec­tés s’ils avaient reçu au moins une dose de vaccin ARNm ou Janssen. Ce type d’en­quête peut être enta­ché de biais de sélec­tion, d’in­for­ma­tion et de confu­sion (Clapin A, 2018N68 pages 35–69) et ne peut donc pas établir un lien de causa­lité. Le résul­tat permet toute­fois d’ad­mettre l’exis­tence d’un facteur de protec­tion (Cavanaugh M et al., 6 août 2021A10) :

[…] parmi les rési­dents du Kentucky qui avaient déjà été infec­tés par le SRAS-CoV‑2 en 2020, ceux qui n’étaient pas vacci­nés contre le COVID-19 avaient une proba­bi­lité signi­fi­ca­ti­ve­ment plus élevée de réin­fec­tion en mai et juin 2021. Cette consta­ta­tion appuie la recom­man­da­tion des CDC selon laquelle toutes les personnes admis­sibles devraient se voir offrir la vacci­na­tion contre le COVID-19, quel que soit leur statut d’in­fec­tion anté­rieure par le SRAS-CoV‑2.

Les études menées sur les nouveaux vaccins présentent la même limi­ta­tion : les critères d’éva­lua­tion doivent en effet permettre de compa­rer leur « effi­ca­cité » à celle des vaccins déjà en circu­la­tion. Dans l’es­sai en phase II mené par Novavax™ en Afrique du Sud (Shinde V et al., 20 mai 2021A33) il était bien précisé (je souligne) :

Les critères d’éva­lua­tion primaires étaient l’in­no­cuité et l’ef­fi­ca­cité du vaccin contre la Covid-19 symp­to­ma­tique confir­mée en labo­ra­toire 7 jours ou plus après la deuxième dose chez les parti­ci­pants n’ayant jamais été infec­tés par le SRAS-CoV‑2.

Fin juillet 2021, en France, l’ob­ser­va­tion d’une augmen­ta­tion du nombre de personnes testées posi­tives permet aux déci­deurs d’an­non­cer une terrible « quatrième vague ». Toutefois, l’ob­ser­va­tion de cette vague au Royaume-Uni fait appa­raître que les cas ont bien augmenté tandis que les décès n’ont pas cessé de dimi­nuer — voir The Spectator Covid-19 data trackerN69. Explication : le vaccin protège contre l’ap­pa­ri­tion de formes graves. Or les mêmes prophètes affirment que la conta­mi­na­tion touche en premier les non-vaccinés. Ces derniers devraient donc être plus expo­sés aux formes graves et augmen­ter les statis­tiques de décès… Étrange raison­ne­ment contra­dic­toire bâti sur de pures hypo­thèses et « modé­li­sa­tions ». La réalité serait peut-être plus à cher­cher du côté de la conta­gio­sité accrue du variant Delta (d’où augmen­ta­tion de l’in­ci­dence) et de sa moindre léta­lité ; l’im­mu­nité natu­relle acquise par cette affec­tion bénigne pour­rait être plus effi­cace que celle de vaccins conçus pour des variants aujourd’­hui dispa­rus.

Le 28 juillet 2021N67, le Dr. Fauci décla­rait sur MSNBC : « La charge virale du variant delta dans le nez des personnes vacci­nées est la même que celle des personnes non vacci­nées, alors portez un masque, s’il vous plaît. » Voir le commu­ni­qué de Reuters (N Lapid, 2 août 2021A12). Ce qui signi­fie que les personnes vacci­nées sont pour beau­coup des conta­mi­nés asymp­to­ma­tiques (porteurs sains) qui se croient proté­gés et ne prennent plus aucune précau­tion, se compor­tant à leur insu en super­con­ta­mi­na­teurs. C’est ce qui pour­rait expli­quer la flam­bée de cas de CoVID-19 (variant Delta) dans des pays comp­tant le plus de vacci­nés, comme l’Islande (93% des plus de 16 ans en août 2021) qui s’in­ter­roge sur sa stra­té­gie d’im­mu­nité collec­tive (Bourdillon P, 10 août 2021A9). Mais surtout, cette donnée rend caduque l’ar­gu­ment « altruiste » en faveur de la vacci­na­tion, ainsi que la pensée magique (domi­nante) selon laquelle seule la vacci­na­tion géné­ra­li­sée (donc obli­ga­toire) pourra mettre fin à la circu­la­tion du virus, et donc à la pandémie :

Þórólfur Guðnason estime que la capa­cité des vaccins à empê­cher une réin­fec­tion des personnes inocu­lées est bien trop faible et qu’il faudrait lais­ser les gens se conta­mi­ner natu­rel­le­ment afin d’ob­te­nir à terme une immu­nité collec­tive. Tout en suivant atten­ti­ve­ment les groupes vulné­rables, que les vaccins protègent au demeu­rant des formes graves de la mala­die. (Bourdillon P, 10 août 2021A9)

S’appuyant sur des données publiées par Public Health England, le Pr Sir Andrew Pollard, direc­teur de l’Oxford Vaccine Group, a déclaré au Parlement anglais que l’im­mu­nité collec­tive était un « mythe » et ne devrait pas être invo­quée pour justi­fier les programmes de vacci­na­tion au Royaume-Uni et en Europe (10 août 2021A8) :

Ce virus n’est pas la rougeole. Si 95 % des personnes sont vacci­nées contre la rougeole, le virus ne peut pas se trans­mettre dans la popu­la­tion. Mais nous savons très clai­re­ment, avec le coro­na­vi­rus, que le variant Delta infec­tera toujours les personnes vacci­nées, ce qui signi­fie que toute personne non vacci­née rencon­trera le virus à un moment ou à un autre. […]

L’un des argu­ments les plus forts qui a été répété est de vacci­ner les enfants pour proté­ger les adultes. Mais la vacci­na­tion des enfants ne va pas bloquer complè­te­ment la trans­mis­sion, ce qui ne permet pas d’at­teindre cet objectif.

Début août 2021, dans les pays forte­ment vacci­nés (Royaume-Uni, USA, Israël etc.) on explique que la flam­bée de l’in­ci­dence est due « au variant Delta », et dans ceux moyen­ne­ment vacci­nés comme la France la faute serait « aux non-vaccinés » ! Il faudra inven­ter d’autres argu­ments pour la cinquième « vague » corres­pon­dant au variant « theta » décou­vert au Kirghizistan. Mais la disso­nance cogni­tive est plei­ne­ment assu­rée par les commu­ni­cants et prophètes adeptes de boules de cris­tal. La science a depuis long­temps quitté le terrain…

Controverse sur les variants

Les variants du SARS-CoV‑2 sont-ils « produits » par la vacci­na­tion ? Ou par les personnes non-vaccinées ? Cette contro­verse circule sur les réseaux sociaux, avec des argu­ments plus rhétoriques/émotionnels que scientifiques.

Le raison­ne­ment des promo­teurs de la vacci­na­tion est simple : (1) la vacci­na­tion dimi­nue ou empêche la circu­la­tion du virus ; (2) le virus circule chez les non-vaccinés ; (3) les muta­tions de ce virus peuvent engen­drer des variants poten­tiel­le­ment plus viru­lents. La faiblesse de ce raison­ne­ment est que le point (1) ne serait pas véri­fié, en août 2021, en raison de la charge virale signi­fi­ca­tive de personnes vacci­nées qui ont été infec­tées par le variant Delta. La réponse à cette objec­tion est que l’in­fec­tion est beau­coup moins fréquente chez les vacci­nés, ce qui malheu­reu­se­ment ne peut pas être prouvé en l’ab­sence de données véri­fiables : en France, par exemple, les personnes vacci­nées ne sont plus testées et sont bien heureuses de fréquen­ter sans masque des lieux publics sous la protec­tion du pass sani­taire

Les vaccino-sceptiques objectent que le point (3) repré­sente une réalité incom­plète : les muta­tions ne sont pas le seul méca­nisme à l’ori­gine de variants. La recom­bi­nai­son de maté­riel géné­tique (voir ci-dessous), bien que raris­sime, devrait être prise en compte. Un autre argu­ment est la coin­ci­dence appa­rente d’ap­pa­ri­tion de variants avec, non pas avec le début des campagnes vacci­nales, mais avec les essais de type 3 qui les ont précé­dées : juillet 2020 aux USA, en Argentine, au Brésil, en Afrique du sud et en Turquie pour le vaccin Pfizer (FP Polack et al., 10 décembre 2020A64), novembre 2020 pour le Covaxin de Biotech en Inde. Cette coin­ci­dence est peut-être un « signal » mais elle ne pour­rait consti­tuer un lien de causalité.

Un argu­ment plus solide à l’ap­pui d’un lien possible entre la vacci­na­tion et l’ap­pa­ri­tion de variants est celui de l’ex­pé­ri­men­ta­tion animale qui met en évidence (du moins pour certaines souches virales et dans certaines condi­tions) un méca­nisme de « pres­sion sélec­tive » libre de s’exer­cer lorsque la protec­tion contre la trans­mis­sion est insuf­fi­sante — ce qui paraît être le cas en août 2021 pour le variant Delta du SARS-CoV‑2. Andrew F Read et ses collègues avaient observé ce proces­sus pour le virus de la mala­die de MarekN70 dans les élevages de poulets (Read AF et al. , 2015A161) :

Il existe une attente théo­rique selon laquelle certains types de vaccins pour­raient favo­ri­ser l’évo­lu­tion d’agents patho­gènes plus viru­lents (« plus chauds »). Cette idée découle de la notion selon laquelle la sélec­tion natu­relle élimine les souches patho­gènes qui sont si « chaudes » qu’elles tuent leurs hôtes et, par consé­quent, elles-mêmes. Les vaccins qui permettent aux hôtes de survivre mais n’empêchent pas la propa­ga­tion de l’agent patho­gène relâchent cette sélec­tion, ce qui permet l’évo­lu­tion d’agents patho­gènes plus dange­reux. Ce type de vaccin est souvent appelé vaccin « à fuites ».

Lorsque les vaccins empêchent la trans­mis­sion, comme c’est le cas pour presque tous les vaccins utili­sés chez l’homme, ce type d’évo­lu­tion vers une viru­lence accrue est bloqué. Mais lorsque les vaccins fuient, permet­tant au moins une certaine trans­mis­sion de l’agent patho­gène, ils pour­raient créer les condi­tions écolo­giques qui permet­traient aux souches chaudes d’émer­ger et de persister.

Cette théo­rie a été très contro­ver­sée lors­qu’elle a été propo­sée pour la première fois il y a plus de dix ans, mais nous rappor­tons ici des expé­riences menées avec le virus de la mala­die de Marek chez la volaille, qui montrent que les vaccins commer­ciaux modernes qui « fuient » peuvent avoir préci­sé­ment cet effet : ils permettent la trans­mis­sion de souches qui seraient autre­ment trop mortelles pour persister.

Ainsi, l’uti­li­sa­tion de vaccins à fuites peut faci­li­ter l’évo­lu­tion de souches patho­gènes qui exposent les hôtes non vacci­nés à un risque accru de mala­die grave. Le défi à venir consiste à déter­mi­ner si d’autres types de vaccins utili­sés chez l’ani­mal et chez l’homme peuvent égale­ment géné­rer ces risques évolutifs.

Ce problème a été discuté, pour ce qui concerne la vacci­na­tion des humains avec d’autres vaccins à fuites (contre la coque­luche, la mala­ria etc.) bien avant la pandé­mie CoVID-19 (Wenner Moyer M, 10 mai 2018A157) :

Les biolo­gistes de l’évo­lu­tion ne sont pas surpris que cela se produise. Un vaccin est une nouvelle pres­sion de sélec­tion exer­cée sur un agent patho­gène, et si le vaccin n’éra­dique pas complè­te­ment sa cible, les agents patho­gènes restants ayant la meilleure apti­tude — ceux capables de survivre, d’une manière ou d’une autre, dans un monde vacciné — devien­dront plus courants. « Si ces agents patho­gènes n’évo­luent pas en réponse aux vaccins, a déclaré Paul Ewald, biolo­giste de l’évo­lu­tion à l’uni­ver­sité de Louisville, nous ne compre­nons pas vrai­ment la sélec­tion naturelle ». […]

Mais le besoin le plus crucial à l’heure actuelle est que les spécia­listes des vaccins recon­naissent la perti­nence de la biolo­gie de l’évo­lu­tion dans leur domaine. Le mois dernier, lorsque plus de 1 000 spécia­listes des vaccins se sont réunis à Washington, D.C., à l’oc­ca­sion du Congrès mondial sur les vaccins, la ques­tion de l’évo­lu­tion induite par les vaccins n’était au centre d’au­cune session scien­ti­fique. Selon [Andrew F] Read, une partie du problème est que les cher­cheurs ont peur : ils se sentent nerveux à l’idée de parler et d’at­ti­rer l’at­ten­tion sur les effets évolu­tifs poten­tiels, car ils craignent que cela n’ali­mente la peur et la méfiance du public à l’égard des vaccins — même si l’ob­jec­tif est, bien sûr, d’as­su­rer le succès à long terme des vaccins.

Une inquié­tude concer­nant plus parti­cu­liè­re­ment les vaccins à ARN messa­ger est le risque de recom­bi­nai­son de maté­riel géné­tique au cas où l’ARN intro­duit par le vaccin entre­rait en contact avec celui d’un autre virus dans la même cellule. Ce point a fait l’ob­jet d’une polé­mique, le 3 décembre 2020, entre Alain Fischer, président du Conseil d’orien­ta­tion de la stra­té­gie vacci­nale en France, et le géné­ti­cien Christian Vélot, auteur d’une Note d’ex­per­tise grand public sur les vaccins ayant recours aux tech­no­lo­gies OGM (septembre 2020A83). Voir la réponse complète de C. Vélot : (21 janvier 2021A59). Ce dernier explique (Vélot C, 8 juillet 2021A20) :

Ce phéno­mène de recom­bi­nai­son n’est pas réservé à l’ADN ou l’ARN viral mais les séquences virales sont connues pour faire l’objet de nombreuses recom­bi­nai­sons (on dit qu’elles sont très « recom­bi­no­gènes »). Il résulte de ces échanges entre maté­riels géné­tiques viraux, des virus dits « recom­bi­nants », c’est-à-dire dont le génome est consti­tué de segments prove­nant des deux virus parentaux. […]

Bien sûr, ce phéno­mène ne peut se produire que si du maté­riel géné­tique prove­nant d’au moins deux virus se retrouve dans les mêmes cellules, ce qui est fort heureu­se­ment extrê­me­ment rare dans la nature puisque cela implique que des mêmes cellules soient co-infectées par au moins deux virus. Mais dès lors qu’on intro­duit volon­tai­re­ment et chez un très grand nombre d’individus du maté­riel géné­tique viral — ici à des fins de vacci­na­tion —, il suffit chez ces personnes d’une infec­tion par un seul virus pour que de tels échanges (entre le génome du virus infec­tant et le maté­riel géné­tique vacci­nal) se produisent et puissent ainsi donner lieu à des virus recombinants.

Or dans ses réponses à cette note d’expertise, M. Fischer réfute ce risque au prétexte que « l’ARN viral ne peut-être converti en ADN ». Outre le fait que cette allé­ga­tion est tota­le­ment gratuite car il n’est pas du tout exclu que, dans certaines condi­tions, l’ARN viral de Sars-Cov2 puisse être converti en ADN au sein de nos cellules comme cela a été montré sur des cellules humaines en culture (Zhang et al, 2021), il est abso­lu­ment impen­sable que M. Fischer puisse ainsi lais­ser croire que des évène­ments de recom­bi­nai­son entre ARN viraux néces­si­te­raient une conver­sion préa­lable de ceux-ci en ADN. La recom­bi­nai­son virale existe aussi bien entre ADN viraux d’une part qu’entre ARN viraux d’autre part. Et dans ce dernier cas, cela ne néces­site nulle­ment une conver­sion de l’ARN viral en ADN. Les ARN viraux recom­binent direc­te­ment. Cela a été montré depuis fort long­temps déjà (à partir des années 60) avec le virus de la polio (Ledinko, 1963 ; Cooper, 1968 ; Cooper et al, 1974), les aphto­vi­rus (McCahon et al, 1977 ; McCahon, 1981 ; King et al, 1982), les virus de la mala­die de Newcastle et de la grippe (Hirst, 1962), ainsi que les coro­na­vi­rus (Makino et a, 1986 ; Baric et al, 1990) qui sont d’ailleurs les cham­pions de la recom­bi­nai­son virale puisque leur taux de recom­bi­nai­son (dès lors que deux génomes de coro­na­vi­rus sont en contact) peut aller au delà de 10% (Makino et al, 1986 ; Baric et al, 1990) alors qu’il est en géné­ral, pour les autres virus à ARN, de l’ordre de 0,1 à 2% (Lai, 1992).

De plus, les coro­na­vi­rus sont capables de recom­bi­ner avec des virus à ARN d’une autre famille : des évène­ments de recom­bi­nai­son ont en effet pu être mis en évidence entre, d’une part, un virus de la grippe et, d’autre part, des coro­na­vi­rus bovins, murins et un coro­na­vi­rus humain (Luytjes et al, 1988).

Contrairement à ce qu’on entend très souvent, les coro­na­vi­rus mutent peu par rapport à d’autres virus à ARN, et ceci malgré le fait que le génome des coro­na­vi­rus est plus grand que celui des autres virus à ARN […] Les coro­na­vi­rus échappent à cette règle car l’enzyme respon­sable de la répli­ca­tion de leur génome est dotée d’un système de détec­tion et de correc­tion des erreurs. Cela ne veut pas dire qu’ils ne mutent pas […] mais ils mutent peu. En revanche, […] les coro­na­vi­rus sont les cham­pions de la recom­bi­nai­son, et c’est le prin­ci­pal méca­nisme qui leur permet d’échapper au système immunitaire. […]

Et comme expli­qué précé­dem­ment, la vacci­na­tion géné­tique n’est pas neutre sur la capa­cité de Sars-Cov2 à varier puisque les vaccins géné­tiques font courir le risque d’augmenter l’apparition de variants par recom­bi­nai­son (entre le maté­riel géné­tique vacci­nal et le génome d’un virus infec­tant). Et cela est vrai pour tous les vaccins géné­tiques, qu’ils soient à ARN ou à ADN. Dans le cas des vaccins tels que celui d’AstraZeneca utili­sant un virus à ADN pour déli­vrer le maté­riel géné­tique vacci­nal, celui-ci sera, une fois dans la cellule, converti en ARN (codant la protéine Spike), lequel pour­rait bien sûr recom­bi­ner avec un virus infec­tant à ARN de la même manière que quand le maté­riel géné­tique vacci­nal est direc­te­ment de l’ARN.

De plus, dans le cas des coro­na­vi­rus au moins, il s’avère que le méca­nisme de recom­bi­nai­son passe par des portions d’ARN corres­pon­dant à une répli­ca­tion partielle d’un virus paren­tal (Makino et al, 1986). Avec l’ARN vacci­nal, on four­nit direc­te­ment une portion d’ARN viral, ce qui repré­sente donc un facteur de faci­li­ta­tion pour ces évène­ments de recom­bi­nai­son. Par ailleurs, la recom­bi­nai­son entre un virus infec­tant et un frag­ment seule­ment du maté­riel géné­tique d’un virus appa­renté a large­ment été obser­vée chez les plantes trans­gé­niques dans lesquelles a été volon­tai­re­ment intro­duit un gène viral, et infec­tées par un virus appa­renté (Lommel and Xiong, 1991 ; Gal et al, 1992 ; Green and Allison, 1994 ; Wintermantel and Schoelz ; 1996 ; Frischmuth and Stanley, 1998 ; Borja et al, 1999 ; Adair and Kearney, 2000 ; Varrelmann et al, 2000 ; Latham and Steinbrecher, 2004). […]

[…] en vacci­nant massi­ve­ment en période de pandé­mie, on crée une pres­sion de sélec­tion en faveur des variants. En quelque sorte, on crée avec la vacci­na­tion de masse vis-à-vis des variants la même situa­tion qu’avec l’utilisation intem­pes­tive d’antibiotiques vis-à-vis des bacté­ries résis­tantes aux anti­bio­tiques : celles-ci ont la voie libre car toutes les bacté­ries sensibles sont déci­mées et ne peuvent donc plus « occu­per le terrain » et limi­ter la proli­fé­ra­tion des résistantes.

Par consé­quent, en admet­tant que les vaccins soient sûrs et effi­caces, il faut bien sûr vacci­ner mais seule­ment une frange de la popu­la­tion (les plus vulné­rables vis-à-vis du virus), et surtout pas ceux qui permettent au virus d’origine de circu­ler sans en être victimes. Or cette popu­la­tion existe — et c’est une aubaine — : ce sont les jeunes. Il est donc stupide de vouloir vacci­ner les popu­la­tions non sensibles, et notam­ment les jeunes, au prétexte que des variants circulent. Il faut faire exac­te­ment le contraire. Cela ne veut pas dire qu’il ne faudra jamais les vacci­ner, mais pas avant que nous soyons défi­ni­ti­ve­ment sortis de la pandémie.

C’est la raison pour laquelle, au lieu d’assister à une véri­table compé­ti­tion puérile entre les pays pour savoir qui aura vacciné le plus en un mini­mum de temps, la vacci­na­tion devrait être coor­don­née à l’échelle mondiale en défi­nis­sant, pays par pays, région par région, des pour­cen­tages de personnes à vacci­ner. Mais pour cela, il faudrait dispo­ser d’une struc­ture qui pour­rait, par exemple, s’appeler « Organisation Mondiale de la Santé »…

Un exposé plus détaillé figure dans la vidéo d’un entre­tien de Christian Vélot avec Xavier Azalbert (29 juin 2021N71) ainsi que dans sa visio­con­fé­rence du 22 avril (2021N72).

Jean-Marie Claverie préci­sait au début de la campagne de vacci­na­tion en France (19 janvier 2021A60) :

Dans une situa­tion « natu­relle » où la propa­ga­tion du virus se fait au hasard, sans qu’on lui oppose une résis­tance autre que notre simple éloi­gne­ment les uns des autres pour éviter la conta­gion, les variants gardent l’énorme handi­cap de leur rareté (1/1 000) qui rend diffi­cile leur multi­pli­ca­tion. Leur fréquence dans la popu­la­tion des virus circu­lants a donc peu de chance d’augmenter.

Ce n’est plus le cas si l’on cible les virus « stan­dards » par des mesures qui dimi­nuent leur effi­ca­cité de multi­pli­ca­tion. C’est très préci­sé­ment le cas de la vacci­na­tion, dont l’action recher­chée est d’empêcher les virus dotés d’une protéine S stan­dard d’interagir avec le récep­teur (par la forma­tion d’anticorps « neutralisants »). […]

En pleine pandé­mie active, les variants sont produits chaque jour en grande quan­tité, dans les non-vaccinés, puis sélectionnés/amplifiés au sein de la petite mino­rité des vacci­nés faible­ment proté­gés par une première dose. De plus, il semble probable que l’immunité acquise par le vaccin ne fait qu’éviter les formes sévères de la Covid-19 sans inhi­ber l’infection virale peu symp­to­ma­tique (et donc la créa­tion de variants).

Le tableau ci-dessous donne la liste des variants iden­ti­fiés début septembre 2021, ainsi que les pour­cen­tages d’hos­pi­ta­li­sa­tion, de réani­ma­tion et de décès enre­gis­trés à l’IHU de Marseille (7 septembre 2021A6) :

Variants iden­ti­fiés à l’IHU de Marseille. Source : (7 septembre 2021A6)

Statistiques fiables ?

Une vidéo de Décoder l’éco (Chaillot P, 6 août 2021A11) compare les données de la DRESS (direc­tion réali­sant les statis­tiques pour le minis­tère de la santé en France) sur les Entrées hospi­ta­lières et décès de patients Covid-19 selon le statut vacci­nal et la présence de la muta­tion L452R (31 mai au 11 juillet 2021N73) — tableau 1 page 6 — avec celles du suivi des victimes d’attentats et de situa­tions sani­taires excep­tion­nelles (base SI-VIC) pour la même période. Si les effec­tifs de personnes en soins conven­tion­nels sont à peu près iden­tiques, ceux des personnes en soins critiques ou décé­dées pour CoVID sont nette­ment supé­rieurs dans la base SI-VIC (récu­pé­rés dans la base GEODEA1) : le double (1880 contre 926) pour ce qui concerne les décès. La diffé­rence suggère une suréva­lua­tion des décès dus à la CoVID dans les données hospi­ta­lières (SI-VIC) :

Source : Décoder l’éco (6 août 2021A11)

Jusqu’au 31 mars 2021, la créa­tion d’un dossier dans SI-VIC était condi­tion­née à un diag­nos­tic de CoVID-19 confirmé biolo­gi­que­ment, alors qu’a­près cette date seule une tomo­den­si­to­mé­trie (TDM) thora­cique évoca­trice de diag­nos­tic de CoVID-19 est néces­saire. Une des deux expli­ca­tions envi­sa­gées dans la vidéo est que ce déca­lage de 954 morts corres­pon­drait à des personnes vacci­nées — non dépis­tées, confor­mé­ment aux instruc­tions — de sorte que le pour­cen­tage correct de morts (complè­te­ment) vacci­nés serait 56 % ((103 + 954)/1880) et non 11 % (103/926) comme affi­ché par la DRESS. Le pour­cen­tage de morts non-vaccinés pendant la même période aurait été de 38 % (720/1880) et non de 78 % (720/926). On aurait donc plus de morts vacci­nés que de non-vaccinés, contrai­re­ment au discours justi­fiant la poli­tique vacci­nale, mais en concor­dance avec les données israé­liennes et britan­niques à la même époque.

Un autre problème est lié à la défi­ni­tion précise du statut vacci­nal : selon le CDC aux USA, une personne est comp­tée comme « vacci­née » 14 jours après avoir reçu toutes les doses (soit 1 ou 2) du vaccin. Il s’en­suit qu’une personne qui n’a reçu qu’une dose d’un vaccin ARNm ou qui a reçu la deuxième dose il y a moins de deux semaines, est étique­tée « non vacci­née ». En France (mais pas dans les autres pays euro­péens) la défi­ni­tion est deve­nue un peu moins contrai­gnante car la période d’at­tente après le deuxième injec­tion a été réduite à une semaine pour les vaccins Pfizer, Moderna et AstraZeneca, ou quatre semaines après l’injection unique pour le Janssen (AFP, 13 juillet 2021A18).

Or ce sont des périodes parti­cu­liè­re­ment propices à l’in­fec­tion, du fait de la neutra­li­sa­tion partielle du système immu­ni­taire, sans négli­ger que certaines personnes risquent de plus s’ex­po­ser car elles se croient tout de suite proté­gées. Ce biais augmente consi­dé­ra­ble­ment l’ef­fec­tif de « non-vaccinés » dans les popu­la­tions atteintes de CoVID symp­to­ma­tique ou de formes graves.

Pour mesu­rer préci­sé­ment l’ef­fi­ca­cité des vaccins en termes de trans­mis­sion, il faudrait croi­ser les données de deux fichiers : celui des personnes conta­mi­nées et celui des personnes vacci­nées. Ces fichiers étant anony­mi­sés — secret médi­cal et protec­tion des données person­nelles —, à chaque indi­vidu est attri­bué un iden­ti­fiant (un code alpha­nu­mé­rique) qui garan­tit l’uni­cité de la saisie. Or, en France, le premier fichier (SI-DEP) est géré par l’AP-HP et le second (VAC-SI) par l’Assurance-Maladie. Ces fichiers étant indé­pen­dants, les iden­ti­fiants ne corres­pondent pas et le croi­se­ment néces­saire à la mesure de l’ef­fi­ca­cité serait donc impos­sible. Cette infor­ma­tion a été publiée dans Le Canard enchaîné (30 juin 2021 page 3) et confir­mée 3 semaines plus tard dans Le Monde (Sanchez L, 21 juillet 2021A15). L’auteur de l’ar­ticle du Canard s’est contenté d’écrire : « […] les iden­ti­fiants choi­sis ne sont pas toujours exac­te­ment les mêmes d’un fichier à l’autre. » L’expression « pas toujours exac­te­ment » (que j’ai souli­gnée) est comique, car de deux choses l’une, soit les iden­ti­fiants sont les mêmes et la mise en rela­tion est possible, soit ils ne le sont pas ! L’auteur précise toute­fois qu’un « spécia­liste » aurait déclaré : « Nous devrions pouvoir croi­ser les données pour 80% de la popu­la­tion […] Je n’ai pas idée de la date. Là, on est plutôt dans le domaine de la recherche. »

Le flou artis­tique de ce « domaine de la recherche » est un signe que la mesure de l’ef­fi­ca­cité en termes de protec­tion contre la trans­mis­sion ne fait pas partie des prio­ri­tés du gouver­ne­ment, et, plus grave, qu’elle n’était pas envi­sa­gée au moment de la concep­tion des bases de données… Du grain à moudre pour les complo­tistes ! Les autres peuvent se rassu­rer en écou­tant les chants de sirènes du big data, du deep lear­ning et de l’Intelligence Artificielle (connexion­niste) ; nos infor­ma­ti­ciens ne sont-ils pas les meilleurs du monde ?

➡ Le para­graphe sur les trai­te­ments a été déplacé vers mon article CoVID-19 : traitement.

Pillage de donnéees personnelles

Une faille de sécu­rité infor­ma­tique a été signa­lée en France, fin août 2021, rendant accessible[s] […] plusieurs dizaines de milliers de résul­tats de tests [anti­gé­niques] avec les nom, prénom, genre, date de nais­sance, numéro de Sécurité sociale, adresse mail, numéro de télé­phone, adresse postale du patient (Hourdeaux J, 31 août 2021A7).

Ce grave inci­dent mérite d’être signalé parce qu’une telle collec­tion de données ouvre la porte à toutes sortes d’ar­naques infor­ma­tiques, entre autres l’usur­pa­tion d’iden­tité extrê­me­ment diffi­cile à contrer et à corri­ger. Sachant que ce trans­fert de données avait lieu par l’in­ter­mé­diaire d’un site WordPress (!) dont les réper­toires n’étaient pas proté­gés (!!), certains conte­nant (en clair) une sauve­garde de 700 000 entrées et des codes d’ac­cès à la base (!!!), ces données ont bien évidem­ment été collec­tées par les bots qui sans relâche exploitent les failles de sécu­rité infor­ma­tique pour mois­son­ner des infor­ma­tions reven­dues à des orga­ni­sa­tions malveillantes (ou à des entre­prises). Je peux confir­mer que des milliers de tenta­tives d’at­taque ont lieu quoti­dien­ne­ment sur n’im­porte quel système d’in­for­ma­tion — entre autres les CMS comme WordPress.

La fuite se produi­sait sur une plate­forme utili­sée par les phar­ma­ciens pour trans­mettre les données des tests anti­gé­niques vers le fichier SI-DEP qui centra­lise les données de ces tests. L’enquête a révélé que cette plate­forme offrait ses services (aux phar­ma­ciens) sans que son dossier d’ha­bi­li­ta­tion ait été validé… Sans aucun risque de sanc­tion (Hourdeaux J, 31 août 2021A7) :

La start-up joue en réalité sur une ambi­guïté tech­nique et une faille, juri­dique cette fois, lui permet­tant de contour­ner l’obligation d’habilitation. Tout d’abord, pour se connec­ter au SI-DEP, elle utilise les iden­ti­fiants profes­sion­nels de ses clients. Ainsi, pour le SI-DEP, ce sont les phar­ma­ciens, et non un sous-traitant, qui se connectent à son appli­ca­tion. Celle-ci ne semble pas capable de repé­rer que, en fait, ces données arrivent depuis les serveurs de Francetest. Ensuite, sur le plan juri­dique, si le minis­tère de la santé a bien mis en place une procé­dure d’habilitation, le décret du 12 mai 2020 régis­sant le SI-DEP ne prévoit aucune sanc­tion en cas de non-respect de celle-ci.

Les détails signa­lés par l’ar­ticle de Mediapart (et dans les commen­taires) donnent une idée du niveau d’in­com­pé­tence des personnes char­gées, en France, de la gestion de cette crise sani­taire. J’ai déjà signalé — plus haut dans la section Statistiques fiables ? — l’im­pos­si­bi­lité de croi­ser les données des bases SI-DEP et VAC-SI pour avoir une idée de l’ef­fi­ca­cité de la vacci­na­tion en termes de trans­mis­sion du virus.

Origine ?

Il existe une abon­dante litté­ra­ture sur la contro­verse au sujet de l’ori­gine (humaine, acci­den­telle ou natu­relle) du virus SARS-CoV‑2, entre autres les affir­ma­tions d’un ancien direc­teur du MI‑6 au Royaume-Uni (7 juin 2020A97). Des articles détaillés sur l’hy­po­thèse d’une « fuite de labo­ra­toire » ont été publié par Nicholson Baker dans le New York Magazine (4 janvier 2021A62) puis par le jour­na­liste Nicholas Wade dans le Bulletin of the Atomic Scientists (5 mai 2021A36). Auteur connu pour un ouvrage sur l’ori­gine géné­tique des races humaines décrié par la commu­nauté scien­ti­fique (Balter M, 2014N74), Wade écrit :

Contrairement aux jour­na­listes poli­tiques, les jour­na­listes scien­ti­fiques sont peu enclins au scep­ti­cisme quant aux moti­va­tions de leurs sources ; la plupart d’entre eux consi­dèrent que leur rôle consiste essen­tiel­le­ment à trans­mettre la sagesse des scien­ti­fiques aux masses ignorantes. […]

Une autre raison, peut-être, est la migra­tion d’une grande partie des médias vers la gauche du spectre poli­tique. Parce que le président Trump a dit que le virus s’était échappé d’un labo­ra­toire de Wuhan, les rédac­teurs en chef ont accordé peu de crédit à cette idée. Ils ont rejoint les viro­lo­gistes en consi­dé­rant l’éva­sion du labo­ra­toire comme une théo­rie de conspi­ra­tion à reje­ter. Sous l’ad­mi­nis­tra­tion Trump, ils n’ont eu aucun mal à reje­ter la posi­tion des services de rensei­gne­ment selon laquelle l’éva­sion de labo­ra­toire ne pouvait être exclue. Mais lorsqu’Avril Haines, la direc­trice du rensei­gne­ment natio­nal du président Biden, a dit la même chose, elle a elle aussi été large­ment igno­rée. Il ne s’agit pas de dire que les rédac­teurs auraient dû approu­ver le scéna­rio de l’éva­sion du labo­ra­toire, mais simple­ment qu’ils auraient dû explo­rer cette possi­bi­lité de manière complète et équitable.

Le site Independent Science NewsN75 parle du danger de déve­lop­pe­ment d’armes biolo­giques, aussi bien aux USA qu’en Chine, sous le couvert de recherches en « biodé­fense ». Sam Husseini écrit dans son article Ce virus provient-il d’un labo­ra­toire ? Peut-être pas — mais il expose la menace de la course aux armes biolo­giques (24 avril 2020A133) :

La « biodé­fense » implique une guerre biolo­gique tacite consis­tant à produire des agents patho­gènes plus dange­reux dans le but allé­gué de trou­ver un moyen de les combattre. Bien que ce travail semble avoir réussi à créer des agents mortels et infec­tieux, y compris des souches de grippe mortelles, une telle recherche de « défense » s’avère impuis­sante à nous défendre contre cette pandémie. […]

Pendant des années, de nombreux scien­ti­fiques ont soulevé des objec­tions aux travaux de labo­ra­toire sur les armes biolo­giques et la biodé­fense, parti­cu­liè­re­ment du fait que d’énormes augmen­ta­tions de finan­ce­ment ont eu lieu depuis le 11 Septembre. C’était parti­cu­liè­re­ment vrai après les attaques à l’an­thrax par cour­rier qui ont tué cinq personnes dans les semaines après le 11 Septembre, que le FBI a fina­le­ment impu­tées à un cher­cheur en biodé­fense du gouver­ne­ment améri­cain. Une étude de 2013 a révélé que le finan­ce­ment de la biodé­fense depuis 2001 avait tota­lisé au moins 78 milliards de dollars, et certai­ne­ment plus a été dépensé depuis lors. Cela a conduit à une proli­fé­ra­tion de labo­ra­toires, de scien­ti­fiques et de nouveaux orga­nismes, déclen­chant effec­ti­ve­ment une course aux armes biologiques.

À la suite de l’épi­dé­mie d’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014, le gouver­ne­ment améri­cain a suspendu le finan­ce­ment de ce qu’on appelle la recherche sur le « gain de fonc­tion » [GoF] de certains orga­nismes. Ce travail vise en fait à rendre les agents patho­gènes mortels encore plus mortels, et dans certains cas permettre la diffu­sion dans l’air d’agents patho­gènes qui ne le pouvaient pas aupa­ra­vant. Avec peu d’in­for­ma­tions en dehors du domaine, la suspen­sion de ces recherches a été levée fin 2017 [N76].

Pendant cette pause, des excep­tions de finan­ce­ment ont été faites pour de dange­reux travaux de labo­ra­toire sur le gain de fonc­tion. Cela compre­nait des travaux réali­sés conjoin­te­ment par des scien­ti­fiques améri­cains de l’Université de Caroline du Nord, de Harvard et du Wuhan Institute of Virology. Ce travail — qui avait un finan­ce­ment de l’USAID et EcoHealth Alliance non reconnu à l’ori­gine — a été publié en 2015 dans Nature Medicine [Menachery VD et al., 2015A160].

Une autre suspen­sion du finan­ce­ment améri­cain du labo­ra­toire de Wuhan (WIV) a eu lieu en 2018 dans des circons­tances rappe­lées par Leonid Schneider (9 juin 2021A31) :

Le finan­ce­ment de l’Alliance EcoHealth de [Peter] Daszak à WIV a été tempo­rai­re­ment suspendu en 2018 préci­sé­ment en raison de la crainte d’une fuite invo­lon­taire de patho­gènes, mais par la suite toutes les socié­tés scien­ti­fiques des États-Unis et 77 lauréats du prix Nobel ont protesté [Gorman J, 21 mai 2020A112] et l’argent a recom­mencé à couler.

Voir aussi l’ar­ticle d’Aksel Fridstrøm (10 septembre 2020A79). Le résumé de l’ar­ticle de Menachery VD et al. — publié en 2015A160 — est d’une actua­lité stupé­fiante pour ceux qui prennent le monde de la recherche en viro­lo­gie pour celui des bisou­nours :

L’émergence du coro­na­vi­rus du syndrome respi­ra­toire aigu sévère (SARS-CoV) et du syndrome respi­ra­toire du Moyen-Orient (MERS)-CoV souligne la menace d’évé­ne­ments de trans­mis­sion inter-espèces condui­sant à des épidé­mies chez l’homme. Nous exami­nons ici le poten­tiel de mala­die d’un virus de type SRAS, SHC014-CoV, qui circule actuel­le­ment dans les popu­la­tions de chauves-souris chinoises fer à cheval [N77].

En utili­sant le système de géné­tique inverse SARS-CoV [N78], nous avons généré et carac­té­risé un virus chimé­rique expri­mant la pointe du coro­na­vi­rus de chauve-souris SHC014 dans un sque­lette SARS-CoV adapté à la souris. Les résul­tats indiquent que les virus du groupe 2b codant pour la pointe SHC014 dans une série [back­bone] sauvage peuvent utili­ser effi­ca­ce­ment plusieurs ortho­logues [N79] de l’en­zyme de conver­sion de l’an­gio­ten­sine humaine II (ACE2N80), se répli­quer effi­ca­ce­ment dans les cellules des voies respi­ra­toires humaines primaires et atteindre des concen­tra­tions in vitro équi­va­lentes à des souches épidé­miques de SARS-CoV. De plus, des expé­riences in vivo démontrent la répli­ca­tion du virus chimé­rique dans le poumon de souris avec une patho­ge­nèse notable. L’évaluation des moda­li­tés immu­no­thé­ra­peu­tiques et prophy­lac­tiques basées sur le SRAS a révélé une faible effi­ca­cité ; les approches à base d’an­ti­corps mono­clo­naux et de vaccins n’ont pas réussi à neutra­li­ser et à proté­ger contre l’in­fec­tion par les CoV en utili­sant la nouvelle protéine de pointeN81.

Sur la base de ces résul­tats, nous avons dérivé synthé­ti­que­ment un virus recom­bi­nant infec­tieux SHC014 de pleine longueur et démon­trons une répli­ca­tion virale robuste à la fois in vitro et in vivo. Nos travaux suggèrent un risque poten­tiel de réémer­gence du SARS-CoV à partir de virus circu­lant actuel­le­ment dans les popu­la­tions de chauves-souris.

La thèse de Sam Husseini — et d’autres auteurs promp­te­ment quali­fiés de « margi­naux » — se résume en 6 points :

  1. Des orga­nismes de recherche gouver­ne­men­taux de type P4 (très haute sécu­rité) procèdent à des expé­riences sur des virus visant à leur faire acqué­rir des avan­tages sélec­tifs en termes de conta­gio­sité et de léta­lité, pudi­que­ment appe­lés « gain de fonc­tion » (gain-of-function).
  2. Officiellement, ces travaux sont menés dans le but de déve­lop­per des stra­té­gies de « biodé­fense » et des trai­te­ments face à toute mala­die causée par un virus du même type — voir les recom­man­da­tions d’un groupe de travail du National Science Advisory Board for Biosecurity aux USA en 2016N82. C’est pour­quoi leurs souches sont issues d’es­pèces animales connues pour la conta­mi­na­tion d’hu­mains pouvant déclen­cher des épidé­mies (zoonosesN83).
  3. Des problèmes de sécu­rité ont été signa­lés dans les centres de recherche. Des acci­dents ont déjà eu lieu, ainsi que des malver­sa­tions qui pouvaient mener à une catas­trophe sani­taire, comme les attaques à l’an­thrax aux USA en 2001. Ces attaques ont suscité une panique dans le person­nel poli­tique, nour­ris­sant la propa­gande pour une « guerre contre le terro­risme » qui a conduit aux inter­ven­tions en Afghanistan et en Irak.
  4. La dérive vers la fabri­ca­tion d’armes biolo­giques est possible, si ce n’est inévi­table dans certains pays soumis à des régimes auto­ri­taires. Cette ques­tion a été posée en 2004 par le SGDSN (Secrétariat géné­ral à la Défense et à la Sécurité natio­nale) lors de la mise en place à Wuhan d’un labo­ra­toire P4 en colla­bo­ra­tion avec le P4 Jean Mérieux-Inserm de Lyon Bron.
  5. La coopé­ra­tion franco-chinoise n’a jamais démarré : en 2017, cinquante cher­cheurs fran­çais devaient y travailler en rési­dence pour amélio­rer le niveau de biosé­cu­rité, mais ce projet n’a pas été exécuté. En janvier 2018, des membres de l’ambassade améri­caine visitent les locaux du P4 de Wuhan et alertent Washington de l’insuffisance des mesures de sécu­rité prises dans un lieu où l’on étudie les coro­na­vi­rus issus de chauves-souris (17 avril 2020A137). En 2019, la mise en place d’un bouclier sani­taire pour la protec­tion de la province du Yunnan incluant les Instituts Pasteur France et des antennes de la fonda­tion Mérieux au Laos, Cambodge et Bangladesh échouait pareillement.
  6. La possi­bi­lité de l’ori­gine acci­den­telle du SARS-CoV‑2 du labo­ra­toire P4 de Wuhan est donc légi­ti­me­ment évoquée. Avec trois hypo­thèses : celle d’une simple (mais très problé­ma­tique) faille de sécu­rité, celle de la dissé­mi­na­tion acci­den­telle d’un produit destiné à des armes biolo­giques, ou celle de la dissé­mi­na­tion inten­tion­nelle. Seule la troi­sième peut être quali­fié de « théo­rie de complot ».

La première hypo­thèse (acci­dent) est à elle seule lourde de consé­quences sur le plan poli­tique. Elle dérange notam­ment ceux qui essaient de contre­car­rer les affir­ma­tions de Donald Trump accu­sant la Chine de n’avoir rien fait pour éviter la pandé­mie. Des personnes quali­fiées se sont donc mobi­li­sées afin de prou­ver que le SARS-CoV‑2 n’avait pas été « trafi­qué » dans un labo­ra­toire et qu’il prove­nait direc­te­ment d’une lignée animale.

Ce dilemne est décrit par Rowan Jacobsen (9 septembre 2020A80) comme un « abso­lu­tisme malsain ». Il décrit dans un article le long parcours d’Alina Chan, cher­cheuse en biolo­gie molé­cu­laire au Broad Institute du MIT et de Harvard qui a mené une enquête sur l’éven­tua­lité d’une origine acci­den­telle du SARS-Cov‑2 après avoir constaté que ce virus était déjà adapté aux humains en début de l’épi­dé­mie — voir sa prépu­bli­ca­tion du 2 mai 2020A129. Jacobsen ajoute (9 septembre 2020A80) :

Nier la possi­bi­lité d’un inci­dent catas­tro­phique comme celui-ci pour­rait donc être consi­déré comme une forme de préser­va­tion de carrière. Richard Ebright, micro­bio­lo­giste de Rutgers et autre membre fonda­teur du Cambridge Working Group [N84] m’a dit : « Pour le sous-ensemble substan­tiel de viro­logues qui effec­tuent des recherches sur le gain de fonc­tion, éviter des coupes de finan­ce­ment de la recherche, éviter la mise en œuvre de normes de biosé­cu­rité appro­priées et la mise en œuvre d’une super­vi­sion appro­priée de la recherche sont de puis­sants facteurs de moti­va­tion ». Antonio Regalado, éditeur en biomé­de­cine du MIT Technology Review, l’a exprimé plus fran­che­ment : « S’il s’avé­rait que la CoVID-19 prove­nait d’un labo­ra­toire », a‑t-il tweeté, « cela brise­rait l’édi­fice scien­ti­fique de haut en bas. »

Sam Husseini a répondu à ces tenta­tives de désa­mor­çage de suspi­cions qui pouvaient produire l’ef­fet d’une bombe… Il cite la lettre aux éditeurs de Nature Medicine signée par Andersen KG et quatre collègues (17 mars 2020A150) affir­mant :

Il est peu probable que le SARS-CoV‑2 soit apparu par mani­pu­la­tion en labo­ra­toire d’un coro­na­vi­rus appa­renté au SARS-CoV. Comme indi­qué ci-dessus, le RBD (Receptor Binding Domain) du SARS-CoV‑2 est opti­misé pour se lier à l’ACE2 humain avec une solu­tion effi­cace diffé­rente de celles prédites précé­dem­ment […]. De plus, si une mani­pu­la­tion géné­tique avait été effec­tuée, l’un des nombreux systèmes de géné­tique inverse dispo­nibles pour les béta­co­ro­na­vi­rus aurait proba­ble­ment été utilisé […]. Cependant, les données géné­tiques montrent irré­fu­ta­ble­ment que le SARS-CoV‑2 n’est dérivé d’au­cune série [back­bone] de virus précé­dem­ment utilisée […].

Cet argu­ment a été diffusé très large­ment comme preuve irré­fu­table que le virus ne pouvait pas être issu d’un labo­ra­toire. Il est le plus souvent énoncé sur un bruit de fond qui mélange les conspi­ra­tion­nistes (hypo­thèse 3) avec ceux qui évoquent la fabri­ca­tion d’armes biolo­giques (hypo­thèse 2) et même ceux qui se contentent de la possi­bi­lité d’une erreur humaine (hypo­thèse 1). Husseini remarque (24 avril 2020A133) :

Bien que les scien­ti­fiques affirment qu’il n’y a pas de « signa­ture » de labo­ra­toire connue dans l’ARN du SARS-Cov‑2, leur argu­ment ne tient pas compte d’autres méthodes de labo­ra­toire qui auraient pu créer des muta­tions de coro­na­vi­rus sans lais­ser une telle signature.

Le cher­cheur en biochi­mie Richard Ebright, de l’Université de Rutgers aux USA, répon­dait dans un message à Meryl Nass, lanceuse d’alerte sur les déve­lop­pe­ments d’armes biolo­giques (24 avril 2020A133) :

La séquence du génome du SARS-CoV‑2 n’a aucune signa­ture de mani­pu­la­tion humaine.

Cela exclut les types de recherche sur le gain de fonc­tion (GoF) qui laissent des signa­tures de mani­pu­la­tion humaine dans les séquences du génome (par exemple, l’uti­li­sa­tion de méthodes d’ADN recom­bi­nant pour construire des virus chimé­riques), mais n’ex­clut pas les types de recherche de GoF qui ne laissent pas de signa­tures (par exemple la trans­mis­sion en série chez les animaux). [Je souligne.]

Il est très facile d’imaginer l’équivalent des « 10 passages chez le furet » de Fouchier avec le virus de la grippe H5N1, mais, dans ce cas, avec 10 passages chez des primates non humains atteints de coro­na­vi­rus de chauve-souris RaTG13 ou de coro­na­vi­rus de chauve-souris KP876546.

Le dernier para­graphe fait allu­sion à une expé­rience menée sur le virus H1N1 dans un labo­ra­toire de Rotterdam auquel Ron Fouchier était ratta­ché (2012N85). Un édito­rial du New York Times l’évo­quait en ces termes (2012N86) :

La recherche la plus effrayante a été effec­tuée par des scien­ti­fiques du centre médi­cal Erasmus de Rotterdam, qui ont cher­ché à décou­vrir la proba­bi­lité que le virus de la « grippe aviaire », dési­gné par A(H5N1), mute d’une forme qui rare­ment infecte ou se propage chez les humains, vers une forme haute­ment trans­mis­sible par la toux ou les éternuements. […]

En travaillant avec des furets, l’ani­mal qui ressemble le plus aux humains pour sa réponse à la grippe, les cher­cheurs ont décou­vert que seule­ment cinq muta­tions géné­tiques permet­taient au virus de se propa­ger dans l’air d’un furet à l’autre tout en conser­vant sa létalité.

Ces résul­tats ont conduit à une demande sans précé­dent d’un conseil consul­ta­tif fédé­ral améri­cain que les cher­cheurs et les deux revues scien­ti­fiques qui envi­sagent de publier les études omettent tous les détails qui pour­raient aider des terro­ristes à comprendre comment déclen­cher une pandé­mie dévastatrice.

Autrement dit, l’hy­po­thèse envi­sa­gée n’est pas celle d’un engi­nee­ring géné­tique mais de muta­tions appa­rais­sant « natu­rel­le­ment » dans la trans­mis­sion entre animaux. Aucun marqueur géné­tique humain n’est visible dans ce proces­sus. Une expé­rience simi­laire a donné lieu à une publi­ca­tion dans Nature la même année (Imai M, Kawaoka Y et al., 2012N87).

Les épidé­mio­lo­gistes Marc Lipsitch et Alison P. Galvani avaient réagi aux travaux sur le gain de fonc­tion (GoF) des virus H5N1 (2014N88) :

Compte tenu de ce risque, des prin­cipes éthiques tels que ceux énon­cés dans le Code de Nuremberg dictent que de telles expé­riences ne devraient être auto­ri­sées que si elles procurent des avan­tages huma­ni­taires propor­tion­nels au risque et si ces avan­tages ne peuvent être obte­nus par des moyens moins risqués.

Nous soute­nons qu’il est peu probable que les deux prin­ci­paux avan­tages reven­di­qués pour ces expé­riences — une concep­tion amélio­rée des vaccins et une meilleure inter­pré­ta­tion de la surveillance — soient obte­nus par la créa­tion de poten­tiels agents patho­gènes pandé­miques (PPP), souvent appe­lés expé­riences de « gain de fonc­tion » (GOF).

Husseini consta­tait (24 avril 2020A133) :

On peut croire qu’il existe un consen­sus scien­ti­fique selon lequel la pandé­mie n’est pas sortie d’un labo­ra­toire. Mais en réalité un bon nombre de scien­ti­fiques les plus compé­tents dans le domaine sont parti­cu­liè­re­ment silen­cieux. Cela comprend Lipsitch à Harvard, Jonathan A. King au MIT et bien d’autres.

L’an dernier, Lynn Klotz, du Center for Arms Control and Non-Proliferation, a écrit un article dans le Bulletin of the Atomic Scientists inti­tulé L’erreur humaine dans les labo­ra­toires à haut niveau de confi­ne­ment biolo­gique : une menace pandé­mique probable.

Klotz y aler­tait la commu­nauté scien­ti­fique en ces termes (25 février 2019N89) :

Les inci­dents provo­quant une expo­si­tion poten­tielle aux agents patho­gènes se produisent fréquem­ment dans les labo­ra­toires de haute sécu­rité souvent connus sous leurs acro­nymes BSL3 (niveau de biosé­cu­rité 3) et BSL4. Les inci­dents de labo­ra­toire qui conduisent à des infec­tions contrac­tées en labo­ra­toire non détec­tées ou non signa­lées peuvent entraî­ner la propa­ga­tion d’une mala­die dans la commu­nauté à l’ex­té­rieur du labo­ra­toire ; les employés de labo­ra­toire atteints de telles infec­tions quit­te­ront le travail en char­riant avec eux l’agent patho­gène. S’il s’agit d’un patho­gène pandé­mique poten­tiel, une telle dissé­mi­na­tion commu­nau­taire pour­rait conduire à une pandé­mie mondiale avec de nombreux décès. Le plus préoc­cu­pant est la libé­ra­tion d’un virus de l’in­fluenza aviaire haute­ment patho­gène trans­mis­sible par les mammi­fères, trans­mis par l’air, créé par les labo­ra­toires, comme les virus H5N1 trans­mis­sibles par l’air créés dans les labo­ra­toires de Ron Fouchier aux Pays-Bas et de Yoshihiro Kawaoka à Madison, Wisconsin.

Francis A. BoyleN90, profes­seur de droit inter­na­tio­nal, est à l’ori­gine de la rédac­tion du Biological Weapons Anti-Terrorism Act de 1989 (BWATA), version améri­caine de la conven­tion de 1972 sur les armes biolo­giques. Auteur de l’ou­vrage Biowarfare and Terrorism (2005N91), il lançait en 2015N92 :

Depuis le 11 septembre 2001, nous avons dépensé envi­ron 100 milliards de dollars en guerre biolo­gique [aux USA]. En fait, nous avons main­te­nant une indus­trie de guerre biolo­gique offen­sive dans ce pays qui viole la Convention sur les armes biolo­giques et ma Loi anti­ter­ro­riste sur les armes biolo­giques de 1989 [N93].

Cette loi décré­tait notam­ment (1989N93) :

Quiconque déve­loppe sciem­ment, produit, stocke, trans­fère, acquiert, conserve ou possède un agent biolo­gique, une toxine ou un système de distri­bu­tion pour une utili­sa­tion comme arme, ou aide sciem­ment un État étran­ger ou une orga­ni­sa­tion à le faire, sera condamné à une amende sous ce titre, ou empri­sonné à perpé­tuité ou pour une période de plusieurs années, ou les deux. Il existe une juri­dic­tion fédé­rale extra­ter­ri­to­riale sur une infrac­tion à cet article commise par ou contre un ressor­tis­sant des États-Unis.

Le cadre légal améri­cain permet de comprendre les efforts déployés pour laver les déci­deurs et les scien­ti­fiques améri­cains de toute suspi­cion d’ac­ti­vité suscep­tible de faci­li­ter la mise au point d’armes biolo­giques, quel que soit le procédé utilisé à cet effet.

Engagé poli­ti­que­ment — ancien membre du Comité direc­teur d’Amnesty International et critique acerbe de la poli­tique d’Israël dans ses rapports avec les Palestiniens — Francis Boyle ajou­tait (2015N92) :

Nos adver­saires présu­més du monde entier, comme la Russie et la Chine, sont sans aucun doute parve­nus aux mêmes conclu­sions que celles que j’ai tirées des mêmes sources ouvertes et publiques, et ont répondu en nature. Ainsi, le monde est main­te­nant témoin d’une course aux arme­ments offen­sive tous azimuts de guerre biolo­gique entre les prin­ci­pales puis­sances mili­taires du monde : États-Unis, Russie, Grande-Bretagne, France, Chine, Israël, entre autres.

La compé­tence de Boyle s’ar­rête au cadre juri­dique qui vient d’être briè­ve­ment énoncé. Pour ce qui est de la pandé­mie CoVID-19, il s’est campé dans une posture de théo­ri­cien du complot s’ap­puyant unique­ment sur des infor­ma­tions — souvent fausses — collec­tées sur Internet. Exemple typique de profes­sion­nel compé­tent recy­clé en « expert YouTube »…

Dans une réac­tion du Guardian à la publi­ca­tion de Kawaoka et al. (2012N87), Ian Sample citait Lord May, ancien président de la Royal Society et ancien­ne­ment conseiller scien­ti­fique atti­tré du gouver­ne­ment du Royaume-Uni (2014N94) :

Le travail qu’ils font est abso­lu­ment fou. Tout cela est extrê­me­ment dange­reux. Oui, il y a un danger, mais il ne provient pas des virus présents sur les animaux. Il provient des labo­ra­toires [diri­gés par] des gens très ambitieux.

Ian Sample ajou­tait (2014N94) :

Ce travail est le dernier d’une série d’études contro­ver­sées qui ont divisé la commu­nauté scien­ti­fique. D’un côté, des cher­cheurs qui créent des virus dange­reux dans des labo­ra­toires sécu­ri­sés dans l’es­poir d’ap­prendre comment les souches exis­tantes pour­raient muter en consti­tuant une menace poten­tielle pour les humains. De l’autre, il y a des scien­ti­fiques qui soutiennent que le travail fait peu ou rien pour aider à proté­ger les gens, mais met plutôt la popu­la­tion mondiale en danger.

Sam Husseini conclut (24 avril 2020A133) :

Quelle que soit la cause de la pandé­mie actuelle, ces labo­ra­toires de guerre biologique/de biodé­fense devraient être exami­nés de manière beau­coup plus appro­fon­die. L’appel à leur ferme­ture par Boyle et d’autres devrait être clai­re­ment entendu — et la lumière devrait être faite préci­sé­ment sur les recherches qui y sont menées.

Le secret de ces labo­ra­toires pour­rait nous empê­cher de connaître avec certi­tude les origines de la pandé­mie actuelle. Il pour­rait s’agir d’une libé­ra­tion en labo­ra­toire, vrai­sem­bla­ble­ment acci­den­telle, ou d’une infec­tion « zoono­tique », de l’ani­mal à l’homme.

Plus récem­ment (4 janvier 2019A62) N. Baker concluait :

Pendant plus de 15 ans, les coro­na­vi­ro­logues se sont effor­cés de prou­ver que la menace du SRAS était toujours présente et devait être défen­due, et ils l’ont prouvé en montrant comment ils pouvaient soigner les virus qu’ils stockaient pour les forcer à sauter des espèces et passer direc­te­ment de la chauve-souris à l’hu­main. De plus en plus de virus de chauve-souris sont venus des équipes de terrain, et ils ont été séquen­cés, synthé­ti­sés et « recâ­blés » […]. Lors de ce souper partagé inter­na­tio­nal de cuisine géné­tique, des centaines de nouvelles variantes de mala­dies ont été inven­tées et stockées. Et puis un jour, peut-être, quel­qu’un s’est trompé. C’est au moins une expli­ca­tion raison­nable et « parci­mo­nieuse » de ce qui aurait pu se passer.

C’est peut-être la grande méta-expérience scien­ti­fique du 21e siècle. Un monde rempli de scien­ti­fiques pourrait-il faire toutes sortes de recom­bi­nai­sons impru­dentes avec des mala­dies virales pendant de nombreuses années et réus­sir à éviter une grave épidé­mie ? L’hypothèse était que, oui, c’était faisable. Le risque valait la peine d’être pris. Il n’y aurait pas eu de pandémie.

L’Organisation mondiale de la santé a délé­gué en Chine, en janvier 2021, une équipe de d’ex­perts char­gés d’en­quê­ter sur l’ori­gine du SARS-CoV‑2. Certains en ont été exclus, au dernier moment, suite à l’op­po­si­tion du gouver­ne­ment chinois. Les enquê­teurs n’avaient pas pour mission de mener une inves­ti­ga­tion indé­pen­dante mais de baser leurs conclu­sions sur les rapports de scien­ti­fiques chinois. Cette approche était biai­sée puisque l’hy­po­thèse d’un acci­dent de labo­ra­toire était écar­tée a priori par le chef de la délé­ga­tion et ne figu­rait pas à l’agenda de cette enquête axée sur l’ori­gine anthropo-épizootiqueN95 de la pandé­mie (5 novembre 2020A68) :

L’OMS, l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et l’Organisation des Nations Unies pour l’ali­men­ta­tion et l’agri­cul­ture (FAO) ont convenu, dans la réso­lu­tion de la 73e Assemblée mondiale de la Santé, de galva­ni­ser les efforts pour retra­cer l’ori­gine animale du virus, sa voie de trans­mis­sion à l’homme au rôle éven­tuel de l’hôte intermédiaire.

Alina Chan (citée plus haut) et Matt Ridley en font état dans The Wall Street Journal (15 janvier 2021A61):

Le monde a besoin d’une enquête qui envi­sage non seule­ment les origines natu­relles, mais aussi la possi­bi­lité que le SRAS-CoV‑2, le virus qui cause la Covid-19, se soit échappé d’un labo­ra­toire. L’équipe de l’OMS prévoit cepen­dant de s’ap­puyer sur les rapports de scien­ti­fiques chinois plutôt que de mener une enquête indé­pen­dante. Étant donné que les auto­ri­tés chinoises ont tardé à publier des infor­ma­tions, péna­li­sant les scien­ti­fiques et les méde­cins qui ont partagé les détails cliniques et géno­miques du nouveau coro­na­vi­rus, et ont depuis démon­tré un vif inté­rêt pour le contrôle du récit sur la façon dont le virus est apparu, ce n’est pas une base promet­teuse pour l’en­quête de l’OMS.

L’équipe de l’OMS comprend des experts qui ont retracé les origines des épidé­mies d’Ebola et du MERS, mais les critiques craignent qu’elle ne dispose pas de l’expertise néces­saire pour mener une enquête qui exami­ne­rait les origines possibles du labo­ra­toire. Le Dr David Relman de l’Université de Stanford, qui a évoqué très tôt la possi­bi­lité que le virus ait pu fuir d’un labo­ra­toire, nous a dit : « Sur la base des rares infor­ma­tions qui ont été parta­gées publi­que­ment sur l’en­quête de l’OMS, il ne semble pas que l’OMS ait correc­te­ment repré­senté l’éven­tail des points de vue et pers­pec­tives des prin­ci­pales parties prenantes, ni inté­gré toutes les formes d’ex­per­tise néces­saires. » Répondant à la ques­tion de savoir si l’équipe de l’OMS enquê­tera sur les origines du labo­ra­toire, le Dr Peter Ben Embarek, chef de l’équipe, nous a dit : « Si nos études allaient dans le sens d’un possible acci­dent de labo­ra­toire, d’autres méca­nismes inter­na­tio­naux seraient impli­qués pour docu­men­ter un tel événe­ment. Cela pren­drait du temps et des types d’ex­per­tise supplémentaires. »

Une enquête sur les irré­gu­la­ri­tés des « récits » de l’ori­gine du SARS-CoV‑2 est menée par un groupe de cher­cheurs et jour­na­listes indé­pen­dants qui se désigne comme Decentralised Radical Autonomous Search Team Investigating Covid-19 (DRASTICN96). Un article détaillé d’Annette Gartland (12 octobre 2020A70) décrit les avan­cées de leurs travaux.

On peut aussi lire à ce sujet l’ar­ticle très docu­menté de Jonathan Latham et Allison Wilson (février 2021A57) qui soutiennent l’hy­po­thèse d’un acci­dent de laboratoire.

Un collec­tif de 26 scien­ti­fiques a adressé à l’OMS une lettre ouverte (4 mars 2021A54) récla­mant une véri­table enquête indé­pen­dante sur les origines du SARS-CoV‑2. La version fran­çaise est inclue dans le texte. Ils concluent :

Nous recon­nais­sons qu’en tant qu’agence inter­na­tio­nale dépen­dant de la colla­bo­ra­tion de ses États membres, l’Organisation mondiale de la santé est limi­tée dans ce qu’elle peut réali­ser dans ce type d’enquête. Notre inten­tion n’est pas d’affaiblir l’OMS, qui travaille dans des circons­tances diffi­ciles à un moment où les besoins mondiaux sont immenses.

Bien que l’enquête de l’équipe conjointe ait été une occa­sion impor­tante pour la commu­nauté inter­na­tio­nale d’obtenir des infor­ma­tions limi­tées et très enca­drées, elle s’est malheu­reu­se­ment révé­lée opaque et restric­tive, compro­met­tant gran­de­ment la vali­dité scien­ti­fique de l’enquête.

Avec plus de deux millions de morts, cent millions de personnes infec­tées par la COVID-19 dans le monde, et une pertur­ba­tion massive touchant certaines des popu­la­tions les plus vulné­rables de la planète, nous ne pouvons nous permettre une enquête sur les origines de la pandé­mie qui ne soit pas abso­lu­ment appro­fon­die et crédible. Si nous ne parve­nons pas à exami­ner plei­ne­ment et coura­geu­se­ment les origines de cette pandé­mie, nous risquons de ne pas être prépa­rés à une pandé­mie poten­tiel­le­ment plus grave à l’avenir.

Parce que nous pensons que le proces­sus et les efforts de l’équipe conjointe à ce jour ne consti­tuent pas une enquête appro­fon­die, crédible et trans­pa­rente, nous appe­lons la commu­nauté inter­na­tio­nale à mettre en place une struc­ture et un proces­sus en mesure de le faire.

Trois membres (répu­bli­cains) du Congrès, aux USA, ont adressé au direc­teur du National Institutes of Health (NIH) une lettre de 11 pages dans laquelle ils déclarent notam­ment (18 mars 2021A45):

Récemment, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a tenté d’en­quê­ter sur l’ori­gine du COVID-19. L’OMS a déclaré que cette mission d’in­ves­ti­ga­tion serait guidée par la science, serait « ouverte d’es­prit » et « n’ex­clu­rait aucune hypo­thèse ». Malheureusement, la Chine n’a pas fourni un accès complet ou une indé­pen­dance totale pour la mission critique de l’OMS. […]

En raison des tensions crois­santes entre les États-Unis et la Chine, l’OMS a aban­donné le projet d’un rapport inter­mé­diaire. Un groupe inter­na­tio­nal d’ex­perts scien­ti­fiques, dont des spécia­listes en viro­lo­gie, en micro­bio­lo­gie et en zoolo­gie, a demandé un nouvel examen.

Les NIH, en tant qu’ins­ti­tu­tion scien­ti­fique de premier plan, doivent prendre l’ini­tia­tive de favo­ri­ser une enquête trans­pa­rente, indé­pen­dante et scien­ti­fique sur l’ori­gine de la pandé­mie de COVID-19. Un tel effort doit répondre aux objec­tifs décla­rés de l’OMS, à savoir une enquête ouverte d’es­prit qui n’ex­clut aucune hypo­thèse plau­sible. En outre, les NIH sont bien placés pour recueillir et four­nir des infor­ma­tions grâce à la surveillance de leurs subven­tions et autres bourses fédé­rales. Ainsi, le NIH est dans une posi­tion unique pour enquê­ter sur la possi­bi­lité que la pandé­mie provienne d’un acci­dent ou d’une fuite de labo­ra­toire, notam­ment en ce qui concerne le Wuhan Institute of Virology (WIV). […]

Notamment, l’an­cien enquê­teur prin­ci­pal du Département d’Etat [David Asher] qui a super­visé le groupe de travail sur l’ori­gine du virus COVID-19 a récem­ment déclaré [le 12 mars] qu’il pense non seule­ment que le virus s’est échappé du WIV, mais qu’il pour­rait être le résul­tat de recherches que l’ar­mée chinoise, ou l’Armée de libé­ra­tion du peuple, effec­tuait sur une arme biologique. […]

Par consé­quent, il est impé­ra­tif de déter­mi­ner non seule­ment l’ori­gine du SARS-CoV‑2, mais aussi comment et si le finan­ce­ment et la recherche des NIH aux projets du WIV ont pu contri­buer au SARS-CoV‑2. Pour faci­li­ter nos demandes et notre enquête, veuillez four­nir les infor­ma­tions suivantes avant le 19 avril 2021 :

[suivi de 29 requêtes sur 6 pages]

Jusqu’ici, l’hy­po­thèse « arme biolo­gique » s’ap­pli­quait aux acti­vi­tés en géné­ral de certains labo­ra­toires de recherche en viro­lo­gie comme le WIV en Chine. Elle n’im­pli­quait pas que le SARS-CoV‑2 serait lui-même une arme biolo­gique, et encore moins qu’il aurait été dissé­miné à l’ini­tia­tive de « maîtres du Monde » diaboliques.

Ce pas a toute­fois été fran­chi dans la « complo­sphère », allant jusqu’à affir­mer que les vaccins à ARN messa­ger (i.e. la protéine spike) feraient eux-mêmes partie de cet arse­nal de destruc­tion (Perlas N, 13 septembre 2021N97). C’est notam­ment la thèse soute­nue — et répan­due dans certains milieux — par Richard M Fleming, qui se présente docteur en physique des parti­cules, cardio­logue et docteur en droit, mais aussi diri­geant de plusieurs insti­tu­tions — Fleming Heart Health Institute (1999–2004) et Camelot Foundation (2000–2005) — auxquelles il se déclare affi­lié après qu’elles aient cessé toute acti­vité… Fleming a été condamné au Nebraska en 2009 pour fraude à l’as­su­rance mala­die et au cour­rier élec­tro­nique (FBI, 2009N98), puis par la FDA en 2013 pour la publi­ca­tion de données fictives dans une étude clinique sur un produit alimen­taire (FDA, 2018N99).

Une étude compa­ra­tive de régimes alimen­taires publiée dans Clinical Cardiology (Fleming RM et al., 2018N100) a été reti­rée de la publi­ca­tion sur le constat de problèmes d’in­té­grité des données et de l’ab­sence de décla­ra­tion de conflits d’in­té­rêts de l’au­teur prin­ci­pal. Ce retrait a donné lieu à une longue discus­sion avec Fleming sur le forum “The High-fat Hep C Diet”, dont il a par la suite effacé ses propres messages mais qu’on peut recons­truire dans son inté­gra­lité sur Internet Archive (5 avril 2019N101). Tous ces faits sont anté­rieurs à la période CoVID et ne peuvent donc pas être écar­tés comme un harcè­le­ment visant à décré­di­bi­li­ser un person­nage qui se présente aujourd’­hui en lanceur d’alerte garant de l’in­té­grité scientifique…

Conclusion de l’en­quête : si l’on en envie de croire — ou de faire croire — à n’im­porte quelle thèse expli­ca­tive de la pandé­mie CoVID-19, il vaut mieux éviter d’étayer ses argu­ments par la cita­tion « d’ex­perts » dont on n’a pas véri­fié la probité, ce qui néces­site souvent un petit voyage (à la portée de tous) dans Internet Archive. Et surtout se méfier de l’ef­fet d’am­pli­fi­ca­tion dans ce « rideau de fumée » de vidéos et d’ar­ticles d’opi­nion. Le consen­sus n’est pas la « vérité scien­ti­fique » mais une simple hypo­thèse parta­gée par des experts d’un domaine scien­ti­fique ; la fragi­lité du consen­sus étant liée au choix des experts… Il n’y a pas de consen­sus sur le prin­cipe d’Archimède ni les fonda­men­taux de la physique quan­tique, parce que (à ce jour) aucune expé­rience ne les a mis en défaut. Une théo­rie n’est scien­ti­fique (au sens de Karl Popper) que s’il existe un cadre expé­ri­men­tal qui permet­trait de la réfu­ter.

Alors que l’hy­po­thèse d’un acci­dent de labo­ra­toire, défen­due à l’ori­gine par le droite améri­caine et le président Trump en personne, avait été vigou­reu­se­ment reje­tée comme « théo­rie de la conspi­ra­tion » par la gauche libé­rale, la pola­ri­sa­tion du débat a perdu de sa viru­lence après que le direc­teur géné­ral de l’OMS ait repro­ché à l’équipe d’ex­perts de n’avoir pas suffi­sam­ment étudié la théo­rie de la fuite de labo­ra­toire. Le consen­sus sur l’ori­gine « natu­relle » du virus s’est effon­dré (Schneider L, 9 juin 2021A31) sans qu’au­cune donnée nouvelle n’y ait vrai­ment contribué.

Richard Horton, rédac­teur en chef du Lancet depuis 26 ans, est accusé publi­que­ment d’avoir soutenu le régime chinois dans son déni de toute hypo­thèse sur l’ori­gine acci­den­telle du SARS-CoV‑2, aidé en cela par Peter Daszak, long­temps colla­bo­ra­teur de l’ins­ti­tut de viro­lo­gie de Wuhan (Birrell L, 26 juin 2021A27).

Les enjeux du débat sont plus poli­tiques que scien­ti­fiques, comme l’a écrit Benjamin Wallace-Wells dans The New Yorker (27 mai 2021A32) :

[…] la contro­verse sur les fuites de labo­ra­toire contient la possi­bi­lité d’un point d’in­flexion majeur dans la compé­ti­tion entre les États-Unis et la Chine. Elle a un pied dans l’an­cien régime poli­tique, celui de Donald Trump, ce qui lui a conféré une fureur conspi­ra­trice et déli­rante. Mais elle a égale­ment un pied dans le monde de Joe Biden, un monde dans lequel la ques­tion reste ouverte de savoir si une puis­sance libé­rale soudai­ne­ment fragile pourra affron­ter son rival auto­ri­taire. Mercredi, Joe Biden a annoncé qu’il avait demandé à la commu­nauté du rensei­gne­ment d’éva­luer offi­ciel­le­ment si la covid-19 « a émergé d’un contact humain avec un animal infecté ou d’un acci­dent de labo­ra­toire ». Plus de trois millions de personnes sont mortes de la covid-19. Que feront les États-Unis s’il s’avère que quel­qu’un en Chine était coupable et qu’il y a eu une dissimulation ?

La ques­tion du finan­ce­ment de travaux sur le « gain de fonc­tion » au labo­ra­toire de Wuhan a fait l’ob­jet d’échanges acerbes entre le séna­teur répu­bli­cain Dr Rand Paul et le Dr Anthony Fauci, où l’on voit ce dernier (20 juillet 2021A16) tenter de modi­fier la défi­ni­tion du terme pour nier que les recherches cofi­nan­cées par le NIH auraient pu être asso­ciées à du “gain of fonc­tion”.

On peut citer comme exemple, à l’ap­pui de l’ac­cu­sa­tion de Paul, une étude sur les chauves-souris de Hu B et al. (2017A158) cofi­nan­cée par le programme du NIAID R01AI110964N102 (voir page 2) où le proces­sus d’ampli­fi­ca­tion était décrit pages 11, 18–19 et 21 : “Construction of recom­bi­nant viruses”. Cela dit, comme la plupart des poli­ti­ciens, Rand Paul ne peut s’empêcher de glis­ser dans sa rhéto­rique un clin d’œil à ses élec­teurs en attri­buant à Fauci, dans le même échange, la respon­sa­bi­lité de « quatre millions de morts »… ce qui provoque inévi­ta­ble­ment un retour de bâton où Fauci — bottant en touche sans s’ex­pli­quer sur les travaux du labo­ra­toire de Wuhan — lui retourne la quali­fi­ca­tion de « menteur ».

La suite…

Début août 2020, les incer­ti­tudes subsis­taient sur la suite de cette pandé­mie, la perti­nence des solu­tions mises en place pour échap­per à d’hy­po­thé­tiques nouvelles « vagues », l’ef­fi­ca­cité des mesures de protec­tion : port du masque etc. Il n’est pas du ressort d’un site de veille scien­ti­fique de faire le tri entre ce qui, du côté des cher­cheurs, relève d’hy­po­thèses et d’ex­tra­po­la­tion des données, et du côté du grand public, d’opi­nions agré­gées dans un système de croyances…

Une certi­tude : l’épi­dé­mie CoVID-19 a installé dans le monde entier des pratiques qui déséqui­librent forte­ment les systèmes de santé, au détri­ment de la lutte contre d’autres mala­dies infec­tieuses dont la préva­lence et la léta­lité seraient plus impor­tantes. En sauvant des centaines de milliers de malades de CoVID-19, n’aurait-on pas préci­pité le décès de plus nombreux malades de tuber­cu­lose, de VIH et de mala­ria ? La ques­tion est rare­ment posée dans les pays occi­den­taux car ces grandes épidé­mies touchent prin­ci­pa­le­ment les pays du Sud…

On peut aussi s’in­ter­ro­ger sur la carac­té­ri­sa­tion de la popu­la­tion la plus expo­sée aux formes graves de CoVID-19 : les personnes âgées et celles, plus jeunes, souf­frant de comor­bi­di­tés le plus souvent asso­ciées à de l’obé­sité. La plupart des personnes âgées, dans les pays riches, prennent des médi­ca­ments pour soigner des affec­tions qu’elles auraient pu éviter, ou pour le moins retar­der, par l’adop­tion de pratiques de vie saine — voir mon article Vivre bien et longtemps. Chez les plus jeunes, le constat de comor­bi­di­tés est lié à des diag­nos­tics qui conduisent en géné­ral à la pres­crip­tion de médi­ca­ments. On est donc en droit de se deman­der quelle propor­tion du risque de mala­die grave CoVID-19 est induite par ces syndromes ou par les effets secon­daires de médi­ca­ments — plus de détails dans mon article CoVID-19 : immunité, style de vie. Il est regret­table que (à ma connais­sance) n’existe aucune statis­tique asso­ciant l’in­ci­dence et la gravité de la CoVID-19 à la consom­ma­tion de certains médi­ca­ments dont on connaît les effets délé­tères sur le système immunitaire.

Voici le début d’un article de la jour­na­liste Apoorva Mandavilli, lauréate en 2019 du Victor Cohn Prize for Excellence in Medical Science Reporting (3 août 2020A86) :

Jusqu’à cette année, la tuber­cu­lose et ses alliés mortels, le VIH et le palu­disme, étaient en déclin. Le bilan de chacune de ces mala­dies au cours de la décen­nie précé­dente était à son plus bas en 2018, dernière année pour laquelle des données sont disponibles.

Pourtant, main­te­nant, alors que la pandé­mie de coro­na­vi­rus se propage dans le monde entier, consom­mant les ressources de santé mondiales, ces adver­saires perpé­tuel­le­ment négli­gés sont de retour.

La covid-19 risque de faire dérailler tous nos efforts et de nous rame­ner là où nous étions il y a 20 ans”, a déclaré le Dr Pedro L. Alonso, direc­teur du programme mondial de lutte contre le palu­disme de l’Organisation mondiale de la santé.

Ce n’est pas seule­ment que le coro­na­vi­rus a détourné l’attention scien­ti­fique de la tuber­cu­lose, du VIH et du palu­disme. Les confi­ne­ments, en parti­cu­lier dans certaines régions d’Afrique, d’Asie et d’Amérique latine, ont soulevé des obstacles insur­mon­tables pour les patients qui doivent voya­ger pour obte­nir des diag­nos­tics ou des médi­ca­ments, selon des entre­tiens avec plus de deux douzaines de respon­sables de la santé publique, de méde­cins et de patients dans le monde.

La peur du coro­na­vi­rus et la ferme­ture des cliniques ont éloi­gné de nombreux patients aux prises avec le VIH, la tuber­cu­lose et le palu­disme, tandis que les restric­tions sur les voyages aériens et mari­times ont grave­ment limité la livrai­son de médi­ca­ments dans les régions les plus touchées.

Environ 80 pour cent des programmes de lutte contre le palu­disme, la tuber­cu­lose, du VIH dans le monde ont signalé des pertur­ba­tions dans leurs services, et une personne sur quatre vivant avec le VIH a signalé des problèmes d’ac­cès aux médi­ca­ments, selon UNAIDS. Les inter­rup­tions ou les retards de trai­te­ment peuvent conduire à une résis­tance aux médi­ca­ments, déjà un problème redou­table dans de nombreux pays.

En Inde, où vivent envi­ron 27% des cas de tuber­cu­leux dans le monde, les diag­nos­tics ont chuté de près de 75% depuis le début de la pandé­mie. En Russie, les cliniques du VIH ont été réaf­fec­tées à des tests de coronavirus.

La saison du palu­disme a commencé en Afrique de l’Ouest, qui compte 90 pour cent des décès dus au palu­disme dans le monde, mais les stra­té­gies normales de préven­tion – distri­bu­tion de mous­ti­quaires impré­gnées d’in­sec­ti­cide et pulvé­ri­sa­tion de pesti­cides – ont été réduites en raison des confinements.

Selon une esti­ma­tion, un confi­ne­ment de trois mois dans diffé­rentes parties du monde et un retour progres­sif à la normale sur 10 mois pour­raient entraî­ner 6,3 millions de cas supplé­men­taires de tuber­cu­lose et 1,4 million de décès.

Une inter­rup­tion de six mois du trai­te­ment anti­ré­tro­vi­ral peut entraî­ner plus de 500 000 décès supplé­men­taires dus à des mala­dies liées au VIH, selon l’OMS. Un autre modèle de l’OMS a prédit que dans le pire des cas, les décès dus au palu­disme pour­raient doubler pour atteindre 770 000 par an.

Plusieurs experts en santé publique, certains au bord des larmes, ont averti que si les tendances actuelles se pour­suivent, le coro­na­vi­rus est suscep­tible de faire recu­ler des années, voire des décen­nies, de progrès achar­nés contre la tuber­cu­lose, le VIH et le paludisme.

(À suivre…)

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  • A2 · b5p0 · 🔴 Tableau de bord COVID-19 – France
  • A3 · wec4 · 🔴 Coronavirus nombre de cas en France
  • A4 · ft8i · 🔴 Covid Tracker
  • A5 · g4on · 🔴 Réseau Sentinelle – méde­cins géné­ra­listes (France)
  • A6 · j09y · Vidéo “L’ IHU parle toujours !” – IHU Marseille (7 septembre 2021)
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Article créé le 16/03/2020 - modifié le 20/09/2021 à 09h57

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