Cet article est basé sur des pages publiées par Lucy Mai­ling sur son site Sub­stack. Cher­cheure en science des micro­biomes et doc­teure en sciences nutri­tion­nelles, elle a publié sur ce sujet un dos­sier détaillé (Mai­ling L, 2024^N1) acces­sible inté­gra­le­ment aux abon­nés — dont je fais par­tie. D’autres articles sont cités sur cette page.

Je men­tionne, pour l’es­sen­tiel, les conclu­sions qui peuvent aider les patients sous anti­bio­tiques à recons­truire rapi­de­ment et effi­ca­ce­ment leur flore intes­ti­nale après leur trai­te­ment.

Lucy Mai­ling écrit (2025^N2) :

Les anti­bio­tiques à large spectre agissent comme un feu de forêt dans votre éco­sys­tème interne, éli­mi­nant les bac­té­ries béné­fiques et lais­sant l’in­tes­tin vul­né­rable à des oppor­tu­nistes moins dési­rables. La com­mu­nau­té de la méde­cine fonc­tion­nelle estime depuis long­temps que la réin­tro­duc­tion de pro­bio­tiques dans l’in­tes­tin pour­rait être une bonne solu­tion pour la récu­pé­ra­tion post-anti­bio­tique.

La pra­tique la plus connue consiste en effet à consom­mer des pro­bio­tiques — par exemple de l’Ultra-levure — pour se « refaire une san­té » après un trai­te­ment anti­bio… Selon Mai­ling (2024^N1) :

Bien qu’il puisse sem­bler intui­tif de prendre n’im­porte quel pro­bio­tique pour repeu­pler l’in­tes­tin, j’ai déjà expli­qué pré­cé­dem­ment (2020^N3) pour­quoi ce n’est pas une bonne idée. Les espèces pré­sentes dans la plu­part des com­plé­ments pro­bio­tiques ne sont pas natives de l’in­tes­tin, et l’é­tude la plus solide à ce jour sur la récu­pé­ra­tion du micro­biome après un trai­te­ment anti­bio­tique [Suez J et al., 2018^N4] a révé­lé qu’un pro­bio­tique mul­ti-souches retar­dait en fait la récu­pé­ra­tion des bac­té­ries intes­ti­nales natives.

Tou­te­fois, cet avis a été nuan­cé par la suite (Mai­ling L, 2020^N3) :

Je conti­nue à pen­ser que les preuves jus­ti­fient la pru­dence quant à la prise de pro­bio­tiques pen­dant ou après un trai­te­ment anti­bio­tique […] Si vous esti­mez devoir prendre un pro­bio­tique avec des anti­bio­tiques, Sac­cha­ro­myces bou­lar­dii CNCM I‑745 (Flo­ras­tor) est pro­ba­ble­ment le moins nocif, mais des recherches sup­plé­men­taires sont néces­saires. Mieux encore, pre­nez un com­plé­ment ali­men­taire à base de buty­rate^N5 pour lut­ter contre l’hy­poxie intes­ti­nale, ou envi­sa­gez une trans­plan­ta­tion fécale auto­logue !

Jotham Suez et al. (2018^N4) ont aus­si mon­tré que la meilleure façon de repeu­pler l’in­tes­tin consis­tait à lui ino­cu­ler un échan­tillon de matières fécales pré­le­vé avant la prise d’an­ti­bio­tiques, ce qu’on appelle une trans­plan­ta­tion fécale auto­logue^N6. Sous condi­tion que, dans la situa­tion anté­rieure, il n’ait pas été le théâtre d’une dys­biose^N7. Cette méthode a prou­vé son effi­ca­ci­té, mais sa mise en œuvre est coû­teuse et com­pli­quée : le pré­lè­ve­ment doit en effet être sto­cké (pen­dant tout le trai­te­ment) dans un congé­la­teur à ‑80 °C.

Une étude récente (Ken­ne­dy MS et al., 2025^N8) a mon­tré que le régime ali­men­taire pour­rait exer­cer un rôle déter­mi­nant dans le pro­ces­sus de recons­truc­tion de la flore intes­ti­nale. Il s’a­git d’une étude inter­ven­tion­niste en expé­ri­men­ta­tion ani­male — sur des popu­la­tions de sou­ris. Cette étude révèle que l’ap­port de microbes par trans­plan­ta­tion fécale pour­rait ne pas être suf­fi­sant si le patient ne suit pas éga­le­ment un régime ali­men­taire adap­té, et que l’a­li­men­ta­tion en elle-même est un fac­teur plus puis­sant pour la res­tau­ra­tion du micro­biome.

Pré­ci­sons que, dans l’ex­pé­ri­men­ta­tion ani­male, les sujets (des sou­ris) n’ont pas vrai­ment eu droit à une trans­plan­ta­tion fécale auto­logue, car les matières fécales res­ti­tuées n’é­taient pas celles de chaque indi­vi­du, mais un mélange de celles du groupe. Il est vrai­sem­blable qu’une trans­plan­ta­tion auto­logue soit plus effi­cace, dimi­nuant donc en pro­por­tion l’ef­fet du régime ali­men­taire. Ce point, ain­si que plu­sieurs autres limi­ta­tions de l’é­tude, est dis­cu­té dans l’ar­ticle de Lucy Mai­ling (2025^N2).

Ce qui est impor­tant, pour des humains qui n’ont pas accès à la trans­plan­ta­tion, est la com­po­si­tion du régime ali­men­taire le mieux adap­té. Deux régimes ont été choi­sis pour l’ex­pé­ri­men­ta­tion ani­male :

1. « Diète nor­male » — faible en graisses, faible en sucres, riche en fibres
2. « Diète occi­den­tale » — riche en graisses, riche en sucres, pauvre en fibres

Sans entrer dans les détails de la pro­cé­dure, le résul­tat, selon MS Ken­ne­dy et al. (2025^N8) est que dans tous les cas (avec ou sans trans­plan­ta­tion) le pre­mier régime (diète riche en fibres) a don­né un excellent résul­tat alors que le second a rela­ti­ve­ment dimi­nué l’ef­fet de la trans­plan­ta­tion. Bien que dési­gné comme une « diète nor­male », le régime pré­fé­rable conte­nait une quan­ti­té de fibres (65 grammes par jour pour des humains) plus de deux fois supé­rieure à la recom­man­da­tion dié­té­tique aux USA. Il semble donc que l’a­van­tage porte prin­ci­pa­le­ment sur la consom­ma­tion de fibres (après le trai­te­ment anti­bio­tique).

Par contre, Lucy Mai­ling observe, en étu­diant les don­nées, que les sou­ris nour­ries avec cette « diète nor­male » ont pré­sen­té une baisse de la diver­si­té alpha (réduc­tion de deux tiers) en grande par­tie com­pen­sée par la trans­plan­ta­tion fécale pro­ve­nant de sou­ris ayant elles aus­si consom­mé une ali­men­ta­tion nor­male. La diver­si­té alpha est mesu­rée par la richesse en variants de séquence d’am­pli­con^N9. En clair, il s’a­git de la « bio­di­ver­si­té » de la flore intes­ti­nale, très impor­tante pour le sys­tème immu­ni­taire. La trans­plan­ta­tion fécale (auto­logue pour les humains) n’est donc pas à écar­ter, mal­gré la dif­fi­cul­té de sa mise en œuvre.

Toutes ces obser­va­tions sont appli­cables à des sujets ayant un micro­biote sain avant le trai­te­ment anti­bio­tique. Pour les autres, Lucy Mai­ling ajoute (2025^N2) :

Mais qu’en est-il des per­sonnes qui souf­fraient déjà avant la prise d’an­ti­bio­tiques et qui ne tolèrent pas les glu­cides com­plexes ? Les anti­bio­tiques pour­raient-ils ouvrir une fenêtre per­met­tant de réin­tro­duire ces glu­cides com­plexes et ces fibres, et de remo­de­ler ou diver­si­fier le micro­biome ? Ou bien un intes­tin déjà fra­gi­li­sé est-il peu sus­cep­tible de sup­por­ter un apport sup­plé­men­taire en fibres, ce qui entraî­ne­rait une fer­men­ta­tion anor­male, une inflam­ma­tion et une aggra­va­tion de la dys­biose ?

Les recherches dans ce domaine sont encore limi­tées. Dans la pra­tique, je recom­man­de­rais géné­ra­le­ment d’es­sayer de se rap­pro­cher d’une ali­men­ta­tion opti­male et plus variée (en aug­men­tant pro­gres­si­ve­ment la quan­ti­té de fibres de 3 à 5 grammes par jour), mais en résis­tant à la ten­ta­tion d’aug­men­ter de 20 grammes la consom­ma­tion de fibres fer­men­tes­cibles du jour au len­de­main. L’a­li­men­ta­tion est un fac­teur puis­sant de gué­ri­son, mais la tolé­rance indi­vi­duelle joue éga­le­ment un rôle impor­tant.

▷ Liens

🔵  Notes pour la ver­sion papier :
- Les iden­ti­fiants de liens per­mettent d’atteindre faci­le­ment les pages web aux­quelles ils font réfé­rence.
- Pour visi­ter « 0bim », entrer dans un navi­ga­teur l’adresse « https://leti.lt/0bim ».
- On peut aus­si consul­ter le ser­veur de liens https://leti.lt/liens et la liste des pages cibles https://leti.lt/liste.

• N1 · l8gz · Mai­ling, L (2024). How to Pro­tect Your Gut During Anti­bio­tics : An Evi­dence-based Guide. Site Lucy Mai­ling, PhD.
• N2 · c80i · Mai­ling, L (2025). Does diet beat FMT for anti­bio­tic reco­ve­ry ? Site de Lucy Mai­ling, PhD.
• N3 · m7ow · Mai­ling, L (2020). Taking pro­bio­tics with ant­bio­tics : revi­si­ted. Site de Lucy Mai­ling, PhD.
• N4 · y6na · Suez, J et al. (2018). Post-Anti­bio­tic Gut Muco­sal Micro­biome Recons­ti­tu­tion Is Impai­red by Pro­bio­tics and Impro­ved by Auto­lo­gous FMT. Cell 174, 6 : 1406–1423
• N5 · kc4r · Buta­noate (buty­rate) – Wiki­pe­dia
• N6 · g1ck · Bac­té­rio­thé­ra­pie fécale – Wiki­pe­dia
• N7 · fb59 · Dys­biose – Wiki­pe­dia
• N8 · gj8s · Ken­ne­dy, MS et al. (2025). Diet out­per­forms micro­bial trans­plant to drive micro­biome reco­ve­ry in mice. Nature 642 : 747–755.
• N9 · x2i5 · Variant de séquence d’am­pli­con – Wiki­pe­dia

Article créé le 14/08/2025 – modi­fié le 14/08/2025 à 19h34 • 518 visites